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Sade & Ambiente em Revista, Duque de Caxias, v.2, n.2, p.

01-10, jul-dez 2007




PROTEOMICA - UMA ABORDAGEM FUNCIONAL DO ESTUDO DO
GENOMA

Adriana Moreira da Silva e Silva
1
, Gustavo Coelho Corra
1
& Emerson Moreira Reis
1
'Universidade do Grande Rio - UNIGRANRIO

RESUMO
O sequenciamento genmico e o conseqente conhecimento da sequncia completa de todos os genes
so contribuies importantissimas para se estudar melhor os organismos vivos. Porem, estas inIormaes no
so suIicientes para saber quais proteinas esto sendo realmente expressas na celula, num dado momento,
numa determinada condio. A protemica e um novo campo de estudo e tecnologia que se prope a analisar
de Iorma global o conjunto de proteinas expressas numa celula ou tecido, isto e, o proteoma. Devido a
natureza dinmica do proteoma (ele se altera Irente a diIerentes condies e estimulos), seu estudo representa
uma Iorma de procurar possiveis Iunes das proteinas e uma Iorma de investigar processos metabolicos em
sistemas vivos para melhor entender o Iuncionamento de uma celula ou tecido a nivel molecular.
Na era pos-genmica, o surgimento da protemica esta diretamente relacionado a necessidade de se
investigar o controle da expresso gnica e seus impactos no metabolismo celular. Neste aspecto a protemica
pode gerar inIormaes importantes como: quais proteinas so expressas; niveis de expresso destas
proteinas; momento de expresso destas proteinas; modiIicaes pos-traducionais; respostas expressas pelas
celulas em diIerentes situaes ou tratamentos, diIerenas moleculares entre linhagens de celulas e interao
gnica.
Os estudos de analise protemica vm complementar os dados de analise e sequenciamento de
genomas, auxiliando na compreenso das redes de Iuncionamento e regulao celular, representando a ponte
de ligao entre o genotipo e o Ienotipo de um organismo.






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ABSTRACT
Genome sequencing is a very important contribution Ior better understanding liIe and diIIerent
organisms. Genome sequencing is a Iield oI genomics and intends to determine the entire DNA sequence oI
an organism. In the other hand, these DNA sequence data do not provide enough inIormation about the
expression oI proteins in a cell at diIIerent conditions. Proteomics is the new technology proposed to evaluate
the pool oI proteins (proteome) expressed in a speciIic tissue or cell. Proteome diIIers Irom cell to cell and
constantly changes through its biochemical interactions with the genome and the environment. Proteome
investigation represents a new way to understand metabolic processes and cell work.
In the pos-genomic era, proteomics can generate important inIormation as: the kind oI expressed
proteins, situation oI expression, protein modiIications aIter translation, diIIerent responses to environmental
conditions and gene interaction.
Proteomics associated with genomics can provide better understanding oI cell regulation and
Iunctions. Proteomics is a link between genotypic inIormation and Ienotypic characteristics oI the organisms.

















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INTRODUO
Os estudos de sequenciamento de genoma,
iniciados nos anos 90, desenvolveram-se
rapidamente e atualmente encontram-se
disponiveis as seqncias de genes de organismos
inteiros, como plantas, animais e ate mesmo o
genoma humano. Esta rapida e crescente
disponibilizao de dados genmicos despertou
grande interesse cientiIico, porem, o conhecimento
acumulado com os sequenciamentos de genomas
em diIerentes organismos demonstra que e preciso
caminhar mais adiante (Hirano et al., 2004). Na era
pos-genmica, tem Iicado evidente que apenas com
seqncias completas de nucleotideos no DNA no
e possivel elucidar muitos dos processos biologicos
(Pandey & Mann, 2000). Adicionalmente as
inIormaes obtidas pela analise do genoma, e
preciso ter conhecimento, por exemplo, sobre quais
proteinas esto realmente sendo expressas, quando
e em quais niveis esta expresso ocorre e sobre as
eventuais modiIicaes pos-transcricionais. O Iato
de as celulas de um organismo ter o mesmo
genoma, mas apresentarem as mais variadas
Iunes e morIologias, Iruto de diIerentes
composies de proteinas expressas, ilustra a
importncia de estudar no so a seqncia dos
genes, mas tambem a sua expresso para podermos
compreender a suas Iunes biologicas. Desta
Iorma, em paralelo a esta disponibilizao de
dados genmicos, Ioram desenvolvidas outras
tecnicas para o estudo do genoma Iuncional, como
a analise dos transcritos de RNAm (analise de
transcriptoma ou transcriptmica) e mais tarde de
analise do conjunto de proteinas expressas a partir
do genoma (analise de proteoma ou protemica)
(Canovas et al., 2004).

