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Introducao

Fundamentos e Tecnicas
iGEM
Estudo de Caso - Fotolme Bacteriano
Perspectivas e Desaos
Biologia Sintetica
Conceitos e Aplica coes
Felipe Dalvi Garcia
Doutorado em Modelagem Computacional
Laboratorio Nacional de Computacao Cientca
Ministerio da Ciencia, Tecnologia e Inovacao
16 de maio de 2014
Biologia Sintetica - Conceitos e Aplicacoes Felipe Dalvi Garcia 1/31
Introducao
Fundamentos e Tecnicas
iGEM
Estudo de Caso - Fotolme Bacteriano
Perspectivas e Desaos
O que nao e?
O que e?
Sumario
1
Introdu cao
O que nao e?
O que e?
2
Fundamentos e Tecnicas
Partes, Dispositivos e Sistemas
BioBrick
TM
Tecnicas e Suas Aplicacoes
3
iGEM
4
Estudo de Caso - Fotolme Bacteriano
5
Perspectivas e Desaos
Biologia Sintetica - Conceitos e Aplicacoes Felipe Dalvi Garcia 1/31
Introducao
Fundamentos e Tecnicas
iGEM
Estudo de Caso - Fotolme Bacteriano
Perspectivas e Desaos
O que nao e?
O que e?
Sumario
1
Introdu cao
O que nao e?
O que e?
2
Fundamentos e Tecnicas
Partes, Dispositivos e Sistemas
BioBrick
TM
Tecnicas e Suas Aplicacoes
3
iGEM
4
Estudo de Caso - Fotolme Bacteriano
5
Perspectivas e Desaos
Biologia Sintetica - Conceitos e Aplicacoes Felipe Dalvi Garcia 1/31
Introducao
Fundamentos e Tecnicas
iGEM
Estudo de Caso - Fotolme Bacteriano
Perspectivas e Desaos
O que nao e?
O que e?
Biologia Sintetica = Engenharia Genetica
Engenharia Genetica:
Concentra-se no estudo e uso de genes individuais (clonagem
ou superexpressao);
Geralmente envolve a transferencia de genes individuais de um
organismo para outro.
Biologia Sintetica:
Preve a montagem de novos genomas a partir de um conjunto
de pecas geneticas (gene, terminador, promotor etc.)
padronizadas que sao entao inseridas em um micro-organismo
ou celula.
Biologia Sintetica - Conceitos e Aplicacoes Felipe Dalvi Garcia 2/31
Introducao
Fundamentos e Tecnicas
iGEM
Estudo de Caso - Fotolme Bacteriano
Perspectivas e Desaos
O que nao e?
O que e?
Biologia Sintetica = Engenharia Genetica
Engenharia Genetica:
Concentra-se no estudo e uso de genes individuais (clonagem
ou superexpressao);
Geralmente envolve a transferencia de genes individuais de um
organismo para outro.
Biologia Sintetica:
Preve a montagem de novos genomas a partir de um conjunto
de pecas geneticas (gene, terminador, promotor etc.)
padronizadas que sao entao inseridas em um micro-organismo
ou celula.
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Introducao
Fundamentos e Tecnicas
iGEM
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Perspectivas e Desaos
O que nao e?
O que e?
Biologia Sintetica = Biologia de Sistemas
Biologia de Sistemas:
Estuda sistemas biologicos complexos como um todo, usando
ferramentas de modelagem, simula cao e comparacao com
experimentos;
Concentra-se no estudo de sistemas naturais ja existentes.
Biologia Sintetica:
Estuda como construir sistemas biologicos articiais, usando
muitas das mesmas ferramentas e tecnicas experimentais de
engenharia;
Concentra-se nas formas de manipulacao, caracteriza cao,
simplicacao e uso de partes de sistemas biologicos naturais
como componentes de sistemas biologicos articiais.
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Perspectivas e Desaos
