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Epidemiologia Molecolare
Antonella Agodi
Dipartimento GF Ingrassia Universit degli Studi di Catania Catania, 12 Settembre 2013
Epidemiologia
Lepidemiologia descrittiva consente di ottenere una descrizione attendibile dello stato di salute di una popolazione Risponde alle domande Chi? Dove? Quando? consente di formulare lipotesi di associazione fra fattori e malattia Lepidemiologia analitica o investigativa individua i fattori e/o le condizioni che determinano lo stato di salute o di malattia Fornisce indicazioni anche sul Perch?: verifica delle ipotesi Lepidemiologia sperimentale studia la validit delle ipotesi eziologiche e lefficacia di eventuali interventi Risponde alla domanda: Funziona?: valutazione di interventi preventivi e trattamenti terapeutici
EPIDEMIOLOGIA
Valuta la frequenza e le modalit di comparsa, la propagazione ed il meccanismo dazione di tutti quei fattori in grado di influenzare le condizioni di salute delle popolazioni umane
Esposizione
Black box
Malattia
EVOLUZIONE DELLEPIDEMIOLOGIA
Mentre nel passato la valutazione dello stato di salute aveva come unico target possibile lo stato patologico conclamato i recenti sviluppi scientifico-tecnologici e le diverse caratteristiche dei rischi hanno permesso di individuare dei marcatori biologici utili per registrare variazioni precliniche dello stato di salute
EVOLUZIONE DELLEPIDEMIOLOGIA
I progressi nel campo della biologia molecolare, della genetica, della chimica analitica e in altre scienze di base, hanno reso possibile misurare sia i contaminanti e i cancerogeni ambientali che rappresentano lesposizione negli studi epidemiologici sia i cambiamenti biologici che definiscono leffetto ad un livello di elevata definizione Questi progressi possono essere utilizzati per valutare la suscettibilit genetica attraverso la tipizzazione genotipica e altri metodi genetici e per identificare i meccanismi a livello cellulare e molecolare che, a partire dallesposizione, conducono alla malattia
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EPIDEMIOLOGIA MOLECOLARE
Esposizione
Malattia
Epidemiologia
Biologia Molecolare
Genetica
NRC, 1987
Lo schema del NRC pu essere generalizzato ad includere altre malattie mediate dallambiente e diverse dal cancro
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BIOMARCATORI
Alterazioni cellulari, biochimiche e molecolari misurabili nei tessuti, nelle cellule e/o nei fluidi biologici, e vengono convenzionalmente classificate come: misure di esposizione misure di effetto misure di suscettibilit
EPIDEMIOLOGIA MOLECOLARE
Il monitoraggio dei biomarcatori, piuttosto che quello delle malattie, nelle popolazioni umane il tema dellepidemiologia molecolare
EPIDEMIOLOGIA MOLECOLARE
La scienza che studia i fattori di rischio e protettivi intrinseci ed estrinseci - identificati a livello molecolare i loro meccanismi eziopatogenetici ed il loro ruolo nella distribuzione e controllo delle malattie nelle popolazioni e in gruppi familiari selezionati
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1. Definire accuratamente lesposizione 2. Predire loutcome di malattia 3. Identificare e misurare fattori di suscettibilit genetici o acquisiti che aumentano il rischio di malattia 4. Chiarire le interazioni cancerogeno - target e i meccanismi patogenetici
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BIOMARCATORI
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MISURARE I BIOMARCATORI
I biomarcatori possono essere misurati quantitativamente o qualitativamente metodi biochimici immunochimici citogenetici molecolari genetici
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BIOMARCATORI
Marcatori specifici sostanze chimiche che vengono determinate come tali nei tessuti o nei fluidi corporei (ad esempio metalli pesanti nei capelli) o sono costituiti dai loro metaboliti chimici rilevati nei tessuti o nei fluidi corporei (acido tricloroacetico nelle urine per lesposizione a tricloroetilene) o infine sono costituiti da addotti al DNA (addotti benzo(a)pirene in vari tessuti)
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BIOMARCATORI
