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Cristallographie Gomtrique
1. Rseau ponctuel
Nud range maille Nud, range, maille
2. Symtrie des rseaux ponctuels
7 systmes cristallins, 14 rseaux de Bravais
32 groupes ponctuels de symtrie
3. lments de symtrie spatiale
4. Groupes despace
230 groupes despace
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
g p p
Tables Internationales de Cristallographie
5. Plans rticulaires
6. Le rseau rciproque
Reprsentations des groupes spatiaux
Les Tables Internationales de cristallographie. Volume A
Pour chaque groupe despace,
Une ou plusieurs projections orthogonales dune
maille " lchelle".
Reprsenter les positions et les orientations des
lments de symtrie dans la maille.
Reprsenter les positions quivalentes dans la maille.
Unit asymtrique
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
Les positions quivalentes dans la maille
Reprsentation matricielle des oprateurs de
symtrie
Les origines possibles dans une maille
2
Cristallographie gomtrique
Reprsentations matricielles des oprateurs
de symtrie
|
|
|
.
|

\
|
+
|
|
|
.
|

\
|
|
|
|
.
|

\
|
=
|
|
|
.
|

\
|
3
2
1
33 32 31
23 22 21
13 12 11
'
'
'
T
T
T
z
y
x
R R R
R R R
R R R
z
y
x
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
T X R X + = '
P2
1
Positions quivalentes
) , , ( ); , , (
2
1
z y x z y x +
|
|

|
|
|

|
|
|

|
|
|

|
0 0 0 1 x x
|
|
|

|
+
|
|
|

|
|
|
|

|
=
|
|
|

|
+ 2 / 1
0
0 1 0
0 0 1
2 / 1 y
x
y
x
|
|
|
.

\
+
|
|
|
.

\
|
|
|
.

\
=
|
|
|
.

\
0
0
1 0 0
0 1 0
z
y
z
y
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
|
|
.

\
+
|
|
.

\
|
|
.

\
|
|
.

\
+
0
2 / 1
1 0 0
0 1 0 2 / 1
z
y
z
y
3
Les positions quivalentes
Pour un groupe despace donn, n
oprateurs de symtrie oprateurs de symtrie.
Notation C
s
: (R
s
,T
s
), (s=1,n)
Chaque point de lunit asymtrique a n
quivalents dans la maille
T R +

Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
S
j
S
js T r R r + =
Reprsentations des groupes spatiaux
Les Tables Internationales de cristallographie. Volume A
Pour chaque groupe despace,
Une ou plusieurs projections orthogonales dune
maille " lchelle".
Reprsenter les positions et les orientations des
lments de symtrie dans la maille.
Reprsenter les positions quivalentes dans la maille.
Unit asymtrique
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
Les positions quivalentes dans la maille
Les origines possibles dans une maille
4
Les origines autorises dans un groupe despace donn
deux origines sont quivalentes si elles ont la mme position relative par rapport aux
lments de symtrie du groupe d'espace.
Elles dcrivent le mme environnement gomtrique. Elles dcrivent le mme environnement gomtrique.
Origine O. oprateurs (C
s
: (R
s
,T
s
), (s=1,n))
Origine O

.
Coordonnes X
0
par rapport O
oprateurs (C

s
: (R

s
,T

s
); s=1,n)
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Pour s=1,n
R

s
=R
s
T

s
=T
s
+(R
s
- I) X
0
Les origines autorises dans un groupe despace donn
Oprateurs de symtrie ((R
s
,T
s
), s=1,n)
Pour une maille P :
O et O

sont 2 origines quivalentes pour le groupe


despace si et seulement si :
Pour s=1,n
m xo
| | | |
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| | Z l n m avec
l
n
m
z
y
x
I R
o
o
o
s e
|
|
|
.
|

\
|
=
|
|
|
.
|

\
|
) , , (
5
Les origines autorises groupe despace P2
1
Positions quivalentes
R -I
) , , ( ); , , (
2
1
z y x z y x +
R
s
I
|
|
|
.
|

