CONSTRUCCIN DE UN FENOGRAMA CON EL PROGRAMA NTSYS-PC

Ismael A. Hinojosa Daz, Amrica N. Castaeda Sortibrn y Olivia Yez Ordez

Objetivo Construir un fenograma empleando el programa NTSYS-PC Unidad de Conocimiento Las herramientas de cmputo contribuyeron de manera importante al desarrollo de la taxonoma numrica, permitiendo trabajar con una gran cantidad de informacin. Uno de los paquetes ms utiliza dos en este mbito es el NTSYS-PC (Numerical Taxonomy SYStem, Rohlf, 1990). Descripcin del men principal. NTSYS-PC consta de un conjunto de programas agrupados en un men principal. Cada programa trabaja con base en matrices de entrada y matrices de salida almacenadas en archivos ASCII. Para operar un programa debe proporcionarse el nombre del o los archivos que contengan las matrices de entrada, las que deben contener determinados parmetros que le permiten a NTSYS-PC reconocer tipo de matriz y los elementos que la conforman (Rohlf, 1990). En la figura 78 se representa la pantalla del men
VTSYSpc File Options
Clustering Graphics Similarty

principal de la versin para Windows. La elaboracin de un fenograma en NTSYSa continuacin. Edicin de la matriz bsica de datos. Puede hacerse con el editor Ntedit, el cual se activa con el primer icono de la barra de herramientas (Fig. 79). Por lo general las OTU's son asignadas a las columnas y los caracteres a los renglones. Para asignar rtulos a renglones y columnas (nombres a OTU's y caracteres), deben accionarse los botones "Row Labs" y "Col. Labs" respectivamente e introducir los rtulos sin espacios intermedios. El tipo de matriz ("Mx. Type") en este caso es "Rectangular". Si se tienen valores ausentes (valores no disponibles de algunos caracteres para algunas OTU's como el carcter cuatro para la OTU dos en el ejemplo), en la casilla "Missing" se indica el cdigo que se 999. Pueden aadirse comentarios activando el botn "Comments". Este programa graba la matriz en un archivo ASCII. Estandarizacin de los datos. Una vez que se edit la matriz y se grab en un archivo, entonces dicho archivo debe ser llamado por un programa de NTSYS-PC. Todos los programas requieren de una matriz de entrada y producen una matriz de salida con formato para ser leda por otro programa de NTSYS-PC (Fig. 80). Si los datos de la matriz inicial son multiestadosBarra de estado

PC comprende varias etapas, las que se describen

asignar a dichos valores, por convencin se usa

_Hejfi_

Barra de men Barra de herramientas Grupos de progamas

Botones de activacin de programas individuales

Figura 78. Pantalla del men principal de la versin para Windows. La barra de estado muestra una breve descripcin de los programas y herramientas al posicionar el puntero del ratn sobre los botones o iconos respectivos.

cuantitativos o mixtos, debe obtenerse una matriz estandarizada corriendo el programa "Stand" del grupo de programas "General". En este caso "Input file" es el archivo con la matriz

yljNTSYSpc Fie Options

....__ .

_ _ Help
.

l-latxl .-

Row Labs|[col Labs] | Ins row ]| De! row | J^CIose!

Mx, type

| Rectangular
[ No, coisOTLI1 OTU2

[t] |comments| Matrix | 1 M

] Missing OTU3 OTU4 [999

No, rows I

Figura 79. Edicin de la matriz bsica de datos con el editor Nledit. (TSYSpc File Options
Clustering Graphics General ,.;,) Stand

Help
Ordination Simarity

-lnfx
Arguments:

Parameters:
Input file: Stand by rows? Output file Substract option Divide option Constant Compute \i Cise

Help

Execute this prograrn module

Figura 80. Programa Stand del grupo de programas General, para estandarizar la matriz si los datos son multiestados-cuantitativos o mixtos. bsica de datos y "Output file" es el archivo que producir este programa. La casilla "Stand by rows" debe estar seleccionada porque los caracteres corresponden a los renglones en la matriz bsica de datos. El resto de las opciones en pantalla no requieren ser modificadas. Clculo de la matriz de similitud, Partiendo de la matriz estandarizada se calcula la matriz de similitud con el programa "Simlnt" del grupo "Similarity" (Fig. 81). El archivo de entrada aqu es el que contiene la matriz estandarizada (que produjo el programa "Stand"). La casilla "By rows?" no debe seleccionarse, puesto que la similitud se va a calcular para las OTU's que estn en las columnas. En la casilla "Coefficient se elige el coeficiente de distancia. Si la matriz bsica de datos contiene nicamente caracteres binarios, la matriz de similitud se calcula con el programa "SimQual"

