Sobre el significado de K m y V / K en Enzyme Kinetics

Desde que Briggs y Haldane (1) introdujeron la hiptesis de estado estacionario y

demostr que el supuesto equilibrio rpido no era necesario para la ecuacin de
Michaelis-Menten(2) para ser aplicable a una reaccin enzimtica, ha existido una
cierta confusin y ambigedad de exactamente lo que la constante de Michaelis-
Menten, m K o K, realmente significa.

Sin embargo, como se demostrar a continuacin, el problema ms grande tiene
que ver con el significado de V / K (o V max / K m y k cat / K m o 1/f1 en otras
nomenclaturas). En el mundo Michaelian, las constantes fundamentales son K, la
constante de disociacin del sustrato S desde el ES complejo enzima-sustrato
(que se desarroll en el estado estacionario constante de Michaelis-Menten),
y V, la velocidad mxima a concentraciones saturantes de sustrato.

Encuadernacin y la velocidad de catlisis se dividieron en dos dominios descritos,
respectivamente, e histricamente, por estos dos parmetros. Pero con el
advenimiento de la hiptesis de estado estacionario, y ms tarde debido a los
datos empricos, como los efectos isotpicos, se hizo evidente que la propia
constante de Michaelis-Menten tenan una dimensin cintica que era difcil de
entender o definir.

Por ejemplo, los grandes efectos de istopos deuterio se han observado como K H
/ K D (3) a pesar de los argumentos tericos y la evidencia emprica en contra de
cualquier efecto significativo de deuterio en la unin de ligandos a enzimas (4).

Para hacer frente a esta dimensin cintica, la dualidad de la cintica Michaelian
se dividi a lo largo de un plano diferente, 1 y las dos constantes cinticas
fundamentales fueron considerados V / K y V, las constantes de velocidad
aparentes a muy baja y muy alta [S], respectivamente ( 5).

La constante de Michaelis-Menten se convirti en un parmetro derivado, obtenido
a partir de la relacin de los fundamentales. Esta dualidad puede ser claramente
esquematiza como en las ecuaciones 1-3. V / K se determina por todo, desde
enzima libre E hasta e incluyendo el primer paso irreversible (6).

1

V est determinado por todo, desde los complejos enzima-sustrato ES partir de
enzima libre reformada:



Por lo tanto, si K es la relacin de estos dos fundamentos, que debe ser
determinada por todo el mecanismo:


Algebraicamente, la constante de Michaelis-Menten es an ms compleja en
comparacin a V o V / K que eq 3 es a las ecuaciones 1 o 2.

No es de extraar entonces, que los estudiantes de enzimologa podran ser un
poco confundidos acerca de lo que significa.
Para resolver esta confusin, es necesario resolver primero confusin acerca de V
/ K. La mayora de los libros de texto comienzan con la ecuacin de Michaelis-
Menten, donde v es una velocidad inicial:



y tenga en cuenta que cuando [S] << K



Por lo tanto, V / K tiene las dimensiones de una velocidad de primer orden
constante, y cuando se multiplica por la concentracin de sustrato que provee una
tasa de, al igual que una constante de velocidad de primer orden s. La pregunta
es: V / K es una constante de velocidad para qu? Debido a que la formacin de
producto generalmente se est midiendo para velocidades iniciales, la velocidad a
la baja sustrato se considera una medida de una renovacin cataltica, regulado
por la presente constante aparente de velocidad de primer orden.

Pero este formalismo no puede ser verdad en la ecuacin 1 por V / K no logra
medir una rotacin completa. Por definicin, V / K slo abarca los pasos "hasta e
incluyendo el primer paso irreversible", que es a menudo la liberacin del primer
producto, y la liberacin del segundo producto (Q en la ecuacin 2) es a menudo
limitante de la velocidad para muchas enzimas reales (7).

