Você está na página 1de 19

Ajuda arquivo para o cdigo principal do pacote ABINIT.

Este documento explica os parmetros e formato i / o necessrios para o cdigo principal (abinit) no pacote ABINIT.
O novo usurio aconselhado a ler pela primeira vez o novo guia do usurio , antes de ler o presente arquivo. Ser mais fcil para descobrir o presente arquivo com a ajuda do tutorial . Vale a pena imprimir este arquivo de ajuda, para facilitar a leitura. Quando o usurio ser suficientemente familiarizado com ABINIT, lendo o ~ abinit / doc / users / arquivo tuning.txt pode ser til (este arquivo, como muitos arquivos de documentao adicional, no est disponvel na internet, mas est disponvel no pacote) . Para os clculos de funo resposta usando abinit, o arquivo de ajuda respfn complementar ~ abinit / doc / users / respfn_help.html necessrio.
Copyright (C) 1998-2013 grupo ABINIT (DCA, XG) Este arquivo distribudo sob os termos da GNU General Public License, ver ~ abinit / cpia ou http://www.gnu.org/copyleft/gpl.txt . Para as iniciais dos contribuintes, ver ~ abinit / doc / developers / contributors.txt.

Ir para: casa ABINIT Pgina | reconhecimentos sugeridas | Lista de variveis de entrada | home page Tutorial | Bibliografia Arquivos de ajuda: guia Novo usurio | ABINIT (principal) | ABINIT (respfn) | Mrgddb | Anaddb | AIM (Bader) | Cut3D | ptica | Mrgscr

Contedo do arquivo de ajuda.


1. Como executar o cdigo 1.1. Apresentando o arquivo de arquivos. 1.2. Executando o cdigo 2. O referencial terico subjacente e algoritmos 3. O arquivo de entrada 3.1. Formato de arquivo de entrada. 3.2. Mais informaes sobre as variveis de entrada ABINIT. 3.3. O modo multi-conjunto de dados 3.4. Definio de uma srie 3.5. A definio de um conjunto de dados de lao duplo 3.6. Os nomes dos arquivos no modo multi-conjunto de dados 4. O arquivo de arquivos 5. Os arquivos pseudopotencial 6. Os diferentes arquivos de sada 6.1. O arquivo de log 6.2. O arquivo de sada principal 6.3. Mais informaes sobre o arquivo de sada principal 6.4. O cabealho 6.5. O arquivo de sada densidade 6.6. Os arquivos de potenciais 6.7. O arquivo de sada da funo de onda 6.8. Outros arquivos de sada 6.9. Controle da produo, no caso paralelo 7. Qualidade numrica dos clculos 8. Consideraes finais

1. Como executar o cdigo


1.1. Apresentando o arquivo de arquivos.

1.1. Apresentando o arquivo de arquivos. Dado um arquivo de entrada (parmetros descritos abaixo) e os arquivos pseudopotencial necessrios, o usurio deve criar um arquivo de "arquivos", que lista os nomes dos arquivos de trabalho vai exigir, inclusive o arquivo de entrada principal, o arquivo de sada principal, nomes de raiz para outra entrada, sada ou arquivos temporrios, e nomes de arquivo diferentes pseudopotencial. O arquivo de arquivos (chamado por exemplo ab.files) poderia parecer:
a b _ i n a b _ o u t a b i a b o t m p 1 4 s i . p s p

Neste exemplo: - O arquivo de entrada principal chamado de "ab_in." - A sada principal ser colocado no arquivo chamado "ab_out." - O nome da funo de onda de entrada (se houver) ser construda a partir da raiz "abi" ( nomeadamente abi_WFK, ver mais adiante). - As funes de onda de sada sero gravados abo_WFK. Outros arquivos de sada pode ser construdo a partir desta raiz. - Os arquivos temporrios ter um nome que usam a raiz "tmp". (Por exemplo tmp_STATUS). - O pseudopotential necessrio para este trabalho "14si.psp." Outros exemplos so dados em subdiretrios do diretrio de testes abinit ~ /. O comprimento mximo de nomes para os principais arquivos de entrada ou de sada atualmente 132 caracteres. Ele de 112 caracteres para as cordas de raiz, uma vez que ser complementada por diferentes cadeias de caracteres. Se voc seguir o tutorial, voc deve voltar para a janela do tutorial agora.

1.2. Executando o cdigo Os principais arquivos executveis so chamados abinit. H uma breve introduo ao uso de abinit em um ambiente paralelo na ~ abinit / doc / users / arquivo paral_use.txt. Supondo que o arquivo "files" chamado ab.files, e que o executvel colocado no seu diretrio de trabalho, abinit executado de forma interativa (em Unix) com o comando abinit <ab.files> & log ou, no fundo, com o comando abinit <ab.files> & log & onde o padro e erro padro so canalizados para o arquivo de log chamado "log" (tubulao do erro padro, graas ao 'e' assinar colocado aps '>' realmente importante para a anlise de eventuais falhas, quando no devido a ABINIT, mas com outras fontes, como o disco problema completo ...). O usurio pode especificar os nomes que ele / ela deseja para qualquer um desses arquivos. Variaes dos comandos acima podem ser necessrias, dependendo do sabor de UNIX, que usado na plataforma, que considerada para a execuo do cdigo. Se voc seguir o tutorial, voc deve voltar para a janela do tutorial agora.

2. O referencial terico subjacente e algoritmos


Consulte a seo " bibliografia de arquivo ". Os mtodos utilizados na presente cdigo de computador para resolver o problema de estrutura electrnica so descritos em parte, na avaliao papis diferentes, bem como papis de pesquisa. O cdigo uma implementao da Aproximao da Densidade Local para a Teoria do Funcional da Densidade, com base em uma onda plana conjunto de base e pseudopotenciais separveis. O algoritmo iterativo de minimizao uma combinao de otimizao fixa potencial preconditioned conjugado gradiente de funo de onda e uma escolha de diferentes algoritmos para a atualizao do potencial, um dos quais um algoritmo de gradiente conjugado potencial-based. A representao de potencial, densidade e wavefunctions em espao real ser feito em uma grade regular de 3D pontos. O espaamento ser determinada pela energia de corte (ver a varivel de entrada " eCut ") da base planewave no espao recproco.

espaamento ser determinada pela energia de corte (ver a varivel de entrada " eCut ") da base planewave no espao recproco. Esta grade de pontos tambm ser o ponto de partida Fast Fourier Transforma entre o espao real e recproco. O nmero de tais pontos, chamados " ngfft ", deve ser suficientemente grande de uma representao adequada das funes, mas no muito grande, por razes de eficincia computacional. O trade-off entre preciso e eficincia computacional est presente em muitos lugares do cdigo, e se dirigiu rapidamente para o final do presente arquivo de ajuda. Recomendamos uma boa introduo para muitos conceitos diferentes vlidas para este cdigo, disponvel em Avaliaes do artigo de Fsica Moderna, `` iterativo tcnicas de minimizao para clculos ab initio de energia total: dinmica molecular e conjugadas gradientes '', MC Payne, MP Teter, DC Allan, TA Arias, e JD Joannopoulos, Rev. Mod. Phys. 64, 1045-1097 (1992) . Este artigo no reflete o estado atual do cdigo. ABINIT est mais prximo em esprito para o papel de de Kresse e Furthmuller, consulte a bibliografia lista. Se voc nunca usou um outro cdigo de estrutura eletrnica ou um pacote de Qumica Quntica, voc deve percorrer as Chaps. 1 a 13, e apndices L e M do livro Estrutura Eletrnica. Teoria bsica e mtodos prticos. RM Martin. Cambridge University Press (2004) ISBN 0 521 78285 6.

3. O arquivo de entrada
3.1. Formato de arquivo de entrada. Note que este arquivo de entrada foi chamado ab_in no exemplo da seo 1.1 . Primeiro explicar o contedo do arquivo de entrada sem o uso da possibilidade "multi-conjunto de dados" (que ser explicado na seo 3.3 ). Os parmetros so de entrada para o cdigo a partir de um nico arquivo de entrada. Cada valor de parmetro fornecido, dando o nome da varivel de entrada e, em seguida, colocando o valor numrico (s) ao lado do nome, separadas por um ou mais espaos, ou mesmo um sinal de igual (sinais iguais so substitudos por espaos em branco pelo analisador). Dependendo da varivel de entrada, o valor numrico pode ser um nmero inteiro ou um nmero real (representao interna como nmero de preciso dupla), e pode realmente representar uma matriz de valores. Se ela representa uma matriz, o prximo conjunto de nmeros separados por espaos so tidos como os valores para a matriz. No separe um sinal negativo a partir do nmero a que se aplica. No use guias. NOTA que nenhuma linha do arquivo de entrada pode exceder PERSONAGENS 132. Ou seja, apenas os primeiros 132 caracteres de cada linha do arquivo de entrada ser lido e analisado para as variveis de entrada e seus valores. Os nomes de todos os parmetros podem ser encontrados na variveis de entrada de ficheiro. A lista de variveis de entrada presentes no ltimo arquivo de liga-los a suas definies, contidos em arquivos diferentes, por exemplo: Variveis bsicas, VARBAS Variveis Developpement, VARDEV Arquivos variveis de manipulao, VARFIL Geometria + builder variveis relacionadas simetria, VARGEO Variveis de clculo do estado fundamental, VARGS Variveis GW, VARGW Variveis internas, VARINT Variveis paralelizao, VARPAR Variveis Onda Projetor-Aumentada, VARPAW Variveis de funo de resposta, VARRF Variveis de otimizao da estrutura, VARRLX Variveis fonctions Wannier, VARWAN No ficheiro de entrada real, estes parmetros podem ser fornecidas em qualquer ordem desejada, e mais de um pode ser administrado por linha. Os espaos so usadas para separar os valores e espaos adicionais so ignorados. Um exemplo de como entrada, o parmetro de escalas de comprimento chamado de " acell "e uma matriz acell (3) para os comprimentos das tradues primitivas em unidades atmicas Bohr. Para introduzir um tpico Si estrutura do diamante seria ter a linha a c e l l1 0 , 2 5 3 1 11 0 , 2 5 3 1 11 0 , 2 5 3 1 1 no arquivo de entrada. Isto pode ser escrito equivalentemente a c e l l3*1 0 , 2 5 3 1 1

a c e l l3*1 0 , 2 5 3 1 1 e ainda ser analisado correctamente: equivalente linha de cima. Mesmo a c e l l*1 0 , 2 5 3 1 1 vai funcionar. Neste ltimo caso, o '*' sinal significa que o analisador deve usar o valor dado para encher a matriz, repetindo-a tantas vezes quantas as necessrias. espaos mltiplos so ignorados, assim como qualquer texto que no contm a sequncia de caracteres que correspondam a alguns parmetros de entrada. No caso de matrizes, apenas as quantidades necessrias sero consideradas, sendo que as eventuais nmeros aps os necessrios tambm sero ignorados. Por exemplo, a n a t o m3#I s t od on m e r od e t o m o sd et y p a t11223#t y p a t( 1 :n a t o m )d ot i p od e c a d a t o m o :s #t r sp r i m e i r o sd a d o ss ol i d o s ,d e s d en a t o m=3

