Molecular Dynamics

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GAMESS Software para ab initio molecular quantum chemistry

February 17, 2014 Fran Uncategorized
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HPC programming
GAMESS um programa para ab initio molecular de qumica quntica. Resumidamente, com GAMESS pode-se calcular funes de ondas SCF que variam de RHF, ROHF, UHF, GVB, e MCSCF. Correes correlacionadas com estas funes de onda SCF incluem interao de configurao, segundo a teoria de ordem de perturbao, e abordagens Coupled-Cluster, bem como a densidade funcional teoria de aproximao. Estados excitados podem ser computados pelos procedimentos CI, MOE, ou TD-DFT . Gradientes nucleares esto disponveis para a otimizao geometrica automtica, as pesquisas do estado de transio, ou caminho de reao seguinte. Clculo da energia do hessian permite a previso de freqncias vibratrias, com intensidades de infravermelho ou Raman. Efeitos do solvente pode ser modelado pelos Fragmentos potenciais discretos eficazes , ou modelos contnuos, como a Continuum Model Polarizable. Inmeros clculos relativistas esto disponveis, incluindo ordem infinita duas correes escalares de componentes, com vrias opes de acoplamento spin-rbita. O mtodo Fragmento Molecular Orbital permite o uso de muitos destes tratamentos sofisticados para serem utilizados em sistemas muito grandes dividindo-se o clculo em pequenos fragmentos. Funes de ondas nucleares tambm podem ser computados em VSCF ou com tratamento explcito de orbitais nucleares pelo cdigo NEO.
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Uma variedade de propriedades moleculares que variam de momentos de dipolo simples para frequncia hiperpolarizabilidades dependentes podem ser computados. Muitos conjuntos de base so armazenadas internamente juntamente com os potenciais de ncleo ou potenciais modelo de ncleo eficazes de modo que, essencialmente, toda a tabela peridica pode ser considerada. A maioria dos clculos podem ser realizados usando tcnicas diretas ou em paralelo no hardware apropriado. Programas grficos, particularmente o programa MacMolplt (para Macintosh, Windows ou Linux desktops) esto disponveis para visualizao dos resultados finaise no programa Avogadro possvel ajudar com a preparao de insumos. Uma descrio detalhada do GAMESS est disponvel nos seguintes artigos de
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peridicos:
General Atomic and Molecular Electronic Structure System M.W.Schmidt, K.K.Baldridge, J.A.Boatz, S.T.Elbert, M.S.Gordon, J.H.Jensen, S.Koseki, N.Matsunaga, K.A.Nguyen, S.Su, T.L.Windus, M.Dupuis, J.A.Montgomery J. Comput. Chem., 14, 1347-1363(1993). Advances in electronic structure theory: GAMESS a decade later M.S.Gordon, M.W.Schmidt pp. 1167-1189, in Theory and Applications of Computational Chemistry: the first forty years C.E.Dykstra, G.Frenking, K.S.Kim, G.E.Scuseria (editors), Elsevier, Amsterdam, 2005.
O quadro abaixo resume as capacidades atuais do programa para a obteno de Funes de ondas, a aplicao de tratamentos de correlao e derivativos computacionais.
SCFTYP= RHF --SCF energy SCF analytic gradient SCF analytic Hessian MP2 energy MP2 gradient CI energy CI gradient CC energy EOMCC excitations DFT energy DFT gradient TD-DFT energy TD-DFT gradient MOPAC energy MOPAC gradient ROHF ---UHF --GVB --MCSCF -----
CDFpEP CDFpEP CD-pEP CD-pEP CDFpEP CDFpEP CD-pEP CD-pEP CD-pEP CDFpEP CD-p-- CD-p-- ------ CD-p-- -D-p-CDFpEP CDFpEP CD-pEP ------ CD-pEP CDFpEP -D-pEP CD-pEP ------ -----CDFp-- CD-p-- ------ CD-p-- CD-p-CD---- ------ ------ ------ -----CDFp-- CDF--- ------ ------ -----CD---- ------ ------ ------ -----CDFpEP CD-pEP CD-pEP CDFpEP CD-pEP CD-pEP CDFpEP ------ CD-p-CDFpEP ------ -----yes yes yes yes yes yes n/a n/a n/a n/a yes no n/a n/a n/a n/a n/a n/a
C= conventional storage of AO integrals on disk D= direct evaluation of AO integrals whenever needed F= Fragment Molecular Orbital methodology is enabled, F pertains to the gas phase; for FMO with PCM or EFP see manual. p= parallel execution E= Effective Fragment Potential discrete solvation P= Polarizable Continuum Model continuum solvation
Um resumo mais completo dos recursos do programa, incluindo todos os tipos de execuo e propriedades moleculares podem ser encontrados em INTRO.DOC, o primeiro captulo da documentao GAMESS. No comments
Molecular dynamics using LAMMPS on raspberry pi

