Escolar Documentos
Profissional Documentos
Cultura Documentos
Metabolismo es la suma de reacciones bioqumicas requeridas para la generacin de energa y el uso de sta para sintetizar material celular a partir de molculas del medio ambiente. El metabolismo se divide en: Catabolismo. Reacciones de generacin de energa. Anabolismo. Reacciones de sntesis que requieren de energa. Las reacciones catablicas producen energa como ATP, el cual es utilizado en las reacciones anablicas para sintetizar el material celular a partir de nutrientes.
Metabolismo
Generacin de energa
Catabolismo
Fuente de energa
Reacciones biosintticas
Anabolismo
Nutrientes
Intermediarios biosintticos
ADP Productos metablicos Biopolmeros
Estructuras
Enzimas
Sustrato
Productos
Enzima
Complejo Enzima-Sustrato
Enzima
Catalizadores biolgicos de naturaleza proteica. Reducen la energa de activacin de una reaccin qumica. Modifica la velocidad de la reaccin. Son altamente especficos.
Grupo prosttico. Lo constituyen molculas no proteicas ya sean orgnicas o inorgnicas, que se encuentran unidos a la protena y a diferencia de las coenzimas no se disocian despus de que se cataliza la reaccin. Ejemplo: el grupo prosttico con ncleo de Fe3+ de los citocromos. Coenzimas y cofactores. Molculas no proteicas que pueden ser orgnicas o inorgnicas, se unen a la enzima y dan afinidad al sustrato con la enzima para catalizar la reaccin.
+
Apoenzima (porcin proteica) Cofactor o coenzima Holoenzima (toda la enzima)
Cofactores
Sustrato
Cofactor
Coenzimas
Sustrato oxidado Coenzima reducida Coenzima oxidada Sustrato reducido
Enzima
Enzima
Las coenzimas tienen una unin dbil con la enzima. Algunas enzimas requieren cofactores: Alcohol deshidrogenasa -Zn2+ Ureasa -Ni2+ Nitrogenasa -Mo Purivato cinasa -K+ y Mg2+ Coenzimas de xido-reduccin: NAD, NADP, FAD, FMN. Otras coenzimas: CoA, vitaminas.
Enzimas
Clase
Oxidorreductasa
Ejemplos
Citocromo oxidasa. Lactato deshidrogenasa. Acetato cinasa. Alanina desaminasa. Lipasa. Lactasa. Oxalato descarboxilasa. Isocitrato liasa.
Transferasa
Hidrolasa Liasa
Isomerasa
Ligasa
Actividad de la enzima
pH
Actividad de la enzima
Temperatura
Actividad de la enzima
A
Sustrato Sitio activo Enzima Sitio alostrico
Inhibidores enzimticos
A) El sustrato se une a la enzima en el sitio activo. B) Un inhibidor competitivo se une a la enzima en el sitio activo, impidiendo la entrada y unin del sustrato.
B
Inhibidor
Sustrato
Enzima
Inhibicin competitiva
Sustrato
Efector alostrico
Enzima
C) Un inhibidor alostrico modifica la afinidad de la enzima por el sustrato, al unirse en un sitio distinto al sitio activo (sitio alostrico).
Sustrato
Enzima 1
Producto final
Intermediario 2 Enzima 3
Intermediario 3
Enzima 4
Producto final
ATP
Compuesto de alta energa, se produce por fosforilacin a nivel de sustrato, cadena respiratoria y fotofosforilacin.
Reacciones de xido-reduccin
Energa libre de oxidacin
Oxidacin-reduccin
Pares aceptor/donador
Aceptor de electrones O2 + 2e- O2Formacin de agua 2H+ + O2- H2O Reaccin total H2 + O2 H2O
Microorganismos
Clasificacin
Luz Fottrofas
Fuente de energa xido-reduccin Quimitrofas Compuestos orgnicos Quimioorgantrofos Fuente de carbono Compuestos orgnicos Quimioorganohetertrofos CO2 Quimioorganoauttrofos
Fuente de carbono
Compuestos orgnicos Fotohetertrofos CO2 Fotoauttrofos
Quimiohetertrofos
La clula oxida molculas orgnicas para producir energa (catabolismo) y luego la usa para sintetizar el material celular de molculas orgnicas (anabolismo). Todos los hongos y los protozoarios son hetertrofos, tambin muchas bacterias, pero slo algunas arqueobacterias.
