Texto de Bioquimica 2013

Calidad que se acredita internacionalmente
ASIGNATURA
BIOQUIMICA
Asignatura: BIOQUIMICA
VISIN
Ser una de las 10 mejores universidades privadas del Per al ao 2020, reconocidos por nuestra excelencia acadmica y vocacin de servicio, lderes en formacin integral, con perspectiva global; promoviendo la competitividad del pas.
MISIN
Somos una universidad privada, innovadora y comprometida con el desarrollo del Per, que se dedica a formar personas competentes, ntegras y emprendedoras, con visin internacional; para que se conviertan en ciudadanos responsables e impulsen el desarrollo de sus comunidades, impartiendo experiencias de aprendizaje vivificantes e inspiradoras; y generando una alta valoracin mutua entre todos los grupos de inters.
Universidad Continental de Ciencias e Ingeniera Material publicado con fines de estudio Tercera edicin Huancayo, 2013- II
PRESENTACIN
El estudio de la Bioquimica cumple la funcin de crear al estudiante un adecuado marco de referencia inducindole al estudio de la investigacin de temas tericos prcticos de acuerdo a su profesin. Es una asignatura orientada al estudio bsico estructural de la bioqumica bsica y la influencia tanto en el hombre como en su medio La presente asignatura, estudia la estructural de los compuestos qumicos y su interaccin con los seres vivos que los rodea. As mismo introduce al alumno en el estudio crtico de la bioqumica orgnica, con la finalidad de obtener conocimientos, destrezas y actitudes que le conviertan en un profesional que conozca el mtodo bioqumico que le permitir ser competente y tomar decisiones apropiadas. De esta manera se ha planteado 3 unidades, las cuales estn debidamente organizadas y sistematizadas teniendo en cuenta los principios pedaggicos; las unidades son: Estructura y catlisis Bioenergtica y catabolismo. Rutas de la informacin.
En este sentido, consideramos que los estudiantes puedan aprender la Bioqumica de una forma fcil y sencilla. Agradecemos a quienes con sus aportes y sugerencias han contribuido a mejorar la presente edicin, el que slo tiene el valor de una introduccin al mundo de la Bioquimica. Autor.
NDICE
Pg. PRESENTACIN NDICE PRIMERA UNIDAD: ESTRUCTURA Y CATALISIS Tema 1: Fundamentos de bioqumica. Tema 2: El agua. Tema 3: Aminocidos, pptidos, y protenas. Tema 4: Enzimas. Tema 5: Glcidos y glucobiologia. Tema 6: Nucletidos y cidos nucleicos. Tema 7: Lpidos. Tema 8: Membranas biolgicas y transporte. SEGUNDA UNIDAD: BIOENERGETICA Y METABOLISMO Tema 9: Bioenergtica y tipos de reacciones bioqumicas. Tema 10: Glucolisis, gluconeogenesis Tema 11: Ciclo del acido ctrico y fosforilacin oxidativa. Tema 12: Biosntesis de lpidos TERCERA UNIDAD: RUTAS DE LA INFORMACION Tema 13: Genes y cromosomas. Tema 14: Metabolismo del DNA. Tema 15: Metabolismo del RNA Tema 16: Metabolismo de protenas. BIBLIOGRAFIA 120 126 142 152 162 83 94 104 114 7 19 26 39 47 56 65 77 3 4
OBJETIVOS GENERALES Al finalizar el curso el alumno aprender: Analizar las caractersticas estructurales, nutricionales y metablicas, de los seres vivos. Diferencia las rutas metablicas de los diferentes compuestos bioqumicos Fomentara su inters por el desarrollo de la investigacin bioqumica. INSTRUCCIONES DE USO Esta gua fue pensada para facilitar tu proceso de la enseanza de bioqumica. Los temas estn cubiertos en la secuencia que se presentan en el syllabus y se trata cada uno de ellos con la profundidad necesaria. Lee siempre con mucho cuidado tu gua. Durante este curso emplearemos muchas herramientas para que el aprendizaje de esta asignatura te resulte interesante, agradable, fluido y te permita organizar tu tiempo de la forma ms ptima. Tendrs como auxiliares otros libros de consulta y a tu docente acude a ellos cada vez que sea necesario. Las actividades son instrumentos de evaluacin, sern tomadas en cuenta para tu calificacin final que se complementa con la prctica de laboratorio como tarea acadmica.
El curso constar de los siguientes elementos:
Actividades. Cada tema incluir una serie de actividades tericas y prcticas, unas obligatorias y otras recomendadas y todas con fecha de entrega, que facilitarn la adquisicin y maduracin de los conocimientos.
Correo electrnico. Durante todo el curso, se pretende que exista una comunicacin constante entre el alumno y el profesor para lo que se establece esta herramienta de carcter personal.
Foro. La herramienta de foro se utilizar para establecer debates sobre temas concretos de inters general. La participacin es voluntaria pero ser puntuable y servir para mejorar la calificacin final. Iconos o esquemas que permiten realizar las actividades de aprendizaje y las instrucciones como resolver cada actividad esta son:
Trabajos de investigacin.
Lecturas sugeridas.
Importante.
Bsqueda de Internet.
Resuelve.
Exposicin.
Tarea.
Ejercicios. .
Practica de laboratorio.
Discusin en clase.
PRIMERA UNIDAD Tema N 1: FUNDAMENTOS DE BIOQUIMICA I OBJETIVOS: El alumno: Definir el concepto de bioqumica y su relacin con las ciencias afines a esta. Establecer la importancia de la bioqumica y porque es necesario estudiar esta asignatura, as como su relacin a la ingeniera Ambiental. Identificara cual es la relacin de la bioqumica con las diferentes reas de la Ingeniera ambiental. Establecer la importancia de estudiar dicha relacin.
Requerimientos: Para mejor entendimiento de este tema es necesario tener conocimientos de Biologa y Qumica orgnica por lo que es necesario revisar algunos conceptos. Deber de ver la pelcula El aceite de Lorenzo y responder las preguntas que el docente le asigne. II INSTRUCCIONES Para comprender este tema es necesario darle 4 horas de estudio extra de clase. Te debers apoyar en las lecturas recomendadas. Debes de realizar tus actividades de aprendizaje e investigacin y discutirlas con el docente en clases.
III INTRODUCCIN En esta unidad se define la Bioqumica y se destaca su importancia en el mbito medico y ambiental, as como su relacin e interrelacin con las ciencias afines tomando encuentra las asignaturas que los anteceden y las simultaneas. Caractersticas distintivas de los seres vivos: Un elevado grado de complejidad qumica y de organizaciones microscpicas.- Las intrincadas estructuras internas celulares estn formadas por miles de molculas diferentes. Entre ellas se encuentran polmeros muy largos, cada uno de ellos con su propia secuencia de subunidades, su estructura tridimensional nica y su capacidad para interaccionar de forma especfica y selectiva con otras molculas celulares.
La existencia de sistemas para la extraccin, transformacin y uso de energa del entorno. Que permite a los organismos construir y mantener sus complejas estructuras y llevar a cabo un trabajo mecnico, qumico osmtico y elctrico. Ello se opone a la tendencia que toda materia tiene a degradarse hacia un estado mas desordenado y a quedar finalmente en equilibrio con su entorno. La existencia de las funciones definidas para cada uno de los componentes de un organismo y la regulacin de las interacciones entre ellos. Esto es cierto no nicamente para estructuras macroscpicas tales como hojas y tallos o corazn y pulmones, sino tambin para estructuras microscpicas intracelulares y para compuestos qumicos individuales. Existen una relacin dinmica entre los componentes qumicos de un organismo vivo; los cambios en uno de los componentes producen cambios coordinados o compensatorios en otro, de modo el conjunto posee un carcter propio, ms all del de cada una de sus partes individuales. El conjunto de molculas lleva a cabo un programa que tienen como resultado final la reproduccin del mismo y la auto perpetuacin de este conjunto de molculas; en definitiva, el resultado final es la vida. Mecanismos para detectar y responder a las alteraciones en su entorno, mediante un ajuste constante a estos cambios gracias a la adaptacin de susu procesos qumicos internos a su posicin en el ambiente que los rodea. La capacidad de auto replicarse y auto ensamblarse. Una nica clula bacteriana colocada en un medio nutritivo estril puede dar lugar a mil millones de idntico "hija" de las clulas en 24 horas. Cada clula contiene miles de molculas diferentes, algunas muy complejas, pero en cada bacteria es un copia fiel del original, su construccin dirigida totalidad de la informacin contenida en el material gentico de la clula original. La capacidad de cambiar con el tiempo por la evolucin gradual. Los organismos cambian su vida heredada estrategias, en pasos muy pequeos, para sobrevivir en las nuevas circunstancias. El resultado de eones de aos de evolucin es una enorme diversidad de formas de vida, superficialmente muy diferentes pero relacionadas en lo fundamental a travs de sus ancestros comunes. Esta unidad fundamental de los organismos vivos se refleja a nivel molecular en la similitud de secuencias de genes y estructuras de las protenas. La Bioqumica es la ciencia que estudia las bases moleculares de la vida, en la que se integra y relaciona los conocimientos de dos ciencias, una la Biologa ( ciencia que estudia las interacciones de las clulas y el organismo ), y otra la Qumica ( ciencia que estudia las interacciones entre los tomos y las molecular ). El trmino Vida, no es sencillo de definir, ya que es imposible explicar la esencia de la misma, por lo tanto nos debemos limitar a decir las caractersticas vitales que diferencian a los seres vivos de los inertes: nutrirse, relacionarse con el medio, reproducirse, diferenciarse y crecer.
Fundamento celulares Las clulas son estructuras increblemente diversas y complejas, capaces no slo de dividirse as mismas (una de las caractersticas esenciales de la vida) sino tambin de realizar una amplia gama de tareas especializadas en los organismos multicelulares. Las clulas estn compuestas de agua, iones, compuestos inorgnicos y molculas que contiene carbono (orgnicas). El agua es la molcula ms abundante en las clulas, representando 70% o ms de la masa celular total. En consecuencia, las interacciones entre el agua y el resto de los componentes celulares tienen una importancia central en la qumica biolgica. Pese a las muchas diferencias de aspecto y funcin, todas las clulas estn envueltas en una membrana llamada membrana plasmtica que encierra una sustancia rica en agua llamada citoplasma. En el interior de las clulas tienen lugar numerosas reacciones qumicas que les permiten crecer, producir energa y eliminar residuos. El conjunto de estas reacciones se llama metabolismo (trmino que proviene de una palabra griega que significa cambio). Todas las clulas contienen informacin hereditaria codificada en molculas de cido desoxirribonucleico (ADN); esta informacin dirige la actividad de la clula y asegura la reproduccin y el paso de los caracteres a la descendencia. Las dimensiones celulares La mayor parte de las clulas son de tamao microscpico invisibles al ojo humano. El dimetro tpico de las clulas animales y vegetales es de unos 5 a 100 m, y muchos organismos unicelulares tienen una longitud de tan solo 1 a 2 m. Los seres vivos se pueden clasificar en tres dominios Todos los organismos vivos pertenecen a uno de los tres grandes grupos (dominios) que presentan las tres ramas de la evolucin a partir de un progenitor comn. En base a consideraciones bioqumicas y genticas se pueden distinguir dos grandes grupos: Bacteria y Archaea. Las bacterias habitan en el suelo, en las aguas superficiales y en los tejidos de otros organismos vivos o en descomposicin. Muchas especies de Archaea, propuestas como un dominio distinto por Carl Woese en la dcada de 1980, habitan en medios muy extremos: lagos salinos, fuentes termales, cinagas altamente acdicas y las profundidades de los ocanos. Las pruebas que se disponen sugieren que las arqueas y las bacterias divergieron pronto. Todos los organismos eucariticos que constituyen el tercer dominio, Eukarya, evolucionaron de la misma rama que dio origen a las arqueas; los eucariotas estn, por tanto, ms estrechamente relacionados con las arqueas que con las bacterias.
Eschericha coli es la bacteria mejor estudiada Las clulas bacterianas comparten ciertas caractersticas estructurales comunes, pero tambin presentan especializaciones especficas del grupo. E coli es un inquilino habitualmente inofensivo del tracto intestinal humano. La clula E coli tiene un aproximado de 2 m de longitud y un poco menos de 1 m de dimetro. La membarana plasmtica y las capas que la rodean constituyen la envoltura celular. Cabe observar que entre las arqueas la rigidez es conferida por una clase distinta de polmero (pseudopeptidoglucano). Las membranas plasmticas de las bacterias consisten en una fina bicapa de molculas de lpido en las que se insertan protenas. Las membranas de las arqueas tienen una arquitectura similar, aunque sus lpidos difieren de los presentes en bacterias. Las ribosomas bacterianos son ms pequeos que los eucarsticos pero llevan a cabo la misma funcin. Sntesis de protenas a partir de un RNA mensajero. El citoplasma de E coli contiene aproximadamente 15,000 ribosomas, cantidades variables (de decenas de miles) de copias de cada uno de los 1,000 o ms enzimas diferentes, quizs unos 1,000 compuestos orgnicos de masa molecular inferior a 1,000 (metabolitos y cofactores) y una variedad de iones inorgnicos. Muchas bacterias presentan vacuolas, grnulos intracelulares para el almacenaje de sustancias, como por ejemplo glucgeno, polifosfatos, azufre o polihidroxialcanoatos. Ciertas especies bacterianas fotosintticas, tales como las cianobacterias, producen vesculas internas de gas que utilizan para regular su flotabilidad y as alcanzar la profundidad con intensidad de luz ptima y/o unos niveles de nutrientes ptimos. Otras estructuras presentes en ciertas especies son los
carboxisomas (que contienen enzimas para la fijacin de carbono) y los magnetosomas (para la orientacin magntica). Las bacterias no tienen un ncleo delimitado por membranas. El material gentico est organizado en un nico cromosoma situado en el citoplasma, dentro de un cuerpo irregular denominado nucleoide. La mayora de los cromosomas bacterianos son circulares, si bien existen algunos ejemplos de cromosomas lineales, por ejemplo, Borrelia burgdorferi. El nucleoide contiene el cromosoma junto con las protenas asociadas y ARN. El orden Planctomycetes es una excepcin, pues una membrana rodea su nucleoide y tiene varias estructuras celulares delimitadas por membranas.
Diferencias entre una bacteria Gram negativa y una bacteria Gram positiva
Las clulas eucariotas poseen diversos orgnulos membranosos que pueden aislarse para su estudio. Las clulas eucariotas tpicas son mucho mayores que las bacterianas: tienen normalmente un dimetro de 5 a 100 m y un volumen celular que es entre mil y un milln de veces superior al de las bacterias. Las caractersticas distintivas de los eucariotas son el ncleo y los orgnulos rodeados de membranas que llevan a cabo funciones especificas: mitocondrias, retculo endoplasmtico., complejo de golgi, peroxisimas y lisosomas. Las clulas vegetales contienen adems vacuolas y cloroplastos. Los lisosomas tienen una estructura muy sencilla, semejantes a vacuolas, rodeados solamente por una membrana, contienen gran cantidad de enzimas digestivas que degradan todas las molculas inservibles para la clula. Funcionan como "estmagos" de la clula y adems de digerir cualquier sustancia que ingrese del exterior, vacuolas digestivas, ingieren restos celulares viejos para digerirlos tambin, llamados entonces vacuolas autofgicas.
Las clulas construyen estructuras supramoleculares Las macromolculas y sus subunidades monomericas son de tamao muy diferente. Una molecula de alanina mide menos de 0,5 nm. Una molecula de hemoglobina, la protena transportadora de oxigeno en los eritrocitos contiene cerca de 600 subunidades de aminocidos formando cuatro largas cadenas que se pliegan e forma globular y se asocian en estructura de 5,5 nm de dimetro. Las protenas son a su vez mucho menos que los ribososmas( cuyo dimetro es aproximadamente 20 nm), orgnulos, a su vez de tamao muy inferior al de las mitocondrias que miden aproximadamente de 1000 nm de dimetro. Existen pues una gran diferencias entre las biomoleculas simples y las estructuras que pueden observarse al microscopio ptico.
Algunos de los aminocidos de las protenas
Los componentes de los cidos nucleicos
Algunos de los componentes de los lpidos
El azcar principal
Fundamentos qumicos La bioqumica tiene como objetivo explicar en trminos qumicos las estructuras y las funciones biolgicas. A finales del siglo XVIII los qumicos llegaron a la conclusin de que la composicin de la materia viva era sorprendentemente diferente de la del mundo inanimado. Antonie Lavoisier (1743 1794) observo la relativa simplicidad qumica del mundo mineral en contraste con la complejidad de los mundos animal y vegetal; se saba que estos ltimos estaban formados por compuestos ricos en carbono, oxigeno, nitrgeno y fosforo.
Menos de los 30 de los ms de 90 elementos qumicos presentes en la naturaleza son esenciales para los seres vivos la mayora de los elementos de la materia viva tiene un numero atmico relativamente bajo, y solo 2 de ello tiene un numero atmico superior al del selenio, 34. Los cuatro elementos ms abundantes del organismo vivos, en trminos de porcentajes sobre el nmero total de tomos, son el hidrogeno, el oxigeno, el nitrgeno, y el carbono, que en conjunto, representan ms del 97% de la masa de la mayora de las clulas. Son los elementos ms ligeros capaces de formar los enlaces ms fuertes. Los oligoelementos representan una fraccin minscula del peso del cuerpo humano, pero todos ellos son esenciales para la vida, generalmente a la causa de que resultan imprescindibles para la funcin de protenas especificas, incluidos los enzimas. La capacidad trasportadora de oxigeno de la molcula de hemoglobina, por ejemplo, depende totalmente de cuatro iones de hierro que constituyen solo el 0,3% de su masa.
Clasificaremos los bioelementos en: Bioelementos primarios: O, C, H, N, P y S. Representan en su conjunto el 97% del total. Bioelementos secundarios: Na+, K+, Ca2+, Mg2+, Cl-. Aunque se encuentran en menor proporcin que los primarios, son tambin imprescindibles para los seres vivos. En medio acuoso se encuentran siempre ionizados.
Oligoelementos o elementos vestigiales: Son aquellos bioelementos que se encuentran en los seres vivos en un porcentaje menor del 0.5%. Algunos, los indispensables, se encuentran en todos los seres vivos, mientras que otros, variables, solamente los necesitan algunos organismos. Azufre Se encuentra en dos aminocidos (cistena y metionina), presentes en todas las protenas. Tambin en algunas sustancias como el Coenzima A. Fsforo Forma parte de los nucletidos, compuestos que forman los cidos nuclicos. Forman parte de coenzimas y otras molculas como fosfolpidos, sustancias fundamentales de las membranas celulares. Tambin forma parte de los fosfatos, sales minerales abundantes en los seres vivos. Magnesio Forma parte de la molcula de clorofila, y en forma inica acta como catalizador, junto con las enzimas, en muchas reacciones qumicas del organismo. Calcio Forma parte de los carbonatos de calcio de estructuras esquelticas. En forma inica interviene en la contraccin muscular, coagulacin sangunea y transmisin del impulso nervioso. Sodio Catin abundante en el medio extracelular; necesario para la conduccin nerviosa y la contraccin muscular. Potasio Catin ms abundante en el interior de las clulas; necesario para la conduccin nerviosa y la contraccin muscular. Cloro Anin ms frecuente; necesario para mantener el balance de agua en la sangre y fludo intersticial. Hierro Fundamental para la sntesis de clorofila, catalizador en reacciones qumicas y formando parte de citocromos que intervienen en la respiracin celular, y en la hemoglobina que interviene en el transporte de oxgeno. Manganeso Interviene en la fotolisis del agua , durante el proceso de fotosntesis en las plantas. Iodo Necesario para la sntesis de la tiroxina, hormona que interviene en el metabolismo Flor Forma parte del esmalte dentario y de los huesos. Cobalto Forma parte de la vitamina B12, necesaria para la sntesis de hemoglobina. Silicio Proporciona resistencia al tejido conjuntivo, endurece tejidos vegetales como en las gramneas. Cromo Interviene junto a la insulina en la regulacin de glucosa en sangre. Zinc Acta como catalizador en muchas reacciones del organismo. Litio Acta sobre neurotransmisores y la permeabilidad celular. En dosis adecuada puede prevenir estados de depresiones. Molibdeno Forma parte de las enzimas vegetales que actan en la reduccin de los nitratos por parte de las plantas. Las biomoleculas son compuestos de carbonos con una diversidad de grupos funcionales La quimica de los organismos vivos se organizan alrededor del carbono, que representa mas de la mitad del peso seco de las celulas. El carbono puede formar enlaces simples con atomos de hidrogeno y tanto enlaces simples como dobles con los atomos de oxigeno y de nitrogeno.
La capacidad de los atomos de carbono para formar enlaces simples carbono- carbono de gran estabilidad resulta de gran transcendencia en la biologia. Cada atomo de carbono puede formar enlaces simples muy estables con maximo de hasta otros cuatro atomos de carbono. Dos atomos de carbono pueden combatir tambien dos (o tres) pares de electrones, dando lugar a enlaces carbono carbono dobles (o triples). Los ngulos de enlaces del tomo del carbono estn generalmente cercanos a 109.5, 120 180, que corresponden al ngulo formado por los orbitales hbridos sp3, sp2 y sp, respectivamente. Cuando un tomo de carbono forma cuatro enlaces covalentes sencillos es que hibridiza produciendo cuatro orbitales hbridos sp3, orientados hacia los pices (puntas) de un tetraedro regular, con ngulos cercanos a 109.5.
Los grupos funcionales son grupos estn unidos al esqueleto de carbono, reemplazando a uno o ms de los hidrgenos que estaran presentes en un hidrocarburo. Un grupo -OH (hidroxilo) es un ejemplo de un grupo funcional. Cuando un hidrgeno y un oxgeno se unen covalentemente, un electrn exterior del oxgeno sobra, queda no apareado, puede entonces ser compartido con un electrn exterior que, de modo semejante, qued disponible en un tomo de carbono, formando as un enlace covalente con el carbono. Un compuesto con un grupo hidroxilo que reemplaza a uno o ms de los hidrgenos de un hidrocarburo, se conoce como alcohol. As, el metano (CH 4), en el que un tomo de hidrgeno es reemplazado por un grupo hidroxilo, se transforma en metanol o alcohol de madera (CH3OH), que es un compuesto de olor agradable, txico, notable por su capacidad para causar ceguera y muerte.
Las macromolculas son los principales constituyentes de las clulas Gran partes de las molculas biolgicas son macromolculas, polmeros de masa molecular superior a ~5,000 construidos a partir de precursores relativamente simples. Los polmeros ms cortos se denominan oligomeros. Las protenas. Los cidos nucleicos y los polisacridos son macromoleculares compuestos de monmeros de masa molecular igual o inferior a 500. La sntesis de macromolculas es una de las actividades celulares que ms energa consume. Las macromolculas puedan formar posteriormente estructuras supramoleculares complejas, dando lugares a unidades funcionales tales como los ribosomas. Entre los compuestos orgnicos ms importantes tenemos: Hidratos de Carbono Lpidos Protenas cidos Nucleicos.
Algunas de estas molculas, como los hidratos de carbono, las protenas y los cidos nucleicos pueden ser polimricas. Se denomina polmero a toda macromolcula constituida por la unin de muchas molculas pequeas similares, las que reciben el nombre de monmeros. Cuando dos monmeros similares se unen forman un dmero, si son tres un trmero. Hasta diez se lo nombran genricamente oligmero.
Las protenas estn formadas por la unin de varios aminocidos, unidos mediante enlaces peptdicos. El orden y disposicin de los aminocidos en una protena depende del cdigo gentico, ADN, de la persona. Las protenas constituyen alrededor del 50% del peso seco de los tejidos y no existe proceso biolgico alguno que no dependa de la participacin de este tipo de sustancias. Los acidos nucleicos son macromolculas, polmeros formados por la repeticin de monmeros llamados nucletidos, unidos mediante enlaces fosfodister. Se forman, as, largas cadenas o polinucletidos, lo que hace que algunas de estas molculas lleguen a alcanzar tamaos gigantes (de millones de nucletidos de largo). Existen dos tipos de cidos nucleicos: ADN y ARN. El ADN guarda la informacin gentica en todos los organismos celulares, el ARN es necesario para que se exprese la informacin contenida en el ADN; en los virus podemos encontrar tanto ADN como ARN conteniendo la informacin (uno u otro nunca ambos). Los polisacridos estn formados por la unin de monosacridos, unidos por enlaces Oglucosdicos. Existen algunos formados por unidades de pentosa, llamados pentosanas, pero los que tienen importancia biolgica son los polmeros de unidades de hexosas, llamados tambin hexosanas, y muy especialmente los polisacridos formados de glucosa. Los polisacridos son sustancias de gran tamao y peso molecular. Son totalmente insolubles en agua, en la que pueden formar dispersiones coloidales. Los lpidos derivados de hidrocarburos insolubles en agua, sirven como componentes de estructurales de las membranas, reserva de combustible, rico de energa, pigmentos y seales intracelulares.
Capitulo 2 El agua El agua es la sustancia ms abundante en los sistemas vivos constituye el 70% o ms del peso de la mayora de organismos. Los primeros organismos vivos de la tierra aparecieron en un entorno acuoso, y el curso de la evolucin ha sido moldeado por las propiedades del medio acuoso en que se inicio la vida. El agua, el lquido ms comn de la superficie terrestre, el componente principal en peso de todos los seres vivos, tiene un nmero de propiedades destacables. Estas propiedades son consecuencia de su estructura molecular y son responsables de la "aptitud" del agua para desempear su papel en los sistemas vivos. La estructura de la molcula de agua est dada por dos tomos de hidrgeno y un tomo de oxgeno que se mantienen unidos por enlaces covalentes. Es una molcula polar y, en consecuencia, forma enlaces -llamados puentes de hidrgeno- con otras molculas. Aunque los enlaces individuales son dbiles -se rompen y se vuelven a formar continuamente- la fuerza total de los enlaces que mantienen a las molculas juntas es muy grande. El ngulo entre los enlaces H-O-H es de 104'5. El oxgeno es ms electronegativo que el hidrgeno y atrae con ms fuerza a los electrones de cada enlace. El resultado es que la molcula de agua aunque tiene una carga total neutra (igual nmero de protones que de electrones ), presenta una distribucin asimtrica de sus electrones, lo que la convierte en una molcula polar, alrededor del oxgeno se concentra una densidad de carga negativa , mientras que los ncleos de hidrgeno quedan parcialmente desprovistos de sus electrones y manifiestan, por tanto, una densidad de carga positiva. Por ello se dan interacciones dipolo-dipolo entre las propias molculas de agua, formndose enlaces por puentes de hidrgeno, la carga parcial negativa del oxgeno de una molcula ejerce atraccin electrosttica sobre las cargas parciales positivas de los tomos de hidrgeno de otras molculas adyacentes. Aunque son uniones dbiles, el hecho de que alrededor de cada molcula de agua se dispongan otras cuatro molculas unidas por puentes de hidrgeno permite que se forme en el agua (lquida o slida) una estructura de tipo reticular, responsable en gran parte de su comportamiento anmalo y de la peculiaridad de sus propiedades fisicoqumicas.
a. El modelo de esferas y varillas remarca que los tomos estn unidos por enlaces covalentes; tambin da cierta indicacin de la geometra de la molcula. Una descripcin ms precisa de la forma de la molcula la proporciona el modelo orbital. b. En el modelo compacto, el tomo de oxgeno est representado por la esfera roja y los tomos de hidrgeno por las esferas blancas. A raz de su sencillez, este modelo a menudo se utiliza como un smbolo conveniente de la molcula de agua. Los puentes de hidrgeno determinan muchas de las extraordinarias propiedades del agua. Entre ellas estn su gran cohesin, su alta tensin superficial y sus altos calores especficos, de vaporizacin y de fusin. Los fenmenos de capilaridad e imbibicin estn tambin relacionados con la presencia de puentes de hidrgeno. La polaridad de la molcula de agua es, adems, responsable de su adhesin a otras sustancias polares, de ah, su tendencia al movimiento capilar. Los puentes de hidrgeno son los responsables de las propiedades caractersticas del agua; entre ellas, de la gran cohesin, o atraccin mutua, de sus molculas. La cohesin trae como consecuencia la alta tensin superficial que permite, por ejemplo, que una hoja de afeitar colocada delicadamente sobre la superficie del agua flote.
La enorme cantidad de puentes de hidrgeno que presenta el agua tambin es responsable de su resistencia a los cambios de temperatura. El agua tiene un alto calor especfico -o capacidad calorfica- un alto calor de vaporizacin y un alto calor de fusin. La accin capilar-o capilaridad- y la imbibicin son tambin fenmenos relacionados con las uniones entre molculas de agua. Si se mantienen dos lminas de vidrio juntas y se sumerge un extremo en agua, la cohesin y la adhesin combinadas harn que el agua ascienda entre las dos lminas por capilaridad. De igual modo, la capilaridad hace que el agua suba por tubos de vidrio muy finos, que ascienda en un papel secante, o que atraviese lentamente los pequeos espacios entre las partculas del suelo y, de esta manera, est disponible para las races de las plantas. La imbibicin, por otra parte, es la absorcin o penetracin capilar de molculas de agua en sustancias tales como la madera o la gelatina que, como resultado de ello, se hinchan. Las presiones desarrolladas por imbibicin pueden ser sorprendentemente grandes.
Tambin debido a su polaridad el agua es un buen solvente para iones y molculas polares. Las molculas que se disuelven fcilmente en agua se conocen como hidroflicas. Las molculas de agua, a raz de su polaridad, excluyen activamente de la solucin a las molculas no polares. Las molculas excluidas de la solucin acuosa se conocen como hidrofbicas. Dentro de los sistemas vivos, muchas sustancias se encuentran en solucin acuosa. Una solucin es una mezcla uniforme de molculas de dos o ms sustancias. La sustancia presente en mayor cantidad, que es habitualmente lquida, se llama solvente, y las sustancias presentes en cantidades menores se llaman solutos. La polaridad de las molculas de agua es la responsable de la capacidad solvente del agua. Las molculas polares de agua tienden a separar sustancias inicas, como el cloruro de sodio (NaCl), en sus iones constituyentes. Las molculas de agua se aglomeran alrededor de los iones con carga y los separan unos de otros. Muchas de las molculas importantes en los sistemas vivos que presentan uniones covalentes, como los azcares, tienen regiones de carga parcial positiva o negativa. Estas molculas, por lo tanto, atraen molculas de agua y tambin se disuelven en agua. Las molculas polares que se disuelven rpidamente en agua son llamadas hidroflicas ("que aman al agua''). Estas molculas se disuelven fcilmente en agua porque sus regiones parcialmente cargadas atraen molculas de agua
tanto o ms que lo que se atraen entre s. Las molculas polares de agua compiten de este modo con la atraccin existente entre las molculas de soluto. Molculas tales como las grasas, que carecen de regiones polares, tienden a ser muy insolubles en el agua. Los puentes de hidrgeno entre las molculas de agua actan como una fuerza que excluye a las molculas no polares. Como resultado de esta exclusin, las molculas no polares tienden a agruparse en el agua, al igual que las gotitas de grasa tienden a juntarse, por ejemplo, en la superficie del caldo de gallina. Dichas molculas son llamadas hidrofbicas ("que tienen aversin por el agua") y los agrupamientos se producen por interacciones hidrofbicas. El agua tiene una ligera tendencia a ionizarse, o sea, a separarse en iones H + (en realidad iones hidronio H3O+) y en iones OH-. En el agua pura, el nmero de iones H+ y el nmero de iones OH- es igual a 10-7 mol por litro. Una solucin que contiene ms iones H+ que iones OH- es cida; una solucin que contiene ms iones OH- que iones H+ es bsica o alcalina. La escala de pH refleja la proporcin de iones H+ a iones OH-. Una solucin cida tiene un pH inferior a 7; una solucin bsica tiene un pH superior a 7. Casi todas las reacciones qumicas de los sistemas vivos tienen lugar en un estrecho intervalo de pH alrededor de la neutralidad. Los organismos mantienen este estrecho intervalo de pH por medio de buffers, que son combinaciones de formas de cidos dbiles o bases dbiles; dadores y aceptores de H+. En el agua lquida hay una leve tendencia a que un tomo de hidrgeno salte del tomo de oxgeno al que est unido covalentemente, al otro tomo de oxgeno al que se encuentra unido por un puente de hidrgeno. En esta reaccin se producen dos iones: el ion hidronio (H3O+) y el ion hidrxido (OH-). En cualquier volumen dado de agua pura se encuentra ionizado de esta forma un nmero pequeo, pero constante, de molculas de agua. El nmero es constante porque la tendencia del agua a ionizarse se contrapesa con la tendencia de los iones a reunirse. As, aunque algunas molculas estn ionizndose, un nmero igual de otras molculas est formndose; este estado se conoce como equilibrio dinmico. Cuando el agua se ioniza, un ncleo de hidrgeno (o sea, un protn) se desplaza del tomo de oxgeno al cual se encuentra unido covalentemente, al tomo de oxgeno con el que establece un puente de hidrgeno. Los iones resultantes son el ion hidrxido cargado negativamente y el ion hidronio cargado positivamente.
Resumiendo un poco queda como
y la ecuacion final es:
En el agua pura, el nmero de iones H+ iguala exactamente al nmero de iones OH- ya que ningn ion puede formarse sin el otro cuando solamente hay molculas de H 2O presentes. Sin embargo, cuando una sustancia inica o una sustancia con molculas polares se disuelve en el agua, pueden cambiar los nmeros relativos de los iones H+ y OH-. Por ejemplo, cuando el cido clorhdrico (HCl) se disuelve en agua, se ioniza casi completamente en iones H+ y Cl-; como resultado de esto, una solucin de HCl (cido clorhdrico) contiene ms iones H+ que OH-. De modo inverso, cuando el hidrxido de sodio (NaOH) se disuelve en agua, forma iones Na+ y OH-; as, en una solucin de hidrxido de sodio en agua hay ms iones OH- que H+. Una solucin es cida cuando el nmero de iones H+ supera al nmero de iones OH-, de modo contrario, una solucin es bsica -o alcalina- cuando el nmero de iones OH- supera al nmero de iones H+. As, un cido es una sustancia que provoca un incremento en el nmero relativo de iones H+ en una solucin, y una base es una sustancia que provoca un incremento en el nmero relativo de iones OH-. Los cidos y bases fuertes son sustancias, tales como el HCl y el NaOH, que se ionizan casi completamente en agua, dando como resultado incrementos relativamente grandes en las concentraciones de iones H+ y OH-, respectivamente. Los cidos y bases dbiles, por contraste, son aquellos que se ionizan slo ligeramente, dando como resultado incrementos relativamente pequeos en la concentracin de iones H+ u OH-. Dada la fuerte tendencia de los iones H+ y OH- a combinarse y la dbil tendencia del agua a ionizarse, la concentracin de los iones OH- disminuir siempre a medida que la concentracin de los iones H+ se incremente (como, por ejemplo, cuando se aade HCl al agua), y viceversa. En otras palabras, si un cido y una base de fuerzas comparables se aaden en cantidades equivalentes, la solucin no tendr un exceso ni de iones H+ ni de OH-. Muchos de los cidos importantes en los sistemas vivos deben sus propiedades cidas a un grupo de tomos llamado grupo carboxilo, que incluye un tomo de carbono, dos tomos de oxgeno y un tomo de hidrgeno (simbolizado como -COOH). Cuando se disuelve en agua una sustancia que contiene un grupo carboxilo, algunos de los grupos -COOH se disocian y producen iones hidrgeno. As, los compuestos que contienen grupos carboxilo son dadores de iones hidrgeno, o cidos. Son cidos dbiles, sin embargo, porque el grupo -COOH se ioniza slo levemente. Entre las bases ms importantes de los sistemas vivos se encuentran los compuestos que contienen al grupo amino (-NH2). Este grupo tiene una tendencia dbil a aceptar iones hidrgeno, formando por lo tanto el grupo -NH3+. En tanto los iones hidrgeno son eliminados de la solucin por el grupo amino, la concentracin relativa de los iones H+ disminuye y la concentracin relativa de los iones OH- aumenta. Grupos, tales como el -NH2, que son aceptores dbiles de iones hidrgeno son, as, bases dbiles. Los qumicos expresan el grado de acidez por medio de la escala de pH. El smbolo "pH" indica el logaritmo negativo de la concentracin de iones hidrgeno en unidades de moles por litro. Los nmeros cuyos logaritmos son de inters para nosotros son las concentraciones de iones hidrgeno en las soluciones, que se expresan en moles por litro.
La ionizacin que ocurre en un litro de agua pura da como resultado la formacin, en el equilibrio, de 1/10.000.000 de mol de iones hidrgeno . En forma decimal, esta concentracin de iones hidrgeno se escribe como 0,0000001 mol por litro o, en forma exponencial, como 10 -7 mol por litro. El logaritmo es el exponente -7 y el logaritmo negativo es 7; con referencia a la escala de pH, se lo menciona simplemente como pH 7. A pH 7 las concentraciones de H + y OH- libres son exactamente iguales dado que estn en agua pura. Este es un estado neutro. Cualquier pH por debajo de 7 es cido y cualquier pH por encima de 7 es bsico. Cuanto menor sea el valor del pH, mayor ser la concentracin de iones hidrgeno. Dado que la escala de pH es logartmica, una diferencia en una unidad de pH implica una diferencia de 10 veces en la concentracin de iones hidrgeno. Por ejemplo, una solucin de pH 3 tiene 1.000 veces ms iones H+ que una solucin de pH 6. Al producto de la concentracin de iones hidroxonio o hidronio (H3O+) por la concentracin de iones hidrxido o hidroxilo (OH) se le denomina producto inico del agua y se representa como Kw. Las concentraciones de los iones H+ y OH se expresan en moles / litro (molaridad). Este producto tiene un valor constante igual a 10 14 a 25 C, como se grafica en la siguiente ecuacin
O, que es lo mismo:
Debido a que en el agua pura por cada ion hidronio (o ion hidrgeno) hay un ion hidrxido (o hidroxilo), la concentracin es la misma, por lo que:
De esta expresin se deduce que las concentraciones de hidronios (tambin llamada de protones) (H+) y de hidroxilos (OH-) son inversamente proporcionales; es decir, para que el valor de la constante de disociacin se mantenga como tal, el aumento de una de las concentraciones implica la disminucin de la otra. Una diferencia de una unidad de pH refleja una diferencia de 10 veces en la concentracin de iones H+. Las bebidas cola, por ejemplo, son 10 veces ms cidas que el jugo de tomate. Los jugos gstricos son 100 veces ms cidos que las bebidas cola. Casi toda la qumica de los seres vivos tiene lugar a pH entre 6 y 8. Como excepciones notables podemos mencionar los procesos qumicos en el estmago de los humanos y otros animales, que tienen lugar a pH de aproximadamente 2. La sangre humana, por ejemplo, mantiene un pH casi constante de 7,4, a pesar del hecho de que es el vehculo de gran nmero y variedad de nutrientes y
otros compuestos qumicos que reparte entre las clulas, as como de la eliminacin de desechos, muchos de los cuales son cidos y bases. En la figura de abajo se seala el pH de algunas soluciones. En general hay que decir que la vida se desarrolla a valores de pH prximos a la neutralidad.
Capitulo 03 Aminocidos pptidos y protenas Las protenas intervienen en prcticamente todos los procesos que tienen lugar a la clula y ejercen una diversidad casi inagotable de funciones. En la exploracin de los mecanismos de moleculares de un proceso biolgico, el bioqumico debe estudiar una o ms protenas. Las protenas son las macromolculas biolgicas ms abundantes y se hallan en todas las clulas y en todas las partes de las clulas. Las protenas tambin presentan una gran variedad, en una sola clula pueda haber miles de protenas diferentes. Siendo los arbitrios de las funciones moleculares, las protenas son los productos finales ms importantes de las rutas de informacin adems son los instrumentos moleculares mediante lo que se expresa la informacin gentica. Los aminocidos Los aminocidos son las unidades elementales constitutivas de las molculas denominadas Protenas. Como su nombre indica los aminocidos son compuestos que poseen un grupo amino (NH2) y un grupo cido (carboxlico -COOH) en su estructura. Los aminocidos son los precursores de los pptidos y las protenas, y en ellos el grupo amino y el grupo carboxilo, se encuentran unidos al mismo tomo de carbono, conocido como carbono- (-aminocidos). La estructura general de los - aminocidos (a excepcin de la prolina, que es cclica) se muestra en la Figura.
Como se puede apreciar, el carbono- (a excepcin de la glicina) es un carbono quiral y como tal presenta dos enantimeros (L- y D-). Las 20 -aminocido presentes en las protenas son de la serie L- y en su representacin de Fischer poseen el grupo amino hacia la izquierda. La diferencia entre los aminocidos viene dada por el resto -R, o cadena lateral, unida al carbono-. Tcnicamente hablando, se los denomina alfa-aminocidos, debido a que el grupo amino (NH2) se encuentra a un tomo de distancia del grupo carboxilo (COOH). Como dichos grupos funcionales poseen H en sus estructuras qumicas, son grupos susceptibles a los cambios de pH; por eso, al pH de la clula prcticamente ningn aminocido se encuentra de esa forma, sino que se encuentra ionizado.
Los aminocidos a pH bajo (cido) se encuentran mayoritariamente en su forma catinica (con carga positiva), y a pH alto (bsico) se encuentran en su forma aninica (con carga negativa). Sin embargo, existe un pH especfico para cada aminocido, donde la carga positiva y la carga negativa son de la misma magnitud y el conjunto de la molcula es elctricamente neutro. En este estado se dice que el aminocido se encuentra en su forma de ion dipolar o zwitterin. Los iones dipolo (zwitterions) de los aminocidos son sales internas y por ello tienen muchas de las propiedades fsicas asociadas con las sales. Poseen momentos dipolares grandes, son solubles en agua e insolubles en hidrocarburos, y son sustancias cristalinas con puntos de fusin altos. Adems los aminocidos son Anfteros: pueden reaccionar como cidos o como bases, dependiendo de las circunstancias.
Los aminocidos se pueden clasificar segn su grupo radical Dado que los aminocidos comunes en las protenas difieren entre s por la cadena lateral, su clasificacin obedece a las propiedades qumica de la cadena lateral, esta puede clasificarse segun su polaridad y/o carga a pH neutro, el tipo de estructura qumica, su reactividad y los elementos presentes y por su habilidad para formar enlaces de hidrgeno. Se clasifican en: Grupos R apolares alifticos, grupos R aromticos, grupo R polares sin carga, grupos R cargados positivamente (bsicos), grupos R cargados negativamente (cidos).
Grupo R apolares alifticos. Este tipo de aminocidos son apolares e hidrofobicos, las cadenas de alanina, la valina, la leucina y la isoleucina tienden a agruparse entre si en las protenas, estabilizando las estructura proteica a travs de interacciones hidrofbicas. La glicina tiene la estructura mas simple, aunque formalmente es apolar, su muy pequea cadena lateral no tiene una contribucin real en las interacciones hidrofbicas. La metionina uno de los dos aminocidos que contiene azufre, tiene un grupo tioester apolar en su cadena lateral. La prolina tiene una cadena lateral aliftica con una estructura cclica especial. Grupo R aromticos. La fenilalanina, la tirosina y el triptfano, con sus cadenas laterales aromaticas, son relativamente apolares (hidrofobicos). Todos ellos pueden participar en las interacciones hidrofbicas. El grupo hidroxilo de la tirosina puede formar puentes de hidrogeno y constituye un grupo funcional en laa enzimas. La tirosina y el triptfano son significativamente mas polares que la fenilalanina debido al grupo hidroxilo de la tirosina y al nitrgeno del anillo indolico del triptfano. Grupo R polares sin carga. Son 5 los -aminocidos cuyo resto -R es polar pero sin Carga. La serina y la treonina son portadores de un grupo hidroxilo (-OH). La asparragina y la glutamina, poseen cadenas laterales portadoras de un grupo amida, y por hidrlisis dan lugar, respectivamente, a aspartato y glutamato, dos aminocidos con carga negativa. La cistena debe su polaridad a la presencia de un grupo tilico (-SH). Grupo R cargados positivamente (bsicos). Tres son los -aminocidos que poseen restos R cargados positivamente a pH fisiolgico. La lisina posee una cadena lateral de butilamonio, la arginina presenta un grupo -R de guanidina y la histidina es portadora de un grupo -R de imidazolio. Grupos R cargados negativamente (acidos). Existen dos -aminocidos cuyo resto polar posee carga negativa a pH fisiolgico, debida a la presencia de un grupo carboxilo (- COOH), el cido glutmico y el cido asprtico. A los aminocidos que necesitan ser ingeridos por el cuerpo se los llama esenciales; la carencia de estos aminocidos en la dieta limita el desarrollo del organismo, ya que no es posible reponer las clulas de los tejidos que mueren o crear tejidos nuevos, en el caso del crecimiento. Para el ser humano, los aminocidos esenciales son: Valina (Val), Leucina (Leu), Treonina (Thr), Lisina (Lys), Triptfano (Trp), Histidina (His), Fenilalanina (Phe), Isoleucina (Ile), Arginina (Arg) , Metionina (Met) A los aminocidos que pueden ser sintetizados o producidos mediante la sntesis de aminocidos por el cuerpo se los conoce como no esenciales y son: Alanina (Ala), Prolina (Pro), Glicina (Gly), Serina (Ser), Cistena (Cys) , Asparagina (Asn), Glutamina (Gln), Tirosina (Tyr) , cido asprtico (Asp), cido glutmico (Glu)
Funciones bsica de los aminocidos:

