Centro de Ciencias Bsicas

Departamento de Qumica
Licenciatura en Biotecnologa M.C. Oscar Ortega

Practica # 3
DIVERSIDAD GENTICA DE LA HEMOGLOBINA

Equipo 1
Lunes

Aguascalientes, Ags. A 11 DE SEPTIEMBRE DEL 2012

INTRODUCCIN Por naturaleza, el hombre es un ser clasificador y reconoce una enorme diversidad de seres, objetos o fenmenos, tiende a reconocer similitudes y diferencias entre ellas y a partir de stas, a agruparlas en reino, phylum, clase, orden, familia, gnero y especie. De aqu sabemos si tienen alguna relacin los organismos que se quieran comparar pueden ser de la misma phylum y tener algo en comn y pueden no tener ninguna relacin cuando se vuelven en clasificar en clase. Ahora bien, la taxonoma es la ciencia que estudia la clasificacin de los seres vivos. Es preciso decir que las especies con caractersticas semejantes se agrupan dentro del mismo gnero, varios gneros similares se agrupan formando una familia, un conjunto de familias se agrupan en un orden; los rdenes se agrupan en clases y un conjunto de clases conforman un phylum. La agrupacin ms general es el reino. Con el nombre cientfico cualquier persona, sin importar su idioma puede identificar rpidamente cualquier organismo. Actualmente se han establecido nombres o reglas para asignar cualquier nomenclatura a los organismos. A continuacin se mencionan: *Es binominal; est constituido por dos nombres; el primero es el gnero y el segundo la especie. * Ambas palabras se escriben en latn, y para identificarlas se subrayan o se escriben en cursiva. * El gnero se escribe con la primera letra en mayscula y la especie en minsculas. * Cuando en un texto se escribe previamente el gnero, este se puede abreviar, por ejemplo: 1 Homo sapiens se puede escribir H. sapiens. Al momento de comparar dos organismos podemos obtener que se parecen el algo esto debido a la evolucin la cual los separo ya sea en un orden, familia, etc. Y quien se encarga de dar a conocer esto es la filogenia, es decir; da la descripcin de la historia evolutiva de las relaciones entre los organismos o sus partes. As pues para entender ms fcil se hace un rbol filogentico, el cual es un diagrama que plasma un reconstruccin de esta historia. Los arboles filogenticos se usan por lo general para representar la historia evolutiva de las especies, poblaciones y genes. Cada divisin o nudo en un rbol indica un punto en el cual los linajes divergieron en el pasado. Las filogenias se reconstruyen a partir de muchas fuentes de informacin; cualquier rasgo que este determinado genticamente, y por lo tanto es heredable puede utilizarse en un anlisis filogentico. Tomando por ejemplo la Hemoglobina que es un rasgo gentico podemos obtener un rbol 2 filogentico comparando las diferentes hemoglobinas de animales. La hemoglobina es una protena globular constituida por 4 subunidades proteicas. La funcin de la hemoglobina es trasportar oxigeno desde los pulmones hasta los tejidos y dixido de carbono desde estos hasta los pulmones, donde se produce su eliminacin.

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Campos B., Sanmart y Colaboradores. 2003. Biologa 1. E. Limusa. Mxico. 111-115 pp. Sadava, Heller, Orians, Purves, Hillis. 2008. VIDA La ciencia de la Biologa. 8va ed. E. Medica Panamericana. Madrid, Espaa. 543-545 pp.

Existen 6 tipos de globinas: Alfa. (presente desde el feto hasta la edad adulta). Beta. (solo en el adulto). Gamma. (durante el desarrollo fetal). Delta. (sntesis menos que beta). Epsilon. (durante el desarrollo embrionario, sustituida por gamma en el feto). Zeta . (tpica del desarrollo embrionario, sustituida por alfa en el feto).
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OBJETIVO (S) Encontrar e identificar las diferencias en aminocidos de la hemoglobina de diferentes organismos. MATERIAL Computadora Internet REACTIVOS

