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Aminocidos, Peptdeos e Aminocidos Protenas

Prof. Dr. Andr Lus Bacelar Silva Barreiros

Definio

Aminocidos cidos -amino-carboxlicos

Protenas e Peptdeos so polmeros de aminocidos ligados por uma ligao amida


Ligao amida

Aminocidos

20 aminocidos utilizados na biossintese de protenas Alguns g aminocidos encontrados em p protenas so resultado de modificao aps a imcorporao cadeia nucleotdica 300 aminocidos no proticos p

Aminocidos

Numerao da cadeia

Lisina

Arginina g

Aminocidos

Estereoqumica Naturais L

L-gliceraldedo

D-gliceraldedo

L-alanina

D-alanina

Aminocidos

Notao D e L indica configurao no C-

(S)-(-)-alanina ) ( ) alanina L-alanina

(R)-(+)-alanina ) (+) alanina D-alanina

Frmula de projeo de Fischer

Modelo de bola e vareta

(S)-(-)-alanina L-alanina

(R)-(+)-alanina D-alanina

Frmula em Perspectiva

Aminocidos

Cadeia lateral hidrocarboneto aliftico

Gli i Glicina

Alanina Valina

Leucina

Isoleucina

Aminocidos

Cadeia lateral benznica

Fenilalanina Tirosina

Aminocidos

Cadeia lateral lcool

Serina Treonina

Aminocidos

Cadeia lateral cido carboxlico

Aspartato Glutamato

Aminocidos

Cadeia lateral amida

Asparagina Glutamina

Aminocidos

Cadeia lateral heterocclica

Prolina

Histidina Triptofano

Aminocidos

Cadeia lateral amina

Lisina Arginina

Aminocidos

Cadeia lateral com enxofre (tio-compostos)

Cistena

Metionina

Aminocidos - Polaridade

Apolares

Glicina

Alanina

Valina

Leucina

Prolina

Fenilalanina

Triptofano

Metionina

Isoleucina

Aminocidos - Polaridade

Polares Neutros

Serina Treonina Asparagina Glutamina

Tirosina

Histidina

Cistena

Aminocidos - Polaridade

Polares Carregados

Aspartato Glutamato Lisina Arginina

Aminocidos Modificados

Proteicos por modificao estrutural aps incorporao

5 hid i hi tidi 5-hidroxi-histidina 4-hidroxi-prolina

P Protenas do d colgeno l Protenas da parede celular

Aminocidos Modificados
6-N-metil-lisina

Mi i Miosina

Protrombina

-carboxi-glutamato

Aminocidos Modificados

Elastina

Desmosina (4 unidades de Lisina)

Aminocidos Modificados

Selenocistena

Glutationa (GSH)

2GS + H2O2 2GSH

GSH p peroxidase
+

GSSG + 2H2O 2GSH + NADP+

GSSG + NADPH + H Resumindo:

GSH redutase

H2O2 + NADPH + H+

GSH

2H2O + NADP +

Glutationa Redutase (GR)

Aminocidos no proticos

Exercem outras funes sem constituir protenas


Ex.: Ornitina e Citrulina so intermediarios na biossntese da Arginina

Ornitina

Citrulina

Aminocidos Essenciais

No temos a capacidade de sintetiza-los No sintetizamos em q quantidade suficiente 10 aminocidos essenciais:


Valina, Leucina, Isoleucina, Treonina, Metionina, Lisina, Triptofano, Fenilalanina, Histidina e Arginina

Histidina e Arginina s so essenciais na infncia N Necessitamos i obte-los b l da d dieta di de d protenas diferentes dif