A dada varivel identificada pelo analisador por ter pelo menos um em branco antes e depois dele (mais uma vez, vrios espaos em branco so irrelevantes). ABINIT tambm alguns (muito limitada) capacidade de intrprete: Ele pode identificar um sinal de barra (/) deve ser colocada entre dois nmeros (sem uma placa de separao) como sendo a definio de uma fraco (por exemplo, 1/3 ser interpretado como 0.33333333333333d0); Pode identificar sqrt (...) ou-sqrt (...) como sendo a definio de uma raiz quadrada, quando aplicado a um nmero vlido - tambm sem um branco separando - (por exemplo,-sqrt (0,75) ser interpretado como -0.8660254038d0); Observe, entretanto, que esses recursos no so recursiva. No mximo, um identificador sqrt pode conter uma expresso que utiliza uma fraco (por exemplo, sqrt (3/4), OK), mas duas fraces (ou dois sqrt) no podem ser utilizados, de uma expresso e uma sqrt no pode estar presente no numerador ou denominador de uma frao. Os comentrios devem ser colocados direita dos caracteres de comentrio # ou! , Qualquer coisa para o direito de um "#" ou um "!" em qualquer linha simplesmente ignorado pelo parser. O texto adicional, no precedido por um "#" ou um "!" de outra forma no causar problemas, a menos que o texto continha inadvertidamente cadeias de caracteres, que eram os mesmos que os nomes das variveis ( por exemplo, " acell "). Os caracteres "#" ou "!" tambm pode ser usado para "armazenar" antigos valores de variveis local ou qualquer outra coisa de convenincia para o arquivo de tal forma que seja ignorado pelo analisador, quando os dados so lidos. caso irrelevante como toda a cadeia de entrada mapeado para cima caso antes da anlise, para remover maisculas e minsculas. Mais de um parmetro por linha pode ser dada. Se um determinado nome de parmetro dado mais de uma vez no arquivo de entrada, uma mensagem de erro impressa eo cdigo pra. Se voc seguir o tutorial, voc deve voltar para a janela do tutorial agora.

3.2. Mais informaes sobre as variveis de entrada ABINIT. Em cada seo das variveis de arquivos de entrada ABINIT, uma informao genrica sobre a varivel de entrada dado: a mnemnica, algumas "caractersticas", o tipo de varivel, eo padro. Em seguida, segue a descrio da varivel. A mnemnica indicada quando disponvel. As "caractersticas" podem ser de diferentes tipos: DESENVOLVER , RESPFN , GW , GEOMETRIA CONSTRUTOR , SYMMETRISER , SIMETRIA FINDER , NO MULTI , INTERNO , NO INTERNO , EVOLUO , ENERGY , DISTNCIA . Vamos agora explicar cada uma dessas classes. " DESENVOLVER "refere-se a variveis de entrada que no so usados em ciclos de produo, mas apenas durante o perodo de desenvolvimento. Para no desenvolvedores, altamente recomendvel para ignor-los. Algumas variveis de entrada so relacionados s caractersticas da funo de resposta, e so indicados " RESPFN . Explicaes detalhadas relativas s caractersticas da funo de resposta podem ser encontradas no arquivo de ajuda respfn complementar ~ abinit / doc / users / respfn_help.html . As iniciais RF so usados para 'funo de resposta', e no de funo de resposta so muitas vezes referida como GS (para-estatal terra), embora esta ltima designao no muito satisfatrio. Algumas variveis de entrada so relacionados s caractersticas da funo de resposta, e so indicados " GW ". No arquivo de ajuda complementar ainda prevista GW clculos. Por favor, consulte o tutorial GW. H tambm os parmetros relacionados com o construtor geometria, um pr-processador do arquivo de entrada, que visa facilitar o trabalho do usurio quando h molculas a serem manipulados (rotao e translao), ou grupo de tomos que ser repetidos. A indicao GEOMETRIA CONSTRUTOR ' dada por eles. Estes tambm podem ser ignorada para os primeiros passos na utilizao do cdigo. facto, ele deve ser fcil de estabelecer a geometria dos sistemas com menos de 20-40 tomos sem este construtor geometria . Mesmo para sistemas maiores, suas funcionalidades poderia, eventualmente, ser de nenhuma ajuda. Para uma descrio passo-

Mesmo para sistemas maiores, suas funcionalidades poderia, eventualmente, ser de nenhuma ajuda. Para uma descrio passoa-passo deste construtor geometria, olhe para a varivel ' nobj . As variveis de entrada relacionadas sendo usados para prprocessamento do arquivo de entrada, eles no encontram eco no arquivo de sada. Como alternativa para o construtor de geometria, existe tambm uma symmetriser. Ele permite gerar o conjunto de tomos na clula primitiva a partir do conhecimento das operaes de simetria e os tomos na clula assimtrico. Tambm permite gerar as operaes de simetria a partir do conhecimento do nmero do grupo de espao de acordo com as tabelas de cristalografia internacionais. A indicao SYMMETRISER ' dada para as variveis relacionadas ao seu uso. Olhe para a varivel ' SPGroup . Voc pode encontrar no grupo espacial ajudar arquivar o cristalogrfica equivalncia dos parmetros pertencentes symmetriser. As variveis de entrada relacionadas sendo usados para pr-processamento do arquivo de entrada, eles no encontram eco no arquivo de sada. Ainda como uma alternativa para o construtor de geometria e o symmetriser, se todas as coordenadas dos tomos so dadas, o cdigo capaz de deduzir todas as operaes de simetria que saem da trelia e sublattices atmicas invarivel, ver ' SIMETRIA FINDER '. Note-se que a tolerncia predefinida sobre as coordenadas que so fornecidos pelo utilizador, para uma simetria de ser reconhecido, da ordem de 1.e-8. Se as coordenadas fornecidas so bastante impreciso, ABINIT no reconhecer a simetria, a menos que a varivel de entrada tolsym alterado. A maioria das variveis pode ser usado no modo multi-conjunto de dados (ver seco 3.3 ), mas aqueles que devem ter um valor nico em todos os conjuntos de dados so assinalados com a indicao " NO MULTI ' Algumas das variveis de entrada, com as caractersticas dos INTERNO NO "so utilizados apenas pelo analisador, para inicializar outras variveis de entrada, mas no so transmitidos dentro do cdigo, alm do analisador. Em particular, ther no encontram eco no arquivo de sada. Em desacordo, algumas variveis internas, com characteriastics " INTERNO "esto documentadas nos arquivos de ajuda, mas no so acessveis como variveis de entrada. A documentao est disponvel porque essas variveis so, por vezes, mencionado no arquivo de sada. A maioria das variveis de entrada no se altera enquanto a execuo realizada. Alguns deles, pelo contrrio, pode evoluir, assim como as posies atmicas, as velocidades atmicas, a forma da clula, e os nmeros de ocupao. Seu eco, aps a corrida prosseguiu, vai, naturalmente, difere do seu valor de entrada. Eles so sinalizadas pela indicao ' EVOLUO '. A utilizao do sistema de unidade atmica (por exemplo, o mtodo de Hartree de energia, cerca de 27,211 eV, e de Bohr para comprimentos de cerca de 0.529 Angstroms) rigorosamente aplicada dentro do cdigo. No entanto, a dimenso de algumas variveis de entrada pode ser especificada e ler correctamente. Actualmente, esta aplica-se a dois tipos de variveis: as que tm a dimenso de uma energia e aqueles que tm uma dimenso de comprimento. A primeira classe de variveis tm "as caractersticas ENERGIA ', e pode ser especificado em unidades atmicas (Hartree), ou eltron-volts, ou Rydbergs, ou mesmo Kelvin. A segunda classe de variveis tm "as caractersticas DISTNCIA ', e pode ser especificado em unidades atmicas (Bohr) e angstrom. O analisador abinit reconhecer uma dimenso se for especificado depois que a lista de nmeros aps a palavra-chave varivel de entrada, no arquivo de entrada. A especificao pode ser maiscula ou minscula, ou uma mistura destes. Aqui est a lista de cadeias de caracteres reconhecidos: 'Ry' => Rydberg (para as energias) 'EV' => eltron-volts (para as energias) 'K' => Kelvin (para as energias) 'Angstr ...' => Angstrom (para comprimentos) Excepto no caso de Angstr ', a abreviatura deve ser utilizado (isto ,' Rydberg 'no ser reconhecido actualmente). Outras cadeias de caracteres, como "au" (para unidades atmicas) ou "Hartree" ou "Bohr" no so reconhecidas, mas fazer o parser escolher (por padro) unidades atmicas, o que o comportamento correto. Exemplo:
a c e l l888a n g s t r o m e C u t8R y t s m e a r1 0 0 0K

ou
a c e l l3*1 0B o h re C u t2 7 0e Vt s m e a r0 , 0 1

A utilizao das unidades atmicas obrigatrio para outras variveis de entrada dimensionadas, como a tolerncia das foras ( toldff ), parmetros que definem um "objecto" ( objaax, objbax , objatr, objbtr ) ea velocidade inicial de tomos ( Vel - se necessrio). As posies atmicas iniciais podem ser introduzidos no Bohr ou Angstrom atravs de " xcart ', mas tambm, de forma independente, em Angstrom atravs de " xangst ", ou mesmo em coordenadas reduzidas, atravs de" xred . Coordenadas cartesianas reduzida deve ser usado para eventuais tradues que acompanham operaes de simetria ( tnons ).

cartesianas reduzida deve ser usado para eventuais tradues que acompanham operaes de simetria ( tnons ). Alm de dar as variveis de entrada , o arquivo de entrada pode ser til para uma outra finalidade: colocar a palavra " exit "na linha superior far com que o trabalho para acabar com problemas na muito prxima iterao, se o chkexit varivel de entrada diferente de zero . Isso funciona porque o programa fecha e reabre o arquivo de entrada em cada iterao e verifica a linha superior para a palavra-chave "exit". A palavra deve ser colocado com espaos (BRANCO) em ambos os lados. Assim, colocando a sada na linha superior do arquivo de entrada enquanto o trabalho estiver sendo executado forar o trabalho para acabar com problemas na muito prxima iterao. Em algumas mquinas, isso no funciona sempre (no sei porqu ...). Outra possibilidade oferecido: pode-se criar um arquivo chamado "abinit.exit" no diretrio onde o trabalho foi iniciado. O cdigo tambm deve terminar sem problemas. Em ambos os casos, a paragem no imediata. Isso pode levar uma frao significativa (cerca de 20%, no mximo) de um passo SCF para executar corretamente as instrues ainda necessrios. Se voc seguir o tutorial, voc deve voltar para a janela do tutorial agora.