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cido Glutmico: sirve principalmente como "combustible" del cerebro y ayuda a absorber el exceso de amonaco (afecta a las funciones cerebrales). Acido Aspartico: Es muy importante para la desintoxicacin del Hgado y su correcto funcionamiento. El cido L- Asprtico se combina con otros aminocidos formando molculas capases de absorber toxinas del torrente sanguneo. Alanina: es uno de los aminocidos no esenciales que interviene en el metabolismo de la glucosa. Arginina: Est implicada en la conservacin del equilibrio de nitrgeno y de dixido de carbono interviene en los procesos de detoxificacin del organismo, en el ciclo de la urea y en la sntesis de creatinina. Estimula la produccin y liberacin de la hormona de crecimiento. Asparagina: este tipo de aminocidos se forma a partir del cido asprtico. Ayuda tambin a eliminar el amonaco del organismo acta (protegiendo as el sistema nervioso) y mejora la resistencia a la fatiga. Cistena: ayuda al organismo a eliminar los metales pesados. Es uno de los aminocidos que interviene en el crecimiento y la salud del cabello y tambin forma parte del factor de tolerancia a la glucosa. Fenilalanina: pertenece al grupo de aminocidos que ayudan a nuestro organismo a mantener niveles adecuados de endorfinas que son responsables de la sensacin de bienestar. Este aminocido reduce el apetito desmesurado y ayuda a calmar el dolor. Glicina: facilita al cuerpo la creacin de masa muscular (til para la distrofia muscular) til para tratar la hipoglucemia y para la hiperactividad gstrica. Glutamina: puede ayuda a mejorar el coeficiente intelectual y diversos problemas mentales (desnimo, principios de demencia senil, etc.) De entre los aminocidos destaca por ser de ayuda para combatir la adiccin al alcohol. Histidina: es un aminocido precursor de la histamina. Puede ayudar a mejorar en algunos casos la artritis reumatoidea, sntomas alrgicos y lceras. En combinacin con la hormona de crecimiento (HGH) y algunos aminocidos asociados, contribuyen al crecimiento y reparacin de los tejidos con un papel especficamente relacionado con el sistema cardiovascular. Isoleucina: interviene en la sntesis de hemoglobina y mantiene el equilibrio de la glucosa en la sangre. Interviene en la produccin de energa y reparacin del tejido muscular. Leucina: junto a otros aminocidos como la Isoleucina interviene en la formacin y reparacin del tejido muscular. Colabora en la curacin de la piel y huesos Lisina: participa junto con la metionina en la sntesis del aminocido carnitina y ayuda a tratar o prevenir los herpes. Incrementa con la arginina, la produccin de la hormona de crecimiento. Metionina: su dficit puede ocasionar algunos tipos de edemas, colesterol y prdida de cabello. Prolina: como otros aminocidos interviene en la sntesis de neurotransmisores cerebrales relacionados con el alivio de la depresin temporal y colabora tambin en la sntesis de colgeno.
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Serina: interviene en el metabolismo de grasas y cidos grasos as como tambin hace de recursor de los fosfolpidos (nutren el sistema nervioso) Tirosina: destaca entre los aminocidos por su funcin de neurotransmisor y puede ayudar en caso de ansiedad o depresin. Treonina: ayuda en los procesos de desintoxicacin junto a los aminocidos Metionina y cido Asprtico. Tambin participa en la sntesis del colgeno y de la elastina. Triptfano: precursor del neurotransmisor serotonina. Este aminocido tambin acta como antidepresivo natural, favorece el sueo y tambin puede mejorar los casos de ansiedad. til en terapias contra el alcoholismo. Valina: favorece el crecimiento y reparacin de los tejidos musculares. Puede ser, dentro de los aminocidos, muy til para reducir el apetito y la bulimia.
Pptidos y protenas Las protenas y los pptidos son polmeros de aminocidos en los cuales las unidades individuales de aminocidos, llamados residuos, estn unidas mediante enlaces amida, o uniones peptdicas.
Este enlace se forma por reaccin entre el grupo -COOH de un aminocido y el -amino del siguiente (con prdida de una molcula de agua) y recibe el nombre de enlace peptdico. La larga secuencia repetida de enlaces peptdicos forman una cadena, la estructura primaria o esqueleto de las protenas. Por convencion siempre se escriben los pptidos con el aminocido N-terminal a la izquierda y el aminocido C-terminal a la derecha. El nombre del pptido se indica utilizando las abreviaturas para cada aminocido.
Algunos de las protenas contienen grupos qumicos diferentes a los aminocidos Algunas protenas contienen componentes qumicos diferentes a los aminocidos asociados permanentemente, estas protenas se denominan protenas conjugadas. Unas protenas conjugadas o heteroprotenas son molculas que presentan una parte proteica y parte no proteica menor llamada grupo prosttico. Esto las diferencia de las protenas simples u holoprotenas. Todas son globulares, y se clasifican en funcin del grupo prosttico, por ejemplo: las lipoprotenas tienen lpidos, las glucoproteinas contienen grupo glucosidico y la metalproteinas contienen un metal especfico.
Protenas La palabra protena proviene del griego protop (lo primero, lo principal, lo ms importante). Las protenas son las responsables de la formacin y reparacin de los tejidos, interviniendo en el desarrollo corporal e intelectual. Las protenas son biopolmeros (macromolculas orgnicas), de elevado peso molecular, constituidas bsicamente por carbono (C), hidrgeno (H), oxgeno (O) y nitrgeno (N); aunque pueden contener tambin azufre (S) y fsforo (P) y, en menor proporcin, hierro (Fe), cobre (Cu), magnesio (Mg), yodo (Y), entre otros elementos. Pueden considerarse polmeros de unas pequeas molculas que reciben el nombre de aminocidos y seran, por tanto, los monmeros unidad. La unin de un bajo nmero de aminocidos da lugar a un pptido; si el nmero de aminocidos que forma la molcula no es mayor de 10, se denomina oligopptido, si es superior a 10 se llama polipptido y si el nmero es superior a 50 aminocidos se habla ya de protena.
Por tanto, las protenas son cadenas de aminocidos que se pliegan adquiriendo una estructura tridimensional que les permite llevar a cabo miles de funciones. Las protenas estn codificadas en el material gentico de cada organismo, donde se especifica su secuencia de aminocidos, y luego son sintetizadas por los ribosomas.
(a) Cada enlace pepetidico tiene caractersticas parcial de doble enlace debido ala resonancia y no puede girar. (b) tres en laces separan los carbonos consecutivos en una cadena polipeptidica. Los enlaces N- C y C C pueden rotar, segn angulos diedros que se denominan y respectivamente. El enlace peptidico C- N no puede rotar libremente Estructura de las protenas La actividad biolgica de una protena depende en gran medida de la disposicin espacial de su cadena polipeptdica. Efectivamente, la cadena polipeptdica sufre una serie de plegamientos que la capacitan para llevar a cabo su funcin biolgica. Estos plegamientos proporcionan una complejidad extraordinaria a la estructura de las protenas, para la que se han descrito cuatro niveles diferentes, conocidos como estructura primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria, cada uno de los cuales se construye a partir del nivel anterior.
Estructura primaria La estructura primaria viene determinada por la secuencia de aminocidos en la cadena proteica, es decir, el nmero de aminocidos presentes y el orden en que estn enlazados. Las posibilidades de estructuracin a nivel primario son prcticamente ilimitadas. Como en casi todas las protenas existen 20 aminocidos diferentes, el nmero de estructuras posibles viene dado por las variaciones con repeticin de 20 elementos tomados de n en n, siendo n el nmero de aminocidos que componen la molcula proteica.
Conocer la estructura primaria de una protena no solo es importante para entender su funcin (ya que sta depende de la secuencia de aminocidos y de la forma que adopte), sino tambin en el estudio de enfermedades genticas. Es posible que el origen de una enfermedad gentica radique en una secuencia anormal. Esta anomala, si es severa, podra resultar en que la funcin de la protena no se ejecute de manera adecuada o, incluso, en que no se ejecute en lo absoluto . El
nmero de aminocidos que forman una protena oscila entre 80 y 300. Los enlaces que participan en la estructura primaria de una protena son covalentes: son los enlaces peptdicos.
Estructura secundaria La estructura secundaria es la disposicin de la secuencia de aminocidos en el espacio. Los aminocidos, a medida que van siendo enlazados durante la sntesis de protenas y gracias a la capacidad de giro de sus enlaces, adquieren una disposicin espacial estable. Hay dos tipos de estructuras las Hlice Alfa y las Hoja Beta. La Helice alfa: Consiste en un plegamiento en espiral de la cadena polipeptdica sobre s misma. Este enrollamiento sigue el sentido de giro de las agujas del reloj y contiene 3,6 aminocidos por cada vuelta. La expresin 3,6 aminocidos indica que en una vuelta completa de la hlice hay tres aminocidos y parte de otro, cuya segunda porcin pertenece a la siguiente vuelta. El plegamiento se mantiene estable por medio de puentes de hidrgeno entre el grupo amino (que forma parte de un enlace peptdico) de un aminocido y el grupo carboxilo (que forma parte de otro enlace peptdico) del cuarto aminocido que le sigue en la cadena lineal. Si estos enlaces se rompen, la estructura secundaria se pierde. Las cadenas laterales de los aminocidos no intervienen en los enlaces y aparecen proyectadas hacia la parte externa de la alfa-hlice.
La Hoja Beta: Cuando la cadena principal de un polipptido se estira al mximo que permiten sus enlaces covalentes se adopta una configuracin espacial denominada estructura , que suele representarse como una flecha. En esta estructura las cadenas laterales de los aminocidos se sitan de forma alternante a la derecha y a la izquierda del esqueleto de la cadena polipeptdica. Las estructuras de distintas cadenas polipeptdicas o bien las estructuras b de distintas zonas de una misma cadena polipeptdica pueden interaccionar entre s mediante puentes de hidrgeno, dando lugar a estructuras laminares llamadas por su forma hojas plegadas u hojas . Cuando las estructuras tienen el mismo sentido, la hoja resultante es paralela, y si las estructuras tienen sentidos opuestos, la hoja plegada resultante es antiparalela.
Estructura terciaria La estructura terciaria de una protena es la responsable directa de sus propiedades biolgicas, ya que la disposicin espacial de los distintos grupos funcionales determina su interaccin con los diversos ligandos. Para las protenas que constan de una sola cadena polipeptdica (carecen de estructura cuaternaria), la estructura terciaria es la mxima informacin estructural que se puede obtener. La estructura terciaria es, por tanto, un conjunto de plegamientos caractersticos que se originan por la unin entre determinadas zonas de la cadena polipeptdica. Estas uniones se realizan por medio de enlaces entre las cadenas laterales R de los aminocidos. En la estructura terciaria existen varios tipos de enlaces: Puentes disulfuro. Constituyen fuertes enlaces covalentes entre dos grupos SH que pertenecen a sendos aminocidos cisteina. Fuerzas electrostticas. Se trata de enlaces de tipo inico entre grupos con cargas elctricas opuestas. Puentes de hidrgeno. Se establecen entre grupos polares no inicos en los que existen cargas parciales en su cadena lateral. Fuerzas de Van der Waals e interacciones hidrofbicas. Son las uniones ms dbiles y se producen entre aminocidos apolares. Estructura terciaria de la mioglobina del cachalote, el grupo hemo se muestra en rojo:
Las protenas globulares tienen estructuras terciarias diversas
Estructura cuaternaria Esta estructura informa de la unin, mediante enlaces dbiles (no covalentes) de varias cadenas polipeptdicas con estructura terciaria, para formar un complejo proteico. Cada una de estas cadenas polipeptdicas recibe el nombre de protmero. El nmero de protmeros vara desde dos, como en la hexoquinasa; cuatro, como en la hemoglobina, o muchos, como la cpsida del virus de la poliomielitis, que consta de sesenta unidades proteicas. Cuando varias protenas con estructura terciaria de tipo globular se asocian para formar una estructura de tipo cuaternario, los monmeros pueden ser: Exactamente iguales, como en el caso de la fosfoglucoisomerasa o de la hexoquinasa. Muy parecidos, como en el caso de la lactato deshidrogenasa. Con estructura distinta pero con una misma funcin, como en el caso de la hemoglobina. Estructural y funcionalmente distintos, que una vez asociados forman una unidad funcional, como en el caso de la aspartato transcarbamilasa, un enzima alostrico con seis subunidades con actividad cataltica y seis con actividad reguladora. Estructura cuaternaria de la desoxihemoglobina
Desnaturalizacin de las protenas Se llama desnaturalizacin de las protenas a la prdida de las estructuras de orden superior (secundaria, terciaria y cuaternaria), quedando la cadena polipeptdica reducida a un polmero estadstico sin ninguna estructura tridimensional fija.
Capitulo 04 ENZIMAS Existen dos condiciones fundamentales para la vida. En primer lugar, la entidad viva ha de poder, autoreplicarse; en segundo lugar ha de poder catalizar reacciones qumicas eficientes y selectivamente. Una enzima es una protena que acta como catalizador de una reaccin qumica acelerndola. Las enzimas son protagonistas fundamentales en los procesos del metabolismo celular. Las enzimas unen su sustrato en el centro reactivo o cataltico, que suele estar protegido del agua para evitar interacciones no deseadas. En el centro reactivo la disposicin espacial y los tipos de cadenas laterales de aminocidos son fundamentales para orientar correctamente el sustrato y poder interaccionar de la forma deseada para llevar a cabo la catlisis de la reaccin. Las enzimas son muy selectivas en relacin a los sustratos que modifican. Las enzimas suelen ser mucho ms grandes que sus sustratos y en muchas ocasiones requieren de la participacin de otras molculas ms pequeas no polipeptdicas como las coenzimas (biotina, NADH entre otros) o los iones metlicos llamados cofactores. El cofactor pueden ser uno o varios iones inorgnicos tales como se indica en la tabla: Elemento Zn++ Mg++ Mn++ Mo Fe2+, Fe3+ Cu2+ Ca2+ K+ Co Enzima Activada Deshidrogenasas, anhidrasa carbnica, ARN y ADN polimerasas. Fosfohidrolasas, RUBISCO, fosfotransferasas, fosfatasas. Arginasas, peptidasas, quinasas. Nitratoreductasa, nitrogenasa. Citocromos, catalasas, ferredoxina, peroxidasas, nitritoreductasa. Citocromo oxidasa, tirosinasa, cido ascrbico oxidasa, plastocianina 1,3 b glucan sintetasa, calmodulina. Piruvato fosfoquinasa, ATPasa. Vitamina B12 hallada en microorganismos y animales, pero no en plantas. Importante en la fijacin simbitica de nitrgeno. Ureasa.
Ni
El cofactor puede ser una molcula orgnica o metaloorganica compleja denominada coenzima. Los coenzimas actan como transportadores transitorios de grupos funcionales especficos. La mayora de ellos son derivados de vitaminas, nutrientes orgnicos que son necesarios en pequeas cantidades en la dieta. En el metabolismo, las coenzimas estn involucradas en reacciones de transferencia de grupos (como la coenzima A y la adenosina trifosfato (ATP)), y las reacciones redox (como la coenzima Q10 y la nicotinamida adenina dinucletido (NAD+). Las coenzimas se consumen y se reciclan continuamente en el metabolismo; un conjunto de enzimas aade un grupo qumico a la coenzima y otro conjunto de enzimas lo extrae. Por ejemplo, las enzimas como la ATP sintasa fosforilan continuamente la adenosina difosfato (ADP), convirtindola en ATP, mientras que enzimas como las quinasas desfosforilan el ATP y lo convierten de nuevo en ATP. Las coenzimas son sustratos de las enzimas y no forman parte permanente de la estructura enzimtica. Esto distingue a las coenzimas de los grupos prostticos, que son componentes no proticos que se enlazan estrechamente a las enzimas, tales como los centros hierro-azufre, la flavina o los grupos hemo. Estas conzimas se clasifican en dos grupos: No vitaminas Coenzima Adenosina trifosfato (ATP) S-Adenosil metionina 3'-Fosfoadenosina-5'fosfosulfato Coenzima Q Tetrahidrobiopterina Citidina trifosfato Azcares nucletidos Glutatin Coenzima M Coenzima B Metanofurano Tetrahidrometanopterina Grupo qumico transferido Grupo fosfato Grupo metilo Grupo sulfato Electrones tomo de electrones Diacilgliceroles lipdicos Monosacridos Electrones Grupo metilo Electrones Grupo formilo Grupo metilo oxgeno y y Distribucin Bacterias, arqueas y eucariotas Bacterias, arqueas y eucariotas Bacterias, arqueas y eucariotas Bacterias, arqueas y eucariotas Bacterias, arqueas y eucariotas Bacterias, arqueas y eucariotas Bacterias, arqueas y eucariotas Algunas bacterias y la mayora de eucariotas Metangenos Metangenos Metangenos Metangenos
grupos
VITAMINAS Y DERIVADOS Coenzima Vitamina Componente adicional ADP ADP Grupo qumico Distribucin transferido Electrones Bacterias, arqueas y eucariotas
NAD + y NADP + Niacina (B3) Coenzima A cido tetrahidroflico cido pantotnico (B5) cido (B9)
Grupo acetilo y otros Bacterias, arqueas grupos acilo y eucariotas Bacterias, arqueas de Grupos metilo, formilo, y eucariotas metileno y formimino Grupo carbonilo electrones Electrones Electrones y Bacterias, arqueas y eucariotas * Sinttica Bacterias, arqueas y eucariotas Metangenos y algunas bacterias
flico Residuos glutamato
Filoquinona (K1) Menaquinona Vitamina K (K2) Menadiona(K3)* cido ascrbico Coenzima F420 Vitamina C Riboflavina (B2)
Ninguno
Ninguno Aminocidos
Una holoenzima es una enzima que est formada por una protena (apoenzima) y un cofactor, que puede ser un ion o una molcula orgnica compleja unida (grupo prosttico) o no (una coenzima). En resumidas cuentas, es una enzima completa y activada catalticamente. Apoenzimas: La apoenzima es una protena sin actividad que se ubica en la holoenzima. Es la parte proteica de la enzima que no tiene cofactores que pueden ser necesarios para que la enzima sea funcionalmente activa. La apoenzima es catalticamente inactiva. Para que la apoenzima pueda catalizar debe haber una coenzima que generalmente es una vitamina. Que tiene una relacin llave-cerradura.
HOLOENZIMAS = (Enzima completa)
APOENZIMA + O APOPROTEINA
COFACTOR
MOLECULAS INORGANICAS (IONES)
MOLECULAS ORGANICAS
GRUPO PROSTETICO
COENZIMAS
La estructura de una enzima puede estar formado por varias cadenas peptidicas (estructura cuaternaria) o una cadena peptidica (estructura terciaria)
Estructura terciaria CLASIFICACIN DE LAS ENZIMAS
Estructura cuaternaria
Debido al gran nmero de enzimas conocidas en la actualidad, se ha adoptado una clasificacin y nomenclatura ms sistemtica, en la que cada enzima tiene un nmero de clasificacin que la identifica. a. Oxidorreductasas. Reacciones de transferencia de electrones. b. Transferasas. Transferencia de grupos funcionales. Ej. UDP-glucosa-fructosaglucotransferasa. c. Hidrolasas. Reacciones de hidrlisis. Ej. lipasa, proteasa, celulasa. d. Liasas. Adicin a dobles enlaces. Ej. carboxilasa, fenilalanina amonioliasa. e. Isomerasas. Reacciones de isomerizacin.Ej. fosfoglucosa isomerasa. f. Ligasas. Se conocan como sintetasas. Participan en la formacin de enlaces con hidrlisis de ATP.
FUNCIONAMIENTO DE LAS ENZIMAS La catlisis enzimtica de las reacciones es esencial para los sistemas vivos. En condiciones biolgicas, las reacciones no catalizadas tienden a ser lentas. La mayora de molculas biologicas son muy estables en las condiciones de pH neutro, temperatura suave y ambiente acuso presentes en el interior de las clulas. Las reacciones necesarias para digerir los alimentos, enviar seales nerviosas o contraer el musculo no se dan a una velocidad til sin catlisis. Una enzima soluciona estos problemas al proporcionar un ambiente especfico dentro del cual una reaccin determinada puede transcurrir a mayor velocidad. El rasgo distintivo de una reaccin catalizada enzimticamente es que tiene lugar dentro de los confines de una bolsa del enzima denominado sitio activo. La molcula fijada en el sitio activo y sobre la que acta el enzima se denomina sustrato. La superficie del sitio activo del enzima esta revestida con residuos aminocidos con grupos sustituyentes que se une al sustrato y catalizan su transformacin qumica. A menudo, el sitio activo recubre el sustrato y lo secuestra completamente de la disolucin.
Se puede escribir una reaccin enzimtica sencilla como E + S ES EP E + P
Donde E, S y P representan el enzima, el sustrato y el producto, respectivamente. ES y EP son complejos transitorios del enzima con el sustrato y con el producto, respectivamente. Para entender la catlisis, hemos de apreciar en primer lugar la importante distincin entre equilibrios de reaccin y velocidades de reaccin. La funcin de un catalizador es aumentar la velocidad de reaccin. Los catalizadores no modifican los equilibrios de reaccin. Cualquier reaccin por ejemplo S P, se puede distinguir mediante un diagrama de la coordenada de reaccin una descripcin de los cambios energticos de la reaccin.
Diagrama de coordenada de reaccin. Se representa la energa libre del sistema frente al progreso de la reaccin S P. Un diagrama de este tipo constituye una descripcin de los cambios energticos durante la reaccin y el eje horizontal (coordenada de reaccin) refleja los cambios qumicos progresivos (como rotura o formacin de enlaces) a medida que S se convierte en P. se indican las energas de activacin G, para las reacciones S P y P S. G es el cambio de energa libre estndar global en la direccin S P. Virtualmente todas las reacciones qumicas tienen una barrera energtica que separa a los reactivos, reactantes o substratos de los productos. Esta barrera se denomina energa libre de activacin que es la diferencia en energa que existe entre los reactivos y los productos. El lugar donde la energa libre de activacin es mxima, se denomina estado de transicin. En la siguiente figura se ejemplifica la transformacin del reactivo A en el producto B a travs del estado de transicin T
Cintica enzimtica La cintica enzimtica estudia la velocidad a la que transcurren las reacciones catalizadas por enzimas y deduce, a partir de determinados parmetros cinticos, la actividad enzimtica, su afinidad por el sustrato y los mecanismos a travs de los cuales lleva a cabo la catlisis La velocidad mxima de una reaccin enzimtica se determina incrementando la concentracin de su sustrato hasta que la tasa de formacin de producto sea constante. Esta se denomina la velocidad mxima (Vmax) de una enzima. En este estado, todos los sitios activos de todas las molculas se encuentran saturados con sustrato. Esto fue propuesto por Leonor Michaelis y Maud Menten en 1913.
A medida que se incrementa la concentracin de sustrato [S], la reaccin se aproxima asintticamente a su velocidad mxima Vmax. Por ello no puede determinarse con precisin el valor de [S] para Vmax, en su lugar la constante caracterstica de una enzima se define como la concentracin de sustrato necesaria para obtener la mitad de la velocidad mxima ( Vmax/2). Es valor es llamado de la constante de Michaelis-Menten simbolizada con KM. Cada enzima tiene un valor de Km caracterstico para un determinado sustrato, el cual puede decirnos cmo de afn es la unin entre el sustrato y la enzima.
FACTORES QUE INFLUYEN EN LA ACCIN ENZIMTICA Temperatura: Un aumento en la temperatura provoca un aumento de la velocidad de reaccin hasta cierta temperatura ptima, ya que despus de aproximadamente 45 0 C se comienza a producir la desnaturalizacin trmica. Cuando mayor es la temperatura, mayor es la velocidad de reaccin. La velocidad de reaccin aumenta debido a que hay ms molculas con la energa suficiente para entrar en el estado de transicin. Las enzimas de constitucin protenica estn sujetas a trabajar a temperatura relativamente bajas ya que si sta se eleva se desnaturalizan perdiendo la capacidad de accin, esta propiedad se con oce con el nombre de termolabilidad, la inactivacin de las enzimas es irreversible, de ah que las elevadas temperaturas hacen que las clulas mueran; cuando la temperatura es menor cesa la accin enzimtica. pH: La mayora de los enzimas son muy sensibles a los cambios de pH. Desviaciones de pocas dcimas por encima o por debajo del pH ptimo pueden afectar drsticamente su actividad. Influye en el grado de ionizacin del centro activo y de los grupos R que estabilizan la estructura terciaria. Las enzimas presentan un pH ptimo a la cual transforman mayor cantidad de molculas de sustrato por unidad de tiempo, la protena enzimtica puede ser destruida por un extremo, ya que la mayora de las enzimas presentan un pH ptimo cerca de 7. Concentracin de sustrato: Al principio un aumento de la concentracin de substrato produce un aumento rpido de la velocidad de reaccin, pero si se sigue aumentando la concentracin de substrato, la velocidad de reaccin comienza a disminuir.
Capitulo 05 GLUCIDOS Y GLUCOBIOLOGIA Los glcidos son las biomoleculas ms abundantes de la tierra. Cada ao, la fotosntesis convierte ms de 100 millones de toneladas mtricas de CO2 y H2O en celulosa y otros productos vegetales. Algunos carbohidratos (azcar y el almidn) son un alimento bsico en la dieta humana en la mayor parte del mundo, y la oxidacin de glcidos es la principal ruta de obtencin de energa en la mayora de las clulas no fotosintticas. Los glcidos, azcares o carbohidratos, son qumicamente hablando, aldehdos o cetonas polihidroxilicos, o productos derivados de ellos por oxidacin, reduccin, sustitucin o polimerizacin. Los glcidos desempean una gran variedad de funciones en los organismos, como una fuente energtica o formando material estructural de las membranas, esto entre otras muchas funciones, por lo que se consideran molculas extremadamente verstiles. Algunos son molculas de relativamente baja masa molecular; la glucosa tiene una Mm=180 da. Otros, como el almidn, tienen masas moleculares de ms de 100 000 da y son grandes molculas, macromolculas. Sus propiedades fsicas y qumicas son muy variadas. Y en cuanto a sus funciones biolgicas: -La glucosa, sacarosa, glucgeno y almidn son sustancias energticas. Los seres vivos obtienen energa de ellas o las usan para almacenar energa. Esta energa est contenida en determinados enlaces que unen los tomos de estas molculas. -Celulosa y quitina son estructurales. Forman parte de las paredes de las clulas vegetales (celulosa) o de la cubierta de ciertos animales (quitina). -Ribosa y desoxirribosa forman parte de los cidos nucleicos. Se clasifican: Los monosacsidos son aquellos carbohidratos que no pueden ser hidrilizados en moleculas ms sencillas. Pueden subdividirse en triosas, tetrosas, pentosas, hexosas, heptosas u octosas, dependiendo de la cantidad de tomos de carbno que contengan; y como aldosas y cetosas dependiendo si tienen o no grupo aldehido o cetona. Los disacaridos producen dos molculas del mismo o de diferentes monosacridos cuando se hidrolizan: ejemplos de estos compuestos son la maltosa, que produce dos molculas de glucosa, y la sacarosa, que produce una molcula de glucosa y una de fructosa. Los oligosacridos son los compuestos que por hidrlisis dan 2 a 10 molculas de monosacridos. La maltotriosa es un ejemplo. Los polisacaridos son aquellos carbohidratos que dan, al ser hidrolizados, mas de 20 molculas de monosacridos. Los almidones y las dextrinas son ejemplos de polisacridos que pueden ser lineales o ramificados. Segn la naturaleza de los monosacridos a que dan origen por hidrolisis, en ocasiones se le designa como hexosanos o pentosanos. Monosacridos y disacridos Son los glcidos ms simples, los monosacridos, son aldehdos o cetonas con dos o ms grupos hidroxilo. Los monosacridos de seis carbonos glucosas y fructuosa tienen cinco grupos hidroxilo. Los monosacridos responden a la frmula emprica Cn(H2O)n, de aqu proviene el nombre de hidratos de carbono. El valor de n normalmente est comprendido entre 3 y 7. Segn el nmero de tomos de carbono se clasifican en :
Triosas..........n=3 Tetrosas........n=4 Pentosas.......n=5 Hexosas........n=6 Heptosas.......n=7 As, un monosacridos con 6 tomos de carbono y con la funcin aldehdo ser una aldohexosa; si tiene cuatro tomos de carbono y una funcin cetona, ser una cetotetrosa, y as sucesivamente.
(a)Dos triosas, una aldosa y una cetosa. El grupo carbonilo esta sombreado. (b) dos Hexosas comunes.
(c) Las pentosas que forman parte de los cidos nucleicos. La D-ribosa es un componente del acido ribonucleico(RNA) y la 2-desoxi-D-ribosa es un componente del acido desoxirribonucleico (DNA). Los monosacridos tienen centros asimtricos Todos los monosacridos excepto la dihidroxiacetona contienen uno o ms tomos de carbono asimtricos (quirales) y por lo tanto se encuentra en formas isomericas pticamente activas. La aldosa ms sencilla, el gliceraldehido, contiene un centro quiral (el tomo de carbono central) y tiene, por tanto, dos ismeros pticos, o enantiomeros, diferentes. Por convencin, uno de estos dos enantiomeros se denomina ismero D y el otro ismero L. Como ocurre con otras biomoleculas con centros quirales, la configuracin absoluta de los azucares se ha determinado por la cristalografa de rayos X. Para representar sobre el papel la estructura tridimensional de los azucares se suelen emplear las formulas de proyecciones de Fischer.
Los monosacridos de mayor longitud tienen ms de un tomo de carbono asimtrico, y por lo tanto aparecen en un nmero mayor de formas estereoismeras. En general, un monosacrido con n tomos de carbono asimtricos presenta 2n estereoismeros. En las aldosas todos los tomos de carbono son asimtricos con excepcin del carbono carbonlico y del que se encuentra en el otro extremo de la cadena. Las cetosas, por tener el grupo carbonilo en un carbono secundario, tienen un tomo de carbono asimtrico menos que las aldosas de igual longitud, y por lo tanto tendrn la mitad de estereoismeros. Los estereoismeros de los monosacridos de cada una de las diferentes longitudes de cadena se pueden dividir en dos grupos o series atendiendo a la configuracin (D o L) del tomo de carbono asimtrico ms alejado del tomo de carbono carbonlico . Si sta es como la del D-gliceraldehdo (grupo OH hacia la derecha) el monosacrido pertenece a la serie D; si es como la del Lgliceraldehdo pertenece a la serie L. Con muy pocas excepciones, los monosacridos presentes en la naturaleza pertenecen a la serie D. Para cada longitud de cadena existen otras tantas formas estereoismeras pertenecientes a la serie L. Por ejemplo, las aldohexosas poseen 4 tomos de carbono asimtricos, por lo tanto podrn aparecer en 24 = 16 formas estereoismeras, por el hecho de poseer centros quirales, los monosacridos presentan actividad ptica, es decir, cuando se encuentran en disolucin acuosa hacen girar el plano de vibracin de la luz polarizada. Los monosacridos que lo hacen girar hacia la derecha se denominan dextrgiros (+) y los que lo hacen girar hacia la izquierda se denominan levgiros (-). El hecho de que un monosacrido sea dextrgiro o levgiro es completamente independiente de su pertenencia a la serie D o a la serie L.
Los monosacridos comunes tienen estructura cclica. Si las aldopentosas y las hexosas se disuelven en agua, o si forman parte de los disacridos o polisacridos, el grupo carbonilo (-C=O) reacciona con el grupo hidroxilo ( -C-O-H) del carbono 4, en las aldopentosas, o del carbono 5, en las hexosas, formndose un hemiacetal (reaccin entre un alcohol y un aldehdo) o un hemicetal (reaccin entre un alcohol y una cetona) y la molcula forma un ciclo.
Formacin de hemiacetales y hemicetales Las frmulas cclicas de las hexosas se representan, segn la proyeccin de Haworth, con el plano del anillo perpendicular al plano de escritura, los carbonos 2 y 3 dirigidos hacia delante, el carbono 5 y el oxgeno del anillo hacia detrs. Los OH que en la frmula lineal estaban a la derecha se ponen por debajo del plano y los que estaban a la izquierda se ponen hacia arriba. En la formas D el CH2OH se pone por encima y en las L por debajo. Si las frmulas cclicas forman un anillo pentagonal reciben el nombre de furanosas, mientras que si ste es hexagonal se denominan piranosas. En stas ltimas, a su vez, el anillo puede adoptar dos disposiciones diferentes: de silla, si el carbono 1 y el 4 estn a ambos lados del plano formado por los carbonos 2, 3 y 5, y de bote o nave si estn a un mismo lado.
Piranosas y furanosas
Formacin de las dos formas cclicas de la D- glucosa
Formulas conformacionales de las piranosas. FORMAS y Cuando se produce la ciclacin de la molcula aparece un nuevo tomo de carbono asimtrico, el carbono 1 en las aldosas o el 2 en las cetosas. Este carbono recibe el nombre de carbono anomrico. El OH de este carbono, -OH hemiacetlico, puede estar a uno u otro lado del plano de la molcula originndose dos nuevos ismeros pticos. Cada uno de estos ismeros se distingue mediante los smbolos y (formas y ). La forma se representa situando el OH hemiacetlico por debajo del plano de la molcula; en la forma se sita por encima. Las formas y de un monosacrido reciben el nombre de formas anmeras.
Nomenclatura de las formas cclicas Para nombrar la forma cclica de un monosacrido, se indica en primer lugar si es o , a continuacin, si es D o L y, por ltimo, el nombre del monosacrido y el tipo de anillo. Por ejemplo: -Dglucopiranosa, -D-fructofuranosa Derivados de los monosacridos Muchos derivados de los monosacridos desempean un papel importante como intermediarios metablicos, componentes de los cidos nucleicos o componentes de polisacridos. Las modificaciones principales son la fosforilacin (dihidroxiacetona fosfato, 3-fosfogliceraldehido, 5fosforibosa, 6-fosfoglucosa, 1-fosfoglucosa), la reduccin (2-desoxirribosa), la aminacin (a veces con acetilacin; N-acetilglucosamina, N-acetilgalactosamina, cido N-acetil neuramnico), y la oxidacin (gluconato, glucuronato).
Propiedades fsicas y qumicas de los monosacridos - Propiedades fsicas: Los monosacridos son slidos, cristalinos, incoloros o blancos, de sabor dulce. Como los grupos hidroxilo son polares, los monosacridos son muy solubles en agua, pues se establecen enlaces polares con las molculas de agua. - Propiedades qumicas: El grupo carbonilo reduce fcilmente los compuestos de cobre (licor Fehling) y de plata oxidndose y pasando a grupo cido. Esta propiedad es caracterstica de estas sustancias y permite reconocer su presencia, pues la reduccin de las sales cpricas del licor de Fehling a cuprosas hace virar el reactivo del azul al rojo ladrillo. Cu+ + ------- Cu+ Azul rojo Principales monosacridos Nombre Triosas Tetrosas Pentosas aldosas Gliceraldehido Eritrosa Lisosa Xilosa Arabinosa Ribosa Galactosa Manosa Glucosa Cetosas Dihidroxiacetona Eritrulosa Ribulosa Xilulosa Fructuosa Sedoheptulosa
Hexosas Heptosas
Los disacridos contienen un enlace glucosidico. Los monosacridos capaces de formar anillos de piranosa o furanosa, en tanto que hemiacetales o hemicetales intramoleculares, pueden reaccionar con los alcoholes para formar glucsidos liberndose en el proceso una molcula de agua. Un caso particular de este tipo de reaccin se da cuando el grupo hidroxilo de la molcula de alcohol es aportado por un segundo monosacrido. El compuesto resultante, un disacrido, estar formado por dos monosacridos unidos mediante enlace glucosdico. Si un disacrido conserva uno de los carbonos anomricos sin reaccionar, puede sufrir oxidacin y se le denomina azcar reductor (todas las aldosas lo son por la misma razn). Si los dos carbonos anomricos se comprometen en el enlace, el disacrido no puede ser fcilmente oxidado y se considera no reductor. Algunos de los disacridos ms comunes son la maltosa, lactosa, sacarosa y celobiosa.
La maltosa y la isomaltosa son dos de los productos de la hidrlisis incompleta del almidn y del glucgeno (dos polisacridos de reserva) durante la digestin. La celobiosa, que no se encuentra libre en la naturaleza, se obtiene por hidrlisis de la celulosa (un polisacrido estructural). La lactosa se encuentra exclusivamente en la leche de los mamferos. La sacarosa (azcar de mesa) es un disacrido de especial importancia; se encuentra exclusivamente en el mundo vegetal y es uno de los productos directos de la fotosntesis que estos realizan, constituyendo la principal forma de transporte de azcares desde las hojas hacia otras partes de la planta. Polisacridos Como su nombre lo indican estos compuestos son polmeros de elevada masa molecular, formados por condensacin de monosacridos simples, que a veces presentan estructuras complejas. Los polisacridos pueden ser de reserva o estructurales. Los polisacridos son sustancias inspidas, amorfas e insolubles en agua, algunos, como el almidn, pueden formar dispersiones coloidales. Aunque los polisacridos podran estar constituidos por diferentes monosacridos, lo normal es que sea un slo monosacridos el que forma la molcula. Los polisacridos son macromolculas, molculas de elevada masa molecular, miles o centenares de miles de daltons. Por ejemplo, cada molcula de celulosa, polisacrido vegetal, contiene de 300 a 3 000 molculas de glucosa y tiene un peso molecular que oscila entre 54 000 y 540 000 da. Algunos polisacridos presentan ramificaciones. Los distintos tipos de polisacridos difieren entre s en el tipo de unidades monosacardicas que los forman, en el tipo de enlace glucosdico ( o ) que las une, y en el mayor o menor grado de ramificacin que presentan sus cadenas. Se distinguen dos tipos principales de polisacridos, los homopolisacridos, formados por un slo tipo de monosacrido, y heteropolisacridos, formados por dos o ms tipos de monosacridos. Los homopolisacridos de la D-glucosa, denominados glucanos, son los polisacridos ms abundantes en la naturaleza y los que tienen una mayor importancia biolgica. Algunos de ellos desempean una funcin energtica, como el almidn y el glucgeno, mientras que otros, como la celulosa, realizan una funcin de tipo estructural.