Aminocidos Essenciais

Valina

Cottage

Peixe

Lentilha

Frango

A Amendoim d i

G Gergelim li

Aminocidos Essenciais

Leucina

Protena de soja

Amendoim

Tof

A d Amndoas

F ij Feijo

Aminocidos Essenciais

Isoleucina

Ovos

Frango g

Per

Protena de soja

Algas marinhas

Queijo

Aminocidos Essenciais

Treonina

Cottage g

Carne

Gergelim

Peixe Aves domsticas

Lentilha

Aminocidos Essenciais

Metionina

Gergelim

Protena de soja Aveia

Castanha do Par Castanha-do-Par Germem de trigo

Amendoim

Aminocidos Essenciais

Lisina

Carne

Protena de soja

Ovos

Feijo

Lentilha

Aminocidos Essenciais

Triptofano

Clara de ovos

Bacalhau

Soja

Queijo Parmeso

Aminocidos Essenciais

Fenilalanina

Protena de soja j

Peixe

Amendoim Clara de ovos

Tof

Aminocidos Semi-Essenciais Semi Essenciais


Histidina

Aves domsticas Laticnios

Trigo

Arroz

Aminocidos Semi-Essenciais Semi Essenciais


Arginina

Aves domsticas Porco Laticnios Carne Amendoim

Granola

Abreviaturas Polaridade e Ocorrncia Abreviaturas,

Propriedades cido-Base cido Base


Em pH fisiolgico os aminocidos existem como ons dipolares

impossvel um aminocido existir na forma neutra

Forma neutra

Zwitterion

Propriedades cido-Base cido Base


Curva de titulao

Glicina

Ponto Isoeltrico

pI = pK1 + pK2 2

pH onde carga = 0

Propriedades cido-Base cido Base


Ponto Isoeltrico

Al i Alanina

Propriedades cido-Base cido Base


Comparao com cidos carboxlicos e aminas

Propriedades cido-Base cido Base


Cadeia lateral ionizvel

Hi tidi Histidina

pH = 0

pH = 3

pH = 7

pH = 12

Glutamato

Propriedades cido-Base cido Base


Curva de titulao
Histidina

Propriedades cido-Base cido Base


Curva de titulao
Glutamato

Propriedades cido-Base cido Base


Ponto Isoeltrico

Lisina

Glutamato

Propriedades cido-Base cido Base

Separao de Aminocidos

Eletroforese Separa por pI


pI > pH positivo migra para o ctodo pI < pH negativo migra pro nodo M > migra mais lentamente

Separao de Aminocidos

Forma de deteco

nindrina

aminocido

produto violeta

Separao de Aminocidos

Cromatografia em papel Separa por polaridade


Apolares arrastados pela fase mvel Polares retidos pelo papel (polar) CCD usa placa recoberta com fase estacionria
Aminocido menos polar p

Aminocido mais polar Oi Origem

Separao de Aminocidos

Cromatografia de Troca Inica Separa por afinidade Resina de troca Catinica


Retm positivos

Resina de troca Aninica


Retm negativos

Fase mvel = Tampo

Separao de Aminocidos

Resina Trocadora de Ctions

Separao de Aminocidos

Resina Trocadora de nions


CH2N+(CH3)3ClCH2N+(CH3)3ClCH2N+(CH3)3Cl

CH2N+(CH3)3Cl-

CH2N+(CH3)3Cl-

Separao de Aminocidos

Separao de Aminocidos

Cromatograma obtido num analisador automtico

Separao de Aminocidos

Deteco e Quantificao por UV/VIS

Separao de Aminocidos

Deteco e Quantificao por UV/VIS


Aminocidos aromticos direta UV Outros aminocidos - nindrina

Produto violeta max = 570 nm

Sntese de Aminocidos

Substituio do H- por Br (Hell-Volhard-Zelinski) Reao SN2 com NH3


O 1) Br2, PBr3 2) H2O B Br O RCHCOH NH3 excesso O RCHCO NH3
+ -

RCH2COH

+ NH4 Br

Sntese de Aminocidos

Mecanismo da reao de Hell-Volhard-Zelinski

cido carboxlico

Brometo de acila

Enol

cido -bromocarboxlico

Sntese de Aminocidos

Aminao redutiva de -cetocidos


O R C C OH O NH3 excesso H2/Ni Raney O R CH C O NH3
+ +

+ NH4

Mecanismo

Separao de Aminocidos

Separao de mistura racmica - Resoluo


Amilocinase do rim de porco

D-aminocido D aminocido + L-aminocido

N-acetil-D-aminocido acetil D aminocido + N-acetil-L-aminocido

L-aminocido

N-acetil-D-aminocido

Peptdeos

Ligao Peptdica (Amida)

