Los principales problemas que se dan en una Auditoria Administrativa son los siguientes:

Problemas de Resistencia: Este tipo de problemas se presentan cuando el Auditor se encuentra con ejecutivos reacios a aceptar las sugerencias dadas para el mejoramiento de sus actuaciones, principalmente por virtud de una oposicin a todo cambio. Es muy probable que en el curso de una auditoria administrativa se tropiece con dificultades debidas al temor, desconfianza y repugnancia al cambio. Con razn o sin ella, muchas personas se adhieren a todo aquello a lo que estn acostumbradas. Por hbito o por intereses personales, quieren seguir en las mismas tareas, mtodos, ideas y formas de hacer las cosas. No se deciden a dejar lo conocido por lo que est por conocerse. Observan sus hbitos hasta que es imposible seguir con ellos. Temen al cambio an cuando sea para mejorar. Hay ejecutivos a quienes interesa ms lo que ganarn o perdern, personalmente, que la lgica y eficiencia en el manejo de los aspectos administrativos y la consecucin de los objetivos de la empresa. Temen por varias razones, a veces por el miedo a lo desconocido o quiz porque le preocupa el llegar a verse despojados de algo, por ejemplo del poder, de la responsabilidad, de prestigio, del nmero de personas que estn por debajo de ellos, de posicin descendiendo en rango. Hay otros que temen afrontar problemas complejos, a tomar decisiones, a realizar tareas de mayor importancia, a hacerse cargo de obligaciones adicionales, a asumir mayor responsabilidades, a tener que manejar un nmero mayor de gente. Es por esto, que el Auditor o la persona que tiene la responsabilidad de efectuar la Auditoria Administrativa debe ser comprensivo, discutir los principales elementos involucrados en el cambio con los afectados, sealar la necesidad del mismo y dejar muy clara la postura de la direccin en pro de un adelanto mayor, por medio de los esfuerzos combinados de todos para perfeccionar la marcha de la administracin.

Problemas de Friccin: En y durante la realizacin de la Auditoria Administrativa, el auditor se tendr que enfrentar a problemas de conducta ejecutiva. Dichas dificultades pueden reconocer su origen en parcialidades, prejuicios y celos. En los distintos niveles de la administracin habr conflictos y fricciones debidas a preferencias, adulaciones, etctera. Los Jefes de Departamento compiten o tienden a querer ganarse las preferencias del Director de la empresa. Cuando se dan problemas humanos entre subordinados y superiores, la actuacin en el trabajo baja mucho de calidad.

Problemas derivados de "hacer demasiado y demasiado pronto": Un problema muy comn y frecuente de encontrar en las empresas durante la realizacin de una Auditoria Administrativa es que en las empresas, industrias, gobierno e instituciones en general, es el que las personas suelen esperar demasiado y la realizacin de los grandes cambios demasiado pronto. Esperan que un cierto trabajo se efecte con gran rapidez, siendo que el mismo no puede materialmente llevarse a cabo en el plazo fijado y/o en las condiciones estipuladas.

Otros problemas: Se seala que tambin podrn surgir dificultades cuando existen departamentos autnomos que tienen formas de papelera diseadas por ellos mismos y que han adquirido equipos de distintas clases sin dar la debida consideracin a las necesidades generales y estandarizacin de la empresa; departamentos en que apenas se perciben mtodos eficaces de comunicacin entre los individuos y funciones y en los que no existen orientaciones para coordinar la estructura de organizacin, seleccionar personal competente, mantener control sobre la gente y su trabajo y establecer planes de operacin apropiados para obtener buenos resultados. Hay un problema que se presenta con cierta frecuencia cuando la direccin no se preocupa de llamar la atencin al Jefe del Departamento que se aparta a menudo de las polticas establecidas o realiza cambios en los sistemas y procedimientos, sin notificar debida y oportunamente a los departamentos que resulten afectados