El glucgeno: Polisacrido de reserva energtica en los animales. Se encuentra en el hgado y en los msculos donde se hidroliza transformandose en glucosa. Su estructura es similar a la del almidn, aunque ms ramificado y su masa molecular es mucho mayor. Almidon: El almidn constituye alrededor del 65% de la materia seca de los granos de cereales y es muy abundante en tubrculos como la papa. La mayora de los almidones contienen de 20 a 30% de amilosa y de 70 a 80% de amilopectina y se almacenan dentro de los cloroplastos, reserva a corto plazo, o en amiloplastos, reserva a largo plazo, en forma de grnulos. La celulosa: Sintetizada por los vegetales, tiene funcin estructural, formando parte importante de la pared celular. Est formada por la unin 1 -------- 4 de varios millares de molculas de glucosa. Debido al tipo de enlace cada molcula de glucosa est girada 180o respecto a la anterior, lo que le da a la celulosa una estructura lineal pero "retorcida". Esta disposicin permite que se formen gran cantidad de puentes de hidrgeno entre cadenas yuxtapuestas, lo que produce muy fibras resistentes. Quitina: La quitina es tambin un polisacrido estructural que constituye el exoesqueleto de los artrpodos y es uno de los componentes principales de las paredes celulares de los hongos. Esta molcula, no ramificada, est formada por residuos de N-acetil glucosamina unidos por enlace 1-4.
Capitulo 06 Nucletidos y cidos nucleicos Los nucletidos desempean una amplia variedad de funciones en el metabolismo celular. Constituyen la moneda energtica en las transacciones metablicas, son los nexos qumicos en los sistemas celulares, en respuesta a hormonas y otros estmulos extracelulares, y son tambin componentes estructurales de una serie de cofactores enzimticos e intermedios metablicos. Por ltimo pero no por ello menos importante son los constituyentes de los cidos nucleicos: acido desoxirribonucleico (DNA) y acido ribonucleico (RNA), los depositarios moleculares de la informacin gentica. La estructura de todas las protenas, y en ltimo trmino de todas las biomoleculas y de cada una de los componentes celulares, es producto de la informacin programada en la secuencia de nucletidos de los cidos nucleicos de la clula. Los nucletidos y los cidos nucleicos estn formados por bases y pentosas caractersticas Los nucletidos estn formados por: una base nitrogenada (BN), un azcar (A) y cido fosfrico (P); unidos en el siguiente orden: PABN
La molcula sin el grupo fosfato se le denomina nuclesido. Las bases nitrogenadas son derivados de dos compuestos parentales, pirimidina y purina. Las bases y las pentosas de los nucletidos comunes son compuestos heterocclicos.
La pentosa y la base nitrogenada se enlazan mediante un enlace N-glucosdico que se establece entre el N1 de la base si sta es pirimidnica o el N9 si la base es prica y el carbono 1 de la pentosa. Las bases nitrogenadas son sustancias derivadas de dos compuestos qumicos: la purina y la pirimidina. Las que derivan de la purina son las bases pricas. En los nucletidos vamos a encontrar, normalmente, dos base pricas: la adenina (A) y la guanina (G). Las que derivan de la pirimidina se llaman pirimidnicas. Tres son las bases pirimidnicas presentes en los cidos nucleicos: la citosina (C), la timina (T) y el uracilo (U).
Las pentosas que aparecen formando parte de los nucletidos son la -D-ribosa y su derivado, el desoxiazcar 2'--D-desoxirribosa, en el que el grupo hidroxilo unido al carbono 2' fue sustituido por un tomo de hidrgeno. Ambas se encuentran en forma de anillos de furanosa. Las posiciones del anillo de furanosa se numeran convencionalmente aadiendo el signo (') al nmero de cada tomo de carbono para distinguirlas de las de los anillos de las bases nitrogenadas.
Los nucletidos son los monmeros que constituyen los cidos nucleicos. Se forman cuando se unen el cido fosfrico y un nuclesido. Es una unin fosfoster entre un OH del cido fosfrico y el OH situado en el carbono 5 del azcar, con formacin de una molcula de agua. Segn el azcar sea la ribosa o la desoxirribosa, tendremos ribonucletidos o desoxirribonucletidos. La timina nunca forma parte de los ribonucletidos y el uracilo no forma parte de los desoxirribonucletidos. A veces, los nucletidos contienen ms de un grupo fosfato, unidos entre s mediante un enlace anhidro. En este caso, cada grupo se representa por una letra p. De esta forma, pAp representa a la 5',3'-adenosina difosfato, ppA representa a la adenosina-5'-difosfato (ADP) y pppA a la adenosina 5'-trifosfato (ATP). Los nucletidos trifosfato son particularmente importantes en el metabolismo, ya que la hidrlisis de los enlaces fosfato (de alta energa) proporciona la energa necesaria para impulsar multitud de procesos celulares. Los polinucletidos son cadenas lineales de nucletidos unidas por enlaces fosfodister. En este tipo de enlace, los grupos fosfato estn esterificados a los hidroxilos 5' y 3' de dos nucletidos consecutivos.Cada polinucletido contiene un OH libre en el grupo fosfato en posicin 5' (extremo 5') y un OH libre en posicin 3' (extremo 3').
Estructura de los cidos nucleicos Existen dos tipos principales de cidos nucleicos: el cido ribonucleico (RNA), que es un polmero de ribonucletidos, y el cido desoxirribonucleico (DNA), que es un polmero de desoxirribonucletidos. Las diferencias en cuanto a composicin entre estos dos tipos de cido nucleico vienen dadas por las que existen entre sus nucletidos constituyentes y residen en el tipo de pentosa y bases nitrogenadas caractersticas de uno y otro.
El DNA es una doble hlice que almacena informacin gentica Una vez demostrado que los cidos nucleicos eran los portadores de la informacin gentica, se realizaron muchos esfuerzos encaminados a determinar su estructura con exactitud. Watson y Crick (1953) fueron los primeros investigadores en proponer una estructura para los cidos nucleicos y su labor investigadora se vio recompensada con el Premio Nobel en 1962, Premio Nobel que compartieron con M. H. F. Wilkins y que se les concedi por sus descubrimientos en relacin con la estructura molecular de los cidos nuclecos y su significacin para la transmisin de la informacin en la materia viva. Para realizar su trabajo emplearon datos ya existentes, como Se saba que la molcula de ADN era muy grande, larga y delgada. Compuesta por nucletidos que contenan las bases nitrogenadas Adenina, Timina, Citosina y Guanina. Linus Pauling (1950) haba demostrado que las cadenas de aminocidos que componen las protenas estn dispuestas a menudo en forma de una hlice y se mantienen con esa conformacin gracias a las uniones puente de Hidrgeno que se forman entre los aminocidos de los distintos giros de la hlice. Pauling haba sugerido que la estructura del ADN poda ser semejante a la hlice que presentaban las protenas. Los patrones de las fotografas del ADN, obtenidas hasta este momento, reflejaban los giros de una hlice de grandes dimensiones. Erwin Chargaff analiz el ADN y confirm que las cantidades de las Bases Pricas eran iguales a las de las Bases Pirimdicas. En sntesis, las cantidades de Adenina eran iguales a las de Timina y, las de Citosina se correspondan a las de Guanina. Con todos estos datos, Watson y Crick intentaron construir el modelo de ADN. Para llevar la gran cantidad de informacin gentica el modelo deba considerar dos aspectos fundamentales: ser heterogneo y variado. En 1953, James Watson y Francis Crick combinaron los datos qumicos y fsicos del DNA, y propusieron un modelo en el que las dos hebras estn enrolladas una alrededor de la otra formando una doble hebra helicoidal.
Cadena de doble helice Hay que distinguir dos cosas entre las bases nitrogenadas de los nucletidos, que son cruciales para la estructura secundaria de los cidos nucleicos. Una de ellas se basa en la presencia de grupos cetnicos y amnicos, que ofrecen la oportunidad de que se formen puentes de hidrgeno. Sobre esta base, T U, ambos compuestos cetnicos, pueden aparearse con A, un compuesto amnico,
mediante un enlace de hidrgeno. G y C, que tienen tanto grupos cetnicos como amnicos; pueden formar dos puentes de hidrgeno. De hecho, puede formarse un puente de hidrgeno adicional entre los nitrgenos del ncleo en el par A-T y tambin en el par G-C. La segunda importante diferencia, entre las bases es que tienen distinto tamao: las pirimidinas T U y C son ms pequeas que las purinas A y G. Sin embargo, los pares de, bases A-T y G-C resultan tener un tamao idntico, mientras que un par de pirimidinas sera mucho ms grande. Y resulta adems que los pares de bases A-T y G-C, no solo tienen el mismo tamao, sino tambin la misma forma. Estas caractersticas del apareamiento de las bases en los nucletidos son las responsables del apareamiento de dos cadenas para formar un duplex rgido, fuertemente estabilizado Cuando dos cadenas se auto alinean de esta manera, adoptan la estructura de una doble hlice, tal como han puesto de manifiesto con todo detalle los estudios de difraccin de rayos X por fibras de DNA y la construccin de modelos. La doble hlice del DNA tiene una serie de notables caractersticas. i. Las columnas vertebrales azcar-fosfato de las dos cadenas forman hlices que giran hacia la derecha, con las mismas dimensiones en cada hlice y un eje de hlice comn. El dimetro de la hlice es 20 A. La hlice tiene dos surcos, uno profundo y otro poco hondo. ii. Las columnas vertebrales de azcar-fosfato de las dos cadenas estn conectadas por enlaces de hidrgeno entre las bases, cuyos planos superficiales son perpendiculares al eje de las hlices iii. Las bases estn en el interior y la columna vertebral en la parte externa. Los planos de dos pares de bases vecinos estn separados 3,4 A. Hay diez pares de bases dentro de cada paso de rosca de la hlice, de tal manera que cada par de bases est rotado 36 en relacin con su par vecino y cada paso de rosca completo tiene una longitud de 34 A . iv. El apilamiento de las bases, a pesar de las interaciones hidrofbicas entre sus superficies planas aromticas estabiliza la estructura helicoidal frente a la fuerza electrosttica de repulsa que existe entre los grupos fosfricos cargados negativamente. Esta energa estabilizante puede ser igualo mayor que la que establece puentes de hidrgeno entre las bases de dos cadenas. v. Las dos cadenas son antiparalelas. Desde el punto de vista qumico estn dispuestas en direcciones opuestas, es decir que la estructura... poS' azcar-3' P... se opone a la estructura... P-3' azcar-S'-P. Cuando las cadenas se trazan desde el extremo 5' al extremo 3' (5' 3') la direccin es ascendente en una hlice y descendente en la otra. vi. Los nicos pares de bases que permiten esta estructura son A-T y G-C. Todos los pares de bases tienen la misma forma y el mismo tamao. Los enlaces glicosdicos tienen las mismas posiciones y orientaciones en estos pares. Las bases modificadas pueden entrar tambin en la formacin de pares, siempre que formen puentes de hidrgeno con su pareja correspondiente. vii. Un importante elemento de simetra en la hlice es un doble eje de rotacin (diada) que pasa a travs del plano de cada par de bases y relaciona los enlaces glicosdicos N-C. La rotacin de un par de bases 1800 permite a los grupos correspondientes, el azcar y el fosfato de las dos cadenas antiparalelas, tener la misma conformacin. Como resultado de ello, o la conexin entre los tomos de carbono glicosdicos puede hacerse a travs de cualquiera de los cuatro pares de bases A-T, T-A, G-C y C-G, viii. Debido a que los cuatro pares de bases encajan igualmente bien, es posible una secuencia cualquiera dentro de la cadena, y la doble hlice sigue teniendo un dimetro uniforme en toda su longitud.
ix. x.
La rotacin en torno al enlace N-glicosdico permite establecer varias relaciones geomtricas entre la base y el azcar. El rango de conformacin designado como anti ocurre con mayor frecuencia que las conformaciones opuestas 1800, designadas como sin. Las dobles hlices antiparalelas pueden formarse tambin entre una cadena de DNA y una cadena de RNA.
PROPIEDADES BIOLGICAS DEL DNA En las clulas eucariotas, el DNA est presente en el ncleo, as como en mitocondrias y cloroplastos. Cada cromosoma eucariota contiene una nica molcula de DNA cuya masa molecular es enorme: aproximadamente de 2 106 dalton por m de longitud. En procariotas, el DNA se encuentra en el citoplasma celular. Tanto en unos como en otros, la molcula de DNA es el soporte
material de los caracteres hereditarios de una especie y es trasmitida ntegramente a la progenie. El modelo de Watson y Crick explica las propiedades biolgicas del DNA: Resistencia a la alteracin de las bases (mutacin): Si aparece una base incorrecta, su emparejamiento se ve impedido, y la doble hlice se altera. Estos errores pueden ser reparados por medio de diversos mecanismos celulares, ya que la hebra complementaria conserva la informacin Duplicacin del material gentico (replicacin): Las clulas hijas tienen la misma dotacin gentica que su progenitora. Para obtener esta duplicacin exacta, basta la separacin de las dos cadenas de la doble hlice y la sntesis de las complementarias Expresin de la informacin gentica (transcripcin): La complementariedad de bases permite a la clula utilizar una hebra de DNA como molde para sintetizar una molcula de RNA con la misma secuencia que su hebra de DNA complementaria En los organismos eucariotas, el transcrito primario sufre un proceso de maduracin que genera los principales tipos de RNA celulares: RNAm, RNAr y RNAt Los RNA mensajeros codifican las cadenas polipeptidicas. A diferencia del ADN todos los tipos de ARN, son de una sola hebra, la cual que se sintetiza a partir de moldes de ADN. An as, los ARNs, tienen estructuras estables (regiones de doble hlice antiparalelas) que les permite tener estructuras tridimensionales. Es el Acido nucleico ms abundante en la clula, y puede purificarse fcilmente. Una clula tpica contiene 10 veces ms RNA que DNA. El azcar presente en el RNA es la ribosa. Esto indica que en la posicin 2' del anillo del azcar hay un grupo hidroxilo (OH) libre. Por este motivo, el RNA es qumicamente inestable, de forma que en una disolucin acuosa se hidroliza fcilmente. La mayora de los ARN son molculas monocatenarias aunque por lo general poseen fragmentos que presentan doble hlice al haberse unido por complementariedad las bases de una misma cadena. En algunos organismos como los Reovirus aparece como material hereditario un ARN bicatenario. Hay diferentes tipos de ARN que se clasifican atendiendo a la funcin que realizan en las clulas, su composicin y la localizacin en la clula: ARN mensajero, transferente, ribosmico y hetergeno-nucleolar.
ARNm El ARNm constituye aproximadamente el 5% del ARA total de la clula eucaritica. Contiene unos 5.000 nucletidos y tiene las bases caractersticas, raramente aparecen bases extraas en la composicin. Una caracterstica comn a todos los ARNm es que presentan unos 200 restos de Adenina en 3terminal. Los ARNm son molculas largas, lineales que no tienen estructura secundaria. Cada molcula de ARNm se sintetiza en el ncleo durante un proceso llamado transcripcin que consiste en la sntesis de un ARNm siguiendo las instrucciones de un fragmento de ADN (gen), de manera que la informacin contenida en la secuencia de bases del ADN pasa a estar contenida en el ARNm sintetizado por complementariedad de bases.
ARNt Los ARN de transferencia son pequeas molculas que contienen 75-90 nucletidos y de peso molecular de unos 25.000. Constituyen el 15% del total del ARN. En su composicin son frecuentes la aparicin de bases nitrogenadas raras que muchas veces son bases metiladas, por ejemplo las pseudouridilina, ribotimidina, inosina, etc... Estas bases llegan a constituir el 10% del total de las bases. Aproximadamente aparecen entre 7 y 15 bases raras en cada molcula. Todos los ARNt tienen una estructura secundaria caracterstica denominada hoja de trbol.
ARN r Se refiere al ARN como un constituyente esencial de los ribosomas. En clulas eucariticas la subunidad pequea posee una molcula de ARN ribosomal y cerca de 30 protenas, mientras la subunidad grande tiene cerca de 3 molculas de ARNr y 45 a 50 protenas. Los ARN ribosmicos son el componente cataltico de los ribosomas; se encargan de crear los enlaces peptdicos entre los aminocidos del polipptido en formacin durante la sntesis de protenas; actan, pues, como ribozimas. El ARNr tiene ciertos segmentos con estructura de doble hlice, pero en otras zonas no llega a formar estructura secundaria. Las formas de ARNr que aparecen se diferencian y clasifican por su velocidad de sedimentacin que depende del peso, forma y densidad de la molcula. Los ARNr de las clulas procariotas y de las eucariotas son distintos.
Capitulo 07 Lpidos Los lpidos biolgicos constituyen un grupo qumicamente diverso de compuestos cuya caracterstica comn y definitoria es su insolubilidad en el agua. Las funciones biolgicas de los lpidos son tan diversas como su qumica. En muchos organismos, las grasas y los aceites son las formas principales de almacenamiento energtico mientras que los fosfolipidos y los esteroles constituyen los principales elementos estructurales de las membranas biolgicas. Otros lpidos, aun estando presentes en cantidades relativamente pequeas, juegan papeles cruciales como cofactores enzimticos, transportadores electrnicos, agentes emulsionantes, hormonas y mensajeros intracelulares. Comenzaremos por estudiar los lpidos representativos de cada tipo, poniendo nfasis en su estructura qumica y propiedades fsicas. Lpidos de almacenamiento Lpidos de almacenamiento Las grasas y aceites, utilizados casi universalmente como formas de almacenamiento de energa en los organismos vivos, son compuestos muy reducidos derivados de los cidos grasos. Se describen 2 tipos de compuestos que contienen cidos grasos, los triacigliceroles y las ceras. Estructura y nomenclatura de los cidos grasos Los cidos grasos son cidos carboxlicos con cadenas hidrocarbonadas de 4 a 36 carbonos (C4 a C36). En algunos cidos grasos esta cadena est completamente saturada (no tiene dobles enlaces) y sin ramificar; otras tienen uno o varios dobles enlaces. Los tomos de carbono del cido graso se numeran a partir del extremo carboxlico:
Una nomenclatura simplificada de cidos grasos sin ramificar especfica la longitud de la cadena y el nmero de dobles enlaces, separados por dos puntos (:) figura anterior letra (a). As, el cido palmtico, que tiene 16 tomos de carbono y es saturado, se aprecia 16:0, y el cido oleico se 18 tomos de carbono con un doble enlace es 18:1. Las posiciones de los dobles enlaces se especifican en relacin con el carbono carboxlico, al que se le da el numero 1, por exponentes que siguen a una delta ; un cido graso de 20 carbonos con un doble enlace entre C-9 y C-10 (C-1 es el carbono carboxlico) y otro entre C-12 y C-13, se designa 20:2( 9,12).
Los cidos grasos ms abundantes tienen un nmero par de tomos de carbono, en una cadena sin ramificar de entre 12 y 24 carbonos, siendo los ms comunes los cidos grasos de 16 y 18 carbonos (tabla 11-1). La posicin del doble enlace tambin es regular; en la mayora de los cidos grasos monoinsaturados se encuentra entre C-9 y C-10 (9), mientras que los restantes dobles enlaces de cidos grasos poliinsaturados son generalmente 12 y 15 (el acido araquidonico es una excepcin a esta generalizacin). Los dobles de los cidos grasos poliinsaturados casi nunca son conjugados (alternancia de enlaces dobles y simples como en (-CH=CH-CH=CH-), sino que estn separados por un grupo metileno (-CH=CH-CH2-CH=CH-) figura anterior (b). Los dobles enlaces de casi todos los cidos grasos naturales se encuentran en configuracin cis. Los cidos grasos trans se producen durante la fermentacin en el rumen de los animales productores de lcteos y carne. Las propiedades fsicas de los cidos grasos y de los compuestos que los contienen, vienen determinadas en gran parte por la longitud y grado de insaturacin de la cadena hidrocarbonada. La cadena hidrocarbonada apolar explica la escasa solubilidad de los cidos grasos en agua. Cuanto mas larga sea la cadena aclica grasa, y menor el nmero de dobles enlaces menor es la solubilidad en agua. El grupo acido carboxlico es polar y esta ionizado a pH neutro a lo que justifica la ligera solubilidad en agua de los acidos grasos de cadena corta. Los puntos de fusin de los cidos grasos y de los compuestos que los contienen, estn tambin muy infludos por la longitud y grado de saturacin de la cadena hidrocarbonada. A temperatura ambiente (25C), los cidos grasos saturados desde 12:0 a 24:0 tienen una consistencia crea, mientras que los cidos grasos insaturados de estas longitudes son lquidos oleosos (menor punto de fusin). As pues, la cadena de longitud corta e insaturada favorece la fluidez de los cidos grasos y sus derivados.
En los vertebrados los cidos grasos libres (con un grupo carboxilato libre) circulan por la sangre unidos a una protena portadora, la albmina srica. Sin embargo, los cidos grasos se encuentran en su mayora en forma de derivados del cido carboxlico, tales como steres y amidas. Al carecer del grupo carboxilato cargado, stos derivados de los cidos grasos son generalmente an menos solubles en agua, que los cidos carboxlicos libres.
Los triacilgliceridos son esteres de acidos grasos y glicerol Los lpidos ms sencillos obtenidos a partir de los cidos grasos son los triacilgliceroles, tambin denominados triglicridos, grasas o grasas neutras. Los triacilgliceroles estn compuestos de 3 cidos grasos en enlace ster con un solo glicerol
Los que contienen el mismo tipo de cido graso en las 3 posiciones se denominan triacilgliceroles simples, y se denominan segn el cido graso que contienen (ej. trioleina, contenendo 18:1). Los triacilgliceroles mixtos contienen 2 o ms cidos grasos diferentes; para la nomenclatura sin ambiguedades de estos compuestos se ha de especficar el nombre y posicin de cada cido graso. Por su estructura qumica (enlaces steres), los triacilgliceroles son molculas apolares, hidrofbicas, practicamente insolubles en agua. Esto explica por qu las mezlas agua-aceite tienen 2 fases; debido a que los lpidos tienen densidades menores que el agua, el aceite flota sobre la fase acuosa. Los triglicridos aportan energa almacenada y aislamiento En los mamferos, el centro principal de acumulacin de triacilgliceroles es el citoplasma de las clulas adiposas (clulas grasas o adipocitos). Las gotitas de triacilgliceroles se unen para formar un gran glbulo, que puede ocupar casi todo el volumen celular.
Los triacilgliceroles, como combustible almacenado, tienen 2 ventajas significativas sobre polisacridos como el glucgeno o el almidn. Los tomos de carbono de los cidos grasos estn ms reducidos que los de los azcares, por lo que la oxidacin de los triacilgliceroles proporciona ms del doble de energa, gramo por gramo, que los glcidos. Adems, como los triacilgliceroles son hidrofbicos y, por consiguiente, sin hidratar, el organismo que transporta combustible en forma de
grasa no ha de transportar peso extra del agua de hidratacin asociada con los polisacridos almacenados (1 g de glucgeno seco retiene alrededor de 2 g de agua). Las personas obesas pueden tener de 15 a 20 kg de triacilgliceroles depositados en sus adipositos, lo que es suficiente para cubrir sus necesidades energticas durante varios meses. Por el contrario, el cuerpo humano no puede almacenar glucgeno, ni para cubrir las necesidades energticas de un da. Los glcidos ofrecen ciertas ventajas como fuentes rpidas de energa metablica, siendo una de ellas su fcil solubilidad en agua. En algunos animales, los triacilgliceroles almacenados debajo de la piel, no slo sirven como almacenes de energa, sino como aislamiento contra las temperaturas muy bajas. En los animales hibernantes (osos), las enormes reservas de grasa acumuladas antes de la hibernacin, sirven tambin de depsito de energa. La mayora de las grasas naturales como los aceites vegetales, los productos lcteos y las grasas animales son mezlas complejas de triacilgliceroles simples y mixtos. Los aceites vegetales, como el aceite de maz y el de oliva, estn compuestos mayormente de triacilgliceroles con cidos grasos insaturados por lo que son lquidos a temperatura ambiente. Se convierten industrilmente en grasas slidas por hidrogenacin cataltica, que reduce a algunos de sus dobles enlaces a enlaces simples.. Los triacilgliceroles que slo contienen cidos grasos saturados son slidos blancos y grasos a temperatura ambiente (manteca de buey). Cuando los alimentos ricos en grasas se exponene demasiado tiempo al oxgeno del aire, se pueden estropear volvindose rancios. El gusto y olor desagradables, asociado a ello, provienen de la ruptura oxidativa de los dobles enlaces de cidos grasos insaturados que producen aldehdos y cidos carboxlicos de cadena ms corta, y por ello, de mayor volatilidad.
Los enlaces ster de triacilgliceroles son susceptibles de hidrlisis por cidos o lcalis. El calentamiento de las grasas animales con NaOH o KOH produce glicerol y las sales de Na + o K+ de los cidos grasos, conocidas como jabones (proceso de saponificacin). La utilidad de los jabones radica en su capacidad de solubilizar o dispersar materiales insolubles en agua, mediante la formacin de agregados microscpicos (micelas). A pH neutro, diversas lipasas catalizan la hidrlisis enzimtica de los triacilgliceroles. Las lipasas del intestino colaboran en la digestin y absorcin de las grasas de la dieta.
Ceras biolgicas Las ceras biolgicas son steres de cidos grasos de cadena larga saturados e insaturados (de 14 a 36 tomos de carbono) con alcoholes de cadena larga (de 16 a 30 tomos de carbono). Su funcin principal es estructural, cubriendo y protegiendo diversas estructuras, contribuyendo al carcter hidrofbico de los tegumentos de animales y plantas. La cera de las abejas es palmitato de miricilo (16C+30C). El palmitato de cetilo (16C+16C) es una cera presente en las ballenas que contribuye a su flotabilidad. En los pelos de mamferos, la lanolina contiene una mezcla compleja de steres de cidos grasos con alcoholes alifticos, alcoholes triterpnicos y esteroles.
Lpidos estructurales de las membranas La caracterstica arquitectnica central de las membranas biolgicas es su doble capa lipdica, que constituye una barrera al paso de molculas polares e iones. Los lpidos de las membranas son anfipticos; la orientacin de sus regiones hidrofbicas e hidroflicas dirige su empaquetamiento hacia la formacin de bicapas membranosas. Se describirn 3 tipos generales de lpidos de membranas: glicerofosfolpidos, en los que las regiones hidrofbicas estn compuestas por 2 cidos grasos unidos al glicerol; esfingolpidos, en los que se une un slo cido graso a una amina grasa, la esfingosina; y esteroles, que son compuestos que se caracterizan por tener un sistema rgido de 4 anillos hidrocarbonados fusionados. Los glicerofosfolpidos y los esfingolpidos contienen alcoholes polares o cargados en sus extremos polares; algunas contienen grupos fosfato. Dentro de estas 3 clases de lpidos de membrana su produce una enorme diversidad, debido a las diferentes combinaciones de colas y cabezas polares.
Glicerofosfolpidos Los lpidos ms abundantes en la mayora de las membranas son los glicerofosfolpidos (fosfoglicridos). Los glicerofosfolpidos comunes son diacilgliceroles unidos a alcoholes del grupo de cabeza mediante un enlace fosfodister. Todos los glicerofosfolpidos son derivados del cido fosfatdico y se nombran segn sus grupos polares de cabeza (por ejemplo, fosfatidilcolina y foafatidiletanolamina).
Todos tienen una carga negativa sobre el grupo fosfato a pH 7.0. El alcohol del grupo de cabeza tambin puede aportar una o ms cargas a pH prximo a 7. Los cidos grasos de los glicerofosfolpidos pueden ser muy variados, dependindo de las distintas especies y tejidos. En general, los glicerofosfolpidos contienen un cido graso saturado en C-1, y un cido graso insaturado en C-2, teniendo los grupos acilo graso normalmente entre 16 a 18 carbonos de longitud. Algunos tejidos animales y algunos organismos unicelulares son ricos en lpidos con fincin ter, en los que la cadenas acilo est unida por enlace ter, en vez del enlace ster. La cadena unida por enlace ter puede ser saturada, o puede contener un doble enlace entre C-1 y C-2, tal como sucede en los plasmalgenos. El tejido cardiaco contiene aprox. la mitad de los fosfolpidos en forma de plasmalgenos. No se conoce su significado funcional en las membranas; quizs confieren resistencia a las fosfolipasas de las membranas. Hay otro tipo importante de fosfolpido unido por enlace ter: el factor activador plaquetario, que es una hormona liberada de los basfilos, que estimula la agregacin plaquetaria y la liberacin de serotonina.
Esfingolpidos Los esfingolpidos, la segunda clase importante de lpidos de membrana, tambin tienen una cabeza polar y 2 colas apolares pero, a diferencia de los glicerofosfolpidos, no contiene glicerol. Los esfingolpidos estn compuestos por una molcula de amino-alcohol de cadena larga esfingosina o uno de sus derivados, una molcula de un cido graso de cadena larga, un alcohol de la cabeza polar y, a veces, cido fosfrico en enlace diester en el grupo de la cabeza polar.
La combinacin de la esfingosina con un cido graso se conoce con el nombre de ceramida, el cual es estructuralmente semejante a un diacilglicerol. La ceramida es la unidad estructural fundamental comn de todos los esfingolpidos. Existen 3 subclases de esfingolpidos, derivados de la ceramida, que difieren claramente en sus grupos de cabeza polar: esfingomielinas, glucolpidos neutros y los ganglisidos Las esfingomielinas contienen fosfoetanolamina como grupo de cabeza polar, por lo que se parecen estructuralmente a las fosfatidilcolinas. Las esfingomielinas se hallan presentes en las membranas plasmticas de las clulas animales; la vaina de mielina que rodea y aisla a los axones de las neuronas constituye buena fuente de esfingomielinas. Los glucolpidos neutros y los ganglisidos tienen uno o ms azcares en su grupo de cabeza, conectados directamente al OH en C-1 de la porcin ceramida; no contienen fosfato. Los glucolpidos neutros, tambin llamados glucoesfingolpidos, contienen entre 1 a 6 unidades monosacridas, que pueden ser D-glucosa, Dgalactosa o N-acetil-D-galactosamina. Estos glucoesfingolpidos se encuentran principalmente en la cara externa de la membrana plasmtica. Los cerebrsidos tienen un nico azcar unido a la ceramida. Los ganglisidos son los esfingolpidos ms complejos; contienen cabezas polares muy grandes formadas por varias unidades glucdicas, particularmente terminando en unidades de cido N-acetilneuramnico (cido silico), que tiene carga negativa a pH 7. Los ganglisidos constituyen el 6% de los lpidos de membrana de la materia gris del cerebro humano. Algunas enfermedades humanas heredadas genticamente son consecuencia de una acumulacin anormal de lpidos de membrana; entre ellas se encuentran las enfermedades de Tay-Sachs y la de Niemann-Pick. Por tanto se requiere de una regulacin precisa de la sntesis y degradacin de los lpidos polares de las membranas. Fosfolipasas especficas que degradan fosfolpidos de membranas La mayora de las clulas degradan y reemplazan continuamente sus lpidos de membrana. Para cada uno de los enlaces en un glicerofosfolpido existe una enzima hidroltica especfica. Las fosfolipasas del tipo A eliminan uno de los 2 cidos grasos, formando un lisofosfolpido. Las
lisofosfolipasas eliminan el cido graso restante. Ciertas seales extracelulares, como ser ciertas hormonas, activan una fosfolipasa C, que rompe especficamente los fosfatidilinositoles, liberando diacilglicerol e inositol fosfatos, los cuales pueden actuar como seales intracelulares. Otros estmulos extracelulares activan una fosfolipasa A que libera cido araquidnico de los lpidos de membrana; el cido araquidnico sirve como precursor en la sntesis de icosanoides (prostaglandinas, tromboxanos, leucotrienos), que actuan como mensajeros intracelulares. Esteroles Los esteroles son lpidos estructurales, que se hallan presente en la mayora de las clulas eucariticas. Su estructura caracterstica es la del nucleo esteroide, que consiste en 4 anillos fusionados, 3 de ellos con 6 carbonos y 1 con 5. El nucleo esteroide es casi plano y relativamente rgido (los anillos fusionados no permiten la rotacin alrededor de los enlaces C-C). El colesterol es el principal esterol en los tejidos animales; es anfiptico, con un grupo de cabeza polar (el grupo hidroxilo en C-3) y un cuerpo hidrocarbonado apolar (el nucleo esteroide y la cadena lateral hidrocarbonada en C-17). Adems de su papel estructural como constituyentes de membranas, los esteroides son los precursores de diversos productos con actividades biolgicas especficas. Los cidos biliares, en los que la cadena lateral en C-17 es hidroflica, actuan como detergentes en el intestino, emulsionando las grasas de la dieta para hacerlas ms accesibles a las lipasas digestivas. Diversas hormonas esteroidales, tambin se producen a partir del colesterol, por oxidacin de la cadena lateral en C-17.
Lpidos con actividades biolgicas especficas Las 2 clases de lpidos considerados hasta ahora, lpidos de almacenamiento y lpidos estructurales, son componentes celulares importantes. Con algunas excepciones, estos lpidos juegan un rol pasivo en la clula. Hay otro grupo de lpidos que aunque son componentes celulares relativamente menores en cuanto a masa, tienen actividades biolgicas especficas y esenciales. Entre ellos se encuentran los esteroides (compuestos derivados del colesterol, pero ms polares), y gran nmero de isoprenoides, que se sintetizan a partir de precursores de 5 carbonos relacionados con el isopreno.
Los isopreno: Dentro de los isoprenoides se encuentran las vitaminas A, D, E y K (vitaminas liposolubles). Otros lpidos activos son cofactores esenciales de protenas, transportadores electrnicos o seales intracelulares. Describiremos brevemente algunos de stos compuestos.
Hormonas esteroidales: Los principales grupos de hormonas esteroidales son las hormonas sexuales masculinas (testosterona) y femeninas (estradiol) y las hormonas de la corteza suprarrenal, el cortisol y la aldosterona.
Todas estas hormonas contienen un ncleo esteroide intacto. Se producen en un tejido y se transportan por el torrente circulatorio a tejidos blanco, en donde se fijan a receptores proteicos muy especficos, desencadenando cambios en la expresin gentica y en el metabolismo. Debido a la muy elevada afinidad de los receptores hacia la hormona, son suficientes concentraciones muy bajas de hormona para producir efecto sobre la clula blanco. Fosfatidilinositol El fosfatidilinositol y sus derivados fosforilados son componentes de las membranas plasmticas de todas las clulas eucariticas. . El fosfatidilinositol-4,5-bifosfato, formado por fosforilacin del fosfatidilinositol, es hidrolizado por una fosfolipasa C especfica en respuesta a seales hormonales. Los 2 productos de hidrlisis (diacilglicerol y inositol-1,4,5-trifosfato) actan como mensajeros intracelulares; el inositol-1.4.5-trifosfato produce la liberacin de Ca++ secuestrado en los compartimentos celulares limitados por membranas, desencadenando la activacin de diversas enzimas dependientes de Ca++, adems de otras respuestas hormonales. Icosanoides Los icosanoides son derivados de cidos grasos con una diversidad de acciones de tipo hormonal extremadamente potentes sobre varios tejidos de vertebrados. A diferencia de las hormonas no son transportados entre tejidos por la sangre, sino que actan sobre el tejido en el que se producen. Todos los icosanoides provienen del cido araquidnico, cido graso poliinsaturado de 20 carbonos, 20:4. Hay 3 clases de eicosanoides: prostaglandinas, tromboxanos y leucotrienos. Los distintos icosanoides se producen en diferentes tipos celulares, mediante rutas biosintticas diferentes, y tienen diferentes clulas blanco y acciones biolgicas. Todas las prostagladinas contienen un anillo de 5 tomos de carbono, que originlmente formaba parte del cido araquidnico.