Peptdeos

Por conveno o grupo amino livre representado a esquerda e o grupo carboxila livre a direita

Gr o amino terminal Grupo

Ligaes peptidicas Tripeptdeo

Gr o carboxila Grupo carbo ila terminal

Peptdeos

Rotao livre no permitida Carter parcial de dupla


Configurao trans
Carbono

Carbono Trans

Peptdeos

Ligao Dissulfeto

Cistena Cistina

Ci Cistena

Peptdeos

Ligao Dissulfeto - Mecanismo

Peptdeos

Ligao Dissulfeto forma das protenas

Peptdeos

Insulina

Regula o metabolismo da glicose

Ponte dissulfeto intracadeia

Pontes dissulfeto intercadeias

Peptdeos

Encefalinas

Controlam a dor

Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu
Leucina-encefalina

T Gl Gl Ph M Tyr-Gly-Gly-Phe-Met
M i i Metionina-encefalina f li

Peptdeos

Bradicinina

Hormnio que inibe inflamao dos tecidos

Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg
Bradicinina

Peptdeos

Vasopressina (antidiurtico)

Controla a presso sanginea atravs da reteno de gua nos rins

Cys Tyr Phe Gln Asn Cys Pro Arg Gly NH2 Cys-Tyr-Phe-Gln-Asn-Cys-Pro-Arg-Gly-NH S
Vasopressina

Peptdeos

Ocitocina

Induz a dor do parto e controla a produo de leite

Cys Tyr Ile Gln Asn Cys Pro Leu Gly NH2 Cys-Tyr-Ile-Gln-Asn-Cys-Pro-Leu-Gly-NH S
Ocitocina

Peptdeos

Gramicidina

Antibitico produzido por bactrias D-Phe D-Orn

Peptdeos

Aspartame

Adoante sinttico

Asp-Phe-CH3

Peptdeos

Glutationa

Antioxidante

Glu-Cys-Gli S S Glu-Cys-Gli y
GSSG

Gl C Gli Glu-Cys-Gli
GSH

Sntese de Peptdeos

Problemas com a Sntese

Sntese de Peptdeos

Estratgia de Sntese

Protegido

Ativado A ligao g peptdica p p se forma aqu

Sntese de Peptdeos

Proteo do grupo amino terminal (t-BOC)

Gl Glicina Dicarbonado de di-terc-butila

Glicina N-protegida

Sntese de Peptdeos

Ativao do grupo cido (DCC)


Transferncia de H+

Glicina N-protegida Diciclo-hexil-carbodiimida DCC

Protegido Ativado

Sntese de Peptdeos

Sntese - Adio

Alanina

Nova ligao peptdica

diciclo-hexil-uria

Sntese de Peptdeos

Propagao

Repetio da ativao e adio

Dipeptdeo N-protegido

Tripeptdeo N-protegido

Sntese de Peptdeos

Remoo do grupo N-protetor (t-BOC)

Tripeptdeo N-protegido

Ti Tripeptdeo d

Sntese de Peptdeos

Problemas com a metodologia


Rendimento de 80% por etapa


2 80% 3 64% 4 51% 5 41% 6 33% 7 26% 8 21% 9 17%

Aminocidos Rendimento

Mtodo demorado Necessidade de purificar o produto a cada etapa

Sntese de Peptdeos

Sntese automatizada de peptdeos em fase slida


Grupo cido ligado a suporte slido Sntese no sentido inverso (C para N) Fcil remoo de subprodutos Altos rendimentos Rpida

Robert Bruce Merrifield (1921- 2006)

Sntese de Peptdeos

Ligao Resina

A i id N-protegido Aminocido t id

Sntese de Peptdeos

Sada do Grupo Protetor (t-BOC)

Sntese de Peptdeos

Ativao (DCC)

Sntese de Peptdeos

Adio

Sntese de Peptdeos

Sada do Grupo Protetor (t-BOC)

