BIOLOGA MOLECULAR APUNTES PARA EL PRIMER DEPARTAMENTAL ADRIN JIMNEZ GONZLEZ GABRIEL ALEXEY REAL MENDEZ LUIS GERARDO

RDO RAMREZ GUARDADO

DESARROLLO HISTRICO DE LA BIOLOGA MOLECULAR 1655 Hooke.- Primero en utilizar el concepto de clula. 1674 Leeuwenhoek.- Descubri clulas libres. 1838 Scheiden, 1839 Shawnn.- Postulan la teora celular. 1855 Virchow.- Ampli la teora celular al decir que todas las clulas se originan de clulas preexistentes. 1865 Mendel.- Padre de la gentica. Postul las leyes de la herencia: segregacin igualitaria; segregacin independiente; de la uniformidad. 1869 Miescher.- Aisl una sustancia que encontr en el ncleo celular, a la cual denomin nuclena. 1875 Hertwig.- Observ la fusin de dos ncleos. 1879 W. Flemming.- Descubri pequeas estructuras dentro de la cromatina (ncleo), a las que posteriormente se les denomin cromosomas. 1883 van Beneden.- Not que las clulas germinales tenan la mitad del nmero de cromosomas (carga haploide). 1908 Garrod.- Describi la alcaptonuria como un error innato del metabolismo, proponiendo una mutacin gentica que causaba un defecto especfico en la va bioqumica. 1928 Griffith.- Principio transformante; existen elementos fsicos responsables de la herencia. 1941 Beadle & Tatum.- afirman que todos los genes codifican a enzimas, posteriormente se propuso que un gen codifica para un polipptido, un rRNA o un tRNA. 1944 Avery, MacLeod & McCarthy.- retoman los experimentos de Griffith, y concluyen que el DNA es responsable de la herencia. 1950 Chargaff.- Demostr que en el DNA hay la misma cantidad de adenina y timina, al igual que de citosina y guanina. Con sus experimentos se desecha la teora del tetranucletido. Regla de Chargaff; complementariedad de bases. 1952 Franklin & Wilkins.- Mediante difraccin de rayos X, se toma la primer fotografa donde se revela la estructura del DNA. 1953 Watson & Crick.- Construyen el primer modelo exacto de la estructura del DNA, el modelo de doble hlice. Introducen el dogma central de la biologa molecular. 1958 Meselson & Stahl.- Comprueban que la replicacin del DNA se da por un proceso semiconservativo. 1961 Brenner.- Acu el trmino codn y propuso que el cdigo gentico est formado por tripletes.
2

1961 Jacob & Monod.- Demuestran existencias de genes estructurales y reguladores. Proponen el modelo de opern lactosa para la expresin del gen. 1962 Nirenberg.- Afirma que el RNA posee uracilos. Da la primer pieza del cdigo gentico. 1965 Holley.- Secuenci y dedujo la estructura del primer tRNA. 1970 Temin & Baltimore.- Descubren la enzima transcriptasa reversa en retrovirus. Cambian el dogma central de la biologa molecular pues demuestran que a partir de RNA se puede sintetizar DNA. 1974 Clonacin de genes eucariticos en plsmidos. 1976 Se reportan oncogenes virales como causantes de la transformacin. 1977 Sanger.- Mediante secuenciacin dideoxi, se descubren los genes interrumpidos y se infiere el procesamiento de sus transcritos. 1978 Se descubren los oncogenes celulares. 1981 Se descubre la actividad cataltica de los RNA. 1993 Sharp & Roberts.- Muestran que el mRNA pasa por un proceso de edicin. Postulan la teora del gen Split.

DEFINICIONES Genoma.- Constitucin gentica completa de un individuo DNA.- Macromolcula portadora de la informacin gentica en organismos procariotes como eucariotes. Permite que se perpete el material gentico. Gen.- Unidad funcional de la herencia (Gentica). Segmento de DNA que contiene la informacin necesaria para producir una molcula funcional. Contiene regiones codificantes y no codificantes (Biologa Molecular). Ciclo celular.- Proceso celular ordenado, de eventos que culminan con el crecimiento de la clula y su divisin de dos clulas genticamente idnticas. Fases: G1, S, G2, M, G0*. *G0 es una fase de reposo en la cual la clula ser funcional y aportar a la economa celular, sin embargo esta clula no se dividir. Cromatina.- Es el complejo de fibras de DNA y protenas presentes en el ncleo de las clulas en interfase. En esta fase no se pueden distinguir cromosomas individuales. RNA.- Macromolcula lineal que se origina por el proceso de transcripcin, a partir de una molcula de DNA molde. Existen varios tipos de RNA. Replicacin.- Proceso por el cual el DNA se duplica; a partir de una molcula de DNA progenitora se sintetizan dos molculas de DNA hijas de secuencia idntica a la original. Se da durante la fase S del ciclo celular. Transcripcin.- Proceso por el cual se sintetizan molculas de RNA a partir de una molcula de DNA molde. Traduccin.- Proceso por el cual a partir de molculas de mRNA se sintetizan polipptidos. Biologa Molecular.- Ciencia que estudia a los seres vivos y los fenmenos vitales con nfasis en las propiedades de su estructura molecular. Estudia los mecanismos moleculares y genticos implicados en procesos biolgicos fundamentales en el desarrollo y fisiologa de los organismos vivos. Sus reas afines son la medicina, la qumica, la nutricin, la criminologa, la agronoma, la ganadera, la botnica, la farmacutica, la botnica, entre otras.