Metabolismo central
Metabolismo central
ATP Glucosa Glucosa 6P NADPH Gluconato 6P ATP Gluconato
Pentosas P
ATP
CO2, NADPH
Gluclisis
Gliceraldehdo P ATP, NADH Fosfoenolpiruvato ATP Piruvato NADPH, CO2 Acetil CoA
Pentosa
Entner Doudoroff
Las vas del metabolismo central: gluclisis (EmbdenMeyerhof-Parnas EMP), de las pentosas fosfato y EntnerDoudoroff proveen de precursores metablicos para otras vas, como las del metabolismo de carbohidratos y cidos carboxlicos.
Las tres vas convierten por diferentes rutas la glucosa en gliceraldehdo, que es oxidado por la misma reaccin para formar piruvato.
Gluclisis
La va de la gluclisis (Embden-MeyerhofParnas EMP), se encuentra en todos los eucariontes y en muchas especies de bacterias. En la primera etapa hay gasto de 2 molculas de ATP por cada molcula de glucosa. En la segunda etapa se forman 4 molculas de ATP por fosforilacin a nivel de sustrato y 2 de NADH.
Es una reaccin en donde un compuesto con un grupo fosfato de alta energa transfiere este grupo al ADP, que se transforma en ATP.
Intermediario C ADP
Va Entner-Doudoroff
Muchos bacterias no poseen la enzima fosfofructocinasa y no pueden convertir la glucosa-6P a fructosa 1,6-bifosfato. Una va alterna es EntnerDuodoroff, en la cual la glucosa 6P es convertida a piruvato y gliceraldehdo-3-fosfato por la deshidratacin del 6-fosfogluconato para formar 2-ceto-3-desoxi-6-fosfogluconato (KDPG). Ejemplos son: Rhizobium, Agrobacterium y Pseudomonas.
Fermentacin
Se realiza en condiciones anaerobias. Emplea como aceptor de electrones a una molcula orgnica. Utiliza el NADH producido en la gluclisis. Se conserva la energa de la fosforilacin a nivel de sustrato (FNS).
+2H ATP
cido pirvico
ADP
+CO2
Acido oxaloactico +2H Acido mlico -H2O +2H Acido succinico CO2 H2 Shigella cido frmico
CO2
-CO2
Acido propionico Bifidobacterium Propionibacterium
-CO2 -CoA-SH
+4H
Butiril-S-CoA
-CoA-SH
cido Butirico
+4H
Butanol
Etanol
Malta Ceveza (Saccharomyces cerevisiae) Frutas Vino (Saccharomyces ellipsoideus) Desechos de la agricultura combustible (S. cerevisiae)
Colonche
Acido actico
Etanol Acido actico (Acetobacter aceti)
Acido lctico
Leche Yogurt y queso (Lactobacillus, Streptococcus) Granos Pan de centeno (Lactobacillus bulgaricus) Col Chucrut o Sauerkraut (Lactobacillus plantarum) Carne Salchichas (Pediococcus)
Otras fermentaciones
cido propinico y CO2. Leche Queso suizo (Propionibacterium freudenreichii) Acetona y butanol (Clostridium acetobutylicum) Glicerol (Saccharomyces cerevisiae)
El acetil-CoA se forma a partir del piruvato por la piruvato deshidrogenasa y es oxidado a CO2 en el Ciclo de Krebs.
Por cada acetil-CoA se forman 2 molculas de NADH, una de NADPH y una de FADH2, adems de un ATP por FNS.
de cidos grasos a partir del citrato. de aminocidos por transaminacin del acetoglutarato.
de purinas y pirimidinas a partir del acetoglutarato y oxaloacetato. oxaloacetato puede convertirse en glucosa por la gluconeognesis.
