I.

lOS MATERIALES DE LA CLULA

Las bases de la bioqumica

2 3

Hidratos de Carbono Lpidos Aminocidos y enlace peptdico

4 5 6

Protenas

Nucletidos y cidos nucleicos

1
CONTENIDOS
 Introduccin  Fundamentos qumicos  El agua como principal disolvente biolgico

LAs bAses De lA bioQumicA

OBJETIVOS DEL APRENDIZAJE

 Identificar los tomos que forman parte de la materia biolgica y sus caractersticas  Reconocer las caractersticas que determinan el orden de los elementos qumicos en la tabla peridica  Saber establecer los enlaces entre tomos que forman molculas  Diferenciar las molculas polares y apolares y su capacidad de interaccionar en un medio acuoso  Identificar los grupos funcionales que portan las molculas biolgicas y su reactividad  Conocer el papel del pH en la reactividad de los grupos cido y base  Nombrar los tipos de enlaces de condensacin que se establecen entre las biomolculas y sus niveles de oxidacin-reduccin

 Las reacciones qumicas en la clula  El contexto celular

Este primer captulo rene aquellas nociones bsicas necesarias para entender una materia como la bioqumica. Posiblemente, todos estos conceptos habrn sido estudiados por cualquier lector que comience un curso de estas caractersticas, sin embargo, existe el riesgo de que puedan haber quedado algo olvidados o confusos. Este captulo pretende aclarar y situar en un contexto biolgico aquellos conceptos y fundamentos necesarios para una correcta comprensin de la bioqumica y su aplicacin a las ciencias de la salud. A lo largo del libro se volvern a tratar en mayor profundidad muchos de los puntos descritos en este primer captulo, y en algunos casos, el lector podr volver a l a modo de consulta o repaso.

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INTroDucciN 
El objetivo de la bioqumica es explicar en trminos qumicos las estructuras y las funciones de los seres vivos. Comprender la qumica de las biomolculas es un paso previo para saber qu estructura tienen, cmo interaccionan, y por lo tanto, cul es su funcin biolgica. Este captulo se limita a describir los conceptos fundamentales de la qumica orgnica para poder comprender las caractersticas de los compuestos bioqumicos y su reactividad. Habitualmente, se considera la qumica orgnica como la qumica del carbono y de sus compuestos, aunque tambin se tratan algunos compuestos inorgnicos sencillos como los xidos, los carburos y los carbonatos. Es importante tener en cuenta que la qumica del carbono constituye la base de la qumica de los seres vivos. Hay que conocer bien los elementos qumicos que componen los seres vivos, comprender todos los parmetros necesarios para que se desarrolle la vida, la necesidad de la presencia del agua y del oxgeno, y las caractersticas termodinmicas que definen un sistema biolgico.

FuNDAmeNTos Qumicos 
Nmero atmico (Z): nmero de protones. Nmero msico (A): masa relativa del tomo respecto a la del hidrgeno. Es la suma de neutrones y protones. Antiguamente se denominaba peso atmico. Istopo: tomo de un mismo elemento con diferente nmero de neutrones en su ncleo. Todos los istopos de un mismo elemento tienen el mismo Z. Los istopos pueden ser estables o radiactivos. tomo (del latn, atomus, y tomoV: indivisible). ste del griego, a

La materia est constituida por tomos

La unidad fundamental de la materia es el tomo, una partcula de tamao muy reducido (del orden de 10-8cm), a su vez constituida por subpartculas: protn, neutrn y electrn, cuyos valores de carga y masa se muestran en la tabla 1-1.
Tabla 11. Caractersticas de las partculas atmicas Partcula Electrn Protn Neutrn Carga (culombios) 1,6 10
-19

Masa (gramos) 1,67 10-24 1,67 10-24 9,1 10-28

negativa

1,6 10-19 positiva 0

A: Nmero msico

Nmero msico

1 1

23 11

Na

En condiciones normales, los tomos no presentan carga neta: su nmero de protones y electrones es el mismo. Sin embargo, existen tomos cargados, denominados iones, con una diferencia de carga. Si pierden electrones, los tomos presentarn mayor nmero de protones que de electrones y su carga ser positiva y formarn cationes; y, si los ganan, tendrn mayor nmero de cargas negativas y constituirn aniones. Los protones y neutrones se localizan en el ncleo del tomo, en el que se concentra casi toda la masa. Los electrones se encuentran alrededor de ste en los orbitales atmicos que se describen ms adelante. Cada elemento qumico est formado por un tipo de tomo que se diferencia en el nmero de protones presentes en el ncleo; este nmero atmico (Z) define a cada elemento (Fig. 1-1). Sin embargo, un mismo elemento puede variar en su nmero de neutrones, lo que determina la existencia de los istopos, que son distintas formas atmicas de un mismo elemento que se diferencian en su masa.