\
|
2 0 0
0 0 0
0 0 2
|
|
|
.
|

\
|
0 0 0
0 0 0
0 0 0
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
Autres Origines possibles
( ) 2 / 1 0 , , 2 / 1 0 y
Groupe d'espace P2
Origines quivalentes
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P. Evans, A. McCoy, Acta Cryst.(2008) D64, 1-10
6
Groupe despace dun cristal
Comment est-il dtermin ?
A partir des clichs de diffraction (travail dans lespace rciproque) :
1. A partir des positions gomtriques des rflexions
Dterminationde la maille rduite Dtermination de la maille rduite
Identification et Choix dune "maille de plus haute
symtrie possible"
2. A partir des intensits des rflexions
Dtermination des lments de symtrie non
translatoires
3. A partir des extinctions systmatiques
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Dtermination des lments de symtrie spatial
4. R-indexation ventuelle pour se conformer aux conventions
des tables internationales
Voir Chapitre 5 du cours.
Exemple de dtermination de groupe despace
Pour un espace complet et redondant de diffraction pour
une forme cristalline donne :
1 A partir des positions gomtriques des rflexions 1. A partir des positions gomtriques des rflexions
a,b,c,o=|==90
2. A partir des intensits des rflexions
3 axes dordre 2 systme orthorhombique
3. A partir des extinctions systmatiques
2 axes 2
1
selon b et c 1 axe 2 selon a
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
2 axes 2
1
selon b et c, 1 axe 2 selon a
4. R-indexation pour se conformer au conventions
des tables
P22
1
2
1
en P2
1
2
1
2 (convention internationale)
7
Cristallographie Gomtrique
1. Rseau ponctuel
2 Symtrie des rseaux ponctuels 2. Symtrie des rseaux ponctuels
3. lments de symtrie spatiale
4. Groupes despace
5. Plans rticulaires
Dfinitions
Proprits
Indices de Miller
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
6. Le rseau rciproque
Plans rticulaires
Autre manire de dcrire un rseau ponctuel
Un plan rticulaire est dfini par 3 noeuds quelconques
non aligns
d i b i i i
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
Proprit 1 :
Etant donn plan P et un noeud N quelconque,
il existe un plan P parallle P contenant N.
ReproductionULP Strasbourg. AutorisationCFC-Paris
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Plans rticulaires
Autre manire de dcrire un rseau ponctuel
Un plan rticulaire est dfini par 3 noeuds quelconques non aligns
Proprit 1 :
Etant donn plan P et un noeud N quelconque il existe un plan P Etant donn plan P et un noeud N quelconque, il existe un plan P
parallle P contenant N.
Famille de plans:
Ensemble de plans parallles
tout noeud du rseau appartient un plan de la famille
chaque famille de plans dfinit compltement un rseaudonn
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
chaque famille de plans dfinit compltement un rseau donn
Plans quidistants, caractriss par une distance inter-rticulaire
Il y a une mme densit de noeuds dans chaque plan dune famille
Il existe une infinit de manire de choisir des plans rticulaires dans
un rseau
Plans rticulaires
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
ReproductionULP Strasbourg. AutorisationCFC-Paris
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Plans rticulaires
Proprit 1 : p
Etant donn Plan P et un noeud N quelconque, il existe un
plan P // P contenant N.
Proprit 2 :
Etant donn une famille de plans rticulaires P, il existe
3 noeuds NQR (1 sur chaque axe) tel que le plan NQR
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
3 noeuds NQR (1 sur chaque axe), tel que le plan NQR
appartienne la famille de plans P
(sauf si la famille de plans est parallle un axe gnrateur du
rseau).
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
Drenth, 1999.ReproductionULP Strasbourg. AutorisationCFC-Paris
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Plans rticulaires.
Plan rationnel :
Les Abscisses des intersections de ce plan avec les axes du
rseau sont des multiples des paramtres de maille
S it l t l d ( 0 0) (0 0) (0 0 ) Soit plan passant par les noeuds (p,0,0) (0,q,0) (0,0,r)
Supposons (p q r) premiers entre eux et m=pqr
Lquation de ce plan :
En coordonnes rduites ou fractionnaires :
1 = + +
rc
Z
qb
Y
pa
X
z y x
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eux entre premiers l k, h, avec
1
m lz ky hx
pqr pqz pry qrx
r
z
q
y
p
x
= + +
= + + = + +
Plans rticulaires.
Gnralisation :
= + + m lz ky hx
Lquation dcrit une famille de plan P
m
parallles et quidistants
(avec hkl premiers entre eux)
Si h k l non premiers entre eux, on peut toujours trouver hkl
premier entre eux et dcrivant la mme famille de plans que hkl
hkl indices de Miller de la famille de plans, caractrisent
lt t l f ill d l
+ de variant m avec
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compltement la famille de plans
Notation (hkl)
une famille de plan
un plan
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Plans rticulaires.
Plan P
1
: hx+ky+lz=1 (1er plan partir de lorigine)
+ = + + de variant m avec m lz ky hx Plans de Famille
Le plan P
1
coupe les axes en 1/h,1/k,1/l (coordonnes fractionnaires)
Plan P
m
: hx+ky+lz=m
Le plan P
m
coupe les axes en m/h, m/k, m/l (coordonnes
fractionnaires)
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
La distance du plan P
m
lorigine =m fois la distance du plan P
1

