Baltym biologija

Martyna Petrulyt
Lietuvos Sveikatos Moksl Universitetas
Baltymai
Baltymai - tai polimerins mediagos,
sudarytos i monomer aminorgi,
kurias jungia peptidiniai ryiai:
~N-C-(C=O)~N-C-(C=O)~N-C-(C=O) ~
Jie susidaro tarp karboksilo (-COOH) grups
vienoje aminorgties molekulje ir
aminogrups (-NH
2
) kitoje.
ios reakcijos metu atskyla vandens
molekul, tai vadinama dehidratacijos
reakcija (polikondensacija).

Baltym klasifikacija
Pagal chemin sudt skirstomi
paprastuosius (proteinus) ir
sudtinius (proteidus).
Paprastiems baltymams
priskiriami tik tie baltymai, kurie
sudaryti vien tik i aminorgi.
Sudtiniams baltymams
priskiriami baltymai, turintys
nepeptidin dal, kaip pavyzdiui:
lipoproteinai turi lipidin grup,
glikoproteinai angliavandenio
liekan, metaloproteinai - metalo
atom, chromoproteinai -
pigmentin grup.

Sudtiniai baltymai
Sudtini baltym struktroje aptinkama
nebaltymin dalimis.
Jei i dalis yra tvirtai prijungta prie
molekuls ir baltymui atliekant savo
funkcijas ji neatsiskiria, tai i grup
vadinama prostetine grupe. Pvz., hemo
prostetin grup hemoglobine.
Jei, baltymui atliekant savo funkcijas,
nebaltymin dalis tai prisijungia, tai
atsiskiria nuo baltymo, ji vadinama
kofaktoriumi. Kofaktorius fermento
sudt einanti nebaltymins kilms
nedidels molekulins mass organin
mediaga ar jonas, btina fermento
veikimui. Jei kofaktorius yra organins
kilms, jis vadinamas kofermentu
(coenzyme).

Sudtiniai baltymai
Baltymas be savo prostetins
grups arba kofermento
vadinamas apoenzimu
(apofermentu), o baltymas su
prisijungusia grupe
holoenzimu (holofermentu).
Baltym klasifikacija
Pagal struktr, t.y.
polipeptidini grandini
skaii, skirstomi :
jei molekulje yra viena
polipeptidin grandin, tai baltymas
vadinamas monomeriniu;
jei molekulje yra dvi
polipeptidins grandins, baltymas
vadinamas dimeriniu;
jei molekulje yra daugiau nei dvi
polipeptidins grandins, baltymas
yra oligomerinis (trimerinis, jei
grandins 3; tetramerinis - jei 4,
pentamerinis, jei 5 ir t.t. )
Baltym klasifikacija
Pagal molekuls form:

Globuliniai baltymai
netaisyklingai ovalios arba
elipsikos molekuls.
Fibriliniai baltymai silo
formos molekuls;
Membraniniai baltymai,
nuo vieno iki keli kart
perveriantys membran ir
turintys skirtingas struktras
membranoje ir membranos
iorje, pvz., rodopsinas.
Baltym klasifikacija
Globuliniai baltymai
Globulini baltym ilgio ir
ploio santykis yra maesnis
nei 10 kart.
Globuliniams baltymams
bdingas kompaktikas
polipeptidini grandini
susisukimas. Forma sferin
arba elipsin.
Gerai tirpsta vandenyje,
nesunkiai difunduoja.
i baltym pavyzdiai yra
hemoglobinas, insulinas,
pepsinas.
Fibriliniai baltymai
Fibrilini baltym ilgio ir
ploio santykis didesnis nei 10
kart.
Fibriliniai baltymai paprastai
susideda i keli polipeptidini
grandini, kurios susijungia
tarpusavyje kovalentiniais ir
vandeniliniais ryiais. Forma
silin.
Blogai tirpsta vandenyje.
Fibrilini baltym
pavyzdiai yra kolagenas,
keratinas, fibrinogenas.