Poich esposizioni a sostanze diverse a volte possono determinare gli stessi effetti, le loro misure sono considerate biomarcatori non specifici (scambi tra cromatidi fratelli, aberrazioni cromosomiche o presenza di micronuclei nei linfociti) poich indicano potenzialmente varie esposizioni che conducono allo stesso effetto biologico
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BIOMARCATORI
Marcatori a specificit intermedia sono gli amino composti urinari totali o la metaemoglobinemia per le amine aromatiche, il fenolo urinario per il benzene e altre sostanze organiche
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ESPOSIZIONE
Presenza di una certa sostanza chimica, di un fattore fisico, di un agente biologico o di un insieme di tali componenti nellambiente in cui vivono gli individui a rischio che conduce alla loro introduzione dallesterno allinterno dellorganismo
Informazioni ottenute da interviste o questionari: storia lavorativa, abitudini di vita, prossimit allincidente/esplosione, quantit di acqua consumata Non sorprende pertanto che spesso occorrano errori di classificazione degli esposti e dei non-esposti, dei pi esposti e dei meno esposti
MARCATORI DI ESPOSIZIONE
Misure dellesposizione costituite dai livelli di fattori esogeni presenti nei fluidi biologici degli individui esposti In questa categoria di marcatori vengono incluse le sostanze chimiche, i prodotti del loro metabolismo, i nutrienti e gli agenti infettivi
Evidenziano lavvenuto assorbimento della sostanza esogena allinterno dellorganismo umano I composti assorbiti possono: - mantenere la propria struttura - essere modificati per via metabolica - essere accumulati nel tessuto adiposo e/o nel tessuto osseo
Evidenziano linterazione avvenuta tra il composto assorbito ed una struttura subcellulare (addotti al DNA, alle proteine)
Gli idrocarburi policiclici aromatici (Polycyclic Aromatic Hydrocarbons PAH) sono prodotti dallincompleta combustione dei materiali organici Sorgente ambientale di PAH: forni industriali, motori a benzina e diesel, fumo di sigaretta I PAH sono cancerogeni che richiedono unattivazione metabolica per reagire con le macromolecole cellulari, il passo iniziale nel processo di cancerogenesi
I BIOMARCATORI DI EFFETTO
I marcatori di effetto sono utilizzati per predire e valutare in termini probabilistici il rischio delloutcome e cio di malattia - Marcatori di effetti biologici precoci - Marcatori di strutture e funzioni alterate il valore predittivo del biomarcatore ha un significato probabilistico
La risposta biologica definita da una modificazione biologica, biochimica e/o molecolare, nelle cellule e tessuti bersaglio, che risulta dallazione del composto esogeno e che potrebbe costituire un primo passaggio del processo patologico che conduce alla malattia
2. APPLICAZIONI
Ecotossicologia: monitoraggio del suolo e dellacqua Epidemiologia nutrizionale Biomonitoraggio ambientale Valutazione di inquinanti ambientali da siti contaminati Epidemiologia umana: valutazione dei livelli di danno al DNA in individui esposti
COMET ASSAY
double strand breaks (DSBs) single strand breaks (SSBs) alkali labile sites oxidative DNA base damage DNA-DNA/DNA-protein/DNA-Drug crosslinking DNA repair
Benzene is a recognized hematotoxicant and carcinogen that produces genotoxic damage. Benzene metabolites can produce reactive oxidative species. Mitochondrial DNA (mtDNA) copy number may be increased in response to oxidative stress to compensate for damaged mitochondria. We carried out a cross-sectional study of 40 benzene-exposed workers and 40 controls to evaluate the association between benzene exposure and mtDNA copy number. Copy number of mtDNA in leukocyte DNA was determined by real-time PCR. Compared with controls, the copy number of mtDNA increased by 4% and by 15% in workers exposed to 10 ppm (n = 20) and >10 ppm (n = 20) benzene, respectively. After adjusting for recent infection, the factor that was significantly correlated with mtDNA, the increase of mtDNA was statistically significant in the high exposed group (P 5 0.016) with a significant linear trend (P 5 0.024). Benzene exposure may induce mtDNA amplification, possibly in response to oxidative stress caused by benzene. The finding needs to be replicated by other studies.