3.3. O modo multi-conjunto de dados. At agora, assumimos que o usurio deseja fazer clculos correspondentes a um conjunto de dados: por exemplo, a determinao da energia total para alguma geometria, com um conjunto de ondas planas e um conjunto de k-pontos. Muitas vezes, necessrio para refazer os clculos para diferentes valores de um parmetro, deixando todas as outras coisas iguais. Como exemplos tpicos, dispomos de convergncia necessrios estudos para determinar qual de corte de energia d a preciso necessria. Em outros casos, efectua-se cadeias de clculos, a fim de calcular a estrutura de banda: um primeiro clculo auto-consistente da densidade e potencial, ento o clculo eigenenergy ao longo de linhas diferentes. Para esse efeito, o conjunto de dados multi-modo foi implementado. Ele permite que o cdigo de tratar, em uma corrida, diferentes conjuntos de dados, e encade-los. O nmero de conjuntos de dados a ser tratado especificada pela varivel ndtset Contudo, os ndices de os conjuntos de dados por defeito (1, 2, 3, e assim por diante) pode ser eventualmente fornecido por a matriz jdtset . Para cada conjunto de dados a ser tratada, caracteriza-se por algum ndice, cada varivel de entrada ser determinado pelas seguintes regras (na verdade, mais fcil de entender quando se olha para exemplos, veja abaixo): (1) ABINIT olha se o nome da varivel (por exemplo, eCut ), anexado com o ndice do conjunto de dados (por exemplo, jdtset = 2), existe (por exemplo, "ecut2"). Vai levar os dados que segue esta palavra-chave, se ele existir. (2) Se este nome varivel modificada no existe, ele vai olhar se um metacharacter, uma srie ou um conjunto de dados de circuito duplo foi definido, ver seces 3.4 ou 3.5 . (3) Se o nome da varivel anexado com o ndice do conjunto de dados no existe, e se no houver nenhuma srie, nem conjunto de dados double-loop para esta palavra-chave, ele procura por uma ocorrncia do nome da varivel, sem qualquer ndice anexado, e tomar o correspondente dados. (Isto corresponde ao conjunto de dados de modo nico) (4) Se tais ocorrncias no existir, ele assume o valor padro. (Alm disso, similar ao modo de conjunto de dados nico)
P r i m e i r oe x e m p l o . n d t s e t2 a c e l l888 e c u t 11 0 e c u t 21 5

significa que existem dois conjuntos de dados: uma primeira em que


a c e l l8881 0e C u t

tem de ser usado, e uma segunda em que


a c e l l8881 5e C u t

tem de ser usado.


S e g u n d oe x e m p l o n d t s e tj d t s e t245 a c e l l888 a c e l l 51 01 01 0 e c u t 11 0 e c u t 21 5 e c u t 32 0 e c u t 42 5

e c u t 42 5 e c u t 53 0

isto significa que ainda h dois conjuntos de dados, mas agora caracterizado por os ndices 4 e 5, de modo que a primeira execuo usar o genrico "acell", e "ecut4":
a c e l l8882 5e C u t

e a segunda execuo usar "acell5" e "ecut5":


a c e l le C u t1 01 01 03 0

Note-se que ecut1, ecut2 ecut3 e no so utilizados.

3.4. Definindo uma srie. Regra (2) dividido em trs partes: (2a), (2b) e (2c). Series relacionar com (2b): (2b) Se o nome da varivel anexado com o ndice do conjunto de dados no existe, o cdigo parece se uma srie foi definido para esta palavra-chave. Existem dois tipos de sries: srie aritmtica (constante incremento entre os termos da srie) srie geomtrica (constante relao entre termos da srie) O primeiro termo da srie definida por uma palavra-chave anexado com um de dois pontos (por exemplo, eCut: ), ao passo que o acrscimo de uma srie aritmtica definida por uma palavra-chave anexado com um sinal positivo (p. ex eCut + ), e o factor de uma srie geomtrica definido por uma palavra-chave anexado com um vezes (por exemplo eCut * ). Se o ndice da base de dados 1, o primeiro termo da srie usado, enquanto que para um ndice de N, os dados de entrada apropriados obtido considerando-se o termo de ensima srie.
3e x e m p l o n d t s e t6 e c u t 11 0 e c u t 21 5 e c u t 32 0 e c u t 42 5 e c u t 53 0 e c u t 63 5

equivalente a
n d t s e t6e C u t :1 0e C u t+5

Em ambos os casos, h seis conjuntos de dados, com valores crescentes de eCut .

3.5. A definio de um conjunto de dados de lao duplo Para definir um conjunto de dados double loop, um tem que primeiro definir o limite superior de dois contadores de loop, graas varivel udtset . A espira interna ir executar a partir de 1 a udtset (2), e a espira externa ser executada a partir de 1 a udtset (1). Note-se que o maior valor para o udtset (1) presentemente o 999, ao mesmo tempo que est a 9 para udtset (2) (modo, apenas o ltimo dgito do ciclo interior). O valor da ndtset deve ser coerente com udtset (que deve ser igual ao produto u d t s e t( 1 )*u d t s e t( 2 )). Um ndice de conjunto de dados criado pela concatenao do ndice espira externa e o ndice de loop interno. Por exemplo, se udtset (1) de 2 e udtset (2) de 4, o ndice ir assumir os seguintes valores: 1 1 ,1 2 ,1 3,1 4 ,2 1 ,2 2 , 2 3 ,e2 4. Independentemente da utilizao de udtset , as regras de (2a) e (2c) vai ser utilizado para definir o valor de uma varivel de entrada:

entrada: (2a) O ponto de interrogao " ? " pode ser usado como um metacaracter, substituindo qualquer algarismo de 1 a 9, para definir o ndice de um conjunto de dados. Por exemplo, ? Ecut 1 significa que o valor de entrada que se segue pode ser usado para eCut para os conjuntos de dados 0 1 , 1 1 ,2 1,3 1 ,4 1 ,5 1 ,6 1 ,7 1 ,8 1 ,e9 1. (2c) Se o nome da varivel anexado com o ndice do conjunto de dados no existe, o cdigo parece se uma srie de circuito duplo foi definido para esta palavra-chave. Srie pode ser definido para o ndice loop interno ou o ndice de loop externo. Dois sinais ser anexado ao nome da varivel (em vez de uma, no caso sries simples). Um desses sinais deve ser um sinal de interrogao " ? ", mais uma vez usado como um metacaracter poder assumir os valores de 1-9. Se for encontrada na primeira das duas posies, significa que a srie no se preocupa com o exterior ndice de ciclo (de modo que os valores gerados so iguais para todos os valores do ndice de loop externo). Se for encontrado na segunda das duas posies, a srie no se preocupa com o ndice de loop interno. O outro pode ser um sinal de dois pontos, um ou mais vezes, tal como no caso da srie definida em (2a) , com o mesmo significado. Rule ( 1 ) tem precedncia sobre eles, eles tm precedncia sobre as regras ( 3 ) ou ( 4 ), o Estado ( 2a ) tem precedncia sobre as regras (2b) ou (2c) e os dois ltimos no podem ser usados simultaneamente para a mesma varivel.
4e x e m p l o n d t s e t623u d t s e t a c e l l 1 ?1 01 01 0 a c e l l 2 ?1 51 51 5 e C u t : ?5e C u t+1

equivalente a
n d t s e tj d t s e t61 11 21 32 12 22 3 a c e l l 1 11 01 01 05e c u t 1 1 a c e l l 1 21 01 01 06e c u t 1 2 a c e l l 1 31 01 01 07e c u t 1 3 a c e l l 2 11 51 51 55e c u t 2 1 a c e l l 2 21 51 51 56e c u t 2 2 a c e l l 2 31 51 51 57e c u t 2 3

Mais exemplos podem ser encontrados no diretrio ~ abinit/tests/v1, casos 59 e depois.

3.6. Nomes de arquivos no modo multi-conjunto de dados. Os nomes de raiz para os arquivos de entrada e sada (potencial, densidade, wavefunctions e assim por diante) recebero um apndice: " _DS 'seguido pelo ndice do conjunto de dados. Veja a seo 4 . Os obter variveis " pode ser usado para os clculos da cadeia. At agora, h oito deles: getwfk , getwfq , getddk , get1wf , getden , GetCell , getxred e getxcart . getwfk permite tomar as funes de onda de um conjunto de dados de sada anterior e us-los como funes de onda de entrada getwfq , getddk e get1wf fazer coisas semelhantes para o clculo da funo de resposta getden faz o mesmo para a densidade; GetCell faz o mesmo para acell e rprim getxred e getxcart fazer o mesmo para as posies atmicas, tanto em coordenadas reduzidas, ou em coordenadas cartesianas. As diferentes variveis correspondentes a cada conjunto de dados so repetidas usando a mesma conveno de indexao como para o passo de entrada. Para o ltimo eco das variveis de cdigo, algumas variveis de sada tambm so resumidas, usando as mesmas convenes: etotal (energia total) fcart (foras cartesiano) strten (o tensor stress). Se voc seguir o tutorial, voc deve voltar para a janela do tutorial agora.