Obviamente, un comunicado de la tasa de limitacin de Q en la ecuacin 1 no
tendra ningn efecto en V / K. La paradoja est muy bien ilustra grficamente en
el mecanismo de cintica conocida como un mecanismo de ping-pong (8), en la
que dos sustratos, A y B, reaccionan con diferentes formas de la enzima, E y F:




V / K A se determina mediante las constantes de velocidad en la ecuacin 6 y es
independiente de la concentracin de B o de cualquier constante en la ecuacin 7
tasa. Esto significa que a medida que [B] es variada o incluso extrapolada a
cero K / V (la pendiente en un grfico doble recproco de 1 / V vs 1 / [A]) se
mantiene sin cambios, dando lugar al patrn de velocidad inicial de diagnstico un
conjunto de lneas paralelas.

Pero tambin significa que V / K un no puede ser una medida de prdidas de
baln catalticos porque no hay prdidas de baln se completan en cero [B]. Los
ejemplos anteriores tienen dos productos, y la liberacin de producto se considera
irreversible en las mediciones de velocidad inicial, por lo que una porcin de una
renovacin cataltica completa no pueden asociarse con V / K. Pero incluso para
un solo producto de reaccin, V / K no necesitan abarcar una rotacin completa
para muchas enzimas debido a que algunos de ellos, tales como la anhidrasa
carbnica, se han escondido, pero parcialmente limitante de la velocidad iso-
mecanismos (9).

Por otra parte, incluso en el caso ms general donde V / K hace abarcar una
completa rotacin, al menos formalmente en trminos de la inclusin de las
constantes de velocidad de todas las etapas de un mecanismo cintico, se puede
demostrar dentro de un ciclo termodinmico congruentes (10) que V / K pueden
changewithout un cambio en el poder cataltico de una enzima, V / K y poder
cataltico puede cambiar juntos, o V / K puede permanecer sin cambios a medida
que cambia el poder cataltico.

Claramente, no hay un vnculo entre V / K y poder cataltico.

Por lo tanto, si V / K no mide una velocidad de renovacion de un catalizador, qu
mide? Cmo identificamos la medicin de forma que se aplicar por igual y de
manera significativa a todos los ejemplos anteriores? Una forma de acercarse a
una respuesta a esta pregunta es considerar la ecuacin de Michaelis-Menten en
forma recproca familiar de Lineweaver-Burk (11):



La forma recproca se hizo popular inicialmente debido a que los graficos de
velocidades iniciales producen lneas rectas, y fue explotada ms adelante en el
desarrollo de la cintica de estado estacionario, ya que separa los parmetros y
variables (12) fundamentales.
Pero tiene una utilidad ms sutil que hizo atractivo para Dalziel (13), que escribi
eq 8 de la siguiente manera:


La diferencia entre las ecuaciones 8 y 9 es que el primero est escrito en las
constantes cinticas aparentes mientras que el segundo est escrito constantes
de tiempo no aparentes. Gran parte de la dificultad que tienen los estudiantes con
cintica de la enzima se encuentra en la torpeza de mltiple reciprocidad, tanto
algebraica y grfica, y el hecho de que ninguno de nosotros vive en el tiempo de
reciprocidad. Vivimos en tiempo real, y en el mundo de Dalziel, eq 9 establece que
el tiempo necesario para una reaccin enzimtica que se produzca es la simple
suma del tiempo que toma para que la enzima y el sustrato para venir juntos en un
complejo productivo, 1 / [S1] , ms el tiempo que toma para que el complejo para
generar y liberar el producto, 0. (Constantes de tiempo son aditivos, mientras
que las constantes de velocidad no lo son, lo que hace que sean ms fciles de
agarrar y manipular.)