Z: Nmero atmico

Nmero atmico

A: N  mero msico: es la suma de neutrones y protones Z: Nmero atmico = N de protones Figura 11. Ejemplo de representacin de dos elementos qumicos de la tabla peridica.

Los orbitales atmicos quedan definidos por losnmeroscunticos Los electrones se localizan en orbitales atmicos, que son las zonas que rodean al ncleo donde existe la mxima probabilidad de encontrar estos electrones. Para cada tomo concreto existe un nmero definido de orbitales que se caracterizan por poseer una determinada energa potencial. Sin profundizar en los clculos matemticos que los determinan, podemos afirmar que cada orbital queda definido por un conjunto de tres nmeros, denominados nmeros cunticos:

CApTulo 1. LAs bAses De lA bioQumicA 5

1. El primero, conocido como nmero cuntico principal (representado por la letra n) describe el tamao y la energa del orbital. A medida que aumenta su tamao, lo hace su energa y su distancia al ncleo. As, existen orbitales 1, 2, 3 2. El segundo (representado con la letra l) se conoce como nmero cuntico azimutal. Representa un subnivel de energa y define la forma geomtrica del orbital (esfrico, lobulado, etc.). Se representan con las letras s, p, d y f. 3. Un tercer nmero, denominado nmero cuntico magntico (ml), define la orientacin en el espacio si se fijan unos ejes de referencia arbitrarios (x, y, z). Por ejemplo, el orbital tipo p, puede ser px, py y pz. Por tanto, estos tres nmeros definen perfectamente los orbitales atmicos respecto a su energa, tamao, forma y orientacin espacial. Los electrones se distribuyen en estos orbitales siguiendo varios principios. En primer lugar, los electrones ocupan inicialmente los niveles de energa ms bajos. Adems, hay que tener en cuenta que cada orbital alberga un mximo de dos electrones. Por ltimo, cuando existen varias posibilidades de localizacin en subniveles de la misma energa, los electrones ocupan subniveles separados, segn el principio de mxima multiplicidad. Por ejemplo, en el caso de los orbi1 1 tales p, si hubiera tres electrones se dispondra uno en cada subnivel: p1 x, py , pz. Teniendo en cuenta esta distribucin, es necesario un cuarto nmero que permita identificar los dos electrones de un mismo orbital: el nmero de spn, que refleja el movimiento de los electrones respecto a un eje imaginario en un campo magntico. Debido a la dificultad de dibujar los orbitales atmicos, se utiliza una aproximacin simplificada de representar la configuracin electrnica a modo de cajas que se irn rellenando de menor a mayor nivel energtico segn el nmero de electrones que tenga el elemento (Fig. 1-2).

Orbitales atmicos: regiones en el espacio donde existe la mayor probabilidad de encontrar electrones. Niveles de energa: los electrones van ocupando los niveles de menor a mayor energa. En cada nivel puede haber ms de un orbital. En cada orbital, definido por los tres nmeros cunticos, solo puede haber un mximo de dos electrones.

1s

2s

2px

2py

2pz

Nivel de energa 2

Nivel de energa 1

Nitrgeno,N 1s22p22p3

Qu determina el orden de los elementos en la tabla peridica?

En la figura 1-3 se muestra una tabla peridica en la que se sealan solamente los elementos qumicos presentes en los seres vivos. La posicin de cada elemento en la tabla revela sus caractersticas. Cada celda de la tabla peridica contiene un elemento identificado con un smbolo, el nmero msico y el nmero atmico. El orden de los elementos en la tabla peridica viene determinado por dos ejes: uno, horizontal (perodos); y otro, vertical (grupos) (Fig. 1-4). Los elementos se ordenan en un perodo, de izquierda a derecha, segn aumenta su nmero de protones y, por lo tanto, de electrones si el tomo es neutro. Al terminar el perodo, se habr completado la ltima capa o nivel de energa de ese perodo, y se comienza a colocar en el siguiente. El ltimo elemento de cada perodo tiene completo su ltimo nivel de energa y se denomina gas noble.

Nivel de energa 2

Nivel de energa 1

Oxgeno, O 1s22p22p4 Figura 12. Configuracin electrnica de los tomos de nitrgeno y oxgeno. Se muestra la forma de los orbitales y la representacin a modo de cajas, as como los niveles de energa que ocupan los electrones.

Los elementos pertenecientes a un mismo grupo tienen el mismo nmero de electrones en la ltima capa (capa de valencia).

Los elementos pertenecientes a un mismo perodo tienen el mismo nivel de energa (n).

Figura 13. Tabla peridica donde se indican los elementos qumicos presentes principalmente en los seres vivos.

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Figura 14. Caractersticas que determinan el orden de los elementos de un perodo y de un grupo dentro de la tabla peridica. A lo largo del perodo, de izquierda a derecha, aumenta el nmero de electrones en la ltima capa hasta completar un nivel de energa. Al descender en un grupo, se aumenta un nivel de energa, pero todos los elementos que pertenecen a un grupo tienen el mismo nmero de electrones en la ltima capa.

