PemodelanDanKomputasiMolekulObat

fauzanzein@yahoo.com 1
Modul10
OptimasiGeometridenganArguslab

TujuanInstruksionalUmum:
Mahasiswa mampu membuat struktur kimia suatu senyawa dan
melakukan optimasi geometri terhadap senyawa tersebut, dengan
menggunakanperangkatlunakArgusLab4.0.1.

TujuanInstruksionalKhusus:
1. Mahasiswa mampu membuat struktur kimia sederhana
sepertibenzena,asamasetilsalisilatdanparasetamol.
2. Mahasiswa mampu melakukan optimasi geometri dengan
metodemekanikamolekulermaupunmekanikakuantum.
3. MahasiswamampuMembuatstrukturkimiasenyawayang
lebihrumitsepertiATP,ampisilindanfenilbutazon

TeoriSingkat:
Menyusunmolekul:
Perangkat lunak ArgusLab 4.0.1 menyediakan fasilitas Molecule
Builder untuk membuat struktur 3 dimensi suatu senyawa, yang
memerlukan pemahaman akan pola hibridisasi atom, seperti
yangberturutturutmenggambarkan
Csp2,Csp3,Nsp2,Nsp3,Osp2,Osp3,dsb.
Selain itu disediakan juga tersedia tomboltombol yang berfungsi
untuk mempermudah pekerjaan menyusun molekul baru maupun
memodifikasi molekul yang sudah ada, antara lain untuk
memilih (select) objek, untuk menambahkan atom,
untuk menambahkan fragmen, untuk menambahkan ikatan,
untuk menambahkan atom hidrogen, untuk

PemodelanDanKomputasiMolekulObat

fauzanzein@yahoo.com 2
menghilangkan atom hidrogen, untuk melakukan cleaning
geometry,dsb(bisadilihatpadamenuHelp).
Optimasigeometri:
Optimasi geometri bertujuan untuk menghitung energi terendah
dari suatu molekul untuk mengetahui keadaan paling stabil dari
molekul tersebut. ArgusLab menyediakan fasilitas perhitungan
denganmetodemekanikamolekulermaupunmekanikakuantum.
Mekanika molekuler merupakan metode empiris yang digunakan
untukmenyatakanenergipotensialdarimolekulsebagaifungsidari
variasi geometri. Elektron tidak dipertimbangkan secara eksplisit,
tapi dihitung sebagai rerata relatif terhadap pengaruh gerakan inti.
Metodeinidiaplikasikanuntuk:molekultersusundariribuanatom,
molekul organik, oligonukleotida, peptida, sakarida dan molekul
dalam lingkungan vakum atau berada dalam pelarut. Contoh
programadalahUFF(UniversalForceField).
Mekanika kuantum meliputi metode ab initio, semi empiris dan
density functional theory. Metode Ab initio merupakan metode
yangdibuattanpadataempiris,diaplikasikanuntukmolekuldengan
maksimal 100 atom. Konsep perhitungan umum menggunakan
penyelesaian persamaan Schrodinger (metode mekanika kuantum,
dimanakeadaansuatusistemdigambarkanmelaluifungsikoordinat
partikeldalamsistemfungsigelombang).Metodeinimenyelesaikan
semua persamaan secara eksak dan semua elektron yang ada
diperhitungkan, sehingga memerlukan waktu yang lama. Contoh
programdenganmetodeabinitioadalah:Gaussian,MP2.
Metode Semi empiris dapat untuk sistem besar, maksimal terdiri
dari 1000 atom. Metode ini hanya memperhitungkan elektron
valensi, sehingga perhitungan dapat lebih cepat. Contoh program :
MNDO,AM1danPM3.

PemodelanDanKomputasiMolekulObat

fauzanzein@yahoo.com 3
TugasPraktikum:

A. Membuatstrukturtigadimensibenzena
1. BukahalamanbarudenganpilihFilelaluNewatau"Ctrl+N"
2. Dari menu Edit pilih Add Atom , lalu C[sp2], C_R trigonal,
aromatic. Di sini digunakan atom sp2 karena benzena adalah
senyawa aromatis, sehingga hibridisasi atom C penyusunnya
adalahsp2.
3. Pastikan tombol Auto Bond menyala, dengan klik ,
sehingga ikatan akan otomatis terbentuk setiap kita
menambahkan atom pada layar. Klik kanan pada layar
membentuk heksagon, menggambarkan 6 atom C sp2
penyusun benzena. Setelah menambahkan atom ke6, klik
kembali atom pertama untuk menutup cincin. Pada layar akan
tampaksepertiberikut:

4. Simpanmolekuldengannamabenzenadaalamformat.agl.
5. Lakukan Clean geometry dengan klik tombol . Struktur
molekul akan berubah. Clean geometry bertujuan
menggambarkan suatu senyawa sedekat mungkin dengan
kenyataannya.
6. Tambahkan atomatom hidrogen dengan klik tombol .
LakukanCleangeometrylagi.
7. LakukanCleanthehybridizationdenganmemilihmenuEditlalu
CleanHybridization.Langkahinimemeriksasemuajenisikatan

PemodelanDanKomputasiMolekulObat

fauzanzein@yahoo.com 4
dan menyusun konstruksi yang baik. Pada layar akan tampak
sepertiini:

8. Klik tombol untuk mengembalikan tombol kanan mouse

keposisiSelectMode.
9. Kliktombol untukmenyimpanmolekul.