Sntese de Peptdeos

Propagao

Sntese de Peptdeos

Propagao

Sntese de Peptdeos

Recuperao do Produto

Protenas

Polmeros de aminocidos unidos por ligao covalente do tipo amida (ligao peptdica) Exercem as mais diferentes funes

Luciferina

Hemoglobina

Queratina

Peptdeos at 100 resduos de aminocidos ou massa molar M < 10.000 g/mol

Protenas

Dados moleculares de algumas protenas

Protenas

Grupos Prostticos

Grupos qumicos diferentes de aminocidos ligados a cadeia

Protenas - Separao

Extrao quebra das clulas Fracionamento p por solubilidade


p pH Temperatura Adio de Sal (NH4)2SO4 (Efeito salting out) Dialise (tubo com membrana semi-permevel)

Protenas - Separao

Cromatografia em Coluna

Troca-Inica Excluso Bio-Afinidade

Protenas - Separao

Cromatografia por Troca-Inica


Separa por diferena de cargas Fase mvel = tampo Fase estacionria


Resina Catinica Resina Aninica

Mudana na F.M. altera cargas

Protenas - Separao

Cromatografia por Excluso


Separa por Tamanho Fase Estacionria Polmero Poroso Maiores no entram nos poros Separadas Primeiro Menores entram nos poros M Separadas por ultimo

Protenas - Separao

Cromatografia por Bio-Afinidade


Separa por afinidade com F.E. Separa primeiro protenas que no se ligam Ligante forte separa protena de interesse

Protenas - Separao

Eletroforese

Separa pela relao massa/carga Modificao com DSS

Todas com mesma carga = separa por massa

Protenas

Estruturas

Primria Secundria Terciria Quaternria

Protenas Estrutura Primria


Seqncia de Aminocidos Quebra das ligaes Q g dissulfeto Identificao dos aminocidos terminais Quebras seletivas da cadeia

Protenas Estrutura Primria


Quebra das ligaes dissulfeto

Ditiotetrol (DTT)

Resduos cidos de cistena

Acetilao Iodo-acetato

Resduos acetilados de cistena

Protenas Estrutura Primria


Quebra das ligaes dissulfeto

Protenas Estrutura Primria


Estratgias para determinar seqncia de aminocidos

Protenas Estrutura Primria


Estratgias para determinar seqncia de aminocidos


Quebra seletiva da cadeia

Protenas Estrutura Primria

Protenas Estrutura Primria


Hidrlise cida
100C 24 h 6 N HCl aminocidos i id

P t Protena

Asparagina e Glutamina lidas como Aspartato e Glutamato

Protenas Estrutura Primria


Aminocido N-terminal (Degradao de Edman)

Isotiocianato de fenila PITC Reagente de Edman

Protenas Estrutura Primria


Aminocido N-terminal (Degradao de Edman)

Derivado Tiazolinona

Peptdeo sem aminocido N-terminal terminal original

Protenas Estrutura Primria


Aminocido N-terminal (Degradao de Edman) O PHT-aminocido determinado por p cromatografia com uso de padres Degradaes de Edman sucessivas so inviveis em protenas

Protenas Estrutura Primria


Aminocido C-terminal (Carboxi-peptidase)


Stio de ataque da carboxi-peptidase

Carboxi peptidase A separa todos menos Arg e Lys Carboxi-peptidase C b Carboxi-peptidase d B especfica f para Arg A e Lys L

Protenas Estrutura Primria


Hidrlise Parcial

Quebra aleatria da cadeia com cido diludo Determina grupo N-terminal dos fragmentos (Edman) Determina grupo C-terminal dos fragmentos (Carboxipeptidase) d ) D Determina i composio i de d cada d fragmento f por hidrlise hid li total l Ali h as cadeias Alinha d i procurando d pontos t de d sobreposio b i

Protenas Estrutura Primria


Endopeptidases

Hidrolisam ligaes peptdicas especficas Tripsina hidrolisa a ligao no lado C de Arg e Lys