February 9, 2014 Fbio Uncategorized
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High perfomance computing is not a no obvious concept . One basic explanation: Reach the maximum performance in node or nodes. The raspberry pi is a small computer with 700 MHZ and 512 MB RAM. Using the raspbian to compile LAMMPS on raspberry pi: apt-get install build-essential gfortran tar -xf lammps_stable.tar.gz cd lammps-1Feb14/src make stubs make serial ./lmp_serial < ../bench/in.lj The leonard Jones model using 500000 atoms take 24minutes
But, why use a small computer like raspberry for molecular dynamics: One cheap cluster; Understanding high performance computing; Small electrical power consumption; Is not necessary cooling.
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Molecular dynamics with OpenMP

February 7, 2014 Fbio Uncategorized
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These is the first step for DM:
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gdb aix dbx ?

February 6, 2014 Fbio programming
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In some projects we use the IBM Power processor. With this kind of processor the OS is IAX and the compiler has to be xlc. The gnu gdb debuger is a terrific tool, butcan not be used with binary from xlc. The solution is: dbx . Example: dbx ./bin/prog (dbx) r If a segmentation fault occurs: Segmentation fault in config at line 25 in file src/config.c 25 atos[a].r.x = x; (dbx) print sizeMol 20 (dbx) quit
Another usefull commands: dump show several info about the break point
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O QUE ACCELERATED COMPUTING?