IMPORTANCIA Y APLICACIN DE LA BIOLOGA MOLECULAR EN CIENCIAS DE LA SALUD Diagnstico molecular de enfermedades infecciosas. Deteccin de polimorfismos y mutaciones genticas. Estudios moleculares de identidad. Terapia gnica: farmacologa molecular, frmacos recombinantes (INF, insulina), nutrigenmica, clonacin.
4

PROYECTO GENOMA HUMANO Consiste en determinar las posiciones relativas de todos los nucletidos identificar los genes presentes en l. Mapas genticos: posicin relativa de los genes. Mapas fsicos: obtener la secuencia nucleotdica del gen. Objetivos del proyecto 1990 2003 Identificar todos los genes del DNA humano. Determinar las secuencias de esos genes. Hacer bases de datos. Desarrollar herramientas de anlisis. Resolver temas ticos, sociales y legales. Alcances del proyecto Herramienta para la investigacin en biomedicina y gentica clnica. Generar conocimiento de la patogenia de enfermedades poco conocidas. Desarrollo de nuevos tratamientos y de mejores diagnsticos. Recaudar informacin acerca de nuestro origen. Hallazgos 3,000 millones de pares de bases. 30,000 genes presentes en el DNA. Mayor densidad en los pares de cromosomas 17, 19 y 22. Menor densidad en los pares de cromosomas 4, 18, 13 y Y. Los humanos comparten el 99.98% de la informacin gentica.

ESTRUCTURA Y FUNCIN CELULAR Organizacin celular Clulas procariotas Clulas eucariotas

Organizacin del Genoma Humano 1) DNA de copia nica 1. Codificante gnico (a) Estructural (constituye la protena) (b) Regulador (da inicio a la transcripcin) 2. No codificante extragnico (a) Intragnico (intrones) (b) Intergnico 2) DNA repetitivo 1. Codificante gnico (a) Estructural (b) Regulador 2. No codificante extragnico (a) Moderadamente repetitivo y disperso (b) Altamente repetitivo y agrupado Tipos de cidos nucleicos: DNA (A,T,C,G) RNA (A,U,C,G)

Los cidos nucleicos estn compuestos por nucletidos, los cuales tienen los siguientes componentes: Componente cido: Fosfato Componente neutro: Azcar (Pentosa) Componente bsico: Base nitrogenada (Purina o pirimidina)

El grupo fosfato va a estar unido al azcar por un enlace ster covalente. Las bases van a interactuar con las de la cadena opuesta por puentes de hidrgeno. La base se une al azcar mediante un enlace N-glucosdico. La unin del grupo fosfato a los azcares de dos nucletidos es mediante enlaces fosfodister.

Azcares (Pentosas) Ribosa Desoxirribosa (carece de un OH en el C2)

Bases Nitrogenadas Pricas (Purinas): Dos anillos: adenina y guanina. Pirimdicas (Pirimidinas): Un anillo: citosina, uracilo (en RNA) y timina.

Las bases nitrogenadas siempre se van a unir en el C1 del azcar y el fosfato en el C5. Cuando un nucletido sufre hidrlisis pierden su grupo fosfato, por lo tanto se forma un nuclesido (base + pentosa). Nomenclatura Base Nitrogenada Adenina Guanina Citosina Timina Uracilo Nuclesido Adenosina Guanosina Citidina Timidina Uridina Nucletido Adenilato, Adenosina trifosfato Guanilato, Guanina trifostato Citidilato, Citidina trifosfato Timidilato, Timidina trifosfato Uridilato, Uridina trifosfato

Los precursores para la sntesis de DNA siempre son nucletidos trifosfatados (ATP, GTP, TTP, CTP). Un nucletido trifosfatado al unirse con otro nucletido en la posicin 3, pierde dos grupos fosfatos (libera pirofosfato). Se forma el enlace fosfodister entre dos azcares en las posiciones 3 5.
7

En el extremo 5 siempre va a haber un grupo fosfato y en el extremo 3 libre un OH-.