Los elementos se combinan y forman molculas

Un elemento es ms estable cuanto ms se aproxima a una configuracin electrnica en que sus orbitales estn completos. Salvo casos excepcionales, los tomos tienden a asociarse formando molculas o agregados atmicos. La unin entre los tomos se establece a travs de enlaces qumicos, y estos nuevos agregados poliatmicos (molculas) se comportan como unidades elementales de nuevas sustancias. A veces se asocian dos tomos iguales (como en la molcula de oxgeno, O2). Las molculas que estn constituidas por tomos de diferentes elementos se denominan compuestos (como, por ejemplo, la molcula de agua, formada por dos tomos de hidrgeno y uno de oxgeno: H2O). La mayor parte de las reacciones qumicas proceden de la formacin y ruptura de enlaces qumicos, por lo que resulta necesario conocer la naturaleza de estos enlaces. La configuracin electrnica de cada elemento es la que va a determinar su reactividad. Los electrones de las ltimas capas, que ocupan los niveles de mayor energa, son los que van a participar en las reacciones qumicas y se conocen como electrones de valencia. Para entender la formacin de los enlaces resulta til la regla del octeto que se basa en el comportamiento qumico de los denominados gases nobles. Estos elementos tienen poca tendencia a reaccionar qumicamente debido a que su configuracin electrnica se caracteriza por tener completa su ltima capa (la capa de los electrones de valencia, que posee ocho electrones, a excepcin del helio, que posee dos). Segn esta regla del octeto postulada por Lewis, los tomos son ms estables cuando consiguen ocho electrones en la capa de valencia. Esto puede representarse de forma sencilla utilizando la notacin de Lewis, mediante el smbolo qumico de cada elemento rodeado por puntos que representan los electrones de valencia (Recuadro 1-1). Antes de estudiar los enlaces hay que definir una propiedad de gran importancia a la hora de explicar su formacin y sus posteriores caractersticas: la electronegatividad, que es la tendencia que tienen los tomos de atraer hacia s el par de electrones compartido. Cuanto mayor sea el nmero de electrones, ms fcil ser completar su ltima capa; por lo tanto, los tomos que tengan ms electrones en su ltima capa son ms electronegativos. En el caso de los elementos presentes en los seres vivos, el oxgeno y el nitrgeno son ms electronegativos que el carbono y el hidrgeno, que poseen una electronegatividad semejante (vase Fig. 14). Cuando los tomos que reaccionan poseen una elevada electronegatividad, el enlace se forma porque ambos elementos comparten sus electrones de valencia hasta completar su ltima capa: este tipo de enlace, denominado enlace covalente, es el que se da principalmente en las molculas biolgicas. En el enlace covalente no hay una transferencia de electrones completa, como ocurre en el enlace inico (Fig. 1-5). De la combinacin de los dos orbitales atmicos surge

La valencia de un determinado elemento qumico se puede definir como su capacidad de combinacin, y es un dgito que indica el nmero de enlaces con que el elemento interviene en el compuesto. Por ejemplo, la valencia del carbono es cuatro, y podr formar cuatro enlaces.

La definir sentan par de

electronegatividad se puede como la tendencia que prelos tomos a atraer hacia s el electrones compartido.

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Recuadro 11. La regla del octeto El mtodo de Lewis permite explicar de forma simple algunos enlaces; postula que los elementos que se sitan prximos a los gases nobles tienen tendencia a captar, ceder o compartir electrones hasta completar los ocho electrones que caracterizan a los gases nobles. Segn esta regla del octeto, los tomos son ms estables cuando consiguen ocho electrones en la capa de valencia -sean pares solitarios o compartidos- mediante un enlace covalente. En cada enlace covalente simple, cada tomo de la unin aporta un electrn; por lo tanto, al dibujar un diagrama o estructura de Lewis, hay que evitar asignar ms de ocho electrones a cada tomo. Sin embargo, hay algunas excepciones. Por ejemplo, el hidrgeno tiene un slo orbital en su capa de valencia, la cual puede aceptar como mximo dos electrones; por eso, solo puede compartir su orbital con un tomo formando un nico enlace. Por otra parte, los tomos no metlicos, a partir del tercer perodo pueden formar octetos expandidos; es decir, pueden contener ms de ocho orbitales en su capa de valencia, por lo general, colocando los orbitales extra en subniveles. Nmero de electrones no apareados (enrojo) 1 2 Nmero de electrones en la capa externa completa 2 8 H O + + + + + H 2H H H O H H H N H H H H C H H S H H H O O P O H O H = = = = = H OH H NH H HH Dihidrgeno Agua

tomo H O

3H

Amonio

4H

H HCH H SH H OH OPOH OH

Metano

2H

Sulfuro de hidrgeno

3H

4 O

cido fosfrico

Figura 15. Representacin de un enlace covalente, donde los electrones de dos tomos que forman el enlace se comparten, y de un enlace inico, donde un electrn se transfiere de un tomo a otro, formando iones.

