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A maioria das enzimas são de natureza proteica e, relativamente aos outros catalisadores, têm uma grande especificidade em relação aos substratos e produtos da reacção.

1- A palavra “enzima” (do Grego: en, na + zima, levedura) foi inventada em 1878 por Fredrich Kühne.

2- A sua natureza proteica só foi definitivamente aceite na década de 1930.

3- Relativamente aos catalisadores não enzímicos as enzimas são, em geral:

a) mais potentes,

b) actuam em condições “ pouco agressivas “ (pH 7, temp. < 100°C, etc.),

c) têm uma enorme especificidade relativamente aos substratos e produtos, e

d) a sua actividade pode ser, frequentemente, regulada por substâncias diferentes dos substratos e dos

produtos (as enzimas podem ser sensores do meio ambiente em que estão inseridas

).

4- Sendo as enzimas moléculas proteicas o seu tamanho é, geralmente, muito grande relativamente ao tamanho das moléculas dos substratos.

O “sítio activo” (ou “sítio catalítico”) é um local específico modelado de tal forma que permite a interacção específica com o substrato (ou substratos) e onde ocorre a reacção química.

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A Comissão de Enzimas da União Internacional de Bioquímica definiu critérios para a

classificação e denominação das enzimas; os critérios são de tipo funcional: duas enzimas com estruturas diferentes que catalisam

a mesma reacção (isozimas ou isoenzimas) têm o mesmo nome.

1- A cada enzima foi atribuído um “número EC” (de Enzyme Comission) que contém 4 números separados por pontos (EC W.X.Y.Z). Os números W, X e Y referem-se, respectivamente, à classe, sub-classe e sub-sub-classe e o número Z é específico de cada enzima.

2- No dia 31-10-2006 estavam classificadas 3985 enzimas que podem ser consultadas em

http://www.expasy.ch/enzyme/

3- Em geral uma mesma enzima tem vários nomes e a nomenclatura não é isenta de ambiguidade; a atribuição de um número EC às enzimas é uma tentativa de resolver essa ambiguidade.

Foram definidas 6 classes:

Classe 1: oxi-redútases, Classe 4: líases,

Classe 2: transférases, Classe 5: isomérases,

Classe 3: hidrólases Classe 6: lígases ou sintétases

4- A classificação é de tipo funcional: diferentes proteínas com a mesma actividade catalítica

(como as isoenzimas) têm o mesmo nome e número EC.

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As isomérases (EC 5.x.y.z) catalisam a

interconversão de dois isómeros: AB

Em rigor, as isomérases são as únicas enzimas em que no singular.

isomérases são as únicas enzimas em que no singular. se pode falar do substrato da enzima

se pode falar do substrato da enzima

Exemplo:

isomérase das hexoses-fosfato fosfoglico-mútase fosfoglicerato-mútase epimérase das pentose-fosfato

(Glicose-6-P Frutose-6-P) (Glicose-1-P Glicose-6-P) (3-fosfoglicerato 2-fosfoglicerato) (Ribulose-5-P Xilulose-5-P)

Em geral, nas reacções catalisadas pelas isomérases as Keq têm valores não muito diferentes de 1 ( G’º não muito diferente de 0) e são fisiologicamente reversíveis.

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Nas reacções catalisadas pelas hidrólases (EC 3.x.y.z) um dos reagentes é a água e o substrato rompe-se nas suas partes constituintes:

AB + H 2 O A + B

Em geral, quando à frente do nome de um composto se coloca o sufixo “ase

a enzima em questão é uma hidrólase.

As hidrólases catalisam

a rotura de ligações sendo a água um dos substratos.

Exemplos de ligações que podem sofrer rotura hidrolítica:

1- éster (produtos = álcool + ácido) ou tioéster (produtos = tiol + ácido)

2- lactona (produtos = álcool + ácido; notar que neste caso, porque a lactona é “um éster interno”: A + H 2 O B)

3- anidrido (produtos = ácido + ácido)

4- amida (produtos = ácido + amina)

5- osídicas (produtos = semi-acetal + álcool ou semi-acetal + semi-acetal

ou semi-acetal + ácido ou o semi-acetal + amina)

(produtos = semi-acetal + álcool ou semi-acetal + semi-acetal ou semi-acetal + ácido ou o semi-acetal