4. O arquivo "files"
Nota: Este arquivo de "arquivos" chamado ab.files na seo 1.1 . Contm os nomes de ficheiros ou de raiz necessrios para construir nomes de arquivo. Eles esto listados abaixo: existem 5 nomes ou nomes de raiz para entrada, sada e temporrios, e, em seguida, uma lista de pseudopotenciais. Esses nomes podem ser fornecidos a partir da unidade 05 interativamente durante a corrida, mas so mais tipicamente fornecida por tubagem de um arquivo no unix (o arquivo "Arquivos"). ab_in Matrcula de arquivo contendo os dados de entrada, descritas nas sees precedentes. ab_out nome do arquivo principal em que a sada formatada ser colocado (o arquivo de sada principal). As mensagens de erro e outros diagnsticos no ser colocado neste arquivo, mas enviado para a unidade 06 (terminal ou arquivo de log), a 06 de sada da unidade pode ser ignorado a menos que algo vai mal. O cdigo repete um monte de informaes para tanto unidade 06 e para o arquivo de sada principal. A 06 de sada da unidade se destina a ser descartado se a execuo for concluda com sucesso, o arquivo de sada principal manter o registro da corrida em um formato mais bonito. abi Os outros arquivos lidos pelo cdigo ter um nome que construdo a partir da raiz "abi". Isso se aplica a ler opcionalmente funo de onda, densidade ou arquivos em potencial. No modo multi-conjunto de dados, esta raiz ser complementado por ' _DS 'eo ndice de conjunto de dados. A lista de possveis arquivos de entrada, com o seu nome criado a partir da raiz "abi" a seguinte (uma lista semelhante existe quando ' _DS 'eo ndice de conjunto de dados so anexados ao' abi): abi_WFK nome do arquivo contendo os coeficientes de funo de onda de entrada criados a partir de uma corrida mais cedo (com nqpt = 0). Sero abertas e lidas se irdwfk 1. O arquivo de funo de onda no est formatado e pode ser muito grande. Aviso : no modo multi dataset, se getwfk diferente de zero, um arquivo wavefunction construir a partir abo ser lido. abi_WFQ nome do arquivo contendo os coeficientes de funo de onda de entrada criados a partir de uma corrida mais cedo (com nqpt = 1), conforme necessrio para o clculo da funo de resposta. O arquivo de funo de onda no est formatado e pode ser muito grande. Aviso : no modo multi dataset, se getwfk diferente de zero, um arquivo wavefunction construir a partir abo ser lido. abi_1WFxx nome de arquivo contendo entrada wavefunctions primeira ordem criado a partir de uma corrida antes RF. xx o ndice da perturbao abi_DEN nome do arquivo que contm a densidade criada a partir de uma corrida mais cedo. Ver as explicaes relacionadas com os valores negativos de iscf . Este arquivo tambm formatado. Aviso : no modo multi dataset, se getwfk diferente de zero, um arquivo de densidade de construo de abo ser lido. abi_HES nome do arquivo que contm uma juta aproximado, para eventual (re) inicializao de Broyden minimizao. Veja brdmin.F90 rotina. O uso de restartxf o preferido. abo Exceto "ab_out" e "log", os outros arquivos gravados pelo cdigo ter um nome que construdo a partir da raiz "abo". Isso se aplica a funo de onda opcionalmente escrito, densidade, potencial ou densidade de arquivos estados. No modo multi-conjunto de dados, esta raiz ser complementado por' _DS 'eo ndice de conjunto de dados. Tambm no modo multi-conjunto de dados, a raiz "abo" pode ser usado para construir o nome de entrada de arquivos, graas s variveis 'get' . A lista de possveis arquivos de sada, com o seu nome criado a partir da raiz 'abo' o seguinte (uma lista semelhante existe quando ' _DS 'eo ndice de conjunto de dados so anexados ao' abo '): abo_WFK Matrcula de arquivo contendo os coeficientes de funo de onda de sada, se nqpt = 0. O arquivo de funo de onda no est formatado e pode ser muito grande. abo_WFQ Igual abo_WFK , mas para o caso nqpt = 1. As funes de onda so sempre de sada, quer com o nome abo_WFK , ou com o nome abo_WFQ . abo_1WFxx mesmo que abo_WFK , mas para funes de onda de primeira ordem, xx o ndice da perturbao, consulte a seo 6.3 do arquivo respfn_help.html.

abo_DDB O banco de dados derivado, produzido por um conjunto de dados, funo de resposta, consulte a seo 6.5 do arquivo respfn_help.html. abo_DEN nome do arquivo que contm a densidade, no caso ionmov = 0. Veja a palavra-chave prtden . Este arquivo no est formatado, mas pode ser lido por cut3d. abo_TIMx_DEN nomes de arquivos que contenham densidade, no caso ionmov / = 0. O valor de "x" depois de " TIM " descrito a seguir. Veja a palavra-chave prtden . Este arquivo no est formatado, mas pode ser lido por cut3d. abo_POT nome do arquivo que contm o potencial de Kohn-Sham Veja a palavra-chave prtpot . Este arquivo no est formatado, mas pode ser lido por cut3d. abo_TIMx_POT nomes de arquivos que contenham potencial de Kohn-Sham, no caso ionmov / = 0. O valor de "x" aps "TIM" descrito a seguir. Veja a palavra-chave prtpot . Este arquivo no est formatado, mas pode ser lido por cut3d. abo_DOS nome de arquivo contendo densidade de estados. Veja a palavra-chave prtdos . Este arquivo est formatado. abo_TIMx_DOS nomes de arquivos contendo a densidade de estados, no caso prtdos = 2 e ionmov = 1 ou 2. O valor de "x" aps "TIM" descrito a seguir. Veja tambm a palavra-chave prtdos . Este arquivo est formatado. abo_GEO nome do arquivo que contm a anlise geomtrica (comprimentos de ligao e ngulos de ligao) no caso ionmov = 0. Veja a palavra-chave prtgeo . Este arquivo est formatado. abo_TIMx_GEO nomes de arquivos contendo a anlise geomtrica (comprimentos de ligao e ngulos de ligao) no caso ionmov = 1 ou 2. O valor de "x" aps "TIM" descrito a seguir. Veja tambm a palavra-chave prtgeo . Este arquivo est formatado. abo_CML.xml nome do arquivo que contm a descrio Chemical Markup idioma do sistema (dados de cristalografia, dados simetria, smbolos atmicos e coordenadas reduzidos) no caso ionmov = 0. Veja a palavra-chave prtcml . Este arquivo est formatado. abo_TIMx_GEO nomes de arquivos contendo o Chemical Markup Linguagem de Descrio do sistema (dados de cristalografia, dados simetria, smbolos atmicos e coordenadas reduzidos) no caso ionmov = 1 ou 2. O valor de "x" aps "TIM" descrito a seguir. Veja tambm a palavra-chave prtcml . Este arquivo est formatado. abo_KSS nome do arquivo contendo os coeficientes de funo de onda de sada, se nbandkss / = 0. Este arquivo wavefunction no est formatado e pode ser muito grande. Seu objetivo iniciar um clculo GW usando o cdigo M.Torrent 's. Um formato diferente para abo_WFK usado, consulte o arquivo ~ abinit / doc / developers / format_KSS.txt. abo_EIG Um arquivo contendo os valores prprios eletrnicos, para traar posterior da estrutura de banda. Quando ionmov / = 0, o POT , DEN , GEO , ou CML.xml arquivos so enviados cada vez que um ciclo SCF est terminado. O " x "da TIMx visa dar cada um desses arquivos um nome diferente. Atribui-se como se segue: - caso ionmov == 1: existe uma fase de inicializao, isso leva quatro chamadas para o clculo do SCF. O valor de x vai ser A, B, C e D. Em seguida, x ser de 1, 2, 3 ... Na verdade, de acordo com o valor de iTime (veja a palavra-chave Ntime ) - outros casos ionmov: a fase de inicializao ter apenas uma chamada SCF. O valor de x ser de 0 a essa chamada. Em seguida, o valor de x 1, 2, 3 ... de acordo com o valor de iTime (veja a palavra-chave Ntime ) tmp Os arquivos temporrios criados pelos cdigos ter um nome que construdo a partir da raiz " tmp ". tmp geralmente deve ser escolhido como para dar acesso a um disco da mquina que est executando o trabalho, e no um disco remoto (NFS). No Unix, o nome poderia ser algo como / t m p/u s e r _ n a m e/t e m p. Os arquivos temporrios mais importantes, com o seu nome criado a partir da raiz "tmp" o seguinte: tmp_FFT no criado se mffmem == 1, contm algumas matrizes definidas no espao real da grelha de FFT. tmp_KG

tmp_KG no criado se mkmem = nkpt , contm os dados sobre vetores G dentro da esfera em torno dos diferentes pontos k tmp_KGS criado se iprcel / = 0, contm os dados sobre vectores G no interior da esfera em torno dos diferentes pontos de k, para o clculo da susceptibilidade tmp_WF1 e tmp_WF2 no criado se mkmem = nkpt , contm funes de onda, no processo de clculo tmp_STATUS d o status de avano do clculo, e atualizado com muita freqncia PSP1 nome do primeiro arquivo de entrada pseudopotential. Os arquivos de dados pseudopotencial so formatados. No deve ser to diversos nomes fornecida sequencialmente aqui como existem vrios tipos de tomos no sistema, e a ordem em que os nomes so dados determina a identidade dos tomos na clula unitria. (PSP2, PSP3, ...)

Se voc seguir o tutorial, voc deve voltar para a janela do tutorial agora.