Baltym klasifikacija

Membranini baltym klasifikacija

Transportiniai baltymai (kanalai ir neikliai)
Receptoriai
Fermentai
Linkeriai (sujungia atskirus baltymus, taip sudarydami slygas
jiems veikti kartu)
Lstels tapatumo ymenys


Baltymai palaiko pastov pH (veikia
kaip buferiai)
Baltymai palaiko pastov pH (veikia
kaip buferiai)
Priklausomai nuo terps pH, baltymai gali turti
sumin nulin, teigiam arba neigiam krv.
Skirtingai nuo aminorgi, jonizuot
karboksilo grupi ar aminogrupi baltym
makromolekulse yra labai daug.

Aminorgtys
Nuo peptidins grandins
karkaso (backbone) onus
nusitsia aminorgi dalys,
vadinamos oninmis arba R-
grupmis (side chains):
-N-C-C-N-C-C-N-
Lstelse daniausiai
aptinkama 20 skirting
aminorgi. Neseniai atrastos
dar dvi - selenocisteinas ir
pirolizinas, taiau jos
aptinkamos retai.

Aminorgtys
Dauguma aminorgi tirpaluose
egzistuoja cviterijon pavidalu, t.y.,
turi ir teigiam, ir neigiam krv.
Aminorgties krvis priklauso
nuo terps pH. Tirpalo pH reikm,
kuriai esant dalel netenka krvio,
t.y., tampa neutrali, vadinama
izoelektriniu taku (pI). Tai reikia, jog
aminorgtyje yra vienodas teigiam
ir neigiam jon krvi skaiius.
Paprastai gamtoje bna tik L-
konfigracijos aminorgtys.
Aminorgtys
Aminorgtis Santru
mpa
Polikumas
Alaninas Ala Nepolin


Argininas Arg Polin (bazin)


Asparaginas Asn Nepolin


Asparto rgtis Asp Polin (rgtin)


Cisteinas Cys Neymiai polin


Aminorgtys
Aminorgtis Santru
mpa
Polikumas
Glutamo rgtis Glu Polin (rgtin)


Glutaminas Gln Nepolin


Glicinas Gly Nepolin


Histidinas His Polin (bazin)


Izoleucinas Ile Nepolin


Aminorgtys

Aminorgtis Santrumpa Polikumas
Leucinas Leu Nepolin


Lizinas Lys Polin (armin)


Metioninas Met Nepolin


Fenilalaninas Phe Nepolin


Prolinas Pro Nepolin


Aminorgtys

Aminorgtis Santrumpa Polikumas
Serinas Ser Neymiai polin




Treoninas Thr Neymiai polin




Triptofanas Trp Neymiai polin




Tirozinas Tyr Neymiai polin




Valinas Val Nepolin


Erdvin struktra
Baltym erdvin struktra susideda
daniausiai i trij lygmen (nors gali bti ir
keturi):
Pirmin struktra - tai aminorgi seka,
kuri koduoja DNR ir kuri susijungusi
peptidiniais ryiais.
Antrin baltymo struktra susidaro tada,
kai polipeptidin aminorgi grandinl
susiveja vandenilini ryi dka ir erdvje
sudaro dviej tip struktras: spirales ir
klostes.
Tretin baltymo struktra susidaro
susilanksius antrinei baltymo struktrai
vairios formos molekules, kurias stabilizuoja
vandeniliniai, joniniai, kovalentiniai ryiai bei
hidrofobin sveika.
Ketvirtin baltymo struktra susidaro
susijungus kelioms polipeptidinms
grandinms.
spirals ir klosts
-spirals susidaro taip:
vandeniliniais ryiais kiekviena
karbonilo (>C=O) grup
susijungia su kas ketvirta po jos
einania amino (>N-H) grupe.

klosts susidaro taip:
lygiagreiai sugulus dviem ir
daugiau polipeptidinms
grandinms, tarp j susidaro
vandenilins jungtys,
stabilizuojanios i struktr.
motyvai (Beta-alpha-beta ()
motif) sudaro statins formos
struktras