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As reacções catalisadas pelas enzimas podem, frequentemente, ser conceptualmente consideradas como o acoplamento de dois processos:

um exergónico (G<0) e outro endergónico (G>0)

mas o somatório é exergónico

endergónico (∆G>0) exergónico
endergónico
(∆G>0)
exergónico

(G<0)

endergónico (∆G>0) exergónico ( ∆ G<0 ) NOTA: Embora, teoricamente, as hidrólases catalisem as

NOTA: Embora, teoricamente, as hidrólases catalisem as reacções directa e inversa, nas reacções de hidrólise a Keq é tão elevada no sentido da hidrólise que, em geral, não faz sentido falar da reacção inversa.

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As fosfátases são hidrólases em que um dos produtos é o fosfato inorgânico (Pi). As reacções catalisadas pelas fosfátases chamam-se desfosforilações.

Alguns exemplos de fosfátases:

ATPase (ATP + H 2 O ADP + Pi)

pirofosfátase inorgânica (PPi + H 2 O 2 Pi)

fosfátase alcalina, uma enzima que se pensa estar envolvida na desfosforilação de proteínas (proteína-fosfato + H 2 O proteína + Pi)

(proteína-fosfato + H 2 O → proteína + Pi ) 30 As lígases (ou sintétases )
(proteína-fosfato + H 2 O → proteína + Pi ) 30 As lígases (ou sintétases )

30

As lígases (ou sintétases) (EC 6.x.y.z) catalisam reacções que podem ser lidas como sendo o somatório de duas reacções: uma de hidrólise do ATP e outra de combinação de duas substâncias.

do ATP e outra de combinação de duas substâncias. Sintétase do AB ou ATP + A
do ATP e outra de combinação de duas substâncias. Sintétase do AB ou ATP + A
do ATP e outra de combinação de duas substâncias. Sintétase do AB ou ATP + A

Sintétase do AB

ou ATP + A + B AMP + PPi + AB

ATP + A + B ADP + Pi + AB

Nas reacções catalisadas pelas lígases a energia libertada no processo de hidrólise do ATP permite a combinação de dois reagentes A e B.

Ou, considerando o sentido inverso, que a energia libertada na cisão de AB permite a síntese de ATP.

libertada na cisão de AB permite a síntese de ATP. Quando a rotura do ATP ocorre

Quando a rotura do ATP ocorre entre os resíduos fosfato β e γ forma-se ADP e Pi mas quando ocorre entre os resíduos fosfato α e β forma-se AMP e PPi.

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As reacções nunca evoluem no sentido em que são endergónicas mas os processos anabólicos são endergónicos

H 2 O glutamato glutamina NH 4 + ATP ADP + Pi H 2 O
H 2 O
glutamato
glutamina
NH 4 +
ATP
ADP + Pi
H 2 O

G = + 35 KJ

G = -50 KJ

sintétase da glutamina ATP glutamina NH 4 + endergónico (∆G= +35 KJ) ∆G soma =
sintétase da glutamina
ATP
glutamina
NH 4 +
endergónico
(∆G= +35 KJ)
∆G soma =
-15 KJ
ADP + Pi
glutamato
exergónico
(∆G=-50KJ)
As enzimas são as máquinas que acoplando processos endergónicos com exergónicos

possibilitam a ocorrência dos processos endergónicos. A sintétase da glutamina é um exemplo.

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Nalgumas lígases o nucleosídeo trifosfato envolvido na reacção não é ATP mas o GTP.

trifosfato envolvido na reacção não é ATP mas o GTP. No ciclo de Krebs a reacção

No ciclo de Krebs a reacção catalisada pela sintétase de succinil-CoA (uma das isoenzimas) evolui no sentido da rotura do succinil-CoA e síntese de GTP:

GDP + Pi + succinil-CoA succinato + CoA + GTP

Nas reacções catalisadas pelas transférases (EC 2.x.y.z) um substrato dador cede um grupo químico ou um resíduo a um outro substrato (o substrato aceitador) que o aceita:

XT + Y X + YT

(o substrato aceitador) que o aceita: XT + Y → X + YT Uma transférase catalisa

Uma transférase catalisa uma reacção em que um resíduo T é transferido de XT para Y (ou, tendo em conta a reacção inversa, de YT para X).