5. Os arquivos pseudopotencial
Na verdade, nenhuma compreenso real desses arquivos necessrio para executar o cdigo, mas por outros motivos diferentes, pode ser til para ser capaz de entender as estruturas de arquivos. Formato diferente so possveis (rotulado 1-7 atualmente) A varivel interna associada chamado pspcod. Exemplos de utilizao encontram-se na ~ abinit/test/v1. Informaes sobre a estrutura do arquivo pode ser encontrado no diretrio ~ abinit / doc / psp_infos. pspcod = 1: Troullier-Martins pseudopotenciais, gerado pelo DC Allan e A Khein, ver ~ abinit/doc/psp_infos/psp1_info.txt; pspcod = 2: Goedecker-Teter-Hutter (GTH) pseudopotenciais. Veja Phys. Rev. B 54, 1703 (1996), se necessrio; pspcod = 3: Hartwigsen-Goedecker-Hutter pseudopotenciais. Veja Phys. Rev. B 58, 3641 (1998), se necessrio, eo arquivo ~ abinit/doc/psp_infos/psp3_info.txt; pspcod = 4 ou 5: velhos formato pseudopotenciais, ver ~ abinit/doc/psp_infos/psp45_info.txt; pspcod = 6: pseudopotenciais do cdigo fhi98pp, ver ~ abinit/doc/psp_infos/psp6_info.txt; pspcod = 7: Dados atmicas pseudo para PATA; pspcod = 8: formato de arquivo pseudopotential de Don Hamann, proporcionando flexibilidade adicional.

6. Os diferentes arquivos de sada


Explicao da sada a partir do cdigo A sada do cdigo vai para vrios locais listados abaixo.

6.1. O arquivo de log O arquivo de "log" (este o arquivo de sada padro do UNIX, e corresponde ao nmero da unidade Fortran 06): um arquivo que ecoa os valores dos parmetros de entrada e descreve as vrias etapas do clculo, normalmente em muito mais detalhe do que desejado como um registro permanente da corrida. Esse arquivo de log pretende ser informativo, no caso de um erro ou de uma descrio mais completa da corrida. Para um funcionamento bem sucedido do usurio geralmente apagar o arquivo de log depois. Existem quatro tipos de mensagens de exceo: ERROR , BUG , AVISO e COMENTRIO mensagens. ERRO e ERRO mensagens causar o cdigo para parar, imediatamente ou depois de um pequeno atraso. Um ERRO atribuda ao usurio, enquanto um BUG atribudo para o desenvolvedor. A AVISO mensagem indica que algo aconteceu que no o esperado, mas isso no algo to importante quanto fazer o ponto de cdigo. A COMENTRIO mensagem d algumas informaes para o usurio, a respeito de algo incomum. Nenhum deles deve aparecer quando a corrida completamente normal.

deve aparecer quando a corrida completamente normal. Depois de uma corrida completada, sempre tem um olhar para o final do arquivo de log, para ver se um ERRO ou BUG ocorreu. Alm disso, o cdigo d o nmero de ADVERTNCIA ou COMENTRIO ele emitido. Aconselha-se a ler, pelo menos, os AVISO mensagens, durante o primeiro ms de uso ABINIT. Se voc seguir o tutorial, voc deve voltar para a janela do tutorial agora.

6.2. O arquivo de sada principal O arquivo de sada principal um arquivo de sada formatada para ser mantido como registro permanente da corrida. Note-se que, espera-se no existir no incio da corrida: Se um arquivo com o nome especificado no arquivo de "arquivos" j existe, o cdigo ir gerar, a partir do dado, um outro nome, anexado com um arquivo. . Se este novo nome j existir, ele vai tentar anexar . B , e assim por diante, at . Z . Ento, o cdigo pra, e pede-lhe para limpar o diretrio. O arquivo de sada principal comea com um ttulo: nmero da verso e plataforma especificada aviso de direitos autorais e licena de distribuio data eco de arquivo "files" (exceto nome pseudopotential) Ento, para cada conjunto de dados, informa o grupo de ponto de simetria e Bravais rede, e as necessidades de memria esperado. Ele ecoa os dados de entrada e relatrio de controlo da consistncia de dados para cada conjunto de dados. Se voc seguir o tutorial, voc deve voltar para a janela do tutorial agora.

6.3. Mais informaes sobre o arquivo de sada principal Ento, para cada conjunto de dados, o verdadeiro clculo feito, eo cdigo ir relatar em algumas inicializaes, a convergncia SCF, ea anlise final dos resultados para este conjunto de dados. Cada uma destas fases agora descrita em mais detalhes. Os relatrios de cdigos: os vetores de translao no espao real e recproca ( Nota : a definio do vector recproca tal que R i . L j = delta ij ) o volume da clula unitria a relao entre a dimenso linear do quadro de FFT e a esfera de ondas planas, chamado " boxcut ". Ele deve ser superior a 2 para o tratamento exacto de convolues por FFT. ngfft foi automaticamente escolhida para dar um valor boxcut maior do que 2, mas no muito maior, j que mais tempo de CPU necessrio para maiores grids FFT; O cdigo tambm mencionar que para a mesma grade FFT que voc pode tratar (ligeiramente) maior eCut (assim, com um pequeno aumento do tempo de CPU) o ttulo para cada pseudopotential que tem sido entrada a partir da sub-rotina inwffil, uma descrio da inicializao da funo de onda (nmero de iniciao aleatria ou a entrada de um ficheiro de disco), que , um relatrio do nmero de planewaves (NPW) na base de cada ponto k da sub-rotina Regulao 2, o nmero mdio de planewaves sobre todos os pontos k relatado em duas formas, mdia aritmtica e mdia geomtrica. At aqui, a produo de um clculo do estado fundamental idntico ao de um clculo de uma funo de resposta. Veja o respfn_help documento para o ltimo, especialmente a seo 6.2 . Em seguida, o cdigo relata informaes para cada iterao SCF: o nmero de iterao o (pseudo) energia total (Etot) em Hartree [Esta no a energia total do sistema, uma vez que a aproximao pseudopotential foi feita: a constante de energia (na aproximao de ncleo congelado) deve ser adicionado presente energia total pseudo a fim de obter uma energia total, que inclui os contributionts dos electres do ncleo. Uma vez que apenas as diferenas de matria energia total (com excepo dos casos extremamente raras), pode-se trabalhar com esta energia pseudo como se fosse a verdadeira energia total, excepto que a constante falta depende da pseudopotential que foi usado. Assim, tem de se realizar as diferenas de energia entre pseudo simulaes que usam o mesmo pseudopotenciais]. a mudana na Etot desde a ltima iterao (deltaE) o residm residual quadrado mximo sobre todas as bandas e os pontos K (residm - as medidas residuais da qualidade da

o residm residual quadrado mximo sobre todas as bandas e os pontos K (residm - as medidas residuais da qualidade da convergncia da funo de onda) o quadrado residual do potencial no procedimento SCF (vres2) a alterao mxima em gradientes de Etot com respeito s coordenadas fraccionada (diffor, em Hartree) o valor dos gradientes de Etot rms com respeito s coordenadas fraccionada (maxfor, em Hartree). Os ltimos dois so directamente relacionada com as foras de cada tomo. Em seguida, vem uma avaliao da convergncia SCF: o critrio para o cumprimento do critrio SCF (definido pelo toldfe , toldff , tolwfr ou tolvrs ) pode ser satisfeita ou no ... Ento, as tenses so relatados. Isto termina o contedo de um clculo de posio fixa atmica. Muitos desses blocos podem seguir. Quando as posies atmicas, eventualmente, tenham sido relaxada, de acordo com o valor de Ntime , a sada do cdigo de mais informao: Os resduos quadrados para cada banda so relatados, k ponto por ponto k. Em seguida, as coordenadas fracionrias ou reduzida so dadas, seguido pelos gradientes da energia, seguido por as coordenadas cartesianas em Angstroms seguido pelas foras cartesianas em Hartree / Bohr e eV / Angstrom. Tambm dada a fora rms ( FRM ) e o valor mximo absoluto de qualquer componente de fora ( max ). Em seguida, esto as escalas de comprimento da clula unitria de Bohr e em Angstrom. Em seguida, esto os valores prprios de cada banda para cada ponto k, em eV ou Hartree ou ambos, dependendo da escolha de enunit . NOTA que o potencial mdio eletrosttico de uma clula repetida periodicamente indefinido. Na presente implementao, o Hartree mdio potencial e local potencial so tomadas medidas para ser igual a zero, mas no o potencial de troca-correlao mdia. Esta definio apresenta um significado para os valores absolutos dos eigenenergies, graas ao teorema de Janak: eles so derivados da energia total no que diz respeito ao nmero de ocupao. De fato, o G = 0 contribuies da Hartree, o potencial local e on-on para o total de energia independente do nmero de ocupao no presente implementao. Com esta excepo notvel, deve-se sempre trabalhar com as diferenas em eigenenergies, bem como as diferenas entre eigenenergies eo potencial. Por exemplo, os eigenenergies absolutos de uma clula de grandes quantidades no devem ser utilizados para tentar prever uma funo de trabalho. A ltima quantidade deve ser obtido numa geometria super clula, atravs da comparao da energia de Fermi em uma laje e o potencial no vcuo no mesmo super clula. Em seguida, esto os valores mnimo e mximo para a densidade de carga, e valores menores ou maiores prximos (para ver degenerescncias). Em seguida, esto a energia total (Ha e eV) e seus componentes: cintica Hartree, troca e correlao (XC), Ewald (on-on de energia), " correco de base "para o pseudopotential local, pseudopotential local, e nonlocal pseudopotential. Tambm dada a soma das energias Kohn-Sham ("energia band" chamada). Em seguida o tensor de stress, (1/ucvol) d (Etot) / d (cepa (a, b)) para Etot = energia total por clula unitria e um , b so x , y ou z componentes de tenso. o estresse tensor dada em coordenadas cartesianas em Hartree / Bohr 3 e GPA. Os princpios bsicos do tensor de estresse so descritos em OH Nielsen e Richard M. Martin, consulte a bibliografia de arquivos.