Volviendo al mundo de las constantes de velocidad, V / K es el recproco de 1 y
su definicin verdadera es ahora evidente: V / K es la constante de la unin de
sustrato y producto en un complejo productivo de la tasa. "Complejo productivo"
necesita alguna matizacin: no incluye los complejos de ES que se forman y luego
se disocian de nuevo a E libre y S, pero s incluye varios complejos en los
mecanismos con varios pasos (por ejemplo, ES y EPQ en la ecuacin 1).
Cuando un sustrato es particularmente "pegajosa", virtualmente cada colisin
entre E y S se obtiene un complejo (s) que pasa a producto, que impulsa V /
K para el lmite de control de difusin (1 k en la ecuacin 10, a continuacin), en
algn lugar en el barrio de 10
9
M
-1
s
-1
.

Ntese, sin embargo, que el tiempo requerido para el complejo productivo sea
realmente productiva y pasar a liberar un producto formado no se especifica por V
/ K.
Por lo tanto, es necesaria una nueva etiqueta para abarcar esta sutil distincin
entre ES total (lo que es real y se puede observar) y complejos productivos (que
son as designado slo a causa de supotencial, la cual no se puede observar pero
slo mide despus del hecho); el trmino captura se ofrece aqu para este
propsito, simbolizado por k
cap
.

V / K puede decirse para proporcionar una medida de la tasa de captura de
sustrato por una enzima en un complejo productivo (s), en yuxtaposicin a V, que
proporciona una medida de la velocidad de liberacin 2 de la enzima y producto de
la misma productivo
complejo (s).

Se sugiere, adems, que la k cat smbolo sustituye por k rel. Capturar y liberar son
igualmente necesarios para generar una renovacin cataltica completa, pero
estn determinados por diferentes things.3

Esta nueva construccin nos permite volver al mundo Michaelian ms simple en
que se dividi la dualidad de la cintica enzimtica entre la unin y la catlisis.
Las diferencias son (i) Michaelian unin era un concepto esttico, mientras que la
captura es cintica, y (ii) kcat se centraron en un solo paso qumico, mientras que
la liberacin encarna mltiples pasos que pueden o no pueden incluir el paso
qumica y, a menudo est limitado por la liberacin real de un producto (7).
Una definicin ms sofisticada de la constante de Michaelis-Menten ahora se
puede formular.
El estado estacionario constante de Michaelis-Menten es un trmino cintica,
aunque con una dimensin termodinmico, que describe la concentracin de
sustrato a la que el tiempo para la captura es igual al tiempo para la liberacin, por
lo que una rotacin en [S] = K toma dos veces siempre y en tiempo real, ya sea
como proceso por s mismo.
En muy baja [S], el tiempo para la captura de largo y se convierte en limitante
debido a la baja tasa de colisin entre el sustrato y la enzima, provocando que el
tiempo para la liberacin para convertirse en insignificante en comparacin y un
componente menor del tiempo de rotacin aparente.
En muy alto [S], la captura se vuelve insignificante debido a las colisiones son
infinitamente rpido a infinito [S] y prcticamente la totalidad de la enzima es
capturado instantneamente, permitiendo que el tiempo para la liberacin para
compensar la totalidad del tiempo de rotacin aparente.
Paralelamente a una constante de disociacin, que se define como K d = k off
/ k en, un estado de equilibrio constante de Michaelis-Menten en esta nueva
nomenclatura es K m = V /(V / K) = k rel / k cap; lingstica y cinticamente , la
liberacin est apagado anloga y la captura es anlogo a, y la transicin de
Michaelian a la cintica de estado estacionario requiere slo esos dos
sustituciones simples.

