FACULDADE DE FARMCIA- UFRGS

DEPARTAMENTO DE PRODUO DE MATRIA-PRIMA

QUMICA FARMACUTICA I - FAR 01103
ROTEIRO DE AULA PRTICA
Aula 03: Planejamento de frmacos baseado na estrutura do receptor
1.2 O Protein Data Bank
O Protein Data Bank (PDB) um banco de dados internacional para estruturas 3D
de macromolculas (protenas en!imas frmacos li"antes cidos nuclicos e etc#) de
acesso "ratuito# Atualmente e$istem neste banco de dados em torno de al"umas de!enas
de mil%ares de compostos cujas estruturas 3D j foram determinadas#
&ma importante protena 'ue pode ser encontrada no PDB a protease do (rus
)*+,-# .sta en!ima respons(el pela matura/0o da partcula (iral e sua inibi/0o
terap1utica resulta em (rus n0o infecciosos# .$istem di(ersos inibidores da protease do
)*+,- em uso terap1utico dentre os 'uais podemos citar o sa'uina(ir o indina(ir o
nelfina(ir e o ritona(ir#
A protease do )*+,- uma asprtico,protease %omodimrica# .m outras pala(ras
uma en!ima 'ue utili!a como nucle2filos molculas de "ua li"adas 3 resduos de
cido asprtico sendo formada por duas sub,unidades id1nticas conforme demonstrado
na 4i"ura - para a protease comple$ada ao nelfina(ir#
5ada estrutura cristalo"rfica do PDB descrita por um c2di"o de 6 caracteres
incluindo letras e n7meros# .ste c2di"o 7nico para cada estrutura 3D# As etapas da
aula s0o as 'ue se se"uem:
-# .ntrar no site %ttp:88999#rcsb#or"8pdb:
;# Di"itar o c2di"o -O)< e clicar em search:
3# 5licar ao lado direito do c2di"o -O)< em Download files , PDB file
(text) save (sal(ar) o ar'ui(o -O)<#pdb na rea de trabal%o:
Obser(a/0o: .ste ar'ui(o contm todas as informa/=es acerca da estrutura
3D da protease do )*+,- comple$ada ao nelfina(ir# Basicamente um
ar'ui(o com coordenadas $>! com uma lin%a para cada tomo da
protena# A e$tens0o #pdb padr0o para os ar'ui(os obtidos do Protein
Data Bank:
6# &ma (e! sal(o o ar'ui(o ele pode ser aberto no pro"rama ?9iss PDB
+ie9er (?PDB+)# O atal%o deste pro"rama (oc1 (ai encontrar na sua
rea de trabal%o#
@# 5li'ue duas (e!es sobre esse atal%o e aperte run# 4ec%e essa tela
A# .sta barra de menu ser seu pro"rama de comando:
B# File/Open PDB File# ?elecione o ar'ui(o C#pdb 'ue (oc1 sal(ou na rea
de trabal%o e abra# De OD tantos 'uantos necessrios e fec%e a tela branca
(tela 'ue demonstra as estruturas em #pdb formato te$to e as corre/=es
feitas por esse pro"rama) # 4eito isto poder ser obser(ada uma estrutura
semel%ante 3 'ue est na 4i"ura - abai$o:
Fi!"# 1$ Protease do )*+,- comple$ada ao nelfina(ir#
E# A estrutura apresentada na 4i"ura - de difcil (isuali!a/0o# Para tornar
mais fcil nossa tarefa de identificar o li"ante e suas intera/=es com a
protease,al(o podemos utili!ar a apresenta/0o de fitas (cartoon)# Para
tal( na barra de comandos e cli'ue em Wind/Control panel +ai abrir
uma janela de comando como a da fi"ura abai$o Fo control panel (fi!ura
ilustarda a"aixo) cli'ue com o bot0o direito do #ouse sobre o comando
show todos os ( desta coluna de(em desaparecer e no comando side fa/o
o mesmo obser(ando o desparecimento do ( na coluna respecti(a ao
comando#
G# Ao fa!er isto a protena desaparecer# A"ora e$ecute o comando
$elect/%ll e em se"uida cli'ue com o bot0o direito do #ouse sobre o
comando ri"n do control panel (a coluna de(e ficar com os ( demostrando
