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Gentica CMA

Carolina Lemos
1
Revisitando Mendel
Anlise de ligao gentica
Da clula ao gene
1665 (Hook) - clula
1838 (Schleiden & Schwann) - teoria celular
1858 (Virchow) - diviso celular
1859 (Darwin) - A Origem das Espcies
1865 (Mendel) - publicao de Mendel
1869 (Miesher) - isolamento do DNA
1875/1879 (Stasburger/Fleming) - observao mitose (vegetal/animal)
1890 (Hertwig e Boveri) - descoberta a meiose (1905, Farmer&Moore)
1900 (deVries, Correns, Tschermak) - redescoberta das leis de Mendel
1900 (K.Landsteiner) - grupo ABO
1902 (W.Sutton e T.Boveri) - teoria cromossmica da hereditariedade
1902 (Garrod) - alcaptonria
1903 (Farabee) - famlia de braquidactilia
1906 (Bateson) - Gentica ("hereditariedade, variao e evoluo)
1908 (Garrod) - erros inatos do metabolismo
1908 (Hardy e Weinberg) - fundao da gentica das populaes
1909 (Morgan) - estudos com Drosophila (interaces gnicas)
1910 (Johannsen) - gene
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2
35 anos de esquecimento
Contexto geogrfico e cultural
Lngua e revista (115 cpias, 40 separatas)
Mendel G: Versuche ber Pflanzen-Hybriden.
Verhandlungen des Naturforschenden Vereines, Brnn 4:3-47, 1866
Histria da cincia
(mitose e meiose desconhecidas, fertilizao mal conhecida)
No aplicao a caractersticas complexas
No replicao por outros, nempelo prprio
O sucesso de Mendel
Simplicidade da abordagem experimental: seleco de
caracteres bem definidos e separados;
exame sistemtico dos produtos de cada cruzamento
Anlise quantitativa dos resultados:
inferncia das leis probabilsticas implicadas
Interpretao biolgica destas leis:
as clulas germinais eram as formas constantes deduzidas
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As sete caractersticas estudadas por Mendel
nas ervilheiras
Resultados das experincias de Mendel com 7
caractersticas
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1 lei de Mendel
Dominncia e recessividade: analisando a
segregao com quadrado de Punnett:
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5
Algumas notaes
Notaes usadas para alelos
A/a
e
+
/e (e - mutante, e
+
- wild type ou normal)
L
M
/L
N
Cruzamentos e relao
gentipo/fentipo
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Cruzamentos
Acasalamento controlado de dois indivduos com
o objectivo de
obter um dado gentipo pretendido
deduzir os gentipos dos progenitores
smbolo usado para indicar cruzamento
acasalamento haplide: A a
acasalamento diplide : A/a A/a
A/ : representa alelo A ou a
Cruzamentos diplides (1)
Os trs gentipos diplides
A/A a/a A/a
Os seis possveis cruzamentos diplides
Cruzamento Razo Genotpica Razo Fenotpica
(na descendncia)
A/A A/A A/A tudo A
a/a a/a a/a tudo a
A/A a/a A/a tudo A
A/a A/A 1A/A:1A/a tudo A
A/a a/a 1A/a:1a/a 1A:1a
A/a A/a 1A/A:2A/a:1a/a 3A:1a
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Cruzamentos diplides (2)
Os cruzamentos entre indivduos heterozigticos para o
mesmo gene chamam-se cruzamentos monohbridos
Um heterozigoto para uma caracterstica recessiva
designado por portador
O cruzamento teste o cruzamento entre indivduos de
gentipo desconhecido (ex: A/) e indivduos
homozigticos recessivos (a/a)
Cruzamento teste
Com base nos fentipos da descendncia, permite distinguir entre
os gentipos A/A e A/a quando cruzados com indivduos a/a
se todos os descendentes forem de fentipo dominante, ento o
gentipo desconhecido A/A
se pelo menos um descendente for de fentipo recessivo, ento o
gentipo desconhecido A/a
Se: resultado
genotpico
resultado fenotpico
A/A a/a A/a tudo A
A/a a/a 1A/a:1a/a 1A:1a
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Processo de inferncia mendeliana
gerao parental
1 gerao de descendentes
Cruzamento F
1 x
F
1
2 gerao de descendentes
P
1
(verde) P
2
(amarela)

F
1
(amarela)

F
2
3 amarela :1 verde
O desaparecimento do verde na F
1