NIVELES ESTRUCTURALES DE LOS CIDOS NUCLEICOS Estructura Primaria Estructura Secundaria Estructura de Orden Superior. Estructura primaria Se trata de la secuencia de nucletidos unidas mediante enlaces fosfodister. La informacin gentica est contenida en el orden exacto de los nucletidos.

Estructura secundaria Es una estructura en doble hlice, es decir, la asociacin entre dos cadenas polinucleotdicas. Es un modelo propuesto por Watson & Crick, sigue la regla de Chargaff para la complementariedad de bases.

Siempre una A interactuar con una T mediante dos puentes de hidrgeno, y C interactuar con G mediante 3 puentes de hidrgeno. Tipos de enlace en los cidos nucleicos N-Glucosdico: se da entre la base y la pentosa. C1 de la pentosa y N9 de la base prica. C1 de la pentosa y N1 de la base pirimdica. Fosfodister: se da entre un nucletido y un nucletido trifosfatado.

Puentes de hidrgeno: entre bases complementarias. Fuerzas de Van der Waals: Se da entre un par de bases y otro.

10

Transcripcin
Mecanismo por el cual se sintetizan molculas de RNA a partir de la informacin gentica contenida en un DNA. A partir de una secuencia Molde de una de las hebras de DNA se sintetiza el mRNA, con una secuencia no idntica, sino complementaria y Anti paralela.

Gen
Es aquella regin del genoma que contiene la informacin necesaria para sintetizar una molcula de RNA o un polipptido (Molcula funcional) Hiptesis Gen Un gen una enzima, basada en el papel del gen como responsable de la sntesis de enzimas, primeras molculas con funciones catalticas en las clulas. Un Gen una protena: Basada en la nocin original de que todas las enzimas son protenas. Un gen Un polipptido: basada en que muchas protenas estn formadas por varios polipptidos, cada uno codificado por un gen diferente. Un gen Producto funcional: Basado en el hecho de que existen molculas de RNA y polipptidos que son funcionales.

Estructura de un Gen
Regin Regulatoria Regin Estructural Todos los genes tienen un origen de Transcripcin, a partir de este hacia dnde va la sntesis es la regin estructural y hacia el otro lado la regin reguladora. La regin estructural tendr exones e intrnes, que darn la codificacin para la sntesis de una molcula funcional.

Elementos necesarios para la transcripcin:

DNA molde RNA Polimerasa Factores Transcripcionales Promotor (Cajas TATA, CAAT, GC) Ribonucleotidos Trifosfatos (Sustrato A,G,C,U) Mg+2 o Mn+2 Dna Molde: 11

(TATA) -25 +1 +25 +50 5---------------------------------------------------------------3 Cadena Codificante 3---------------------------------------------------------------5 Cadena Molde La RNA polimerasa lee la cadena molde que va de 3----5 ya que la polimerasa solo sintetiza de 5----3 Se le llama cadena codificante a la que no acta de molde ya que el RNA codifica igual a esa cadena con la excepcin que donde hay Timina en el DNA, hay Uracilo en el RNA.

RNA Polimerasa
Enzimas encargadas de llevar a cabo el proceso de transcripcin. Sintetizan de 5-----3 Reconocen el sitio, sobre las cadenas y adicionan nucletidos. La RNA polimerasa si sintetiza de Novo, es por eso que es auto iniciadora.

Tipos de RNA polimerasa

En las clulas Procariotas solo existe un tipo. Eucariotas RNA Polimerasa I: Sintetiza rRNA RNA Polimerasa II: Sintetiza mRNA (Y hnRNA) RNA Polimerasa III: Sintetiza tRNA y npRNA

Factores Transcripcionales (TF)

Funcionan con la RNA polimerasa II Son protenas que se unen a la regin regulatoria del gen para controlar su expresin. TF I TF II TF III Segn el tipo de Gen que esta Transcribiendo

TBP> Protena de unin a caja TATA (Reconoce el promotor) TAFs> Factores asociados a TATA 12

Clasificacin de TF: Protenas que se unen al DNA en el promotor y que actan de manera cooperativa para inducir la unin de la RNA polimerasa y as activar la expresin de un Gen. Factores Basales o Generales Actan en los promotores de TODOS los genes. Factores Especificos Actan en promotores de Genes especficos. Activadores inducibles Silenciadores o Represores

Promotor
Secuencia de DNA de la regin regulatoria de un gen en la cual se unen la RNA polimerasa y los Factores Transcripcionales para dar inicio a la Transcripcin. En todos los promotores se unen TF Basales (-25) Caja TATA reconocida por los TF Basales. Proximales (-30 a -200) Distales (Cientos de Pares de Bases del sitio de inicio de la transcripcin) Sitio de accin de TF especficos.

