MECANISMO DE REGULACION MOLECULAR

La regulacin de la expresin gnica

Regulacin de la expresin gnica se refiere al control de la cantidad y el momento de aparicin de los productos funcionales de un gen. Control de la expresin es de vital importancia para permitir que una clula para producir los productos de los genes que necesita cuando las necesita, a su vez, esto da a las clulas de la flexibilidad necesaria para adaptarse a un entorno variable, las seales externas, el dao a la clula, etc Algunos ejemplos sencillos de donde la expresin de genes es importante son:
Control

de la expresin de insulina por lo que da una seal para la

regulacin de glucosa en la sangre Inactivacin del cromosoma X en las hembras de mamferos para evitar una "sobredosis" de los genes que contiene.
Los

niveles de expresin de ciclina controlar la progresin del ciclo

celular eucariota Ms en general, la regulacin de genes da el control sobre todos los celulares estructura y funcin, y es la base de la diferenciacin celular, la morfognesis y la versatilidad y la adaptabilidad de cualquier organismo. Cualquier paso de la expresin gnica puede ser modulada, a partir del ADN-ARN paso de transcripcin a la modificacin postraduccional de una protena. La estabilidad del producto del gen final, ya sea ARN o protenas, tambin contribuye al nivel de expresin del gen - un producto resulta inestable en un bajo nivel de expresin. En general la expresin gnica est regulada a travs de cambios en el nmero y el tipo de interacciones entre las molculas, que en conjunto influyen en la transcripcin del ADN y la traduccin del ARN.

CONFORMACION Y ESTRUCTURA DEL ADN

La compactacin de la cromatina afecta la capacidad de unin de las enzimas y factores transcripcionales de genes especficos. La cromatina se puede dividir en dos clases segn su patrn de tincin. La eucromatina se tie suavemente y se corresponde con regiones del genoma que estn disponibles para la transcripcin. Por otro lado, la heterocromatina, se tie intensamente y se corresponde a regiones del genoma que estn densamente compactadas e inaccesibles para el aparato transcripcional. Se pueden distinguir dos clases de heterocromatina: la constitutiva y la facultativa. La constitutiva hace referencia a cromosomas o parte de ellos que son heterocromticos en todas las clulas de una misma especie, mientras que la facultativa implica zonas de cromosomas que se pueden descompactar tornndose en eucromatina en algunas clulas de un mismo organismo. Como la heterocromatina no puede ser transcripta, la expresin gnica en los eucariontes se puede reprimir por condensacin de eucromatina en heterocromatina. Todava no se conocen todos los factores que modulan la descompactacin de la cromatina. Ciertamente hay protenas que reconocen secuencias especficas del DNA y una vez unidas, transmiten la seal de descondensacin de cerca de 10000 pares de bases correspondientes a un bucle de la cromatina. Las acetilaciones y desacetilaciones de histonas son modificaciones covalentes frecuentes en estos fenmenos de descompactacin cromatnica. Un ejemplo tpico de este tipo de regulacin ocurre en la acetilacin de coactivadores involucrados en las transcripciones genticas moduladas por las hormonas tiroideas. Las acetilaciones se producen en los residuos de lisina de los extremos aminoterminales de las histonas, reduciendo su carga positiva y por lo tanto su afinidad de unin al ADN cargado negativamente. La desacetilacin de las histonas, mediada por desacetilasas provoca el efecto contrario (recompactacin). Secuencias caractersticas de organizacin del DNA como los palndromes as como la disposicin espacial del DNA Z han sido relacionadas con sealizaciones para el sitio de inicio de la transcripcin. CONTROL TRANSCRIPCIONAL DE LA EXPRESION GENETICA Constituye uno de los modos ms importantes de regulacin de la expresin proteica en eucariontes. En esta categora estn includos los promotores, la presencia de secuencias regulatorias potenciadoras (enhancers), y la interaccin entre mltiples protenas activadoras o inhibidoras que actan mediante su unin a secuencias especficas de reconocimiento al ADN. Las regulaciones pueden ser de tipo CIS o TRANS. Cuando el elemento regulador transcripcional es parte de la cadena polinucleotdica donde se localiza el gen a regular, se denomina regulador CIS. Evidentemente se tratan de secuencias especiales del ADN (promotores y enhancers).