e o seu reaparecimento na F
2
significa que o amarelo dominante. Alm disso, uma vez que as
razes de 3:1 so tpicas dos cruzamentos monohbridos, ento a
F
1
s pode ser toda ela heterozigtica
2 lei de Mendel - segregao independente
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Cruzamento dihbrido
(duplo heterozigoto)
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Cruzamento dihbrido
(duplo heterozigoto)
Segregao
independente
Cada um dos 4 tipos de gmetas
masculinos e femininos tem uma
probabilidade de 1/4
As propores fenotpicas na
descendncia so 9 : 3 : 3 :1
Segregao independente
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A regra do produto
(para segregao independente)
A redescoberta de Mendel
Antes dos trabalhos de Mendel, a teoria dominante blending
inheritance caractersticas dos progenitores misturavam-se num
gradiente suave e contnuo que era transmitido descendncia
O trabalho de Mendel no foi reconhecido at 1900, quando foi
redescoberto por 3 cientistas: Hugo de Vries, Carl Correns, e Erich von
Tschermak
Mendel foi o 1 a descrever:
Segregao independente
Distino entre caractersticas dominantes e recessivas
Entre homozigtico e heterozigtico
Diferena entre gentipo (o material gentico de um organismo) e fentipo
(as caractersticas visveis de um organismo)
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Da clula ao gene
1665 (Hook) - clula
1838 (Schleiden & Schwann) - teoria celular
1858 (Virchow) - diviso celular
1859 (Darwin) - A Origem das Espcies
1865 (Mendel) - publicao de Mendel
1869 (Miesher) - isolamento do DNA
1875/1879 (Stasburger/Fleming) - observao mitose (vegetal/animal)
1890 (Hertwig e Boveri) - descoberta a meiose (1905, Farmer&Moore)
1900 (deVries, Correns, Tschermak) - redescoberta das leis de Mendel
1900 (K.Landsteiner) - grupo ABO
1902 (W.Sutton e T.Boveri) - teoria cromossmica da hereditariedade
1902 (Garrod) - alcaptonria
1903 (Farabee) - famlia de braquidactilia
1906 (Bateson) - Gentica ("hereditariedade, variao e evoluo)
1908 (Garrod) - erros inatos do metabolismo
1908 (Hardy e Weinberg) - fundao da gentica das populaes
1909 (Morgan) - estudos com Drosophila (interaces gnicas)
1910 (Johannsen) - gene
Em1889 Hugo de Vries desconhecia o trabalho de Mendel e descreveu no
seu livro ''Intracellular Pangenesiso termo "pangen: partcula mais
pequena que transmitia as caractersticas hereditrias
A palavra pangenesis vem do grego pan (que significa o todo) e de
genesis (nascimento) ou genos (origem)
O botnico holands Wilhelm Johannsen usou a palavra gene ("gen" in
Danish and German) em 1910 para descrever as unidades funcionais e
fsicas de hereditariedade
A palavra gentica foi pela primeira vez usada por William Bateson em
1906
O termo gene
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Revisitando a teoria mendeliana
Estudo de algumas extenses
1) Ligao ao sexo(1 extenso teoria mendeliana)
2) Anlise de ligao gentica e
mapeamento de genes (estudo de dois ou mais genes)
Ligao ao sexo
na Drosophila (T.H. Morgan, 1909)
hemofilia e daltonismo ligado ao
sexo (T.H. Morgan e E.B. Wilson, 1911)
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A descoberta de linkage (1)
Em1900s, Bateson and Punnett estudaram a
transmisso de 2 genes nas ervilhas de cheiro (sweet
pea). Verificaram que na F2 as propores eram
diferentes de 9:3:3:1
As combinaes gamticas parentais eram em n
superior aos outros dois tipos
A descoberta de linkage (2)
Morgan encontrou em 2 genes autossmicos em
Drosophila o mesmo desvio em relao lei
mendeliana de segregao independente
Morgan postulou que os dois genes se situavam no
mesmo par de cromossomas homlogos (linkage)
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T.H. Morgan - linkage na Drosophila
The Physical Basis of Heredity, 1919
alguns genes na Drosophila no segregam -
mecanismos da hereditariedade mendeliana
Morgan et al., 1915