Fosforilacin oxidativa
NADH
e-
H+ H+
e-
Respiracin es la obtencin de energa por oxidacin de sustratos reducidos DH2 (orgnicos en quimiorgantrofas, e inorgnicos en quimiolittrofas), pero las coenzimas reducidas, como el NADH, transfieren los electrones a un aceptor final oxidado, no directamente sino a travs de una cadena transportadora de electrones al final de la cual existe un aceptor exgeno oxidado, que se reduce. Respiracin aerobia: el aceptor final es el O2. Respiracin anaerobia: el aceptor final es distinto del O2 (nitrato, sulfato, etc.).
ATP
Transporte de electrones
La transferencia de electrones se da en la direccin de mayor potencial redox positivo, con la liberacin de energa libre. La energa libre se va a traducir en un potencial electroqumico de protones, cuya disipacin a travs de ATP sintasas de membrana origina ATP, conocindose este proceso como fosforilacin oxidativa.
Transportadores de electrones
Protenas
NADH deshidrogenasas. Transfieren los e- y los H+. Flavoprotenas. Transfieren los ey los H+. Protenas de hierro y azufre. Acarreador de electrones. Citocromos. Acarreador de electrones.
No protenas
Quinonas. Transfieren los e- y los H+.
ATPasa
La ATP sintasa es una protena con una de sus fracciones embebida en la membrana y la otra en la cara citoplasmtica: Complejo cataltico F1 (subunidades a3b3ged), responsable de la interconversin de ADP+ Pi y ATP. Complejo F0 (subunidades ab2c12), responsable de la transferencia de protones a travs de la membrana.
Formacin de ATP
El movimiento de protones a travs de F0 dirige la rotacin de las protenas c, la energa es transmitida a F1 por la rotacin de las subunidades ge, esto causa una cambio conformacional en b que permite la formacin de ATP en cada subunidad. De igual modo la ATPasa es reversible generando fuerza protn motriz.
Respiracin aerobia
Fuera 2 H+ 2eFe-S Fp
Citoplasma NADH + H+
2 H+
3 H+ + O2 Cyt o
2 H+
H2O
ADP + Pi
H+
ATPasa
H+
ATP
Respiracin anaerobia
Fuera
2 H+ 2eFe-S Fp
Citoplasma
NADH + H+
Q 2 H+ 2eCyt b556
2 H+
Respiracin anaerobia
Algunos aceptores de electrones utilizados en la respiracin
Desulfovibrio Desulfuromonas
Thermoproteus
Wolinella
Geobacter
Pseudomonas
Productos
2 ATP (FNS) 2 NADH
ATP
8
2 NADH
24
Total: 38 ATP
Quimiolittrofos
Microorganismos que usan compuestos inorgnicos como fuente de energa, la mayora son aerobios y producen la energa removiendo los electrones de un sustrato y produciendo ATP por fosforilacin oxidativa, algunos son littrofos facultativos y pueden emplear los compuestos orgnicos como fuente de energa. Muchos de los littrofos son auttrofos (litoauttrofos), algunos utilizan el CO2 como nica fuente de carbono, como las bacterias metanognicas, las nitrificantes y algunas otras.
Quimiolittrofos
Grupo Bacterias del hidrgeno Bacterias del nitrgeno* Fuente de energa (reducido) Producto final (oxidado) Organismo Alcaligenes, Pseudomonas Nitrosomonas Nitrobacter Thiobacillus, Sulfolobus
H2
NH3 NO2H2S o S Fe 2+
H2O
NO2NO3SO42Fe3+
Gallionella, Thiobacillus
*El proceso de nitrificacin requiere de un consorcio de bacterias para convertir el NH3 a NO3-.
Quimiolittrofos
REACCIN H2 + O2 H2O 2Fe2+ + 2H+ +1 O2 2Fe3+ + H2O S + 1 O 2 + H2 O H2SO4 S2O32- + 2O2 + H2O 2SO42- + 2 H+ Glucosa CO2
NAD+ NADH Flavoprotena NO2Citocromos cita1 cita3 O2 H2O ADP + Pi ATP ADP + Pi ATP
NO3-
Quimiolittrofos
Quimiolittrofos
Sistemas de oxidacin del azufre. En dos sistemas los sustratos H2S, S0 y S2O32- se oxidan primero a SO32-, posteriormente el SO32- se oxida a SO42- la sulfito oxidasa o utilizando la inversin de la actividad de la enzima adenosina fosfosulfato reductasa.
