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VII Congreso de la Sociedad Cubana de Bioingeniera

Habana 2007



DESARROLLO DE UN PROGRAMA EN MATLAB PARA LA
RECONSTRUCCIN TRIDIMENSIONAL DE IMGENES
MDICAS USANDO CRECIMIENTO DE REGIONES

S. Meja, W. Flrez, J. Bustamante

UNIVERSIDAD PONTIFICIA BOLIVARIANA
Circular 1a # 70 01 Bl. 7 Piso 1. Medelln Colombia
sergio.mejia@upb.edu.co

RESUMEN

El uso de imgenes mdicas ha sido siempre de utilidad
para la planificacin de procedimientos quirrgicos de todo
tipo pero en los ltimos aos ha cobrado una mayor
vigencia a medida que se popularizan los formatos digitales
(DICOM) que ofrecen mayores posibilidades que las
imgenes anlogas convencionales como la realizacin de
reconstrucciones tridimensionales que permiten hacer
diferentes tipos de mediciones y que le dan un mejor
soporte a los procesos de planificacin de los
procedimientos. En este trabajo se ha desarrollado un
programa en Matlab para la implementacin de un
algoritmo para la reconstruccin tridimensional de
imgenes mdicas contrastadas multicorte (TAC, RM) que
es eficiente computacionalmente y que podr servir en el
futuro para la planificacin de procedimientos
endovasculares para patologas como aneurismas de
diferente localizacin, pero una particularidad importante
del desarrollo presentado es que al mismo tiempo que se
genera la reconstruccin se genera una malla tridimensional
que puede ser exportada a otros programas y ser usada para
anlisis de diferentes tipos usando mtodos numricos
como Elementos Finitos o Elementos de Frontera, esto le
da la posibilidad al usuario de realizar otros estudios
complejos como el anlisis de flujos de fluidos.

Palabras clave: reconstruccin tridimensional,
procesamiento de imgenes mdicas, crecimiento de
regiones.

1. INTRODUCCIN

La planificacin de procedimientos quirrgicos se ha
apoyado clsicamente en el uso de imgenes mdicas como
los rayos X, la tomografa axial computarizada TAC, el
ultrasonido y la resonancia magntica RM entre otros. Es
importante conocer detalles anatmicos particulares de cada
paciente para decidir el mejor tipo de abordaje y la mejor
tcnica quirrgica para el caso. Con el avance de los
procedimientos mnimamente invasivos y con el
surgimiento de los formatos digitales de imgenes mdicas
regidos por el estndar DICOM (Digital Imaging and
Communication in Medicine) los sistemas de planificacin
de procedimientos quirrgicos han cobrado un mayor auge.
En el presente trabajo fue de particular inters el estudio
de los proyectos relacionados con la reconstruccin
vascular pero se tuvieron en cuenta otros estudios por los
anlisis realizados en cuanto a las caractersticas con las que
debe contar el diseo y la implementacin de un software
para planificacin de procedimientos quirrgicos.
El CRS4 (Centro di Ricerca, Sviluppo e Studi Superiori in
Sardegna) ha venido desarrollando hace algunos aos el
proyecto AQUATICS (Aneurysm QUAntification Through
an Internet Collaborative System) que consiste en la
implementacin de programas para la reconstruccin
tridimensional de AngioTAC de la aorta abdominal de
pacientes afectados por aneurismas con el objeto de
planificar la realizacin de procedimientos endovasculares.
El proceso de deteccin de la regin de inters ROI (Region
of Interest) sobre la imagen DICOM est basado en la
tcnica de segmentacin conocida como crecimiento de
regiones RG (Region Growing) y la creacin de la
reconstruccin 3D en el uso de mallas Simplex. Los
modelos reconstruidos son visualizados en una plataforma
basada en VRML (Virtual Reality Modeling Language) por
medio de la cual se pueden realizar mediciones de
longitudes, dimetros y ngulos, hacer diferentes pruebas
para determinar el tipo de catter a usar durante un
procedimiento endovascular y almacenar la informacin en
una Historia Clnica Electrnica y en una base de datos.
Uno de las ventajas del sistema implementado es que las
reconstrucciones pueden ser distribuidas a travs de Internet
y ser accedidas por los usuarios desde cualquier parte
usando un computador convencional. Segn los autores,
adems de soportar la planificacin de tratamientos
endovasculares, el sistema podra permitir el diseo de
nuevos stents. [1] [2] [3] [4]
Martelli et al. [5] estudiaron los resultados clnicos y las
caractersticas ergonmicas de los sistemas de ciruga
asistida por computador CAS (Computer Assisted Surgery)
y trataron de definir los protocolos de evaluacin de la
efectividad de las interfaces humano - computador de este
tipo de sistemas. Aunque el estudio fue realizado
especficamente para un sistema de planificacin de
reemplazo total de rodilla los autores mencionan que puede
ser extendido a cualquier sistema de ciruga asistida por
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computador ya que todos estos pretenden ayudar al cirujano
en la planificacin prequirrgica y en la eleccin de los
tamaos ideales de dispositivos protsicos o de otro tipo
que puedan implantarse en el paciente. Las pruebas de
aplicacin fueron diseadas para todos los sistemas CAS
para ampliar la percepcin tridimensional del cirujano del
escenario quirrgico, ampliar las destrezas del cirujano en
tareas altamente demandantes, aumentar la exactitud y
repetibilidad de las acciones del cirujano, reducir la
invasividad de las intervenciones quirrgicas y reducir el
tiempo de decisin intraoperatorio. El sistema descrito por
Martelli et al. se ejecuta en un PC, usa un programa
desarrollado en C++ con una serie de botones ordenados de
acuerdo a las acciones que se esperan del usuario. Las
acciones que realiza el programa, adems de contar con
herramientas de visualizacin, permiten la medicin de
ngulos entre estructuras y la realizacin de tratamientos
virtuales por parte del usuario aunque el sistema tiene
adicionalmente la capacidad de realizar propuestas de
tratamiento. Aunque la evaluacin realizada en el presente
trabajo estuvo orientada a un sistema de planificacin
quirrgica para reemplazo total de rodilla, los autores
concluyen que la metodologa puede ser extendida a otros
sistemas de planificacin en otras reas quirrgicas aunque
resaltan que an no puede aplicarse a sistemas que usan
robots o a sistemas automatizados.
El objetivo del trabajo de Wyers et al. [6] era desarrollar
un software de simulacin, planificacin y realizacin de
medidas asistidas por computador sobre imgenes
tomogrficas y de resonancia magntica para eliminar la
necesidad de aortografa preoperatoria; el trabajo estaba
orientado a la planificacin del tratamiento endovascular de
aneurismas articos. Para lograr este objetivo, los
investigadores participaron en el desarrollo de un software
denominado 3D - CAMPS (Computer Assisted Modelling,
Planning and Simulation Software). Las imgenes, una vez
adquiridas, eran enviadas a un centro de procesamiento en
formato DICOM para la reconstruccin 3D y la realizacin
de las mediciones y luego fueron procesadas en un PC con
el 3D - CAMPS. Los componentes de 3D CAMPS son: Una
fuente de imgenes que permite la visualizacin de la luz
del vaso, formateo de los datos para la obtencin de cortes
multiplanares, uso de sombreados para la discriminacin de
la anatoma vascular (luz del vaso, placas calcificadas,
trombos o ateromas), medicin de la longitud a lo largo de
la lnea central del vaso, mediciones de longitudes en planos
definidos por el usuario, colocacin virtual de injertos
vasculares en la luz del vaso, confirmacin interactiva de
que el modelo obtenido se ajusta exactamente a los datos
obtenidos, mediciones interactivas presentadas en forma
simultnea en las imgenes y en el modelo 3D en tiempo
real. Los datos de la simulacin realizada en un PC
sirvieron para la planificacin de los tratamientos
endovasculares incluyendo la determinacin del sitio de
fijacin del injerto, el sitio del abordaje endovascular
teniendo en cuenta el anlisis que se hizo de las
tortuosidades de las arterias iliacas. Los autores sealan que
como con todo procedimiento, con el uso de herramientas
computacionales para la planificacin prequirrgica, se
requiere realizar una curva de aprendizaje la cual est
relacionada con la utilizacin previa de programas de
computo por el usuario.