Protenas Estrutura Primria


Tripsina Lado C de Arg e Lys

Ala-Lys-Phe-Gly-Asp-Trp-Ser-Arg-Met-Val-Arg-Tyr-Leu-His
Quebra pela Tripsina

Quimotripsina Lado C aromticos Phe, Tyr e Trp

Ala-Lys-Phe-Gly-Asp-Trp-Ser-Arg-Met-Val-Arg-Tyr-Leu-His
Quebra pela Quimotripsina

Protenas Estrutura Primria


Elastase Lado C dos menores Gly e Ala

Ala-Lys-Phe-Gly-Asp-Trp-Ser-Arg-Met-Val-Arg-Tyr-Leu-His
Quebra pela Elastase

Submaxillarus protease Lado C de Arg

Ala-Lys-Phe-Gly-Asp-Trp-Ser-Arg-Met-Val-Arg-Tyr-Leu-His
Quebra pela Submaxillarus protease

Protenas Estrutura Primria


Staphylococcus aureus V8 protease Lado C Asp e Glu

Ala-Lys-Phe-Gly-Asp-Trp-Ser-Arg-Met-Val-Arg-Tyr-Leu-His
Quebra pela V8 protease

Pepsina - Lado N aromticos Phe, Tyr e Trp

Ala-Lys-Phe-Gly-Asp-Trp-Ser-Arg-Met-Val-Arg-Tyr-Leu-His
Quebra pela Pepsina

Protenas Estrutura Primria


Nenhuma peptidase quebra ao lado de Pro

Ala-Lys-Pro
Tripsina no quebra

Leu-Phe-Pro
Quimotripsina no quebra

Pro-Phe-Val
Quimotripsina quebra

Brometo de Cianognio (BrCN) quebra Lado C Met

Ala-Lys-Phe-Gly-Asp-Trp-Ser-Arg-Met-Val-Arg-Tyr-Leu-His
Quebra pelo BrCN

Protenas Estrutura Primria


Brometo de Cianognio - Mecanismo

Protenas Estrutura Primria


Brometo de Cianognio - Mecanismo

Protenas Estrutura Primria


Sequenciador de Protenas Reaes de Edman


Mais de 50 resduos 99% de eficincia Protenas maiores so quebradas antes

Protenas Estrutura Primria


MALDI/MS Espectrometria da Massas com dessoro/ionizao a laser com matriz assistida Ionizao por Eletron-Spray (ESI/MS)

Protenas Estrutura Primria


Seqnciamento por MS/MS

Protenas Estrutura Secundria


Comformao regular assumida pelo segmento protico


Planaridade regional em torno da ligao peptdica (carter parcial de dupla)

Maior nmero de Ligaes de H Maior separao dos grupos R (impedimento estrico)

Protenas Estrutura Secundria


Giro livre em torno da ligao N-C () Giro livre em torno da ligao g C1-C () ngulo de 0 proibido em protenas e peptdeos
= = 0

= = 180 ou -180

Protenas Estrutura Secundria


Conformaes

Hlice Folha Pregueada


Paralela Antiparalela

Curva Espiralada ou Em Lao

Protenas Estrutura Secundria


Hlice Arranjo mais simples Hlice destra -45 < < -50 e = -60 Gira no sentido horrio descendo 3,6 resduos por giro

Esquerda q

Destra

Protenas Estrutura Secundria


Hlice Substituintes para fora da hlice minimizam impedimento estrico

Topo

Lateral

Protenas Estrutura Secundria


Hlice Ligaes de H a cada 4 resduos

Protenas Estrutura Secundria


Hlice - Estabilizao

Ligaes de H justificam estabilidade Interaes entre grupos R distantes 3 a 4 resduos estabilizam a Hlice favorecendo sua formao
Resduos positivos e negativos atrao e formao do par-inico par inico

Resduos aromticos atrao hidrofbica


Par-Inico

Protenas Estrutura Secundria


Hlice - Desestabilizao

Interaes entre grupos R vizinhos desestabilizam a Hlice


Glu e/ou Asp vizinhos = repulso entre cargas negativas Lys e/ou Arg vizinhas = repulso entre cargas positivas V l, Leu Val L e Ile Il volumosos l vizinhos i i h = impedimento i di estrico i