Cuando los elementos regulatorios son de naturaleza y origen diferente a la secuencia gentica a controlar, la regulacin es de tipo TRANS (aqu se incluyen a los factores de transcripcin generales, histoespecficos y todas las protenas regulatorias con capacidad de unin al ADN).

Regulacin en CIS Promotores El paso inicial de la sntesis de los tres tipos de ARN es la ubicacin de las ARN polimerasas junto a una secuencia del ADN a la altura del denominado promotor del gen a ser transcripto. La ARN polimerasa I sintetiza los ARN r (excepto el 5S), la de tipo II sintetiza los ARN m y algunos ARN sn involucrados en el proceso de corte y empalme del transcripto primario (splicing), mientras que la ARN polimerasa III sintetiza el ARN r 5S y los ARN t.El ms complejo de los procesos regulatorios es el que comprende a los genes de clase II o codificantes de ARN m. Casi todos los genes codificantes de protenas contienen promotores basales de dos tipos y un nmero variable de dominios regulatorios transcripcionales. El promotor es una secuencia que define el sitio de iniciacin de la transcripcin del ARN. Los promotores ms frecuentes son los de tipo CCAAT y TATA , denominados motivos o cajas por su alta conservacin evolutiva. La caja TATA est localizada 20-30 pb corriente arriba del sitio de inicio de la transcripcin . Numerosas protenas identificadas como TF IIA,B,C, etc. (factores regulatorios de la ARN polimerasa II) interaccionan con la caja TATA. El promotor CCAAT reside 50-130 pb corriente arriba del sitio de inicio transcripcional. La protena denominada C/EBP ( CCAATbox /enhancer/binding/protein) se une a esta secuencia. Otra secuencia regulatoria incluye a la caja GC. Si bien los promotores estn preferentemente localizados corriente arriba (5) del inicio transcripcional, algunos pueden ubicarse corriente abajo (3) o bien ser de tipo intragnicos. El nmero y tipo de eleemntos regulatorios varan segn cada ARNm. La naturaleza de los promotores y la combinatoria de las protenas interactuantes con ellos es uno de los principales mecanismos de regulacin en los genes de tipo inducibles. Secuencias regulatorias potenciadoras (enhancers): Existen adems secuencias del ADN que pueden localizarse corriente arriba o abajo del gen a regular situadas a miles de pares de bases con respecto al promotor. Las zonas de ADN sobre las cuales se ejercen acciones activadoras son llamadas potenciadoras o aumentadoras (enhancers en ingls). En trminos generales una secuencia regulatoria potenciadora o enhancer regula la frecuencia con la que se realiza el proceso transcripcional.

Para un mismo gen pueden existir varias secuencias regulatorias. Tambin existen reguladores de accin opuesta (silenciadores o amortiguadores de la transcripcin). La explicacin ms simple del fenmeno regulatorio a distancia es propone que la molcula de ADN se dobla en asa para permitir la aproximacin de estas zonas alejadas de la doble hlice y ubica a la protena activadora unida al enhancer".

Regulacin en TRANS Factores transcripcionales: A diferencia de las ARN polimerasas bacterianas, las eucariticas no hacen contacto directo con el ADN promotor sino que son reclutadas hacia este por complejos de protenas especficas para cada tipo de ARN polimerasas. Estos complejos se han denominado SL1 para la ARN polimerasa I, TFIID para la ARN pol, II y TF IIIB para la RNA pol III respectivamente. No hay duda alguna que los factores transcripcionales de los genes codificantes de protenas son de crucial importancia en el control del crecimiento y la diferenciacin de las clulas. Muchos de ellos estn codificados por protooncogenes, que al activarse pueden alterar la tasa transcripcional o la calidad de las protenas fisiolgicas desencadenando un proceso oncolgico. Se pueden distinguir los denominados factores de transcripcin generales (componentes del complejo de transcripcin basal) y los factores de transcripcin histoespecficos (que se unen a regiones especficas promotoras/reguladoras de los genes y regulan el grado de transcripcin desde el complejo de transcripcin basal). Ambos tipos de protena se unen a secuencias en el surco mayor del ADN. Para montar la transcripcin basal en un promotor dependiente de la ARN polimerasa II, se reclutan secuencialmente factores de transcripcin generales. El primer factor de transcripcin general que se une al promotor es el TFIID, que entra en contacto directo con la caja TATA a travs de la protena fijadora de TATA (TBP). Una vez unido el TFIIB los otros factores de transcripcin generales (GTF, del ingls: general transcription factors) se unen secuencialmente y por ltimo se reclutan la ARN polimerasas II y los factores asociados.