O GENOMA E O FLUXO DA INFORMAO
GENTICA
O genoma e o conjunto de genes de uma
especie, ou seja, todo o conjunto de DNA que ele
carrega em suas celulas (Deloukas et al., 1998). A
seqncia de nucleotideos destes genes determina a
inIormao genetica, que precisa ser transcrita para
um RNAm e traduzida em proteinas que iro
realmente desempenhar as Iunes celulares que
mantem os organismos vivos (Hahn 1998 e Ban et
al., 1999)
As proteinas so polimeros de aminoacidos
que podem agir como enzimas, anticorpos,
hormnios, componentes estruturais, receptores
celulares etc. O termo proteina vem do grego
proteios e signiIica a mais importante`. Todas as
proteinas so resultados da expresso gnica em
uma celula, isto e, o processo de transcrio do
gene produzindo uma molecula de RNA
mensageiro e o processo de traduo da
inIormao genetica contida na seqncia de
nucleotideos deste RNA em uma seqncia de
aminoacidos que ira constituir a proteina (Ban et
al., 1999). A este processo e que chamamos Iluxo
da inIormao genetica (Figura 1).

ESTUDO DO GENOMA FUNCIONAL
Os projetos genoma envolvem o
sequenciamento dos conjuntos de genes de um
organismo inteiro ou de parte dele, no revelando,
porem dados sobre a expresso destes genes, a
quantidade expressa e o Iuncionamento dos seus
produtos. Para este tipo de estudo Ioram
desenvolvidas as abordagens de avaliao do
genoma Iuncional, como a transcriptmica e a
protemica.
A transcriptmica se baseia no estudo da
expresso dos genes. Neste tipo de abordagem so
analisadas somente as moleculas de RNA
mensageiro (RNAm) produzidas em uma celula ou
tecido a partir de seu genoma. Neste caso, podem-
se obter inIormaes precisas sobre a regulao da
transcrio. Porem, devido a mecanismos de
regulao pos-traducionais, a quantidade de
proteina expressa no e necessariamente
proporcional a quantidade de seu RNAm
correspondente (Anderson & Seilhamer, 1997), o
que muitas vezes deixa duvidas quanto ao papel
deste gene no metabolismo celular.

PROTEMICA
O termo protemica Ioi inicialmente
introduzido em 1995 e Ioi deIinido como sendo a






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caracterizao em larga escala do conjunto de
proteinas expressas em uma celula ou tecido
(Wilkins et al., 1997). A este conjunto de proteinas
expressas em uma celula ou tecido, a partir do
genoma, e que denominamos proteoma.
O proteoma de um organismo reIlete o
conjunto de proteinas expressas por este organismo
em determinada situao e, ao contrario do
genoma, no e estatico e pode se modiIicar
dependendo das condies e estimulos a que este
organismo esta exposto. Sendo assim, o proteoma
reIlete a expresso das moleculas que inIluenciam
mais diretamente a bioquimica e o Iuncionamento
celular. O mesmo tipo de celula pode apresentar
diIerentes proteomas em resposta a ao de drogas,
inIeco por patogenos, poluio e diIerentes tipos
de estresse abiotico. A protemica visa o estudo da
estrutura, Iuno e o controle dos sistemas
biologicos pela analise das varias propriedades das
proteinas, incluindo tambem os estudos da
seqncia (identidade), abundncia, atividade e
estrutura das proteinas expressas por uma celula,
assim como as modiIicaes, interaes e
translocaes soIridas pelas proteinas (Williams &
Hochstrasser, 1997).

FUNCIONALIDADE DA ANLISE
PROTEMICA
Os dados gerados por analise protemica
permitem alcanar diIerentes objetivos, como: I -
Esclarecer as proteinas envolvidas em rotas
metabolicas relacionadas aos diIerentes processos
celulares. II - IdentiIicar novos alvos
Iarmacologicos e marcadores biologicos,
relacionados ao processo de estabelecimento e
progresso de doenas. III - IdentiIicao de
moleculas bioativas a partir de extratos biologicos
naturais, levando ao desenvolvimento de novos
Iarmacos. IV - Caracterizao das respostas
celulares a determinadas drogas, doenas e
mudanas ambientais.