un orbital molecular que determinar las caractersticas de la unin. Los orbitales moleculares pueden tener menor energa que los orbitales atmicos de partida, lo que lleva a una estabilizacin del sistema que favorece su formacin. Este tipo de orbital estable se conoce como orbital enlazante. O pueden presentar

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mayor energa que los orbitales atmicos de partida, lo que provoca una desestabilizacin. Este tipo de orbitales se denomina orbitales antienlazantes y no favorecen la formacin del enlace. La distribucin especfica de los electrones dentro de una molcula se denomina configuracin electrnica. En condiciones normales, esta distribucin se caracteriza por poseer la mnima energa potencial posible y entonces se dice que la molcula est en su estado basal o fundamental. Pero existen otras alternativas de mayor energa potencial; en este caso, la molcula posee una mayor energa potencial y se dice que se encuentra en un estado excitado.
Orbitales hbridos. La tetravalencia del carbono
La hibridacin sp3 permite al carbono establecer cuatro enlaces covalentes.

Para los elementos del segundo perodo de la tabla peridica, entre los que se encuentran el carbono (C), el nitrgeno (N) y el oxgeno (O), los orbitales s y p de la ltima capa estn tan prximos en su nivel de energa que pueden interaccionar formando orbitales hbridos que combinan caracteres de ambos orbitales. Estos orbitales hbridos consiguen que el elemento forme el mayor nmero de enlaces posible, mientras que mantiene la mayor distancia entre ellos para minimizar las fuerzas de repulsin. Los orbitales hbridos formados por el carbono son los ms estudiados y explican la naturaleza de sus enlaces con otras molculas (Fig. 1-6).
Enlace covalente coordinado o dativo

Un enlace coordinado es un enlace covalente en el que los dos electrones compartidos los aporta el mismo tomo.

En los enlaces covalentes estudiados hasta ahora cada electrn del par de electrones compartido lo aporta uno de los tomos que participa en el enlace. Sin embargo, en algunos casos, el par de electrones compartido procede exclusivamente de uno de los tomos, mientras que el otro aporta un orbital vaco. El resultado es una molcula con carga positiva que procede del tomo que aporta el orbital sin electrones, y, por lo tanto, con mayor nmero de protones. Para que se forme este tipo de enlace, un tomo tienen que tener un par de electrones sin enlace, es decir un par solitario en su nivel ms externo (como ocurre en el oxgeno y el nitrgeno), y el otro debe disponer de un orbital vaco (como en el caso de protn: H+) (Fig. 1-7).

Se produce un dipolo cuando un par de cargas elctricas de la misma magnitud pero opuestas, estn separadas por cierta distancia (generalmente pequea).

Polaridad y enlaces polares

Cuando dos tomos de electronegatividades muy diferentes forman un enlace covalente, los electrones no son compartidos en igual medida por los dos tomos, de forma que sern atrados con ms fuerza por el ms electronegativo. En este caso se forma un enlace covalente polar (Fig. 1-8), en el que el tomo ms

Figura 16. Hibridacin del tomo de carbono. (a) Estructura tetradrica de un tomo de carbono; (b) forma y ngulos de los orbitales hbridos; y (c) configuracin electrnica.

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electronegativo presenta una mayor densidad de carga negativa (representada como d-), mientras que el otro adquiere una densidad de carga positiva (representada como d+) provocada por la ausencia del electrn que neutralizaba la carga positiva del ncleo. El resultado es la formacin de un dipolo, es decir, dos cargas de signo opuesto separadas por una distancia determinada. Este tipo de enlaces va a ser muy importante a la hora de entender las interacciones no covalentes que pueden darse entre diferentes molculas. La molcula de agua presenta enlaces covalentes polares, fundamentales para explicar la solubilidad de las diferentes molculas biolgicas en agua.

Figura 17. Enlace covalente coordinado dativo en la formacin del in amonio.