Podemos considerar, conceptualmente, que a sintétase de succinil-CoA faz a acoplagem de duas reacções:

São exemplos de transférases:

 

1- cínases

2- fosforílases

3- pirofosforílases

4- tiólases

(ATP + Aceitador ADP + Aceitador-P) (Dador-T + Pi Dador + T-P) (Dador-T + PPi Dador + T-PP) (Dador-T + CoASH Dador + T-CoA)

 

Succinil-CoA + H 2 O Succinato + CoA (reacção exergónica)

GDP + Pi GTP + H 2 O

(reacção endergónica)

G1<0

G2>0

⎯⎯⎯⎯⎯⎯⎯⎯⎯⎯⎯⎯⎯⎯⎯⎯⎯⎯⎯⎯⎯⎯⎯⎯⎯⎯⎯⎯⎯⎯⎯

 

33

34

GDP + Pi + Succinil-CoA GTP + Succinato + CoA

G(1,2)=G1+G2

As cínases são fosfotransférases que catalisam reacções do tipo:

 

Numa reacção enzímica do tipo: ATP + Y ADP + Y-P

ATP + Y ADP + Y-P. As reacções catalisadas pelas cínases chamam-se fosforilações.

a

enzima denominar-se-ia cínase do Y

e

a regra mantém-se mesmo quando o aceitador é outra enzima.

Nas reacções catalisadas por cínases o resíduo transferido é um fosfato e, em geral,

Exemplo:

dador de fosfato é o ATP (ou o GTP) que cede o fosfato γ (o terceiro) a um aceitador. Os produtos são o ADP (ou o GDP) e o aceitador fosforilado (Aceitador-P).

o

a cínase da desidrogénase do piruvato catalisa a fosforilação da desidrogénase do piruvato pelo ATP

Numa reacção enzímica do tipo: ATP + Y ADP + Y-P

 
Numa reacção enzímica do tipo: ATP + Y ↔ ADP + Y-P    
Numa reacção enzímica do tipo: ATP + Y ↔ ADP + Y-P    
 

a

enzima denominar-se-ia cínase do Y sendo Y o substrato que aceita o fosfato γ do ATP.

Exemplos de cínases:

cínases de proteínas

 

35

36

de cínases: cínases de proteínas   35 36 E m g e r a l ,
de cínases: cínases de proteínas   35 36 E m g e r a l ,

Em geral, quando existe uma cínase que catalisa a fosforilação de um substrato A existe também uma fosfátase (hidrólase) que catalisa a desfosforilação do substrato A fosforilado

A denominação das cínases

não tem em linha de conta o sentido em que a reacção ocorre nos seres vivos

mesmo quando (por razões de índole termodinâmica) apenas a reacção em que ocorre formação de ATP pode ser observada ADP + Y-P Y + ATP a cínase continua a chamar-se cínase de Y.

→ Y + ATP a cínase continua a chamar-se cínase de Y . 37 Alguns fármacos

37

Alguns fármacos e hormonas exercem os seus efeitos ligando-se a receptores celulares que têm actividade catalítica intrínseca e que são, portanto, enzimas.

Alguns receptores celulares são enzimas.

O receptor da insulina é uma cínase que, quando a insulina está ligada, catalisa a fosforilação de uma proteína citoplasmática chamada “substrato do receptor da insulina”.

chamada “substrato do receptor da insulina”. 38 As fosforílases são transférases em que o substrato

38

As fosforílases são transférases em que o substrato aceitador

é o fosfato inorgânico (Pi): XT + Pi X + T-P.

As reacções catalisadas pelas fosforílases denominam-se fosforólises.

Numa reacção do tipo XT + Pi X + T-P

a enzima denominar-se-ia fosforílase do XT (T é o resíduo transferido)

e XT sofre uma fosforólise: XT rompe-se (lise) por acção do fosfato inorgânico (Pi).

Exemplo de fosforílase:

A fosforílase do glicogénio catalisa a fosforólise do glicogénio

Glicose-glicose-glicose

glicose-glicose

+ Pi

+

Glicose-1-P

39
39

As pirofosforílases são enzimas em que o substrato aceitador do resíduo transferido é o pirofosfato inorgânico (PPi): XT + PPi X + T-P-P. As reacções catalisadas pelas fosforílases denominam-se pirofosforólises.