Esta nueva definicin tiene utilidad prctica en otros aspectos de la cintica de la
enzima. Por ejemplo, considere el mecanismo popular libro de texto

En el caso 1, el modelo Michaelian, k 3 << k 2 y V = k 3, Km = K d = 2 k / k 1 y V /
K = k 1 k 3/2 k. En el caso 2, el modelo de estado estacionario, K = m (k 2 + k 3)
/ k 1 y es numricamente mayor que la constante de disociacin. Lo que a menudo
no se reconoce en los libros de texto es que las constantes de Michaelis-Menten
con frecuencia son ms pequeos que las constantes de disociacin. 4 Por
ejemplo, en un caso ligeramente ms complejo 3:

K m = 5 k (k 2 + k 3) / 1 k (k 3 k + 5) (15). Si la versin del producto es lento con
respecto a la etapa qumica de manera que k 5 << 3 k, entonces K m
(5 k / k 3) (k 2 + k 3) / k 1 y el factor k 5 / k 3 pueden conducir de Michaelis-
Menten constante para valores inferiores a 2 k / k 1.
Si adems, en el caso 4, k >> k 3 2 (haciendo que el sustrato "pegajosa"),
entonces K m 5 k / k 1. En el primer caso, la captura y la liberacin son
controladas por el mismo y estn en equilibrio en el Michaeli una regin de las
concentraciones de sustrato. En el segundo caso, el tiempo para la liberacin es
ms corto, por lo que se requiere una concentracin relativamente alta de sustrato
para acelerar capturar y llevar la captura y liberacin en equilibrio. En el tercer
caso, el tiempo de liberacin es largo, por lo que se requiere una concentracin
relativamente baja de sustrato para reducir la captura y lograr el equilibrio.
Pero los conceptos de liberacin y captura son los ms limpiamente definidas en
los extremos del cuarto caso de la ecuacin 11, donde la liberacin es
exactamente eso: la liberacin del ltimo producto (k rel = k 5) y la captura no es
ms que las colisiones moleculares entre la enzima y el sustrato (k tapa = k 1).

Para entender la cintica enzimtica de una manera general, comenzar aqu con
este ejemplo extremo, el significado de los parmetros cinticos comunes seguir
siendo el mismo que los mecanismos son ms complejos que el caso 4, sino que
slo se oculta por una gran cantidad de lgebra.
Otro aspecto de la cintica en la captura tiene utilidad se orden la unin:


Saturacin con el sustrato B captura toda la enzima libre en el complejo EAB, por
lo que las colisiones entre E y un sustrato irreversible y V / K una difusin
controlada completamente(16).
Tenga en cuenta que tanto en el caso extremo 4 y el ejemplo ordenada, V / K no
contiene ningn constantes de velocidad de pasos qumicos.
Cualquiera que sea la definicin uno se aplica a V / K, debe incluir estos
mecanismos cinticos, as como las variedades ms tradicionales porque no son
nada raro, por ejemplo, muestra la captura fumarasa extrema y liberacin (17,
18) y numerosos
deshydrogenases muestran la unin de nucletidos ordenados obligatorios.
La cintica de la inhibicin se simplifica por este enfoque. La inhibicin competitiva
puede ser descrito como siendo causado por un inhibidor que interfiere solamente
con el momento de la captura (y deja de ser expresado en alto [S], donde el
tiempo para la captura se hizo corto), la inhibicin no competitiva es causada por
un inhibidor que interfiere slo con la liberacin (que explica por qu un anlogo
inhibidor de B en un mecanismo de ping-pong cambia la Km aparente de A pesar
de que la unin de A y B han
nada que ver uno con el otro), y la inhibicin mixta o no competitivo es causada
por un inhibidor que interfiere con ambos.
Esa simplicidad debera facilitar la enseanza de la cintica de inhibicin; tanto
tiempo como fue considerado V / K para tener alguna medida de la velocidad de
catlisis dentro de ella, la comprensin conceptual de inhibidores nunca podra ser
que limpio.
Una enzima que ilustra la importancia de la captura y liberacin es quimotripsina:
la formacin rpida e irreversible de un covalente intermedio acil-enzima significa
el final mecanicista de V / K y captura el sustrato absolutamente,
comprometindose a un volumen de negocios, ya que no hay volver una vez que
los primeros se disocia de productos.
Sin embargo, la hidrlisis ms lenta de la acil intermedio determina la velocidad de
liberacin de este complejo capturado y por lo tanto la tasa de formacin de
producto.
Capturar y liberar no tienen nada que ver unos con otros en la quimotripsina
(cuando acta en un buen sustrato), pero ambos contribuyen a la actividad de la
enzima en condiciones normales.
Algunos autores han tratado de comprender la contribucin cintica de V / K con la
actividad enzimtica llamndola la "especificidad constante" (19) para distinguirlo
de simples diferencias en la unin, mientras que otros comparan los valores de V /
K a la constante de la tasa de
reaccin no catalizada y lo llaman el "dominio cataltico" (20).
Ambos trminos son vagos, y el segundo, un poco engaoso, porque V / K est
desconectado claramente de las tasas reales de formacin de producto neto y
prdidas de baln catalticos completos; capturar tiene imgenes mucho ms
claras y ms precisas.
El concepto de "comprometerse con un volumen de negocios" es una buena idea,
ya que puede ser comprendido sin lgebra. Se describe correctamente lo que la
captura se trata, pero s conllevan el riesgo de ser confundido con los
"compromisos con la catlisis" que se utiliza para describir los efectos
isotpicos (21). Para una reaccin de proceder por el mecanismo en la ecuacin
11, el paso isotpicamente sensible estara gobernada por k 3 y efecto isotpico
de deuterio expresada en V / K se define por la ecuacin
(V / K) H
(V / K) D
=
3H k / k 3D + C f
1 + C f
(13)
en la cual C f, el compromiso hacia adelante a la catlisis, se define como K 3/2
k, sino que representa la tendencia de la ES complejo para proceder hacia
adelante a travs de la catlisis en lugar de volver a la enzima y sustrato libre. Del
mismo modo (pero no es posible en el eq irreversibles 11), un compromiso inversa
a la catlisis, C r, sera la tendencia de un EP complejo para volver a travs de la
catlisis en vez de proceder a la enzima y producto libre.
Por lo tanto, C y C f punto en las direcciones hacia adelante y hacia atrs,
respectivamente, hacia una etapa qumica istopos sensibles r. En contraste, la
captura de puntos slo en la direccin hacia adelante todo el camino a la
liberacin del ltimo producto. Los conceptos estn relacionados, sin embargo, en