Outros

Pro rigidez do anel impede giro N-C e N no forma ligao de H Gly flexibilidade conformacional forma outras hlices = desestabiliza

Protenas Estrutura Secundria


Folha Pregueada

Estrutura estendida em zig-zag Ligao de H entre cadeias peptdicas vizinhas As cadeias podem ser:

Paralelas = se estendem na mesma direo Antiparalelas = se estendem em direes opostas

Protenas Estrutura Secundria


Folha Pregueada - Paralela

Protenas Estrutura Secundria


Folha Pregueada - Antiparalela

Protenas Estrutura Secundria


Folha Pregueada - Estabilidade


Grupos R pequenos Gly e Ala favorecem ligao de H

Paralelas

Antiparalelas

Protenas Estrutura Secundria


Curva - Conecta os diferentes segmentos proticos como as Hlices e as Folhas Pregueadas Conecta tambm folhas pregueadas antiparalelas Em protenas globulares (compactas) 1/3 dos resduos podem ser curvas Envolve 4 resduos de aminocidos e gira 180 Ligao de H entre resduos 1 e 4

Protenas Estrutura Secundria


Curva - Tipo I

3. Resduo de Pro em cis

Li d Ligao de H entre t 1 1. e 4 4. R Resduos d

Protenas Estrutura Secundria


Curva - Tipo II

3. Resduo de Gly

Li d Ligao de H entre t 1 1. e 4 4. R Resduos d

Protenas Estrutura Secundria


Conformao Espiralada ou Em Lao


Ordenada, mas difcil de descrever Hlice - Espiral violeta Folha - Seta Verde Curva - Curva na seta L Lao Cordo C d verde d

Protenas Estrutura Terciria


Estrutura tridimensional de todo o polipeptdeo Interaes fortes dissulfeto Interaes fracas


Ligaes de H Apolares (Van der Waals)

Tipos

Fibrosas Globulares

Protenas Estrutura Terciria


Tipos de Interao

Ligaes de H Lao

Ligaes de H Hlice

Ligaes de H Folhas

Ligao g de H Curva Ponte dissulfeto Van der Waals

Par-Inico

Protenas Estrutura Terciria


Fibrosas

Possuem cadeia polipeptdica arranjada em longos filamentos ou folhas Consistem principalmente de um nico tipo de estrutura secundria Funes: suporte, forma, proteo externa Solubilidade: Insolveis em gua

Protenas Estrutura Terciria


Fibrosas Queratina

Estrutura predominante Hlice 2 Hlices se enrolam em forma de bobina super-hlice esquerda R d Resduos h hidrofbicos d fb Ala Al , Val V l, Leu L , Ile Il , Met M e Phe Ph S Super-hlices hli se ligam li por pontes dissulfeto di lf

Protenas Estrutura Terciria


Fibrosas Queratina

Hlice

Super-hlice

Clulas Filamentos intermedirios Proto-fibrila Proto-filamento Super-hlice Hlice ce Proto-fibrila

Proto-filamento

Protenas Estrutura Terciria


Fibrosas Queratina: Pontes dissulfeto do cabelo

Protenas Estrutura Terciria


Fibrosas - Queratina

Unhas

Cabelo

Garras

Espinhos

Chifres

Protenas Estrutura Terciria


Fibrosas Colgeno

Estrutura predominante Hlice esquerda 3 Hlices se enrolam em forma de bobina super-hlice destra Resduos: 35% Gly, 11% Ala, 21% Pro e 4-Hyp, HyLys

5-hidroxi-lisina 4-hidroxi-prolina

S Super-hlices hli li ligadas d Lys L -HyLys H L

Protenas Estrutura Terciria


Fibrosas Colgeno

Hlice esquerda

Lateral

Topo Super-hlice destra

Protenas Estrutura Terciria


Fibrosas Colgeno
Cabeas Estrias cruzadas

Super-hlice (3 hlices)

