TAXONOMA, NOMENCLATURA Y CLASIFICACIN BACTERIANA

CLASIFICACIN

Inicialmente se crea que los seres vivos estaban agrupados en cinco reinos, de los que slo uno era procaritico. Para esta clasificacin los bilogos se basaron en las caractersticas estructurales de cada organismo. Pero la filogentica molecular ha puesto de manifiesto que la vida celular en la Tierra ha evolucionado siguiendo slo tres grandes linajes, dos de los cuales son exclusivamente microbianos y estn compuestos slo por clulas procariticas. Las lneas procariticas son Bacteria y Archaea y la lnea eucariota se denomina Eukarya A esta lnea pertenecen los animales, plantas, hongos y protistas . Estas tres lneas son las que definen los tres dominios de la vida. Para la clasificacin de los organismos se cre un rbol filogentico que describe la historia evolutiva de los seres vivos y las relaciones entre ellos. La raz del rbol representa un momento en la evolucin en que toda la vida existente en la tierra estaba representado por un antepasado comn, llamado Antecesor Universal. Por ejemplo, con el estudio de genomas completos se ha demostrado que el dominio Archaea contiene ciertos genes que no se encuentran en los dos dominios restantes. Pero con estos mismos estudios genmicos se ha demostrado que Bacteria, Archaea y Eukarya comparten muchos genes. Se sostiene la hiptesis de que los tres dominios contienen similitud en muchos genes porque los organismos primitivos se transferan genes que cumplan funciones importantes como por ejemplo la codificacin y la trascripcin. Pero despus se dice que con la

evolucin se formaron barreras celulares que impedan esa trasferencia de genes, y fue as como empez a generarse la diferencia gentica entre los tres dominios.

RBOL FILOGENTICO Euryarchaeota

PROTEOBACTERIAS

Crenarchaeota

Korarchaeota

SECUENCIACIN DEL rRNA 16S Para estudiar las relaciones evolutivas de los seres vivos se deben escoger las macromolculas adecuadas para la secuenciacin. Primero que todo, la molcula debe estar presente en todos los organismos a analizar y en todos debe cumplir la misma funcin. Se deben alinear las dos molculas que se van a comparar para establecer en donde tienen similitud y en donde difieren las secuencias. Debido a la antigedad del rRNA como molcula sintetizadora de protenas, y por otras razones, esta molcula ha sido escogida para estudiar el desarrollo evolutivo

de los seres vivos; con ella se puede determinar el parentesco evolutivo entre dos organismos. De las tres molculas de rRNA (5S, 16S Y 23S) que hay en procariotas, la escogida para el estudio filogentico es el rRNA 16S; en el caso de los organismo eucariotas es escogido fue el rRNA 18S, ambos son procedentes de la subunidad pequea del ribosoma.

METODOLOGA DE SECUENCIACIN Hay muchos mtodos para secuenciar el rRNA pero uno de los ms utilizados es el PCR, para ampliar los genes que codifican el RNA ribosmico 16Sa partir del DNA de un microorganismo. El mtodo de secuenciacin que se utiliza es el PCR empleando secuenciacin de Sanger. Cuando ya se ha terminado de secuenciar, el anlisis se puede hacer manual o digitalmente mediante programas informticos. Se hace la alineacin de la secuencia con otra secuencia realizada anteriormente y se procede a realizar el rbol filogentico utilizando algunos algoritmos.

rbol filogentico de Bacteria

Ninguno de los organismos que aparecen en el rbol filogentico es primitivo aunque algunos tienen similitud con stos. Por ejemplo los que estn ms cercanos a la raz del rbol no significa que sean primitivos sino que estn ms cercanos a estos primeros organismos; pero son modernos aunque menos evolucionados en

comparacin a los que surgieron posteriormente en el rbol.

