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TUTORIAL SOBRE ENCAIXE MOLECULAR (DOCKING MOLECULAR) DO TIPO SULFONAMIDA INIBIDOR DA D- GLU ANCORADO NO STIO ATIVO MURD USANDO

ARGUSLAB 4.0.

Traduo livre de um processo de docking molecular usando estrutura 3D da enzima Murd bacteriana usando o inibidor sulfonamida D-Glu. Tradutor: Arajo, A. M. T. Qumica computacional - universidade Estadual do Cear. Itapipoca- 2013.

Neste tutorial, voc vai aprender como preparar e executar os clculos de docking molecular, utilizando software ArgusLab. Voc vai primeiro extrair uma conformao de ligao determinado experimentalmente de um tipo de inibidor sulfonamida D- Glu da Murd enzima bacteriana e posteriormente encaix-lo em sua volta para seu local de ligao. Finalmente, voc vai comparar a estrutura atracou com estrutura de raio- x para ver como eles combinam. Este tipo de clculo frequentemente usado ao validar programas de ancoragem antes de realizar experimentos virtuais de triagem em larga escala. Antes que voc possa encaixar uma molcula, preciso primeiro definir os tomos que compem o ligante (droga, inibidor, etc.) e do stio de ligao na protena onde a droga se liga. A estrutura cristalina de uma protena utilizada neste exerccio (PDB: 2JFF cdigo) podem ser acedidos de forma livre e descarregado a partir da Brookhaven Protein Databank (PDB) e representa um resultado importante de um projeto de pesquisa antibacteriano Europeia colaborativo onde vrios pesquisadores eslovenos estavam envolvidos [2]. FAA O DOWNLOAD E ABRIR O 2JFF ESTRUTURA PDB. Abra o navegador e digite o Protein Databank (www.rcsb.org) endereo web Brookhaven e no tipo de campo de pesquisa 2JFF. Baixe a estrutura apresentada como arquivo PDB (Texto), de preferncia para Desktop. Abra o 2JFF.pdb localizado na pasta que voc designou durante o download do programa ArgusLab (cone Arguslab est localizado na rea de trabalho). Este um arquivo PDB para se certificar de que voc selecione o tipo de arquivo correto na caixa de dilogo de arquivo aberto (tipo APO). Expanda a molcula de exibio de rvore ferramenta de 2JFF (localizado

no lado esquerdo da tela) e abrir os resduos / pasta Misc para mostrar o inibidor sulfonamida (LK2). Voc deve ver algo como isto:

2 . Criar " grupos de ligante e Binding Site. esquerda, clique em " 1440 LK2 " na Vista em rvore para selecionar o tipo sulfonamida inibidor D- Glu . Ele deve aparecer amarelo. Selecione as Editar / Esconder opo de menu no selecionado para esconder todos os tomos que no forem selecionados. Os nicos tomos mostrando no visor deve ser o inibidor sulfonamida D -Glu. Centro de inibidor sulfonamida na janela, selecionando o modo de exibio / Molcula Center, em menu Janela ou pressionando o boto na barra de ferramentas. Enquanto o inibidor selecionada, adicione hidrognios por e pressionando o boto na barra de ferramentas. Voc deve ver algo como isto:

Boto direito do mouse em " 1440 LK2 " na Vista em rvore e selecione a opo "Faa um grupo ligante a partir deste resduo . ArgusLab vai construir um grupo sob a pasta de grupos com o mesmo nome "1 LK2 " que do tipo = ligante. esquerda, clique em qualquer um O " 1440 LK2 " resduo nos resduos / pasta Misc. Esta ao ir novamente selecionar os tomos do ligando na tela. Copie e cole o resduo selecionado. Olhe nos resduos / pasta Vrios na Vista ferramenta de rvore e voc ver uma nova resduo destaque com o nome " 2480 LK2 . (Nmero diferente tambm possvel). Esta uma conformao extrada de um ligando que se vai encaixar no seu local de ligao. Adicione um grupo ligando deste novo resduo da mesma maneira que fez anteriormente. Boto direito do mouse Em " 2480 LK2 " e selecione "Criar um grupo ligando a partir deste resduo ". Agora voc deve ter Dois ligantes na pasta Grupos chamado " LK2 1 " e "2 LK2 . Renomeie os dois grupos Ligando: boto direito do mouse em " um LK2 " na pasta Grupos e selecione " Modificar Grupo ... " opo. Na caixa de dilogo Grupo de Modificar, digite um novo nome. Vamos cham-lo de " ligante- raio . Certifique-se de no alterar o tipo de grupos. Deve ser um ligando. Faa o mesmo para "2 LK2 , mas o nome de " ligante " . Para distinguir mais facilmente os dois ligante na janela de grficos, voc pode fazer uma srie de coisas diferentes. Uma delas seria a de mudar o estilo ofone dos ligantes prestao Boto direito do