Polipeptdeo

Lys

HyLys

Polipeptdeo

Protenas Estrutura Terciria


Fibrosas Colgeno
Crnea

Tendes

Cartilagem

Hipoderme Matriz Orgnica dos Ossos

Protenas Estrutura Terciria


Fibrona da Seda

Estrutura p predominante folhas Estrutura antiparalela de empacotamento compacto Resduos predominantes: Gly e Ala Folhas unidas por Ligaes de H e foras de Van der Waals No estira pois estrutura j estendida Flexvel

Protenas Estrutura Terciria


Fibrona da Seda

Ala

Gly

Protenas Estrutura Terciria


Fibrona da Seda

Teia de Aranha Bicho da seda

Seda

Aranha tecendo a teia

Protenas Estrutura Terciria


Globulares

Possuem cadeia polipeptdica dobrada em estrutura esfrica ou globular Consiste de vrios tipos de estruturas secundrias dobradas entre elas num arranjo compacto Funes: enzimas, protenas regulatrias, protenas motoras, imunoglobulinas protenas de transporte imunoglobulinas, transporte, etc. etc Solubilidade: Podem ser Solveis ou Insolveis em gua

Protenas Estrutura Terciria


Globulares

Percentagem de Estruturas Secundrias pode variar

Protenas Estrutura Terciria


Globulares Mioglobina

Pequena 16.700g/mol Transporte de O2 nos msculos 1 cadeia peptdica, 153 resduos 1 grupo heme 78% Hlice 0% Folha

Mi l bi Mioglobina

Protenas Estrutura Terciria


Globulares Mioglobina

Protenas Estrutura Terciria


Globulares Mioglobina

Protenas Estrutura Terciria


Globulares Mioglobina

Grupo Heme

H Heme li d a Hys ligado H

Protenas Estrutura Terciria


Globulares Citocromo C

Pequena 12.400g/mol Cadeia respiratria (mitocndria) 1 cadeia peptdica, 104 resduos 1 grupo heme 39% Hlice 0% Folha
Citocromo C

Protenas Estrutura Terciria


Globulares Lisozima

Pequena 14.600g/mol Enzima Bactericida (lagrimas e clara de ovo) 1 cadeia p peptdica, p , 129 resduos Pontes dissulfeto 40% Hlice 12% Folha F lh
Lisozima

Protenas Estrutura Terciria


Globulares Ribonuclease

Pequena 13.700g/mol Secretada pelo Pncreas hidrolise de cidos nuclicos 1 cadeia p peptdica, p , 124 resduos Ligaes de H e interaes Inicas 26% Hlice 35% Folha F lh
Ribonuclease

Protenas Estrutura Terciria


Estrutura Supersecundria

Sinonmia: Motivos (Temas) ou Dobras Definio: Arranjos particularmente estveis de vrios elementos da estrutura secundria e as conexes entre eles

Maneira como as estruturas secundrias se conectam umas as outras Maneira como as estruturas secundrias se dobram Segmentos que conectam as estruturas secundrias

Protenas Estrutura Terciria


Estrutura Supersecundria: Loop --

Protenas Estrutura Terciria


Estrutura Supersecundria: Esquina -

Protenas Estrutura Terciria


Estrutura Supersecundria: Motivo Todo-

Protenas Estrutura Terciria


Conexes entre elementos secundrios no podem se cruzar ou formar ns

Protenas Estrutura Terciria


Estrutura Supersecundria: Conexo Destra entre folhas-

Protenas Estrutura Terciria


Coneo Esquerda entre folhas- rara ou no se forma

Protenas Estrutura Terciria


Estrutura Supersecundria: Barril

Protenas Estrutura Terciria


Estrutura Supersecundria: Folha- Torcida

Protenas Estrutura Terciria


Estrutura Supersecundria: Barril /

Loop --

Barril /

Protenas Estrutura Terciria


SCOP Classificao Estrutural das Protenas


http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop Toda Toda / ( e alternados) + ( e isolados)