Tendo terminado todos os clculos para os diferentes conjuntos de dados, o cdigo ecoa os parmetros listados no arquivo de entrada, utilizando as mais recentes valores, por exemplo, para xred , vel , e xcart , e complement-los com os valores obtidos para a energia total, as foras e tenses , bem como os nmeros de ocupao. Os ltimos ecos so muito convenientes para um rpido olhar para o resultado do clculo! Isto seguido finalmente pela sada de tempo:. Tanto tempo "CPU" e "relgio de parede" tempo previsto por chamadas dentro do cdigo O total da CPU e tempos nos relgios de parede so reportadas pela primeira vez, em segundos, minutos e horas para a verificao conveniente a um piscar de olhos. seguida, esto os tempos de CPU e de parede para os principais chamadas de sub-rotinas que consomem tempo, cada um dos quais independente dos outros. A soma desses tempos normalmente responde por cerca de 90% do tempo de execuo. Os principais sub-rotinas, para trabalhos de grande, seja

Os principais sub-rotinas, para trabalhos de grande, seja (1) fourwf: a sub-rotina que realiza a transformada rpida de Fourier para as funes de onda: (2) fourdp: a sub-rotina que realiza a Transformada Rpida de Fourier relacionada com a densidade e potencial (3) rhohxc: calcula o Hartree e energia de troca e correlao potencial e, por vezes, derivado do potencial, s o tempo XC relatado, excluindo o tempo conectado s FFTs: x c :p o t/=f o u r d p . (4) nonlop: calcula
< G|Vn > o l o c a l |C

os elementos da matriz do pseudopotential no-local; (5) projbd: Gram-Schmidt orthogonalisation No caso de pequenos trabalhos, outras rotinas (inicializao) pode assumir uma parte maior, e a soma dos tempos para as chamadas de subrotinas principais demoradas no far 90% do tempo de execuo .. Se a opo de impresso longa foi selecionado ( prtvol = 1), o cdigo d muito mais informaes em todo o arquivo de sada. Estes devem ser bastante auto-explicativo, normalmente. Alguns precisam de mais explicaes. Em particular, os tempos de CPU e de parede para os principais sub-rotinas que no so independentes uns dos outros, por exemplo vtorho realiza o lao sobre k pontos e chama praticamente tudo o resto. No caso de um clculo de estado fundamental, em posies fixas atmicas, sub-rotinas so estes (1) abinit : a rotina principal (2) motorista : select estado fundamental ou clculos de resposta (3) gstate : o controlador dos clculos do estado fundamental (4) scfcv : o motorista ciclo SCF (5) vtorho : calcular a densidade do potencial (inclui um loop sobre giros e k-pontos) (6) vtowfk : calcular as funes de onda em um determinado ponto k (inclui uma auto lao consistente no, e um loop sobre as bandas) (7) cgwf : otimizar uma funo de onda em um potencial fixo (8) getghc : calcula <G | H | C>, isto , aplica-se o operador de Hamilton para um vector de entrada.

Se voc seguir o tutorial, voc deve voltar para a janela do tutorial agora. 6.4. O cabealho Os arquivos de funo de onda , densidade de arquivos , e arquivos de potenciais comeam com os mesmos registros, chamado de "header". Este cabealho tratada com uma estrutura de dados hdr_type dentro ABINIT. H rotinas dedicadas dentro ABINIT para inicializar um cabealho, atualizando-o, lendo o cabealho de um arquivo em disco no formatado, escrever um cabealho para um arquivo em disco no formatado, ecoando um cabealho para um arquivo de disco formatado, a limpeza de uma estrutura de dados do cabealho. O cabealho feito de 4 + NPSP registros no formatados, obtida pelos Fortran90 seguintes instrues (formato 5.7):
e s c r e v e r( u n i d a d e=h e a d e r )c o d v s n ,C a b e a ,f f o r m e s c r e v e r( u n i d a d e=h e a d e r )b a n t o t ,d a t a ,i n t x c ,i x c ,n a t o m ,n g f f t( 1 : 3 ) ,e &N k p t ,n s p d e n ,n s p i n o r ,n s p p o l ,n s y m ,N P S P ,n t y p a t ,o c c o p t ,p e r t c a s e ,u s e p a w ,e &E C u t ,e c u t d g ,e c u t s m ,e c u t _ e f f ,q p t n( 1 : 3 ) ,r p r i m d( 1 : 3 , 1 : 3 ) ,s t m b i a s ,t p h y s e l ,t s m e a r ,u s e w v l e s c r e v e r( u n i d a d e=h e a d e r )i s t w f k( 1 :n k p t ) ,n b a n d( 1 :n k p t*n s p p o l ) ,e &N p w a r r( 1 :n k p t ) ,s o _ p s p( 1 :N P S P ) ,s y m a f m( 1 :n s y m ) ,s y m r e l( 1 : 3 , 1 : 3 , 1 :n s y m ) ,t y p a t( 1 :n a t o m ) ,& EK P T( 1 : 3 , 1 :n k p t ) ,o c c( 1 :b a n t o t ) ,t n o n s( 1 : 3 , 1 :n s y m ) ,z n u c l t y p a t( 1 :n t y p a t ) ,w t k( 1 :n k p t ) f a z e rI P S P=1 ,N P S P !( L i n h a sN P S P ,u mp a r ac a d ap s e u d o p o t e n t i a l ;N P S P=n t y p a t ,s a l v os ea l q u m i c o sp s e u d o t o m o s ) e s c r e v e r( u n i d a d e=u n i d a d e )t t u l o ,z n u c l p s p ,z i o n p s p ,p s p s o ,p s p d a t ,p s p c o d ,p s p x c ,l m n _ s i z e E N D D O !( N oc a s od eu s e p a w= =0 ,r e g i s t r of i n a l :r e s i d m ,c o o r d e n a d a s ,e n e r g i at o t a l ,e n e r g i aF e r m i ) e s c r e v e r( u n i d a d e=u n i d a d e )r e s i d m ,x r e d( 1 : 3 , 1 :n a t o m ) ,e t o t a l ,f e r m i e !( N oc a s od eu s e p a w= =1 ,e x i s t e ma l g u n sr e g i s t o sa d i c i o n a i s ) i f( u s e p a w= =1 ) ,e n t o e s c r e v e r( u n i d a d e=u n i d a d e )( p a w r h o i j( i a t o m )n r h o i j s e l %( 1 :n s p d e n ) ,i a t o m=1 ,n a t o m ) ,C P L E X ,n s p d e n e s c r e v e r( u n i d a d e=u n i d a d e )( ( p a w r h o i j( i a t o m )r h o i j s e l e c t %( 1 :n r h o i j s e l( i s p d e n ) ,i s p d e n ) ,i s p d e n=1 ,n s p d e n ) ,i a t o m=1 ,n a t o m ) ,e &( ( P a w r h o i j( i a t o m )r h o i j p %( 1 :*C P L E Xn r h o i j s e l( i s p d e n ) ,i s p d e n ) ,i s p d e n=1 ,n s p d e n ) ,i a t o m=1 ,n a t o m ) e n d i f

em que o tipo das diferentes variveis :


c a r a c t e r e*6: :c o d v s n i n t e g e r: :C a b e a ,f f o r m i n t e i r o: :b a n t o t ,d a t a ,i n t x c ,I X C ,n a t o m ,n g f f t( 3 ) ,n k p t ,N P S P , n s p d e n ,n s p i n o r ,n s p p o l ,n s y m ,n t y p a t ,o c c o p t ,p e r t c a s e ,u s e p a w i n t e g e r: :u s e w v l ,C P L E X ,n s p d e n p r e c i s od u p l a: :a c e l l( 3 ) ,e C u t ,e c u t d g ,e c u t s m ,e c u t _ e f f ,q p t n( 3 ) ,r p r i m d( 3 , 3 ) ,s t m b i a s ,t p h y s e l ,t s m e a r i n t e i r o: :i s t w f k( n k p t ) ,n b a n d( n k p t*n s p p o l ) ,n p w a r r( n k p t ) ,s o _ p s p( N P S P ) ,& &S y m a f m( n s y m ) ,s y m r e l( 3 , 3 ,n s y m ) ,t y p a t( n a t o m ) ,n r h o i j s e l( n s p d e n ) ,r h o i j s e l e c t( * ,n s p d e n )

&S y m a f m( n s y m ) ,s y m r e l( 3 , 3 ,n s y m ) ,t y p a t( n a t o m ) ,n r h o i j s e l( n s p d e n ) ,r h o i j s e l e c t( * ,n s p d e n ) p r e c i s od u p l a: :K P T( 3 ,n k p t ) ,o c c( b a n t o t ) ,t n o n s( 3 ,n s y m ) ,z n u c l t y p a t( n t y p a t ) ,w t k( n k p t ) c a r a c t e r e*1 3 2: :t t u l o p r e c i s od u p l a: :z n u c l p s p ,z i o n p s p i n t e g e r: :p s p s o ,p s p d a t ,p s p c o d ,p s p x c ,l m a x ,l l o c ,M M a x=i n t e i r o s p r e c i s od u p l a: :r e s i d m ,x r e d( 3 ,n a t o m ) ,e t o t a l ,f e r m i e ,r h o i j( * ,n s p d e n )