Etapas de la Transcripcin
Iniciacin
(Primeros 10 ribonucleotidos) Reconocimiento del promotor por la RNA polimerasa Unin de los TF a la caja TATA y se fosforila la RNA polimerasa Separacin de las dos hebras del DNA en la regin promotora (DNA helicasa) Se forma la burbuja de Transcripcin (10 Nucleotidos) Termina cuando empiezan a pegarse los nucletidos

13

Aparato de la Transcripcin basal El primer factor transcripcional que se une es TBP (Protena de unin a TATA) TF II D TAFs (Factores Asociados a TATA)

Los dos ltimos factores transcripcionales son TF II E > Actividad de helicasa TF II H > Fosforilacin del grupo carboxilo terminal, Fosforilacin del RNA Polimerasa II

Elongacin
(Polimerizacin) Proceso por el cual se pegan los nucletidos En esta etapa, la RNA polimerasa continua alargando la cadena de RNA mientras avanza por el DNA, desplazndose junto con ella, la burbuja de transcripcin No requiere Primers/Cebadores Genes solapantes Comparten una secuencia de DNA (Marco de Lectura) Procariotas A la RNA polimerasa en procariotas se le denomina holoenzima, formada de 4 5 polipptidos. Para que se inicie la transcripcin necesita a un polipptido extra, o, este se une al promotor para que se pueda iniciar e proceso. Una vez iniciado se disocia. Terminacin El complejo de transcripcin responde a seales especificas para finalizar el proceso, y por lo tanto liberar el RNA recin sintetizado. La secuencia AAUAAA en RNA inicia la adicin de la Cola POLY-A. (AATAAA en el DNA)

Terminacin en Procariotas
Puede ser de dos tipos: Terminacin independiente del Factor Rho intrnseco Terminacin dependiente del Factor Rho intrnseco 14

Terminacin independiente del factor Rho Tambin llamada Terminacin Intrnseca, se caracteriza por la presencia en el RNA en formacin, en una porcin cercana a su extremo 3, de un punto de terminacin definido por una secuencia palindrmica intrnseca al RNA. Esto har que al haber una regin palindrmica el RNA se pliegue por complementariedad de bases formando una horquilla palindrmica. Terminacin dependiente del factor Rho La protena p se una a la cadena de RNA para que ste se termine de sintetizar

Clulas Eucariotas
Terminacin RNA Polimerasa I: Interviene una protena que pausa la transcripcin y gracias a una sustancia rica en Timina en la cadena codificante de DNA que dar una cadena rica en Uracilo, lo que causa un enlace dbil entre las cadenas. Terminacin RNA Polimerasa II: Interviene una protena terminadora (no identificada) y una protena similar a p (rho) Terminacin RNA Polimerasa III Se da por una interaccin dbil entre la cadena molde y el RNA sintetizado por las porciones ricas en Adenina en el DNA (Molde) y Uracilo en el RNA

Modificaciones Post-Transcripcionales
- Modificacin en el extremo 5 - Modificacin en el extremo 3 - Corte y empalme (Splicing) - Edicin Procariotas: Todo el RNA es codificante y no requiere Splicing Eucariotas: Por el proceso de transcripcin generan un pre mRNA o hnRNA (Inmaduro) requieren maduracin y procesamiento Esto se da en el ncleo.

Modificaciones en el Extremo 5
15

Implica 3 tipos de enzimas: Fosfatasa, Guaniltransferasa y Metilasa Finaliza con la incorporacin de un nucletido protector en la posicin 5 (7Metilguanosina). Acontecern la fosforilacion, guanilacin y metilacin. La modificaion en el extremo 5 consiste en agregar la CAP, compuesta por 7Metilguanosina, con un enlace 5>5 La estructura resultante se conoce como caperuza de guanina, caperuza 5 o casquete 5 (CAP) Esta ejerce un efecto protector sobre las exonucleasas (Estas actan sobre enlaces 5>3) Sirven como punto de unin del mRNA a los Ribosomas al iniciar la sntesis proteica.