Sistema Sox (sulfur oxidation). En este sistema no se forma el SO32- , parece estar formado por un sistema de citocromos.
Quimiolittrofos
Thiobacillus
Quimiolittrofos
Auttrofos
Organismos que utilizan el CO2 como fuente de carbono. El CO2 puede ser incorporado por diversas vas:
Ciclo de Krebs reverso. Bacterias verdes del azufre (Chlorobium) Va del Hidroxipropionato. Bacterias verdes (Chloroflexus) Va Acetil CoA reductiva. Bacterias acetognicas (Clostridium thermoaceticum, Acetobacterium woodii), metanognicas (Methanobacterium thermoautotrophicum) y auttrofas sulfato reductoras (Desulfobacterium autotrophicum) Ciclo de Calvin. Bacterias prpura, cianobacterias, algas, plantas verdes, muchas bacterias quimiolittrofas y algunas arqueobacterias halfilas e hipertermfilas. La fijacin es realizada por la enzima Ribulosa bifosfato carboxilasa (RubisCO) que forma acmulos llamado carboxisomas.
Ciclo de Calvin-Benson
Consta de tres fases:
Ciclo de Calvin-Benson
Fottrofos
Los organismos fottrofos convierten la energa luminosa en energa qumica para formar ATP.
Fotosntesis oxignica. Cianobacterias, algas y plantas Fotosntesis anoxignica. Bacterias prpura, verdes y heliobacterias. Fotofosforilacin no fotosntetica (mediada por el pigmento bacteriorrodopsina). Halobacterias (arquea haloflica)
Chloroflexus (bacteria verde no del azufre, Chloroflexaceae), Rhodospirillum (bacteria prpura, Rhodospirillaceae), Chlorobium (bacteria verde del azufre, Chlorobiaceae), Heliobacterium (Gram-positiva, Heliobacteriaceae), y Nostoc (cianobacteria, Nostocaceae).
Fotosntesis
Es la conversin de energa luminosa en energa qumica que puede ser usada para la formacin de material celular a partir de CO2. Es un metabolismo separado en dos componentes metablicos:
Catablico (fase luminosa), la energa solar es transformada en energa qumica. Anablico (fase oscura), involucra la fijacin de CO2 como fuente de carbono para el crecimiento celular.
Pigmentos de la fotosntesis
Clorofila (fotosntesis oxignica). Clorofilas a(430, 680 nm) y b(660 nm) Bacterioclorofila (fotosntesis anoxignica)
Pigmentos de la fotosntesis
Las ficobiliprotenas son tetrapirroles de cadena abierta acoplados a protenas cuya agregacin forma ficobilisomas. La ficoeritrobilina y la ficocianobilina son los principales pigmentos de captacin de luz (antena) en los microorganismos. Los pigmentos de ficobilina son ficoeritrina (PE, 550 nm), ficocianina (PC, 620 nm) y aloficocianina (AP, 650 nm). La energa de los fotones absorbidos por PE o PC es transmitida por AP a la clorofila a del centro de reaccin mediante un proceso conocido como transferencia de excitones.
Ficocianina
Pigmentos de la fotosntesis
Pigmentos accesorios. Carotenoides: carotenos y xantofilas.
Fotofosforilacin
Fotofosforilacin acclica
Ocurre en la fotosntesis oxignica. El donador de electrones es el agua y el aceptor final es una coenzima oxidada. Hay produccin de oxgeno.
Fotofosforilacin cclica
Ocurre en la fotosntesis anoxignica. Los donadores de electrones son principalmente: H2S, S, S2O32-. Los electrones son devueltos a la clorofila por medio de transportadores (cadena reversa).
El clorosoma
Fotofosforilacin no fotosntetica
La bacteriorrodospsina tiene conjugada una molcula de retinal (Ret). Despus de absorber un fotn de luz, Ret todo-trans (RetT) se excita y pasa a configuracin cis (RetC). Esta transformacin est acoplada a la translocacin de un H+ a travs de la membrana citoplsmica. Conforme el retinal toma otro H+ del citoplasma, regresa a su estado basal RetT y comienza el ciclo nuevamente.