Tretin baltymo struktr palaiko
vairs ryiai

Tretin baltymo struktr palaiko
vairs ryiai

Ketvirtin baltymo struktra
bdinga TIK kai kuriems baltymams

onins grups
onins aminorgtys skirstomos grupes:
Polins (turinios teigiam arba neigiam krv), kurios gali:
disocijuoti ir gauti neigiam krv (pvz., asparto rgtis) -COOH virsta -COO
-
;
prisijungti proton ir gauti teigiam (pvz., lizinas) krv -NH
2
virsta -NH
3
+
.
Neymiai polins (turinios -OH ir -NH
2
grupes, kurios turi dalinius teigiamus arba
dalinius neigiamus krvius (pvz., treoninas).
Nepolins (hidrofobins) oninse grupse turi aromatin grup (pvz.,
tirptofanas) arba yra sudarytos i alifatini (neturini ciklo) dali (pvz., izoleucinas).
Tio grup (-SH) grups sudaro nepolines molekuli dalis, vadinamas disulfidiniais
tilteliais (-S-S-). Svarbiausia aminorgtis, turinti -SH grup, yra cisteinas.

Denatracija
Baltymo erdvin struktra lemia
jo atliekamas funkcijas. Toks
baltymas, kuris turi natrali
konformacij, t.y. atlieka jam
bdingas funkcijas, vadinamas
natyviu.
Paveikus baltym tokiai s
veiksniais kaip temperatra, pH,
organiniais tirpikliais, vyksta jo
dentaracija. Denatruotas
baltymas praranda funkcin
aktyvum.
Kai kuriems baltymams bdinga
renatracija procesas, kurio metu
denatruotas baltymas atgauna
natyvi form.
Baltym gryninimo metodai
1.Isdymas
Isdymas remiasi j iskirtiniu tirpumu vairios
koncentracijos drusk tirpaluose. Daniausiai
isdyti naudojamos vairios amonio sulfato
(NH4)2SO4 koncentracijos.
Dializ atliekama naudojant pusiau pralaidias
membranas, kaip pavyzdiui, celofan. Tokios
membranos praleidia tik tam tikro dydio
molekules, o didesns yra sulaikomos.
Baltym gryninimo metodai
2.Dializ
Baltym gryninimo metodai 3.
Elektroforez
SDS-PAGE
SDS-PAGE tai natrio
dodecilsulfato poliakrilamidinio
gelio elektroforez, kuri atliekama
denatruojaniomis slygomis.
NDS yra anijoninis detergentas,
kuris suteikia baltymams neigiam
krv. Tad paveikus baltym SDSu,
jis tampa neigiamas.
PAGE atskiria skirtingus baltymus
pagal j molekulin mas.
Norint atlikti baltym igryninim elektroforezs metodu, btina sukurti
denatravimo terp.
Kaip buvo minta praeitoje skaidrje, viena i mediag, denatruojani
baltymus, yra SDS.
ioje PAGE reakcijoje taip pat naudojami:
EDTA mediaga, prisijungianti divalenius katijonus, todl sumaina
proteazi, kuri kofaktoriai yra tokie divaleniai metalai kaip magnis ir kalcis,
aktyvum.
Tris buferis reikalingas pastovaus pH palaikymui.
Glicerolis alkoholis, kuris neleidia mginiui ikilti paviri i ulinlio.
Bromfenolio mlis yra daas, kurio dka galime sekti elektroforezs eig.
Ditiotreitolis (DTT) yra reduktorius, kuris redukuoja disulfidines jungtis tarp
cisteino molekuli.
Baltym gryninimo metodai 3.
Elektroforez
SDS-PAGE
Baltym gryninimo metodai
3. Elektroforez SDS-PAGE
Baltym gryninimo metodai
4.Chromatografija
Yra keturios pagrindins chromatografijos rys:
1. Jon main
2. Gelfiltracijos
3. Afinin
4. Hidrofobins sveikos

Baltym gryninimo metodai
4.Chromatografija
Gelfiltracijos metodas naudojamas
ifrakcionuoti baltymus pagal j molekulin
mas, t.y. dyd.