METODOLOGIA
Embora o conceito de proteoma seja
relativamente novo, este estudo utiliza tecnicas de
separao de proteinas ja desenvolvidas a bastante
tempo como a eletroIorese bidimensional
(OFarrel, 1975). Porem seu uso em analise de
proteomas era limitado devido a baixa
reprodutibilidade dos geis e a inexistncia de
metodos sensiveis o bastante para identiIicar as
proteinas separadas.
A eletroIorese consiste em separar, sob a
inIluncia de um campo eletrico, moleculas que
possuem cargas. A velocidade de migrao
depende de Iatores como: tamanho, Iorma e carga
eletrica da molecula em estudo. Na eletroIorese
bidimensional, as proteinas so submetidas a duas
etapas de separao eletroIoretica consecutivas,
baseado nas diIerentes propriedades das proteinas.
A primeira etapa de separao, denominada
primeira dimenso, consiste em uma Iocalizao
isoeletrica (IEF), onde as proteinas so separadas
pela sua carga eletrica em um gel de poliacrilamida
com um gradiente de pH (Figura 2). Nesta etapa as
proteinas migram no gel ate atingirem uma posio
estacionaria onde possuam carga liquida zero,
sendo este, o ponto isoeletrico da proteina. Na
segunda dimenso, as proteinas previamente
separadas pela IEF so submetidas a uma
eletroIorese desnaturante em gel de poliacrilamida
(SDS-PAGE), onde so separadas de acordo com
suas massas moleculares (Figura 3). Como os
parmetros usados na primeira dimenso (ponto
isoeletrico) e na segunda dimenso (massa
molecular) so independentes, a separao atinge
um alto nivel de resoluo, o que permite a
visualizao de centenas de proteinas diIerentes ao
mesmo tempo. Apos a eletroIorese bidimensional
as proteinas so visualizadas diretamente no gel,
atraves de metodos de colorao com azul de
Comassie ou por colorao com prata, resultando
num perIil bidimensional de pontos (denominados
'spots), cada um contendo multiplas copias de
uma proteina (Figura 4). A identiIicao das
proteinas presentes nos perIis de eletroIorese
bidimensional e Ieita por espectrometria de massas
(Figura 5). A espectrometria de massas e uma
tecnica analitica de estudo de moleculas que se
baseia no movimento de ions em campos eletricos
e magneticos para classiIica-los de acordo com sua
relao massa -carga, produzindo um espectro de
massas. A espectrometria de massas ja e utilizada
ha muitos anos para o estudo de moleculas
inorgnicas, porem, somente na ultima decada esta
tecnica Ioi aperIeioada para o estudo de moleculas
biologicas (proteinas) sem que ocorra a destruio
destas durante o processo de ionizao (Yates,






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1998). O aperIeioamento destas tecnicas de
eletroIorese bidimensional e espectrometria de
massas Ioi o que possibilitou o avano no estudo
de proteinas em larga escala e o surgimento do
conceito de analise de proteomas (Tyers & Mann,
2003).