La bacteriorrodopsina tiene siete hlices que comprenden toda la seccin de la membrana. El cromforo retinal todo-trans (prpura) esta unido covalentemente mediante una base de Schiff al grupo amino de una Lys. Una serie de residuos Asp y Glu, y molculas de agua asociadas aportan la va transmembranal para los protones (flechas rojas).
Reacciones biosintticas
Los intermediarios de las vas del metabolismo central son tambin intermediarios de las vas de degradacin y biosntesis de protenas y lpidos.
Prueba negativa
Prueba positiva
Agar Almidn Sustrato: Almidn (polmero de glucosa). Enzima: Amilasa (exoenzima). Producto: Glucosa. Revelador: Lugol. Fundamento: El lugol con el almidn forman un complejo color caf-prpura que desaparece cuando el almidn ha sido degradado.
Degradacin de la casena
Agar Leche Descremada Sustrato: Casena (protena). Enzima: Caseinasa (Proteasa, exoenzima). Producto: Aminocidos. Revelador: No requiere.
Prueba negativa
Prueba positiva
Fundamento: Las proteasas son excretadas al medio para la degradacin de protenas, la casena es la protena de la leche que le confiere el color blanco, cuando la casena es hidrolizada desaparece el color blanco alrededor del crecimiento microbiano.
Licuefaccin de la gelatina
Gelatina Nutritiva Sustrato: Gelatina (protena). Enzima: Gelatinasa (Proteasa, exoenzima). Producto: Aminocidos. Revelador: No requiere o puede emplearse el carbn activado en polvo.
Prueba negativa Prueba positiva
La gelatina es una protena que tiene la capacidad de gelificar, cuando es hidrolizada por la gelatinasa en los aminocidos que la componen pierde su caracterstica de gelificar. Se pueden emplear varios medios que permiten la visualizacin macroscpica como la gelatina adherida a carbn activado.
Fermentacin de carbohidratos
Medio base rojo de fenol ms carbohidrato o polialcohol, con campana de fermentacin (Durham). Sustrato: Carbohidrato o polialcohol. Va: Fermentativa. Producto: cidos orgnicos. Indicador: Cualquier indicador de pH.
Negativo/Positivo(A)/Positivo(AG)
Los compuestos de carbono (carbohidratos o polialcoholes) deben ser incorporados, algunos deben ser degradados en monmeros y transportados a la clula para ser metabolizados en condiciones anaerobias por va fermentativa. La fermentacin (degradacin) de un compuesto orgnico se observa por la acidez en el medio de cultivo y la formacin de gas capturado en la campana de fermentacin.
Fermentacin cido mixta: Los productos finales son cidos orgnicos que provocan un descenso brusco del pH inicial del medio (viraje del indicador de amarillo pH por encima de 5,1) y rojo (pH por debajo de 4,4). Estos microorganismos por cada 4 molculas de piruvato formadas, reducen dos a cido lctico y dos las metabolizan para formar cido actico y frmico; parte del acetato pasa a etanol y parte del frmico a CO2 e H2 en cantidades iguales.
Para determinar la presencia de los productos neutros (prueba de Voges-Proskauer): Se agrega un poco de a-naftol al 5% en etanol (medio adquiere aspecto lechoso), luego se le aade (KOH 40%) que desaparece el aspecto lechoso, se agita fuertemente. (Prueba positiva color rosado - violceo en la parte superior del tubo; Prueba negativa no tiene coloracin).
Oxidasa
Cultivo de medio nutritivo Sustrato: Compuesto reducido (incoloro). Enzima: Oxidasa. Producto: Compuesto oxidado (violeta). Revelador: Reactivo de Kovacs, diclorhidrato de tetrametil-pfenilendiamina (TPD) al 1%, solucin incolora. Se basa en la produccin bacteriana de una enzima oxidasa intracelular. Esta reaccin se debe a un sistema de citocromo oxidasa que activa la oxidacin del citocromo reducido por el oxgeno molecular, el que a su vez acta como un aceptor de electrones en la fase terminal del sistema de transferencia de electrones. La prueba positiva se observa por la reduccin del reactivo incoloro en pocos segundos formndose un producto colorido.