que V / K se pueden escribir en trminos de C f y C r(14).
La expresin general sin que designa el nmero de pasos o la identidad de la
etapa de isotpicamente es sensible
V / K = k 1
k i / k -1 i i = 3
i = IR
C r C + f + 1
(14)
donde IR es el nmero constante de velocidad para el paso adelante
isotpicamente sensible utilizado para definir f C (usando el sistema de
numeracin Cleland [8]).
La ecuacin 14 muestra que V / K es simplemente una fraccin de 1 k. Por otra
parte, la fraccin se refiere nicamente los niveles relativos de la energa de los
estados de transicin de uno al otro, ni el orden de las barreras de energa
despus de la unin, ni los niveles de energa de los estados reactivo intermedio
son importantes. Estos puntos se ilustran en los diagramas de activacin a-c de la
Figura 1.
En estos tres casos, V / K = 0,07 k 1 y un efecto isotpico intrnseca de k H / D
= k en el paso 7 con la ms alta barrera se expresan como D (V / K) = 5,4. Como
[S] se aproxima a cero, todas las enzimas se libera y no hay prcticamente
ninguna enzima presente en formas posteriores, por lo que las curvas estn
representadas por lneas de puntos en los mnimos de energa representan formas
intermedias de la enzima por estos mnimos no importa V / K , ya que podran ser
como se muestra, o superior, o inferior, o diferentes el uno del otro, sin perturbar o
bien la magnitud de V / K o la expresin de un istopo effect.5 Lo nico que
importa es la posicin vertical relativa del compuesto intermedio estados de
transicin, como se ilustra por la curva d, donde los estados de transicin despus
de la barrera de unin se han reducido con respecto a la curva a.
Como resultado, V / K es ahora ms controlada por difusin a 0,94 k 1, y la
expresin de un efecto isotpico de deuterio se reducira a D (V / K) = 1,3. Qu V
/ K "ve" es una especie de barrera colectiva singular cuya nica importancia es si
es mayor o menor que la barrera de unin, que se ilustra en las curvas e y f (se
muestra con slo un mnimo de energa libre para la E), que se deriva de las
curvas A y D, respectivamente.
Cuando ms alto, como en la curva e, la mayora de las colisiones entre enzima y
sustrato no dan lugar a complejos productivos capturados; cuando ms baja, como
en la curva f, lo hacen.
El concepto de captura es as de simple, y toda la informacin cintica que puede
ser transmitido por V / K se representa simblicamente en las curvas e y f. Un
aspecto de la enzimologa moderna que requiere re-examen de esta nueva
perspectiva es el concepto de la perfeccin cataltica y su enzima
perfecto asociado, que se ha convertido en una pieza central en los captulos
sobre las enzimas en la mayora de los libros de texto de bioqumica.
Albery y Knowles (23) inventaron el concepto abordando formas en que la
evolucin de las enzimas podra tomar para mejorar la eficiencia cataltica y
propuesto tres mecanismos para lograr este fin.
El primero se denomina unin uniforme y consiste en cambios en el que "las
posiciones de todos los estados internos se desplazaron con energa hacia arriba
o hacia abajo [en la activacin
diagramas] por la misma cantidad. "El segundo se denomina unin diferenciales y
consiste en" los cambios en las estabilidades relativas de los intermedios internos
y los efectos indirectos de los estados de transicin interna ".
El tercero se denomina catlisis de pasos elementales y consta de mecanismos
para "reducir la energa libre de activacin de esos pasos elementales cuya
intermedios y estados de transicin son cinticamente significativa." De acuerdo
con Albery y Knowles, los tres contribuyen a la mejora cataltica y el ltimo en
perfeccin cataltica fue identificado como llegar a la cintica de difusin
controlada.
El problema es, slo la tercera forma representa en realidad un aumento en la tasa
de liberacin concomitante con el incremento en la captura. Para ver un ejemplo
contrario, pasar deuna curva a la d en la Figura 1 ilustra Albery y la primera forma
de Knowles para evolucionar hacia una mayor difusin controlada V /
K. Pero V tiene el mismo valor, 0,38, en ambas curvas. Obviamente, este aumento
de V / K proviene de una cada de K, de 5 a 0,4, que puede no ser deseable