Las Proteobacterias son el grupo ms grande y diverso fisiolgicamente del dominio Bacteria. Las Proteobacterias a su vez se dividen en cinco grupos con varios gneros cada uno, designados con las letras alfa, beta, gamma, delta sigma y psilon. Estas bacterias son muy importantes a nivel clnico agrcola e industrial. A nivel clnico sobre

todo las pertenecientes a los grupos gamma (aqu se encuentra la bacteria que causa la salmonella) y beta.

PRINCIPALES CARACTERSTICAS DIFERENCIALES ENTRE BACTERIA, ARCHAEA Y EUKARYA

Cada dominio tiene unas caractersticas fenotpicas propias que lo diferencian de los dems, pero tambin poseen caractersticas que pueden encontrarse en los otros dominios. Caractersticas - Gentica y morfolgica Estructura celular procaritica DNA covalente cerrado y circular Histonas presentes Ncleo rodeado por membrana Lpidos de membrana Ribosomas (masa) Intrones en la mayora de los genes Operones S S No S S No Ausente Enlace ster 70S No S S S Ausente Enlace ter 70S No No No S Presente Enlace ster 80S S Bacteria Archaea Eukarya

- Fisiolgicas Desnitrificacin Fijacin de nitrgeno Crecimiento por encima de los 80 Metanognesis Nitrificacin Fotosntesis basada en la clorofila No S S S No No No No S (en cloroplastos) S S S S S S No No No

TAXONOMA

Ciencia que ordena la diversidad biolgica en taxones anidados unos dentro de otros, ordenados de forma jerrquica, formando un sistema de clasificacin. La taxonoma est conformada adems por dos subdisciplinas principales, identificacin y nomenclatura. La taxonoma bacteriana se basa principalmente en el anlisis fenotpico como elemento bsico de clasificacin. TAXONOMA BACTERIANA CLSICA Se determinan varias caractersticas de los microorganismos y posteriormente se agrupa el organismo en la escala taxonmica. Algunas caractersticas importantes que se tienen encuentra a la hora de agrupar un organismo son: la morfologa, nutricin, fisiologa y hbitat.
Caractersticas fenotpicas de valor taxonmico Categora principal Morfologa Movilidad Nutricin y fisiologa Componentes Forma, tamao, tincin de Gram Flagelo, desplazamiento y no mvil. Mecanismos de conservacin de la energa; relacin con el oxgeno y la temperatura; capacidad para usar fuentes de carbono, nitrgeno y azufre. Otro factores Pigmentos, sensibilidad antibiticos, etc.

La taxonoma clsica bacteriana utiliza una serie de criterios que van desde lo general hasta lo especfico. Ejemplo 1 Determinacin del contenido GC en el DNA: Esto se puede hacer por determinacin de la temperatura de fusin, por electroforesis (souther blotting) o por mtodos cromatogrficos. Determinar el contenido GC puede ser importante para la identificacin de un organismo pero no es definitivo porque pueden haber organismos con valores GC similares y aun as estn poco relacionados taxonmica y filogenticamente. Taxonmicamente el contenido GC tiene poco valor pero por ejemplo en las bacterias Gram positivas s se utiliza la clasificacin de bacterias con alto y bajo contenido de G+C.

TAXONOMA MOLECULAR Tambin se conoce como quimiotaxonoma. Clasifica los microorganismos de acuerdo a las caractersticas moleculares de sus biomolculas. Entre los principales mtodos que utiliza la taxonoma molecular se encuentran: HIBRIDACIN DNA:DNA Determina el grado de similitud de secuencias, y por tanto sirve para diferenciar organismos estrechamente relacionados.

a)

Staphylococcus aures sub. aureus

Staphylococcus epidermidis

Enterococcus faecalis

Staphylococcus aures sub. anaerobius

Se aisla el ADN de cada uno de los organismos que se van a comparar, se marca el DNA del Staphylococcus aures subsp aureus con fosfato radiativo P-32 y

posteriormente se calienta para desnaturalizar la cadena de DNA. b) Se hacen todas las combinaciones posibles con cada uno de los organismos y se aade un exceso de DNA no marcado para evitar que el DNA macado se anille consigo mismo. c) La mezcla de DNA se enfra y se deja que vuelva a anillarse. El DNA residual se separa de todo DNA que no haya hibridado. Posteriormente se determina la cantidad de radiactividad en el DNA hibridado y se compara con el control al cual se le asigna un valor del 100%. Nota: Tambin se utilizan marcadores no radiativos que tienen la ventaja de no dejar residuos radiactivos en el DNA.