File Options
Clustering Graphics General j~PoVCvl j SimGend

Help
f || II Similarity Ordination

}3[stand

Parameters:
Input file: By rows? Coefficient Compute Jf^L Cise

""I"
DIST

Arguments:

'

i-|g|"x
B

7 Help

| Smlnt~| Execute this program module j SimQual |

Figura 81. Programa Simlnt del grupo Similarity, para calcular la matriz de similitud.

del grupo "Similarity" (Fig. 82). En este programa la casilla "Coefficient" incluye coeficientes de asociacin. En "Positive code" y "Negative code" se sealan los valores de presencia y ausencia de los caracteres binarios.
File Optons Clustering Graphics General Help Ordination || II Similarity

Construccin del fenograma. Una vez calculada la matriz de similitud se procede a construir el fenograma por medio del programa "SAHN" del grupo "Clustering" (Fig. 83). El archivo de entrada en "SAHN" es el que contiene la matriz de similitud (producida por
f i|_Stand Parameters: Input file: By rows? Coefficient Outpirt file Positive code Arguments:

j _ |D| x

PoolVCV SimGend

Simlnt I SimQual 1

Negative code Compute |_ Cise 7 Help

Execute this prograrn module

Figura 82.

Programa SimQual del grupo Similarity, para calcular la matriz de similitud cuando la

matriz bsica de datos contiene solo caracteres binarios. TSYSpc File Optons Graphics General Clustering Help

.. { Stand Parameters: Input file: Output file Clustering method In case of ties Maximun no. tied tree Tie tolerance Beta Compute
,

Arguments: A:\Archivo entrada txt A:\Archivo salida txt UPGMA WARM 25 0.00000 0.00000 7 Help
11 *

||

Similarity Ordination

Consen Coph |

MST

| [ SHAN J

NJoin [

i Cise
u

SHAN clustering

Execute this program module

Figura 83. Programa "SAHN" del grupo "Clustering", para construir el fenograma.

"Simlnt" o "SimQual") y el archivo de salida contendr la informacin del fenograma. En la casilla "Clustering method" se elige el tipo de ligamiento a usar. En la casilla "In case of ties" se le indica al programa si es que se quiere que se construyan todos los fenogramas posibles en caso de haberlos ("FIND") o solo el primero que encuentre ("WARN"). Los dems parmetros trabajan bien con las opciones preestablecidas. Para obtener el fenograma de manera grfica, debe ejecutarse el programa "Tree plot" del grupo "Graphics" (Fig. 84). La pantalla de "Tree plot" permite modificar

y grabar un archivo grfico de tipo "Metafile" o bien copiarlo a un mapa de bits. Bibliografa recomendada Crisci, J. y M. F. Lpez Armengol. 1983. Introduccin a la teora y prctica taxonoma numrica. Monografa de la nm. 26,

Secretara General de la Organizacin de los Estados Americanos. Washington, D.C. pp. 132 Kohlmann, C. B. 1994. Algunos aspectos de la taxonoma numrica y sus usos en Mxico, pp. 95-116. En: Llrente, J. e I. Luna (eds.). Taxonoma Biolgica. Fondo de Cultura

las caractersticas del fenograma (lneas, textos) Econmica-UNAM. Mxico, D.F. 626 pp.

jfNTSYSpc File Options

[ [ General Clusterng Graphics

: ; ;:
Help

T-MX
i

ong LfeJ
20 plot 30 plot

1 _?J
|( il || Similarity Ordination

MxComp Tree plot

Plot dendograms

Figura 84. Programa "Tree plot" del grupo "Graphics", para obtener el grfico del fenograma.

Rohlf, F. J. 1990. NTSYS-pc Numrica/ Taxonomy and Multvariate Analysis. System Versin 1.60. Exeter Software, Nueva York. Unidad de accin 1. A partir de alguna de las matrices de datos de la prctica 38, construye la matriz de ausencia-presencia y sigue la rutina para NTSYSPC descrita en la unidad de conocimiento. 2. Obten prctica. el fenograma utilizando los

coeficientes y ligamiento sealados en dicha