PROCEDIMIENTO 1) Comparar la secuencia de la protena hemoglobina de murcilagos (bat), aves (bird) y mamferos (mammals). 2) Seleccionar entre trabajar con alpha-hemoglobina o beta-hemoglobina. 3) Entrar a la pgina http://www.uniprot.org/uniprot en la seccin Protein Knowledgebase

(UniProtKB), bajo Query escribir alpha o beta hemoglobin y dar click en Search. Los resultados de la bsqueda aparecern en la pantalla.
4) Repetir el paso 3, pero esta vez escribir bajo Query bat alpha o beta hemoglobin y dar click en Search. Nota: Revisar que los nombres de especie y/o nombres comunes correspondan a murcilagos. Esto puede ser revisado rpidamente en Google/Imgenes, colocando en el buscador el nombre de la especie y/o nombre comn.

5) Seleccionar una secuencia de alpha o beta-hemoglobina de murcilago para salvarla en un archivo, dando click sobre el numero de acceso (Accession number) remarcado para la secuencia de la protena seleccionada.

Fuentes A, Castieiras L, Queralto C. 1998. Bioqumica clnica y Patologa Molecular. 2da ed. Ed. REVERTE. Barcelona. 768 pp.

Nota: El nmero de acceso es como la protena es identificada y archivada en la base de datos. En el case de la alpha-hemoglobina el nombre de entrada (Entry name) comienza con las letras HBA. 6) La pgina que aparece contiene informacin acerca de la secuencia, tales como la taxonoma del organismo. En la mitad de la pgina, puede verse la seccin Sequences donde puede ser encontrada la secuencia de la protena escrita con letras nicas para cada aminocido. Cerca de esta seccin se puede observar un link FASTA. Dar click en FASTA y una pgina aparecer con un formato estndar en bioinformatica de la secuencia. 7) Copiar la secuencia completa en aminocidos a un archivo de Word. Nota: Las secuencias en formato FASTA comienzan con el smbolo mayor que (>), por lo tanto la secuencia debe copiarse desde el inicio del smbolo. 8) Regresar dos veces usando la flecha de retroceso del navegador y selecciona otra secuencia de murcilago diferente, y repetir desde el paso 5. 9) Una vez que se hayan copiado las dos secuencias de la alpha o beta-hemoglobina de murcilago, repetir el mismo proceso para obtener dos secuencias de mamferos (mammal) y aves (birds), asegurndose que la secuencia pertenezca efectivamente a ese tipo de organismos.

10) Cuando se hayan copiado las seis secuencias de alpha o beta-hemoglobina al archivo de Word (dos de murcilago, dos de mamfero y dos de ave), ir a la pgina:

http://www.genome.jp/tools/clustalw
Clustal W es un programa que se usa para buscar similitudes entre muchas secuencias a la vez y muestra regiones de alineamiento. 11) Copiar todas las secuencias del archivo de Word y pegarlo en el cuadro de texto del programa Clustal W. Recuerda copiar las secuencias desde el smbolo >. Sin cambiar ningn parmetro del programa, dar click en el botn Execute Multiple Alignment. 12) La siguiente pagina muestra el alineamiento de las secuencias de las seis protenas. Un asterisco aparece abajo y a lo largo de la fila del alineamiento de aminocidos en la posicin donde hay un aminocido presente en las seis secuencias. Estos aminocidos son llamados como altamente conservados (highly conserved), debido a que no han sufrido cambios desde la divergencia de un ancestro comn. 13) En la parte de arriba del reporte de CLUSTAL W, aparece el porcentaje exacto de aminocidos en la secuencia de alineamiento que son idnticas cuando son comparadas solamente dos secuencias. Por ejemplo, el reporte muestra la comparacin de la secuencia 1 de murcilago con la secuencia 2 de murcilago, despus con la secuencia 1 de mamfero y as sucesivamente. Con dichos porcentajes llene la tabla en la seccin de resultados.