Resultados:
Valores de hibridacin Designacin Organismos de la misma especie Organismos del mismo gnero Organismos no relacionados Valores 70% o superiores 20-30% Menor al 10%

En el caso de el ejemplo del Staphylococcus aures subp. aureus, Staphylococcus epidermidis, Enterococcus faecalis y Staphylococcus aureus subp. anaerobius los resultados son los siguientes:

Staphylococcus aures subp. aureus y Staphylococcus epidermidis tuvieron una hibridacin entre el 20 y 30% lo que significa que son organismos del mismo gnero.

Staphylococcus aures subp. aureus y Enterococcus faecalis tuvieron hibridacin de menos del 10% o sea que no son organismos relacionados.

Staphylococcus aures subp. aureus y Staphylococcus aureus subp. anaerobius dieron hibridacin mayor a 75% lo cual quiere decir que estos organismos son de la misma especie.

La hibridacin se basa en que si dos organismos comparten muchas secuencias es porque lo ms probable es que tengan genes similares o idnticos, por tanto se espera que stos hibriden. La hibridacin es utilizada cuando por ejemplo se tiene la sospecha de que dos organismos son de especies diferentes aunque la secuenciacin del rRNA de la subunidad pequea y los anlisis fenotpicos no hayan encontrado diferencias considerables. La hibridacin en este caso revelara si dichos organismos son o no

son de la misma especie. Aunque si se hace secuenciacin del genoma completo, la hibridacin sera innecesaria. RIBOTIPADO El DNA es sometido a enzimas de restriccin y se revela con una sonda del RNA ribosmico. La diferencia entre los dos organismo se traduce a los sitios donde la enzima de restriccin va a realizar los cortes, ya que cada especie bacteriana tiene sitios de corte especifico. Para realizar Ribotipado primero se amplifica por PCR el gen que codifica para el rRNA 16S. Posteriormente se trata con enzimas de restriccin, se separa por electroforesis y luego se rastrea con una sonda. Luego el perfil que se genera de cada fragmento del DNA en el gel se digitaliza para ser comparado con otros Ribotipados. EL Ribotipado por ser un mtodo rpido, porque no necesita de secuenciacin ni alineacin de secuencias es muy utilizado en los anlisis clnicos, microbiolgicos de alimentos, agua y bebidas.

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MARCADORES QUIMIOTAXONMICOS Clasifican e identifican organismos (originalmente plantas), de acuerdo a las diferencias demostrables y similitudes en sus composiciones bioqumicas. Los compuestos estudiados en la mayora Son de los de casos son

protenas, aminocidos y pptidos.

ejemplos

marcadores

quimiotaxonmicos los fosfolpidos derivados de cidos grasos y las enzimas. Algunos marcadores quimiotaxonmicos: Pared: peptidoglicanos en Gram + Membrana externa Gram negativos: lipopolisacridos. Membrana citoplasmtica: cidos grasos, cidos miclicos en un grupo de bacterias Gram positivas, pigmentos carotenoides en bacterias fottrofas anoxignicas (habitan generalmente zonas anaerobias de los sistemas acuticos con exposicin a la luz. Tienen capacidad fotosinttica, convierten a la energa luminosa en qumica). Sistema fotosinttico: bacterioclorofilas. Citoplasma: poliaminas en metanognicas y Gram negativas.