NOTA: etotal est definido para o seu verdadeiro valor apenas para a densidade e arquivos potenciais. Para outros arquivos, ela definida como 1.0d20 NOTA: ecut_eff = eCut * dilatmx 2 NOTA: Para todos os casos em que os nmeros de ocupao so definidos (isto , iscf positivo, e iscf = -3), e de nmeros de ocupao no-metlicos, a energia de Fermi est definido para o maior eigenenergy ocupada. Isto pode no corresponder energia de Fermi esperado para um clculo mais tarde no-auto-consistente (por exemplo, a estrutura de banda) O cabealho pode ser diferente para diferentes verses do ABINIT. Um formato pr-v5.3 descrito abaixo. No entanto, note que a verso corrente do ABINIT deve ser capaz de ler todos os formatos anteriores (no escrev-los), com excepo dos ficheiros para os quais a funo de onda ecutsm valor era diferente de zero (houve uma mudana de definio da funo manchas na v4.4). O formato para a verso 4.4, 4.5, 4.6, 5.0, 5.1 e 5.2 foi:
e s c r e v e r( u n i d a d e=h e a d e r )c o d v s n ,C a b e a ,f f o r m e s c r e v e r( u n i d a d e=h e a d e r )b a n t o t ,d a t a ,i n t x c ,i x c ,n a t o m ,n g f f t( 1 : 3 ) ,e &N k p t ,n s p d e n ,n s p i n o r ,n s p p o l ,n s y m ,N P S P ,n t y p a t ,o c c o p t ,p e r t c a s e ,u s e p a w ,e &E C u t ,e c u t d g ,e c u t s m ,e c u t _ e f f ,q p t n( 1 : 3 ) ,r p r i m d( 1 : 3 , 1 : 3 ) ,s t m b i a s ,t p h y s e l ,t s m e a r e s c r e v e r( u n i d a d e=h e a d e r )i s t w f k( 1 :n k p t ) ,n b a n d( 1 :n k p t*n s p p o l ) ,e &N p w a r r( 1 :n k p t ) ,s o _ t y p a t( 1 :n t y p a t ) ,s y m a f m( 1 :n s y m ) ,s y m r e l( 1 : 3 , 1 : 3 , 1 :n s y m ) ,t y p a t( 1 :n a t o m ) ,& &K P T( 1 : 3 , 1 :n k p t ) ,O C C( 1 :b a n t o t ) ,t n o n s( 1 : 3 , 1 :n s y m ) ,z n u c l t y p a t( 1 :n t y p a t ) f a z e rI P S P=1 ,N P S P !( L i n h a sN P S P ,u mp a r ac a d ap s e u d o p o t e n t i a l ;N P S P=n t y p a t ,s a l v os ea l q u m i c o sp s e u d o t o m o s ) e s c r e v e r( u n i d a d e=u n i d a d e )t t u l o ,z n u c l p s p ,z i o n p s p ,p s p s o ,p s p d a t ,p s p c o d ,p s p x c ,l m n _ s i z e E N D D O !( N oc a s od eu s e p a w= =0 ,r e g i s t r of i n a l :r e s i d m ,c o o r d e n a d a s ,e n e r g i at o t a l ,e n e r g i aF e r m i ) e s c r e v e r( u n i d a d e=u n i d a d e )r e s i d m ,x r e d( 1 : 3 , 1 :n a t o m ) ,e t o t a l ,f e r m i e !( N oc a s od eu s e p a w= =1 ,e x i s t e ma l g u n sr e g i s t o sa d i c i o n a i s ) i f( u s e p a w= =1 ) ,e n t o e s c r e v e r( u n i d a d e=u n i d a d e )( p a w r h o i j( i a t o m )n r h o i j s e l %( 1 :n s p d e n ) ,i a t o m=1 ,n a t o m ) &( ( P a w r h o i j( i a t o m )r h o i j p %( 1 :n r h o i j s e l( i s p d e n ) ,i s p d e n ) ,i s p d e n=1 ,n s p d e n ) ,i a t o m=1 ,n a t o m ) e n d i f

6.5. O arquivo de sada densidade Este um ficheiro de dados no formatados contendo a densidade de electres na grade verdadeira FFT espao. constituda por os registos de cabealho seguidos de
f a z e ri s p d e n=1 ,n s p d e n w r i t e( u n i d a d e )( r h o r( r i ) ,I V=1 ,C P L E X*n g f f t( 1 )n g f f t*( 2 )*n g f f t( 3 ) ) E N D D O

onde rhor a densidade de electres no electres / Bohr ^ 3, e CPLEX o nmero de componentes do complexo da densidade (CPLEX = 1 para a GS-clculos a densidade real e CPLEX = 1 ou 2 por RF). A varivel de entrada nspden descreve o nmero de componentes da densidade. O primeiro componente (o nico presente quando nspden = 1) sempre a densidade de carga total. Quando nspden = 2, o segundo componente a densidade associada com spin-electres. Quando nspden = 4, o segundo, terceiro e quarto componentes correspondem aos eixos x, y e z das projeces a magnetizao local, em unidades de hbar / 2. Note-se que o significado dos diferentes componentes da densidade diferente para a matriz densidade (rhor) e para as diferentes matrizes potenciais (vxc ...), ver seco 6.6 . Para identificar os pontos no espao real, que correspondem ao ndice "ri", supra, considerar o seguinte. O primeiro valor de matriz (ri = 1) corresponde ao primeiro ponto da rede, que est na origem da clula unitria, (x = 0 , y = 0, z = 0). O prximo ponto da grelha (ri = 2) encontra-se ao longo da primeira traduo primitiva na prxima fft ponto de grade, que (1 / ngfft (1)) * acell (1) * rprim ( mu, 1). Isto de 1 / ngfft (1) do caminho ao longo da primeira traduo primitivo. O resto dos valores at ri = ngfft (1) se encontram ao longo deste vector, em (ri-1) / ngfft (1) ao longo do caminho a primeira traduo primitivo. O ponto em ri = ngfft (1) encontra-se em 1 1 / ngfft (2) ao longo da segunda traduo primitivo. Os prximos pontos at ri = ngfft (1) + ngfft (1) so deslocados no sentido da segunda primitivo Traduo por 1 / ngfft (2) e na primeira traduo de (ir- ngfft (1) -1) / ngfft (1). Esse padro continua at ri = ngfft (1) * ngfft (2). O prximo ponto aps que deslocado ao longo do terceiro traduo primitivo por 1/ngfft (3), e assim por diante at que varia ri todo o caminho desde 1 at ngfft (1) * ngfft (2) * ngfft (3). Este ltimo ponto na esquina diagonalmente oposta, desde a origem, ou lado a lado com a origem, se toda a rede vista como sendo repetido periodicamente.

6.6. Os arquivos de potenciais Arquivos tambm no formatados consistem nos registros de cabealho e
f a z e ri s p d e n=1 ,n s p d e n w r i t e( u n i d a d e )( p o t e n c i a ld e( r i ) ,I V=1 ,C P L E X*n g f f t( 1 )n g f f t*( 2 )*n g f f t( 3 ) ) E N D D O

onde o potencial pode ser a soma do potencial de Hartree, troca-correlao e local pseudopotential (ver prtpot ), o potencial de Hartree (ver prtvha ), o Hartree + potencial XC (ver prtvhxc ), ou o potencial XC (ver prtvxc ) Estes so definidos na grelha espao real em unidades de energia Hartree. A grade subjacente tal como descrito acima. Se nspden = 2, os diferentes componentes so a rotao para cima e o potencial de reduo da rotao potencial. No caso nspden = 4, os componentes correspondem ao potencial-se para cima, a potencial baixo-baixo, a parte real do potencial de cima para baixo, e a parte imaginria do potencial de cima para baixo. Note-se que o potencial de Hartree no spin-dependente, mas, a fim de utilizar o mesmo formato que para os outros ficheiros potenciais, a matriz de rotao independente escrito duas vezes, uma vez por rotao para cima e outro para girar para baixo.

6.7. O arquivo de sada da funo de onda Este um ficheiro de dados no formatados contendo os coeficientes planewaves de todas as funes de onda, e os diferentes dados suplementares. O estado fundamental arquivo wf consiste nos registros de cabealho e dados escritos com as seguintes linhas de Fortran (verso 4.0 e verses mais recentes):
b a n t o t=0< -c o n t ac o mm a i sd et o d a sa sb a n d a s i n d e x=0< - n d i c ep a r aal o c a l i z a od af u n od eo n d a f a z e ri s p p o l=1 ,n s p p o l f a z e ri k p t=1 ,n k p t e s c r e v e r( u n i d a d e )N P W ,n s p i n o r ,n b a n d< -p a r ac a d ap o n t ok e s c r e v e r( u n i d a d e )k g( 1 : 3 , 1 :N P W )< -o n d ap l a n ac o o r d e n a d a sr e d u z i d a s e s c r e v e r( u n i d a d e )e i g e n( 1+b a n t o t :n b a n d+b a n t o t ) ,< -a u t o v a l o r e sp a r ae s t ep o n t ok o c c( 1+b a n t o t :n b a n d+b a n t o t )< -n m e r o sd eo c u p a op a r ae s t ep o n t ok f a z e ri b a n d=1 ,n b a n d e s c r e v e r( u n i d a d e )( c g( i i+i n d e x ) ,i i=1 , 2*N P W*n s p i n o r )< -c o e f i c i e n t e sd ef u n od eo n d a E N D D Op a r au m a n i c ab a n d aekp o n t o b a n t o t=b a n t o t+n b a n d i n d e x= n d i c e+ 2*N P W*n s p i n o r*n b a n d E N D D O E N D D O

Se o trabalho terminou sem problema, algumas linhas suplementares so adicionados, a fim de dar a histria de posies atmicas e foras correspondentes. O inteiro nxfh d o nmero de pares (x, f) das posies e das foras em coordenadas reduzidas:
e s c r e v e r( u n i d a d e )n x f h f a z e ri x f h=1 ,n x f h e s c r e v e r( u n i d a d e )x r e d( 1 : 3 , 1 :n a t o m ,i x f h ) ,m a n e q u i m( 1 : 3 , 1 : 4 ) ,e Ef r e d( 1 : 3 , 1 :n a t o m ,i x f h ) ,m a n e q u i m( 1 : 3 , 1 : 4 ) E N D D O

As variveis simuladas pode conter, no futuro, a descrio da unidade de clula, e as tenses. O tipo das diferentes variveis :
i n t e g e r: :k g ,n b a n d ,N P W ,n s p i n o r ,n x f h p r e c i s od u p l a: :c g ,m a n e q u i m ,E i g e n ,f r e d ,o c c ,x r e d

A funo resposta arquivo wf consiste nos registros de cabealho e dados escritos com as seguintes linhas de Fortran (verso 4.0 e verses mais recentes):
b a n t o t=0< -c o n t ac o mm a i sd et o d a sa sb a n d a s f a z e ri s p p o l=1 ,n s p p o l f a z e ri k p t=1 ,n k p t e s c r e v e r( u n i d a d e )N P W ,n s p i n o r ,n b a n d< -p a r ac a d ap o n t ok e s c r e v e r( u n i d a d e )k g( 1 : 3 , 1 :N P W )< -o n d ap l a n ac o o r d e n a d a sr e d u z i d a s f a z e ri b a n d=1 ,n b a n d e s c r e v e r( u n i d a d e )( e i g e n( j b a n d+( i b a n d 1 )*n b a n d+b a n t o t ) ,j b a n d=1 , 2*n b a n d )< -c o l u n ad am a t r i zd ea u t o v a l o r e s e s c r e v e r( u n i d a d e )( c g( i i+i n d e x ) ,i i=1 , 2*N P W*n s p i n o r )< -c o e f i c i e n t e sd ef u n od eo n d a E N D D Op a r au m a n i c ab a n d aekp o n t o b a n t o t=b a n t o t+n b a n d E N D D O E N D D O

Na verso anterior a 4.0, NPW e nspinor foram combinados:


e s c r e v e r( u n i d a d e )N P W*n s p i n o r ,n b a n d

enquanto o registro de coordenadas planewave no estava presente (em ambos os casos GS e RF). Note-se que existe um formato alternativo (_KSS) para a sada dos coeficientes de funo de onda, activado por um valor nozero do nbandkss .