Modificaciones del Extremo 3

Consiste en el corte de mRNA en una secuencia seal (secuencia consenso) Posteriormente se realiza la poliadenilacin en el extremo 3 La cola de PoliA relacionada con la vida media de cada mRNA Hay colas de A de hasta 250 Nucletidos. Le proporciona vida media el mRNA La cantidad de Adeninas agregadas es proporcional a la vida media del mRNA La secuencia es reconocida por el factor coestimulador de poliadenilacin y de 10 30 bases comenzara a formar la cola de Poli A La secuencia es reconocida por el factor estimulador de Poliadenilacin y de 10 30 bases comenzara a formar la cola de poli A. -

Corte y Empalme (Splicing)

Se eliminaran los intrnes para que los exones se adhieran entre s, ya que estos son la parte codificadora. Los genes codificadores de Histonas no tienen intrnes. Al remover los intrnes del RNA, ste madurara y resultara un mRNA La eliminacin de los intrnes est determinada por su secuencia y no por su tamao. Tres secuencias cortas definen los centros de corte y empalme o de ayuste. Centro de corte 5 > GU Centro de Ramificacin > A 16

Centro de corte 3 > AG Un cambio en el sitio de corte (Por mutacin en uno de los ribonucletidos consenso) dara lugar a un ajuste errneo, se utilizara la siguiente secuencia consenso, con lo cual un intrn o parte del l quedara incluido en el mRNA, lo que conducira a una sntesis de un polipptido alterado por inserciones o cambio en toda la secuencia. Spliceosoma > Se encarga del corte y empalme El corte y empalme de exnes esta medado por una asociacin molecular denominado cuerpo o complejo de empalme, o spliceosoma. Contiene tanto protenas (Ribonucleoprotenas nucleares pequeas) como RNA celulares (npRNA) denominadas U1, U2, U3, U4, U6. Este complejo es necesario tanto para el reconocimiento de los puntos de escicion como para la catlisis.

Fases del Empalme

Transesterificacion (Transfosforilacion) No hay accin de nucleasas ni ligasas, no requiere de ATP. Primeramente se corta el extremo 5 del centro consenso mediante un ataque nuclefilo del 2-OH del adenilato del centro de ramificacin. As quedan unidos por un enlace Fosfodister atpico 5-2, y se librea el exn 1 con un extremo libre 3-OH A continuacin, se corta el centro de empalme 3 por un ataque nucleofilico del extremo 3-OH libre del exn 1, con lo que quedan unidos los 2 exones y el intrn se libera con su extremo 3-OH y su extremo 5 formando un lazo. Existen otros tipos de procesamiento que no suceden en todos los genes:

Edicin del RNA

Cuando un RNA puede cambiar la secuencia despus de que se transcribi. En consecuencia, la protena producida por la traduccin es diferente. -Mecanismo que media la edicin: Desaminacion especifica del sitio *Splicing Alternativo o Empalme alternativo Algunos tipos de pre-mRNA pueden empalmarse e ms de una forma, lo que genera un mRNA alternativo 17

Pueden eliminarse combinaciones diferentes de intrones, algunos genes eucariotas pueden empalmarse de modos alternativos para generar distintos mRNA y en consecuencia productos proteicos diferentes de carcter funcional. Antibioticos que intervienen la transcripcin Mecanismo Ejemplo Inactiva la RNA polimerasa Rinfamicina Estreptolidigina Se une al DNA impidiendo la Actinomicina D unin o avance del RNA polimerasa Impiden accin de la DNA Cumermicina grasa procaritica. Acido nalidixinico Novomiocina

Tipo Antibitico Tipo I Antibitico Tipo II

Antibitico Tipo III

18

TRADUCCIN
CDIGO GENTICO: Es un diccionario que se basa en un cdigo que proporciona la equivalencia entre una secuencia de nucletidos y una secuencia de aminocidos. Tres nucletidos forman un codn, cada codn codifica para un aminocido. 3 nucletidos = 1 aa

CARACTERSTICAS Especificidad Universalidad Redundancia No se sobreponen (no son solapantes) ALTERACIN DE SECUENCIAS DE NUCLETIDOS Mutacin silenciosa: Cambia un nucletido pero el aminocido es el mismo Mutacin errnea: Da un aminocido diferente Mutacin sin sentido: Da un codn de paro ELEMENTOS QUE INTERVIENEN EN LA TRADUCCIN Aminocidos RNAr, RNAt y RNAm Aminoacil RNAt sintetasa Factores proteicos ATP y GTP (aporte de energa)