Protenas Estrutura Terciria


SCOP Toda

Protenas Estrutura Terciria


SCOP Toda

Protenas Estrutura Terciria


SCOP /

Protenas Estrutura Terciria


SCOP +

Protenas Estrutura Quartenria


Apenas para polipeptdica

protenas

com

mais

de

uma

cadeia

Maneira como as cadeias individuais da protena so arranjadas uma em relao as outras

Protenas Estrutura Quartenria


Protena com muitas subunidades Multmero Protena com p poucas subunidades Oligmero g Caso as unidades se repitam, repitam a cadeia peptdica que se repete denominada protmero

Protenas Estrutura Quartenria


Hemoglobina

Mdia (64.500g/mol) Transporte 4 cadeias peptdicas


2 Protmeros P (141) 2 Protmeros (146)

4 grupos heme
Hemoglobina

Protenas Estrutura Quartenria


Hemoglobina

P t Protmero

Protmero

Tetrmero Dmero

Protmero

Protmero

Protenas Estrutura Quartenria


Protmeros podem estar arranjados em diferentes simetrias Ex. 1: Capsdeo Viral Simetria Icosadrica

Protenas Estrutura Quartenria


Ex. II: Capsdeo do Vrus do mosico do Tabaco Simetria helical RNA


Protena

Protenas Estrutura Quartenria


Limites no Tamanho das Protenas 1 erro a cada 10.000 resduos de aminocidos Cdigos Genticos Muito Grandes Protenas maiores que 100.000g/mol 100 000g/mol tm subunidades (protmeros) idnticas ou diferentes vrias

Vrus tm cdigo gentico pequeno Protenas com vrias i unidades id d repetidas tid

Protenas Determinao Estrutural


Determinar a configurao correta das estruturas tercirias e/ou quaternrias Difrao de Raios-X Ressonncia Magntica nuclear - RMN

Protenas Determinao Estrutural


Difrao de Raios-X

Tcnica mais utilizada Determina a posio dos tomos e distncia relativa entre eles Anlise computacional nmero muito grande de tomos Necessidade de cristalizar estrutura Perde informaes sobre a dinmica da estrutura em soluo

Protenas Determinao Estrutural


Difrao de Raios-X

Padres de Difrao de Raios-X

Mapa tridimensional da densidade eletrnica

Protenas Determinao Estrutural


Difrao de Raios-X

Localizao dos tomos

Estrutura completa da protena

Protenas Determinao Estrutural


Ressonncia Magntica Nuclear RMN


RMN 1H Informaes sobre os ncleos e suas interaes Uni-dimensionais (1D) muito complexos para analisar

Protenas Determinao Estrutural


Ressonncia Magntica Nuclear RMN


Bidimensionais trazem informaes valiosas sobre a interao entre os H no espao (NOESY) e nas vizinhanas (TOCSY)

Protenas Determinao Estrutural


Ressonncia Magntica Nuclear RMN


Interpretao leva a estrutura Vantagem: Feito em soluo Desvantagem: Mais complexo Informaes complementares a dif difrao de d Raios-X R i X

Protenas Desnaturao

Perda de estrutura terciria suficientemente grande para causar perda de funo No implica perda total da estrutura terciria (protena desdobrada) Renaturao retorno a sua estrutura terdiria e recuperao da atividade perdida

Protenas Desnaturao

Desnaturao

Renaturao

Protenas Desnaturao

Fatores Causadores

Calor afeta as ligaes de H pH altera cargas na protena, causando repulses e quebra de ligaes de H Solventes orgnicos miscveis em gua quebram interaes hidrofbicas Detergentes - quebram interaes hidrofbicas Solutos Ctions e nions precipitao ou efeito salting salting-out out

Referncias

BRUICE, P.Y. Qumica Orgnica. 4a Edio, vol. 2, Pearson/Prentice Hall, 2006, captulo 23. LEHNINGER, A. L.; NELSON, D. L.; COX, M. M. Princpios de Bioqumica, 4. Edio, Editora Sarvier, 2006, captulos 3 e 4. SOLOMONS, T.W.G., FRYHLE, C.B. Qumica Orgnica. 9 Edio, vol. 2, Editora L.T.C., 2009, captulo 24.