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I biomarcatori di effetto misurano una risposta biologica quantificabile che possa essere direttamente attribuita a unesposizione C un crescente interesse per lo studio delle relazioni fra esposizioni ambientali, rischio di cancro in siti specifici e spettro mutazionale nei geni che predispongono al cancro: lesposizione a specifici cancerogeni potrebbe produrre una sorta di impronta digitale ossia un caratteristico spettro mutazionale in alcuni geni e/o codoni specifici
Da Vahakangas K, 2003
mdm2
Le mutazioni del TP53 si ritrovano (80%) allinterno del DNA binding domain della proteina
30% 273 siti hotspot 245 282
248 175
-C
(1-42; 43-62) (65-97) (102-292) (323-356) (363-393)
1% 50.8 %
2.3 % 45.4 %
80 % 82.1 %
3.4 % 36.4 %
0. 3% 72.7 %
July 2005
http://wwwhttp://www -p53.iarc.fr
I tumori con la pi alta frequenza di mutazioni del gene p53 (40-55%) sono quelli dellovaio, dellesofago, del colon-retto, della testa e del collo, e il cancro del polmone I tumori del cervello, della mammella, dello stomaco e del fegato mostrano una frequenza di mutazioni intermedia (20-35%)
MARCATORI DI MALATTIA
Sono indicatori misurabili di un evento biologico o biochimico o molecolare che rappresenta uno stadio preclinico della malattia o una sua manifestazione I marcatori tumorali vengono utilizzati per rilevare e misurare la presenza di proteine, ormoni o altre sostanze, per seguire landamento clinico di un tumore, verificando lefficacia della terapia o la fase di ripresa della malattia
MARCATORI DI SUSCETTIBILIT
Indicatori della presenza di fattori genetici preesistenti allesposizione e da questa indipendenti, ma che possono influenzare la probabilit che la malattia si sviluppi a seguito dellesposizione
Marcatori di suscettibilit
Rappresentano un gruppo di marcatori tumorali che possono conferire predisposizione al cancro Possono essere ereditati (mutazioni nelle cellule germinali), geneticamente determinati o acquisiti Sono indipendenti dallesposizione ambientale
Suscettibilit genetica
Fenomeno dellinterazione gene-ambiente Le varianti genetiche assumono in tale contesto il significato di modificatori di effetto: data una relazione causa-effetto tra lesposizione ambientale e una definita patologia, al variare di un terzo fattore si osserva un incremento (suscettibilit) o decremento (protezione) della forza dellassociazione studiata Pertanto, la popolazione esposta risulta suddivisa in due gruppi distinti, luno a pi elevato rischio genetico e laltro a minor rischio genetico di sviluppare la malattia a seguito degli stessi livelli di esposizione ambientale
Polimorfismi genetici
Il genoma umano contiene approssimativamente 3.500.000.000 pb e di queste 10.000.000 sono probabilmente differenti tra individui diversi, costituendo i cosiddetti polimorfismi genetici I polimorfismi sono variazioni nella sequenza del DNA che includono delezioni, inserzioni, sostituzioni o mutazioni diverse e generalmente sono presenti nella popolazione con una frequenza di almeno l1%
Esistono alcuni tipi di cancro dovuti interamente a cause ambientali senza nessun ruolo della predisposizione genetica 15 lavoratori esposti alla beta-naftilamina in una industria chimica inglese nel 1950: tutti hanno sviluppato un cancro alle cellule di transizione della vescica
La maggior parte dei tipi di cancro, comunque, sono probabilmente collocati in mezzo a questa scala: sono dovuti ad una interazione tra esposizione esogena e suscettibilit genetica causata da geni a bassa penetranza ma ad elevata frequenza
Marcatori di Suscettibilit
Geni a bassa penetranza ed elevata frequenza Gli enzimi di fase I, quali ad esempio gli enzimi della superfamiglia dei p450, sono coinvolti nellattivazione (usualmente tramite lossidazione) degli agenti endogeni o esogeni: sono fattori di rischio per il cancro Gli enzimi di fase II, quali ad esempio il glutatione Stransferasi (GST) sono coinvolti nella inattivazione degli intermedi ossigenati mediante un processo di coniugazione: fattori protettivi per il cancro
I polimorfismi da delezione dei geni GSTM1 e GSTT1, che in caso di omozigosi (genotipo nullo) portano allassenza dellattivit enzimatica, sarebbero capaci di rendere pi suscettibili allo sviluppo del cancro
Case 1
Case 2
Case 3
Case 4
Case 5
GSTT1
beta-globin GSTM1
Figure. GSTM1 and GSTT1 genotyping from buccal cell DNA. Case 5 is null for the GSTT1 genotype. Case 2 is null for the GSTM1 genotype
La World Health Organization (WHO), International Agency for Research on Cancer (IARC) ha classificato gli HPV in tre gruppi: carcinogenic (HPV 16 e 18) HR probably carcinogenic (HPV 31 e 33) LR possibly carcinogenic (6 e 11)
only a fraction of women with an HPV infection eventually develop cervical neoplasia (Lee et al., 2004)
fumo di sigaretta altre infezioni genitali caratteristiche del virus (alto e basso rischio) caratteristiche biologiche dellospite (recettivit epiteliale e immunoreazione)
Componente ereditaria
Alcuni studi mostrano che non esiste una relazione tra il polimorfismo del codone 72 del p53 e il CC Altri studi mostrano una sovra-espressione dellomozigosi p53Arg nel CC confrontata con leterozigosi o lomozigosi p53Pro, suggerendo che questi individui omozigoti p53Arg sono geneticamente suscettibili al CC
Lo sviluppo del cancro alla cervice un processo multistadi, in cui molti fattori genetici dellospite e fattori ambientali possono essere coinvolti; ci potrebbe spiegare la discrepanza dei risultati dei vari studi condotti sullargomento E possibile che in presenza di fattori di rischio addizionali, il contributo dei polimorfismi diventi irrilevante per lo sviluppo del cancro