Ligao gentica
Bateson & Punnet, 1906:
linkage e interaco gnica
ligao crom.X na Drosophila
olhos brancos, corpo amarelo e asas
vestigiais (Morgan, 1911)
primeiro mapa gentico (Sturtevant,
1913)
6 factores ligados no cromossoma X
hemofilia e daltonismo (Bell & Haldane,
1937)
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O incio da gentica experimental:
o grupo da Drosophila
Thomas Hunt Morgan
Herman Joseph Muller
C.B. Bridges
Alfred H. Sturtevant
Princpios da Anlise
de Ligao Gentica
(genetic linkage)
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Mapa gentico da Drosophila
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Genes ligados
Dois genes prximos no mesmo par cromossmico
no segregam independentemente na meiose
Recombinao produz gentipos com novas
combinaes em relao aos alelos parentais
Dois cromossomas homlogos podem trocar
segmentos por crossing-over (quiasmas)
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Crossing-over
No h perda de material gentico, apenas formao
de novos cromatdeos
Cromatdeos parentais no so produto de crossing-
over
Cromatdeos recombinantes so sempre resultantes
de crossing-over
D5S818
Na meiose o genoma
diplide passa a
haplide
Meiose
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Recombinao
Quando os cromossomas
recombinam, so criadas
novas combinaes de
alelos.
Cromossomas parentais tm
os alelos na mesma
configurao original
Cromossomas
recombinantes tmnovas
combinaes de alelos
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Segregao independente de dois loci
Sintenia, sem ligao
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Genes completamente ligados
Gmetas parentais e gmetas recombinantes
Taxa de
recombinao
de 20%
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Recombinao
A recombinao pode resultar quer da segregao
independente (50% de taxa de recombinao) quer da
ocorrncia de crossing-over (taxa de recombinao entre
0 e 50%)
Relao entre probabilidade de recombinao e
distncia gentica
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A probabilidade de ocorrncia de
recombinao (devido a crossing-over)
entre dois loci uma medida da
distncia entre esses dois loci
Quanto mais perto estiverem os loci,
menor a probabilidade de
recombinao entre eles
A taxa de recombinao varia entre 0
(loci completamente ligados) e 0.5
(segregao independente)
Qualquer valor da taxa de
recombinao entre 0 e 0.5 indica
ligao gentica entre os dois loci
Recombinao e distncia
gentica
Relao (no-linear) entre
distncia gentica e % recombinao
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2 genes ligados
Fase: alelos em cis (acoplamento) ou trans
(repulso)
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Os indivduos de tipo a ou de tipo b tm o mesmo fentipo e o mesmo gentipo
para cada um dos dois loci , mas os alelos esto em fases diferentes, o que implica
que as combinaes allicas nos seus gmetas (e portanto na sua descendncia)
tero diferentes probabilidades
Gmetas:
PL ou pl - mais frequentes
Pl ou pL - menos frequentes
(recombinantes)
Gmetas:
Pl ou pL - mais frequentes
PL ou pl - menos frequentes
(recombinantes)
A distncia gentica entre o locus P e o locus L a mesma em ambos os
casos: apenas as combinaes allicas so diferentes, tanto nos indivduos
a e b como as suas frequncias nos gmetas que cada um produz
LINKAGE (ligao gentica) uma relao entre loci,
NO entre alelos
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Fase: alelos em cis (acoplamento) ou trans
(repulso)
Bateson and Punnett experiment
Phenotype and
genotype
Observed
Expected from
9:3:3:1 ratio
Purple, long (PpLl) 284 216
Purple, round (Ppll) 21 72
Red, long (ppLl) 21 72
Red, round (ppll) 55 24
P1: PPLL X ppll
F1: PpLl x PpLl
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Metodologias de estudo da anlise de
ligao gentica
Como averiguar se 2 (ou mais) genes
esto ligados?
