- O mtodo de processamento paralelo utilizado por OpenFOAM conhecido como
domnio decomposio, em que a geometria e campos associados so divididos em peas e alocados para processadores separados para a soluo. - O primeiro passo decompor o domnio usando o utilitrio decomposePar. - O usurio deve editar o dicionrio associado decomposePar nomeado decomposeParDict, que est localizado no diretrio de sistema do caso.
- A primeira entrada numberOfSubdomains que especifica o nmero de sub-domnios em que o processo ser decomposto, que corresponde normalmente o nmero de processadores disponveis para o caso.
- A corrida paralela usa a implementao openMPI domnio pblico do Message Passing Interface standard (MPI).
- O processo de computao paralela envolve: decomposio de malha e campos; execuo do aplicativo em paralelo; e, ps-processamento do caso decomposto.
- Vamos usar o caso pitzDaily para o tutorial aplicao simpleFoam:
tut cd incompressible cd simpleFoam cd pitzDaily
- Podemos copiar o caso pitzDaily ao pitzDailyParallel:
- A malha e os campos so decompostos usando o utilitrio decomposePar.
- O objetivo subjacente romper o domnio com um esforo mnimo, mas de tal maneira para garantir uma soluo bastante econmica.
- A geometria e os campos so divididos de acordo com um conjunto de parmetros especificados num dicionrio chamado decomposeParDict que deve estar localizado no sistema diretrio do caso de interesse.
- No arquivo decomposeParDict o usurio deve definir o nmero de domnios que o caso deve ser decomposto em: geralmente, corresponde ao nmero de ncleos disponveis para o clculo:
numberOfSubdomains 2;
- O usurio tem a opo de quatro mtodos de decomposio, especificado pelo mtodo palavra-chave.
- Para cada mtodo, h um conjunto de coeficientes especificados em uma sub- dicionrio de decompositionDict, chamado <method> coeffs, usados para instruir a decomposio processo:
method simple/hierarchical/scotch/manual;
- simples: decomposio geomtrica simples, em que o domnio dividido em partes por direo, por exemplo, 2 peas na direo x, 1 em y etc.
- hierrquica: decomposio geomtrica hierrquica, que o mesmo que simples excepto o usurio especifica a ordem na qual a diviso direcional feito, por exemplo, em primeiro lugar na direo y, ento a direo x etc.
- scotch: scotch decomposio, que no requer nenhuma entrada geomtrica do usurio e as tentativas para minimizar o nmero de fronteiras de processador. O usurio pode especificar uma ponderao para a decomposio entre os processadores que podem ser teis em mquinas com comportamentos diferentes entre os processadores.
- manual: decomposio manual, onde o usurio especifica diretamente a alocao de cada clula de um determinado processador.
- O coeficiente de sub-dicionrio para o mtodo simples so definidos da seguinte forma:
simpleCoeffs { n (2 1 1); delta 0.001; }
Onde n o nmero de sub-domnios no x, y, Z (nx ny nz) e delta o factor de inclinao da clula, normalmente 10-3.
- O coeficiente de sub-dicionrio para o mtodo hierrquico so definidas da seguinte forma:
hierarchicalCoeffs { n (2 2 1); delta 0.001; order xyz; }
Onde n o nmero de sub-domnios em x, y, z direes, delta a clula fator e ordem de inclinao a ordem de decomposio xyz / xzy / YXZ ... - O coeficiente de sub-dicionrio para o mtodo metis so definidos da seguinte forma:
metisCoeffs { processorWeights ( 1 ... 1 ); }
a lista de fatores de ponderao para a alocao de clulas para processadores: <wt1> o fator de ponderao para o processador 1, etc.
- O coeficiente de sub-dicionrio para o mtodo manual contm a referncia a um arquivo:
manualCoeffs { dataFile "<fileName>"; }
o nome do arquivo que contm os dados de alocao de clulas para processadores.
- Os arquivos de dados pode necessitar de ser distribudo se apenas discos locais so utilizados de modo a melhorar o desempenho.
- O caminho raiz para o diretrio caso pode variar entre as mquinas. Os caminhos devem em seguida, ser especificado no dicionrio decomposeParDict usando distribudo e palavras-chave razes.
- A entrada distribudo deve ler:
distributed yes
e a entrada razes uma lista de caminhos de raiz, <root0>, <root1>,. . . , Para cada n:
roots <nRoots> ( "<root0>" "<root1>" ... );
onde <nRoots> o nmero de razes.
- Cada um dos diretrios processorN deve ser colocado no diretrio em cada caso dos caminhos raiz especificado no dicionrio decomposeParDict. - O utilitrio decomposePar executada da maneira normal, digitando:
decomposePar -case [caseName]
- A sada ser algo como:
Calculating distribution of cells Selecting decompositionMethod metis ... Processor 0 Number of cells = 6113 Number of faces shared with processor 1 = 58 Number of processor patches = 1 Number of processor faces = 58 Number of boundary faces = 12514 Processor 1 Number of cells = 6112 Number of faces shared with processor 0 = 58 Number of processor patches = 1 Number of processor faces = 58 Number of boundary faces = 12496
- Em concluso, um conjunto de subdirectrios foram criados, um para cada processador, no diretrio do caso.
- As pastas so nomeados processorN em que N = 0, 1, ... representa um processador nmero e contm um directrio vez, contm o campo decomposto descries, e um diretrio constant/polymesh contendo o decomposto malha descrio.
- openMPI pode ser executado em uma mquina multiprocessador local, muito simples, mas quando executado em mquinas atravs de uma rede, um arquivo deve ser criado que contm os nomes de host das mquinas. O arquivo pode ter qualquer nome e localizado em qualquer caminho.
Correndo em paralelo: execuo
- Um aplicativo executado em paralelo com o comando mpirun:
onde: <nProcs> o nmero de processadores; <foamExec> o executvel, por exemplo simpleFoam; e, a sada redirecionada para um arquivo de log chamado.
- O arquivo <machines> contm os nomes das mquinas listadas, uma mquina por linha.
- Os nomes devem corresponder a um nome de host totalmente resolvidos no arquivo/etc/hosts de da mquina em que o openMPI executado. O arquivo <machines> conteria:
Quando os casos de ps-processamento que foram executados em paralelo o usurio tem duas opes:
- reconstruo dos dados de malha e de campo para recriar o domnio completo e campos, que podem ser ps-processados como normal;
- ps-processamento de cada segmento do domnio decomposto individualmente;
- Depois de um caso tenha sido executado em paralelo, ele pode ser reconstrudo para ps-processamento fundindo os conjuntos de diretrios de tempo de cada diretrio processorN em um um nico conjunto de diretrios de tempo.
- A utilidade reconstructPar executa um tal reconstruo executando o comando:
reconstructPar -case [case]
- No nosso caso, torna-se:
reconstructPar -case pitzDailyParallel Time = 0 Reconstructing FV fields Reconstructing volScalarFields p ..... Reconstructing volVectorFields U Reconstructing volTensorFields R No point fields No lagrangian fields
