Curso Bio 228C Bioqumica y Gentica Molecular 1er semestre, 2014

Prof. Pablo Gonzlez Brbara Schultz

David Wiener

Benjamn Glassner

Ignacio Quezada Mara Teresa Barbato

Prof. Rafael Vicua

INTRODUCCIN A LA BIOQUMICA

Osvaldo Cori, 1921-1987

Herman Niemeyer, 1918-1991

El proceso de la vida Los tomos de la vida Las biomolculas bsicas Las interacciones atmicas de la vida La quiralidad de la vida La microorganizacin jerarquizada en la vida El solvente de la vida

Qu es la vida?

Qu es la vida?
Una peculiar situacin y una excitante causa que fuerza una complicacin gradual en un intercambio de materia (Lamark, 1815). La vida es la existencia de estructuras proteicas y esta forma de existencia consiste esencialmente en la constante autorenovacin de los componentes qumicos de estas estructuras (F. Engels, 1894). La vida es un sistema de reacciones orgnicas que se autoperpeta, catalizadas secuencialmente y casi isotrmicamente por catalizadores orgnicos complejos y especficos que son ellos mismos producidos por el sistema (J.D. Bernal, 1965). La vida es un sistema qumico autosustentable capaz de experimentar evolucin Darwiniana (NASA, 1994, inspirada en G. Joyce). Se puede decir que un sistema est vivo si es capaz de transformar materia/energa externa en un proceso interno de automantencin y produccin de sus propios componentes (P.L. Luisi, 2006). La vida no es ms que un electrn buscando un lugar de descanso (Albert SzentGyrgyi, premio Nobel de Medicina en 1937) La vida es un todo corporal capaz de accin inmanente (Albert Gutberlet, 2006).

Algunas caractersticas de los seres vivos

Misma estructura y lgica molecular. Misma quiralidad y cdigo gentico. Niveles molecular, supramolecular, celular y multicelular. Alto nivel de organizacin molecular y supramolecular, ms importante conceptualmente que la composicin y la estructura. Importancia de un enfoque sistmico, no reduccionista. Gran steady state interno a pesar de la diversidad de nutrientes y cambios ambientales, sin perjuicio de adaptaciones frente a estos ltimos. Sistemas autnomamente alejados del equilibrio, lo que es posibilitado por factores entlpicos y entrpicos. Se hacen a si mismos. Autopoiesis es un proceso que requiere trabajo y energa.

Autopoiesis

Humberto Maturana

Francisco Varela

Conjunto de procesos de produccin, en el cual la funcin de cada componente es participar en la produccin o transformacin de los dems componentes del conjunto, incluyendo la produccin de un lmite externo que especifica el dominio de la organizacin autopoitica. En la autopoiesis estn implcitos los conceptos de estructura, de patrn de organizacin y de proceso. Por otra parte, no hace referencia a los aspectos hereditario ni evolutivo

El proceso autopoitico: la vida se hace a s misma

La mantencin del desequilibrio requiere energa

Reacciones qumicas inorgnicas

(c) y (d) son los factores entlpico y entrpico, respectivamente, que posibilitan los procesos de (b) y (e)

El mapa de vas metablicas

Tipos de reacciones comunes en bioqumica

Los tomos de la vida

Los bioelementos principales son H, C, N, O, P y S. Los cuatro primeros son livianos y suman un 99% de la masa celular. Estos tomos tienen electrones desapareados en su capa externa y por lo tanto pueden formar enlaces covalentes entre ellos.

Tambin estn los elementos trazas esenciales para la vida: Mg, Co, Ni, Cu, Zn, Mo, etc.

El carbono muestra una gran versatilidad para formar enlaces covalentes y compartir un par o ms de electrones consigo mismo y con otros bioelementos

Versatilidad del carbono para ensamblar estructuras

El carbono presenta distintos estados de oxidacin

El estado de oxidacin del C rojo (creciente hacia abajo) est determinado por el nmero de electrones que son atribuibles a su capa externa, lo que depende de la electronegatividad de los tomos a los que est unido

Las biomolculas bsicas

Algunas vitaminas

Las biomolculas no son exclusivas de la vida

Cada ao caen sobre la tierra 40.000 toneladas de polvo csmico que traen materia orgnica (mezclas racmicas)

Son varios fragmentos, que suman una masa total de unos 100 kg

PNAS USA 107, 2763-2768, 2010

Grupos funcionales comunes en las biomolculas

Las interacciones atmicas de la vida

Diferencia entre conformacin y configuracin

3 tipos (+1)

Johannes Diderik van der Waals

(fuerzas de Keesom)

(fuerzas de Debye)

(entre dipolos inducidos)

Las fuerzas de London pueden darse en molculas no polares debido a que la densidad electrnica alrededor de la molculas no es rgida, sino que vara de una manera probabilstica .

Ms ejemplos de enlaces de hidrgeno

La quiralidad de la vida

Frmulas de perspectiva

Frmulas de Emil Fisher

Emil Fisher introdujo la nomenclatura D y L para designar la posicin del OH en el gliceraldehido. Por coincidencia, estos resultaron ser dextrgiro y levgiro, respectivamente. En los aa, CHO se reemplaza por COOH, OH por NH3 y CH2OH por R.