Originalmente se definieron 2 grupos: PGE, de soluble en ter, y PGF, de soluble en tampn fosfato. Cada uno contiene numerosos subtipos, denominados PGE1, PGE2, etc. Se sabe actulmente que las prostagladinas actan en muchos tejidos regulando la sntesis de la molcula mensajera intracelular AMP 3,5-cclico (cAMP). Debido a que el cAMP media en la accin de muchas hormonas (2 mensajero), las prostaglandinas afectan a muchas funciones celulares y tisulares. Algunas prostaglandinas estimulan la contraccin del msculo liso del tero durante el parto o en la menstruacin; otras afectan el flujo sanguneo a rganos especficos, al ciclo sueo-vigilia, y a la capacidad de respuesta de ciertos tejidos a hormonas tales como la adrenalina y el glucagn.; otro
tipo de PG eleven la temperatura corporal (fiebre) y produciendo inflamacin. Los tromboxanos se aislaron por primera vez de las plaquetas de la sangre (tambin llamados trombocitos), y tienen un anillo de 6 tomos que contiene una funcin ter. Actuan en la formacin de coagulos sanguineos y en la reduccin del flujo sanguineo hacia el sitio del coagulo. Los leucotrienos, encontrados por primera vez en los leucocitos, contienen 3 dobles enlaces conjugados. Son seales biolgicas poderosas: por ej. , inducen la contraccin del msculo que recubre las vas areas del pulmn. Su sobreproduccin produce ataques asmticos.; la fuerte contraccin de los msculos lisos del pulmn que tienen lugar en el shock anafilctico, es parte de la reaccin alergica, potencialmente fatal, en individuos hipersensibles a las picaduras de abeja, penicilina, y otros agentes.
Capitulo 08 Membranas biolgicas y transporte Probablemente la primera clula apareci cuando se formo una membrana que encerraba un pequeo volumen de solucin acuosa y lo separaba del resto del universo las membranas defienden los limites externos de las clulas y regulan el trafico molecular a travs de estos lmites, en clulas eucariotas dividen el espacio interno en compartimientos discretos para segregar procesos y componentes. Organizan secuencias complejas de reacciones y son de importancia principal tanto para la conservacin de la energa biolgica como para la comunicacin intercelular. Las actividades biolgicas de la membrana son consecuencia de sus notables propiedades fsicas. Las membranas son flexibles, autosellantes, y selectivamente permeables a los solutos polares. Las membranas celulares son barreras selectivas que separan las clulas y forman compartimientos intracelulares. Entre sus funciones estn: Regular el transporte de molculas que entran o salen de la clula o del organelo. Generar seales para modificar el metabolismo. Adherir clulas para formar tejidos. La membrana celular est formada por una capa doble de fosfolpidos, protenas y carbohidratos. Cada fosfolpido est compuesto por glicerol, cidos grasos y fosfato, que en conjunto crean una barrera hidrofbica entre los compartimientos acuosos de la clula. Las protenas permiten el paso de molculas hidroflicas a travs de la membrana, determinan las funciones especficas de sta e incluyen bombas, canales, receptores, molculas de adhesin, transductores de energa y enzimas. Las protenas perifricas estn asociadas con las superficies, mientras que las integrales estn incrustadas en la membrana y pueden atravesar completamente la capa doble. La funcin de los carbohidratos adheridos a las protenas (glucoprotenas) o a los fosfolpidos (glucolpidos) es la de adhesin y comunicacin intercelular. El colesterol, que es un esteroide (lpido), determina la fluidez de la membrana. Debemos recordar que la membrana plasmtica No es observable mediante la utilizacin del microscopio ptico, por lo cual, las teoras de su estructura estuvieron basadas en un principio en evidencias indirectas. En 1855, Naegeli denomina membrana plasmtica a una pelcula invisible que envolvera a las clulas y sera responsable de los fenmenos osmticos que observ en las clulas vivas. No fue hasta la invencin del microscopio electrnico que la membrana plasmtica pudo ser verdaderamente observada. Hoy en da se considera al modelo de Mosaico Fluido, descrito por Singer hace ms de veinte aos, como la estructura bsica de la totalidad de las membranas. En este modelo, los lpidos se disponen formando una verdadera bicapa, donde las protenas integrales se insertan tomando contacto con la superficie extra e intracelular. Uno de los conceptos bsicos de este modelo es que la bicapa permite desplazamientos considerables de sus componentes, he ah la fluidez propuesta por Singer. Por lo tanto, la doble capa no es esttica, sino que es capaz de permitir y propiciar un movimiento a lo largo del plano estructural de la membrana. Una de las caractersticas ms relevantes de la organizacin molecular de las membranas es la asimetra de todos sus componentes., lo cual significa que en ambas mitades de la bicapa los componentes se distribuyen de diferente manera. Se ha observado que sus componentes se pueden mover lo que le da la fluidez antes comentada. Los movimientos que se han describen son los siguientes: De rotacin: su pone el giro de la molcula lipdica en torno a su eje mayor. Es muy frecuente y el responsable, en gran medida, de otros movimientos. De difusin lateral o flexin: Las molculas lipdicas pueden difundirse libremente de manera lateral dentro de la bicapa.
Flip-flop: Es el movimiento de un lpido de una monocapa a su paralela gracias a unos enzimas denominados flipasas.
La fluidez de las molculas que componen las membranas depende de la temperatura, naturaleza de los lpidos y de la presencia de colesterol. Cuando aumenta la temperatura aumenta la fluidez; de la misma forma si los lpidos son insaturados y de cadena corta la membrana es ms fluida. La presencia de colesterol aumenta la rigidez de la membrana. De la fluidez de las membranas dependen importantes funciones, como el transporte, la adhesin celular, reconocimiento de antgenos. Debido a esto, las membranas tienen mecanismos de adaptacin homeoviscosa responsable de mantener la fluidez adecuada en cada momento. La membrana plasmtica Los fosfolpidos son molculas anfipticas. Vale decir que, ante la presencia de un medio acuoso, adquieren una doble sensibilidad. Sus cabezas se caracterizan por presentar afinidad por el agua, por lo cual se dice que son Hidroflicas, mientras que sus colas son netamente no polares, por lo cual presentan fobia por el agua (son Hidrofbicas). Debido a esta naturaleza anfiptica, en un medio acuoso tienden espontneamente a formar agrupaciones denominadas micelas o bicapas similares a las celulares. La mayor parte de las membranas biolgicas de origen eucariota poseen colesterol como componente importante. En el caso de la membrana plasmtica, la misma presenta una composicin similar entre el colesterol y los fosfolpidos que la componen. En las clulas de origen procariota el colesterol est ausente en la mayor parte de las mismas y, el bajo contenido de este lpido en las membranas mitocondriales tal vez refleje una importante prueba a favor de la teora endosimbitica. El colesterol aumenta la impermeabilidad de la capa bilipdica y le da mayor estabilidad a la misma. Protenas de Membrana Las protenas de membrana representan su principal componente funcional, desempeando un papel fundamental en la regulacin y control de su permeabilidad. Entre las protenas de membrana, podemos distinguir tambin polipptidos que poseen funcin enzimtica, receptores para diversas seales (como las hormonales), que producen la adhesin celular y protenas con una variedad enorme de funciones que iremos estudiando a lo largo de este espacio curricular. Las protenas de membrana pueden clasificarse, utilizando como criterio el grado de asociacin a esta, en integrales y perifricas. Es as como, las protenas integrales toman contacto tanto con el
lado exterior, como con el interior de la membrana. Por lo tanto se dice tambin que estas protenas son de transmembrana. Casi en forma invariable estas protenas se encuentran asociadas con hidratos de carbono, por lo cual se las denomina como Glucoprotenas, las cuales representan ms de un 70 % del total de las protenas de membrana. Es importante aclarar que, si bien las protenas pueden rotar sobre su propio eje y moverse lateralmente, nunca cambian de posicin dentro de la bicapa. Vale decir que NO pueden rotar de manera que el lado externo quede en sentido intracelular y viceversa. Las protenas perifricas de la membrana no penetran en el interior hidrofbico de la bicapa fosfolipdica, asocindose con la bicapa mediante interacciones dbiles (generalmente lo hacen mediante uniones del tipo inicas). Hidratos de carbono de la membrana Los glcidos de la membrana se presentan en forma de oligosacridos o, con menor frecuencia, como monosacridos. En todos los casos se encuentran unidos en forma covalente a lpidos, constituyendo glucolpidos, o a protenas, constituyendo las famosas glucoprotenas. La ubicacin de los glcidos en las membranas plasmticas se realiza, en forma casi exclusiva, en la capa superficial o externa de la bicapa fosfolipdica. Las clulas proyectan hacia su superficie externa el componente oligosacrido de sus glucolpidos y glucoprotenas. El conjunto de todas estas molculas forma una cubierta extracelular denominada Glucocliz. A esta verdadera capa extracelular se le atribuyen las siguientes funciones: Micro ambiente: El Glucocliz es capaz de atrapar ciertos iones que son importantes para la clula, haciendo que estos puedan ingresar rpidamente a la clula. Proteccin celular: La cubierta celular puede proteger a la membrana contra daos de origen qumico o mecnico. Reconocimiento celular: Las clulas pueden ser reconocidas, mediante otras clulas o molculas, a partir de la composicin diferencial que presentan los distintos tipos celulares en su Glucocliz.
Transporte a travs de la membrana La membrana posee mecanismos para transportar fsicamente molculas, permitiendo que las clulas dejen pasar metabolitos necesarios para la sntesis de macromolculas y libere los productos derivados del catabolismo y sustancias de secrecin. Por lo tanto, se podra decir que se comporta como una barrera semipermeable, permitiendo el paso, mediante diversos mecanismos, de sustancias en contra o a favor de un gradiente de concentracin osmtico o elctrico. Transporte de sustancias de baja masa molecular: Transporte pasivo Se hacen a favor de un gradiente; por lo tanto, este transporte no gasta energa. Difusin simple: Por este mecanismo entran en la clula sustancias solubles como O2, CO2; etanol, urea, etc., deslizndose por los fosfolpidos. Las molculas que pueden pasar no tienen carga. Las denominadas protenas de canal forman canales acuosos a travs de la bicapa lipdica que permite el paso de sustancias cargadas elctricamente a favor de un gradiente de concentracin. Difusin facilitada: Se transportan molculas polares como glcidos, nucletidos, aminocidos, etc., siempre se produce a favor de un gradiente electroqumico y es efectuada por unas protenas que se denominan protenas transportadoras o carriers. Cuando se unen a la molcula que tienen que transportar, sufren un cambio de conformacin que ayuda a las molculas en su paso por el canal. Difusin Facilitada a por medio de canales inicos Las protenas que se encuentran en este grupo recorren todo el espesor de la membrana plasmtica y en su interior poseen un canal o poro de caractersticas hidroflicas. Este poro permite, de manera selectiva, el pasaje de iones a travs de la membrana. La importancia de estos canales se ve aumentada mediante la capacidad de regulacin en los procesos de apertura y cierre de los mismos, existiendo canales que permanecen siempre abiertos, mientras que otros se abren y cierran dependiendo de seales qumicas, mecnicas o elctricas. Para brindar un ejemplo, el mecanismo de excitacin neuronal y la interconexin entre las distintas neuronas, se vera imposibilitada sin la capacidad de regular el accionar de ciertos canales inicos como el del Sodio o el del Potasio. Difusin Facilitada por medio de Permeasas Lo constituyen las protenas denominadas permeasas o carriers. Son, al igual que los canales inicos, sumamente especficas. La molcula transportada debe de unirse a un sitio especfico de la permeasa, lo que provoca un cambio conformacional en la misma que facilita el pasaje del soluto de un lado al otro de la membrana sin generar gasto energtico alguno.
smosis: Las membranas biolgicas son selectivamente permeables, pues permiten el pasaje de algunas sustancias, mientras que bloquean el de otras. El movimiento de las molculas de agua a travs de este tipo de membranas semipermeables reviste un caso especial de difusin que se conoce como smosis. El movimiento de agua, en este proceso, se realizar desde una regin de menor concentracin de soluto a una regin de mayor concentracin de soluto. Este movimiento del agua no se ve afectado por qu sustancia se encuentre disuelta en el agua, sino por la diferencia de concentracin que alcancen las partculas a ambos lados de la membrana semipermeable. Con respecto a las clulas, estas pueden encontrase inmersas tres tipos principales de medios, en cuanto a la concentracin de soluto que estos presenten. Si la clula se encuentra rodeada de un medio que contenga mayor concentracin de soluto, diremos que el medio es Hipertnico. Al contrario, si la concentracin de soluto extracelular es menor que la intracelular, dicho medio ser Hipotnico. Finalmente, si las concentraciones de soluto, a ambos lados de la membrana son iguales, nos referiremos a un medio Isotnico. En base a lo considerado, una clula eucariota como cualquiera de nuestros glbulos rojos, que sea inmersa en un medio Hipertnico tender a perder agua, a deshidratarse. Este proceso se denomina plasmlisis. Al contrario, si el mismo tipo de clula fuese incluido en un medio Hipotnico, se producira la entrada excesiva del agua, por lo cual el eritrocito terminara reventando como un globo al cual inflamos de sobremanera. Este tipo de proceso se denomina Turgencia. Ahora bien, en nuestro organismo las clulas se encuentran en un medio Isotnico, por lo cual no se producen ninguno de los casos prescriptos.
Transporte activo. Se realiza en contra de gradiente de concentracin o de potencial electroqumico y precisa aporte externo de energa. Transporte activo primario Utiliza la energa del ATP Bomba de Na+-K+: Transporta sodio al exterior de la clula y potasio al interior en contra de potencial electroqumico. Bomba de Ca2+: Transporta calcio al exterior de la clula. Transporte activo secundario, transporte acoplado o cotransporte. Transporta dos o ms molculas, una de las cuales se mueve a favor de gradiente o de potencial electroqumico y la otra u otras en contra. La que se mueve a favor de gradiente o de potencial electroqumico suministra la energa para transportar la otra u otras en contra del mismo. Las molculas se pueden transportar en la misma direccin o en direccin contraria. Intercambiador Na+-Ca2+. En muchas clulas existe un transportador que introduce sodio en la clula a favor de potencial electroqumico y extrae calcio en contra. Cotransporte de Na+-glucosa. En las clulas de la pared del intestino existe un transportador que introduce sodio en la clula a favor del potencial electroqumico, e introduce glucosa en la clula en contra del gradiente de concentracin. Transporte en Masa Al eliminar o incorporar molculas muy grandes o incluso el incorporar un microorganismo entero, la membrana se deforma generando una vacuola, donde las molculas a transporta quedan contenidas y son transportadas. La Exocitosis es la salida de materia, mientras que la Endocitosis se refiere al ingreso de la misma. En cuanto a la Endocitosis, se puede dividir el proceso segn las caractersticas de las partculas incorporadas. La Fagocitosis es el proceso por el cual se endocitan partculas de gran tamao, microorganismos, complejos macromoleculares, restos celulares u otras sustancias slidas. El otro mecanismo por el cual la clula puede incorporar macromolculas es mediante la Pinocitosis, donde se endocitan lquidos correspondientes al fluido extracelular. Fagocitosis Consta de dos grandes pasos. En el primero, la membrana debe de reconocer a la partcula a fagocitar y unirse a ella, generalmente esta unin est mediatizada por protenas de membrana que se unen de forma especfica a ciertas zonas de partcula a fagocitar. Una vez terminada la unin, se inicia la segunda fase de la fagocitosis, en la cual la membrana se expande alrededor de la partcula, proceso en el cual se gasta energa. Finalmente, la partcula queda englobada dentro de una vacuola (vacuola fagoctica) y puede ser dirigida intracelularmente. Pinocitosis Es la captacin inespecfica del lquido extracelular. La membrana se invagina, por lo cual la sustancia extracelular queda incluida dentro de esta depresin. Ambos extremos de la misma se unen conformando una vacuola (vacuola Pinoctica) que ser dirigida intracelularmente. Exocitosis Las vacuolas producidas por la clula, pueden contener sustancias de desecho, macromolculas sintetizadas en la clula u otros componentes. En todos estos casos se hace necesaria la expulsin de estas sustancias al medio extracelular. Para lograr este propsito, la vacuola se fusiona con la membrana plasmtica, posibilitando la exocitosis. Es menester aclarar que la membrana que
formaba la vacuola exoctica pasa a formar parte, luego de este proceso, de la membrana plasmtica. Nota: TRANSCITOSIS.- Es el conjunto de fenmenos que permiten a una sustancia atravesar todo el citoplasma celular. Implica el doble proceso de endocitosis y exocitosis. Ocurre en las clulas endoteliales que constituyen los vasos sanguneos, transportando sustancias desde el torrente circulatorio a las clulas de los tejidos.
Capitulo 09 Bioenergetica y metabolismo El metabolismo es una actividad celular muy coordinada en la que muchos sistemas multienzimaticos (rutas metablicas) cooperan para obtener energa a partir de energa solar o degradando nutrientes ricos en energa obtenidos del ambiente; convertir molculas nutrientes en molculas caractersticas de la propia clula incluidos los precursores de macromolculas; polimerizar los precursores monomericos en macromolculas: protenas, cidos nucleicos, y polisacridos, y; sintetizar y degradar biomoleculas para funciones celulares especializadas, tales como los lpidos de membrana, mensajeros intracelulares y pigmentos. La diferencia metablica ms importante entre los organismos es la forma especfica en que obtienen energa para llevar a cabo los procesos de la vida. Los auttrofos requieren del CO2 atmosfrico como nica fuente de carbono y energa solar para fabricar otras biomolculas. En cambio los hetertrofos obtienen energa de los compuestos complejos de carbono que ingieren y que habitualmente se encuentran en los auttrofos.
Todos los organismos vivos requieren tambin de nitrgeno, necesario para la sntesis de aminocidos, nucletidos y otros compuestos. Este puede ser obtenido de distintas fuentes como ser: amonaco, nitratos solubles o a partir de los aminocidos u otros compuestos orgnicos. Junto con el ciclo del carbono y del oxgeno, en el ciclo del nitrgeno intervienen muchas especies de organismos vivos, dependiendo de un equilibrio adecuado entre las actividades de los productores (auttrofos) y los consumidores (hetertrofos) de nuestra biosfera. Estos grandes ciclos de materia son impulsados por un gran movimiento de energa a travs de la biosfera que comienza con la captura de la energa solar por los microorganismos fotosintticos y su utilizacin para generar glcidos ricos en energa y otros nutrientes orgnicos, estos se utilizan a su vez como fuente de energa por los organismos heterotrficos. A diferencia del ciclado de la materia, la energa fluye en una sola direccin a travs de la biosfera. Dicha energa se transforma constantemente en formas no utilizables.
Ciclo del nitrgeno en la biosfera. El metabolismo est basado en una serie de reacciones catalizadas enzimticamente constituyendo la base de lo que denominamos rutas metablicas. Las podemos definir como cada uno de los pasos consecutivos por los cuales se realiza un pequeo cambio qumico especfico, donde un precursor se convierte en un producto a travs de intermedios metablicos. Estas rutas pueden ser bsicamente: catablicas o anablicas. Se entiende por catabolismo a la fase degradativa del metabolismo en la que molculas nutrientes orgnicas (glcidos, grasas y protenas) se convierten en productos ms pequeas y sencillos, por ejemplo cido lctico, CO2 y NH3. Las rutas catablicas liberan energa libre, parte de la cual se conserva en la formacin de ATP y transportadores electrnicos reducidos (NADH y NADPH). Las principales rutas catablicas por las que la clula obtiene energa a partir de la oxidacin de diversos combustibles son: conversin de hexosas en triosas, la oxidacin de triosas a dixido de carbono y la oxidacin de aminocidos y cidos grasos. Por anabolismo, tambin llamado biosntesis, entendemos como el proceso por el cual precursores pequeos y sencillos se integran en molculas muchos mayores y complejas, entre las se cuentan los lpidos, polisacridos, protenas y cidos nucleicos. Las reacciones anablicas requieren de aporte de energa, generalmente en forma de energa libre de hidrlisis del ATP y el poder reductor del NADH y del NADPH, obtenidos de los procesos catablicos respectivamente. Las principales rutas anablicas mediante las que las clulas utilizan el ATP son: la produccin de glcidos, lpidos, aminocidos y nucletidos a partir de precursores ms simples.
Algunas rutas metablicas son lineales, y algunas son ramificadas, generando mltiples productos terminales tiles a partir de un precursor nico o convirtiendo varios materiales iniciales en un producto nico. En general las rutas catablicas son convergentes y las rutas anablicas son divergentes. Algunas rutas son cclicas, donde un componente inicial de la ruta es regenerado por una serie de reacciones que convierten otros componentes iniciales en ese producto. La sntesis y la degradacin, no son procesos simultneos. Si as fuera seria un gasto innecesario de energa. Estos mecanismos no estn catalizados por el mismo grupo de enzimas, si bien comparten un gran numero de pasos, los puntos de regulacin son distintos. Cuando uno tiene lugar, el otro esta suprimido. Es comn que las rutas de sntesis y degradacin de un compuesto, tengan lugar en compartimentos celulares diferentes. Por ejemplo la degradacin de cidos grasos tiene lugar en la mitocondria y la sntesis en el citosol.
Las vas metablicas estn reguladas a tres niveles. El primer nivel es la forma de respuesta ms inmediata para la regulacin a travs de la accin de enzimas alostricas, que son capaces de cambiar la actividad cataltica en respuesta a moduladores estimuladores o inhibidores. Un segundo nivel corresponde al control metablico en los organismos superiores mediante la regulacin hormonal. Las hormonas son mensajeros qumicos liberados por un tejido, que estimulan o inhiben algunos procesos que tienen lugar en otros tejidos. Las hormonas sirven para coordinar las actividades metablicas de diferentes tejidos y sus acciones y efectos son en una escala de tiempo ms prolongada que la de los efectos alostricos. Las hormonas son las encargadas de la regulacin e integracin de las rutas metablicas en los mamferos superiores. El tercer nivel de regulacin metablica consiste en el control de la velocidad de un paso metablico por regulacin de la concentracin de su enzima en la clula. La concentracin de una enzima en un momento determinado es el resultado de un equilibrio entre su velocidad de sntesis y su velocidad de degradacin, estando las dos sujetas a regulacin en una escala de tiempo que va de minutos a horas.
Bioenergtica y termodinmica La bioenergtica es el estudio cuantitativo de las transducciones de energa, cambios de una forma de energa en otra, que tienen lugar en las clulas vivas y de la naturaleza y funciones de los procesos qumicos sobre lo que se basan estas transducciones. La bioenergtica o termodinmica bioqumica, es el estudio de los cambios de energa que acompaan a las reacciones bioqumicas. Proporciona los principios que explican porque algunas reacciones pueden producirse en tanto que otras no. Los sistemas no biolgicos pueden utilizar la energa calorfica para realizar trabajo, pero los sistemas biolgicos son isotrmicos y emplean la energa qumica para impulsar los procesos vitales. La energa qumica de un compuesto est representada por el movimiento y posicin relativa de los tomos y partculas componentes; por los enlaces y atracciones y a menudo el contenido energtico de las molculas involucradas disminuye o aumenta. El curso de cualquier reaccin qumica es determinado por el contenido de energa del sistema en consideracin y por el intercambio de energa libre entre l y su entorno. Medir el contenido de energa de un sistema puede ser difcil, en cambio resulta ms fcil determinar el cambio de energa producido entre los estados inicial y final. La forma ms comn de energa es el calor. Prcticamente todos los procesos qumicos son acompaados por consumo o produccin de calor. En el primer caso se denominan endotrmicos, en el segundo, exotrmicos. Las transformaciones biolgicas de energa obedecen las leyes de la termodinmica. El primer principio o ley de la termodinmica establece que en cualquier cambio fsico o qumico la cantidad total de energa en el universo permanece constante, aunque pueda cambiar la forma de la misma. Tambin conocida como principio de conservacin de la energa para la termodinmica en realidad el primer principio dice ms que una ley de conservacin, establece que si se realiza trabajo sobre un sistema o bien ste intercambia calor con otro, la energa interna del sistema cambiar. Esta ley permite definir el calor como la energa necesaria que debe intercambiar el sistema para compensar las diferencias entre trabajo y energa interna. La ecuacin general de la conservacin de la energa es la siguiente: Que aplicada a la termodinmica teniendo en cuenta el criterio de signos termodinmico, queda de la forma: Donde U es la energa interna del sistema (aislado), Q es la cantidad de calor aportado al sistema y W es el trabajo realizado por el sistema. Notas: Sistema Un sistema es aquella particular porcin del universo en la cual estamos interesados. Tpicos sistemas termodinmicos pueden ser: una cierta cantidad de gas, un lquido y su vapor, una mezcla de dos lquidos, una solucin, un slido cristalino, etc. Variables termodinmicas Las variables termodinmicas son las magnitudes que estimamos necesario o conveniente especificar para dar una descripcin macroscpica del sistema. La mayora de esas magnitudes provienen de otras ramas de la fsica. Por ejemplo la presin proviene de la Mecnica, las intensidades de campo elctrico y magntico del Electromagnetismo, etc. Por consiguiente no
podemos dar una definicin completa y detallada del concepto de variable termodinmica, y por ahora nos tenemos que conformar con algunos ejemplos. Para un sistema que consiste de un gas o un lquido, o una mezcla de diferentes gases o lquidos, las variables termodinmicas son: las masas de las diferentes sustancias presentes, la presin, el volumen y la temperatura. En un sistema en que se consideran superficies o pelculas lquidas, las variables correspondientes son la tensin superficial, el rea superficial y la temperatura. El estudio termodinmico de un sistema magntico incluira probablemente como variables la intensidad del campo magntico, la magnetizacin de la materia del sistema y la temperatura. En estos ejemplos dimos slo tres variables (adems de la masa) para cada sistema, pero puede haber ms. En todos esos grupos de variables la nica en comn es la temperatura, que luego estudiaremos en detalle. Las dems provienen de ramas de la fsica ajenas a la Termodinmica. Estado del sistema Cuando se han especificado las variables necesarias para describir al sistema se dice que se ha especificado el estado del sistema. La especificacin del estado de un sistema no nos da ninguna informacin acerca de los procesos mediante los cuales el sistema fue llevado a dicho estado. Equilibrio El equilibrio es una abstraccin pues los sistemas reales no estn nunca en estricto equilibrio. Pero siempre y cuando las variables que describen al sistema y al ambiente que interacta con l no varen apreciablemente en la escala de tiempo de nuestras mediciones, se puede considerar que el sistema est en equilibrio y aplicarle las consideraciones termodinmicas pertinentes. Se debe notar que un sistema puede estar en equilibrio con respecto de ciertas variables, pero no con respecto de otras. Por ejemplo, si mezclamos hidrgeno y oxgeno gaseosos a temperatura ambiente, la mezcla no queda en equilibrio respecto de la composicin qumica (pues a temperatura ambiente, la reaccin de formacin de agua 2H2+O22H2O se produce con extrema lentitud) aunque casi de inmediato queda en equilibrio respecto de la presin, el volumen y la temperatura. La segunda ley establece que en todos los procesos naturales la entropa o desorden del universo aumenta. La entropa representa la extensin del desorden y se torna mxima en un sistema cuando este se aproxima al equilibrio verdadero. Representa la energa degradada, no utilizable para realizar trabajo. En condiciones de temperatura y presin constantes, la relacin entre el cambio de energa libre (G) de un sistema y el cambio de la entropa (S) est dada por la siguiente ecuacin que combina las dos leyes de la termodinmica: G = H - T S Donde H es el cambio de entalpa (calor) y T es la temperatura absoluta (K). Bajo las condiciones de las reacciones bioqumicas, debido a que H es aproximadamente igual a E, que es el cambio total en la energa interna de la reaccin, la relacin anterior puede expresarse de la siguiente manera: G = E - T S
NOTA:
La energa libre de Gibbs, G: Expresa la cantidad de energa capaz de realizar trabajo durante una reaccin (a temperatura y presin constantes) G, con signo (-): la reaccin es exergnica. G, con signo (-): la reaccin es exergnica.
Entalpa, H: Es el contenido calrico del sistema de reaccin. Refleja el nmero y la clase de enlaces qumicos en los reactivos y los productos. Reaccin qumica libera calor, es una reaccin exotrmica Reaccin qumica adquiere calor, es endotrmica contenido calrico de productos < de los reactivos H + contenido calrico de productos > de los reactivos H Por convencin H, (-) tiene signo negativo cuando se libera calor del sistema a su entorno Las unidades de H son: joules/mol (J/mol) y caloras/mol (cal/mol) La entropa, S, Es una expresin cuantitativa del desorden de un sistema. Cuando los productos de una reaccin son menos complejos y ms desordenados que los reactivos, se afirma que la reaccin transcurre con ganancia de entropa. S (+) tiene signo positivo cuando aumenta la entropa Las unidades de entropa (S) son: joules/mol - Kelvin (J/mol - K) Las unidades de G y H son: joules/mol (J/mol) caloras/mol (cal/mol) Las unidades de la variacin de entropa S son: joules/mol X Kelvin (J/mol X K) Reacciones acopladas En los organismos vivos, las reacciones exergnicas y endergnicas se encuentran acopladas entre s. Los vas catablicas (exergnicas) producen energa til que es aprovechada para la sntesis de ATP (endergnico). Este se descompone (exergnico) y la energa libre puede ser empleada en los procesos anablicos o tambin en otras formas de trabajo. Por lo tanto el ATP constituye el intermediario comn en los procesos de intercambio de energa, tanto sean stos exergnicos o endergnicos. Excepcionalmente, esta funcin puede ser cumplida por otros nucletidos trifosfatos. Por ejemplo, la formacin del ster glucosa-6-fosfato es una reaccin endergnica con un G de + 3,3 Kcal/mol Glucosa + Pi + Energa glucosa-6-fosfato + H2O De acuerdo con lo expuesto, esta reaccin no ha de transcurrir espontneamente. Sin embargo, puede producirse si se acopla con la hidrlisis de ATP, ya que la misma es exergnica. ATP + H2O ADP + Pi Energa Glucosa + Pi Glucosa-6-P + H2O
La reaccin total resultante es: ATP + Glucosa glucosa-6-fosfato + ADP La cual tiene un G de 4,0 Kcal/mol, lo cual le permite transcurrir en el sentido indicado. se tiene un ensamble de un proceso exergnico con otro endergnico. Las clulas acostumbran a guardar la energa necesaria para sus reacciones en ciertas molculas, la principal es el: ATP, trifosfato de Adenosina. Las clulas lo usan para capturar, transferir y almacenar energa libre necesaria para realizar el trabajo qumico. La funcin del ATP es suministrar energa hidrolizndose a ADP y Pi. Esta energa puede usarse para: Obtener energa qumica: por ejemplo para la sntesis de macromolculas. Transporte a travs de las membranas. Trabajo mecnico: por ejemplo la contraccin muscular, movimiento de cilios y flagelos, movimiento de los cromosomas, etc. Por lo tanto, la molcula ATP (Adenosina trifosfato) que el organismo produce en las mitocondrias durante la respiracin celular, es el "transportador" universal de energa de nuestro cuerpo, necesaria para la gran mayora de las funciones de los seres vivos y sin la cual la vida no sera concebible, al menos tal y como la conocemos. Cuando la molcula de ATP se subdivide, la alta carga energtica acumulada en ella se libera, y es utilizada por el organismo para llevar a cabo todos los procesos necesarios. El ATP puede liberar dos grupos fosfato sucesivamente, aunque por lo general, se rompe uno de estos enlaces. Cuando se elimina por hidrlisis un grupo fosfato, la molcula de ATP se convierte en ADP, (Adenosina difosfafo). La estructura del ATP estn formada por tres tipo de enlaces: (1) Un enlace glicosdico, entre el Nitrgeno 9 de la Adenina con el Carbono 1 de la Ribosa; la configuracin del carbono anomrico de la Ribosa es de tipo beta, y como se une a un Nitrgeno, se acostumbra a denominar el enlace como N--glicosdico. La molcula formada nicamente por Adenina y Ribosa se llama Adenosina y es un nuclosido. (2) Un enlace ster, entre uno de los -OH cidos del fosfato y el hidroxilo del Carbono 5 de la Ribosa, que se incluye entre los steres fosfricos. (3) Dos enlaces anhidro, que se forman al unirse dos grupos -OH cidos, de fosfatos diferentes, con la eliminacin de un molcula de agua. Los enlaces anhidro, en ocasiones se designan como enlaces de alta energa, porque cuando se hidrolizan, se libera gran cantidad de energa libre. Aunque esta costumbre est muy extendida, porque se aplica fcilmente en muchos procesos, sin embargo, no se debe perder de vista que en realidad, la energa se encuentra almacenada en toda la molcula y no nicamente en el enlace anhidro.
El cambio de energa libre estndar de hidrlisis del ATP puede ser de - 25 a - 40 kJ mol-1. El valor exacto depende del pH, la temperatura y los cationes metlicos presentes. Uno de los sistemas mejor estudiados es el complejo Mg-ATP, el cual, a pH = 7 y T = 310 K, tiene G = -30.5 kJ mol-1, valor que se usa como referencia en los clculos de balance energtico del metabolismo.
Otros compuestos ricos en energa Entre otros compuestos ricos en energa destacaremos algunos como el fosfoenolpiruvato que contiene un enlace fosfato que puede ser hidrolizado dando la forma enol del piruvato, la cual se tautomeriza inmediatamente a la forma ceto que es ms estable. El producto de hidrlisis puede existir en cualquiera de las dos formas tautomricas (enol y ceto) mientras que el reactivo solo tiene una forma (enol), el producto est estabilizado en relacin a los reactivos. El 1,3 bifosfoglicerato contiene un enlace anhdrido entre el grupo carboxilo en C-1 y el cido fosfrico. La hidrlisis de este acil fosfato va acompaada de una variacin grande y negativa de energa libre estndar (G= -43 KJ/mol ) que se puede razonar en funcin de la estructura de reactivos y productos. Cuando se aade agua al enlace anhdrido, uno de los productos directos (cido 3 fosfoglicrico) puede perder inmediatamente un protn. La eliminacin de este producto directo favorece la reaccin directa dando lugar a la formacin del in carboxilato (3 fosfoglicerato) que tiene 2 formas de resonancia igualmente posible. En la fosfocreatina el enlace P - N puede ser hidrolizado para generar creatina libre y Pi como en los casos anteriores, la liberacin de Pi favorece la reaccin directa. La creatina puede existir en dos formas de resonancia y esta estabilizacin por resonancia del producto favorece la reaccin directa. La variacin de Energa Libre Estndar de esta reaccin es grande, alrededor de 43 KJ/mol. Los compuestos fosfatos que se encuentran en los organismos vivos pueden dividirse arbitrariamente en dos grupos basados en su energa libre estndar de hidrlisis. Los compuestos de alta energa tienen un (G= -25 KJ/ mol ) Los compuestos de baja energa tienen un G de hidrlisis menos negativo. El trmino enlace fosfato rico en energa aunque utilizado desde hace tiempo es incorrecto e induce a confusin ya que sugiere de manera equivocada que el enlace por s mismo contiene la energa. La energa libre liberada en la hidrlisis de los compuestos fosfatos no procede del enlace especfico que se rompe sino que es resultado de que los productos de reaccin tengan un contenido global de energa libre menos que los reactivos. A partir de la actividad de las variaciones de energa libre de las reacciones secuenciales se puede ver que la sntesis de cualquier compuesto