19

DEGENERACIN: Caracterstica del cdigo, se refiere a que un aminocido puede ser codificado por ms de un codn, a los cuales se les llama codones sinnimos, en los que existe cierta similitud. Existen 64 tripletes posibles (43=64) y solo 20 aminocidos. HIPTESIS DE BALANCEO El anticodn de un RNAt interacciona por complementariedad de bases con un codn del RNAm. Debido al menor nmero de RNAt en la clula (31 para leer el cdigo), comparado con el de codones para a.a. (61), un mismo anticodn puede reconocer varios codones. Las bases 3 y 2 del anticodn forman puentes de hidrgeno tipo Watson y Crick con las bases 1 y 2 del codn. La primera base del anticodn de un RNAt puede orientarse de formas distintas (balanceo o fluctuacin) para poder interaccionar en distintas bases en la posicin 3 del codn. CARCTER MONO O POLICISTRNICO DEL RNAm Es cuando un RNAm puede dar lugar a la sntesis de un polipptido o varios.

ELEMENTOS PARA LA TRADUCCIN RNAr - Es el soporte estructural y componente principal de los ribosomas, Existen distintos tipos de RNAr en procariotas y eucariotas, con masas moleculares diversas, La clula contiene ms o menos el 80% de RNA.
20

Formados por una sola hebra con regiones helicoidales por apareamiento intracatenario de bases. Su estructura constituye un armazn o molde sobre el que se ensamblan protenas para dar lugar a ribosomas.

RIBOSOMAS - Son conjunto de plurimoleculares de protenas y RNAr. Se desplazan sobre RNAm ordenando la interaccin de los codones con anticodones del RNAt y proporcionan el entorno necesario para que los aminocidos formen enlaces peptdicos del polipptido en crecimiento. Procariotas: 505 305 = 705 Eucariotas: 605 405 = 805 Posee varios centros activos Sitio P y A Unin EF-Tu y EF-G RNAm rgano diana para algunos antibiticos Papel importante en la reaccin de emparejamiento codn-anticodn.

RNA de transferencia (RNAt) - Disueltos en el citosol, representa mas o menos el 15% del total del RNA total de la clula. - Es una cadena de 75 a 85 bases de longitud. - Tiene bases inusuales - Existe por lo menos un RNAt para cada aminocido. - Es el mediador entre el mensaje del RNAm y la secuencia de aminocidos del polipptido que se est sintetizando. - Los RNAt se denominan segn el aminocido que transportan (RNAt ala = RNAt para alanina) - Si hay mas de un RNAt para el mismo aminocido. (RNAt1Tyr RNAt2Tyr) - Cuando un RNAt est unido con el aminocido se dice que est activado o cargado y se denomina aminoacil-RNAt, se abrevia: Ala RNAt (alanil-RNAt) Tyr RNA1t (tirosin-RNAt) Tyr RNA2t - Contiene un anticodn.

21

El plegamiento ms probable de los RNAt es la estructura secundaria denominada Hoja de trbol (lazos y tallos forman los brazos). Todos los RNAt cuyos anticodones codifican el mismo aminocido se llaman RNAt sinnimos o isoaceptores. Brazo aceptor: Unido al aminocido (extremo 3) Brazo T y C (pseudouridina) Brazo anticodn: Contiene anticodn Brazo D (Dihidrouridina)

RNA mensajero (RNAm) - Tipo de RNA de estructura ms sencilla, de tamao ms diverso, formando exclusivamente por A, U, C y G. - Constituye del 3-5% del RNA en la clula. - Se transcribe a partir de DNA. - Es complementario de la cadena molde. - La vida media del RNAm bacteriano es extremadamente corta.

ETAPAS DE LA TRADUCCIN FASE PREVIA Activacin de los aminocidos (en forma de aminocil-tRNAs) para poder formal enlaces peptdicos por la Aminoacil-tRNA sintetaza (aaRS) Funcin de Aminoacil-tRNA sintetasa Cada aaRS reconoce un nico aminocido (del que toman su nombre; ej. Isoleucil-tRNAs o IleRS), por ello, existen 20 aaRSs distintas. Su papel es escencial para la sntesis de polipptidos. Factores Proticos Son necesarios a lo largo de los pasos de la sntesis de protenas. Algunos de estos factores desempean una funcin cataltica, mientras que otros estabilizan la sntesis de protenas. ATP y GTP Se requiere 4 enlaces de alta energa para la adicin de un aminocido a la cadena. ATP dona 2 enlaces de alta energa para la reaccin de sntesis del aminoacil-RNAt.
22

 GTP dona 2 enlaces; para el aminoacil-RNAt en el sitio A y otro para el paso de traslocacin.