Numa reacção do tipo XT + PPi X + T-P-P a enzima denominar-se-ia pirofosforílase do XT

e XT sofre pirofosforólise: rompe-se (lise) por acção do pirofosfato inorgânico (PPi).

(lise) por acção do pirofosfato inorgânico (PPi). Exemplo de pirofosforílase: Pirofosforílase do UDP-Glicose

Exemplo de pirofosforílase:

Pirofosforílase do UDP-Glicose

É interessante notar as semelhanças entre as denominações das enzimas e as reacções catalisadas pelas fosforílases, pirofosfosforílases e hidrólases.

No limite as hidrólases poderiam ser consideradas transférases em que o substrato aceitador do

resíduo transferido é a água; rompe-se uma ligação mas formam-se outras com a água.

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As reacções catalisadas pelas transférases também podem ser conceptualmente consideradas como o acoplamento de dois processos:

um exergónico e outro endergónico.

glicose + ATP glicose-6-P + ADP ∆G = -32 KJ glicose + Pi glicose-6-P +
glicose + ATP
glicose-6-P + ADP
∆G = -32 KJ
glicose + Pi
glicose-6-P + H 2 O
∆G = + 18 KJ
∆G = -50 KJ
ATP + H 2 O
ADP + Pi
cínase da glicose
ATP
glicose-6-P
endergónico
(∆G= +18 KJ)
ADP
glicose
exergónico
(∆G=-50KJ)

A cínase da glicose é uma “máquina química” que acopla um processo endergónico (a formação de glicose-6-P) com outro exergónico (a hidrólise do ATP).

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Nas reacções catalisadas pelas líases (EC 4.x.y.z) um dos reagentes que contém uma dupla ligação combina-se com um segundo reagente de tal maneira que o produto já não contém a

dupla ligação: A=B + C ABC

já não contém a dupla ligação: A=B + C ↔ ABC Ou, pensando na reacção inversa:

Ou, pensando na reacção inversa:

são líases as enzimas que catalisam reacções em que um composto se rompe dando origem a dois produtos sendo que um destes produtos contém uma dupla ligação que não existia no composto que lhe deu origem:

ABC A=B + C

Frequentemente o composto C é a água mas aqui, ao contrário do caso das hidrólases, a reacção de C com A=B não resulta na lise de A=B.

42
42

As oxi-redútases (EC 1.x.y.z) catalisam reacções de oxi- redução

(EC 1.x.y.z) catalisam reacções de oxi- redução Exemplos de nomes associados a oxi-redútases:

Exemplos de nomes associados a oxi-redútases:

Desidrogénases

Redútases

Oxídases

Oxigénases

Peroxídases

Catálase

Dismútases

dinucleotídeos são substratosOxídases Oxigénases Peroxídases Catálase Dismútases O 2 é o oxidante directo o H 2 O 2

O 2 é o oxidante directo 2 é o oxidante directo

o H 2 O 2 é reduzido a água

catalisam reacções de dismutaçãoé o oxidante directo o H 2 O 2 é reduzido a água 43 A palavra

43

A palavra síntase (não confundir com sintétase) está popularmente associado a algumas enzimas e as síntases podem pertencer a diferentes classes.

Algumas vezes o nome que foi originalmente atribuído a uma enzima (síntase do composto X), embora fora da nomenclatura sistemática, manteve-se o mais popular ao longo dos anos.

1- A síntase do glicogénio

é de facto uma transférase.

A síntase do glicogénio é de facto uma transférase . 2- Outras síntases foram classificadas na

2- Outras síntases foram classificadas na classe das líases. Exemplos:

Síntase do citrato

(acetil-CoA + oxalacetato + H 2 O citrato + CoA)

Síntase da hidroxi-metil-glutaril-CoA

(acetil-CoA + acetoacetil-CoA + H 2 O hidroxi-metil-glutaril-CoA + coenzima A)

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À rotura hidrolítica das ligações fosfoanidrido do ATP (entre os fosfatos α-β e β-γ) estão associados valores de G’º “muito” negativos; por isso se diz na gíria dos bioquímicos que “estas ligações são ricas em energia”.