Los grupos funcionales determinan las interacciones entrebiomolculas Las mltiples posibilidades que tiene el tomo de carbono para formar molculas diferentes viene determinada por la capacidad de formar cuatro enlaces con ngulos muy abiertos, adems de ser enlaces covalentes no polares y, por lo tanto, muy estables. As, las molculas biolgicas pueden formar largas estructuras lineales, ramificadas e incluso cclicas, muy firmes. Sin embargo, debido a que la unin entre carbono e hidrgeno es de naturaleza no polar, ser necesaria para las molculas biolgicas -presentes en un medio polar como el agua- la colaboracin de otros tomos que les permitan formar y romper enlaces, haciendo que estas molculas sean ms reactivas. Una molcula viva o biomolcula debe estar en constante cambio; y as formarn asociaciones muy importantes, bien entre ellas o con el agua, ya que ste es el medio en el que se van a encontrar principalmente. Los elementos qumicos fundamentales en la reactividad de las biomolculas van a ser el O y el N, ambos tomos electronegativos, que harn reaccionar entre s a las molculas que los porten. En las diferentes biomolculas de los seres vivos se encuentran, de forma recurrente, una serie de grupos funcionales. La naturaleza de estos grupos es determinante en el funcionamiento de la molcula biolgica; tanto para el establecimiento de enlaces covalentes entre molculas y la formacin de biopolmeros, o macromolculas, como para la asociacin e interaccin mediante enlaces dbiles entre ellas y con el medio. En el recuadro 1-2 se detallan los principales grupos funcionales presentes en las molculas biolgicas; en el siguiente apartado, donde se van a describir las interacciones dbiles, se dan las claves para reconocer el papel que juegan estos grupos funcionales dentro de las grandes macromolculas celulares y as poder entender su comportamiento biolgico. Las interacciones dbiles determinan la funcin de la molcula
Todo proceso biolgico se produce gracias a las interacciones dbiles establecidas entre molculas. Las molculas deben interaccionar para comenzar una accin, y posteriormente separarse. Tanto la unin y reconocimiento nico entre una enzima y un sustrato, o de un receptor y su ligando, como el proceso de replicacin y transcripcin del DNA, todos ellos son procesos que tienen lugar gracias a una determinada orientacin y unin entre las molculas implicadas. Estas interacciones son dbiles, pero la suma de muchas de ellas en la posicin
dd+ +

Los grupos funcionales son las diferentes asociaciones entre tomos que proporcionan caractersticas funcionales a las molculas.

enlace covalente apolar

enlace covalente polar

enlace inico

Diferencia de electronegatividad

Figura 18. Diferencia de polaridad en los enlaces covalentes e inicos segn la electronegatividad. En un extremo de la escala estn los tomos que forman el enlace apolar con electronegatividades similares; en el otro extremo, el enlace inico con electronegatividades muy diferentes.

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Recuadro 12. Grupos funcionales comunes en bioqumica COMPUESTOS CON HIDRGENO Grupo funcional Aliftico Metilo Alcano Etilo Estructura H RCH H H H RCCH H H H H RCCH H H Fenilo R H COMPUESTOS CON OXGENO Grupo funcional Hidroxilo (alcohol)
C primario

COMPUESTOS CON NITRGENO Naturaleza qumica Grupo funcional primaria Amino No polar secundaria Estructura H RN H RNR H NH RC H O H RCN H Frmula RNH2 RNHR RCHNH RCONH2 Naturaleza qumica Polar (base) Polar (base)

Frmula RCH3

RCH2CH3 RCHCH2 No polar

Imino

Polar (base)

Alqueno

Eteno (Etileno)

Aromtico

Amido RO

Polar

H H

No polar COMPUESTOS CON FSFORO Grupo funcional Naturaleza qumica Polar Polar Polar Polar (cido) No polar Fosforilo Estructura O ROPOH OH Frmula ROPO3H2 Naturaleza qumica Polar (cido)

Estructura ROH O RC H

Frmula ROH RC(O)H RC(O)R RCOOH RCOOR

Aldehdo

Carbonilo

Cetona

C secundario

Carboxilo ster

O RC OH O RCOR

O RCR

COMPUESTOS CON AZUFRE Grupo funcional Sulfhidrilo (Tiol) Sulfurilo (Ac.sulfrico) Estructura RSH Frmula RSH ROSO3H Naturaleza qumica Polar Polar (cido)

O ROSO OH

ENLACES NO COVALENTES DBILES EN EL AGUA PUENTE DE HIDRGENO Hidroxilo Carbonilo Carboxilo (Cualquier cido protonado) H OHO H COH O H INTERACCIN HIDROFBICA

H O H

OH O C H OHOH H H HO RN H H OHO H CNH HOH H

PUENTE SALINO

Amino

R H + O N R C O H

H H HCCH H H Alifticos Aromticos

H O H

Amido

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correcta, har que la unin sea altamente especfica y fuerte, adems de ser vital para la vida en la clula. Las interacciones dbiles pueden ser de naturaleza electrosttica o hidrofbica. Las primeras incluyen los puentes de hidrgeno, los puentes salinos (enlace inico) y las fuerzas de van der Waals.
Puente de hidrgeno

Este tipo de interaccin es de naturaleza relativamente fuerte. Es muy comn entre molculas polares en un medio acuoso, y es la responsable de las mltiples uniones dbiles entre las molculas de agua. Para que se forme un puente de hidrgeno es necesaria la presencia de un tomo de hidrgeno (H) unido covalentemente a un tomo electronegativo (habitualmente el O y N) que, debido a su carga parcial positiva, ser atrado por otro tomo electronegativo presente en una molcula diferente (Fig. 1-9).
Enlace inico o puente salino