RESULTADOS

Tabla de porcentaje de comparacin de secuencias (alpha hemoglobin)

ESPECIE BAT 1 BAT 2 SPARROW EAGLE RABBIT WHALE

BAT 1 100 -

BAT 2 89.3617 100 -

SPARROW 73.0496 68.7943 100 -

EAGLE 69.0141 69.5035 80.8511 100 -

RABBIT 80.9859 80.8511 65.2482 69.0141 100 -

WHALE 81.5603 82.9787 66.6667 65.2482 77.305 100

1. Cuntas secuencias de protenas aparecieron de la primera bsqueda (alpha o beta hemoglobin? de alpha hemoglobin 1,817 2. Cuntas secuencias de protenas aparecieron de la segunda bsqueda (bat alpha o beta hemoglobin? 30

3. Cuntos aminocidos son los mismos o presentan asterisco en las seis secuencias de alpha o beta-hemoglobinas alineadas? 21 4. Hay alguna regin especfica en las secuencias que estn especialmente conservadas?

5. Est alguno de los finales de la protena mas conservado que el otro? Describa sus observaciones. 6. Existe algn aminocido que aparezca ms frecuentemente en las regiones conservadas de la protena que en las regiones no conservadas? Si lo hay, Cules son?

Resultados alpha-hemoglobin 1817 Resultados bat alpha-hemoglobin 30 Resultados sparrow alpha-hemoglobin 9 Resultados Eagle alpha-hemoglobin 2 Resultados rabbit alpha-hemoglobin 39 Resultados whale alpha-hemoglobin 4 78 secuencias

CLUSTAL 2.1 multiple sequence alignment tr|B6CWH7|B6CWH7_9CHIR sp|P28780|HBA_TAPGE sp|P09904|HBA_PHYMC tr|B8K132|B8K132_RABIT sp|P07407|HBA_PASMO sp|P01993|HBA_AQUCH tr|B6CWH7|B6CWH7_9CHIR sp|P28780|HBA_TAPGE sp|P09904|HBA_PHYMC tr|B8K132|B8K132_RABIT sp|P07407|HBA_PASMO sp|P01993|HBA_AQUCH tr|B6CWH7|B6CWH7_9CHIR sp|P28780|HBA_TAPGE sp|P09904|HBA_PHYMC tr|B8K132|B8K132_RABIT sp|P07407|HBA_PASMO sp|P01993|HBA_AQUCH MVLSPADKSNVKAAWDKVGGNAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLS -VLSPADKTNVKAAWEKVGGHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLS -VLSPADKTNVKAAWAKVGNHAADFGAEALERMFMSFPSTKTYFSHFDLG MVLSPADKTNIKTAWEKIGSHGGEYGAEAVERMFLGFPTTKTYFPHFDFT -VLSPADKSNVKGVFAKIGGQAEEYGADALERMFATYPQTKTYFPHFDLG MVLSANDKTNVKNVFTKISGHAEDYGAEALERMFTTYPPTKTYFPHFDLH ***. **:*:* .: *:..:. ::**:*:**** :* *****.***: HGSAQVKGHGKKVADALGKAVGSIDDLAGALSALSDLHAHKLRVDPVNFK HGSSQVKGHGKKVGDALGNAVAHMDDLPGALSALSDLHAYKLRVDPVNFK HNSTQVKGHGKKVADALTKAVGHLDTLPDALSDLSDLHAHKLRVDPVNFK HGSEQIKAHGKKVSEALTKAVGHLDDLPGALSTLSDLHAHKLRVDPVNFK KGSAQVKGHGKKVAAALVEAVNNIDDLAGALSKLSDLHAQKLRVDPVNFK HGSAQIKAHGKKVVGALIEAVNHIDDMAGALSKLSDLHAQKLRVDPVNFK :.* *:*.***** ** :** :* :..*** ****** ********** LLSHCLLVTLASHHPAEFTPAIHASLDKFLASVSTVLTSKYR LLSHCLLVTLASHHAADFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR LLSHCLLVTLAAHLPGDFTPSVHASLDKFLASVSTVLTSKYR LLSHCLLVTMANHHPSEFTPAVHASLDKFLANVSTVLTSKYR LLGQCFLVVVATGNPALLTPEVHAPLDKFLCAVGTVLTAKYR LLGQCFLVVVAIHHPSVLTPEVHASLDKFLCAVGNVLTAKYR **.:*:**.:* .. :** :**.*****. *..***:***