mouse sobre o grupo chamado " ligante- raio " e selecione "Definir Modo de Renderizao " e escolha a opo " Cilinder med . Faa o stio de ligao para o grupo ligante- raio. Boto direito do mouse sobre o grupo ligante raio X na pasta Grupos e selecione a opo de menu " Faa um grupo local de ligao para este grupo . Isso ir gerar um BindingSite que consiste de todos os resduos que tm pelo menos um tomo dentro de 3,5 angstroms de qualquer tomo no grupo ligante raio X Voc deve ver algo como isto:

Encaixe do ligando no local definido biding , Abrir a caixa de dilogo Configuraes de Doca , selecionando a opo de menu Ligand Clculo / Dock ou clicando no boto na barra de ferramentas . Aqui est o que a caixa de

dilogo Configuraes de Dock se parece com:

Selecione o ligante para atracar no " Ligando" drop- box. Certifique-se de selecionar o grupo chamado grupo " ligante " e grupo notthe " ligante- raio . Clique no boto clculo de tamanho" Calculate Size" e uma caixa de encaixe sob medida para o stio de ligao ser feita e exibida na tela. Certifique-se de " ArgusDock " selecione mecanismo de acoplamento, o tipo de Clculo = Dock, e o ligante flexvel. Clique no boto "Iniciar" e clculo de encaixe comear. Observe as mensagens que aparecem na linha de status na parte inferior da janela molcula. Dever ver ArgusLab primeiro gerar as grelhas de pontuao utilizado durante o encaixe, em seguida, as diferentes fases de pesquisa ir ocorrer, e, finalmente, o candidato poses devem ser processados at que o clculo feito. Apenas as coordenadas do grupo denominado " ligando " deve ter sido alterada.

ANALISAR E SALVAR OS RESULTADOS H duas fontes de informao sobre o clculo de encaixe realizado: O arquivo de log separado e informaes localizadas na Vista ferramenta Tree (rvore). Expandir o clculo ArgusDock na pasta dos clculos da rvore. Voc ver uma lista das configuraes de encaixe e vrios " poses " comeando com o mais estvel como Pose 1, de acordo com a energia calculada em kcal / mol. (A expresso " representam " geralmente utilizado para designar o conjunto especfico de coordenadas de uma estrutura acoplada). Boto direito do mouse em colocar 2 e selecione a opo "Display". As coordenadas do ligando ir mudar para esta pose e sua pontuao ser apresentada no ecr. A tela deve ficar assim:

Agora voc pode examinar o quo perto a estrutura encaixada a estrutura de raios- x. Voc vai calcular a diferena RMSD entre o ligante e o encaixe (docking) raiox - 1 Pose qual voc deve selecionar. Em seguida, na Vista ferramenta de rvore, selecione tanto o ligante e os grupos ligante raio x, mantendo pressionada a tecla " Ctrl" e esquerdo do mouse em ambos os grupos no Groupsfolder. Ambos os grupos devem ser destacados na tela. Agora, o boto direito do mouse sobre a pasta " Grupos " Tabin Visto em rvore (Tree) e selecione a opo " posio RMSD Calc entre dois grupos semelhantes. Uma caixa de dilogo informaes aparecero na tela dando a root mean square desvio diferena (RMSD) nas coordenadas dos dois ligantes. A fim de ser capaz de concluir a conformao experimental e calculado o valor comparvel a RMSD, deve ser inferior a aproximadamente 2,5 Angstroms. Escreva o valor RMSD calculado entre o Pose1 e estrutura ligante-raio experimental em sua folha de respostas seminrio. Finalmente, para salvar o trabalho que voc concluiu, voc vai precisar para salvar esta molcula como um arquivo AGL ArgusLab. Selecione o Arquivo / Salvar como ... opo de menu e escolha o tipo de arquivo ArgusLab e salveo. O nome do arquivo deve ser: Naloga4.agl.

Referncias de Literatura: 1 . Original ArgusLab encaixe tutorial disponvel on-line (www.arguslab.com) e na seo de ajuda do programa. 2 . Artigo que descreve a estrutura de raios- X: Kotnik M, Humljan J, Contreras -Martel C, Oblak M, Kristan K, Herv M, Blanot D, Urleb U, Gobec S, Dessen A, Solmajer T caracterizao estrutural e funcional do cido glutmico enantiomrico derivados como potenciais inibidores de anlogos do estado de transio da Murd ligase . J Mol Biol 2007 , 370:107-115 .

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