Organizacin y estructura de genomas

ORGANIZACIN DE LOS GENOMAS

1. Un gen es un segmento de DNA que al expresarse da un producto funcional que puede ser una protena o un RNA.

2.

Un genoma es el conjunto de genes que contiene la informacin necesaria para que una clula pueda existir y reproducirse, es decir, son todos los genes de un organismo.
Los genomas de eucariontes son muy grandes y mucha de su estructura corresponde a regiones que no codifican para ningn producto funcional (secuencias no-codificantes) Algunas de estas secuencias no codificantes son secuencias espaciadoras entre los genes

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Otras secuencias no codificantes (intrones) interrumpen a genes

Algunos genes se repiten muchas veces en el genoma, formando familias de genes (eucariontes).

Cuntos genes se necesitan para formar un organismo ?

Tamao relativo de los genomas de distintos organismos

Pares de Bases

% de DNA no-codificante para protenas

A mayor complejidad del organismo, mayor proporcin de las regiones NO codificantes en el genoma

El genoma de E. coli est compuesto casi completamente por genes

mientras que organismos ms complejos presentan menor densidad gnica

Un gen eucarionte contiene intrones El gen se transcribe completo produciendo un preRNA El preRNA debe procesarse para quitar los intrones (splicing) El mRNA maduro no contiene intrones

Comparacin de densidad gnica de diferentes organismos

DNA de bacteria
(4.2 x 106 pb)

1 cromosoma (nucleoide) DNA circular doble cadena sin envoltura de membrana

ADN lineal y circular

Doble hlice (procariontes y eucariontes) Cadena sencilla (algunos virus)

Secuencias unicas (genes); secuencias repetidas (no codificantes)

Circular

Superenrollado Lineal Nuclear de Eucariontes Virus (algunos)

Bacteria Virus (algunos) Plsmidos Mitocondria Cloroplastos

Superenrollado

Topoisomerasas
Enzimas que regulan la tensin en la molcula de ADN

Tipo I:

Cortan una de las cadenas de DNA No requieren ATP Introducen incrementos de 1 en Lk

Tipo II:
Girasa

Cortan ambas cadenas de DNA Requieren ATP Introducen incrementos de 2 en Lk

(superenrollamiento negativo en procariontes)

Formas topolgicas del DNA circular cerrado (topoismeros)

Superenrollamiento del ADN en Bacteria

Compactacin del nucleoide bacteriano

En eucariontes los organelos mitocondria y cloroplasto tienen su propio material gentico Teora endosimbintica
Los cloroplastos y las mitocondrias provienen de bacterias de vida libre que fueron secuestradas por clulas eucariticas

Algunos genes de estos organelos han sido pasados al ncleo por lo cual requieren de la actividad transcripcional del ncleo para tener algunas protenas que requieren para funcionar correctamente

DNA mitocondrial

El DNA mitocondrial humano no tiene regiones intergnicas

Compactacin del DNA en los cromosomas eucariontes

10-11 nm

Unidad bsica del DNA eucarionte

La estructura que forma la fibra de 10 nm es el

nucleosoma

DNA enrollado en histonas: 147 pb

El nucleosoma incluye al DNA enrollado a histonas + DNA unidor: 200 pb

Estructura del nucleosoma

Composicin de los nucleosomas

El DNA que rodea a la mdula de histonas (147 pb) + DNA unidor: en total 200pb

El ncleo es de 8 histonas: 2 H2A, 2 H2B, 2 H3, y 2 H4 Una histona H1 se encuentra uniendo entre si los nucleosomas

Las histonas son protenas bsicas (ricas en Lys

y Arg que se unen al DNA)

Empaquetamiento de 6 X por nucleosoma

CONTENIDO DE LYS Y ARG DE LAS HISTONAS HISTONA H1 H2A H2B H3 H4 %LYS 24.8 10.9 16.0 9.6 10.8 %ARG 2.6 9.3 6.4 13.3 13.7

Esquema de una seccin de la cromatina

INTERACCIONES ENTRE LAS HISTONAS Y EL DNA EN LOS EUCARIOTES

El octmero de histonas se asocia por interacciones hidrofbicas

Un nucleosoma consiste en 147 pb de DNA enrrollados en el octmero de histonas.

 La ACETILACIN es la principal modificacin covalente (es reversible). La acetilacin y desacetilacin es llevada a cabo por acetiltransferasas y desacetilasas de histonas. Otras modificaciones son la metilacin, fosforilacin, ubiquitinacin y sumoilacin. Las bases del DNA tambin son modificadas por metilacin.

Herencia epigentica
GENTICA: Herencia debida a cambios en la secuencia de bases del DNA. EPIGENTICA: Herencia en la cual la secuencia del DNA no se ve alterada, hay modificacin qumica de bases nitrogenadas, de histonas, remodelacin de cromatina, entre otros. Estos cambios tambin se heredan.

El DNA eucarionte se compacta en diferentes tipos de Cromatina

Eucromatina
Heterocromatina

La Eucromatina es transcripcionalmente activa La Heterocromatina es electrodensa y es transcripcionalmente inactiva

Heterocromatina y Eucromatina
Heterocromatina: Segmentos del cromosoma que se tien fuertemente y permanecen visibles, prcticamente, durante todo el ciclo celular. Hay pocos genes en estas regiones y por lo tanto, baja actividad transcripcional. Regiones supercondensadas. Secuencias repetitivas de DNA, regiones no transcribibles en el genoma.

Eucromatina: Segmentos del cromosoma que no son visibles durante la telofase e interfase, slo en metafase. Regiones que se condensan y se descondensan. Corresponde a regiones menos compactas y en las que hay una mayor densidad gnica. Hay mayor actividad transcripcional.

Constitutiva: NO se expresa. Incluye secuencias cortas repetidas (DNA satlite). Papel estructural en el cromosoma: centrmeros y telmeros.

Heterocromatina
Facultativa: Puede ocupar cromosomas enteros inactivos en un tipo celular, y expresados en otro. P. ej. Compensacin de dosis del cromosoma X

Video

Qu se necesita para tener un cromosoma estable?

Secuencias nicas (genes) Repetidas dispersas y mltiples orgenes de replicacin

centrmero telmeros varios origenes de replicacin

Centrmeros
Son regiones repetitivas de DNA (150-171 pb)n Constituyen el sitio de unin de las fibras del huso mittico. Componen del 1% al 3% de la secuencia de un genoma. Su posicin vara en los distintos cromosomas.

Importancia del centrmero

Telmeros
Se encuentran en los extremos de los cromosomas. Se requieren para la replicacin y estabilidad de los cromosomas.

Son secuencias repetidas de DNA, en humanos: -TTAGGG- que se repite entre 250 a 1,500 veces.

EMPAQUETAMIENTO
6X

Solenoide
40 X

Bucles
680 X

Espiral condensada (Solenoide mayor)

1.2 x 104 X

Cromosoma

Video