O que nao e?
O que e?
Biologia Sintetica = Biologia de Sistemas
Biologia de Sistemas:
Estuda sistemas biologicos complexos como um todo, usando
ferramentas de modelagem, simula cao e comparacao com
experimentos;
Concentra-se no estudo de sistemas naturais ja existentes.
Biologia Sintetica:
Estuda como construir sistemas biologicos articiais, usando
muitas das mesmas ferramentas e tecnicas experimentais de
engenharia;
Concentra-se nas formas de manipulacao, caracteriza cao,
simplicacao e uso de partes de sistemas biologicos naturais
como componentes de sistemas biologicos articiais.
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Perspectivas e Desaos
O que nao e?
O que e?
Sumario
1
Introdu cao
O que nao e?
O que e?
2
Fundamentos e Tecnicas
Partes, Dispositivos e Sistemas
BioBrick
TM
Tecnicas e Suas Aplicacoes
3
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4
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5
Perspectivas e Desaos
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Introducao
Fundamentos e Tecnicas
iGEM
Estudo de Caso - Fotolme Bacteriano
Perspectivas e Desaos
O que nao e?
O que e?
A Biologia Sintetica...
...e a aplicacao de princpios de engenharia na construcao de novos
sistemas biologicos.
Dr. Wendell Lim, Depto. de Farmac. Celular e Molecular, UCLA
...envolve o desenvolvimento e aplicacao de princpios de engenharia
para tornar mais faceis e conaveis o projeto e a construcao de
sistemas biologicos sinteticos complexos.
Dra. Christina Smolke, Depto. de Bioengenharia, Univ. de Stanford
...compreende a pesquisa necessaria para desenvolver organismos
vivos que podem ser descritos sem referencia a um organismo exis-
tente.
Dr. Richard Gold, Faculdade de Direito, Univ. McGill
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O que nao e?
O que e?
A Biologia Sintetica...
...e a aplicacao de princpios de engenharia na construcao de novos
sistemas biologicos.
Dr. Wendell Lim, Depto. de Farmac. Celular e Molecular, UCLA
...envolve o desenvolvimento e aplicacao de princpios de engenharia
para tornar mais faceis e conaveis o projeto e a construcao de
sistemas biologicos sinteticos complexos.
Dra. Christina Smolke, Depto. de Bioengenharia, Univ. de Stanford
...compreende a pesquisa necessaria para desenvolver organismos
vivos que podem ser descritos sem referencia a um organismo exis-
tente.
Dr. Richard Gold, Faculdade de Direito, Univ. McGill
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Perspectivas e Desaos
O que nao e?
O que e?
A Biologia Sintetica...
...e a aplicacao de princpios de engenharia na construcao de novos
sistemas biologicos.
Dr. Wendell Lim, Depto. de Farmac. Celular e Molecular, UCLA
...envolve o desenvolvimento e aplicacao de princpios de engenharia
para tornar mais faceis e conaveis o projeto e a construcao de
sistemas biologicos sinteticos complexos.
Dra. Christina Smolke, Depto. de Bioengenharia, Univ. de Stanford
...compreende a pesquisa necessaria para desenvolver organismos
vivos que podem ser descritos sem referencia a um organismo exis-
tente.
Dr. Richard Gold, Faculdade de Direito, Univ. McGill
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O que nao e?
O que e?
Denicao
Biologia Sintetica