Anlise das frequncias fenotpicas de um
cruzamento teste dihbrido
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Cruzamento teste Dihbrido (1)
Permite determinar o gentipo do dihbrido por
cruzamento com homozigoto recessivo
AAbb aaBB
AaBb aabb
Cruzamento
teste
Parental
F
1
Gmetas na F
1
gmetas do
homozigoto
a b
propores na
descendncia
fentipos na
descendncia
AB AaBb A B
Ab Aabb A b
aB aaBb a B
ab aabb a b
1:1:1:1
razo
Cruzamento teste Dihbrido (2)
Melhor processo para estudar recombinao
cruzamento teste dihbrido
S dihbridos produzem gmetas recombinantes
Gmetas produzidos pelo homozigoto recessivo so
todos do mesmo tipo
Cada fentipo de tipo diferente nos descendentes (F
2
)
corresponde a um nico gentipo
Se houver segregao independente no dihbrido,
espera-se uma razo de 1:1:1:1 na descendncia
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Se houver segregao
independente, cada um dos
4 tipos de gmetas so
igualmente provveis, ou
seja, tm uma probabilidade
de 1/4
so do tipo parental
so recombinantes
Segregao independente de 2 genes
(= genes no ligados)
Segregao independente
Para genes situados em pares de cromossomas diferentes (no-
homlogos), a frequncia de recombinao sempre 50%
AABB aabb
AaBb
A B P
A b R
a B R
a b P
AAbb aaBB
AaBb
A B R
A b P
a B P
a b R
50%
recombinantes
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Como testar segregao independente ?
Faa o teste do qui-quadrado para averiguar se no
caso descrito no slide anterior os loci A e B segregam
ou no independentemente
Recombinantes produzidos
por crossing-over.
Se os genes estiverem
ligados, a soma das
frequncias dos dois tipos
de recombinantes < 50%
Genes ligados: gmetas recombinantes e
gmetas no-recombinantes
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Gmetas recombinantes
e no-recombinantes
Como deduzir os gentipos a partir das propores
fenotpicas da descendncia?
A Anlise Gentica funciona em dois sentidos
prever (predizer) gentipos nos descendentes
determinar os gentipos dos progenitores no cruzamento
Valores esperados concretos, por ex., 1:1:1:1 podem
ser usados para deduzir gentipos
Exemplo de um cruzamento teste
Fentipo # observado
A/ B/ 310
A/ b/b 295
a/a B/ 305
a/a b/b 290
Os resultados observados
so prximos de 1:1:1:1,
permitindo concluir que o
progenitor testado era
dihbrido (heterozigoto)
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Consequncias do crossing-over
Frequncia de gmetas recombinantes varia entre 0-
50%, dependendo da frequncia de meioses em que
ocorreu crossing-over
Resulta no desvio das razes 1:1:1:1 num
cruzamento teste
combinaes parentais so as mais frequentes
combinaes recombinantes so as mais raras
Permite o estabelecimento de mapas de ligao
baseados nas frequncias de recombinao
Genes ligados
Dois ou mais loci podem ser mapeados
cromossomicamente, observando a frequncia de
recombinantes produzidos por crossing-over
(estimandoataxaderecombina estimandoataxaderecombina estimandoataxaderecombina estimandoataxaderecombinao o o o)
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Fraco de recombinao
Experimentalmente calcula-se atravs da frequncia
de fentipos recombinantes observados num
cruzamento teste
Aproximadamente proporcional ao comprimento
fsico de DNA entre os loci
Quanto maior a distncia fsica entre os 2 loci, maior a
probabilidade de que ocorra recombinao por
crossing-over
1% recombinao = 1 unidade mapa (u.m.)
1 u.m. = 1 centiMorgan (cM)
Mapas de ligao gentica
Fraco de recombinao (60+50)/400=27.5%,
claramente < 50%
Mapa dado por
#
observados
140
50
60
150
A B
27.5 u.m.