February 6, 2014 Fran Uncategorized
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Computao acelerada por GPU o uso de uma unidade de processamento grfico (GPU), juntamente com a CPU para acelerao cientfica, engenharia e aplicaes corporativas. Pioneira em 2007 pela NVIDIA, as GPUs agora datacenters de energia eficiente em termos de energia em laboratrios governamentais, universidades, empresas e empresas de pequeno e mdio em todo o mundo.
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Veja mais em: http://www.nvidia.com/object/what-is-gpu-computing.html # sthash.844EQXlq.dpuf Como os aplicativos aceleram com GPUs Computao acelerada por GPU oferece desempenho do aplicativo sem precedentes, transferindo parcelas de computao intensiva da aplicao para a GPU, enquanto o restante do cdigo ainda executado na CPU. Da perspectiva de um usurio, os aplicativos simplesmente executam significativamente mais rpido. Veja mais em: http://www.nvidia.com/object/what-is-gpu-computing.html # sthash.844EQXlq.dpuf
CPU VERSUS GPU Uma maneira simples de entender a diferena entre uma CPU e GPU comparar como eles processam tarefas. A CPU consiste em alguns ncleos otimizados para processamento de srie seqencial, enquanto uma GPU consiste em milhares de ncleos menores, mais eficientes projetados para lidar com mltiplas tarefas simultaneamente. Veja mais em: http://www.nvidia.com/object/what-is-gpu-computing.html # sthash.844EQXlq.dpuf
GPUs tm milhares de ncleos para processar cargas de trabalho paralelas de forma eficiente.
Centenas de aplicativos lderes da indstria j esto acelerados por GPU. Descubra se os aplicativos que voc usa so GPU-accelerated.
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02/26/2014 06:27 AM
Existem trs abordagens bsicas para a adio de acelerao por GPU para suas aplicaes: Dropping em bibliotecas otimizadas por GPU Adicionando compilador dicas para auto-paralelizar seu cdigo Usando extenses para idiomas padro, como C e Fortran Aprendendo a usar GPUs com o modelo de programao paralela CUDA fcil. Para livre aulas on-line e recursos para desenvolvedores visitar zona CUDA. VISITE CUDA ZONE Veja mais em: http://www.nvidia.com/object/what-is-gpu-computing.html # sthash.844EQXlq.dpuf
Confira o vdeo abaixo (em ingls) para uma comparao divertida entre CPU contra GPU.
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Wearable Computing
January 28, 2014 Fbio Uncategorized
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Wearable Computing
Wearable Computing o estudo ou a prtica de inventar, projetar, construir, ou o uso de dispositivos computacionais e sensoriais transmitidos pelo corpo em miniatura.
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02/26/2014 06:27 AM
Computadores Wearable podem ser usados sob, sobre, ou em roupas, ou tambm podem ser eles mesmos roupas (ou seja, Smart Clothing.
Wearable computing como uma relao recproca entre homem e mquina
Uma distino importante entre computadores wearable e computadores portteis (computadores de mo e laptops, por exemplo) que o objetivo da wearable computing posicionar ou contextualizar o computador de tal forma que o computador e o ser humano estejam inextricavelmente interligados, de modo a alcanar Humanistic Intelligence ou seja, a inteligncia que surge por ter o ser humano no ciclo de feedback do processo computacional. Um exemplo de inteligncia humanistica o reconhecedor de face wearable em que o computador assume a forma de culos eltricos que ve tudo o que o usurio v e, portanto, o computador pode interagir por acaso. Um computador porttil ou laptop no iria fornecer a mesma interao acidental ou inesperada, ao passo que o computador wearable pode reconhecer nametags virtuais se alguma vez v algum ou seu dono sabe ou deveria saber. Nesse sentido,w earable computing pode ser definido como uma incorporao, ou uma tentativa de incorporar, inteligncia humanistica . Esta definio tambm permite a possibilidade de parte ou da totalidade da tecnologia a ser implantada no interior do corpo, aumentando, assim, a partir de computao wearable computao tolervel (isto , transmitidos pelo corpo).
Uma das principais caractersticas do inteligncia humanistica a constncia da interao, que o computador e o ser humano estejam inextricavelmente interligados. Decorre da constncia de interao entre homem-computador, ou seja, no h necessidade de ligar o dispositivo antes de se conectar com ele. Outra caracterstica de inteligncia humanistica a capacidade de
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multi-tarefa. No necessrio para uma pessoa parar o que esta fazendo para usar um computador wearable, pois est sempre em execuo em segundo plano, de modo a aumentar ou mediar as interaes do ser humano. Computadores Wearable podem ser incorporados pelo usurio a agir como uma prtese, formando assim uma verdadeira extenso da mente e do corpo do usurio. comum na rea de Human-Computer Interaction (HCI) pensar no ser humano e o computador como entidades separadas. O termo Interao Humano-Computador, enfatiza essa separao os tratando como diferentes entidades humanas e informtica que se interagem. No entanto, a teoria inteligncia humanistica considera o utilizador e o computador com as suas instalaes de entrada e sada associados no como entidades separadas, mas considera o computador como um segundo crebro e suas modalidades sensoriais como sentidos adicionais em que a sinestesia funde com os sentidos do utilizador. Neste contexto, wearable computing tem sido referido como um sexto sentido. Quando um wearble computer funciona como uma realizao bem-sucedida de inteligncia humanistica, o computador usa a mente e o corpo do ser humano como um de seus perifricos, assim como o ser humano utiliza o computador como um perifrico. Esta relao de reciprocidade est no corao de inteligncia humanistica.
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Gluster Introduo a arquitetura

December 10, 2013 Fran HPC
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Cloud Storage Gluster