E a engenharia da biologia: a sntese de sistemas complexos bio-


logicamente fundamentados (ou inspirados) que apresentam fun coes
que nao existem na natureza. Essa perspectiva de engenharia pode
ser aplicada em todos os nveis de hierarquia de estruturas biologicas
desde moleculas individuais ate celulas, tecidos e organismos. Em
essencia, biologia sintetica permite o projeto de sistemas biologicos
de forma racional e sistematica.
Report of a NEST High-Level Expert Group, European Commission
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Estudo de Caso - Fotolme Bacteriano
Perspectivas e Desaos
O que nao e?
O que e?

Area Inter e Multidisciplinar


Tecnologias:
Sequenciamento de genomas;
Bancos de dados biologicos;
Sntese de DNA/RNA;
Biologia de sistemas.
Princpios:
Padronizacao de montagem de
DNA/RNA;
Padronizacao de medidas de
avalia cao;
Abstracao;
Modelagem;
Registro.
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Perspectivas e Desaos
O que nao e?
O que e?
Ciclo de um Projeto em Biologia Sintetica
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Partes, Dispositivos e Sistemas
BioBrick
TM
Tecnicas e Suas Aplicacoes
Sumario
1
Introdu cao
O que nao e?
O que e?
2
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Partes, Dispositivos e Sistemas
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TM
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Perspectivas e Desaos
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BioBrick
TM
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Sumario
1
Introdu cao
O que nao e?
O que e?
2
Fundamentos e Tecnicas
Partes, Dispositivos e Sistemas
BioBrick
TM
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TM
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Partes (Parts)
Sao os blocos de construcao em Biologia Sintetica;
Formadas por sequencias de nucleotdeos que codicam uma
fun cao biologica;
Alguns tipos basicos:
Promotor (inicia a transcricao);
Operador (regula a transcri cao);
Stio de liga cao do ribossomo - RBS (inicia a traducao);
Sequencia codicante (codica o produto funcional);
Terminador (atenua a transcri cao).
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TM
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Dispositivos (Devices)
Sao montagens de partes biologicas para codicacao e
execucao de funcoes simples denidas pelo usuario;
Alguns tipos simples:
Reportadores e geradores de protenas;
Portas logicas (AND, OR, NOT etc.);
Receptores e transmissores de sinais celulares;
Controladores de luz.
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Avaliacao de Dispositivos
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Sistemas (Systems)
Sao combinacoes de um ou mais dispositivos para execucao de
fun coes mais complexas denidas pelo usuario;
Alguns exemplos simples:
Chaves (switches);
Osciladores;
Detector de borda;
Contadores.
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Nveis de Abstracao
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O que nao e?
O que e?
2
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TM
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Perspectivas e Desaos
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Introducao
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Partes, Dispositivos e Sistemas
BioBrick
TM
Tecnicas e Suas Aplicacoes
Repositorio de Biopartes Padronizadas
Repositorio ocial mantido pelo MIT;
Diretrizes basicas:
Especicacao adequada das partes;
Compreensao clara da relacao entre
partes e plasmdeos;
Uma parte nao deve conter os stios para
anqueamento das enzimas de restricao
(EcoRI, XbaI, SpeI, PstI);
As sequencias para tais stios sao
chamadas de suxo (S) e prexo (P).
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Tecnicas e Suas Aplicacoes
Padrao de Nomenclatura
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Classicacao por Categoria
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O que nao e?
O que e?
2
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TM
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BioBrick
TM
Tecnicas e Suas Aplicacoes
Tecnicas e Uso em Biologia Sintetica
Polymerase Chain Reaction (PCR): principal uso esta em
criar muitas copias de partes para montagem de dispositivos e
sistemas;
Clonagem com enzimas de restricao: base para o metodo
de montagem com BioBrick
TM
;
Eletroforese em gel: metodo mais comum para analise de
amostras (vericacao do processo de clonagem);
Sequenciamento (Sanger): usado para conrmar a
identidade dos clones de DNA e garantir que nao foram
introduzidos erros na clonagem ou montagem;
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TM
Tecnicas e Suas Aplicacoes
Tecnicas e Uso em Biologia Sintetica
PCR de tempo real: metodo preferido para medicao do
n umero de copias de DNA (alternativa para o Southern e
Northern blot);
Microarranjos: ensaio de mudancas na expressao de grande
n umero de genes;
Transcri cao reversa: junto com o metodo de PCR de tempo
real e o metodo de escolha para quanticar o n umero de
copias de mRNA em sistemas sinteticos;
Western blot: usado para determinar se um organismo esta
expressando uma protena de interesse e em qual quantidade.
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Introducao
Fundamentos e Tecnicas
iGEM
Estudo de Caso - Fotolme Bacteriano
Perspectivas e Desaos
Sobre o iGEM
International Genetically Engineered
Machine;
Promovida anualmente pelo MIT desde 2003;
Desempenha o mais importante papel no
desenvolvimento da Biologia Sintetica;
Muitos resultados dos projetos do iGEM sao
publicados como importantes avan cos
cientcos;
Estimula a alimenta cao de dados no
repositorio BioBrick
TM
.
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Introducao
Fundamentos e Tecnicas
iGEM
Estudo de Caso - Fotolme Bacteriano
Perspectivas e Desaos
Como Funciona o iGEM
Times de todo o mundo formados por alunos de gradua cao e
pos-gradua cao;
Registram um projeto e recebem um kit de biopartes
registradas do BioBrick
TM
;
Dentro do prazo, o time deve utilizar as partes para
implementar o projeto que propuseram.
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Introducao
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iGEM
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Perspectivas e Desaos
Panorama Mundial
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Introducao
Fundamentos e Tecnicas
iGEM
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Perspectivas e Desaos
Exemplos de Projetos do iGEM
Fotolme bacteriano (UT-Austin e UCSF 2004);
Eau de coli (MIT 2006);
Bacto-builders (BCCS-Bristol 2008);
E. chromi (Cambridge 2009);
Parasight (Imperial Colege London 2010);
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O que nao e?
O que e?
2
Fundamentos e Tecnicas
Partes, Dispositivos e Sistemas
BioBrick
TM
Tecnicas e Suas Aplicacoes
3
iGEM
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Perspectivas e Desaos
Biologia Sintetica - Conceitos e Aplicacoes Felipe Dalvi Garcia 21/31
Introducao
Fundamentos e Tecnicas
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Perspectivas e Desaos
Ensinando a E. coli a ver luz
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O que nao e?
O que e?
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BioBrick
TM
Tecnicas e Suas Aplicacoes
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Introducao
Fundamentos e Tecnicas
iGEM
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Perspectivas e Desaos
Implicac oes