fosforilado puede conseguirse acoplndola a la rotura de otro compuesto fosforilado con una energa libre de hidrlisis ms negativa. Se pueden describir los compuestos fosforilados segn tengan un potencial de transferencia del grupo fosfato alto o bajo. El potencial de transferencia del grupo fosfato del fosfoenolpiruvato es muy alto, el del ATP es alto y el de la glucosa 6-fosfato es bajo. En algunas reacciones en las que interviene el ATP, se liberan sus dos grupos fosfatos terminales en una sola pieza de PPi (pirofosfato inorgnico) simultneamente el resto de la molcula de ATP se une a otro compuesto que, de este modo es activado. Por ej. el primer paso en la activacin de un cido graso sea para su oxidacin que produce energa, o bien para su uso en la sntesis de lpidos ms complejos.
Reacciones de oxido-reduccin biolgica La transferencia de grupos fosfatos es una de las caractersticas centrales del metabolismo. Las reacciones de transferencias electrnicas metablicas son tambin de importancia crucial. En estas reacciones de oxidacinreduccin interviene la prdida de electrones por una especie qumica, que es as oxidada y la ganancia por otra que es reducida. El flujo de electrones en las reacciones de oxido-reduccin es responsable directa o indirectamente de todo el trabajo realizado por los organismos vivos. En los organismos no fotosintticos, la fuente de electrones son compuestos reducidos (alimentos), en los organismos fotosintticos el dador electrnico inicial es una especie qumica excitada por absorcin de la luz. La ruta del flujo de electrones en el metabolismo es compleja. Los electrones pasan desde diversos intermediarios metablicos a transportadores electrnicos especializados en reacciones catalizadas por enzimas. Estos transportadores ceden a su vez los electrones a aceptores con afinidad por los electrones ms elevada, liberando energa molecular que transforman la energa del flujo de electrones en energa til. El flujo de electrones puede realizar trabajo biolgico La conversin de flujo electrnico en trabajo biolgico requiere transductores moleculares, anlogos a los motores elctricos que convierten el flujo de electrones a travs de circuitos macroscpicos en movimiento mecnico. La analoga entre un circuito que conecta la batera con un motor elctrico y los circuitos sub microscpicos de las clulas es muy instructiva. En el circuito macroscpico la
fuente de electrones es una batera que posee dos especies qumicas que difieren en afinidad hacia los electrones Los cables elctricos proporcionan una ruta para el flujo electrnico desde la especie qumica en un polo de la batera a travs del motor, a la especie qumica en el otro lado de la batera. Debido a que las dos especies qumicas difieren en su afinidad hacia los electrones, estos fluyen espontneamente a travs del circuito, impulsados por una fuerza proporcional a la diferencia en afinidad electrnica, la fuerza electromotriz. La fuerza electromotriz (normalmente unos pocos voltios) puede realizar trabajo si hay un transductor de energa adecuado, como un motor, en el circuito. El motor se puede acoplar a diferentes ingenios mecnicos para realizar trabajo. En un circuito biolgico anlogo la fuente de electrones es un compuesto relativamente reducido, como la glucosa. A medida que se oxida enzimticamente se liberan electrones que fluyen espontneamente a travs de una serie de transportadores electrnicos intermedios a otra especie qumica con una afinidad elevada por los electrones como el Oxigeno El flujo es espontneo y exergnico porque el oxgeno tiene una afinidad por los electrones mayor que la que tienen los intermediarios que ceden los electrones. La fuerza electromotriz resultante proporciona energa a los transductores moleculares que realizan el trabajo biolgico En la mitocondria por ej. los transductores ligados a la membrana ligados a la membrana acoplan el flujo electrnico a la produccin de una diferencia de pH transmembrana, con lo que se consigue trabajo osmtico y elctrico. El gradiente de protones as formado tiene energa potencial. En todas las reacciones de oxidorreduccin, un compuesto pierde cede electrones y se oxida, mientras que otro gana o acepta electrones y se reduce. El compuesto que gana o acepta electrones es el Agente Oxidante y el que pierde o cede electrones es el Agente Reductor. En forma semejante a como sucede en las reacciones cido-base, en las que un cido nicamente puede actuar como tal, si existe una base con la cual reaccionar; en las reaccin de oxidorreduccin para que un compuesto se oxide, otro debe reducirse. Tambin, as como un cido al ceder protones se convierte en su base conjugada, un agente oxidante que acepta electrones queda reducido, y un agente reductor al donar protones queda oxidado. En las reacciones de oxidorreduccin biolgicas los electrones se pueden transferir de diferentes formas. Cuando se transfieren solos (e-) generalmente lo hacen mediante la oxidorreduccin reversible de iones metlicos como Hierro o Cobre. Tambin se pueden transferir electrones junto con protones, en forma de tomos de Hidrgeno (H+ + e-) o iones hidruro (H- = H+ + 2e-) mediante coenzimas de oxidorreduccin. En cualquier forma que se transfiera, cada electrn transferido constituye un Equivalente Reductor. En los organismos aerobios, como los humanos, el Oxgeno es el aceptor final de electrones en el metabolismo. Sin embargo, la oxidacin de los alimentos no se efecta por reaccin directa con O2, sino con coenzimas de oxidorreduccin, de las cuales las ms importantes en el catabolismo son dos, el Dinucletido de Nicotinamida y Adenina (NAD+) y el Dinucletido de Flavina y Adenina (FAD). Adems, en las reacciones de oxidorreduccin del anabolismo, participa un anlogo del NAD+, el Dinucletido de Nicotinamida y Adenina Fosfato (NADP+). En los humanos, NAD+ y NADP+ se forman a partir de la Niacina (vitamina B3) y el FAD a partir de Riboflavina (vitamina B2). Tanto NAD+ como NADP+ aceptan dos equivalentes reductores en forma de un in hidruro, para convertirse en sus formas reducidas NADH y NADPH, respectivamente; mientras que el FAD tambin acepta dos equivalentes reductores, pero en forma de dos tomos de Hidrgeno para formar el FAD reducido FADH2. El sitio activo de NAD+ y NADP+, es el Carbono 4 del anillo de nicotinamida. En la forma oxidada, el Nitrgeno del anillo de nicotinamida tiene baja densidad electrnica y carga positiva; esta situacin es inestable debido a la electronegatividad del Nitrgeno, la cual provoca un corrimiento de electrones que disminuye la densidad electrnica en el Carbono 4, y lo hace capaz de aceptar el par
de electrones del in Hidruro. Esta reaccin se representa en forma abreviada como se muestra en el esquema de abajo. El protn libre que se incluye en la reaccin es nicamente como indicacin de que la cantidad de carga es constante. El Hidrgeno que entra a formar parte de la coenzima reducida, puede hacerlo desde el frente del anillo, o desde la parte de atrs, las enzimas que utilizan NAD+ NADP+, son especficas de la cara del anillo a la que aaden el Hidrgeno. NAD+ + 2H+ + 2e- NADH + H+
Por su parte el FAD tiene dos Nitrgenos en el anillo de Isoaloxazina de la Riboflavina, que mediante el corrimiento de electrones pueden aceptar un Hidrgeno completo cada uno, sin cambiar la carga de la molcula. La oxidorreduccin reversible del FAD, se representa de manera simplificada, en la forma que se muestra: FAD + 2H+ + 2e- FADH2 Los equivalentes reductores transportados como NADH y FADH2 son usados para la sntesis de ATP, mientras que el NADPH se utiliza como agente reductor en el anabolismo.
Capitulo 10: Glucolisis, gluconeogenesis La glucosa ocupa una posicin central en el metabolismo de las plantas, animales y muchos microorganismos. Es relativamente rica en energa potencial, por lo que es un buen combustible, su oxidacin completa a dixido de carbono y agua transcurre con una variacin de energa libre estndar de -2.840 KJ/mol. Almacenando glucosa en forma de polmero de elevada masa molecular tal como el almidn o glucgeno, una clula puede acumular grandes cantidades de unidades de hexosa, al tiempo que mantiene una osmolaridad citosolica relativamente baja. Cuando las necesidades energticas de la clula aumentan, la glucosa puede liberarse a partir de estos polmeros de almacenamiento y utilizarse para producir ATP, ya sea aerbica o anacrbicamente. La glucosa no es slo un combustible excelente sino tambin un precursor extremadamente verstil, capaz de suministrar una gran cantidad de intermediarios metablicos para las reacciones biosintticas. Una bacteria tal como Escherichia coli puede obtener de la glucosa los esqueletos carbonados de cada uno de los aminocidos, nucletidos, coenzimas, cidos grasos y otros intermediarios metablicos necesarios para el crecimiento. Los organismos que no tienen acceso a la glucosa de otras fuentes deben fabricarla. Los organismos fotosintticos forman glucosa reduciendo el CO2 atmosfrico a triosas para, seguidamente, convertirlas en glucosa. Las clulas no fotosintticas fabrican glucosa a partir de precursores ms sencillos de tres o cuatro tomos de carbono mediante el proceso de la gluconeogenesis, invirtiendo de manera efectiva la glucolisis en una ruta que utiliza una gran parte de los enzimas glucoliticas.
Glucolisis En la glucolisis (del griego glykys, dulce y lysis, romper) se degrada una molecula de glucosa en una serie de reacciones catalizadas enzimticamente, dando dos molculas del compuesto de tres carbonos piruvato. Durante la secuencia de reacciones de la glucolisis, parte de la energa libre cedida por la glucosa se conserva en forma de ATP y NADH. La glucolisis fue la primera ruta metabolica elucidada y es, probablemente, la que se mejor conoce. Durante el proceso se obtiene un balance neto de energa de 2 molculas de ATP. Al ser un proceso oxidativo, va acompaado de una reduccin, por lo que adems se obtienen 2 molculas de NADH + H+. Es una ruta prcticamente universal, pues casi todos los organismos utilizan la glucosa como fuente de energa. Consta de 10 reacciones agrupadas en dos fases:
1. Fase de gasto energtico o fase de hexosas o etapa preparativa. Es una etapa degradativa. No es oxidativa y adems no se produce ATP, sino que se consumen 2 molculas de ATP por cada glucosa. 2. Fase de obtencin de energa o fase de triosas o etapa oxidativa. Se oxida el NAD, que se transforma en NADH + H+ y se forman 4 molculas de ATP por trasferencia de grupos fosfato al ADP.
1 FASE: GASTO O APORTE ENERGTICO. Reaccin 1. Fosforilacin en el C6 de la Glucosa para dar Glucosa-6-fosfato. De ste modo se consigue activar la molcula (aumentar su energa), para poder utilizarla en otros procesos. Para que se rompa el esqueleto carbonado es necesaria la hidrlisis de una molcula de ATP de la reserva celular. La enzima (Hexoquinasa, glucoquinasa en hgado): Irreversible en la clula, la reaccin contraria o bien no ocurre (msculo) o la cataliza otra enzima (hgado).
La fosforilacin de la glucosa tiene ventajas para la clula: la G6P es ms reactiva que la glucosa y a diferencia de sta no atraviesa la membrana celular porque no tiene transportador. De esta forma se evita la prdida de un sustrato energtico para la clula. Reaccin 2. Isomerizacin de la Glucosa-6-P para dar Fructosa-6-P. La G6P rompe su forma cclica y se abre, sufriendo unos procesos que dan lugar a la formacin de un intermediario de reaccin, denominado cis-enol, con una corta vida que seguidamente se transforma en una cetosa, que al ciclarse da lugar a la forma furanosa de la F6P. Es una reaccin reversible de isomerizacin de aldosa a cetosa catalizada por la fosfoglucoisomerasa.
Reaccion 3 Fosforilacin de la Fructosa-6-P en el C1, para dar fructosa-1,6-bisfosfato (FBP). F6P . Es una reaccin irreversible, catalizada por una kinasa, concretamente la fosfofructokinasa-1 (PFK1), que fosforila el carbono 1 de la F6P. sta reaccin constituye el 2 y principal punto de control de la glucolisis, pues cuando las concentraciones de ATP son altas, este enzima es inhibido y cesa la glucolisis. Tambin est controlada por las concentraciones de citrato.
Reaccin 4. Fragmentacin de la Fructosa-1,6-Bifosfato que dar 2 triosas fosfato: a) Dihidroxiacetona- fosfato (DHAP) b) Gliceraldehido-3-fosfato (G3P) La 3-fosfodihidroxiacetona (DHAP) corresponde a los tomos de carbono 1, 2 y 3 de la FBP, mientras que el gliceraldehido-3-fosfato procede de a los carbonos 4, 5 y 6 de la FBP, siendo el C6 el 1 de la nueva molcula (G3P). La enzima que cataliza esta reaccin es una aldolasa, concretamente recibe el nombre de fructosa bisfosfato aldolasa. La reaccin sera muy endergnica en las condiciones estndar, pero dadas las concentraciones de la clula la reaccin ocurre hacia la derecha.
Reaccin 5. Isomerizacin de la dihidroxiacetona-fosfato (DHAP) que se transforma en otra molcula de gliceraldehido-3-P en una reaccin reversible. Reaccin catalizada por la triosa-fosfato isomerasa.
ste es el ltimo paso de la Fase con gasto de energa en la que se consumieron 2 ATP. As, en el cuarto paso se genera una molcula de GA3P, y en el quinto paso se genera la segunda molcula de ste. De aqu en adelante, las reacciones ocurrirn dos veces, debido a que se generan dos molculas de GA3P por hexosa. Hasta el momento solo se han consumido 2ATP, sin embargo, en la segunda etapa, el GA3P se transforma en una molcula de alta energa, a partir de la cual se obtendr el beneficio final de 4 molculas de ATP.
2 FASE: GANANCIA O BENEFICIO ENERGTICO
Reaccin 6. Oxidacin y Fosforilacin del D-Gliceraldehido-3-P (G3P) para dar 1,3-Bifosfoglicerato. Se trata de una oxidacin que requiere por tanto una reduccin. Al mismo tiempo se produce la incorporacin de un Pi (fosforo inorgnico) por cada molcula de G3P, el cual va a quedar unido mediante un enlace rico en energa. Los dos hidrgenos del carbono 1 pasan al coenzima NAD+, el cual es reducido a NADH + H+, y se forma un doble enlace C = O. Se trata de una deshidrogenacin u oxidacin del sustrato.
La reaccin es catalizada por un enzima denominado fosfogliceraldehido deshidrogenasa, el cual presenta un centro activo con un resto de SH.
Reaccin 7. Cesin de 1 grupo fosfato del 1,3-Bifosfoglicerato al ADP (genera ATP. 1 fosforilacin a nivel de sustrato). El BPG libera con el enlace rico en energa, suficiente para formar el ATP. Por tanto se producen dos molculas de ATP, que ya compensan el gasto energtico de la primera etapa. Es una reaccin reversible, la cual ocurre cuando la concentracin de ATP es pequea, ya que en presencia de una alta concentracin de ATP puede ocurrir el proceso inverso. El enzima que cataliza esta reaccin es la fosfoglicerato kinasa. Como la glucosa se transform en 2 molculas de GA3P se sintetizan un total de 2 ATP en este paso. Las reacciones 6 y 7 de la gluclisis corresponden a un caso de acoplamiento, donde una reaccin energticamente desfavorable (6) es seguida por una reaccin muy favorable energticamente (7) que induce a que ocurra la primera.
Reaccin 8. Isomerizacin del 3-fosfoglicerato para dar 2-fosfoglicerato. Reaccin catalizada por el enzima fosfoglicerato mutasa
Reaccin 9. Deshidratacin del 2-Fosfoglicerato, con prdida de una molcula de agua procedente del OH libre del carbono 3 y el H del carbono 2. Esto da lugar a un doble enlace entre el carbono 2 y el 3, dejando el fosfato del carbono 2 unido mediante un enlace rico en energa, para dar lugar al cido fosfoenolpirvico (PEP). El enzima encargado de catalizar esta reaccin es una deshidratasa denominada enolasa.
Reaccin 10 Se trata de una reaccin irreversible en la que se forma un intermediario de reaccin inestable llamado enol pirvico, que rpidamente pasa a piruvato. Reaccin catalizada por la piruvato kinasa. Constituye el tercer punto de control de la gluclisis pues es activada por la fructosa-1,6, bifosfato y AMP.
El piruvato tiene diferentes destinos En presencia de oxgeno mayoritariamente seguir la ruta aerbica. Esto es: oxidacin del piruvato a acetil-CoA, oxidacin completa de ste en el ciclo de Krebs, hasta CO2 y agua, y transferencia de los electrones obtenidos a la cadena de transporte electrnico y fialmente al oxgeno (es decir, todo el NADH/FADH2 obtenido en la gluclisis, la oxidacin del piruvato y el ciclo de Krebs) para obtener energa (en la fosforilacin oxidativa). En ausencia de oxgeno el piruvato no sigue la va anterior, puesto que no hay oxgeno al que transferir los electrones que se produzcan. Para que la gluclisis se pueda realizar en estas condiciones se debe buscar la manera de deshacerse de los electrones que genera, es decir se debe buscar la manera de reoxidar el NADH a NAD+. La gluclisis funciona muy rpido en casi todas las clulas, sobre todo en las que es la nica fuente de produccin de energa, as que se genera mucho NADH que debe reoxidarse puesto que la cantidad de NADH es limitada. Diferentes organismos han optado por diferentes formas de hacerlo, lo ms comn es transferir los electrones al producto final de la glucolisis, el piruvato, transformndolo en otro compuesto, de manera que con
una reaccin ms conseguimos una glucolisis aumentada en un paso en la que no hay produccin neta de NADH, es decir, no hay cambio neto de estado redox entre sustratos y productos. El compuesto que se genera ser o bien secretado al medio o reciclado por las clulas para otra funcin. Esta gluclisis aumentada en un paso se conoce como fermentacin, y tendr diferentes adjetivos dependiendo del producto.
Fermentacin Lctica En la fermentacin lctica el piruvato es reducido a lactato por la lactato deshidrogenasa. Ocurre por ejemplo en el msculo cuando hay ejercicio intenso y no llega el oxgeno suficiente, y tambin en las bacterias del cido lctico. El lctico luego sale del msculo a la sangre y es consumido por otros rganos como el corazn o el hgado. En el corazn, que siempre tiene buen aporte de oxgeno, el lctico puede ser transformado en piruvato y luego entrar en el ciclo de Krebs. En el hgado, el lactato es mayoritariamente transformado en glucosa por la gluconeognesis, la cual puede volver de nuevo al msculo. De esta manera puede haber un ciclo entre el msculo y el corazn en el que hay paso glucosalactato en el msculo y lactatoglucosa en el hgado (Ciclo de Cori).
Fermentacin alcoholica La fermentacin alcohlica es un proceso anaerbico realizado por las levaduras y algunas clases de bacterias. Estos microorganismos transforman el azcar en alcohol etlico y dixido de carbono. La fermentacin alcohlica, comienza despus de que la glucosa entra en la celda. La glucosa se degrada en un cido pyruvic. Este cido pyruvic se convierte luego en CO2 y etanol. Los seres humanos han aprovechado este proceso para hacer pan, cerveza, y vino. En estos tres productos se emplea el mismo microorganismo que es: la levadura comn o lo Saccharomyces cerevisae.
Gluconeogenesis El papel central de la glucosa apareci tempranamente dentro de la evolucin y este azcar contina siendo el combustible y bloque estructural casi universal de los organismos modernos desde los microbios hasta el ser humano. En los mamferos, algunos tejidos dependen casi por completo de la glucosa para la produccin d energa metabolica. Para el cerebro y el sistema nervioso humanos, asi como para los eritrocitos, la glucosa de la sangre es la nica, o principal, fuente de combustible. Solo el cerebro humano requiere ms de 120 g de glucosa al da, ms de la mitad de toda la glucosa que se encuentra almacenada como glucgeno en el musculo y en el hgado. Sin embargo el suministro de la glucosa apartir de estos depsitos no siempre es suficiente, entre comidas y durante ayunos prolongados o despus de un ejercicio vigoroso, el glucgeno se ha agotado. Durante estos periodos, los organismos necesitan un mtodo para sintetizar glucosa a partir de precursores no glucdicos. Esto se consigue a travs de una ruta de nominada gluconeogenesis (formacin de azcar nuevo), encargado de convertir el piruvato y los compuestos relacionados de tres y cuatro carbonos en glucosa. Es una reaccin anablica. Es la va que permite la sntesis de glucosa a partir de precursores no glucdicos (ni provienen ni son glucosa). Es muy importante en animales. Permite ver la regulacin de las vas metablicas. Es necesaria porque muchos tejidos de los animales no necesitan glucosa, mientras que otros son completamente glucosadependientes (cerebro, eritrocitos, mdula renal, entre otros). Es imprescindible tener siempre glucosa disponible. Se puede hacer glucosa a partir de: -Lactato. -Piruvato. -Algunos aminocidos. -Intermedios del ciclo de Krebs.
-Glicerol. Cada precursor tiene un significado diferente. La gluconeognesis ocurre slo en algunos rganos muy concretos, sobretodo en hgado. La corteza renal tambin puede llevarla cabo. Las plantas no lo hacen porque pueden fabricar glucosa a partir de CO 2 mediante fotosntesis. Pasar de Pyruvato a Glucosa es lo contrario de hacer gluclisis.
Necesidad de la gluconeognesis Las clulas del cerebro y los eritrocitos dependen casi exclusivamente de glucosa como fuente de energa. Las reservas de glucosa en forma de glucgeno en el hgado slo bastan para unas horas de ayuno. Durante el ayuno o periodos de ejercicio intenso la mayor parte de las necesidades de glucosa del organismo se cubren por la gluconeognesis. Los sustratos para la produccin de esta glucosa son: El lactato: Es la fuente de predominio de los tomos del carbn para la sntesis de la glucosa por medio de la gluconeognesis. El lactato es producido durante la gliclisis anaerobia por el msculo esqueltico y es transportado al hgado donde es convertido a glucosa El Piruvato: Es generado por el msculo y otros tejidos finos perifricos, puede ser transaminado hasta alanina que viaja al hgado para la gluconeognesis. Los aminocidos: Los veinte aminocidos, exceptuando la leucina y la lisina, pueden ser degradados hasta oxalacetato o piruvato para proporcionar esqueletos de carbono, participando de esta manera de la gluconeognesis. El Glicerol: La oxidacin de los cidos grasos proporciona finalmente el glicerol el cual puede ser utilizado por la gluconeognesis
A partir del piruvato la gluconeognesis es prcticamente el reverso del esquema glucoltico. Sin embargo, la gluconeognesis no es el proceso inverso de la gluclisis por una importante razon termodinmica: 3 reacciones de la gluclisis estn muy desplazadas del equilibrio, y son prcticamente irreversibles: Hexocinasa, conversion de glucosa a glucosa-6-P Fosfofructo cinasa, conversin de fructosa-1-P a fructosa-1, 6 diP Piruvato cinasa, conversin de fosfoenol piruvato a piruvato. En la gluconeognesis estas reacciones deben ser sustituidas por reacciones nuevas que eviten la irreversibilidad de las reacciones mencionadas, es decir que puedan realizar: Formacin de Fosfoenolpiruvato Formacin de Fructosa-6-fosfato Formacin de Glucosa
Capitulo 11 Ciclo del acido ctrico y fosforilacin oxidativa. La respiracin celular tiene lugar en tres fases principales. En la primera, las molculas de combustible orgnico (glucosa, cidos grasos y algunos aminocidos) se oxidan para dar lugar a fragmentos de dos tomos de carbono en forma de grupo acetilo del acetil coenzima A (acetil-CoA). En la segunda fase, los grupos acetilo se incorporan al ciclo del acido ctrico, donde son oxidados enzimticamente hasta CO2. La energa liberada en esta oxidacin se conserva en los transportadores de electrones reducidos NADH y FADH2. En la tercera fase de la respiracin, estas coenzimas reducidos son a su vez oxidados, liberando protones (H+) y electrones. Los electrones son transferidos a lo largo de una cadena de molculas transportadas (conocida como cadena respiratoria) al O2 el aceptor electrnico final. Durante este proceso de transferencia electrnica se libera una gran cantidad de energa que se conserva en forma de ATP gracias al proceso denominado fosforilacin oxidativa. La respiracin es ms compleja que la glucolisis y se cree que apareci mucho mas tarde, despus de la aparicin de las cianobacterias. La actividad metablica de las cianobacterias es la responsable del enriquecimiento en oxigeno de la atmosfera terrestre, punto de inflexin determinante en el proceso de la evolucin.
El piruvato se oxida en acetil-CoA y CO2 La reaccin global catalizada por el complejo de la piruvato deshidrogenasa es una descarboxilacin oxidativa, un proceso oxidacin irreversible en el que el piruvato pierde un grupo carboxilo en forma de molcula de CO2 y los dos carbonos restantes se transforman en el grupo acetilo del acetil-CoA. El NADH formado en esta reaccin libera un in hidruro (:H-) a la cadena respiratoria que transporta los dos electrones hasta el oxigeno o, en los microorganismos anaerobios, hasta un aceptor de electrones alternativo tal como el nitrato o el sulfato. La transferencia de electrones desde el NADH hasta el oxigeno genera en ltima instancia 2,5 molculas de ATP por cada par de electrones se ha demostrado la irreversibilidad de la reaccin del complejo de la PDH mediante experimentos con isotopos radiactivos: el complejo no puede unir de nuevo CO 2 marcado radiactivamente al acetil-CoA para generar piruvato marcado en el grupo carboxlico.
El complejo de la piruvato deshidrogenasa necesita cinco coenzimas La deshidrogenizacin y descarboxilacin combinadas del piruvato para formar el grupo acetilo del acetil-CoA requieren la accin secuencial de tres enzimas diferentes, as como de cinco coenzimas o grupos prostticos diferentes: tiamina pirofosfato (TPP), flavina adenina dinucletido (FAD), coenzima A (CoA, aveces mostrando como CoA-SH para poner de relieve el papel del grupo SH), nicotidamina adenina dinucleotido (NAD) y lipoato. Cuatro vitaminas diferentes, esenciales en la nutricin humana, son componentes vitales de este sistema: la tiamina (en el TPP), la riboflavina (en el FAD), la nicotidamina (en el NAD) y el pantotenato (en el CoA). La coenzima A (CoA) es una coenzima de transferencia de grupos acilo que participa en diversas rutas metablicas (ciclo de Krebs, sntesis y oxidacin de cidos grasos). Se deriva de una vitamina: el cido pantotnico (vitamina B5), y es una coenzima libre. Su aislamiento se produjo en 1951 por el bioqumico alemn (y premio Nobel) Feodor Lynen, en forma de acetil-coenzima A a partir de clulas de levadura. Su parte reactiva es la funcin tiol (-SH) de la tioetanolamina, que se simboliza a menudo como HS-CoA (o CoA-SH). Por lo tanto, la reaccin con un cido carboxlico forma un enlace aciltioster rico en energa. Puesto que la coenzima A es qumicamente un tiol, puede reaccionar con los cidos carboxlicos para formar tiosteres, funcionando as como un transportador de grupos acilo. Asiste en la transferencia de cidos grasos desde el citoplasma a las mitocondrias. Una molcula de coenzima A que transporta un grupo acetilo se conoce como acetil-CoA. Cuando no lleva grupo acilo generalmente se denomina CoASH o HSCoA.
El quinto cofactor del complejo de la PDH, lipoato tiene dos grupos tiol que pueden experimental una oxidacin reversible hasta formar un enlace disulfuro (-S-S-) similar al que se produce entre dos residuos Cys en protenas. Gracias a esta capacidad de experimentar reacciones de oxidacinreduccin, el lipoato puede actuar a la vez como transportador de electrones (hidrogeno) y de acilos.
Acido lipoico (lipoato) El complejo de la piruvato deshidrogenasa est formado por tres enzimas diferentes El complejo PDH est formado por copias multiples de los tres enzimas: piruvato deshidrogenasa (E1), dihidrolipoil transacetilasa (E2), y dihidrolipoil deshidrogenasa (E3). COMPONENTE Piruvato deshidrogenasa (E1) Dihidrolipiltransacetilasa (E2) DHLP deshidrogenasa (E3) GRUPO PROSTTICO Tiaminpirofosfato (TPP) Lipoamida FAD FUNCIN Descarboxilasa del piruvato Oxida el hidroxiacil (forma el enlace acil sobre un tomo de azufre) y lo transfiere al Co-A Oxidar lipoamida
El procedimiento que sigue es el siguiente: 1. E1 transforma en acetaldehido a hidroxitiaminpirofosfato. 2. El hidroxitiaminpirofosfato es transferido a E2. Tiene un grupo disulfuro que es el receptor del hidroxiacilo y lo va a unir covalentemente a 1 S y, despus, lo transfiere al Acetil Co-A. 3. La lipoamida ha quedado reducida y no puede coger hidroxiacilo. Hay que recargar el enlace disulfuro. El FADH se oxida a FAD, que provoca que el NAD se reduzca a NADH. La ventaja de ese complejo es que el trfico de substratos y productos est optimizado.
Ciclo de Krebs. El ciclo de Krebs (conocido tambin como ciclo de los cidos tricarboxlicos o ciclo del cido ctrico) es un ciclo metablico de importancia fundamental en todas las clulas que utilizan oxgeno durante el proceso de respiracin celular. En estos organismos aerbicos, el ciclo de Krebs es el anillo de conjuncin de las rutas metablicas responsables de la degradacin y desasimilacin de los carbohidratos, las grasas y las protenas en anhdrido carbnico y agua, con la formacin de energa qumica. El ciclo de Krebs, que tiene lugar dentro de las mitocondrias, completa la ruptura de la glucosa al descomponer un derivado del cido pirvico hasta dixido de carbono. Este conjunto de reacciones comienza con la incorporacin de una molcula de acetil-CoA a una molcula de oxalacetato, para formar una molcula de cido ctrico, de ah su nombre. Esa molcula de citrato sufre una serie de reacciones que en ltima instancia regeneran la molcula inicial de oxalacetato, dispuesta a reaccionar con un nuevo acetil-CoA y comenzar de nuevo el ciclo. En cada vuelta, se obtienen GTP , equivalentes reductores (NADH y FADH2), CO2 y agua.
Reacciones del ciclo: 1. Partimos de oxalacetato que reacciona con Acetil-CoA de forma irreversible, formando citrato (que da nombre al ciclo) y liberando el CoA 1 reaccin irreversible del ciclo. Enzima que cataliza la reaccin: citrato sintasa (no gasta ATP)1 enzima irreversible Las siguientes 2 reacciones (2 y 3) producen en su conjunto la isomerizacin del citrato a isocitrato y estarn catalizadas por la misma enzima, producindose ambas de manera sucesiva: 2. El citrato pierde 1 molcula de H2O dando lugar a un cido intermediario de poca importancia, el cis-aconitato. 3. El cis-aconitato reincorpora la molcula de H2O en una posicin distinta a la original, dando lugar al isocitrato. Enzima que cataliza ambas reacciones (de isomerizacin): aconitasa.
Las siguientes 2 reacciones (4 y 5) estn destinadas a la oxidacin y descarboxilacin del isocitrato para obtener -cetoglutarato y estarn catalizadas por la misma enzima, aunque no se producen a la vez: 4. El isocitrato se oxida a oxal-succinato (intermediario poco importante), empleando como CoE al NAD+, que se reduce a NADH + H+. 5. El oxal-succinato se descarboxila, *perdiendo la 1 molcula de CO2* y dando lugar al cetoglutarato 2 reaccin irreversible Enzima que cataliza ambas reacciones: isocitrato deshidrogenasa (DH) 2 enzima irreversible
6. El -cetoglutarato se descarboxila a succinil CoA (similar a la descarboxilacin oxidativa del piruvato), reducindose una molcula de NAD+ y *liberndose la 2 molcula de CO2* 3 reaccin irreversible
Enzima que cataliza la reaccin: complejo multienzimtico -cetoglutaratodeshidrogenasa 3 enzima irreversible
A partir de aqu el resto de reacciones van a cerrar el ciclo porque ya hemos perdido las 2 molculas de CO2, es decir, ya hemos descarboxilado. 7. El succinil CoA es un compuesto rico energticamente, por lo que se rompe el enlace que une el succinato con la CoA, liberndose CoA-SH y formndose GTP y dando lugar a succinato. Enzima que cataliza la reaccin: succinil CoA sintetasa (gasta ATP).
Antes de este paso podamos distinguir los carbonos procedentes del Acetil-CoA hasta el succinil CoA incluido 6 reaccin, pero a partir de ste paso ya no nos es posible hacerlo. 8. El succinato da lugar al fumarato por deshidrogenacin, empleando como CoE al FAD que se reduce a FADH2. Enzima que cataliza la reaccin: succinato deshidrogenasa.
9. El fumarato da lugar al malato mediante la incorporacin de 1 molcula de H2O. Enzima que cataliza la reaccin: fumarasa
10. ltima reaccin: el malato da lugar al compuesto inicial del ciclo, el oxalacetato, por oxidacin y empleando la CoE NAD+ que se reduce a NADH + H+. Enzima que cataliza la reaccin: malato deshidrogenasa
Los productos de una vuelta del ciclo del acido ctrico, en cada vuelta del ciclo se liberan tres molculas de NADH, una molcula de FADH2 una de GTP o (ATP) y dos de CO2 en reacciones de descarboxilacin oxidativa.
Fosfoliracin oxidativa La fosforilacin oxidativa es la culminacin del metabolismo productor de energa en los organismos aerbicos. Todos los pasos enzimticos de la degradacin oxidativa de glcidos, grasas y aminocidos en las clulas aerobias convergen en esta etapa final de la respiracin celular, en la que los electrones fluyen desde intermediarios catablicos al O2 liberando energa para la produccin de ATP a partir del ADP y el Pi. En los eucariotas la fosforilacin oxidativa tiene lugar en las mitocondrias; la fotofosforilacin en los cloroplastos. En la fosforilacin oxidativa se produce la reduccin de O2 a H2O con electrones cedidos por el NADH y el FADH2 y sta tiene lugar tanto en la luz como en la oscuridad. En la fotofosforilacin se produce la oxidacin de H2O a O2 con NADP+ como aceptor electrnico y sta depende absolutamente de la luz. Estos dos procesos conservadores de energa, de gran eficacia, transcurren a travs de mecanismos muy similares. Los conocimientos actuales sobre la sntesis de ATP en la mitocondria y en los cloroplastos, se basa en una hiptesis propuesta por Peter Mitchell en 1961 llamada teora quimiosmtica. Existen tres aspectos fundamentales similares entre la fosforilacin oxidativa y la fotofosforilacin. (1) En ambos procesos interviene un flujo de electrones a travs de una cadena de intermedios redox que son transportadores ligados a la membrana. (2) La energa libre puesta a disposicin por el flujo de electrones cuesta abajo (exergnico) est acoplada al transporte cuesta arriba de protones a travs de una membrana impermeable a los protones, conservndose parte de la energa libre de oxidacin de los combustibles metablicos en forma de potencial electroqmico transmembrana. (3) El flujo transmembrana de protones a favor de su gradiente de concentracin a travs de canales proteicos especficos proporciona la energa libre necesaria para la sntesis de ATP.
CADENA RESPIRATORIA (CADENA DE TRANSPORTE ELECTRNICO).- Est constituida por una serie de transportadores electrnicos, que en su mayora son protenas integrantes de la membrana interna mitocondrial, con grupos prstticos capaces de aceptar y donar electrones de un transportador precedente y transferirlos al siguiente en una secuencia especfica mediante procesos de oxidacin reduccin. En la reaccin global catalizada por los constituyentes de la cadena respiratoria se transportan electrones desde dadores electrnicos primarios como el NADH, FADH2, etc., hasta el O2 que es el aceptor final de electrones. El O2 se reduce y se combina con H+ para producir agua. El sistema dedicado al transporte de los electrones est compuesto por cuatro complejos enzimticos fijos y dos transportadores de electrones mviles: el complejo I o NADH deshidrogenasa que contiene flavina mononucletido (FMN), el complejo II o succinato deshidrogenasa; ambos ceden electrones al coenzima Q o ubiquinona; el complejo III o citocromo bc1 cede electrones al citocromo c y el complejo IV o citocromo c oxidasa cede electrones al oxgeno para producir dos molculas de agua.
El orden en que se disponen los transportadores en la cadena est en funcin de su potencial de reduccin creciente (es un proceso cuesta abajo), ya que los electrones pasan d e un componente al siguiente en favor de dicho potencial, es decir, desde el NADH con potencial ms bajo, hasta el O2 con potencial ms alto.
Asignatura: BIOQUIMICA Sntesis de ATP
La sntesis de ATP esta acoplada junto con la teora de la quimiosmosis segn este modelo, el transporte de electrones va paso a paso, desde el NADH o el FADH2 hasta el oxgeno a travs de los transportadores de electrones, y da como resultado el bombeo de protones a travs de la membrana mitocondrial interna hacia el espacio entre las membranas mitocondriales interna y externa. Este proceso genera un potencial de membrana a travs de la membrana mitocondrial interna, ya que el medio que ocupa el espacio intermembranoso se carga positivamente. La diferencia en concentracin de protones entre la matriz y el espacio intermembranoso es representada como energa potencial, el resultado es en parte la diferencia de pH y en parte de la diferencia en la carga elctrica de los lados de la membrana. Cuando los protones pueden fluir de regreso a la matriz, descendiendo por el gradiente protnico, se libera energa utilizable en la sntesis de ATP a partir de ADP y Pi.
Los protones regresan a la matriz a travs de conductos especiales situados en la membrana interna. Estos conductos estn dados por un gran complejo enzimtico, llamado ATP SINTETASA. Este complejo consta de dos protenas: F0 y F1. Las partculas F0 estn incluidas en la membrana mitocondrial interna y la atraviesan desde afuera hacia adentro. Se presume que poseen un conducto o poro interior que permite el paso de los protones. Las partculas F1 son protenas globulares grandes consistentes en nueve subunidades polipeptdicas unidas a las partculas F0 en el lado de la membrana que linda con la matriz. Se comprob que propulsa la sntesis de ATP a partir de ADP y Pi. Conforme los protones descienden a lo largo del gradiente de energa, dicha energa utiliza para sintetizar ATP. De esta manera, el gradiente protnico que existe a travs de la membrana mitocondrial interna acopla la fosforilacin con la oxidacin.