B.Optimasigeometri
1. Optimasi geometri molekul benzene dengan metode mekanika
kuantum semiempiris PM3. Klik tombol , maka kotak
dialogOptimizeGeometryakanterbuka.
2. KliktombolPM3padakotakHamiltonian,kemudianklikOK.
3. Klik tombol run calculation . Perhitungan dengan PM3
akan berjalan dan akan tampak perubahan geometri molekul
danhasilperhitunganditampilkanpadabagianbawahlayar.
4. Klik tombol simpan untuk menyimpan struktur akhir dan
hasilperhitungan.

PemodelanDanKomputasiMolekulObat

fauzanzein@yahoo.com 5
C. MembuatstrukturATP(AdenosinTriPosfat)

1. BukahalamanbarudenganpilihFilelaluNewatau"Ctrl+N".
2. Dimulai dengan menggambar puran : Klik tombol Builder
Toolkit atau dari menuTools,pilih Builder Tools, Rings.
KlikstrukturpurandarikotakdialogRingsdengancaraklikkiri.

PemodelanDanKomputasiMolekulObat

fauzanzein@yahoo.com 6
3. Bawa kursor ke layar dan klik kanan. Lakukan rotasi jika
diperlukan.Padalayarakantampaksepertiini:

4. Kliktombol ,kemudianklikkiripadasembarangtempatdi
layartapidiluarmolekul.Padalayarakantampaksepertiini:

5. Hilangkanatomhidrogendengankliktombol .Padalayar
akantampak:

PemodelanDanKomputasiMolekulObat

fauzanzein@yahoo.com 7
6. Klik tombol Add Atom dan tombol Automatic Bond
.
7. Kliktombol ,pilihAtoms,C.
8. Klikkiripadaatomyangakanditambahkankarbon(C4),atom
akan berwarna kuning. Kemudian klik kanan pada posisi dekat
atomCtersebut,atomCbaruakanterbentuk,terikatpadaC4.
KlikkirilagipadaatomCbaru.

9. Klik tombol untuk memutar, tombol untuk

menggeser, untuk memusatkan, atau untuk
membesarkecilkan molekuluntuk memberi ruang padagugus
fosforil.
10. TambahkanatomOksigenpadaatomCbaru(C5)dengancara
sepertidiatas.

11. Tambahkan juga atomatom P dari gugus posforil dan sisa

atom O yang lain. Untuk mengganti atom bisa dilakukan
dengan klik kiri pada atom ybs, kemudian klik kanan, pilih

PemodelanDanKomputasiMolekulObat

fauzanzein@yahoo.com 8
Change atom, pilih atom dan hibridisasi yang diinginkan.
Abaikan bentuk geometri dari molekul karena nanti akan
dilakukancleangeometry.

12. Klik tombol . Untuk mengubah ikatan tunggal pada 3

atom O pada gugus posforil berdasarkan struktur ATP yang
diinginkan, dengan cara klik kanan pada ikatan ybs, pilih
Doublebond.
13. Sekarang tambahkan gugus Adenine, dimulai dengan
menampilkanguguspirimidindidekattempatnyaakanterikat.
LakukanrotasibilaperludanhilangkanatomH.

14. BentukikatanantaraatomC1ribosadenganatomNAdenosin,
dengan cara : pastikan tombol menyala kemudian klik
kiripadakeduaatomtersebut.

PemodelanDanKomputasiMolekulObat

fauzanzein@yahoo.com 9

15. KliksatuatomCpadapirimidindanhilangkan.Tambahkansatu
lagiguguspirimidin(tanpahydrogen).

16. Hilangkan dua atom C dan bentuk ikatan dengan gugus

pirimidin.

17. Tengahkan molekul pada layar dan lakukan clean geometry,

dengancaraklik lalu .

PemodelanDanKomputasiMolekulObat

fauzanzein@yahoo.com 10

18. Terakhir,tambahkangugusaminpadapurin,tambahkanatom
Hdanlakukancleangeometry.

19. Simpan file dengan format agl. Untuk menampilkan dalam

bentuk gambar dari menu File pilih Export, simpan file dalam
formatbmp,jpgatautiff.

PemodelanDanKomputasiMolekulObat

fauzanzein@yahoo.com 11
Tugas:
1. Buatlah struktur senyawa sederhana seperti asetosal dan
parasetamol!
O
OH
O
O CH
3
Asetosal
OH
HN CH
3
O
Parasetamol

2. Buatlahstruktursenyawayanglebihrumitsepertiampisilin
danfenilbutazon!
O
N
N
O
NH
2
O
NH
N
S
O
CH
3
CH
3
O H
Ampisilin
Fenilbutazon

3. Lakukan optimasi geometri terhadap senyawasenyawa
tersebut.Catatnilaienergimasingmasingsenyawa!