En la clula, los iones (por ejemplo, Na+, K+ o Cl-) van a establecer entre s, interacciones de tipo electrosttico (entre cargas opuestas), tambin denominadas puente salino (Fig. 1-10). Adems, aquellos grupos funcionales que se comportan como cidos o bases, es decir, que tengan la capacidad de ceder un protn al medio o de captarlo, van a presentar una carga real (un electrn de ms o de menos del que le corresponde al tomo neutro), lo que les convierte en un in. Los iones, en solucin acuosa, pueden atraerse o repelerse segn la carga que porten. Este tipo de atraccin electrosttica se comportara como un enlace inico, sin embargo, se considera una interaccin dbil, ya que al estar el in en solucin acuosa se encuentra solvatado (rodeado de molculas de agua) reduciendo la fuerza del enlace entre los iones de carga opuesta.

Un puente de hidrgeno se establece cuando un tomo de H, unido covalentemente a un tomo electronegativo, es atrado por un tomo electronegativo de un grupo vecino a una distancia y en una orientacin ptima.

Figura 19. Representacin del enlace o puente de hidrgeno. (a)Entre dos molculas de agua, y (b)entre grupos funcionales. Se indica el tomo aceptor y el donador del puente.

Figura 110. Enlaces inicos en el agua: puente salino. Los cristales inicos del cloruro sdico se disuelven en agua, debido a la capa de solvatacin de molculas de agua que rodea cada in.

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Nombre ter Grupos funcionales Hidroxilo + Hidroxilo Carboxilo + Hidroxilo + sulfhidrilo R1C Reaccin R1OH + OHR2 R1OR2 O + OHR2 O R1COR2

OH + SHR2

O R1CSR2 tioster

ster

P ster fosfrico

Fosforilo + Hidroxilo

O O R1OPOH + OHR2 R1OPOR2 OH OH O O R1OSOH + OHR2 R1OSOR2 O O O O O O R1COH + OHCR2 R1COCR2 O R1COH O O O + OHPOR2 R1COPOR2 OH OH

Sulfurilo + Hidroxilo Carboxilo + Carboxilo Carboxilo + Fosforilo

CC CP Mixto

Anhdridos

PP Fosfoanhdrido

Fosforilo + Fosforilo

O O O O R1OPOH + OHPOR2 R1POPOR2 OH OH OH OH O R1COH + NH2R2 O R1CNR2 H O OR2 C H H O NR2 C H

Amida

Carboxilo + Amina

O Glucosdico N

C anomrico + Hidroxilo

O OH C + OHR2 H O OH C + NH2R2 H

C anomrico + Amina Sulfhidrilo + Sulfhidrilo

Disulfuro

R1SH + HSR2 R1SSR2

Figura 117. Enlaces covalentes comunes en bioqumica.

Otro tipo de reaccin caracterstica que tiene lugar en la clula es aquella en la que se transfiere electrones de un sustrato a otro, son las reacciones denominadas de oxidacin-reduccin o rdox. La mayora de las reacciones que tiene lugar durante el metabolismo celular implican esta transferencia de electrones. Para ello, siempre sern necesario dos reactivos, uno que cede electrones y el otro que los acepta. En las molculas biolgicas, esta transferencia de electrones se realiza habitualmente en forma de tomos de hidrgeno, ya que un tomo de hidrgeno contienen un electrn (H=1e-) donde:  AH2 = donador de electrones (agente reductor, molcula reducida) B = aceptor de electrones (agente oxidante, molcula oxidada) AH2 + BA + BH2

En las biomolculas los procesos rdox de transferencia de electrones tienen lugar en los tomos de carbono. La forma ms reducida de un tomo de carbo-

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no ser la que est saturada con cuatro hidrgenos, como en el metano, mientras que la ms oxidada ser el dixido de carbono. Los niveles de oxidacin del carbono (Fig. 1-18) se pueden evaluar fcilmente contando el nmero de enlaces que establece el carbono con el hidrgeno (estado ms reducido) o con el oxgeno (estado ms oxidado). El poder energtico de las sustancias orgnicas ser mayor cuanto mayor sea el poder de oxidacin (es decir, cuanto ms reducida est la sustancia) por lo que, durante el proceso de oxidacin, se desprender gran cantidad de energa. El metabolismo celular se encarga de transformar y almacenar este contenido energtico de las molculas reducidas que la clula usa como fuente de energa. En la seccin III dedicada al metabolismo se analizarn detalladamente estos procesos de oxidacin-reduccin.