Nos ltimos dez anos, as empresas tm visto enormes ganhos em migrarem de arquiteturas monolticas de servidores proprietrios para arquiteturas que so virtualizadas, open source, padronizada Infelizmente, o armazenamento no manteve o ritmo com a computao. As solues prprias, monolticas e de escalabilidade vertical que dominam o setor de armazenamento hoje no entregam a economia, flexibilidade e maior capacidade de escala que os modernos centros de dados precisam em um hiper crescimento, virtualizado e num mundo baseado em nuvem. Gluster foi criado para resolver esta lacuna. Gluster um arquivo baseado em scale-out plataforma NAS que open source e somente software. Permite que empresas possam combinar grandes quantidades de armazenamento de matrias-primas e recursos de computao em um alto desempenho, virtualizados e gerenciados de forma centralizada. Tanto a capacidade e o desempenho podem ser dimensionados de forma independente sob demanda, a partir de alguns terabytes para mltiplos petabytes , utilizando-se tanto de hardware on-premise commodities e infraestrutura de armazenamento em nuvem pblica. Atravs da combinao de economia de commodities com uma abordagem de expanso, os clientes podem alcanar radicalmente melhores preos e desempenho, em uma soluo fcil de gerenciar que pode ser configurado para cargas de trabalho mais exigentes.Ao oferecer maior desempenho, escalabilidade e facilidade de uso em conjunto com custo reduzido de aquisio e manuteno, Gluster um passo revolucionrio na gesto de dados. Vrias decises avanadas de
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design
de arquitetura tornam
possvel para o Gluster entregar uma grande
performance, maior flexibilidade, maior capacidade de gerenciamento e uma maior resilincia, a um custo global significativamente reduzido. A completa eliminao da localizao dos metadados atravs do uso do Hashing Algorithm Elastic est no centro de muitas das vantagens fundamentais do Gluster, incluindo a sua notvel capacidade de resistncia, que reduz drasticamente o risco de perda de dados, corrupo de dados, ou os dados se tornarem indisponveis. Abaixo ilustrao de como funciona:
Virtualizao:
No comments armazenamento conectado rede em cluster (NAS em cluster), armazenamento em cluster, pNFS (NFS Paralela), ZFS
Cluster Definio
December 10, 2013 Fran HPC
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O termo cluster largamente utilizado em redes de computadores para se referir a um nmero de diferentes aplicaes de recursos de computao compartilhada. Normalmente, um cluster integra os recursos de dois ou mais dispositivos de computao (que poderiam funcionar separadamente), em conjunto para algum propsito em comum. Uma farm de servidores Web (uma coleo de servidores Web em rede, cada um com acesso a contedos no mesmo local) funcionam como um cluster conceitualmente. No entanto, os conservadores podem debater a classificao de uma farm de servidores como um cluster, dependendo dos detalhes da configurao de hardware e software. importante reconhecer que o agrupamento da rede envolve uma longa histria anterior de pesquisa e desenvolvimento, com muitas ramificaes e variaes. Arquitetura de rede Configurao de rede consiste em um n principal e um nmero de ns de computao escalvel. Os ns podem ser conectados como parte de uma rede de servidores maior, ou como uma rede privada com o n principal servindo como um
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gateway. A arquitetura de software A Arquitetura de software consiste em uma camada de interface de usurio, uma camada de programao, e uma camada de execuo. Tipos de jobs de computao paralela Em geral, existem trs tipos de jobs de computao paralela: tarefa paralela, varredura paramtrica, e fluxo de tarefas. Os trs tipos no so mutuamente exclusivos.. No comments sistema paralelo cluster, farm, rede de Workstations (NOW), sistema distribudo,
Xeon Phi
October 6, 2013 Fbio HPC
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O Xeon Phi o novo co-processador da Intel que tenta rebater a grande influncia que as GPU (leia nvidia) faz sobre o mercado atual.
Xeon Phi
Por ser uma arquitetura SIMD e ainda ter a capacidade de host (sim, possvel entrar no Xeon Phi e executar o seus software) de grande importncia observar o seus passos. No comments
OpenMP 4.0 SIMD

September 25, 2013 Fbio HPC
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A taxonomia de Flyn explicou como as instrues e dados de um computador podem ser encadeadas.
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02/26/2014 06:27 AM
Taxonomia de Flyn Tal ideia torna simples escolher como ser o modelo computacional a ser empregado. Porm, a implementao de alguns modelos tente a ter mais vantagens que outras. Dessa forma, necessrio um esforo maior quando se via programar em GPU/SIMD. Para ajudar na tarefa de programar em SIMD (no diretamente em GPU) O OpenMP 4.0 possui tais instrues http://www.openmp.org/mp-documents /OpenMP4.0.0.pdf No comments
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