Ejemplo 2 Anlisis de cidos graso: Conocido tambin con el nombre de FAME. Esta tcnica consiste en la caracterizacin de los tipos y proporciones de los cidos grasos presentes en los lpidos de membrana citoplasmtica y de la membrana externa de la pared celular de las bacterias. Dado que la composicin de los cidos grasos de los procariotas es tan variable, el perfil de cidos grasos de una bacteria particular puede ser til en el diagnstico.

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Lo que se hace en este procedimiento es lo siguiente: los cidos grasos extrados de las bacterias, se modifican qumicamente para formar metil steres, posteriormente estos compuestos voltiles se identifican por cromatografa de gases. Despus se compara el cromatograma con los de las otras bacterias que se encuentran en la base de datos. Los cidos grasos que se utilizan en esta tcnica tienen que ser de bacterias que hayan sido cultivadas porque los perfiles de cidos grasos de un organismo pueden variar por factores como la temperatura, fase de crecimiento y por la composicin del medio. Esta tcnica es ampliamente utilizada en clnica y en laboratorios de inspeccin de agua y alimentos, donde la identificacin de patgenos y otras bacterias peligrosas debe realizarse rutinariamente

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IDENTIFICACIN: Determina a que taxones pertenece un microorganismo aislado. Se asla y se cultiva el microorganismo Observacin de su morfologa Pruebas bioqumicas. Compara subespecies conocidas Asigna especies Para ello es necesario tener informacin sobre los taxones, para observar los caracteres del microorganismo que permiten ubicarlo en uno u otro taxn. Ahora se encuentra en pginas de internet en donde est un gran banco de informacin sobre bacterias su nomenclatura y clasificacin en especial en el manual de bergey de bacteriologa sistemtica ATCC (American Type Culture Collection). DSMZ (Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen, Coleccin alemana). Coleccin alemana de microorganismos y cultivos celulares CIP (Coleccin del Instituto Pasteur, Francia). Bergeys Manual of Determinative Bacteriology 1923 (1ed)-1994 (9ed). Manual de Bacteriologa Determinativa. Bergeys Manual of Systematic Bacteriology 1a Ed 1984(vol 1)- 1989(vol 4). Manual de Bergey de Bacteriologa Sistemtica. Bergeys manual of Systematic Bacteriology 2a Ed 2001-2005 (vol 1-vol 5) The Prokaryotes (http:/www.prokaryotes.com) www.ncbi.nlm.gov. El Centro Nacional para la Informacin Biotecnolgica.

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Ejemplo 3 Utilizacin de mtodos fisiolgicos y morfolgicos para la identificacin de un organismo.

Aislamiento de una bacteria del intestino de un animal homeotermo.

Obtencin del cultivo puro

Tincin de Gram

Forma bacilar

Facultativo

Fermentacin lactosa, con produccin de cidos y gas

Realizacin de pruebas bioqumicas

Escherichia coli

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OTROS MTODOS UTILIZADOS GENOTPICAMENTE Espectroscopia. Secuenciacin del gen que codifica para el rRNA 16S. Es el mtodo ms importante. rpoB (subunidad de la ARN polimerasa). La ARN polimerasa (RNAP) es una enzima imprescindible en el proceso de transcripcin. En bacterias es responsable de la sntesis del ARNm, ARNr y ARNt. gyrB (subunidad de la ADN girasa). Es el gen codificante de la subunidad de la ADN girasa o topoisomerasa II y est implicado en la replicacin del ADN bacteriano.