A
b a
B
A
b a
B
P
R
R
P
A b
a B
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Mapeamento (1)
A anlise baseada na fraco de recombinao permite
determinar a ordem relativa dos genes
A fraco de recombinao entre os mesmos dois loci
pode ser diferente entre os sexos ou entre estirpes
As fraces de recombinao so aproximadamente
aditivas
Mapeamento (2)
A existncia de mltiplos crossing-over pode simular
segregao independente
Mapas baseados na fraco de recombinao podem
ser combinados com anlises moleculares e citolgicas
para encontrar uma localizao mais precisa para os
genes
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Cruzamento teste trihbrido
Permite determinar a ordem dos genes e as suas
distncias relativas
8 classes fenotpicas de de descendentes
Se os genes estiverem ligados, haver desvios
significativos das razes 1:1:1:1:1:1:1:1
Resultados tanto mais fiveis quanto maior for o n de
descendentes (como nos fungos, na Drosophila)
Os oito tipos diferentes de gmetas
originados por indivduos trihbridos
Quando se
cruzam indivduos
trihbridos com
indivduos triplos
homozigotos
recessivos
(cruzamento
teste), o resultado
so oito fentipos
distintos na
descendncia
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Como analisar os resultados de um cruzamento
teste trihbrido? (1)
Identificar descendentes parentais e
recombinantes
parentais (sem crossover) so os mais abundantes
Duplos recombinantes; menos abundantes de todos
Recombinantes simples; abundncia intermdia
Determinar ordem dos genes por inspeco (a
ordem dos genes parental leva a duplos
recombinantes diferentes mudando os genes
intermdios)
Como analisar os resultados de um cruzamento
teste trihbrido? (2)
Calcular a distncia entre o gene intermdio e
cada um dos extremos utilizando, em cada caso,
os respectivos recombinantes simples e
adicionando de cada vez os duplos recombinantes
Calcular a distncia entre os genes extremos
somando as duas distncias anteriormente
calculadas
Desenhar o mapa
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Duplos recombinantes
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Gentipo Observado Gmetas
ABC 390 Parental
abc 374 Parental
AbC 27 Single-crossover (genes C e B )
aBc 30 Single-crossover (genes C e B)
ABc 5 Double-crossover
abC 8 Double-crossover
Abc 81 Single-crossover (genes A e C)
aBC 85 Single-crossover (genes A e C)
Total 1000 d(A,C ) =17.9 cM (81+85+5+8)/1000
d(C,B) = 7.0 cM (27+30+5+8)/1000
Gene intermdio C
Gentipo Observado Gmetas
v cv
+
ct
+
580
Parental
v
+
cv ct 592
Parental
v cv ct
+
45
Single-crossover (genes ct e cv )
v
+
cv
+
ct 40
Single-crossover (genes ct e cv)
v cv ct 89
Single-crossover (genes v e ct)
v
+
cv
+
ct
+
94
Single-crossover (genes v e ct)
v cv
+
ct 3
Double-crossover
v
+
cv ct
+
5
Double-crossover
Total 1448
d(v,ct ) =?
d(ct,cv) = ?
Gene intermdio ct
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v - ct 100*((89+94+3+5)/1448) = 13.2 cM
ct - cv 100*((45+40+3+5)/1448) = 6.4 cM
Interferncia
Crossing-over numa regio cromossmica por vezes
influencia crossing-over em regies adjacentes
Interferncia = 1 (coeficiente de coincidncia)
Valor varia entre 0 e 1
tes recombinan duplos de esperado #
tes recombinan duplos de observado #
c. c. =
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tes recombinan duplos de esperado #
tes recombinan duplos de observado #
c. c. =
0.132 x 0.064= 0.0084
0.0084 x1448 = 12,2
c.c = 8/12 = 66%
Interferncia = 33%
Mapas genticos
Mapas baseados na fraco de
recombinao so complementados com
mapas baseados em marcadores
moleculares, segmentos de cromossomas
com diferentes sequncias de nucleotdeos
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Relao entre probabilidade de recombinao e
distncia gentica
Mapa de ligao gentica
Mapa de ligao um diagrama que indica a distncia relativa entre
os genes, medida em % recombinao
1% recombinao = 1 unidade mapa = 1 centiMorgan (cM)
As distncias so aproximadamente aditivas
% recombinao
entre os genes
X e Y 10
X e Z 4
Y e Z 6
X Y
4 cM
6 cM
10 cM
Z
Gentica CMA
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Mapeamento basedo na recombinao
Diferentes tipos de mapas
Mapa fsico (em pares de bases - pb)
Mapa gentico (em centi-Morgans (cM) ou
percentagem de recombinao)
Mapa citogentico
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Mapa gentico e mapa fsico
Relao (no-linear) entre
distncia gentica e % recombinao
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Gentica CMA
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