INICIACIN - Etapa previa a la formacin del primer enlace peptdico. Comprende las reacciones anteriores a la formacin del enlace peptdico entre el 1er y 2do aminocido de la protena. Es lento y semejante en procariotas y eucariotas, salvo para la identidad de los factores proteicos implicados. En eucariotas se requiere que el codn de inicio AUG forme parte de la secuencia de Kozak y en procariotas de la secuencia Shine-Delgarno. El inicio de la traduccin requiere la unin del RNAt del codn de inicio AUG en el RNAm, en el entorno del sitio P del ribosoma. ELONGACIN - Incluye desde la adicin del 2do. Aminocido hasta el ltimo. Es un proceso cclico. Cada ciclo consta de 3 pasos: Ubicacin del nuevo aa-RNAt (sitio A) Formacin del enlace peptdico Translocacin del peptidil-RNAt al sitio P - Intervienen 3 factores proteicos o de elongacin: eEF-1a, Eef-1BY y eEF-2 - Esta etapa no posee la capacidad de diferenciar el aminocido correcto que se va incorporando, sino que esta capacidad viene determinada por la actuacin previa de la aa-RNAt sintetasa.

23

 UBICACIN DEL AMINOACIL-RNAt EN EL SITIO A - Tras incorporarse el Met-RNAt al sitio P del ribosoma queda an vaco el sitio A. En el se producir la incorporacin de cada nuevo aminocido (primera vuelta del ciclo), por apareamiento anticodn-codn. - La entrada de todos los sucesivos aa-RNAt en el sitio A requiere que estn unidos al factor de elongacin Eef-1, el cual une GTP y tiene actividad GTPasa latente. COMPLEJO TERNIARIO: aa-RNAt : eEF-1a : GTP

Al darse el apareamiento correcto entre anticodn y codn, el aminoacilRNAt se ubica de forma estable en el ribosoma, esto provoca cambios conformacionales que estimulan la actividad GTPasa de Eef-1a. La forma GDP de eEF-1a no posee afinidad por el ribosoma, liberndose y quedando as el aa-RNAt unido al sitio A. La regeneracin de la forma Eef-1a : GTP se da por el intercambio de nucletidos mediado por Eef-1BY (cuarto gasto energtico en traduccin) NOTA: eEF-1 interacciona con cualquiera aa-RNAt excepto con l iniciador, Met-RNAt.

TRANSPEPTIDACIN (Formacin del enlace peptdico) - Una vez situadas las molculas de aa-RNAt y Met-RNAt; en los sitios A y P se forma el enlace peptdico entre ambos. Esta reaccin es catalizada por la actividad enzimtica peptidiltransferasa localizada en el RNAr 28S (ribozima) - Ocurre un ataque nucleoflico del par de electrones del grupo amino del aa-RNAt entrante (sitio A) sobre el carboxilo que une el pptido en crecimiento al RNAt del sitio P. Se forma el enlace peptdico entre el carboxilo del pptido en crecimiento y el amino del aminocido nuevo.
24

Se termina con un RNAt libre, no cargado, en el sitio P y un pptido elongado en el sitio A.

TRANSLOCACIN - Desplazamiento del ribosoma en un codn. El ribosoma completo se desplaza en sentido 5a 3 del RNAm (corriente abajo), cada vez despus de un solo codn; desde AUG. - El responsable de este desplazamiento es eEF-2, conocido como traslocasa. Este interacciona con la subunidad mayor y origina cambios conformacionales en el ribosoma que justifican el desplazamiento. - En esta etapa tiene lugar el 5to gasto energtico, pues la energa requerida para cada traslocacin se obtiene de la hidrlisis de GTP, gracias a la actividad GTPasa de eEF-2. Esto genera cambios conformacionales, haciendo que el eEF-2 se retire. Al terminar la traslocacin termina el primer ciclo de elongacin. - NOTA: La cadena polipeptdica crece de su extremo aminoterminal a su carboxilo terminal. TERMINACIN Liberacin del polipptido Disociacin del ribosoma en el RNAm - Esto solo puede ocurrir en respuesta a la presencia en el sitio A de uno de los tres codones de paro. UAA, UAG y UGA. - En eucariotas, interviene en el proceso un nico factor proteico de terminacin: eRF. UNIN DEL eRF - No existe ningn RNAt que reconozca los codones de paro. El factor eRF se une al ribosoma en el sitio A frente al codn de terminacin. HIDRLISIS DEL PEPTIDIL-RNAt - La unin de eRF altera la actividad peptidil-transferasa. Como consecuencia se hidroliza el enlace ster del peptidil-RNAt, liberando la cadena polipeptdica. Adems se hidroliza una molcula de GTP asociada a eRF (Ocurre un 6to gasto energtico).