El coNTexTo celulAr 
Los niveles de organizacin molecular de la clula permiten observar que, en el primer nivel o nivel molecular, los componentes celulares son los monmeros o sillares con los que se va a construir la clula. Estos monmeros se asociarn en polmeros mediante reacciones de condensacin, para dar el segundo nivel o nivel macromolecular (Fig 1-19). La asociacin entre diferentes macromolculas formar las estructuras o complejos supramoleculares del tercer nivel, sobre todo mediante interacciones dbiles. Y el ltimo nivel en la jerarqua ser el nivel celular o los orgnulos celulares que delimitan los espacios donde van a tener lugar las diferentes reacciones. La clula ser, por lo tanto, el continente. En una clula eucariota los compartimentos celulares estn claramente diferenciados y sus funciones bien especializadas, por lo que no todas las reacciones qumicas van a transcurrir en cualquier lugar de la clula. Esta especializacin en orgnulos se puede llevar a cabo de forma muy eficiente porque cada orgnulo est delimitado por una membrana celular cuyas caractersticas qumicas permiten una disposicin en forma de bicapa lipdica, lo que separa dos medios hidroflicos. En el captulo 11 se da una visin esquemtica de las funciones de cada orgnulo y los procesos que se llevan a cabo. Por ltimo, un organismo multicelular necesita una observacin a un nivel superior al celular, y este nivel proporciona una visin orgnica sobre cmo transcurren las reacciones bioqumicas en el organismo completo. Aunque los procesos bioqumicos que tienen lugar en la clula son, en muchos casos, idnticos en clulas de diferentes especies, y a lo largo del libro se ha tratado de buscar

Figura 118. Oxidacin y reduccin de los grupos funcionales de inters en bioqumica. A medida que se oxida el carbono se reduce el nmero de H unidos. Se indica en azul el nmero de hidrgenos (electrones) unidos al carbono.

Protena

Figura 119. Niveles de organizacin celular. En este ejemplo el primer nivel est compuesto por los monmeros (aminocidos y nucletidos) que mediante enlaces de condensacin forman protenas y cidos nucleicos, que interaccionan para forma el ribosoma, tercer nivel de organizacin.

20 SecciN I. LOS MATERIALES DE LA CLULA

aquellos puntos que unifican el metabolismo de las clulas eucariotas, en determinados procesos es necesario prestar atencin al sistema u rgano en el que transcurre dicho proceso, pues la especializacin orgnica es un punto fundamental para comprender el funcionamiento metablico del organismo. Por ejemplo, los procesos de sntesis de lpidos no se van a llevar a cabo en cualquier clula, si no que el hgado ser un rgano primordial que tendr las enzimas necesarias para llevar a cabo la sntesis de gran cantidad de estas biomolculas. Aunque la especializacin de los diferentes rganos trasciende al contenido de este libro, se remarcarn aquellos procesos metablicos que se produzcan en un determinado lugar.

CONcepTos clAve
 Cada elemento qumico est formado por un tipo de tomo que se diferencia en el nmero de protones presentes en el ncleo.  Los electrones se localizan en orbitales atmicos, que son las zonas que rodean al ncleo donde existe la mxima probabilidad de encontrar estos electrones.  Un elemento es ms estable cuanto ms se aproxima a una configuracin electrnica en que sus orbitales estn completos.  La unin entre los tomos se establece a travs de enlaces qumicos.  La valencia de un determinado elemento qumico se puede definir como su capacidad de combinacin, y su nmero indica el nmero de enlaces con que el elemento interviene en el compuesto.  La electronegatividad es la tendencia que tienen los tomos a captar electrones para completar su ltima capa.  En los enlaces inicos, los electrones se transfieren de un tomo con pocos electrones en su ltima capa (metal) a otro tomo con la ltima capa casi completa (no metal).  El enlace covalente es el ms comn en las molculas biolgicas; los electrones de las ltimas capas de valencia son compartidos por los tomos que forman el enlace.  Se produce un dipolo cuando un par de cargas elctricas de la misma magnitud pero opuestas, estn separadas por cierta distancia (generalmente pequea).  Los grupos funcionales son las diferentes asociaciones entre tomos que proporcionan caractersticas funcionales a las molculas.  Todo proceso biolgico se produce gracias a las interacciones dbiles establecidas entre molculas.  La naturaleza qumica de la molcula de agua presenta la caracterstica de comportarse como un dipolo.  Existen sustancias que pueden comportarse como cidos y como bases, y se denominan sustancias anfteras.  Los grupos cidos o bsicos van a adoptar una carga negativa o positiva dependiendo del pH de la solucin. El pH de una disolucin es la medida de la concentracin de los protones.  Los tampones son sistemas acuosos que tienden a amortiguar los cambios que se producen en el pH, cuando se aaden pequeas cantidades de cido (H+) o de base (OH-).  La gran mayora de las reacciones que tienen lugar en la clula son reacciones reversibles y, por lo tanto, tienden a alcanzar el equilibrio qumico.  En el equilibrio, la relacin de las concentraciones de productos y reactivos es constante (Keq). Pero esto no quiere decir que dichas concentraciones sean iguales.  La presencia de grupos funcionales en las biomolculas proporciona sitios reactivos, donde dichas molculas van a unirse a otras o a reaccionar y transformarse.  El primer nivel de organizacin molecular de la clula lo constituyen los monmeros, que se asocian en polmeros en un segundo nivel macromolecular mediante reacciones de condensacin.  La asociacin entre diferentes macromolculas formar las estructuras o complejos supramoleculares del tercer nivel, sobre todo mediante interacciones dbiles, y el ltimo nivel en la jerarqua ser el nivel celular o los orgnulos celulares que delimitan los espacios donde van a tener lugar las diferentes reacciones.