lorigine
m ppcm de h k l, le plan P
m
est le premier plan rationnel de cette famille
partir de lorigine
Plans rticulaires.
Famille de plans hx+ky+lz=m
Plan P
1
: hx+ky+lz=1 (1er plan partir de lorigine)
Plan P
m
: hx+ky+lz=m
m
y
La famille de plans (hkl) coupe a en h plans, b en k plans et c
en l plans
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
Drenth, 1999.ReproductionULP Strasbourg. AutorisationCFC-Paris
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Plans rticulaires.
Dtermination des indices de Miller dune famille de plan
Pour une famille de plans donne,
Pour le premier plan partir de l'origine
OC
c
OB
b
OA
a
= = = l k h
OC
OB
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Indice de Miller dun plan
Exemple :
Intersections dun plan avec les axes (a/2,b/1,c/3) Indices de
Miller (213)
OA
Hammon1997, IUCR.
ReproductionULP Strasbourg. AutorisationCFC-Paris
Plans rticulaires.
Familles de plans particulires
Plans parallles lun des axes de la maille
(0kl) (h0l) (hk0)
faces de la maille : (100) (010) (001) faces de la maille : (100) (010) (001)
Plans en zone
Familles de plans rticulaires parallles une mme range [uvw].
[uvw] axe de zone
Forme de plans
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
Forme de plans
Famille de plans relis par une opration de symtrie du rseau
Notation {hkl}
Exemple rseau cubique
forme {100}: plans (100) (010) (001)
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(001)
[001]
c
(010)
(001)
[010]
b
(010)
(010)
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2 [100]
a
(100)
Eisenberg, Crothers. Physical Chemistry, 1979.
ReproductionULP Strasbourg. AutorisationCFC-Paris
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
ReproductionULP Strasbourg. AutorisationCFC-Paris
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Plans rticulaires
Familles de plans particulires
Plans parallles lun des axes de la maille
(0kl) (h0l) (hk0)
faces de la maille : (100) (010) (001) faces de la maille : (100) (010) (001)
Plans en zone
Familles de plans rticulaires parallles une mme range [uvw].
[uvw] axe de zone
Forme de plans
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
Forme de plans
Famille de plans relis par une opration de symtrie du rseau
Notation {hkl}
Exemple rseau cubique
forme {100}: plans (100) (010) (001)
Plans rticulaires
Indices hexagonaux
Existence dun axe d, dans plan (a,b) quivalent a et b p ( ) q
indice i le long de d, avec i =-(h+k)
Notation (hkil)
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Giacovazzo.ReproductionULP Strasbourg. AutorisationCFC-Paris
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Facis des cristaux
Le facis (forme extrieure dun cristal) est domin par les faces dont la
vitesse de croissance est la plus lente
Les faces parallles des familles de plans rticulaires faibles indices
de Miller
sont les plus peuples (denses)
croissent le plus lentement
apparaissent les premires lors de la croissance cristalline
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
Facis des cristaux
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
Vainshtein. ModernCrystallographyI
ReproductionULP Strasbourg. AutorisationCFC-Paris
16
Ren Hay (1743-1822). "Notion de molcule intgrante"
NumrisationGoogle
ReproductionUDSStrasbourg.
AutorisationCFC-Paris
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
http://reference.iucr.org/dictionary/
IUCR OnlineDictionaryof crystallography
ReproductionULP Strasbourg. AutorisationCFC-Paris
http://www.utc.fr/~tthomass/Manif/RayonX/images/5hauy.gif
Reproduction ULP Strasbourg. Autorisation CFC-Paris
Cristallographie Gomtrique
1. Rseau ponctuel
2 Symtrie des rseaux ponctuels 2. Symtrie des rseaux ponctuels
3. lments de symtrie spatiale
4. Groupes despace
5. Plans rticulaires
6. Le rseau rciproque
Dfinitions
Proprits
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
p
Quelques formules
Intrt
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Le rseau rciproque
Rseau direct
Rseau rciproque
| o , , , , , : , , c b a c b a

Vrifiant les relations :


* *, *, *, *, *, : * *, *, | o c b a c b a

0 . 1 . 0 .
0 . 0 . 1 .
* * *
* * *
= = =
= = =
c b b b a b
c a b a a a


Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
1 . 0 . 0 .
* * *
= = = c c b c a c


) , ( plan * ) , ( plan * ) , ( plan * b a c c a b c b a


Le rseau rciproque
Proprit 1 :
Tout plan (hkl) du rseau direct est perpendiculaire la
range [hkl] du rseau rciproque
*
] [ ) ( hkl hkl
Proprit 2 :
La distance interrticulaire d
hkl
d'une famille de plans (hkl)
est gale l'inverse de la longueur du vecteur rciproque
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
g g p q
*
hkl
r