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NOMENCLATURA

Definicin de los rangos taxonmicos: Dominio: Nivel ms alto de clasificacin biolgica, se refiere a si es Eukarya, Bacteria o Archaea. Phylum: Agrupa a los seres vivos por su mismo sistema de organizacin. Es el principal linaje de clulas en uno de los tres dominios. Clase: Los phylum se dividen en clases por las caractersticas ms comunes que hay entre ellos, es decir, por las semejanzas mayores que existan entre los integrantes de un phylum. Orden: Comprende un grupo de Familias emparentadas. Es una divisin de la clase que tambin se basa en caractersticas comunes de algunos seres vivos dentro de una clase. Familia: Es una subdivisin de orden. Una familia es la agrupacin de seres vivos con caractersticas comunes dentro de un orden. Gnero: Grupo de especies con muchas similitudes que estn claramente separados de otros. Especie: Unidad taxonmica bsica. Son grupos de cepas con alto grado de similitud en diferentes caracteres. Subespecie: Rango taxonmico inferior que tiene soporte oficial en la nomenclatura Divisin de una especie con base en:

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 Variaciones fenotpicas menores pero consistentes dentro de la especie. Clusters de cepas dentro de la especie determinada genticamente.

RANGOS INFRA-SUBESPECFICOS Rangos inferiores a las subespecies Se distinguen debido a caractersticas especiales y a menudo de utilidad prctica. Serovariedad o serotipo (antgenos distintos) segn los antgenos de su superficie. Fagovariedad (tipificacin por fagos) fagos virus q infectan bacterias y causan lisis de la membrana. Biovariedad (diferencias bioqumicas y fisiolgicas) Patovariedad (patogenicidad) capacidad para producir enfermedad. Morfovariedad (diferencias morfolgicas). Genomovariedad (grupos con ADN similares).

DEFINICIN DE CEPA Y CEPA TIPO Cepa: poblacin de organismos que desciende de un nico organismo o de una sola clula Cepa tipo: El termino cepa tipo se refiere a una cepa PURA de un microorganismo (bacteria, levadura o hongo) que presenta todas la caractersticas morfolgicas, bioqumicas, de crecimiento, etc, que permite identificar claramente el gnero y la especie de ese microorganismo en

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particular. Las cepas tipo se utilizan, entre otras cosas, para fines de comparacin con cepas que se cree pertenecen a la misma especie microbiana, dentro de una coleccin de cepas. La cepa que sirve como el espcimen de referencia para la especie. Depositada en una coleccin de cepasPublicada en una revista de reconocimiento internacional (International Journal of Systematic Bacteriology).

PROPSITO DE LOS CDIGOS DE NOMENCLATURA los nombres deben ser estables No deben ser ambiguos Son necesarios

Forma de los nombres Binomios Trinomios

SISTEMA BINOMIAL DE NOMENCLATURA (LINNEO) Es el utilizado en biologa para nombrar especies de plantas, hongos, etc. Las bacterias tambin reciben un nombre segn esta nomenclatura para el gnero y un nombre para la especie. Esta nomenclatura est acompaada del nombre cientfico utilizado para determinar especies.

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 La mayora de los nombres derivan del latn o griego identificando algunas propiedades tpicas de la especie y se escriben en letras itlicas o cursivas Ejemplo: Staphylococcus epidermidis. En el nombre cientfico asignado a las especies, el nombre especfico nunca debe ir aislado del genrico ya que carece de identidad propia y puede coincidir en especies diferentes. Si se ha citado previamente el nombre completo y no cabe ninguna duda de a qu gnero se refiere, el nombre del gnero puede abreviarse a su inicial (M. religiosa).

En la nomenclatura binominal, la primera palabra es el nombre del gnero, es compartida por las especies del mismo gnero; y la segunda, es el nombre especfico que se refiere alguna caracterstica o propiedad distintiva de esa

especie en particular, como pueden ser el color, el origen, al hbitat, un homenaje a una personalidad o cualquier otro criterio. No es necesario que el nombre est en latn, slo es necesario que est latinizado. Los nombres de gneros siempre van con la primera letra en mayscula, los nombres especficos (son el nombre de la especie) siempre van en minscula, y los nombres de gneros y los de especies van siempre en itlicas (o subrayados, si se escribe a mano). Al escribir el nombre de especie, el nombre especfico nunca es utilizado solo, y es obligatorio que est precedido por el nombre del gnero, de forma que el nombre de la especie sea el binomio completo. No pueden haber dos gneros con el mismo nombre (ni dos taxones por arriba de gnero con el mismo nombre), pero como ocurre que el nombre especfico de las especies slo se usa despus del nombre del gnero, puede haber dos especies diferentes pertenecientes a gneros diferentes que compartan el mismo nombre especfico.