fisiolgicamente. Por otra parte, haciendo una pegajosa sustrato de esta manera
ser en ltima instancia conducir a un producto pegajoso, causando una
disminucin en V.
Puede ser cierto que la perfeccin cataltica verdadera siempre est acompaada
de una difusin controlada por V / K, pero lo contrario no tiene que ser, una
mutacin que conduce a la cintica de difusin controlada puede llevar a la ruina
cataltico, as como la perfeccin. La razn de esto radica en la distincin entre la
captura y liberacin, ambos de los cuales son importantes in vivo porque la
mayora de las enzimas operan con constantes de Michaelis-Menten cerca de
concentraciones fisiolgicas de sustratos.
Figura 1. Diagrama de energa de activacin sobre la energtica de V / K. Cada curva comienza con E + S a la izquierda y
contina con mltiples formas de ES y EP hacia la derecha. Constantes de velocidad relativo en cada construccin son (con
el Cleland [8] El sistema de numeracin):
una curva de: k 1 = 1, k = 2 10, k 3 = 20, 4 k = 20, 5 k = 1, k 6 = 1, k = 7 5;
la curva b: k 1 = 1, k = 2 10, 3 k = 1, k = 4 1, 5 k = 5, 6 k = 5, k = 7 20;
curva c: k 1 = 1, k 2 = 10, k 3 = 5, 4 k = 5, 5 k = 20, k 6 = 20, k 7 = 1;
curva d: k 1 = 1, k 2 = 0,05, k 3 = 20, 4 k = 20, 5 k = 1, k 6 = 1, k = 7 5;
curva e: k 1 = 1, k 2 = 10, k 3 = 0,8, y la curva de f: k 1 = 1, k 2 = 0,05;
3 k = 0,8. Los valores de V / K son idnticos en las curvas a-c y e, y los valores ms grandes, pero idnticos se encuentran
en curvas d y f. Los valores de V son 0,38, 0,65, 0,30, y 0,38 para las curvas a-d, respectivamente.
Una sola mutacin puede cambiar uno o el otro, o ambos, pero V / K ve slo el
primero, mientras que el poder cataltico depende slo de la ltima (10). El criterio
planteado por la perfeccin cataltica, una difusin controlada por V / K, se basa en
la nocin errnea de que V / K est de alguna manera relacionada con la tasa
intrnseca de la catlisis enzimtica.No es, como se muestra claramente esta
discusin.
Ms bien, V / K determina la cantidad de la enzima total se dedica a lo que
se convertir en un evento catalizador: cunto se ha capturado y se ha
comprometido a tener la produccin de producto. Poder cataltico mxima est
disponible en [S] = K y [S] V / K = V (10), por lo tanto, favorece la evolucin
constante K que sostiene al tiempo que aumenta tanto la captura y liberacin en
relacin constante. Difusin a continuacin, dicta el lmite superior de la captura,
que establece indirectamente la tasa mxima para la liberacin.
Un ejemplo de la importancia de la captura, y una excepcin a la presin evolutiva
normal, se puede ver en la cintica de las enzimas bacterianas responsables de la
resistencia a los antibiticos. La medida comn de la resistencia in vivo,
la concentracin mnima inhibidora, se correlaciona con V / K medido in vitro, pero
no se correlaciona con cualquiera de V oK (24). Las tasas de liberacin no son
muy impresionantes para estas enzimas, ya que no tienen importancia.
Es en el inters de la bacteria para mantener la concentracin de antibitico activo
tan bajo como sea posible, y se consigue este objetivo no por la evolucin de
mayor poder cataltico, sino ms bien al hacer un montn de enzima (25) con
highrates de captura (26).
La concentracin de la enzima probablemente superior a la de los antibiticos en
el espacio periplsmico, por lo que las molculas enzimticas individuales que
participan en la catlisis pueden permitirse el lujo de tomar su tiempo de llevar a
cabo la qumica real de inactivacin-despus de una captura rpida.
Una comprensin clara de la catlisis enzimtica requiere venir a los apretones
con la naturaleza cintica de captura, sin importar qu nombre se le da a l.6 Una
vez que se ha llegado a eso, entonces la catlisis o el poder cataltico o eficiencia
cataltica o el ms profano "cmo funcionan las enzimas "tipo de pregunta puede
ser fcilmente comprendido dentro de los conceptos ms simples del viejo mundo
Michaelian: unin es arbitraria y se puede ajustar hacia arriba o hacia abajo para
adaptarse a las necesidades fisiolgicas, y un buen catalizador enzimtico
simplemente debe disminuir la energa minima6 y barreras de energa que