Baltym gryninimo metodai
4.Chromatografija
Jon main chromatografija remiasi baltym krvi
skirtumu. Reakcijoje naudojami polimerai, turintys
skirtingo krvio funkcines grupes. Skiriami teigiam
krv turintys polimerai ir neigiam krv turintys
polimerai.
Baltym gryninimo metodai
4.Chromatografija
Afininje (giminingumo) chromatografijoje panaudojama
baltym savyb sveikauti su skirtingais ligandais, kurie yra
imobilizuoti prie kieto neiklio. Ligandai gali bti substratas arba
kofermentas. Prie ligand specifikai jungiasi tik baltymai. Visi kiti
baltymai patenka eliuat (skyst, isiskiriant reakcijos metu).
Baltym gryninimo metodai
4.Chromatografija
Hidrofobins sveikos metu
hidrofobins baltymo dalys
jungiasi prie tam tikr
vamzdelio viet.
Didel drusk koncentracija
tirpale stabilizuoja baltymus,
todl padidja baltym
hidrofobini dali sveika su
vamzdelio sienelmis. Keiiant
pilamo druskos tirpalo
koncentracij, keiiasi baltym
hidrofobin sveika su
vamzdeliu, todl galima iskirti
skirtingus baltymus.
altiniai
Antanas Prakeviius , Laima Ivanovien, Biochemija
Zita Nauien, Vida Mildaien, Dal Vieelien, Rasa kien, Biochemijos laboratoriniai darbai
Jurgis Kadziauskas, Biochemijos pagrindai
http://www.bb.iastate.edu/~thorn/BBMB201/Images/Image85.gif
http://avonapbio.pbworks.com/f/Quaternary%20Structure.png
http://www.mdpi.com/2076-3425/4/1/91
https://www3.nd.edu/~aseriann/fibglob.gif
http://web.sls.hw.ac.uk/teaching/Derek_J/A13MM1-web/Lectures/files/collagen/files/1_2.jpg
http://www.protein-structure.net/images/Hemoglobin.jpg
http://academia.cch.unam.mx/wiki/biologia3y4/images/wiki_biologia3y4/f/f4/Enzima_y_cofactor.jpg
http://pollen.utulsa.edu/Cell-Biology/Enzymes/img031.JPG
http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/e9/Enzymes.JPG
http://www.accessexcellence.org/RC/VL/GG/ecb/ecb_images/11_20_membrane_proteins.jpg
http://dc388.4shared.com/doc/Seq2pq79/preview008.png
http://www.siumed.edu/~bbartholomew/images/chapter6/F06-11.jpg
http://cacingkecil.files.wordpress.com/2010/01/fraksinasi.jpg
http://www.bio.davidson.edu/genomics/method/SDSPAGE/SDSwprotein.GIF
http://site.motifolio.com/images/SDS-PAGE-6111177.png
http://www.pha.jhu.edu/~ghzheng/old/webct/note1_1.files/F03-43B.jpg
http://www.ucl.ac.uk/~ucbcdab/enzpur/images/gelexcl700.jpg
http://www.tankonyvtar.hu/en/tartalom/tamop425/0011_1A_Proteinbiotech_en_book/images/image081.png
http://biochem.co/wp-content/uploads/2008/08/zwitterions-iso-electronic-points.png
http://static-www.icr.org/i/articles/imp/imp-023.gif
https://www.aiche.org/sites/default/files/styles/aiche_content/public/images/webinar/global_biological-engineering-protein-434px-Myoglobin.png
http://www.southtexascollege.edu/modeh/1408webpage_files/CH3_files/image019.jpg
http://www.functionalfitmag.com/blog/wp-content/uploads/2012/07/High-Protein-Foods.jpg
http://www.juit.ac.in/attachments/Metallopred/images/image_GLO1_Leishmania_major_small_fast.jpg
http://www.elmhurst.edu/~chm/vchembook/561aminostructure.html
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/MLACourse/Original8Hour/Genetics/protein.gif