Eticas
A responsabilidade do ser humano na
criacao de novas formas de vida;
Acredita-se que nos proximos 50 anos a
evolucao do DNA sera em laboratorio e
nao mais na natureza;
Qual sera o limite para denir o que e
natural e o que nao e?

E um dos temas mais discutidos nos EUA;


Propriedade intelectual e o avanco nas
pesquisas.
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iGEM
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Perspectivas e Desaos
Implicac oes

Eticas
Biologia Sintetica?
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Introducao
Fundamentos e Tecnicas
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Perspectivas e Desaos
Riscos `a Seguranca
Ferramentas usadas em Biologia Sintetica se
tornando cada vez mais acessveis;
Disponibilidade online de sequencias de DNA e
tecnicas de biologia molecular;
Risco de descarte ou liberacao inadequada de
organismos sinteticos;
Criacao de organismos com propositos
mal-intencionados;
Preocupa cao com biohackers e a consequente
(re)criacao de patogenos mais virulentos;
Organismos com propriedades imprevisveis e
radicalmente diferentes das conhecidas ate hoje.
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Introducao
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Perspectivas e Desaos
Alguns Desaos
Competi cao entre recursos para desenvolvimento e
infraestrutura;
Produ cao robusta e eciente em alta escala;
Necessidade de valida cao e caraterizacao rigorosas de
biopartes e sistemas;
Cria cao de minimal cells;
Necessidade de rede de distribuicao e transporte adequados.
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Visao de Futuro
Sa ude: biosensores, biotecnologia para diagnostico e combate
a doencas, estetica (controle de sinais da idade), drogas
personalizadas, engenharia de tecidos;
Energia: biobaterias, biocombustveis, folhas articiais
(fotossntese articial);
Meio ambiente: biodetectores de radiacao/poluicao,
embalagens biodegradaveis, materiais mais leves e resistentes,
biorremediacao;
Agricultura: novas sementes, materia-prima para bioenergia,
agrocombustveis, producao otimizada de alimentos;
Outros: biocomputadores, conversores digital-biologicos,
biosntese de nanopartculas, materiais responsivos.
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Perspectivas e Desaos
Este e so o come co...
A ciencia nos ofereceu uma explica cao de
como a complexidade (o difcil) surgiu como
resultado da simplicidade (o facil).
(Richard Dawkins)
Obrigado!
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Introducao
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Perspectivas e Desaos
Referencias I
G. Baldwin, T. Bayer, R. Dickinson, et al.
Synthetic Biology: A Primer.
Imperial College Press, 2012.
BioBrick.
Pagina principal - parts.igem.org.
http://parts.igem.org/Main_Page.
iGEM.
Pagina principal - ung.igem.org.
http://igem.org/Main_Page.
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Introducao
Fundamentos e Tecnicas
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Perspectivas e Desaos
Referencias II
A. Levskaya, A. A. Chevalier, J. J. Tabor, Z. B. Simpson, L. A.
Lavery, M. Levy, E. A. Davidson, A. Scouras, A. D. Ellington, E. M.
Marcotte, et al.
Synthetic biology: engineering escherichia coli to see light.
Nature, 438(7067):441442, 2005.
Nature.
Whats in a name?
Nature Biotechnology, 27(12):10711073, December 2009.
The Royal Academy of Engineering.
Synthetic Biology: scope, applications and implications, May 2009.
Biologia Sintetica - Conceitos e Aplicacoes Felipe Dalvi Garcia 30/31
Introducao
Fundamentos e Tecnicas
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Estudo de Caso - Fotolme Bacteriano
Perspectivas e Desaos
Referencias III
Y.-H. Wang, K. Y. Wei, and C. D. Smolke.
Synthetic biology: advancing the design of diverse genetic systems.
Annual review of chemical and biomolecular engineering, 4:69102,
2013.
Biologia Sintetica - Conceitos e Aplicacoes Felipe Dalvi Garcia 31/31