Capitulo 12 Biosntesis de lpidos Los lpidos realizan diversas funciones celulares, de las que algunas solo se han descubierto recientemente. Constituyen la forma principal de energa almacenada en la mayora de organismos y son constituyentes principales de las membranas celulares. Hay lpidos especializados que actan que actan como pigmentos (retinal, caroteno), cofactores (vitaminas K), detergentes (sales biliares), transportadores (dolicoles), hormonas (derivados de la vitamina D, hormonas sexuales) mensajeros extra e intracelulares (icosanoides y derivados del fosfatidilinositol) y anclaje de protenas de membranas (acidos grasos unidos covalentemente, grupo prenilo y fosfatidilinositol). Biosintesis de Acidos Grasos El hgado, el tejido adiposo y la glndula mamaria son los tres sitios principales donde se lleva a cabo la biosntesis de los cidos grasos y los triglicridos. El hgado es el rgano central para la interconversin y su metabolismo. La sntesis de cidos grasos en el hgado, en el tejido adiposo y la glndula mamaria siguen vas parecidas; sin embargo, la actividad que cada una de ellas desarrolla vara de acuerdo con la especie animal. En las aves de corral (pollo para engorda y gallina de postura), el hgado es el rgano ms activo; en el cerdo, el tejido adiposo muestra mayor actividad y, en los rumiantes, tanto el hgado, como el tejido adiposo y la glndula mamaria (en lactacin) muestran la misma actividad. La sntesis de cidos grasos se lleva a cabo en el citosol de las clulas activas y el producto activo para la sntesis es el acetil CoA proveniente de la glucosa va gluclisis. A esta ruta tambin se le conoce como sntesis de novo o sntesis completa. El acetil CoA se sintetiza en el interior de las mitocondrias pero no puede salir hacia el citosol, por lo que se condensa con el oxalacetato que se difunde hacia el citosol. Citrato sintetasa MITOCONDRIA. Acetil CoA + Oxalacetato Citrato Citrato liasa CITOSOL. Citrato + CoASH + ATP Acetil CoA + Oxalacetato
En el citosol, el acetil CoA tiene dos funciones importantes: es el iniciador de la sntesis de novo y, es la base para la elaboracin de las unidades de malonil CoA. Malonil CoA es el donador de unidades carbonadas con las cuales crece el cido graso en sntesis. Ambos productos entran en la ruta de la sintetasa de los cidos grasos. La sntesis de un cido graso se inicia por el extremo del carbono metileno (CH3) y termina en el extremo del carbono carboxlico (COOH). Sntesis O CH3 - CH2 - CH2 - CH2 - CH2 - CH2 - CH2 CH2 - CH2 - C~S-PPant-complejo sintetasa Del acetil CoA Del malonil CoA
En la sntesis de cidos grasos, el malonil CoA es sintetizado a partir de la carboxilacin del acetil CoA. Esta reaccin es mediada por un complejo enzimtico, la acetil CoA carboxilasa, que contiene biotina. En esta reaccin de carboxilacin, acta como intermediario el CO2 ligado covalentemente a la biotina unida a la enzima, formando un complejo llamado carboxibiotina. La reaccin de carboxilacin del acetil CoA a malonil CoA, es lo que regula la velocidad de la sntesis de los cidos grasos.
Acetil~SCoA + CO2 + ATP
Malonil~SCoA + ADP + Pi
Acetil~CoA carboxilasa La sntesis de cidos grasos tiene lugar en un complejo formado por siete enzimas independientes y una protena transportadora que sujeta a la cadena aclica en crecimiento; a este complejo se le denomina cido graso sintetasa. Es posible separar a este complejo enzimatico (de origen animal) en dos subunidades grandes aparentemente idnticas, las cuales estn firmemente acopladas y actan coordinadamente. Una subunidad contiene un grupo 4-fosfopantetena (que se conocer posteriormente como PPant-SH, para fines didcticos), que proporciona un grupo sulfhidrilo al que se fija la cadena del cido graso en crecimiento. El grupo 4-fosfopantetena es tambin el grupo funcional de la CoASH. La otra subunidad es el grupo cisteinil sulf hidrilo de la -ceto sintetasa, conocida tambin como enzima condensadora (que se conocer posteriormente como Cys-SH, para fines didcticos). Segn este modelo, la cadena acil grasa (el cido graso en crecimiento) va y viene entre el grupo PPant-SH y el grupo Cys-SH durante el proceso de sntesis. Inicialmente, el grupo acetil del acetil CoA es transferido al grupo sulfhidrilo de PPant-SH. Esta reaccin est catalizada por la acetil CoA-transacilasa: Acetil~SCoA + PPant-SH Acetil~S-PPant + CoASH
A continuacin, el grupo acetil, unido originalmente al grupo PPant, es transferido a un grupo cisteinil sulfhidrilo de la -ceto sintetasa presente en la otra subunidad del complejo enzimtico. Acetil~S-PPant + Cys-SH Acetil~S-Cys + PPant-SH
As, se libera el grupo sulfhidrilo de PPant para aceptar al siguiente grupo que llega, un grupo malonil de la malonil CoA. La transferencia del malonil est catalizada por la malonil CoA aciltransferasa. Malonil~SCoA + PPant-SH Malonil~S-PPant + CoASH
Enseguida, el residuo acetil es transferido de su sitio provisional en el grupo cisteinil sulfhidrilo de la segunda subunidad para que se condense con el residuo malonil ligado a PPant de la primera subunidad. En esta reaccin, un grupo carboxilo se libera del malonato en forma de CO2, de manera que el producto resultante de esta condensacin contiene cuatro tomos de carbono, en vez de cinco. Acetil~S-Cys + Malonil~S-PPant Acetoacetil~S-PPant + Cys-SH + CO2
La condensacin de los grupos acetil y malonil est catalizada por la -ceto sintetasa. El proceso que impulsa dicha reaccin es la descarboxilacin del malonato. El producto de estas reacciones, el acetoacetil~S-PPant, es reducido a butiril~S-PPant por las restantes enzimas del complejo de la cido graso sintetasa (la -cetoacil reductasa, la enoil deshidratasa y la crotonil reductasa). Tras esta serie de acontecimientos, se repite toda la secuencia, de tal manera que se van agregando pares de carbonos a la cadena arlica en crecimiento. En las reacciones anteriores, se form el cido butrico (un cido graso de cuatro carbonos C4-); la adicin secuencial de pares de carbonos da lugar inmediatamente al cido caproico (C6), despus al cido caprlico (C8), despus al cido cprico (C10), y as sucesivamente hasta llegar a formar al cido palmtico, un cido graso de 16 carbonos. La sntesis de un cido graso por esta ruta llega a 16 carbonos todos saturados: CH3-CH2-(CH2)12-CH2-COOH Biosintesis de triglicridos Los cidos grasos generados por esta va, no pueden vivir solos dentro del organismo, por lo que tienen que agruparse o condensarse. Para esto se lleva a cabo la sntesis de triacilglicridos. Para esta sntesis se necesita de glicerol el cual proviene de la ruta de la gluclisis (a partir del glicerol 3P) al cual se le van adicionando por esterificacin los cidos grasos. Estos tipos de lpidos utilizan como metabolito intermediario comn la molcula de fosfatidato, para despus divergir por rutas distintas par dar lugar a las variedades moleculares de cada tipo. La sntesis del fosfatidato empieza con la molcula de glicerol-3-fosfato, el cual se obtiene por reduccin de uno de los intermediarios de la ruta glucoltica, la dihidroxiacetona-fosfato. El glicerol3-fosfato incorpora molculas activadas de cido graso en forma de acil-CoA, normalmente el cido graso que se une al carbono 1 es un cido graso saturado, mientras que el que se sita unido al carbono 2 es insaturado. La molcula resultante es el cido fosfatdico o fosfatidato. A partir de aqu, para la sntesis de triacilgliceroles se hidroliza el grupo fosfato por accin de una fosfatasa, obtenindose un diacilglicerol y se incorpora un tercer cido graso en forma de acil-CoA a travs de un complejo triacilglicerol sintetasa asociado a las membranas del retculo endoplsmico liso.
La biosntesis y degradacin de triacilgliceroles estn reguladas recprocamente dependiendo de los recursos disponibles y de las necesidades del organismo. La cantidad de grasa corporal en el hombre no suele variar mucho a lo largo del tiempo; ahora bien, si se ingieren cantidades en exceso de glcidos, lpidos o protenas, estos excedentes energticos se almacenan en forma de triacilgliceroles, para ser usados posteriormente en periodos de carencia energtica. Para la sntesis de fosfoacilglicridos se une un nucletido activado CTP, formando un intermediario CDP-diacilglicerol, Fosfatidato + CTP CDP-Diacilglicerol + PPi
La hidrlisis del pirofosfato favorece el equilibrio de la reaccin hacia la derecha. La porcin fosfatidilo de la molcula reacciona con alcoholes de naturaleza polar obtenindose los fosfoacilglicridos como la fosfatidil-serina o el fosfatidil-inositol: CDP-Diacilglicerol + Serina CDP-Diacilglicerol + Inositol Fosfatidil-serina + CMP Fosfatidil-inositol + CMP
A partir de la fosfatidil-serina se obtienen mediante diversas reacciones la fosfatidil-etanolamina o la fosfatidil-colina: Fosfatidil-serina Fosfatidil-etanolamina + 3 CH3 Fosfatidil-etanolamina + CO2 Fosfatidil-colina
SNTESIS DE COLESTEROL Y MOLCULAS ESTEROIDEAS El colesterol es un componente crtico de las membranas de todas las clulas eucariotas, y es esencial para el crecimiento y la viabilidad de las clulas de los organismos superiores. El colesterol es un mediador importante en el grado de fluidez de las membranas; adems, es el precursor de las hormonas esteroideas y de los cidos biliares. No es un componente esencial en la dieta de los mamferos ya que puede ser sintetizado en los hepatocitos, partiendo de precursores sencillos. Sntesis de colesterol Todos los tomos de carbono del colesterol provienen de molculas de acetil-CoA, sin embargo, el proceso de sntesis de colesterol no guarda ninguna semejanza con la sntesis de cidos grasos, an compartiendo ambos el mismo precursor o unidad bsica. La sntesis comienza con la condensacin de acetil-CoA y acetacetil-CoA, en una reaccin ya estudiada en la formacin de los cuerpos cetnicos. Acetacetil-CoA + Acetil-CoA + H2O 3-hidroxi-3-metil-glutaril-CoA Este intermediario puede encontrarse tanto en el citoplasma como en la mitocondria de las clulas hepticas; el mitocondrial es utilizado en la cetognesis o formacin de cuerpos cetnicos, mientras que el citoplasmtico se utiliza en la sntesis de colesterol. El siguiente paso consiste en la reduccin de este compuesto par dar lugar a un intermediario clave en la sntesis del colesterol: 3-hidroxi-3-metil-glutaril-CoA + 2 NADPH + 2 H+ Mevalonato + 2 NADP+ + 2 CoA La enzima que cataliza esta reaccin, la hidroxi-metil-glutaril-CoA reductasa, situada en las membranas del retculo endoplsmico liso, est sometida a un fuerte control, ya que es inhibida alostricamente por derivados del colesterol, y est regulada por modificacin covalente a travs de diferentes hormonas. El mevalonato se convierte tras varias reacciones de fosforilacin con gasto de ATP en 3-isopentenilpirofosfato, un compuesto de 5 tomos de carbono o isopreno activado, que constituye la unidad de sntesis del escualeno, formado por seis unidades. C5 C10 C15 C30 (Escualeno). La etapa final es la ciclacin del escualeno, que tiene lugar a travs de un intermediario cuya formacin requiere la participacin de oxgeno molecular y una ciclasa.
Regulacin de la sntesis de colesterol El colesterol apareci slo cuando los organismos se hicieron aerobios y est presente en todas las clulas eucariotas, pero ausente en la mayor parte de las procariotas. Todos los tejidos animales en crecimiento necesitan colesterol para la sntesis de membranas y algunos como sustrato para la sntesis de otros compuestos. El colesterol puede incorporarse con los alimentos ingeridos o bien sintetizarse. El lugar principal de sntesis es el hgado (tambin en el intestino), pudiendo llegar la sntesis a 800 mg/da. La velocidad de formacin depende del colesterol absorbido en la dieta, si la absorcin es alta, la sntesis diminuye; y a la inversa, si la absorcin es baja, la sntesis se incrementa. Esta regulacin se realiza a travs de la concentracin y la actividad de la 3-hidroxi-3metil-glutaril- CoA reductasa. Un nivel elevado de productos esteroideos o mevalonato incrementa la degradacin de la enzima y una carga energtica baja inhibe la actividad enzimtica, determinando que el acetil-CoA sea utilizado preferentemente como sustrato oxidativo.
Capitulo 13 Genes y cromosoma El tamao de las molculas de DNA plantea un interesante problema biolgico, pues su longitud es generalmente mucho mayor que las clulas o los virus que la contienen. Los genes, en eucariotas, son unidades dispersas en la molcula de ADN cuyos productos dirigen todas las actividades metablicas de las clulas. Estos genes estn organizados en cromosomas, estructuras que sirven de vehculo para la transmisin de la informacin gentica. Mientras, los cromosomas vricos o bacterianos, son menos complejos que los eucariotas; habiendo menos informacin que en los mltiples cromosomas que forman el genoma de los eucariotas. . Cada ser humano tiene aproximadamente 30.000 genes que determinan el crecimiento, el desarrollo y el funcionamiento de nuestros sistemas fsicos y bioqumicos. Normalmente, los genes se encuentran distribuidos en 46 cromosomas (23 pares) dentro de nuestras clulas. Genes: Apartir de los experimentos de Gregor Mendel fue posible postular la existencia de factores heredables, responsables de transmitir las caractersticas de una especie de generacin en generacin. Estos factores heredables fueron posteriormente identificados como genes, secuencias especficas de nucletidos de ADN ubicadas en los cromosomas de las clulas. La definicin bioqumica actual de gen es todava ms precisa. Se denomina GEN a una secuencia de DNA que codifica un producto final, sea una protena o un RNA, que tiene funcin estructural o cataltica. El DNA contiene tambin otros segmentos o secuencias con funcin puramente reguladora. Las secuencias reguladoras proporcionan seales que permiten identificar el principio y el final de los genes, influir en su transcripcin o funcionar como puntos de inicio de la replicacin o de la recombinacin. El tamao mnimo global de los genes que codifican protenas puede calcularse de forma directa. Cada aminocido de una cadena polipeptdica esta codificado por una secuencia de tres nucletidos consecutivos en una de las cadenas del DNA. Estos codones estn dispuestos en una secuencia que corresponde a la secuencia de aminocidos del polipptido codificado por el gen. A una cadena polipeptdica de tamao medio de 350 aminocidos le corresponderan 1.050 pares de bases. Muchos genes de organismos eucariotas y unos pocos de bacterias y arqueas se encuentran interrumpidos por segmentos de DNA no codificantes y son, por tanto, considerablemente ms largos que el tamao sugerido mediante este sencillo calculo.
Las molculas de DNA son mucho ms largos que las clulas o virus que las contienen Los DNA cromosmicos son a menudo muchos rdenes de magnitud ms largos que las clulas o virus que los contienen. Ellos son as para todas las clases de organismos y parsitos vricos.
Los virus son partculas subcelulares constituidas por cidos nucleicos en forma de DNA o de RNA de cadena doble o sencilla, protenas y, en ocasiones, membranas lipdicas. Su genoma compacto est constituido por un reducido nmero de genes que codifican para protenas estructurales de la cpside, enzimas de duplicacin, as como enzimas y secuencias de DNA que permiten la insercin del genoma viral al genoma de la clula husped, entre otros. Los virus son incapaces de multiplicarse de manera autnoma, pero pueden hacerlo cuando se encuentran en el interior de una clula. En la mayora de los casos la infeccin viral conduce a la multiplicacin viral a expensas de la clula infectada. Los genomas de los virus de DNA tienen tamao muy variable. Muchos DNA vricos son circulares durante al menos una parte de su ciclo vital. Durante la replicacin vrica en el interior de una clula husped pueden aparecer tipos especficos de DNA vrico denominado, formas replicativas, muchos DNA lineales, por ejemplo suelen circularizarse y todos los DNA monocateriano se convierten en doble cadena. En las bacterias la informacin gentica esencial para la vida est contenida en una nica molcula de cido desoxirribonucleico (ADN) de doble cadena y circular, cerrado por enlace covalente. Dicha molcula se denomina cromosoma bacteriano. Muchas bacterias poseen adems ADN extracromosmico, tambin circular y cerrado, denominado ADN plasmdico por estar contenido en los plsmidos. stos, portan informacin gnica para muchas funciones que no son esenciales para la clula en condiciones normales de crecimiento. En trminos bioqumicos la composicin y estructura de los cidos nucleicos bacterianos, es la misma que para cualquier clula. Las bacterias no poseen histonas asociadas a su genoma y en consecuencia no tienen la posibilidad de compactar su ADN en estructuras tipo nucleosomas como las clulas eucariotas. Por lo tanto, deben compactar su ADN de otra manera. Esto se logra porque el ADN circular cerrado es capaz de adoptar una estructura terciaria denominada superenrollamiento, que implica el enrollamiento del eje de la doble hlice sobre si mismo. Este superenrollamiento se dice que tiene sentido negativo porque tiene el sentido contrario al enrollamiento de una hebra de ADN sobre la otra. Esto supone para la bacteria una fuente de almacenamiento de energa para ser usada en muchos procesos
fisiolgicos que la requieren, por ejemplo la separacin de las dos hebras de ADN necesaria para la replicacin y la transcripcin. El cromosoma bacteriano es suficientemente largo como para formar muchos lazos circulares, que como tales pueden superenrollarse formando una serie de dominios topolgicos independientes. Esta organizacin en dominios colabora a la compactacin general del genoma bacteriano e impide que, con la ruptura de una hebra (en cualquier sitio del cromosoma) se pierda el superenrollamiento total, manteniendo la energa almacenada. Las bacterias poseen enzimas (topoisomerasas) capaces de alterar la estructura del ADN, modificando su superenrrollamiento. Estas topoisomerasas actan agregando o eliminando vueltas superhelicoidales y cumplen un rol importante en los procesos de replicacin y transcripcin del ADN. Adems, es interesante mencionar que algunas de las topoisomerasas como la ADNgirasa, son blanco de accin de los antibiticos del grupo de las quinolonas, como el cido nalidxico.
En las eucariotas una clula de levadura (un hongo) tiene cuatro veces ms ADN que una clula de Escherichia coli (una bacteria intestinal). Las clulas de Drosophila, la mosca de la fruta, sujeto clsico de los estudios genticos, tiene 25 veces ms ADN que la clula de E. coli. Cada una de las clulas humanas y de otros mamferos contiene alrededor de 600 veces ms ADN que una clula de E. coli, y las clulas de plantas y de animales anfibios todava ms. Cabe mencionar que las molculas de ADN nuclear de todas las clulas eucariticas son lineales, no circulares. La longitud de todo el ADN de una nica clula humana es de 2 m, en comparacin con los 1,7 mm del ADN de E. coli. La longitud del DNA de un genoma humano extendido (22 cromosomas mas un cromosoma X y un cromosoma Y en los varones o dos cromosomas X en las mujeres) mide alrededor de un metro. La mayora de las clulas humana son diploides y por lo tanto contienen un total de 2 m de DNA. Las clulas eucariotas contienen orgnulos, mitocondrias y cloroplastos que tambin contienen DNA. Las molculas de DNA mitocondrial son mucho ms pequeas que los cromosomas nucleares. El genoma mitocondrial contiene un total de 37 genes de los cuales 13 genes que codifican para ARNs mensajeros, y por lo tanto para 13 protenas, 22 genes que codifican para 22 tARNs (ARNs de transferencia, que se representan simblicamente como hojas de trebol) y 2 genes que codifican para dos rRNAs mitocondriales (RNAs ribosmicos). En la prctica, cuando se secuencia el ADN miocrondrial se unna persona en particular, se observan un cierto nmero de variaciones que son simplemente polimorfismos no tienen ninguna consecuencia clnica. De hecho, una regin del ADN-mitocondrial llamada regin de control, es tan polimrfica que se utiliza en medicina forense para identificar al sujeto.
Los genes eucariotas estn contenidos en un complejo de ADN y protenas llamado cromatina. La unidad bsica de la cromatina es el nucleosoma, que est compuesto por un corazn proteico de ocho molculas de la protena histona (dos molculas de cada una de las histonas H2A-H2B e histonas H3-H4) alrededor del cual se enrollan dos vueltas de ADN de aproximadamente 140 pares de bases. Estas estructuras se disponen una a continuacin de la otra, separadas por unos 40 pares de bases, asemejndose a un rosario de cuentas. Los nucleosomas se compactan formando solenoides que son estabilizados por la histona H1. La compactacin de la cromatina inhibe la transcripcin porque impide el acceso de la maquinaria de transcripcin (ARN polimerasa y otras protenas) a los genes. Existen dos tipos de cromatina: la eucromatina (ms laxa) y la heterocromatina (ms condensada). La transcripcin ocurre slo durante la interfase y donde la eucromatina est laxa. Algunas regiones heterocromticas son constantes en todas las clulas y nunca se expresan. Este tipo de heterocromatina, que se denomina heterocromatina constitutiva, no codifica protenas. Otras regiones de cromatina condensada, por el contrario, varan de un tipo de clula a otro en un mismo organismo, y regulan la biosntesis diferencial de protenas. Adems del control de la transcripcin como consecuencia del grado de compactacin de la cromatina, existe otro nivel de control del inicio de la transcripcin.
Cromosomas La palabra cromosoma procede del griego y significa "cuerpo que se tie". La palabra cromatina significa "sustancia que se tie". En el caso de los organismos eucariontes el cromosoma nace fundamentalmente de la interaccin entre el ADN, las histonas y las protenas no histnicas. Los cromosomas eucariticos son molculas muy largas de ADN doble hlice en interaccin con protenas (histonas y no histonas) que se pueden encontrar desde estados relajados o poco compactados como en los ncleos de las clulas en interfase hasta en estados altamente compactados como sucede en la metafase mittica. El ser humano tiene 23 pares de cromosomas. En estos organismos, las clulas reproductoras tienen por lo general slo la mitad de los cromosomas presentes en las corporales o somticas. Durante la fecundacin, el espermatozoide y el vulo se unen y reconstruyen en el nuevo organismo la disposicin por pares de los cromosomas; la mitad de estos cromosomas procede de un parental, y la otra mitad del otro.
Estructura de los cromosomas En cada cromosoma mittico podemos distinguir: Las cromtidas.- son estructuras idnticas en morfologa e informacin ya que contienen cada una una molcula de ADN. Las cromtidas estn unidas por el centrmero. Morfolgicamente se puede decir que el cromosoma es el conjunto de dos cromtidas y genticamente cada cromtida tiene el valor de un cromosoma. Estructuralmente, cada cromtida est constituida por un esqueleto proteico, situado en el interior, alrededor del cual se disponen muy apelotonados el ADN y las protenas que forman el cromosoma. El centrmero.- Es la regin que se fija al huso acromtico durante la mitosis. Se encuentra en un estrechamiento llamada constriccin primaria, que divide a cada cromtida del cromosoma en dos brazos. En el centrmero se encuentran los cinetocoros: zonas discoidales situadas a ambos lados del centrmero que durante la divisin celular tienen como funcin hacer que los microtbulos del huso se unan a los cromosomas. Los cinetocoros son tambin centros organizadores de microtbulos, igual que los centriolos o el centrosoma de las clulas vegetales.
Los telmeros.- Al extremo de cada brazo del cromosoma se le denominan telmero. El ADN de los telmeros no se transcribe y en cada proceso de divisin celular se acorta. Cuando los telmeros desaparecen el cromosoma sigue acortndose y la clula pierde informacin gentica til y degenera. Los telmeros seran, por lo tanto, una suerte de "reloj celular" que determinara el nmero de ciclos celulares que puede tener una clula. En las clulas cancerosas, una enzima, la telomerasa, regenera los telmeros; esta es la razn, al parecer, de que estas clulas puedan dividirse indefinidamente. El organizador nucleolar.- En algunos cromosomas se encuentra la regin del organizador nucleolar (NOR). En ella se sitan los genes que se transcriben como ARNr, con lo que se promueve la formacin del nuclolo y de los ribosomas. Esta zona no se espiraliza tanto y por eso se ve ms clara. EI satlite (SAT).- Es el segmento del cromosoma entre el organizador nucleolar y el telmero correspondiente. Slo poseen satlite aquellos cromososmas que tienen NOR.
CLASIFICACIN DE LOS CROMOSOMAS POR LA POSICIN DEL CENTRMERO Los cromosomas son orgnulos constantes en nmero, forma y caractersticas. Pero los cromosomas de una clula pueden ser diferentes unos de otros. Esta diferencia est, sobre todo, en la posicin del centrmero, que es variable, lo que permite clasificar a los cromosomas metafsicos en metacntricos, submetacntricos, acrocntricos y telocntricos, segn tengan el centrmero en medio, desplazado hacia uno de los brazos, casi en el extremo o en el extremo, respectivamente.
Capitulo 14 Metabolismo del DNA Como depositario de la informacin gentica, el DNA ocupa un lugar central y nico entre las macromolculas biolgicas. Las secuencias de nucletidos del DNA codifican la estructura primaria de todos los RNA y protenas celulares y a travs de los enzimas, puede influir indirectamente en la sntesis del resto de constituyentes celulares. Este paso de informacin del DNA al RNA y a las protenas determina el tamao, la forma y la funcin de todos los seres vivos. El DNA es un ingenio maravilloso para el almacenamiento estable de la informacin gentica. El metabolismo del DNA comprende el proceso mediante el cual se hacen copias fieles de las molculas del DNA (replicacin) junto a los procesos que afectan a la estructura inherente de la informacin (reparacin y recombinacin). Replicacin del DNA Las propiedades fundamentales de la replicacin del DNA y de los mecanismos utilizados por los enzimas que la catalizan han resultado ser bsicamente idnticos en todos los organismos. La replicacin del DNA es semiconservadora Cuando Watson y Crick (1953) propusieron el modelo de la Doble Hlice indicaron que dicho modelo sugera una forma sencilla de replicacin. El modelo de replicacin propuesto por Watson y Crick supona que el ADN doble hlice separa sus dos hebras y cada una sirve de molde para sintetizar una nueva hebra siguiendo las reglas de complementariadad de las bases nitrogenadas. Dicho modelo recibin el nombre de Semiconservativo, ya que las dos dobles hlices recin sintetizadas poseen una hebra vieja (una mitad vieja) y otra hebra nueva (mitad nueva). Esta hiptesis fue confirmada en 1957 Meselson y Stahl que disearon un experimento para tratar de averiguar la forma en la que se realiza la replicacin del ADN en E. coli, es decir, la pregunta que se plantearon fue: Qu modelo de replicacin del ADN sigue E. coli, semiconservativo, conservativo o dispersivo?. Para contestar a esta pregunta, disearon un experimento en el que marcaban el ADN de la bacteria E. coli con Nitrgeno pesado N15, para ello hicieron crecer las bacterias durante 14 generaciones sucesivas en un medio que contena como nica fuente de Nitrgeno N15. Durante estas 14 generaciones el ADN de las bacterias las bacterias se haba sintetizado con bases nitrogenadas con Nitrgeno pesado (N15). Posteriormente, comprobaron que podan distinguir el ADN del las bacterias que crecan en un medio normal (con N 14) del ADN de las bacterias que haban crecido durante 14 generaciones en N 15. Para ello extrajeron el ADN de ambos tipos de bacterias y lo centrifugaron en un gradiente de densidad de CsCl. El resultado fue que la densidad del ADN de las bacterias que haban crecido en presencia de N 15 era mayor que el ADN de las bacterias que haban crecido con N14. Una vez comprobado que eran capaces de distinguir el ADN de ambos tipos de bacterias, continuaron el experimento de la siguiente forma: Las bacterias que haban estado creciendo en Nitrgeno pesado (N15) las pasaron a un medio de cultivo que contena N14 (Nitrgeno normal) y a distintos tiempos, media generacin, una generacin, dos generaciones, tres generaciones de replicacin, tomaban una muestra del cultivo bacteriano, extraan el ADN y centrifugaban en gradiente de densidad de CsCl.
Cuando extraan el ADN de la bacterias que llevaban una generacin creciendo en N14 y centrifugaban en CsCl, obtenan una sola banda de densidad intermedia (N 14-15)entre la del ADN N14 y el ADN N15. Si extraan el ADN de las bacterias que llevaban dos generaciones creciendo en N14 y centrifugaban en gradiente de CsCl obtenan dos bandas, una correspondiente al ADN N 14 y otra de densidad intermedia (N14-15) entre la del ADN N14 y el ADN N15. La absorbancia a 260 nm es directamente proporcional a la cantidad de ADN que contiene una banda, de manera que al medir la absorbancia de las dos bandas obtenidas en la segunda generacin, obtenan que ambas contenan igual cantidad de ADN (1:1). Al extraer y centrifugar en CsCl el ADN de las bacterias que llevaban tres generaciones creciendo en N14, obtenan dos bandas, una correspondiente al ADN N 14 y otra de densidad intermedia (N14-15) entre la del ADN N14 y el ADN N15. La cantidad de ADN que contena la banda correspondiente al ADN N14 era tres veces mayor que la encontrada en la banda de densidad intermedia (N14-15), proporcin (3:1). Los resultados obtenidos por Meselson y Stahl (1958) se ajustaban a un modelo de replicacin semiconservativo. Para asegurarse, aislaron la banda de ADN de densidad intermedia (N14-15) obtenida a partir de las bacterias que llevaban una generacin en N14, desnaturalizaron el ADN de la banda mediante calor para separar sus dos hlices y, mantenindolas desnaturalizadas, centrifugaron en CsCl. Si la replicacin de E. coli se ajustaba al modelo semiconservativo, una de las hlices debera estar construida con N 15 (la vieja) y la otra hlice con N14 (la nueva) y, al centrifugar en gradiente de densidad esperaramos obtener dos bandas una ms densa correspondiente a la hlice construida con N15 y otra menos densa sintetizada con N14. El resultado obtenido por Meselson y Stahl (1958) fue precisamente el esperado para una replicacin semiconservativa. Las primeras indicaciones de que la replicacin era un proceso altamente coordinado, en el que las cadenas parentales se desarrollaban y replicaban simultneamente fueron obetenidos por John Cairns (Australiano) que trabaj con bacterias (E. Coli) y las cultiv en un medio con timidina titriada (H-3), luego rompi las celulas, extrajo el ADN y le hizo una autoradiografa. La autoradiografa mostr que el ADN muestra una burbuja de replicacin, que crece hasta replicar totalmente el cromosoma bacteriano circular. La replicacin partiria en un sitio de inicio y se expandira en ambas direcciones a una velocidad de 45.000 nucleotidos en cada minuto a 37C.
Los primeros avances de la investigacin en bacterias fueron impulsados por tcnicas genticas y bioqumicas como las siguientes: Disponibilidad de mutantes que no puede sintetizar una u otra protena requerida para el proceso de replicacin. El aislamiento de mutantes incapaces de replicar su cromosoma puede parecer paradjico: cmo pueden las clulas con un defecto en este proceso vital cultivarse? La paradoja se ha resuelto al obtener mutantes sensibles a la temperatura (TS), en los que la deficiencia slo es evidente a una temperatura elevada, denominada temperatura no permisiva (o restrictiva). Cuando estas bacterias crecen a baja temperatura (permisiva), la protena mutante puede funcionar de manera adecuada para realizar su actividad requerida y las clulas pueden continuar su crecimiento y divisin. Se han aislado mutantes sensibles a la temperatura que afectan virtualmente todos los tipos de actividad fisiolgica y estas mutantes han sido de particular importancia en el estudio de la sntesis de DNA, tal y como opera durante la replicacin, la reparacin del DNA y la recombinacin gentica. Desarrollo de sistemas in vitro en los cuales la replicacin se puede estudiar mediante componentes celulares purificados. En algunos estudios, las molculas de DNA al replicarse se incuban con extractos celulares de los cuales se eliminan las protenas especficas con sospecha de ser esenciales para la funcin. En otros estudios, el DNA se incuba con una gran variedad de protenas purificadas cuya actividad est bajo prueba. En conjunto, estas tcnicas han revelado la actividad de al menos 30 protenas diferentes requeridas para la replicacin del cromosoma en E. coli. Horquillas de replicacin y replicacin bidireccional La replicacin comienza en un sitio especfico en el cromosoma bacteriano conocido como el origen. El origen de replicacin en el cromosoma de E. coli es una secuencia especfica llamada oriC en la que diferentes protenas se unen para iniciar el proceso de replicacin. Tras comenzar, la replicacin se aleja del origen en ambas direcciones, es decir, en forma bidireccional. Los puntos en la donde el par de segmentos replicados se unen con los segmentos no replicados se denominan horquillas de replicacin (replication forks). Cada horquilla de replicacin corresponde al sitio donde: 1) la doble hlice parental se separa y 2) los nucletidos se incorporan en las cadenas complementarias resintetizadas. Las dos horquillas de replicacin se mueven en direcciones opuestas hasta que llegan a un punto a travs del crculo desde el origen, donde la replicacin concluye. Las dos cadenas dplex, replicadas, nuevamente, se separan una de la otra y al final se dividen en dos clulas diferentes.
Desenrollamiento del dplex y separacin de las cadenas La separacin de las cadenas de un DNA dplex circular tiene diferentes problemas topolgicos. Para visualizar las dificultades hay que observar primero la analoga entre un DNA dplex y un fragmento de cuerda de doble hlice. Considrese lo que sucedera si se colocara un fragmento de cuerda en una pared, sujetada por un gancho en un extremo, y se separaran las dos hebras que conforman la cuerda, algo semejante a lo que sucede al separar las dos cadenas de DNA durante la replicacin. Es obvio que la separacin de las cadenas de la doble hlice sufre un proceso de desenrollamiento de la estructura. En el caso de la cuerda, que puede rotar con libertad alrededor de su eje, la separacin de las cadenas a partir de un extremo se acompaa de un movimiento de rotacin de toda la fibra como medio de oponerse al desarrollo de la tensin dentro de la estructura. Qu pasara si se separan las cadenas cuando el extremo de la tira est fijado a un gancho en la pared. Bajo estas circunstancias, la separacin de las dos cadenas a partir del extremo libre genera una fuerza de torsin creciente en la cuerda y provoca que la porcin no separada se enrolle cada vez de modo ms apretado. La separacin de las dos cadenas de una molcula de DNA circular (o una molcula lineal que no pueda girar con libertad, como ocurre con un gran cromosoma eucariota) es anloga a tener un extremo de la molcula lineal fijado a la pared; en todos estos casos, la tensin que se desarrolla dentro de la molcula no puede liberarse por rotacin de toda la molcula. A diferencia de la cuerda, que puede quedar apretadamente sobreenrollada, una molcula de DNA sobreenrolla - da adquiere un superenrollamiento positivo. Por lo tanto, el movimiento de la horquilla de replicacin genera un superenrollamiento positivo en la porcin no replicada del DNA por delante de la horquilla. Cuando se considera que un cromosoma circular completo de E. coli contiene alrededor de 400 000 vueltas y lo duplican dos horquillas de replicacin en 40 min, la magnitud del problema es evidente. Se menciona que las clulas contienen enzimas, llamadas topoisomerasas, capaces de cambiar el estado de superenrollamiento de la molcula de DNA. Una enzima de este tipo, denominada DNA girasa, una topoisomerasa tipo II, libera la tensin mecnica que se crea durante la replicacin en E. coli. Las molculas de la DNA girasa se desplazan a lo largo del DNA por delante de la horquilla de replicacin y eliminan los superenrollamientos positivos. La DNA girasa realiza esta tarea al cortar las dos cadenas del DNA dplex; un segmento del DNA pasa a travs de la rotura de la doble cadena hacia el otro lado y entonces se ligan los cortes de nueva cuenta, un proceso que se lleva a cabo por liberacin de energa durante la hidrlisis de ATP (trifosfato de adenosina). Las clulas eucariotas poseen enzimas similares que realizan esta funcin.