viene en pos de la unin del sustrato.
Agradecimientos
Agradezco WW Cleland para transmitir con firmeza la importancia de V / K (hace
tres dcadas), para una revisin crtica del manuscrito, que incluye la identificacin
de errores en las entregas anteriores de la ecuacin 14, y por lo que sugiere que
las condiciones en las que K m <K d be incluido en la discusin. Este trabajo fue
apoyado por el NIH subvencin GM46695 investigacin.
Notas
1. Esta dualidad llev a otros problemas, el ms importante de los cuales los
conceptos errneos que la energa de unin se puede utilizar para conducir la
catlisis y que las estabilizaciones reactivo de estado pierde poder cataltico, que
se discute en otra parte (10).
2. Un primer borrador intent catlisis par con la captura, en consonancia con la
dualidad original Michaelis y Menten y la nomenclatura popular de k cat.
Sin embargo, esto llev a la confusin de los lectores que se asocian "catlisis", ya
sea con un sencillo, paso qumico limitante de la velocidad o con un ciclo cataltico
completo.
El mecanismo de libro de texto estndar de la ecuacin 10 subraya gato k =
3 k, que es lamentable, ya que presenta un smbolo algo engaoso para la
catlisis.
Dada la definicin formal de un catalizador, es decir, algo que acelera una
reaccin qumica, pero se recupera sin cambios por el proceso, la naturaleza
cclica debera estar ms estrechamente asociado con la palabra. En
contraste, k rel puede o no incluir la etapa qumica, que puede incluir la etapa
qumica pero no expresarlo, y
nunca incluye todas las constantes de velocidad para un volumen de negocios
total. Catlisis cclico requiere tanto la captura y liberacin, y las concentraciones
de saturacin de sustrato, simplemente haga capturar infinitamente rpido y
cinticamente insignificante para el ciclo.
3. Una analoga de "cosas diferentes" sera considerar el transporte areo, por
ejemplo entre Nueva York y Boston. Cmo salir de casa para un asiento
asignado en un avin es como unin del sustrato y la captura, y por lidiar con
trfico en hora punta, para encontrar un lugar de estacionamiento, control de
equipajes, y en espera de embarcar en el avin, es probable que tenga esta fase
del viaje ms largo que el tiempo de vuelo real, que es anloga a V y de
liberacin. Nadie considera a los primeros a tener nada que ver con cmo vuela un
avin, sin embargo, debe tenerse en cuenta a la hora de planificar un viaje.
La propuesta aqu es, en una analoga directa, que la captura no tiene nada que
ver con la forma de una enzima realiza la qumica de catlisis.
4. Klinman y Matthews (14) hacen que la importante observacin de que K m
= Kd cuando los efectos isotpicos en V y V / K son el mismo, y proporcionan una
ecuacin para el clculo de K m / Kd cuando no son el mismo.
5. Los mnimos de energa hacer la materia a V, igualmente as como energa
mximos, pero no por igual el uno al otro. Por ejemplo, en un mecanismo
reversible de cinco pasos con todas las constantes de velocidad igual al mismo
valor, la distribucin de las formas de la enzima sera [E1] = 0, [E2] = 0,4 [Et], [E3]
= 0,3 [Et] , [E4] = 0,2 [Et], y [E5] = 0,1 [Et].
Una enzima totalmente optimizado tiene cada uno mnimo de energa posterior
inferior a la anterior, de modo que la enzima se ejecuta "cuesta abajo" (22). La
importancia prctica de la ausencia de energa mnimos en V / K es que la tasa de
captura no se puede mejorar mediante la unin del sustrato con ms fuerza, como
se representa por el posicionamiento vertical de estos mnimos. Este modo de
"unin ms fuerte" sera caer simplemente ES en un agujero de los cuales las dos
rutas de escape, hacia adelante y hacia atrs, permaneceran en relacin
constante sin importar la profundidad del agujero. Por el contrario, para salir de un
agujero ms profundo importara mucho que V.
6. Retencin de los smbolos de V / K y la k cat en nuestras ecuaciones de
velocidad, y "V-over-K" y "k-cat" en nuestro vocabulario cintico, puede impedir
esta comprensin. V-sobre-K desva nuestra atencin a una relacin de otras
cosas que no contienen ni suponen captura; k-gato desva nuestra atencin a
pasos qumicos que a menudo estn completamente ausentes de k rel y las
velocidades mximas.