25

 DISOCIACIN - El RNAt no cargado sale del ribosoma. La forma eRF : GDP ya no posee afinidad por el ribosoma y tambin se libera. Finalmente se separan las 2 unidades ribosmicas, liberando al RNAm.

26

MODIFICACIONES POST-TRADUCCIONALES
Proceso: 1. Trfico o destino de protena 2. Maduracin o procesamiento 3. Plegamiento del polipptido 4. Catabolismo TRFICO O DESTINO DE LAS PROTENAS - Ruta que siguen en la clula eucariota hasta alcanzar su localizacin donde pueden ejercer su funcin. Todas las protenas comienzan su sntesis en el citosol, la clave para que se dirijan a su localizacin es una secuencia seal (15 a 60 aminocidos). COMPORTAMIENTOS CELULARES IMPLICADOS - Retculo endoplsmico rugoso: Protenas de membrana. Protenas destinadas al lumen de RE, Golgi o lisosomas. Protenas de secrecin. - Aparato de Golgi Aqu los polipptidos sufren nuevos procesamientos hasta convertirse en protena madura y poder ser reenviadas al citosol en vesculas que se dirigen al orgnulo diana o hacia el exterior a travs de vesculas de secrecin. - Trficos de protenas de secrecin: Pptido seal. Secuencia corta en el extremo N-terminal Presenta residuos con carga + (Lys y Arg) Residuos hidrofbicos (5 a 15 aminocidos) Unos pocos residuos polares (Gly y Ala) MECANISMO DE ENTRADA DE LA PROTENA AL LUMEN DEL RE 1. La secuencia seal se sintetiza y emerge del ribosoma para ser reconocida por la partcula de reconocimiento de seal (SRP). 2. La unin con la SRP contacta con la superficie del RE donde la SRP es reconocida por la protena de anclaje (SRP-R). 3. Una vez que el complejo ha quedado dispuesto, la riboflorina reconoce la subunidad mayor del ribosoma y facilita la entrada del polipptido al interior del RE mediante un canal de traslocacin.

27

4. En la cara luminal de RE se encuentra la peptidasa-seal que corta el pptido seal. 5. La finalizacin ocurre al entrar el extremo carboxilo del polipptido a travpes de la membrana del RE y as se disocia todo el complejo de traduccin.

MADURACIN O PROCESAMIENTO Puede haber modificaciones cotraduccionales. - Tipos de modificaciones: Protelisis. Transformacin de cadenas laterales de algunos aminocidos. MADURACIN POR PROCESAMIENTO PROTEOLTICO - Pre-pro-protena: Protena inmadura con pptido seal. - Pro-protena: Protena sin pptido seal, pero an inactiva. MADURACIN POR MODIFICACIN DE AMINOCIDOS Unin de sustituyentes a los aminocidos.

28

MODIFICACIN Acetilacin Carboxilacin Fosforilacin Metilacin Hidroxilacin

GRUPO FUNCIONAL Acetilo Carboxilo Fosfato Metilo Hidrxilo

ENZIMA Acetiltransferasa Carboxilasa Cinasa o quinasa Metiltransferasa Hidroxilasa

INCORPORACIN DE GLSIDOS (GLUCOSILACIN) - Adicin de oligosacridos; se lleva a cabo en el aparato de Golgi. CARACTERSTICAS DE LAS GLICOPROTENAS Establece conformacin Aumenta la estabilidad Aumenta la solubilidad TIPOS DE GLUCOSILACIN O-glicoprotenas. N-glicoprotenas. MODIFICACIN CON LPIDOS Acilacin: Se agregan cidos grasos. Prenilacin: Terpenos.

FORMACIN DE ENLACES DISULFURO - Enlaces que participan en el plegamiento correcto, dado por la accin de la enzima disulfuro isomerasa. PLEGAMIENTO DE PROTENAS Dado por las carabinas que ayudan al plegamiento correcto. DEGRADACIN DE LAS PROTENAS - DEGRADACIN LISOSMICA: Organulos con ms de 50 enzimas hidrolticas con gran actividad a pH cido, capaces de actuar sobre protenas, cidos nucleicos, lpidos, enzimas glucolticas, etc. Se denominan CATEPSINAS. - DEGRADACIN CITOSLICA (UBIQUITINIAZACIN)
29

Ruta de degradacin que requiere mayor gasto de ATP. Seales moleculares especiales intervienen como mediadores en la degradacin, concretamente N-terminales y la protena ubiquitina. PROCESAMIENTO PROTEICO - Protelisis: Ruptura del polipptido en uno ms pequeo. Es utilizado para activar zimgenos.

30