Este conjunto conformado por ADN, factores de transcripcin generales y ARN polimerasa II se denomina complejo de transcripcin basal. Este acta como objeto de activacin o represin transcripcional por la accin de protenas regulatorias especficas de tejido. Estos factores de transcripcin histoespecficos se unen especficamente a otras secuencias de ADN en las zonas de control de los genes intercalndose en el surco mayor y comandan la interaccin del complejo de transcripcin basal con el ADN, lo que provee una expresin gnica regulada histoespecfica. Adems de su dominio de unin al ADN, las protenas reguladoras de la transcripcin pueden tener dominios para la interaccin reversible, no covalente de una protena con otra, denominados dominios de dimerizacin. La interaccin de dos protenas a travs de estos dominios puede ser un requisito para su unin al ADN. Por lo tanto, la unin de factores de regulacin es a menudo de tipo cooperativa Mientras muchos factores dimricos poseen dos protenas de la misma especie (homodmeros), otros estn formados por dos protenas de diferente naturaleza (heterodmeros). Es evidente que este tipo de protenas poseen adems de dominios de dimerizacin, dominios de fijacin al ADN y dominios de activacin transcripcional. CONTROL POST-TRANSCRIPCIONAL DE LA EXPRESION GENETICA Aunque el inicio de la transcripcin es el sitio primario de la regulacin de la expresin de genes, la sntesis del transcripto primario no es el nico momento en que las clulas controlan la produccin adecuada de protenas. SITIOS DE POLIADENILACION ALTERNATIVA: Puede ocurrir algo similar a la ocurrencia de sitios alternativos de inicio de la transcripcin pero en el extremo 3. En este caso hallndose sobre un mismo gen varios sitios susceptibles de ser poliadenilados como es el caso del gen para la cadena pesada m de inmunoglobulina. Dependiendo del sitio 3 poliadenilado, la protena resultante puede anclarse a membrana o ser secretada, de acuerdo al estado de desarrollo en que se encuentra la clula. SPLICING ALTERNATIVO: Es un mecanismo muy difundido, que permite que un solo gen pueda codificar para ms de una protena. En muchos de estos casos se conoce ms de una va para procesar el transcripto primario obteniendo protenas estructural y funcionalmente diferentes o bien isoformas de una protena. Los cortes sobre el RNAhn deben producirse con absoluta precisin. Puede ocurrir que uno ms exones sean removidos (dando una protena ms corta), o que uno o ms intrones no sean removidos (dando una protena ms larga). Se conoce una familia de 6 protenas llamadas ASF (factores de splicing alternativo) responsables de reconocer y seleccionar los lugares para los cortes alternativos, poseen la caracterstica de contener dominios ricos en serina y arginina por lo que se las llama tambin proteinas SR. El mecanismo por el

cual la clula selecciona los sitios no est claro. Los siguientes son algunos ejemplos de genes cuya expresin puede regularse por splicing alternativo: la a tropomiosina: esta se codifica a partir de un mismo gen pero con una secuencia primaria diferente a partir de ARNm diferentes especficos en 7 tejidos. el gen de la tirosinhidroxilasa humana: Esta enzima expresa 4 isoformas diferentes, es decir similar actividad biolgica con diferentes propiedades, en este caso se expresan todas en mdula suprarrenal y cerebro. El gen contiene 14 exones, al cortar y empalmar de diferente manera, la isoforma 2 tiene 12 nucletidos ms que la isoforma 1, la isoforma 3 tiene 81 ms y la isoforma 4 tiene 93 nucletidos ms que la isoforma 1. Los RNAm de las cadenas livianas de inmunoglobulinas sufren corte y empalme alternativo, esto contribuye, como veremos en inmunologa, a ampliar el repertorio de anticuerpos, es decir a reconocer ms antgenos (elementos no propios) a los que pueda ser expuesto el organismo. As como permite mejorar la respuesta inmune a un antgeno en particular. Un mismo gen como el que codifica para la hormona calcitonina interviniente en la regulacin de los niveles de Calcio plasmtico- al ser expresado en las clulas parafoliculares de la tiroides cuando se expresa en las neuronas hipotalmicas produce una protena llamada CGRP (Producto relacionado al gen de calcitonina) que acta como neurotransmisor.