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Los gneros y especies no tienen ninguna restriccin para ser nombrados, excepto por el hecho de que tienen que estar en latn o latinizados, pero en las categoras superiores a gnero es necesario que tengan un sufijo en particular, que denota la categora a la que el taxn pertenece. Ejemplos: Categora taxonmica Sufijo Clase Orden Familia ia ales Ejemplo Proteobacteria Pseudomonadales

aceae Pseudomonadaceae

NOMENCLATURA TRINOMINAL. se utiliza Para las subespecies y patovariedades. Ejemplo: Staphylococcus aures anaerobius. Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000.

RANGOS TAXONMICOS.
Ejemplo Bacteria roja del azufre Allochromatium warmingii Jerarqua taxonmica de la Bacteria Allochromatium warmingii Divisin taxonmica| Dominio Phylum Clase Nombre Bacteria Gamma proteobacteria Zymobacteria

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Orden Familia Gnero Especie

Chromatiales Cromatiaceae Allochromatium Warmingii

NOMBRES VERNOCULARES O INFORMALES Cepa o raza ( ej K12, PT23, entre otros) Frmula antignica (ej Ia) Mutaciones (ej exp-, hrp-, entre otros) Fenotpicas (ej bacterias de la pudricin blanda, organismos semejantes a los micoplasmas, entre otros).

TAXONOMA POLIFSICA Es la tendencia moderna.

En la identificacin de bacterias muchas veces la secuenciacin del rRNA 16S no es suficiente porque a pesar que entre los organismos se estn comparando hay similitud en la secuencia, fenotpicamente no coinciden. Por tal razn se hizo necesaria la utilizacin de la taxonoma polifsica que consiste en la combinacin de diversas tcnicas para la identificacin de un microorganismo. Combina tcnicas genotpicas y fenotpicas. Lo que se hace es unir la tcnica de secuenciacin del rRNA y la Hibridacin de DNA. Se dice que si un organismo difiere en cuanto a secuenciacin es ms del 3%, se est hablando de una nueva especie. Esto se fundamenta en que cuando dos organismos tienen menos del 97% de similitud en la secuenciacin del 16S, la

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hibridacin del DNA da menor al 70%, que es el valor mnimo para determinar que dos organismos pertenecen a la misma especie. Consenso en la integracin de distintos tipos de caracteres: Fenotpicos: -clsicos (morfologa, nutricin, etc) - moleculares (marcadores quimiotaxonmicos) - perfil de protenas totales y enzimas Filogenticos: basados en el gen del ARNr 16S Genotpicos: -clsicos: % G+C - moleculares: hibridacin DNA-DNA, Ribotipado

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BIBLIOGRAFA 1. Michael T. Madigan, John M. Martinko y Jack Parker. Evolucin microbiana y sistematica. En: Jos Antonio Clares. Biologa de los microorganismos. 10 ed. Madrid: Pearson educacin, 2004. p 321- 440. 2. Madigan, Michael T . Brock : biologa de los microorganismos (10 ed.) (2004) 3. Edga Mejia. TAXONOMIA BACTERIA. [en lnea], [fecha de acceso 16 Febrero 2014]; p 33. Disponible en: http://es.scribd.com/doc/54310366/TAXONOMIA-Bacteriana 4. Ana Fernndez Olmos, Celia Garca de la Fuente, Juan Antonio Saz Nieto y Sylvia Valdezate Ramos. [en lnea] 2010 [fecha de acceso 15 de Febrero 2014]; p 52. de

Disponible:https://www.seimc.org/contenidos/documentoscientificos/procedimiento smicrobiologia/seimc-procedimientomicrobiologia37.pdf

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