CApTulo 1. LAs bAses De lA bioQumicA 21

Ejercicios 
1-1 A partir de la siguiente molcula, indique: a) Los grupos funcionales. b) La naturaleza qumica. c) Si existe algn enlace covalente de condensacin. d) El tipo de interaccin dbil que puede formar. e) Un producto de oxidacin y otro de reduccin del carbono 1.
1 2

H OH H H H O HCCCCCCOPO O OH H OH OH H O SoluciN H OH H H H O HCCCCCCOPO O OH H OH OH H O

1 2

a)

aldehdo

hidroxilos

fosforilo

b)  Todos los grupos indicados son polares. El grupo fosforilo, adems, presenta carga negativa a pH fisiolgico, por su carcter cido. c)  Enlace de condensacin el enlace ster fosfrico: H OH H H H OO 1 2 HCCCCCCOPO-RCH2OH+HOPO O OH H OH OH H O O d)  Puente de hidrgeno con los grupos OH y CO y puente salino con las cargas negativas del grupo fosforilo e) Oxidacin: RCOOH Reduccin: RCH2OH 1-2 Qu tienen en comn los elementos de un mismo grupo y de un mismo perodo? 1-3 Qu partcula atmica determina que un elemento pueda reaccionar con otro? 1-4 Qu grupos funcionales de los que estn presentes en las biomolculas se comportan como cido o como base? 1-5 Una las siguientes molculas mediante un enlace covalente tipo amida NH2CH2COOH+CH3CH2COOH 1-6 A partir de la molcula que ha construido en la pregunta anterior, indique el tipo de interaccin dbil que puede establecer con el agua a pH fisiolgico.

PREGUNTAS DE AUTOEVALUACIN 
1-1 Cul de los siguientes grupos funcionales estn ordenados de ms oxidados a ms reducidos? a) Hidroxilo-carbonilo-metilo- carboxilo. b) Carboxilo-carbonilo-hidroxilo-metilo. C) Carbonilo-carboxilo-hidroxilo-metilo. d) Metilo-hidroxilo-carbonilo-carboxilo. 1-2 Cuando una reaccin qumica alcanza el equilibrio: a) La velocidad de formacin de productos es mayor que la de reactivos. b) La concentracin de productos y reactivos es siempre la misma. c) La relacin entre las concentraciones de productos y reactivos es constante. d) a y c son ciertas. 1-3 Una reaccin exergnica: a) Es siempre espontnea. b) Se hace a una gran velocidad. c) Es siempre exotrmica. d) Todas son correctas. 1-4 Una reaccin de condensacin entre un grupo carboxilo y un hidroxilo es un enlace: a) Amina. b) Amida. c) Fosfoster. d) ster. 1-5 Entre un grupo carboxilo y un catin en disolucin acuosa se establece: a) Interacciones hidrofbicas. b) Puente salino. c) Puente de hidrgeno. d) Enlaces ster. 1-6 Indique cul de las siguientes interacciones no se considera una interaccin no covalente:

22 SecciN I. LOS MATERIALES DE LA CLULA

a) b) c) d) Puentes de hidrgeno. Interacciones hidrofbicas. Interacciones inicas. Enlaces carbono-carbono. 1-9 Indique cul de las siguientes afirmaciones sobre los tampones es cierta: a) Un tampn formado por un cido dbil con un pKa=5 es ms fuerte a pH 4,0 que a pH 6,0. b) El pH de una disolucin tamponada permanece constante con independencia de la cantidad de cido o base que se aada a dicha disolucin. c) Cuando el pH=pKa, las concentraciones del cido dbil y de su base conjugada en el tampn son iguales. d) Para un valor de pH por debajo del pKa, la concentracin de la base conjugada es mayor que la del cido dbil. 1-10 Qu pareja de grupos funcionales pueden establecer puentes de hidrgeno entre s? a) Amina-hidroxilo. b) Metilo-etilo. c) Carboxilo-Metilo. d) Hidroxilo-fenilo.

1-7 Indique cul de los siguientes elementos no se encuentra entre los cuatro ms abundantes en los organismos vivos: a) Carbono. b) Hidrgeno. c) Nitrgeno. d) Fsforo. 1-8 Un in hidronio: a) Su estructura es H3O+. b) Es la forma habitual de uno de los productos de disociacin del agua en disolucin. c) Es un in de hidrgeno hidratado. d) Todas las anteriores son ciertas.