La fibronectina que cuando es sintetizada por el fibroblasto y liberada a la matriz extracelular expresa dos intrones que no son expresados cuando la protena es sintetizada en los hepatocitos y secretada al plasma. Algunos genes codificantes para factores de transcripcin en clulas en etapas del desarrollo pueden ser ensamblados alternativamente, la produccin de una u otra variante determinar la va de diferenciacin adoptada por la clula. En la mayor parte de los casos, la diferencia entre los productos de splicing alternativo sobre un mismo ARN difieren en regiones claves que pueden afectar a la protena en propiedades como: la compartimentalizacin, el tipo de ligandos al que se unir, la afinidad con que lo har y si es una enzima su actividad cataltica. CONTROL TRADUCCIONAL DE LA EXPRESION GENETICA Casi una tercera parte del ARNm citoplsmico no est unido a ribosomas an cuando ms del 90% de los ribosomas se encuentre en actividad. Se puede regular la velocidad con que los mensajeros son traducidos y el nmero de veces que debe traducirse. Existe un control general, global o inespecfico de la traduccin ejercido sobre los factores del complejo de traduccin. Por otro lado se conocen casos especficos o control particular de la traduccin de ciertos ARNm.

CONTROL GENERAL DE LA TRADUCCIN: Todos los ARNm celulares tienen cap con la guanosina metilada y esa estructura aumenta la traduccin. Cuando por alguna razn de disposicin espacial del extremo 5 del ARN el cap no queda disponible para su interaccin el factor de iniciacin Ife4E la traduccin disminuye. Puede controlarse tambin la actividad de los factores de iniciacin: IFe2B, IFe3, IFe4B e IFe4F. La actividad de estos factores se controla por fosforilacin. Esta fosforilacin a su vez responde a diversos estmulos que pueden ser fisiolgicos (factores activadores de cascadas de quinasa) o no ( desnutricin severa, hiperosmolaridad, infeccin viral o shock trmico)

El IFe2B parece ser entre ellos el ms importante desde el punto de vista del control de la traduccin. En el caso particular del IFe2B es la subunidad a la susceptible de ser fosforilada por una proteinquinasa independiente de AMPc

que responde a seales de estrs y se inactiva evitando la formacin del complejo 40S.

El IFe4F puede ser fosforilado por Insulina y Cascadas de quinasa activadas por mitgeno en este caso la fosforilacin activa al factor promoviendo un aumento en la traduccin. Existen 2 protenas (4E-BP1 y 4E-BP2) que se ligan al IFe4F inactivndola. La insulina y los factores de crecimiento pueden fosforilarlas liberando al IFe4F y dejando disponibles los sitios de fosforilacin para potenciar la estimulacin de la actividad del factor y con ello la sntesis de protenas.

CONTROL PARTICULAR DE LA TRADUCCIN : Depende de sustancias reguladoras que modifican la configuracin de un tramo de nucletidos no traducibles localizados en el extremo 5 entre el cap y el codn de iniciacin. Un ejemplo de este tipo de regulacin lo proporciona la traduccin del mensajero de la Ferritina que se une al hierro para su depsito intracelular. Cuando las concentraciones citoslicas de hierro aumentan la sntesis de ferritina se produce a altas velocidades, el hierro se liga a la aconitasa o IRF. En cambio, cuando estas concentraciones disminuyen la IRF queda libre y se liga al ARNm de la ferritina formando un bucle en el extremo 5 que impide el ligado de IFe4F y con ello el ensamblaje del aparato de traduccin, bloqueando de esta manera la produccin innecesaria de protena. Otro ejemplo podemos verlo en los reticulocitos en que la sntesis del hem est controlada por el propio grupo hem. Cuando hay suficiente hem, este activa a la proteinquinasa de IFe2B regulada por hem que inactiva al factor por fosforilacin.