CONCLUSO
A crescente gerao de dados genmicos e
o progresso tecnologico no estudo de proteinas,
Iizeram com que a analise protemica se tornasse
uma poderosa Ierramenta para estudos sobre a
Iisiologia e a genetica de varios organismos vivos,
inclusive as plantas (Rossignol et al., 2006).
Na area medica varios estudos protemicos
Ioram realizados na caracterizao do cncer
(Saint-Guiron et al., 2007; Fontana et al., 2007), de
doenas neurologicas como o mal de Alzheimer
(German et al., 2007), inIecciosas e cardiacas
(Poon et al., 2001). Outros estudos mostram a
caracterizao de agentes inIecciosos, como
Mycobacterium tuberculosis (tuberculose) (Ryoo
et al., 2007), inclusive comparando o proteoma de
cepas patognicas e no patognicas de
microorganismos, o que pode auxiliar no
desenvolvimento de metodos diagnosticos e de
agentes teraputicos. Alem disso, a analise
protemica tem sido utilizada na busca de novas
moleculas bioativas em venenos de animais
peonhentos ou em extratos naturais com
propriedades teraputicas (Pimenta et al., 2001).
Na area vegetal, os trabalhos de analise
protemica tem trazido grandes contribuies,
principalmente com relao a plantas
economicamente interessantes como o milho, trigo,
arroz, batata (Rossignol et al., 2006).
Alguns trabalhos de analise protemica
vegetal Iocalizam mais o estudo das proteinas
produzidas por patogenos para estabelecer a
inIeco na planta hospedeira, como o trabalho
desenvolvido por Smolka et al. (2003), onde Ioram
identiIicadas as principais proteinas expressas pela
bacteria Xyllela fastidiosa durante o processo de
inIeco de plantas de citrus. Outros trabalhos
visam ao estudo das respostas das plantas as
inIeces pelos patogenos. Neste tipo de
abordagem, alguns estudos recentes utilizando a
analise protemica tem apresentado dados novos e
signiIicativos para o entendimento do processo de
sinalizao que dispara a resposta de deIesa em
plantas (Qureshi et al, 2007). Existem ainda
trabalhos caracterizando o proteoma de plantas em
resposta a stress (Nesatyy & Suter, 2007), outros
estudos relacionando o proteoma expresso durante
o desenvolvimento de plantas economicamente
interessantes (Mechin et al., 2007) e outros ainda
utilizando a protemica para estudos Iilogeneticos
(Gutierrez et al., 2004). Todos os estudos nesta
area de protemica vegetal vm contribuir de
Iorma signiIicativa para uma melhor compreenso
dos Iatores que atuam nas vias de sinalizao em
plantas, no disparo da resposta de deIesa vegetal,
contribuindo com inIormaes que podem levar ao
desenvolvimento de novos produtos e tecnologias
de controle de pragas e doenas, principalmente
em culturas economicamente importantes.
Estas inIormaes nos mostram que os
estudos de analise protemica vm complementar
os dados da transcriptmica e dos sequenciamentos
de genoma, auxiliando na compreenso das redes
de Iuncionamento celular e, desta Iorma,
representando a ponte de ligao entre o genotipo e
o Ienotipo de um organismo.

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Williams, K.L. & Hochstrasser, D.F. (1997).
Proteome Research: New Frontiers in
Functional Genomics, Spronger, pp.1-12.
Yates, J.R. III. (1998). Mass spectrometry and the
age oI the proteome. J. Mass Spectrom. 33:
1-19.


Recebido em / Received: Agosto de 2007
Aceito em/ Accepted: Novembro de 2007















































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Anexo - Figuras


DNA 5' ATG CAC GGG AGA // TTG AAC CCA AAA TCC 3'
3' TAC GTG CCC TCT // AAC TTG GGT TTT AGG 5'






RNAm 5' AUG CAC GGG AGA // UUG AAC CCA AAA UCC 3'






Protena Met His Gly Arg // Leu Asn Pro Lys Ser










Figura 1: Fluxo da inIormao genetica evidenciando os processos de transcrio, traduo e enovelamento
proteico.

( TRANSCRIO )
( TRADUO )
Protena
enovelada
( ENOVELAMENTO )






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Figura 2: Primeira dimenso isoeletroIocalizao (IEF) das proteinas. As proteinas so separadas em gel
de poliacrilamida contendo um gradiente de pH. As proteinas migram atraves do gel ate atingirem uma
posio estacionaria, onde possuam carga liquida zero, isto e, quando o pH do gel e igual ao ponto
isoeletrico da proteina.





Figura 3: Segunda dimenso eletroIorese em gel desnaturante de poliacrilamida (SDS-PAGE). As
proteinas separadas pela IEF so submetidas ao SDS-PAGE, que permite a separao das proteinas de
acordo com seus pesos moleculares.




(+) acido gradiente de pH (-) bsico
pH estacionrio pI da protena
Proteinas
maiores
Proteinas
menores
p pI I
P Pe es so o
m mo ol le ec cu ul la ar r
( (m mW W) )






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Figura 4: Segunda dimenso Ioto de uma eletroIorese bidimensional.









Figura 5: IdentiIicao em banco de dados cada um dos spots e removido do gel (recortado com bisturi)
e submetido a espectrometria de massas por uma metodologia denominada peptide mass fingerprinting.


m mW W
14
21
31
45
66
97
mW
( kDa )
4,5 5,0 5,5 6,0 6,5 4,1
pI
mW
pI
Espectrometria de massas e
peptide mass fingerprinting

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