'ue foi selecionada)# A protena reaparecer a"ora na forma de fitas# .stas
fitas ficam mel%or apresentadas ao se e$ecutar os comandos ((oc1 (ai
encontar esse na barra de menu) Displa&/'ender in solid (D#
-0# +olte ao control panel com a barra de rola"em ( at o final e mar'ue o
resduo -&F;0- clicando com o bot0o es'uerdo do #ouse nas colunas
show e side Obser(e se o H(I ficou marcado nessa duas colunas#
--# Ap2s estes comandos (oc1 obser(ar uma ima"em semel%ante 3 da 4i"ura
abai$o:
Fi!"# 2$ Protease do )*+,- comple$ada ao nelfina(ir apresentada na forma de fitas
(cartoon)#
-;# O ?PDB+ permite manipular estruturas de macromolculas inclusi(e a
caracteri!a/0o das intera/=es entre li"ante e receptor# Janipule a estrutura
obser(e a simetria na en!ima,al(o e os "rupos funcionais do inibidor:
Obser(a/0o: se"urando os dois bot=es do mouse ao mesmo tempo (oc1
pode arrastar o mouse para frente e para trs e obser(ar 'ue a fi"ura se
projeta na mesma dire/0o na tela# Pode tambm "irar a fi"ura com o
mouse teste esses mo(imentos#
-3# *dentifi'ue os dois "rupos %idro$ila 'ue o inibidor possui conforme
ilustrado abai$o na 4i"ura 3:
Fi!"# 3$ *dentifica/0o dos dois "rupos %idro$ila do nelfina(ir#
-6# Fo Control Panel fa/a a se"uinte marca/0o para os resduos Asp;@ (note
'ue % dois resduos com a mesma numera/0o um para a cadeia A e outro
para a cadeia B):
-@# Ap2s esta sele/0o (oc1 de(er (er uma ima"em como a descrita abai$o na
4i"ura 6:
Fi!"# %$ *ntera/0o de uma das %idro$ilas do nelfina(ir com os resduos Asp;@ da
protease#
-A# 5li'ue em )ools/Co#pute *+"onds:
-B# *dentifi'ue a %idro$ila fen2lica do nelfina(ir:
-E# 5li'ue no cone com um crculo ao redor de um ponto:
-G# A se"uir cli'ue no tomo de o$i"1nio da %idro$ila fen2lica e na janela 'ue
abrir fa/a a se"uinte sele/0o das op/=es e cli'ue em oD:
;0# +oc1 ter apro$imadamente a se"uinte (is0o (4i"ura @) mostrando a
intera/0o da %idro$ila fen2lica do nelfina(ir com o resduo Asp30:
Fi!"# &$ *ntera/0o da %idro$ila fen2lica do nelfina(ir com o resduos Asp30 da cadeia
A da protease#
;-# +olte ao site do PDB e bai$e a estrutura de c2di"o -)?*# .ste ar'ui(o
tambm apresenta a estrutura da protease de )*+,-# 5ontudo esta
molcula n0o est comple$ada a nen%um inibidor# Desta forma a
sobreposi/0o da protease comple$ada 3 n0o comple$ada pode nos indicar
se est0o ocorrendo mudan/as conformacionais associadas ao inibidor:
;;# Fa barra de menu cli'ue em file/open PDB file e abra a estrutura -)?*
junto 3 -O)<#
;3# + ao control panel cli'ue nesta barra e selecione
as letras do #pdb 'ue (oc1 'uer trabal%ar a"ora (e$# -)?*)# K importante
obser(ar 'ue (oc1 (ai trabal%ar nessa control panel na fi"ura 'ue esti(er
aparecendo nessa barra# Da mesma maneira 'ue (oc1 fe! anteriormente
desmar'ue as colunas show e side e selecione a coluna ri"on usando a
mesma barra de menu#
;6# .m se"uida e$ecute o comando na barra de menu Fit/,a!ic Fit# +oc1
obter uma ima"em semel%ante 3 apresentada na 4i"ura A:
;@# .stas mudan/as conformacionais em receptores associadas 3 comple$a/0o
de li"antes s0o c%amadas de -ncaixe .ndu/ido# Fo caso da protease este
processo ocorre na re"i0o denominada Flap da protease#
Fi!"# '$ ?obreposi/0o da protease comple$ada ao nelfina(ir 3 protease li(re#