En los ltimos aos se han descubierto nuevos procesos en cuanto a control de la traduccin que operan en algunas clulas en particular. Ellos son CAMBIO DEL MARCO DE LA TRADUCCIN: es decir, el ribosoma cambia la pauta de lectura en algn punto de su movimiento a lo largo del ARNm desplazndose un nucletido hacia atrs o hacia delante, pudiendo, un mismo mensajero dar origen a dos protenas.

SALTO DEL CODN DE TERMINACIN: el ribosoma pasa por alto el codn de terminacin y contina leyendo la secuencia de nucletidos.

PASO POR ALTO DE LA TRADUCCIN: el ribosoma salta una secuencia de nucletidos en el mensajero de modo que queda un mensajero ms largo que la protena porque resta una porcin interna del mensaje sin traducir, pudiendo nuevamente un mismo mensajero dar origen a dos protenas

EMPALME DE PROTENAS: Al modo del splicing se conocen casos en que un segmento especfico del polipptido se secciona y los dos bordes se unen en forma covalente. CONTROL POST- TRADUCCIONAL DE LA EXPRESION GENETICA El pptido naciente del ribosoma puede sufrir diversas modificaciones acorde con su funcin biolgica posterior incluyendo, remocin del extremo amino terminal, agregado se secuencias seal para exportacin, acilaciones, metilaciones, sulfataciones, glicosilaciones, prenilaciones, modificaciones dependientes de vitamina C, carboxilaciones dependientes de vitamina K como en el caso de los factores de coagulacin- o bien clivajes posttraduccionales para tornarse activas (lo cual es un modo de controla su actividad como en el caso de algunas enzimas y hormonas peptdicas) Todas estas modificaciones pueden ser controladas por seales internas (pH intracelular, actividad de chaperonas moleculares) o externas (cascadas de quinasa que controlan fosforilaciones) Cualquier problema en estas modificaciones post-traduccionales puede desencadenar alteraciones en la fisiologa de la clula. La actividad post-traduccional se controla a travs de la regulacin de la actividad de las enzimas intervinientes en los procesos citados. Cualquiera sea la estructura y funcin de la protena es indispensable un correcto plegamiento post-traduccional de los pptidos ya que la formacin de estructuras 2, suprasecundarias y 3, as como las oligomerizaciones sern las responsables de que la protena sea funcional. Protelisis limitada: poliprotenas Algunos mensajeros codifican para poliprotenas. stas son productos transitorios que se escinden en varias protenas, cada una con estructura y funcin diferente. Un ejemplo de poliprotena es el producto del gen POMC (Proopiomelanocortina) que puede escindirse en modo diferencial segn sea que est en las clulas adrenocorticotropas del lbulo anterior de la hipfisis generando ACTH y b lipotrofina- o en las clulas de la pars intermedia donde genera bendorfina, glipotrofina y hormona estimulante de Melanocitos en sus dos formas aMSH y bMSH.

Control sobre la estabilidad de las protenas Las clulas pueden controlar el tiempo de supervivencia de las protenas una vez que han sido sintetizadas y modificadas post-traduccionalmente. Aunque no se trata directamente de la regulacin de la expresin de genes, es una extensin del tema. Los mecanismos que controlan la estabilidad proteica no estn bien comprendidos, aunque se sabe que en las protenas que en el extremo amino terminal son ricos en metionina, serina, alanina, treonina, valina y glicina son estables por ms de 20hs en cambio los que son ricos en fenilalanina, cido asprtico, lisina y arginina tienen una vida menor a 5. Esto se llama Regla del Extremo N. Las ltimas secuencias mencionadas se llamas Secuencias PEST por la nomenclatura internacional de aminocidos- y son altamente sensibles al reconocimiento por ubiquitina y con ello su degradacin en el proteasoma.