* * * *
*
1
c l b k a h r
r
d
hkl
hkl
hkl

+ + =
=
18
Le rseau rciproque
P t i
*
] [ ) ( hkl hkl
*
1
hkl
hkl
r
d

=
Par symtrie
] [ ) (
*
hkl hkl
hkl
hkl
r
d

1
*
=
Applications : Construction du rseau rciproque partir des familles
de plans du rseau direct :
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
) 001 ( ] 001 [ ) 010 ( ] 010 [ ) 100 ( ] 100 [
* * *

) 001 (
*
001
*
) 010 (
*
010
*
) 100 (
*
100
*
1 1 1
d
r c
d
r b
d
r a = = = = = =


) 010 ( ] 010 [
) 100 ( ] 100 [
*
*

) 001 ( ] 001 [
*

*
) 100 (
*
100
1
a
d
r

= =
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
Stout, J ensen, 1989. ReproductionULP Strasbourg. AutorisationCFC-Paris
*
) 001 (
*
001
*
) 010 (
*
010
1
1
c
d
r
b
d
r

= =
= =
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Le rseau rciproque et le rseau direct
Le rseau rciproque et le rseau direct ont mme
symtrie
Le rseau rciproque du rseau rciproque est le Le rseau rciproque du rseau rciproque est le
rseau direct
) ( .
) (
) ( .
) (
) ( .
) (
* * *
c b a
b a
c
c b a
a c
b
c b a
c b
a

A
A
A
A
A
A
= = =
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
) ( .
) (
) ( .
) (
) ( .
) (
* * *
* *
* * *
* *
* * *
* *
c b a
b a
c
c b a
a c
b
c b a
c b
a

A
A
A
A
A
A
= = =
) , , det( ) ( . c b a c b a

= A
Le rseau rciproque et le rseau direct
* * *
* * *
* * *
*
i i
sin sin
c b a
abc
V
c b
a
V
c b
a
| |
o o
= =
* * *
* * *
* * *
*
*
sin sin
sin sin
c b a
abc
c b a
abc
V
b a
c
V
b a
c
V
a c
b
V
a c
b

| |
= =
= =
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
| o | o cos cos cos 2 cos cos cos 1 v
2 2 2
+ = abc
* * * * 2 * 2 * 2 * * * *
cos cos cos 2 cos cos cos 1 v | o | o + = c b a
1 V V
*
=
20
Le rseau rciproque et le rseau direct
|
o |
o
sin sin
cos cos cos
cos
*

=
* *
* * *
sin sin
cos cos cos
cos
|
o |
o

=
| o
| o

o
| o
|
|
sin sin
cos cos cos
cos
sin sin
cos cos cos
cos
sin sin
*
*

=
* *
* * *
* *
* * *
sin sin
cos cos cos
cos
sin sin
cos cos cos
cos
sin sin
| o
| o

o
| o
|
|

=
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
* 2 2 2
sin sin sin cos cos cos 2 cos cos cos 1 o | | o | o = +
Le rseau rciproque et le rseau direct
Diffraction des rayons X par un monocristal
Le rseau rciproque Le rseau rciproque
quations de Laue
Le lieu gomtrique des rflexions
Mthode doscillation : Clichs de diffraction
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
Projections dformes du rseau rciproque
"pondr"
21
Cristallographie Gomtrique. Bibliographie
http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~mgsb/biophys/M1S1RX_200809.html
Quelques liens
Quelques livres
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
Les fondamentaux tudis
Un cristal : sa constitution et son organisation.
Chapitre 1 : Cristallographie Gomtrique
Comment on obtient un cristal.
Chapitre 2 : cristallogense
Ce que lon observe lors de lexprience de diffraction des rayons X par un Ce que l on observe lors de l exprience de diffraction des rayons X par un
monocristal.
Chapitre 3 : Diffraction des rayons X par des monocristaux
Comment on collecte les donnes de diffraction.
Chapitre 4 : Mthodes de collecte des donnes de diffraction
Comment on dtermine la phase de chaque rflexion.
Chapitre 5 : Dtermination des phases
Comment on interprte en terme de positions atomiques les cartes de densit
Cristallographie Biologique. 2008/2009, Chap. 2
p p q
lectronique.
Chapitre 6 : Interprtation et amlioration des cartes de densit
lectronique
Comment on amliore les structures construites.
Chapitre 7 : Affinement des structures 3D
Comment on sassure de la qualit et de la justesse dune structure.
Chapitre 8 : Critres de validation des structures

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