1- Dizemos que a glicose e o etanol

“são substâncias energéticas” porque no seu processo de oxidação libertam enormes quantidades de energia:

Glicose + 6 O 2 6 CO 2 + 6 H 2 O Etanol + 2 O 2 2 CO 2 + 2 H 2 O

G´º = - 2840 KJ/mol G´º = - 168 KJ/mol

(nota: estes G’º não se referem aos seres vivos; G’º refere-se sempre a condições padrão)

2- Quando dizemos que o ATP é “uma substância energética” não estamos a falar da reacção de oxidação do

ATP mas da sua fosfohidrólise.

ATP + H 2 O ADP + Pi ATP + H 2 O AMP + PPi

G’º = - 31 KJ/mol G’º = - 46 KJ/mol

∆G´º= -31KJ ∆G´º= -46KJ 45
∆G´º= -31KJ
∆G´º= -46KJ
45
G’º = - 46 KJ/mol ∆G´º= -31KJ ∆G´º= -46KJ 45 As ligações em que o ∆

As ligações em que o G´º que corresponde à sua rotura hidrolítica (em condições padrão) tem um valor semelhante ou é ainda mais negativo que o que corresponde à

rotura das ligações fosfoanidrido do ATP (- 31 KJ mol -1 ou -46 KJ mol -1 )

dizem-se “ricas em energia” e costumam representar-se por ~ .

As ligações “ricas em energia” podem, por exemplo, ser de tipo

a) fosfoanidrido como no ATP

b) fosfamida como na fosfocreatina

c) enolfosfato como no fosfoenolpiruvato.

na fosfocreatina c) enolfosfato como no fosfoenolpiruvato. ∆ G´º= -62KJ ∆G´º= - 43KJ Quando dizemos que
na fosfocreatina c) enolfosfato como no fosfoenolpiruvato. ∆ G´º= -62KJ ∆G´º= - 43KJ Quando dizemos que
na fosfocreatina c) enolfosfato como no fosfoenolpiruvato. ∆ G´º= -62KJ ∆G´º= - 43KJ Quando dizemos que

G´º= -62KJ

∆G´º= - 43KJ
∆G´º= - 43KJ

Quando dizemos que a fosfocreatina ou o fosfoenolpiruvato “são substâncias energéticas” também estamos simplesmente a dizer que a sua fosfohidrólise tem um valor de G’º muito negativo.

Fosfocreatina + H 2 O Creatina + Pi

Fosfoenolpiruvato + H 2 O Piruvato + Pi

G’º = - 43 KJ/mol

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G’º = - 62 KJ/mol

As substâncias que contém ligações “ricas em energia” participam no metabolismo em reacções de fosfotransferência catalisadas por cínases.

de fosfotransferência catalisadas por cínases. ∆G´º- 49KJ No 1,3-bisfosfoglicerato há uma ligação
de fosfotransferência catalisadas por cínases. ∆G´º- 49KJ No 1,3-bisfosfoglicerato há uma ligação
∆G´º- 49KJ
∆G´º- 49KJ

No 1,3-bisfosfoglicerato há uma ligação fosfoanidrido

No 1,3-bisfosfoglicerato há uma ligação fosfoanidrido A cínase do 3-fosfoglicerato catalisa um a reacção de

A cínase do 3-fosfoglicerato catalisa uma reacção de fosfotransferência que é fisiológicamente reversível: síntese de ATP na glicólise (G’º=-18KJ) e consumo de ATP na gliconeogénese (G’º= +18KJ) .

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As reacções enzímicas que in vivo geram PPi têm um ∆G (real) muito negativo porque
As reacções enzímicas que in
vivo geram PPi têm um ∆G
(real) muito negativo porque o
produto PPi é rapidamente
hidrolisado pela acção
catalítica de pirofosfátases
que mantém a sua
concentração muito baixa.
Como resultado da acção catalítica das
pirofosfátases celulares
⇒ a concentração de PPi na célula é
muito baixa;
não existe um dos substratos para que
a reacção inversa possa ocorrer

As reacções em que um dos produtos é o PPi são reacções exergónicas em todas as condições metabólicas

reacções fisiologicamente irreversíveis.

o PPi são reacções exergónicas em todas as condições metabólicas reacções fisiologicamente irreversíveis . 48

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