Nomenclatura de Cahn, Ingold y Prelog

La vida es quiral

enantimeros

Con muy pocas excepciones, los aa son L y los azcares son D, aunque entre los aa L los hay levgiros y dextrgiros

La microorganizacin jerarquizada en la vida

Complejidad organizacional: el interactoma protena-protena de levadura

Dos trabajos. Se estudiaron 6.466 proteinas, identificndose 491 y 547 complejos, aunque se estima que pueden ser unos 900. Hay un promedio de 3.1 o 4.9 polipptidos por complejo. Adems, se identificaron 429 interacciones entre pares de complejos. El color del nodo indica efecto fenotpico. Rojo: letal; verde: no letal; naranja: crecimiento lento; amarillo: desconocido

et al medido con la tcnica synthetic genetic array

Se analizaron ms de 5.4 millones de interacciones gen-gen de un 75% del genoma de levadura

Complex structure solutions. Models of macromolecules and their complexes can be constructed by combining different types of information generated by various experimental and theoretical techniques (gray box). The data are converted into spatial restraints, which are combined into a scoring function that guides sampling algorithms to obtain a detailed structural model.

El modelo terico ms simple de autopoiesis (en un mundo RNA)

Szostak, Bartel & Luisi, Nature 409, 387-390, 2001

Una vescula contiene una replicasa que se autocopia y copia adems a otra ribozima encargada de sintetizar los lpidos de la membrana, la cual cierra el circuito autopoitico

Pero la vida tiene un umbral mucho ms alto de complejidad

387 genes de protenas y 43 de RNAs. An se desconoce el rol de 100 protenas!!!

et al

Se analizaron 689 genes de protenas y se detectaron 212 complejos ; muchas protenas participan en varios complejos. Ej:

La vida es celular
(bacteria) (animales, plantas)

El tamao de una bacteria es muy semejante al de una mitocondria

LUCA (last universal common ancestor)

probably all organic beings which have ever lived on this earth have descended from some one primordial form (Charles Darwin, On the origin of species)

Cada clula de E. coli contiene 100 millones de molculas de metabolitos y 2.4 millones de molculas de proteina (Bennet et al, Nature Chem. Biol. 5, 593-599, 2009)

El solvente de la vida

La distribucin externa de los electrones en el oxgeno es casi tetrahdrica, con localizaciones de cargas parciales que obedecen a la diferente electronegatividad de los tomos de H y O

ngulo algo menor a los 109,5 del tetrahedro

Concepto ya visto, pero aplicado ahora a la molcula de agua

(agrupacin oscilante)

En hielo, la formacin de enlaces de H es un 20% mayor que en agua lquida, aunque su disposicin es ms rgida, lo que deja espacios libres que lo hacen menos denso que el agua lquida.

Estas propiedades son muy adecuadas para la vida en la tierra Porqu a pesar de estos altos valores el agua se evapora a temperatura ambiente?

Constante dielctrica de algunos solventes comunes

La estructura y la polaridad de la molcula de agua hacen que esta sea un disolvente capaz de reducir las fuerzas de atraccin que existen entre partculas de cargas opuestas (o de reducir la repulsin entre partculas de cargas iguales). La constante dielctrica no tiene unidades, pero es una medida de esa reduccin y se define como:

La constante dielctrica es mayor de 1, si el medio reduce la fuerza entre las cargas comparada con el vaco. La constante dielctrica del agua es una de las ms elevadas de todas las sustancias puras. Esa capacidad del agua pura para reducir las fuerzas entre partculas cargadas es un factor primordial como solvente de muchos compuestos inicos.

La alta constante dielctrica del agua le permite competir con las interacciones inicas de la sal, disolvindola e hidratando los iones, proceso muy favorecido por la entropa. El !H producido por disolucin de compuestos hidroflicos en agua es pequeo, porque la ruptura de enlaces inicos y de H se compensa con la formacin de otros.

La suspensin de compuestos hidrofbicos en agua est no solo desfavorecida entrpicamente sino tambin entlpicamente. El !H tiene un valor positivo porque la energa consumida en la ruptura de los enlaces de H del agua no se compensa con la formacin de nuevos enlaces de H como ocurre con sustancias polares.

Los cidos grasos son molculas anfipticas.

Es ms propio hablar de interacciones que de enlaces hidrofbicos

Pero no hay que pensar que el agua sea solo un solvente, por importante que esta funcin sea. El agua es fuente de electrones en la fotosntes oxignica, es producto final en la fosforilacin oxidativa, es producto de reacciones de condensacin, es sustrato en las hidrlisis, etc. Sera concebible otro solvente para la vida? El amonio es lo que ms se acerca como alternativa para la vida como la conocemos. Forma enlaces de H, es lquido entre -78 C y -33 C y es abundante en el universo.

Salto de protones

Los protones en el agua se mueven muy rpido, no porque lo hagan individualmente, sino como resultado de sucesivos saltos. Es como una posta. Esta propiedad es fundamental en la formacin de gradientes quimiosmticas (por ej., fosforilacin oxidativa y fotofosforilacin).

Molculas de agua como componente estructural de macromolculas

La figura muestra 5 molculas de agua que cristalizan con el citocromo f en plantas, las que forman un canal por donde pasan los protones desde el estroma hasta el lumen del tilacoide

Molculas de agua en la unin de un ligando a una protena

En este caso se observan 5 molculas de agua que participan en la unin de arabinosa a una protena de E. coli.

Introduccin a aminocidos y protenas

Los aa aromticos tienen un mximo de absorcin en 280 nm

Propiedad muy til en el laboratorio para monitorear protenas espectrofotomtricamente

Nomenclatura de una letra

Hay decenas de otros aa que no se incorporan a protenas (neurotrasmisores, ciclo de la urea, etc)

Otros son modificados una vez incorporados a protenas

(elastina en tejido conectivo)

caso especial

Modificaciones transientes con fines regulatorios

Los aa son anfolitos: pueden dar o recibir protones segn el pH de la solucin, tanto del amino como del carboxilo

pI = 3.22

pI = 7.59

Los grupos vecinos influyen en el pKa de las funciones ionizables

Formacin de un enlace peptdico

oligopptidos

Niveles de estructura proteica

(estructuras supramoleculares: ribosomas, complejos multienzimticos, flagelos, etc)