Propiedades de las dna polimerasas Se analizan primero el mecanismo de la replicacin del DNA y algunas de las propiedades de las DNA polimerasas, las enzimas que sintetizan nuevas cadenas de DNA. Arthur Kornberg de la Washington University comenz en la dcada de 1950 los estudios de estas enzimas. En sus experimentos iniciales, Kornberg et al. Purificaron una enzima de extractos bacterianos a la que incorporaron precursores de DNA marcados con radiactividad en un polmero cido insoluble de DNA. La enzima se denomin DNA polimerasa (y ms tarde, despus del descubrimiento de las enzimas que polimerizan DNA, DNA polimerasa I). Para que tuviera lugar la reaccin, la enzima requera la presencia de DNA y los cuatro trifosfatos de desoxirribonuclesido (dTTP, dATP, dCTP y dGTP). El DNA recin sintetizado y marcado con radiactividad tena la misma composicin de bases que el DNA original no marcado, lo cual sugera que las cadenas de DNA original haban servido como plantillas para la reaccin de polimerizacin. A medida que se descubrieron propiedades adicionales de las DNA polimerasas se volvi evidente que la replicacin era ms compleja de lo que se pensaba. Cuando se probaron distintos tipos de plantillas de DNA, se encontr que esta plantilla de DNA tena que poseer ciertas caractersticas estructurales para promover la incorporacin de precursores marcados. Por ejemplo, en una doble cadena intacta de DNA no se estimulaba la incorporacin. No sorprendi considerar que la doble hlice debe separarse para que suceda la replicacin. Era menos obvio por qu una cadena sencilla de una molcula circular tambin era incapaz de estimular la actividad de polimerizacin; se esperara que esta estructura fuera la plantilla ideal para dirigir la sntesis de una cadena complementaria. En cambio, cuando se prob con una molcula de DNA de doble cadena parcial, la mezcla de reaccin gener una incorporacin inmediata de nucletidos. Pronto se descubri que el DNA monocatenario circular no serva como plantilla para la DNA polimerasa porque la enzima no puede iniciar la formacin de una cadena de DNA. Ms bien, sta slo puede agregar nucletidos en el extremo hidroxilo 3' terminal de una cadena preexistente. La cadena que provee el OH 3' terminal se denomina iniciador. Todas las DNA polimerasas (de procariotas y eucariotas) tienen estos dos requerimientos bsicos: una cadena de DNA plantilla para copiar y una cadena iniciadora en la cual pueden agregarse los nucletidos. Tales requerimientos explican por qu ciertas estructuras de DNA no pudieron promover la sntesis de DNA. Una doble hlice lineal intacta provee el extremo hidroxilo 3' terminal pero no tiene la plantilla. Por otra parte, una cadena sencilla circular provee un DNA plantilla pero carece del iniciador. La molcula de doble cadena parcial satisface ambos requerimientos y promueve la incorporacin de nucletidos. El hallazgo de que la DNA polimerasa no puede iniciar la sntesis de una cadena de DNA gener una pregunta crucial: de qu manera la sntesis de una nueva cadena se inicia en la clula? La DNA polimerasa que purific Kornberg fue difcil entender en trminos de su presumible funcin como enzima replicante: sta slo sintetizaba DNA en la direccin 5' a 3' (escrito como 5' 3'). El diagrama que presentaron Watson y Crick mostraba sucesos como ellos esperaban que ocurrieran en la horquilla de replicacin. El diagrama sugera que una de las cadenas nuevamente sintetizadas se polimerizaba en la direccin 5' 3', mientras que la otra cadena lo haca en la direccin 3' 5'. Acaso haba otras enzimas encargadas de la construccin de la cadena en la direccin 3' 5'?, la enzima trabajaba en condiciones diferentes en la clula que bajo condiciones in vitro? Ms adelante se analiza esta pregunta. Durante el decenio de 1960 hubo indicios de que la enzima de Kornberg no era la nica DNA polimerasa en una clula bacteriana. Entonces, en 1969, se aisl una cepa mutante de E. coli y se observ que tena menos de 1% de la actividad normal de la enzima, pero era capaz de multiplicarse a una tasa normal. Estudios posteriores revelaron que la enzima de Kornberg, o DNA polimerasa I, era slo una de las distintas DNA polimerasas presentes en las clulas bacterianas. La principal enzima responsable de
la replicacin del DNA (p. ej., la polimerasa que se replica), es la DNA polimerasa III. Una clula bacteriana tpica contiene 300 a 400 molculas de DNA polimerasa I, pero slo unas 10 copias de la DNA polimerasa III. Las cantidades mucho mayores de la DNA polimerasa I en la clula han minimizado la presencia de la DNA polimerasa III. Sin embargo, el descubrimiento de las otras DNA polimerasas no resolva las dos preguntas bsicas mencionadas antes; ninguna de estas enzimas puede iniciar las cadenas de DNA ni construir cadenas en la direccin 3' 5'.
Replicacin semidiscontinua. La ausencia de actividad de polimerizacin en direccin 3' 5' tiene una explicacin ms directa: no se pueden sintetizar cadenas de DNA en dicha direccin. Ambas cadenas recin sintetizadas se ensamblan en la direccin 5' 3'. Durante la reaccin de polimerizacin, el grupo OH en el extremo 3' del iniciador lleva a cabo un ataque nucleoflico en el fosfato 5' del trifosfato de nuclesido que entra, como se muestra en la figura 13-8b. Las molculas de la polimerasa encargadas de la construccin de las dos cadenas de DNA se mueven en una direccin 3' a 5' a lo largo de la plantilla y ambas construyen una cadena que crece desde su extremo 5' fosfato terminal. Por consecuencia, una de las cadenas resintetizadas crece en direccin del asa de replicacin donde las cadenas de DNA parental se separan, mientras la otra cadena crece y se aleja de la horquilla. Aunque esto resuelve el problema en relacin con una enzima que slo puede sintetizar una cadena en una direccin, genera un dilema an ms difcil. Es evidente que la cadena que crece hacia la horquilla se puede construir mediante adicin continua de nucletidos a su extremo 3'. Pero cmo se sintetiza la otra cadena? Pronto se obtuvo evidencia de que la cadena que crece y se aleja de la horquilla de replicacin se sintetizaba de manera discontinua, esto es, en fragmentos. Antes de que la sntesis de un fragmento pueda iniciarse, se debe exponer un tramo adecuado del DNA plantilla
para el desplazamiento de la horquilla de replicacin. Una vez iniciada sta, cada fragmento crece y se aleja de la horquilla de replicacin hacia el extremo 5' de un fragmento previamente formado al cual se une despus. Por lo tanto, las dos cadenas hijas se sintetizan por procesos muy diferentes. La cadena que se sintetiza de modo continuo se conoce como cadena adelantada debido a que lo hace conforme avanza la horquilla de replicacin. La cadena que se sintetiza de forma discontinua se llama cadena retrasada dado que el inicio de cada fragmento debe esperar a que las cadenas progenitoras se separen y expongan un fragmento. En virtud de que una cadena se sintetiza de modo continuo y la otra de manera discontinua, la replicacin es semidiscontinua. Reiji Okazaki de la Universidad de Nagoya en Japn descubri, despus de varios experimentos de marcaje, que una cadena se sintetiza primero como un pequeo fragmento; l encontr que en bacterias incubadas con timidina [3H] por pocos segundos e inmediatamente cosechadas, la mayor parte de la reactividad podra encontrarse como parte de fragmentos pequeos de DNA de unos 1 000 a 2 000 nucletidos de longitud. En cambio, si las clulas se incubaban con el DNA marcado precursor por 1 a 2 min, casi toda la radiactividad incorporada form parte de molculas de DNA mucho ms grandes. Estos resultados indicaron que una porcin del DNA se construy en pequeos segmentos (ms tarde conocidos como fragmentos de Okazaki) que se ligaron con rapidez a piezas mucho ms grandes sintetizadas con anterioridad. La enzima que une los fragmentos de Okazaki en una cadena continua se conoce como DNA ligasa. El descubrimiento de que la cadena retrasada se sintetiza en piezas suscit una nueva pregunta acerca del inicio de la sntesis del DNA. De qu manera la sntesis de cada uno de estos fragmentos comienza cuando ninguna de las DNA polimerasas son capaces de iniciar la cadena? Estudios posteriores revelaron que el inicio no lo lleva a cabo una DNA polimerasa sino ms bien un tipo distinto de RNA polimerasa, la denominada primasa, que sintetiza una secuencia corta de RNA, no de DNA. La secuencia adelantada, cuya sntesis comienza en el origen de la replicacin, tambin la inicia una molcula de primasa. El fragmento corto de RNA lo sintetiza una primasa en el extremo 5' de la cadena adelantada y el extremo 5' de cada fragmento de Okazaki que sirve como el iniciador que se requiere para la sntesis de DNA por medio de una DNA polimerasa. Los iniciadores de RNA se eliminan despus y los espacios resultantes en la cadena se llenan y entonces se ligan por medio de una DNA ligasa. La formacin de iniciadores transitorios de RNA durante el proceso de replicacin del DNA es una actividad compleja. Quiz sea mayor la probabilidad de cometer errores durante el inicio que durante el alargamiento; por lo tanto, el empleo de un segmento de RNA corto que puede degradarse elimina la inclusin de bases errneas.
La maquinaria que opera en la horquilla de replicacin La replicacin supone ms que la incorporacin de nucletidos. El desenrollamiento del dplex y la separacin de las cadenas requiere la ayuda de dos tipos de protenas que se unen al DNA, una helicasa (o enzima que desenrolla al DNA) y protenas que se unen al DNA monocatenario (SSB). Las DNA helicasas desenrollan al dplex del DNA en una reaccin que utiliza energa liberada a partir de la hidrlisis del ATP para separar los puentes de hidrgeno que mantienen juntas a las dos cadenas, lo cual expone a las plantillas de DNA monocatenario. E. coli tiene por lo menos 12 helicasas diferentes, que usa en distintos aspectos del metabolismo del DNA (y RNA). Una de estas helicasas (el producto del gen dnaB) sirve como la mquina principal de desenrollamiento durante la replicacin. La helicasa DnaB consiste en seis subunidades estructuradas que forman una protena semejante a un anillo que encierra a una sola cadena de DNA. La helicasa DnaB se coloca primero sobre el DNA en el origen de replicacin (con la ayuda de la protena DnaC) que se desplaza en una direccin 5' 3' a lo largo de la plantilla de la cadena retrasada, lo que desenrolla la hlice durante este proceso. El desenrollamiento del DNA por la helicasa se mantiene por la unin de las protenas SSB a las cadenas separadas de DNA. Estas protenas se unen de manera selectiva al DNA monocatenario mantenindolo en un estado extendido y evitando que se vuelva a enrollar o se dae. Hay que recordar que una enzima llamada primasa inicia la sntesis de cada fragmento de Okazaki. En las bacterias, la primasa y la helicasa se relacionan de manera transitoria para formar lo que se llama un primosoma. De los dos miembros del primosoma, la helicasa se mueve a lo largo de la plantilla de la cadena retrasada de manera procesiva (esto es, sin separarse de la plantilla de la cadena durante el tiempo que dura la horquilla de la replicacin). Conforme la helicasa viaja a lo largo de la plantilla de la cadena retrasada y abre las cadenas del dplex, la primasa se une de manera peridica a la helicasa y sintetiza los iniciadores cortos de RNA que comienzan la formacin de cada fragmento de Okazaki. Como se dijo antes, los iniciadores de RNA se polimerizan despus como DNA por medio de una DNA polimerasa, de modo especfico la DNA polimerasa III. La evidencia sugiere que la misma DNA polimerasa III sintetiza fragmentos sucesivos de la cadena retrasada. Para llevar a cabo esto, la molcula de polimerasa III se recicla del sitio donde ha terminado un fragmento de Okazaki y pasa al prximo sitio a lo largo de la cadena retrasada muy cerca del lugar donde se desenrolla el DNA. Una vez en su nuevo sitio, la polimerasa se une al extremo 3' OH del iniciador de RNA que se ha colocado por delante de una primasa y comienza a incorporar desoxiribonucletidos en el extremo del RNA corto. De qu forma una polimerasa III se mueve de un sitio de la cadena retrasada a otro sitio cercano a la horquilla de replicacin? Se cree que la enzima logra esto al aprovechar el viaje con el mecanismo de duplicacin de la plantilla de la cadena adelantada que se desplaza en esa direccin. Aunque las dos polimerasas se mueven en direcciones opuestas a lo largo de sus respectivas cadenas, pueden actuar como si fueran parte del mismo complejo de protenas. Las dos polimerasas pueden replicar ambas cadenas al formar un asa en el DNA de la cadena retrasada sobre s misma, lo que causa que esta plantilla tenga la misma orientacin que la cadena adelantada. Las dos polimerasas pueden moverse juntas como parte de un solo complejo de replicacin, sin violar la regla 5' 3' para la sntesis de una cadena de DNA. Una vez que las polimerasas ensamblan la cadena retrasada alcanzan el extremo 5' del fragmento de Okazaki sintetizado durante la vuelta previa, la plantilla de la cadena retrasada se libera al parecer y la polimerasa comienza a trabajar en el extremo 3' del prximo iniciador de RNA hacia la horquilla de replicacin.
Sntesis de fragmentos de Okasaki
Estructura y funciones de las DNA polimerasas La enzima que sintetiza las cadenas de DNA durante la replicacin en E. coli es la DNA polimerasa III, que es parte de una maquinaria de replicacin llamada holoenzima DNA polimerasa III. Uno de los componentes no catalticos de la holenzima denominada pinza (abrazadera), mantiene la polimerasa relacionada con la plantilla de DNA. Las DNA polimerasas (como las polimerasas de RNA) poseen dos propiedades contrastantes: 1) tienen que permanecer vinculadas con la plantilla sobre largos tramos para sintetizar una cadena complementaria continua y 2) no se pueden fijar con tanta fuerza que les impida desplazarse de un nucletido al siguiente. Estas propiedades contrastantes se deben a la forma de dona de la pinza que rodea al DNA (abrazadera de DNA) y se desliza de manera libre a lo largo de ste. A medida que la DNA polimerasa se une a una pinza deslizante , se puede mover progresivamente de un nucletido al prximo sin pasarse ms all de la plantilla. La polimerasa en la cadena adelantada permanece unida a una sola pinza durante la replicacin. En cambio, cuando la polimerasa en la cadena retrasada completa la sntesis de un fragmento de Okazaki, sta se desengancha de la pinza y otra vez se une a una pinza , la cual se halla ensamblada a la unin entre el iniciador de RNA y el DNA plantilla localizado muy cerca de la horquilla de replicacin. Pero, cmo es que una molcula de DNA con gran elongacin entra en una pinza en forma de anillo (abrazadera)? El ensamblaje de la pinza alrededor del DNA requiere un cargador de pinza multisubunitario que tambin es parte de la holoenzima DNA polimerasa III. En estado unido a ATP, el cargador de pinza se une a una unin iniciador-plantilla al tiempo que mantiene la pinza en una conformacin abierta. Una vez que el DNA ha pasado a travs de la abertura en la pared de la pinza, el ATP unido al cargador de pinza se hidroliza, con lo que se libera de la pinza; entonces sta se cierra alrededor del DNA. La pinza est lista para unirse con la polimerasa III. La DNA polimerasa I, que consiste slo en una subunidad, interviene de manera primaria en la reparacin del DNA, proceso mediante el cual se corrigen las secciones daadas del DNA. La DNA polimerasa I tambin elimina los iniciadores de RNA en el extremo 5' de cada fragmento de Okazaki durante la replicacin y reemplaza a stos con DNA. La capacidad de la enzima para llevar a cabo esta tarea se revisa en la siguiente seccin.
Actividades de la exonucleasa de las dna polimerasas Ahora que se han explicado las diferentes propiedades desconcertantes de la DNA polimerasa I, como la incapacidad de la enzima para iniciar la sntesis de una cadena, se mencionan otras observaciones curiosas. Kornberg encontr que las preparaciones de la DNA polimerasa I siempre contienen actividades de exonucleasa, es decir, son capaces de degradar polmeros de DNA al eliminar uno o ms nucletidos del extremo de la molcula. Al principio, Kornberg asumi que esta actividad se deba a la contaminacin con enzima porque la accin de las exonucleasas es contraria a la capacidad de sntesis de DNA. No obstante, la actividad de exonucleasa no pudo eliminarse de las preparaciones de polimerasa y de hecho es una actividad real de la molcula de la polimerasa.
Luego se mostr que todas las polimerasas bacterianas poseen la actividad de exonucleasa. Las exonucleasas pueden dividirse en actividades de exonucleasa 5' 3' y 3' 5', segn sea la direccin en la cual se degrada la cadena. La DNA polimerasa I tiene ambas actividades de exonucleasa, 3' 5' y 5' 3', adems de su actividad de polimerizacin. Estas tres actividades se localizaron en diferentes dominios de un solo polipptido. De esta forma, la DNA polimerasa I posee tres enzimas en una. Las dos actividades de exonucleasa tienen funciones por completo diferentes en la replicacin. Primero se describe la actividad de exonucleasa 5' 3'. Casi todas las nucleasas son especficas para DNA o RNA, pero la exonucleasa 5' 3' de la DNA polimerasa I puede degradar los dos tipos de cido nucleico. El inicio de los fragmentos de Okazaki por medio de la primasa deja un segmento de RNA en el extremo 5' de cada fragmento, el cual se remueve por la actividad de exonucleasa 5' 3' de la DNA polimerasa I. A medida que la enzima remueve los ribonucletidos del iniciador, su actividad de polimerasa rellena de manera simultnea el espacio resultante con desoxirribonucletidos. El ltimo desoxirribonucletido incorporado se liga de manera covalente al extremo 5' terminal del fragmento de DNA antes sintetizado por medio de una DNA ligasa. La funcin de la exonucleasa 3' 5' se revisa en la siguiente seccin.
Reparacin del DNA La vida en la Tierra est sujeta a mltiples fuerzas destructivas que se originan en el interior y el ambiente externo de un organismo. De todas las molculas en una clula, el DNA est colocado en la posicin ms precaria. Por un lado, es esencial que la informacin gentica permanezca de manera primordial sin cambio conforme sta pasa de una clula a la siguiente y de un individuo a otro. Por otra parte, el DNA es una de las molculas celulares ms susceptible al dao ambiental. Cuando se afecta por radiacin ionizante, el esqueleto de la molcula de DNA sufre con frecuencia roturas; cuando se expone a diversos reactivos qumicos, algunos de los cuales se generan por el metabolismo de la clula misma, las bases de una molcula de DNA pueden alterarse de manera estructural; cuando se someten a radiacin de tipo ultravioleta, las pirimidinas adyacentes en las cadenas de DNA tienden a interactuar entre s para formar complejos covalentes y crear un dmero. De igual forma, la absorcin de energa trmica producida por el metabolismo es suficiente para
eliminar las bases de adenina y guanina de su unin a los azcares en el esqueleto de DNA. La magnitud de estas alteraciones espontneas, o lesiones, puede reconocerse si se considera que cada clula de un mamfero de sangre caliente pierde alrededor de 10 000 bases por da! La falla para reparar estas lesiones produce anomalas permanentes, o mutaciones, en el DNA. Si la mutacin tiene lugar en una clula destinada a ser un gameto, la alteracin gentica puede pasar de una generacin a la prxima. Las mutaciones tambin tienen efectos en las clulas somticas (p. ej., clulas que no pertenecen a la lnea germinal): pueden interferir con la transcripcin y la replicacin, lo que causa la transformacin maligna de una clula o acelera el proceso por medio del cual un organismo envejece. Al considerar las consecuencias potencialmente lesivas de las alteraciones en las molculas del DNA y la elevada frecuencia con que suceden, es esencial que las clulas posean mecanismos para reparar el DNA daado. De hecho, las clulas tienen una amplia variedad de sistemas de reparacin que corrigen casi cualquier tipo de dao al cual una molcula de DNA es vulnerable. Se ha estimado que menos de un cambio de base en miles escapa a los sistemas de reparacin en una clula. La existencia de estos sistemas provee un excelente ejemplo de los mecanismos moleculares que mantienen la homeostasis celular. La importancia de la reparacin del DNA puede reconocerse al examinar las consecuencias que tiene en los seres humanos el resultado de las deficiencias en la reparacin del DNA. Tanto las clulas procariotas como las eucariotas poseen una variedad de protenas que recorren extensos tramos de DNA y buscan alteraciones qumicas o distorsiones sutiles del DNA dplex. En algunos casos, el dao puede repararse de modo directo. Por ejemplo, los seres humanos tienen enzimas que pueden reparar de forma inmediata el dao producido por agentes alquilantes capaces de causar cncer. Sin embargo, la mayora de los sistemas de reparacin requiere que la seccin daada del DNA se elimine, esto es, se remueva de manera selectiva. Una de las grandes virtudes del DNA dplex es que cada cadena contiene la informacin necesaria para la construccin de su contraparte. En consecuencia, si uno o ms nucletidos se eliminan de una cadena, la cadena complementaria puede servir como plantilla para la reconstruccin del dplex. La reparacin del dao del DNA en clulas eucariotas es complicada por la inaccesibilidad relativa del DNA dentro de las fibras de cromatina plegadas del ncleo. Como en el caso de la transcripcin, la reparacin del DNA requiere de mquinas que remodelan la cromatina, como enzimas modificadoras de histonas y complejos remodeladores de nucleosomas. Aunque es de esperar que sean importantes en la reparacin del DNA, los cometidos de estas protenas no se consideran en la siguiente exposicin. Escisin de nucletidos y reparacin La reparacin de la escisin nucleotdica (NER, nucleotide excision repair) opera por un mecanismo de corte y pegado que elimina diversas lesiones voluminosas, incluidos los dmeros de pirimidina y los nucletidos en los cuales distintos grupos qumicos se unen. Se conocen dos vas de NER: 1. Una va acoplada a la transcripcin en la cual las cadenas de DNA plantilla de los genes que se transcriben de forma activa se reparan de manera preferencial. La reparacin de una cadena plantilla ocurre al parecer a medida que el DNA se transcribe y la presencia de la lesin puede sealarla una RNA polimerasa atorada. Esta va de reparacin preferencial garantiza que estos genes de gran importancia para la clula, que son los genes que la clula transcribe de manera activa, reciban la prioridad ms alta en la lista de reparacin. 2. Un mecanismo lento y menos eficiente es la va genmica global que corrige las cadenas de DNA en el resto del genoma. A pesar de que el reconocimiento de la lesin lo realizan quiz diferentes protenas en las dos vas de NER,
los pasos que suceden durante la reparacin de la lesin son muy similares, como se indica en los pasos 2 a 6. Un componente clave de la maquinaria de reparacin NER es el factor TFIIH, una gran protena que tambin participa en el inicio de la transcripcin. El descubrimiento de la participacin de TFIIH estableci un nexo crucial entre la transcripcin y la reparacin del DNA, dos procesos que antes ya se asuma que eran independientes el uno del otro. Incluidas dentro de las diferentes subunidades de TFIIH estn dos subunidades (XPB y XPD) que poseen actividad de helicasa; estas enzimas separan las dos cadenas del dplex (paso 2) en la preparacin para la eliminacin de las lesiones. Un par de endonucleasas (paso 3) corta entonces la cadena daada en ambos lados de la lesin y el segmento de DNA se elimina (paso 4). Una vez suprimido, el espacio se reocupa por medio de una DNA polimerasa (paso 5) y la cadena se liga por medio de una DNA ligasa (paso 6).
Reparacin por escisin de bases Un sistema de reparacin por escisin elimina los nucletidos alterados generados por los reactivos qumicos presentes en la dieta o por el metabolismo. Los pasos en esta va de reparacin en eucariotas, que recibe el nombre de reparacin por escisin de bases (BER, base excision repair),. El proceso de BER lo inicia una DNA glucosilasa que reconoce la alteracin (paso 1) y remueve la base por medio del corte del enlace glucosdico que une la base al azcar de desoxirribosa (paso 2). Se han identificado diferentes glucosilasas de DNA, cada una de ellas ms o menos especfica para un tipo en particular de base alterada, incluidos el uracilo (formado por la remocin hidroltica del grupo amino de la citosina), la 8-oxoguanina (secundaria al dao de radicales libres del oxgeno) y la 3-metiladenina (generada por la transferencia de un grupo metilo de un donador de metilo). Los estudios estructurales de la DNA glucosilasa que retira la 8-oxoguanina (oxoG) mutgena indican que esta enzima difunde con rapidez por el DNA e inspecciona cada uno de los pares de bases G-C en el DNA dplex. En el paso 2, la enzima pas por un par de bases oxoG-C. Cuando esto ocurre, la enzima inserta una cadena lateral de aminocido especfica en la hlice de DNA, lo que hace que el nucletido rote (se voltee) 180 grados fuera de la hlice de DNA y quede dentro del cuerpo de la enzima (paso 2). Si en realidad el nucletido contiene una oxoG, la base se ajusta en el sitio activo de la enzima (paso 3) y se divide de su azcar relacionado. En cambio, si la base extruida es una guanina normal, que slo difiere en estructura de la oxoG por dos tomos, es incapaz de embonar en el sitio activo de la enzima (paso 4) y es devuelta a su posicin apropiada dentro de la pila de bases. Una vez que la purina o pirimidina alteradas se eliminan, el remanente decapitado de la desoxirribosa de fosfato en el sitio se suprime por la accin combinada de una endonucleasa especializada (AP) y una DNA polimerasa. La AP corta el esqueleto de DNA (paso 3) y la actividad de fosfodiesterasa de la polimerasa elimina el azcar-fosfato remanente que estaba unido a la base eliminada (paso 4). La polimerasa ocupa entonces el espacio al insertar un nucletido complementario a la cadena no daada (paso 5) y la cadena se liga por medio de una DNA ligasa III (paso 6). El hecho de que la citosina pueda convertirse en uracilo puede explicar porqu la seleccin natural favoreci el uso de la timina, ms que el uracilo, como una base del DNA, a pesar de que el uracilo estuvo al parecer presente en RNA cuando ste sirvi como material gentico durante la evolucin temprana de la vida. Si el uracilo se hubiera retenido como una base de DNA habra causado dificultades en los sistemas de reparacin para distinguir entre un uracilo relacionado con un sitio particular y uno que se gener a partir de una alteracin de la citosina.
Reparacin de la unin deficiente Ya se mencion que las clulas pueden eliminar bases mal unidas incorporadas por la DNA polimerasa y las que se escapan de la lectura y correccin por medio de la enzima exonucleasa. Este proceso se conoce como reparacin de la unin deficiente. Un apareamiento errneo de pares de bases causa una distorsin en la geometra de la doble hlice que puede reconocer una enzima de reparacin. Empero, de qu forma la enzima par reconoce qu miembro del apareamiento errneo es el nucletido incorrecto? Si se eliminara uno de los nucletidos al azar, debera haber una probabilidad de cometer error en el 50% de las veces, lo que creara una
mutacin permanente en el sitio. Por lo tanto, para reparar el problema del apareamiento errneo luego que la DNA polimerasa pasa por el sitio, es indispensable que el sistema de reparacin pueda distinguir la cadena recin sintetizada que contiene nucletido incorrecto de la cadena progenitora que posee el nucletido correcto. En E. coli, las dos cadenas se distinguen por la presencia de residuos de adenosina metilados en la cadena parental. Parece que el sistema MMR de los eucariotas no utiliza la metilacin de DNA y an no se conoce el mecanismo de identificacin de la cadena recin sintetizada. Reparacin de la rotura de doble cadena Los rayos X, los rayos gamma y las partculas liberadas por los tomos radiactivos se describen como radiacin ionizante porque generan iones que atraviesan la materia. Millones de rayos gamma pasan a travs del cuerpo cada minuto. Cuando estas formas de radiacin colisionan con una molcula frgil, como el DNA, provocan a menudo roturas en ambas cadenas de la doble hlice. Las roturas de la doble cadena (DSB) tambin pueden deberse a ciertos qumicos, incluidos los utilizados en la quimioterapia del cncer (p. ej., bleomicina) y radicales libres generados por el metabolismo normal de la clula. Las DSB tambin se inducen durante el dao al DNA en la replicacin. Una sola rotura de la doble cadena puede causar anomalas cromosmicas serias y, al final, letales para las clulas. Las DSB pueden repararse por medio de diferentes vas alternas. La va principal en las clulas de mamferos se llama unin de extremos no homlogos (NHEJ), en la cual un complejo de protenas se une a los extremos rotos del DNA dplex y cataliza una serie de reacciones que de nueva cuenta unen las cadenas rotas. En la figura de abajo muestra los ncleos de fibroblastos humanos previamente tratados con lser para inducir un grupo localizado de rotura de la doble cadena y luego teidos para detectar la presencia de la protena Ku en varios instantes despus del tratamiento con lser. Se observa que esta protena de reparacin NHEJ se localiza en el sitio de las DSB inmediatamente despus de su aparicin. Otra va de reparacin DSB incluye la recombinacin gentica y es considerablemente ms compleja Los defectos en ambas vas de reparacin se han vinculado con un incremento de la susceptibilidad al cncer.
Capitulo 15 Metabolismo de RNA La expresin de la informacin gentica requiere generalmente la sntesis de una molcula de RNA, transcrita a partir de un molde de DNA. A primera vista, las cadenas de RNA y DNA pueden parecer similares, con el grupo hidroxilo en posicin 2 y la sustitucin de la timina por uracilo como nicas diferencias. Sin embargo, al contrario del DNA, la mayora del RNA desempean sus funciones en forma de cadena sencilla. Estas cadenas se pliegan sobre s mismos y poseen el potencial para una diversidad estructural mucho ms amplia que la observada en el DNA, gracias a la cual el RNA es capaz de asumir una amplia variedad de funciones celulares. El ARN se fabrica slo a partir de una de las cadenas de la hlice de ADN de doble cadena. La transcripcin est catalizada por una enzima, la polimerasa de ARN, y sigue reglas similares a las de la replicacin. El ARN presenta similitudes con el ADN, aunque en el ARN el azcar presente es la ribosa y el uracilo reemplaza a la timina. La extraccin del ARN de una clula produce varios tipos moleculares bsicos: ARN ribosmico, transferente y mensajero, ms una cantidad limitada de otras molculas de ARN pequeas. Las molculas de ARN ribosmico (ARNr), de tres tamaos distintos, se unen a un conjunto de protenas especficas en los ribosomas, las mquinas encargadas de la sntesis de las protenas. La sntesis de un polipptido a partir de una molcula de ARN mensajero, mediada por los ribosomas, se denomina traduccin. El ARN transferente (ARNt) comprende un grupo de molculas de ARN, ms bien pequeas, cada una con especificidad de unin a un aminocido concreto; se encargan de acarrear los aminocidos a los ribosomas, donde se incorporan al polipptido en formacin. Las molculas de ARN mensajero (ARNm), fabricadas sobre el ADN molde, contienen la informacin que ser traducida a protenas. La secuencia de bases del ARNm determina la secuencia de aminocidos.
La sntesis de RNA Los primeros investigadores tenan buenas razones para pensar que la informacin no fluye directamente del ADN a las protenas. El ADN se aloja en el ncleo (de una clula eucaritica), cuando es sabido que las protenas se fabrican en el citoplasma. Se necesita el cido ribonuclico (ARN), como intermediario. Los primeros experimentos sugeran la presencia de un intermediario del ADN; al administrar precursores radiactivos marcados del ARN a las clulas, aparece ARN radiactivo en el ncleo antes que en ningn otro sitio, indicando que es ah donde se sintetiza el
ARN. En un experimento de pulso y caza se da un breve pulso de precursores radiactivos, los cuales se incorporan a molculas de ARN. Luego, se transfieren las clulas a un medio con precursores de ARN no radiactivos. Esta fase de caza sirve para cortar la incorporacin de radiactividad al ARN, pues conforme ste se va degradando, la clula cuenta ahora slo con precursores no marcados para sintetizar nuevas molculas de ARN. El procedimiento del pulso y caza permite seguir la pista a una poblacin de molculas de ARN, sintetizadas todas a la vez, a lo largo del tiempo. En muestras tomadas despus de la caza, el ARN radiactivo se encuentra en el citoplasma. Es decir lo que se sigue es la pista de los precursores marcados que ofrecen la imagen de la estructura por la radiactividad de la molcula, y en definitiva el punto nos indica el lugar de inters y la caza nos ofrece la ubicacin final del producto sintetizado. El ARN se sintetiza en el ncleo y luego se traslada al citoplasma. Buen candidato, pues, para actuar como intermediario en el flujo de informacin del ADN a la protena. En 1957, Volkin y Astrachan hicieron una observacin de inters. Comprobaron que uno de los cambios moleculares ms dramticos que ocurre al infectar E. coli con el fago T2 es una rpida explosin de sntesis de ARN. Adems, este ARN inducido por el fago tiene una tasa de recambio muy rpida. Las bacterias infectadas se someten primero a un pulso de uracilo radioactivo. El ARN recuperado poco despus del pulso est marcado, pero el que se recupera algo ms tarde, despus de la caza, no lo est, indicando que la vida media del ARN es muy corta. Finalmente, cuando se compara la composicin de nucletidos del ADN de E. coli y de T2 con la composicin de nucletidos del ARN inducido por el fago, esta ltima resulta ser muy parecida a la del ADN del fago. La conclusin provisional de los dos experimentos que acabamos de describir es que el ARN se fabrica a partir de ADN y se utiliza luego, de alguna manera, para sintetizar protenas. El proceso de sntesis de ARN o TRANSCRIPCIN, consiste en hacer una copia complementaria de un trozo de ADN. El ARN se diferencia estructuralmente del ADN en el azcar, que es la ribosa y en una base, el uracilo, que reemplaza a la timina. Adems el ARN es una cadena sencilla. Las molculas de ARN son sintetizadas usando como molde a segmentos especficos de ADN, en la reaccin de polimerizacin que es catalizada por la enzima conocida como ARN polimerasa. Debemos tener en cuenta antes de sumergirnos en el proceso de transcripcin: A) Los precursores en la sntesis de ARN (unidades estructurales) son cuatro ribonucletidos trifosfatados: rATP; rCTP; rGTP; rUTP B) La secuencia de bases, del ARN a polimerizar, esta determinada por medio de la secuencia de bases de la molcula de ADN utilizada como molde para su sntesis. He ah que se la denomine Cadena Molde de ADN. C) La cadena de ARN crece en direccin 5 3. Esta direccin coincide con la sntesis de ADN. D) La ARN polimerasa, a diferencia de la ADN polimerasa, es capaz de iniciar su sntesis sin la presencia de ningn tipo de molcula cebadora. Etapas en la sntesis del ARN mensajero Con la finalidad de ordenar el estudio de la transcripcin, dividiremos la misma en cuatro etapas fundamentales: 1 etapa- UNIN de la ARN polimerasa al ADN 2 etapa- INICIACIN de la sntesis 3 etapa- ELONGACIN de la cadena de ARN mensajero 4 etapa- TERMINACIN de la sntesis y liberacin de la cadena de ARNm.
Caractersticas de la ARN polimerasa procariota La ARN polimerasa es una de las enzimas ms grandes que se conoce. Consta de cinco subunidades: dos alfa (), beta (), beta prima () y sigma (). La enzima completa es denominada Holoenzima y se divide en dos componentes principales: La enzima central, denominada Core, formada por las sub unidades 2, y El Factor Sigma (el polipptido ) Los nombres indican que solamente la Holoenzima tiene la capacidad de unirse a la cadena molde de ADN e iniciar la transcripcin; pero una vez realizada esta, el factor es liberado, dejando que el Core contine con la elongacin. En definitiva, es el factor el que le da la capacidad a la ARN polimerasa para poder iniciar la sntesis del ARN mensajero en el sitio apropiado. La Holoenzima reconoce un sitio de unin especfico en el ADN, este sitio es denominado Promotor. Como consecuencia de lo dicho, la ADN polimerasa puede encontrarse en dos estados: 1) Un estado apropiado para la unin con el Promotor: estado de iniciacin u Holoenzima. 2) Un estado apropiado para la elongacin: Core de la enzima La ARN polimerasa es lo bastante grande como para tomar contacto con muchas bases del ADN, as la enzima cubre aproximadamente unas 60 pb (pares de bases), aunque el segmento de ADN desenrollado, y que sirve como molde, comprende nicamente unos 17 pb.
El Promotor Procariota: la seal de inicio Se mencion anteriormente que la ARN polimerasa se una a un sitio especfico del ADN denominado Promotor. La enzima es capaz de reconocer este sitio del ADN y, convenientemente, abrir localmente las cadenas de ADN para poder leer la cadena molde. Es de esperarse entonces que, el sitio de contacto con la Holoenzima tuviese regiones comunes a todos los Promotores. Se ha comprobado que estos sitios mencionados contienen secuencias de bases comunes, a las que se las ha denominado Secuencias de Consenso. Por mera convencin entre los cientficos, se considera que el sentido de la transcripcin de un gen determinado es hacia la derecha. Al punto en el cual se inicia este proceso se lo denomina punto 0. Con nmeros negativos se sealan las bases ubicadas a la izquierda del punto 0. Con el mismo criterio, se sealan con nmeros positivos a las bases ubicadas a la derecha del punto 0. La secuencia de consenso ms importante y mejor estudiada, comprende seis bases y su centro est ubicado a diez bases a la izquierda del punto de inicio (-10). La secuencia de consenso es TATAAT y se la denomina TATA box o Caja Pribnox. Esta caja es responsable de orientar a la ARN polimerasa en la direccin de sntesis de ARN y es la regin en la cual la doble hlice se abre para formar el Complejo Promotor Abierto. El hecho de que la TATA box contenga las bases A-T no es mera casualidad, ya que estas se unen con sus complementarias por medio de dos enlaces del tipo Puente de Hidrgeno, lo cual implica un menor gasto de energa para la apertura del ADN.