6.8. Outros arquivos de sada. H muitos outros arquivos de sada, opcionalmente, por escrito, todos os arquivos formatados no momento. A sua utilizao geralmente regulada por uma varivel de entrada especfica. Por favor, consulte a descrio da varivel de entrada, a fim de ter mais informaes sobre esses arquivos: prtcml para imprimir um arquivo CML com informaes de geometria prtdos para imprimir um arquivo com o eletrnico Density-Of-Unidos prteig para imprimir um arquivo com a lista de k pontos e eigenenergies prtgeo para imprimir um arquivo com uma anlise geomtrica (comprimentos de ligao e ngulos de ligao), que tambm contm uma seo XMol prt1dm para imprimir uma projeco unidimensional de potencial e de densidade, para os trs eixos.

Se voc seguir o tutorial, voc deve voltar para a janela do tutorial agora.

6.9. Controle da produo, no caso paralelo. Para execues maciamente paralelos, no se pode dar ao luxo de ter alguns dos arquivos de sada que normalmente so criados. Explicitamente, o arquivo de log e tambm o arquivo de status se tornar problemtica. Por padro, com menos de 100 processadores, eles so criados, mas alm de 100 processadores, eles so desativados. Esse comportamento padro pode ser alterado da seguinte forma. Se um arquivo chamado "_NOLOG" existe no diretrio atual, ento nenhum arquivo de log e nenhum arquivo de status ser criada, mesmo com menos de 100 processadores. Por outro lado, se um arquivo "_log" existe no diretrio atual, em seguida, um arquivo de log e os arquivos de status ser criada, mesmo com mais de 100 processadores.

7. Qualidade numrica dos clculos


A seo seguinte descreve vrios parmetros que afetam a convergncia ea qualidade numrica dos clculos. A lista desses parmetros de entrada (1) eCut (2) toldfe , toldff , tolwfr e tolvrs , bem como nstep (3) nkpt (4) ngfft (5) tolmxf , bem como amu , dtion , vis , Ntime (6) acell e rprim O projeto tcnico da pseudopotential tambm afeta a qualidade dos resultados. (1) A primeira questo em relao convergncia o nmero de planewaves na base para um dado conjunto de tomos. Alguns tomos (nomeadamente os da primeira linha ou primeira linha sries de transio) tem pseudopotenciais relativamente profundos, que exigem muitos planewaves para a convergncia. Em contraste so tomos como Si para os quais so necessrios menos planewaves. Um valor tpico de " eCut "para o silcio pode ser 5-10 Hartree para bastante boa convergncia, ao passo que

menos planewaves. Um valor tpico de " eCut "para o silcio pode ser 5-10 Hartree para bastante boa convergncia, ao passo que o valor para o oxignio pode ser 25-35 Hartree ou mais, dependendo da desejada convergncia e o desenho da pseudo-potencial. NOTA: necessrio que cada novo problema para TESTAR a convergncia por AUMENTAR eCut para um determinado clculo at que os resultados que esto sendo apurados so constantes dentro de alguma tolerncia. Esta para o usurio e muito importante. Para um dado acell e rprim , eCut o parmetro que controla a quantidade de planewaves. Claro que se rprim ou acell variada, em seguida, o nmero de planewaves tambm mudar. Vamos reiterar que o projeto pseudopotential extremamente cuidadoso pode otimizar a convergncia de exemplo a energia total dentro de algum intervalo de nmero planewave ou eCut . apropriado para tentar optimizar esta convergncia, especialmente para os tomos de oxignio ou difceis, como o cobre, enquanto um no comprometa significativamente a qualidade ou a transferncia do pseudopotential. H muitas pessoas que trabalham em novas tcnicas para otimizar a convergncia. Para obter informaes sobre conservao norma estendida, ver EL Shirley, DC Allan, RM Martin, e JD Joannopoulos, Phys. Rev. B 40, 3652 (1989) . Para obter informaes sobre como otimizar a convergncia de pseudopotenciais, consulte AM Rappe, KM Rabe, E. Kaxiras e JD Joannopoulos, Phys. Rev. B 41, 1227 (1990) . (2) Alm disso, a realizao da convergncia do nmero de planewaves na base, deve-se assegurar que as iteraes SCF que resolvem a estrutura electrnica para um determinado conjunto de coordenadas atmicas tambm so convergentes. Esta convergncia controlado pelos parmetros toldfe , toldff , tolwfr e tolvrs , bem como o parmetro nstep . Um dos parmetros "tolerncia" deve ser escolhido, e, quando o nvel de tolerncia cumprida, os ciclos de SCF parar. O nstep varivel tambm controla convergncia precondicionados iteraes do gradiente conjugado, forando o clculo para parar sempre que o nmero de iteraes tais excede nstep. Normalmente um quer nstep ser definida maior que o necessrio para alcanar um dado tolerncia, ou ento um quer para reiniciar insuficientemente convergiram clculos at a tolerncia necessria alcanada. Note-se que, se a abertura no sistema fechado (por exemplo, devido a falhas de formao ou, se o sistema metlico, em primeiro lugar), o algoritmo actualmente codificada ser mais lenta do que a convergir para materiais isolantes. Problemas de convergncia durante as iteraes geralmente sinaliza fechamento do gap. O cdigo vai sugerir para tratar pelo menos um estado desocupado (ou banda), a fim de ser capaz de monitorar tal encerramento. (3) Para os clculos auto-consistentes ( iscf positivo) importante para testar a adequao da integrao ponto k. Se a simetria usado, ento, geralmente uma testa um conjunto de "pontos especiais" grades. Caso contrrio, um teste a adio de mais e mais pontos k, presumivelmente em malhas uniformes, para garantir que um nmero suficiente foi includo para uma boa integrao ponto k. O nkpt parmetro indica quantos pontos k esto a ser utilizados, e suas coordenadas so dadas por KPT e kptnrm, descrito acima. O peso atribudo a cada ponto k fornecido pela entrada varivel wtk . Testes sistemticos de integrao ponto k so muito mais difceis do que os testes de adequao do nmero de planewaves. A dificuldade que me refiro simplesmente a falta de um mtodo muito sistemtica para gerar grids ponto K para testes. (4) possvel executar os clculos para que a caixa de FFT no muito grande o suficiente para evitar erros de aliasing em fft circunvolues. Um erro serrilhado, ou um filtro de Fourier aproximao, que ocorre quando a varivel de sada " boxcut "for inferior a 2. boxcut a menor proporo de lado da caixa de FFT para o dimetro da esfera base planewave. Se esta razo de 2 ou maior, ento, por exemplo, o clculo do potencial de Hartree de a densidade de carga feito sem aproximao. NOTA: os valores de ngfft (1:3) so escolhidos automaticamente pelo cdigo para dar boxcut> 2, se ngfft possui no foi criado mo. Em propores menores do que 2, de algum dos componentes mais elevados de Fourier so corrompidos no convoluo. Se a base praticamente completa, este filtro de Fourier pode ser uma excelente aproximao. Neste caso, os valores de boxcut pode ser to pequeno como cerca de 1,5, sem incorrer em erros significativos. Para um dado eCut , acell e rprim , deve-se executar testes para que ngfft grande o suficiente para dar boxcut> = 2 e, em seguida, pode-se tentar valores menores de ngfft se os resultados no so alterados significativamente. Veja as descries destas variveis acima. (5) Se voc estiver executando clculos para relaxar ou equilibrar as estruturas, ou seja, com ionmov = 1 e, possivelmente, vis > 0, ento a qualidade de seus dinmica molecular ou relaxamento ser afetado pelos parmetros amu , dtion , vis , Ntime , tolmxf . Claramente, se voc quer uma estrutura relaxada voc deve executar o suficiente ou fazer corridas repetidas at que a maior fora no problema (sada como fmax) menor do que o que voc vai tolerar (ver tolmxf ). Se dtion muito grande para os valores indicados de massas ( amu ) e viscosidade ( vis ), ento a dinmica molecular ser instvel. Se dtion muito pequena, ento a dinmica molecular ir mover-se lentamente de forma ineficiente. Existe um consenso na comunidade que as foras maiores do que cerca de 0,1 eV / Angstrom so realmente muito grande para considerar o relaxamento deve ser convergente. melhor para o usurio ter uma experincia com isso no seu / sua prpria aplicao. A opo ionmov = 2, 3 ou 7 tambm esto disponveis Este usa o esquema Broyden (BFGS) para otimizao estrutural e muito mais eficiente do que o amortecimento viscoso para relaxamento estrutural. (6) Se voc estiver executando clculos supercell (ou seja, um tomo ou molcula isolada em uma grande caixa, ou um defeito em um slido, ou um clculo de laje), voc deve verificar a convergncia de seu clculo em relao ao superclula e tamanho do sistema. Para uma molcula isolada em uma grande caixa: aumentar simultaneamente as trs dimenses do seu superclula ( acell ), e verificar a convergncia de sua propriedade fsica. Para um defeito em um slido: seu superclula deve ser um mltiplo da clula primitiva do granel slido, ento voc tem menos liberdade. Ainda assim, ter certeza de que seu superclula grande o suficiente para as suas propriedades de

menos liberdade. Ainda assim, ter certeza de que seu superclula grande o suficiente para as suas propriedades de interesse para ser exato no nvel que voc quer que seja. Para um clculo da laje: necessrio aumentar o vcuo na clula, mas tambm a espessura da sua laje sistematicamente ... Se voc seguir o tutorial, voc deve voltar para a janela do tutorial agora.

8. Consideraes finais
O pacote ABINIT desenvolvido pelo grupo ABINIT. O status do pacote eo grupo ABINIT so explicados no arquivo ~ abinit / doc / users / context.txt e ~ abinit / doc / developers / planning.txt, ou alguma verso mais recente deles. Ir para: casa ABINIT Pgina | reconhecimentos sugeridas | Lista de variveis de entrada | home page Tutorial | Bibliografia Arquivos de ajuda: guia Novo usurio | ABINIT (principal) | ABINIT (respfn) | Mrgddb | Anaddb | AIM (Bader) | Cut3D | ptica | Mrgscr