INICIACIN de la sntesis del ARN mensajero La iniciacin se produce mediante la unin de la ARN polimerasa (Holoenzima) al ADN de doble cadena. Para que la cadena molde est disponible para el apareamiento de bases con los ribonucletidos, las dos cadenas de ADN deben separarse. El desenrollamiento es local y se produce cuando la Holoenzima contacta con la TATA Box. Una vez que el complejo promotor se encuentra abierto, la ARN pol. Comienza la sntesis. La fase de iniciacin no se completa hasta que se hallan polimerizado los primeros seis ribonucletidos. ELONGACIN de la cadena: Despus que se han colocado los primeros seis ribonucletidos, la ARN polimerasa sufre un cambio en su conformacin, perdiendo la sub unidad . Se contina la sntesis en el estado de Core anteriormente descrito. El Core se mueve a lo largo del ADN colocando los ribonucletidos complementarios a la cadena de ADN molde, abriendo la hlice a medida que se desplaza. Los ribonucletidos se unen al extremo 3 de la cadena de ARN en crecimiento, formndose un Hbrido ARN-ADN en la regin desenrollada, el cual se mantiene estabilizado mediante enlaces puente de Hidrgeno. El hbrido tiene una longitud aproximada de 12 pb y el nuevo ARN es liberado de estas uniones cuando el ADN recupera su estado de doble hlice por desplazamiento del Core. TERNINACIN y LIBERACIN del ARN sintetizado La terminacin ocurre en una secuencia determinada del ADN, denominada Secuencia Ternimadora. En este punto, la enzima deja de aadir los ribonucletidos a la cadena de ARN en crecimiento, liberando el producto terminado y disocindose del ADN. La terminacin requiere que todos los enlaces Puente de Hidrgeno, que mantenan al Hbrido ARN ADN, se rompan volvindose a reconstituir el ADN dplex. Las secuencias terminadoras muestran las siguientes similitudes: i) Todas contienen secuencias Palindrmicas justo antes del punto de terminacin. El palndromo est caracterizado por poseer repeticiones inversas conteniendo un segmento central no repetido (ej. ATCATCGACTA). ii) La secuencia palindrmica contina con una secuencia de pares A-T, las cuales producen en el ARN mensajero una secuencia de 6 a 8 Uracilos en el extremo transcripto.
ESTRUCTURA DEL ARN mensajero PROCARIOTA Un ARNm que codifica para una cadena polipeptdica simple se denomina ARNm Monocistrnico. En clulas Procariotas es comn hallar ARNm que codifican para varias cadenas polipeptdicas diferentes, en este caso esta molcula se denomina ARNm Policistrnico. Todo ARNm contiene dos tipos de regiones, una codificante y otra no codificante. La primera, comprende una serie de codones que determinan la serie de aminocidos de la protena. Esta regin se extiende desde un codn de inicio (usualmente AUG) hasta un codn sin sentido. Raramente el codn de inicio se encuentre en el extremo 5 del ARNm, ya que a ste lo preceden centenares de bases que conforman una de las regiones no codificantes. El sector comprendido entre el extremo 5 y el codn de inicio se denomina Lider. Tampoco se traduce la secuencia comprendida entre el codn sin sentido y el extremo 3 del ARNm y, a esta regin, se la denomina extremo Trailer. Los ARNm Policistrnicos presentan secuencias de longitud variable que separan las regiones codificantes o Cistrones, estas se denominan regiones espaciadoras, usualmente de 10 pb. de longitud. Cada Cistrn posee un codn de inicio y uno sin sentido. Por lo general las protenas codificadas por un ARNm Policistrnico, participan en una misma va metablica (ver Opern Lac). Transcripcin en Clulas Eucariotas La estructura de los ARNm y el proceso de transcripcin en las clulas eucariotas, es similar a lo expresado anteriormente para las clulas procariotas. Sin embargo, debemos considerar las siguientes diferencias: a) Las clulas eucariotas poseen tres clases de ARN polimerasas (I, II y III), las cuales se utilizan para sintetizar los distintos tipos de ARN existentes. b) Los extremos 3 y 5 de los ARNm estn modificados. En el caso del extremo 5 encontraremos una estructura denominada CAP y, en el correspondiente extremo 3, se encuentra adherido una larga secuencia de nucletidos cuya base nitrogenada es la Adenina (Cola Poly A) c) Las molculas de ARNm, luego de ser sintetizas, son modificadas. Los transcriptos primarios eucariotas sufren un proceso por el cual determinadas secuencias (Intrones) son eliminadas. d) Los ARNm eucariotas son Monocistrnicos. A diferencia de los procariontes, los organismos eucariontes poseen ncleo, por lo que los procesos biolgicos que tienen lugar en la clula van a estar compartimentados. Por ejemplo, la replicacin y reparacin del DNA tendrn lugar en el ncleo, lugar donde este cido nucleico est protegido. La transcripcin, por tanto, tambin tendr lugar en el ncleo celular. Sin embargo, la sntesis de protenas tiene lugar en el citoplasma. Por otra parte, las clulas eucariotas sufren el proceso de diferenciacin mediante el cual cada tejido u rgano estar formado por clulas especializadas. Por todo lo anterior, es de esperar que haya grandes diferencias entre la sntesis de los RNA procariotas y los eucariotas, como sucede en realidad. A diferencia de los organismos procariotas que sintetizan los tres tipos de molcula de RNA mediante una sola enzima, la RNA polimerasa DNA dependiente, los eucariontes necesitan tres polimerasas, tambin DNA dependientes para transcribir los tres tipos de genes de clase I, II y III. Las polimerasas eucariotas se conocen como RNA polimerasa I, II y III y recibieron estos nombres debido a su orden de elucin. Las tres se pueden diferenciar entre s por su reaccin ante la -amanitina. La -amanitina es un inhibidor de la transcripcin muy til para diferenciar entre las tres polimerasas; es un octapptido bicclico. El ncleo de eucariontes contiene tres tipos de ARN polimerasas:
- ARN polimerasa I (localizada en el nuclolo) transcribe los genes de ARN ribosomal. El transcrito primario producido corresponde a un pre-rARN que posteriormente sufre algunas modificaciones para transformarse en una rARN maduro. -ARN polimerasa II (se encuentra en el nucleoplasma) transcribe los genes que codifican para protena y el transcrito primario corresponde a un ARN nuclear heterogneo (hnARN), que son los precursores del ARN mensajeros citoplasmtico. -ARN polimerasa III (nucleoplasmtica) transcribe el rARN 5S (ARN ribosomico) y los tARNs (ARN de transferencia). Una caracterstica de las tres enzimas es que su producto, en cada caso, necesita ser procesado o modificado para que sea funcional, por lo que la RNAPI sintetizar pre-RNA ribosomales, la RNAPII producir los hnRNA (heterogenous nuclear RNA) que despus de varios procesos de modificacin postranscripcional darn los RNA mensajeros que servirn de molde en la sntesis de protenas. Esta enzima es tambin la encargada de sintetizar los snRNA (small nuclear RNA) U1, U2, U4 y U5. Estos RNA, unidos a protenas, formarn las ribonucleoprotenas (RNP) que tomarn parte activa en el proceso de modificacin postranscripcional conocido como splicing. La RNAPIII sintetizar las especies presentadas en la tabla en forma de precursor hasta sufrir las modificaciones pertinentes que las convertirn en molculas funcionales. Todas las RNA polimerasas eucariotas son protenas grandes en forma de agregados de 500 kDa ms. Generalmente tienen de 8 a 14 subunidades. La enzima pura puede llevar a cabo la transcripcin del RNA en dependencia del molde, pero no puede iniciar de forma selectiva en los promotores. Ninguna de las enzimas eucariotas se ha podido reconstruir a partir de sus subunidades puras, lo cual por supuesto hace pensar si todas las subunidades son esenciales. El nico caso en el cual todas las subunidades se han definido a nivel de la caracterizacin de sus genes es en el caso de S. cerevisiae, en la cual se necesitan de 10 a 11 subunidades para llevar a cabo la transcripcin. Las tres subunidades mayores de la enzima RNA polimerasa II de S. cerevisiae tienen homologa con las subunidades de la RNA polimerasa bacteriana. Las dos mayores probablemente contengan el sitio cataltico. Tres de las subunidades restantes son comunes a todas las RNA polimerasas, o sea, son tambin componentes de las RNA polimerasas I y III. Las actividades de la RNA polimerasa de la mitocondria y los cloroplastos son menores y se asemejan a la RNA polimerasa bacteriana en lugar de a cualquiera de las enzimas nucleares. Una caracterstica diferencial de las polimerasas eucariotas es que no se fijan directamente al DNA para transcribirlo sino que lo hacen mediante factores proteicos adicionales. Las protenas necesarias para la iniciacin de la transcripcin pero que no forman parte como tal de la RNA polimerasa, se definen como factores de transcripcin. Muchos factores de transcripcin actan reconociendo sitios activos en cis que se clasifican como parte de los promotores o como enhancers. Sin embargo, la unin al DNA no es el nico medio de accin de un factor de transcripcin. Un factor puede reconocer otro factor, o puede reconocer la RNA polimerasa, o puede estar incorporado en un complejo de iniciacin solamente en presencia de diversas otras protenas. La ltima prueba para ser miembro del aparato de transcripcin es funcional: la protena tendr que ser absolutamente necesaria para que ocurra la transcripcin en un promotor o grupo de promotores especficos. Por lo tanto, in vivo, la polimerasa eucariota reconoce un complejo formado por DNA y protenas y son las interacciones protena-protena las que priman en las reacciones donde ellas intervienen. Aunque hay sus excepciones, en general, mltiples polimerasas transcriben simultneamente el mismo gen y su velocidad de sntesis es de aproximadamente un RNA cada 10 segundos.
La reaccin catalizada por todas las polimerasas en eucariontes es bioqumicamente la misma que la reaccin de las enzimas de E. coli (procariontes). Todas las polimerasas eucarionticas son grandes molculas con masas que exceden los 500 kDa. Ellas contienen dos sub-unidades con masas superiores a 100 kDa, cada una de las cuales es una polimerasa especfica y adems poseen 12 sub-unidades menores, algunas de las cuales son comunes a los tres tipos de polimerasas. La precisa funcin de cada sub-unidad es an desconocida. Regin promotora para la actividad de ARN polimerasa I Para el caso particular de la ARN polimerasa I que sintetiza el ARN ribosomal. En el gen (ADN) para el rARN presenta una regin promotora de 150 pares de bases, ubicada en la posicin -142 y +6. Sin embargo, existen copias imperfectas del largo total del promotor en posiciones -1200 y -2300 pares desde el sitio de inicio de la transcripcin y entre estas regiones hay mltiples copias de 60 81 pares de bases de la regin promotora. Las copias 60/81 estimulan la transcripcin del verdadero promotor y puede estar involucrado en la unin de un factor presente en cantidades limitadas. Las copias totales de los promotores pero imperfectos son capaces de iniciar la sntesis de ARN, pero este efecto termina antes de alcanzar la verdadera regin promotora. Punto de inicio repeticiones de 60/81 bp Promotor del gen
gen 28S rARN
Promotor espaciador
Gen 18S rARN
-4000
-2000
+1 ) y con copias
Regin promotora del gen de rARN, con una regin promotora verdadera ( imperfectas de ella ( ).
Regin promotora para la ARN polimerasa II. Los genes transcritos por la polimarasa II producen los ARN mensajeros. Estos incluyen los genes que codifican a las protenas que son expresadas constitutivamente (que siempre son expresadas) en todos los tejidos y aquellos genes que solamente son expresados en un tejido particular de un organismo multicelular o que est regulado por la presencia o ausencia de un sustrato particular, hormona o estmulo ambiental. Los promotores para la ARN polimerasa II estn localizados en el lado 5 del sitio de inicio de la transcripcin. -80 -25 inicio --CAAT----------GGGCCCGGG------GGGCCGGG---------TATA--------
Estas secuencias tienen la funcin de unir los factores de transcripcin especficos en vez de dirigir los puntos de contacto con la ARN polimerasa II, como ocurre en procariontes. Varios promotores que estn relativamente cercanos al punto de inicio de la transcripcin, son necesarios pero normalmente insuficientes para que se realice una eficiente expresin de los genes por la enzima ARN polimerasa II. Adems existen otros tipos de secuencias en el ADN molde llamadas ENHANCER que no tienen actividad promotora por si mismas, pero que pueden estimular la transcripcin y pueden actuar sobre considerables distancias de varios kilobases del sitio de inicio de la transcripcin. Una caracterstica de los enhancer es que realizan su accin independiente de la orientacin que ellos tengan. -8,000 Enhancer +1 Promotor Sitio de inicio Esquema de la posicin del Enhancer con respecto al promotor. El ARN mensajero en Eucariotas: Si bien la sntesis y estructura de los ARN mensajeros en Eucariotas es similar a las Procariotas, deben mencionarse las siguientes diferencias: a) Ambos extremos estn modificados, el 5 presenta una estructura denominada CAP (caperuza) y el 3 contiene una secuencia de cido Poliadenlico denominada Cola Poly A. b) La molcula que sirve de molde para la sntesis de protena (ARNm maduro) es ms corta que el ARN mensajero recin sintetizado (Pre ARN mensajero). Esto se debe a que los ltimos sufren un proceso de eliminacin de secuencias no codificantes. Dicho proceso se denomina Splicing.
Modificaciones de los extremos del ARN mensajero Eucariota: El extremo 5 contiene dos nucletidos conectado s que siempre estn metilados (CH3). La reaccin de la incorporacin del CAP ocurre inmediatamente despus de iniciada la transcripcin y siempre precede a cualquier modificacin que se le realice al ARN m precursor. El CAP tendra la funcin de proteger al ARNm de la degradacin, con lo cual aumenta su vida media. En el extremo 3, segn se mencion antes, los ARNm Eucariotas contienen una secuencia de 20 a 200 nucletidos que poseen como base nitrogenada a la Adenina. La secuencia Poly A no est codificada en el ADN, sino que es aadida al ARN despus de finalizada la transcripcin. La funcin de la Cola Poly A es la de aumentar la estabilidad de los ARN m. Splicing de los precursores de ARNm en Eucariotas: Los Pre- ARN m en Eucariotas, contienen largas secuencias no codificantes que corresponden a la transcripcin de regiones del gen conocidas como Intrones. Todos los genes Eucariotas poseen una organizacin particular, en ellos se distinguen secuencias que se expresan (Exones) y secuencias no codificantes o que no tienen su contrapartida con la protena traducida (Intrones). Por lo mencionado, se dice que los genes en clulas Eucariotas son Discontinuos. Todos los Pre- ARN m sufren un proceso denominado Splicing, que tiene como finalidad eliminar a los Intrones (secuencias no codificantes). Este proceso ocurre en el ncleo y da origen al ARN m que ser desplazado al citoplasma, para ser partcipe del proceso de Traduccin. En el Splicing son descartados del 50% al 90% del Pre-ARNm (transcripto primario). Los elementos remanentes (exones) son unidos o ensamblados. El nmero de intrones, generalmente sobrepasa al de los Exones. No est dems aclarar que, durante el Splicing, No son eliminados el CAP ni la Cola Poly A. La reaccin de Splicing es realmente precisa, esta precisin se basa en el reconocimiento de secuencias de bases particulares ubicadas en la zona de unin entre el Intrn y el Exn adyacente. En las zonas de corte o escisin se puede encontrar Secuencias de Consenso. La reaccin de Splicing puede dividirse en dos etapas. En la primera se produce el corte en el extremo 5del Intrn. El mismo extremo a su vez se une a una secuencia del Intrn denominada Punto de Ramificacin, formando as un Lazo. Como consecuencia de este primer paso se obtienen dos molculas, las cuales son: el Exn 5 libre y el Intrn-Lazo-Exn 3. En la segunda etapa de corta el Exn que permaneca unido al Intrn-Lazo y se une al Exn 5. En la reaccin de Splicing participan pequeas partculas ribonucleoproteicas, las sn RNP (smoll nuclear RiboNucleoProtenas).
Splicing Alternativo Hay situaciones en las cuales la regin promotora y el sitio de terminacin de la transcripcin son nicos y por lo tanto, siempre se sintetiza el mismo Pre ARNm en todos los tipos celulares. Sin embargo, el Splicing vara en distintos tipos de clulas, el Splicing es Alternativo y esto originar ARNm de diferente ndole. Es decir, ante una misma secuencia de ADN segn el Splicing que se realice en los distintos tipos celulares, se pueden obtener distintos ARN mensajeros. En definitiva, se obtendrn distintas Protenas a partir de una misma secuencia de ADN molde.
Capitulo 16 Metabolismo de protenas Las protenas son los productos finales de la mayora de las rutas de la informacin. Cualquier celula necesita en cada instante miles de protenas diferentes. Estas protenas tienen que ser sintetizadas en respuestas a las necesidades celulares del momento, transportadas (dirigidas) hasta la localizacin celular adecuada y degradadas cuando ya no son necesarias. Comprender la sntesis proteica, el mas complejo de los mecanismos biosinteticos, han sido uno de los mayores retos de la historia de la bioqumica. En las clulas eucariotas, la sntesis proteica requiere la participacin de 70 proteinas ribosmicas diferentes, 20 o mas enzimas para activar los aminocidos precursores, una docena o mas de enzimas auxiliares y otros factores proteicos para el inicio, la elongacin y la terminacin de los polipeptidos; quiz unos 100 enzimas adicionales para la modificacin final de las diferentes protenas y 40 o mas clases de RNA ribosmico y de transferencia. En total casi 300 macromoleculas diferentes tienen que cooperar para sintetizar los polipeptidos. EL PROCESO DE LA TRADUCCIN O SNTESIS PROTEICA La sntesis proteica consiste en la traduccin de la informacin codificada en la secuencia de nucletidos del ARNm, en la secuencia correspondiente de aminocidos en una cadena polipeptdica. La sntesis proteica se lleva a cabo en los RIBOSOMAS y si bien en esencia es un proceso similar en todos los organismos, la maquinaria traduccional es ms compleja en eucariotas. La sntesis proteica incluye las siguientes etapas: 1. ACTIVACIN DE LOS AMINOCIDOS O AMINOACILACIN 2. TRADUCCIN DEL ARNm 1. ACTIVACIN DE LOS AMINOCIDOS Antes de la traduccin cada ARNt se engancha a su aminocido especfico. Esta reaccin de aminoacilacin es catalizada por las enzimas aminoacil ARNt sintetasas. Existen 20 tipos distintos de enzimas, una para cada aminocido. El proceso de aminoacilacin ocurre en dos etapas: a- En la primera fase se utiliza la energa de la hidrlisis del ATP para unir cada aminocido a un AMP, con un enlace de alta energa. Esta reaccin da origen a un complejo intermediario denominado aminoacil- AMP:
Etapa 1 de la aminoacilacin b- Sin abandonar la enzima, se transfiere el aminocido del complejo aminoacil-AMP al ARNt especfico, con lo cual se origina la molcula final: AMINOACIL -ARNt
Etapa 2 de la aminoacilacin En resumen, la aminoacilacin o activacin de los aminocidos tiene dos funciones : 1- proporcionar el primer paso en la traduccin del mensaje gentico a una secuencia de aminocidos ; 2- activar al aminocido antes de incorporarlo a la protena. El enlace entre el ARNt y el aminocido libera al hidrolizarse la energa necesaria para propulsar la formacin del enlace peptdico durante la traduccin. 2. TRADUCCIN El mecanismo por el cual se traduce el mensaje del ARNm puede describirse en tres etapas: Iniciacin Elongacin Terminacin En todas las fases se requiere la presencia de un complejo sistema de protenas citoplasmticas conocidas como factores de iniciacin, factores de elongacin y factores de terminacin respectivamente. Dichos factores son diferentes en procariotas y eucariotas aunque sus funciones son semejantes. INICIACIN DE LA TRADUCCIN En esta etapa se renen los componentes que constituyen el complejo de iniciacin, disparador de la sntesis proteica. El complejo est compuesto por una molcula de ARNm, una subunidad mayor, una subunidad menor, el ARNt iniciador (cargado con metionina en eucariotas y con Nformilmetionina en procariotas) y factores proteicos de iniciacin (IF). Dicho complejo comienza a formarse cuando se acoplan a la subunidad menor el ARNm y el aminoacil ~ARNt iniciador. No est claro cul de las dos molculas se une primero la subunidad menor, pero ambas deben estar presentes antes que la subunidad mayor cierre el complejo originando un ribosoma completo y funcional. La posible secuencia de acontecimientos durante la iniciacin de la traduccin en eucariotas es: 1. El aminoacil~ARNt iniciador se une a la subunidad menor, con gasto de GTP. 2. El ARNm se acopla a la subunidad menor, para lo cual debe ser previamente reconocida la cap y los nucletidos contiguos en el extremo 5' del mensaje. 3. La subunidad menor se desliza sobre el ARNm hasta localizar al codn de iniciacin AUG. Este modelo de seleccin propuesto para eucariotas difiere del modelo de emparejamiento descripto para procariotas, por el cual el acoplamiento de bases codn-anticodn iniciador se producira por un emparejamiento de bases que preceden a AUG del ARNm con el extremo 3'del ARNr de la subunidad menor. 4. Una vez localizado y acoplado el anticodn al codn AUG del mensaje se establece la pauta de lectura correcta para el resto de los codones que contenga la regin codificadora del ARNm.
5. Finalmente se acopla la subunidad mayor, quedando el aminoacil ~ARNt iniciador en el sitio P del ribosoma. Como todas las cadenas polipeptdicas han sido iniciadas por un ARNt iniciador, todas las protenas recin sintetizadas tienen metionina (o N-formilmetionina en bacterias) como residuo amino terminal. En ambos casos la metionina inicial es eliminada por una aminopeptidasa especfica.
Fases de la etapa de iniciacin de la sntesis proteica Cabe destacar que en eucariotas, en cuanto se han reconocido la cap y los nucletidos aledaos que preceden a AUG en el extremo 5' del mensaje, ningn otro codn AUG del ARNm ser utilizado como lugar de iniciacin, por lo tanto de cada molcula de ARNm se sintetiza una sola cadena proteica. Los ARNm eucariotas son monocistrnicos. En procariotas, dado que la secuencia de iniciacin puede aparecer varias veces a lo largo del mensaje, pueden originarse varias cadenas polipeptdicas a partir de un ARNm. La mayora de los ARNm procariotas son policistrnicos. En conclusin, tres clases de interacciones determinan el inicio de la sntesis proteica: Reconocimiento del codn de iniciacin AUG en la subunidad menor del ribosoma Acoplamiento de bases del codn AUG con el ARNt iniciador Acoplamiento de la subunidad mayor del ribosoma cerrando el complejo de iniciacin
Las principales diferencias en la iniciacin de la traduccin en procariotas y eucariotas son: Eucariotas Procariotas Modelo de seleccin: Modelo de emparejamiento: La subunidad menor se desliza sobre el ARNm El acoplamiento de bases codn-anticodn hasta localizar al codn de iniciacin. iniciador se producira por un emparejamiento de bases que preceden a AUG del ARNm con el extremo 3' del ARNr 16S de la subunidad menor. El ARNt iniciador transporta metionina. El ARNt iniciador transporta metionina formilada (N-formilmetionina). Se requiere la presencia de cap en el extremo 5'. No existe cap. La secuencia de iniciacin aparece una vez a lo La secuencia de iniciacin puede aparecer varias largo del mensaje (ARNm monocistrnico). veces a lo largo del mensaje(ARNm policistrnico). Participan factores de iniciacin eIF Participan factores de iniciacin IF (I=iniciacin; (e= eucariota;I=iniciacin;F=factor) especficos de F=factor) especficos de este tipo celular. este tipo celular ELONGACIN DE LA CADENA POLIPEPTDICA El proceso de elongacin o crecimiento de la protena puede resumirse en tres etapas: 6. Una molcula de aminoacil~ARNt ingresa al sitio A vacante del ribosoma (adyacente al sitio P que est ocupado) acoplndose por complementaridad de bases al segundo codn del ARNm expuesto en ese lugar. Esta reaccin requiere la intervencin de un factor de elongacin y GTP. 7. El aminocido iniciador se desacopla del ARNt del sitio P, liberando energa que se utiliza en la formacin del enlace peptdico entre los dos aminocidos alineados (reaccionan el carboxilo del primer aminocido con el grupo amino del segundo aminocido). Esta reaccin es catalizada por una peptidil transferasa integrante de la subunidad mayor. Como consecuencia de esta reaccin el ARNt iniciador del sitio P queda sin aminocido y el dipptido resultante queda enganchado al ARNt del sitio A (peptidil ARNt). 8. El nuevo peptidil ARNt del lugar A es translocado al lugar P cuando el ribosoma se desplaza tres nucletidos a lo largo de la molcula de ARNm. Esta etapa requiere energa y la presencia del un factor de elongacin. Como parte del proceso de translocacin la molcula libre de ARNt que se ha generado en el sitio P se libera del ribosoma, puesto que su lugar pasa a ser ocupado por el peptidil ARNt. As el sitio A, que se halla desocupado, puede aceptar una nueva molcula de aminoacil~ARNt, con lo cual se vuelven a iniciar los pasos anteriormente analizados.
Fases de la etapa de la elongacin de la sntesis proteica Resumiendo, el ciclo de elongacin de la sntesis se caracteriza por: La unin del aminoacil-ARNt (reconocido por el codn) La formacin del enlace peptdico La translocacin del ribosoma TERMINACIN DE LA SNTESIS PROTEICA 9. La finalizacin de la sntesis proteica ocurre ante la llegada, al sitio A del ribosoma, de uno de los tres codones stop o de terminacin: UGA, UAG, UAA. stos son reconocidos por un factor de terminacin. La asociacin del codn stop con dicho factor modifica la actividad de la peptidil transferasa, la que adiciona agua al peptidil - ARNt en lugar de un nuevo aminocido. 10. Como consecuencia de esta reaccin el polipptido se desacopla del ARNt, liberndose en el citoplasma. El ARNm se desacopla del ribosoma y se disocian las dos subunidades, las cuales podrn volverse a ensamblar sobre otra molcula de ARNm reinicindose el proceso de traduccin.
Los acontecimientos que caracterizan a la terminacin de la sntesis son: El reconocimiento del codn stop La disociacin de las subunidades ribosmicas,el ARNm y la cadena polipeptdica. EL COSTO ENERGTICO DE LA SNTESIS PROTEICA La sntesis proteica requiere ms energa que cualquier otro proceso anablico. Para formar cada enlace peptdico se consumen tres enlaces de alta energa: uno en la activacin del aminocido; otro en la unin del aminoacil ~ARNt a la subunidad menor del ribosoma; el tercero en la translocacin del ribosoma. POLIRRIBOSOMAS En cuanto un ribosoma ha traducido una secuencia de aminocidos suficientemente larga como para dejar libre el extremo 5' del ARNm, un nuevo ribosoma puede iniciar la traduccin. Al grupo de ribosomas que traducen simultneamente el mismo mensaje se lo denomina polirribosoma o polisoma. Los ribosomas en esta unidad estructural operan independientemente sintetizando una cadena polipeptdica completa.
Esquema de un polisoma REGULACIN DE LA EXPRESIN GENTICA Regulacin en procariotas: el opern Las clulas procariotas pueden regular de varias formas la cantidad de protenas que van a ser sintetizadas. No obstante se considera que la expresin gnica est regulada principalmente a nivel de la transcripcin. La mayora de los procariotas, tales como Esclerichia coli, estn expuestos a una gran variedad de condiciones en su medio y exhiben una notable capacidad para adaptarse a las mismas, esto es consecuencia de una gran habilidad para regular la expresin de genes especficos que codifican aquellas molculas que responden a los estmulos de su entorno. As, esta capacidad de un organismo para regular la expresin de sus genes incrementa su aptitud para crecer y dejar progenie en cualquier tipo de condiciones ambientales. La sntesis de transcriptos de genes y protenas requiere un considerable gasto de energa. Si se "apaga" la expresin de estos genes (cuando sus productos no son necesarios). Un organismo puede evitar gastar energa o utilizarla en vas metablicas de molculas que maximicen la tasa de crecimiento en su medio circundante. Cules son los mecanismos por los cuales estos organismos regulan la expresin de genes en respuesta a cambios en el ambiente? En bacterias, los genes que codifican para la sntesis de enzimas que participan en una va metablica, se agrupan en el cromosoma en un complejo denominado OPERN. Todos los genes del opern actan como unidades coordinadas mediante un mecanismo de control descripto por primera vez por Jacob y Monod en 1961. Un opern tpico consta de: Genes estructurales :son los genes que codifican para las enzimas de la va metablica. Tienen la particularidad de situarse prximos entre s, de manera tal que son transcriptos en una sola molcula de ARNm policistrnico. Cuando ste se traduce se obtienen las diferentes enzimas de la va metablica. Promotor: como analizramos anteriormente, es la secuencia de nucletidos del ADN en donde se une la ARN polimerasa para iniciar la transcripcin. Operador : es una secuencia de nucletidos que se interpone entre el promotor y los genes estructurales, en donde se inserta una protena reguladora denominada protena represora. La protena represora es codificada por el gen regulador, localizado en una regin distinta del cromosoma bacteriano, aguas arriba del sitio operador.
Esquema de los componentes de un opern
Uno de los ejemplos de opern ms conocido es el opern lac. Este es un conjunto de genes que intervienen en la utilizacin de la lactosa, por parte de la bacteria, como fuente de energa. Las tres enzimas que intervienen en la va de degradacin de la lactosa son: la enzima permeasa , la beta galactosidadsa y la transacetilasa. El opern lac est formado por tres genes estructurales dispuestos en serie(z, y, a). La trasncripcin de estos genes da origen a una molcula de ARNm que codifica para la tres enzimas que participan de la misma va metablica. En ausencia de lactosa el represor se enlaza al operador e impide a la ARN polimerasa insertarse en el sitio promotor con lo cual se interrumpe la transcripcin. El represor ejerce su influencia mediante control negativo, puesto su interaccin con el ADN inhibe la expresin del opern.
El opern lac inhibido En presencia de lactosa, este disacrido se une a la protena represora, provocndole un cambio conformacional e incapacitndola para unirse al ADN del operador. En estas condiciones, se transcriben los genes estructurales, apareciendo en el citosol las enzimas que degradarn a la lactosa. En este ejemplo de opern el represor solo puede unirse al operador en ausencia del inductor.
El opern lac activado El opern lac es un ejemplo de opern inducible, es decir aquel en el cual la presencia de una sustancia especfica (en este caso la lactosa) induce la transcripcin de los genes estructurales. El opern lac tambin se encuentra bajo control positivo. Este efecto se da cuando en el medio hay glucosa, as la bacteria metaboliza este monosacrido ignorando cualquier otra fuente de carbono disponible. Cuanto menor es la concentracin de glucosa en el medio, mayor es la concentracin de AMPc , el cual tiene influencia en el "encendido" del opern lac.
El AMPc acta unindose a una protena fijadora de AMPc denominada CAP (protena activadora de catabolitos). Cuando la concentracin de este complejo es alta (pues el medio contiene poca glucosa), el CAP-AMPc se fija a un sitio especfico del promotor lac, aumentando la afinidad de la regin promotora para la ARN polimerasa, lo que estimula la transcripcin del opern.
Control positivo CAP-AMPc Por lo expuesto concluimos que: Para que se exprese el opern lac deben darse dos condiciones en el medio: que est presente la lactosa y que la concentracin intracelular de glucosa sea baja. Existen otros tipos de operones en bacterias, como por ejemplo el opern triptofano, el que se caracteriza por ser un opern reprimible. El opern triptofano consiste en cinco genes estructurales que codifican para las enzimas involucradas en la biosntesis del aminocido triptofano. Dichos genes se agrupan en una unidad de transcripcin con un solo promotor y un operador. Un gen regulador se localiza fuera del opern y codifica para la sntesis de una protena represora. Esta protena difiere del represor lac en que se sintetiza en forma inactiva siendo incapaz de unirse al operador. En ausencia de triptfano, la ARN polimerasa se une al promotor y transcribe los genes estructurales en un ARNm policistrnico. Esto es posible pues el represor inactivo no logra unirse por si solo al operador.
El opern triptfano activado En presencia de triptfano en el medio circundante, el aminocido (molcula denominada corepresor) se une a la protena represora constituyendo el complejo represor/co-represor. Dicho complejo reconoce a la zona operadora a la que se fija, impidiendo a la ARN polimerasa transcribir los genes estructurales.
El opern triptfano inhibido Con este mecanismo de regulacin la bacteria ahorra energa sintetizando triptfano solamente cuando esta sustancia esencial en su crecimiento, est ausente en el medio ambiente. COMPARACIN ENTRE EL OPERN LAC Y EL OPERN TRIPTFANO OPERN LAC OPERN TRIPTFANO Opern inducible, se expresa en presencia de Opern reprimible, se expresa en ausencia de lactosa. triptfano. La lactosa es el inductor El triptfano es el co-represor El represor se sintetiza en forma activa. El represor se sintetiza en forma inactiva. Acta solo Acta en presencia del co-represor Sus enzima participan en un va catablica Sus enzima participan en una va anablica
REGULACIN EN EUCARIOTAS Las clulas eucariotas presentan estrategias ms complejas que las bacterias para regular la actividad de sus genes. Los organismos eucariotas pluricelulares poseen el mismo genoma en todas sus clulas, sin embargo los distintos tipos celulares se diferencian entre s porque fabrican y acumulan distintos ARNm y por lo tanto distintas protenas. Por qu si el gen para la hemoglobina est presente en el genoma de una clula epitelial, no se encuentra esta protena ni su ARNm en el citoplasma de este tipo celular? Cmo logran las clulas epiteliales mantener "apagado" el gen para la hemoglobina? Para responder a estas preguntas debemos tener en cuenta no solo que el genoma eucariota es ms complejo que el procariota, sino que existen ms niveles en dnde ejercer el control de la expresin gnica. Cada etapa en el flujo de informacin propuesto por el dogma de la biologa molecular: "ADN ARN PROTENAS" puede ser regulada. Si bien los mecanismos ms importantes de control son los que actan a nivel transcripcional, es importante destacar que pueden producirse regulaciones durante el procesamiento o maduracin del ARNm o bien controlando: su pasaje a citoplasma o su supervivencia en el citosol. En algunos casos los controles actan a nivel traduccional o regulando la actividad de la protena. Desarrollaremos particularmente, aquellos mecanismos que operan a nivel transcripcional es decir en el comienzo de la sntesis del ARNm ya que actan sobre las secuencias reguladoras del gen.
Niveles de control de la expresin gnica
BIBLIOGRAFIA:
. BSICA
- Nelson D.; Cox M. Lehninger Principios de Bioqumica. Editorial Omega, S.A.5 Ed. Barcelona Espaa, 2009.
ta
- Laguna, J; Pia Garza E. Bioqumica de Laguna .Editorial El manual ta Moderno,6 Ed. Mxico, D.F.Santaf de Bogot, 2009.
COMPLEMENTARIA
- Campbell, K.; Farrel, O. Bioqumica.4 Ed.Thomson, 2005.
da ta
- Hichs Gmez, Bioqumica.2 .
McGraw Hill, 2007.

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El curso constar de los siguientes elementos:

Algunos de los aminocidos de las protenas

Los componentes de los cidos nucleicos

Algunos de los componentes de los lpidos

Resumiendo un poco queda como

y la ecuacion final es:

Funciones bsica de los aminocidos:

11. 12. 13.

16. 17. 18. 19.

Las protenas globulares tienen estructuras terciarias diversas

flico Residuos glutamato

HOLOENZIMAS = (Enzima completa)

MOLECULAS INORGANICAS (IONES)

Estructura terciaria CLASIFICACIN DE LAS ENZIMAS

Se puede escribir una reaccin enzimtica sencilla como E + S ES EP E + P

Formacin de las dos formas cclicas de la D- glucosa

Enzima que cataliza la reaccin: complejo multienzimtico -cetoglutaratodeshidrogenasa 3 enzima irreversible

Asignatura: BIOQUIMICA Sntesis de ATP

Acetil~SCoA + CO2 + ATP

Sntesis de fragmentos de Okasaki

gen 28S rARN

Gen 18S rARN

Esquema de los componentes de un opern

Niveles de control de la expresin gnica

- Hichs Gmez, Bioqumica.2 .

McGraw Hill, 2007.

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