2. METODOLOGA

Para la ejecucin del presente trabajo se dise e
implemento una interfaz de usuario en Matlab, denominada
DICOMPROCESSOR, dotada de mltiples herramientas
para la obtencin de datos y la reconstruccin
tridimensional de imgenes mdicas multicorte, el men
principal con el que cuenta el usuario es mostrado en la Fig.
1, inicialmente usando la opcin To Create Path se ubica
el directorio en el que se encuentra el conjunto de imgenes,
posteriormente el usuario debe introducir el nmero de
imgenes a procesar (nmeros de la primera y ltima
imagen) y el intervalo de adquisicin. Posteriormente el
usuario es interrogado sobre el tipo de imagen a analizar,
las imgenes son cargadas pero no visualizadas y con estos
datos se crea un archivo *.mat que queda disponible para el
procesamiento. En el siguiente paso el usuario identifica al
paciente obteniendo los datos del archivo DICOM o
ingresndolos manualmente.



Fig.1. Men de herramientas del programa DICOMPROCESSOR que
permite cargar un conjunto de imgenes, introducir datos de identificacin
del paciente, aplicar el algoritmo de RG, suavizar los contornos
detectados, filtrar el conjunto de datos obtenidos y realizar la
reconstruccin tridimensional entre otras funciones

El siguiente paso es activar el botn Region Growing
del men mostrado en la Fig.1 y que es el que ejecuta el
algoritmo de crecimiento de regiones, se carga la primera
imagen sobre la cual el usuario debe sealar un punto
dentro de la ROI usando el ratn, este punto se denomina
tcnicamente la siembra, y uno adicional en el lmite de la
misma y que presente visualmente un buen contraste en el
nivel de gris en relacin con la siembra, muchos de los
programa que usan crecimiento de regiones usan solo una
siembra, en este caso se decidi usar 2 valores de referencia
para darle robustez al algoritmo y ahorrar tiempo en
procesamientos posteriores. El algoritmo detecta si existe
un rango adecuado de niveles de grises entre las 2 siembras
antes de hacer la primera deteccin del contorno de la ROI,
una vez satisfecho este paso, se inicia la exploracin de la
imagen hasta que se ha logrado segmentar completamente la
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ROI localizando todas las coordenadas del lmite de la
misma, en este punto el usuario es interrogado sobre si la
deteccin es satisfactoria, si no es as se repite todo el
proceso, de lo contrario el programa pasa a hacer la
deteccin de la ROI en todas las imgenes seleccionadas en
forma automtica. En la Fig. 2 se aprecia la deteccin del
contorno de la aorta abdominal en la primera imagen de un
estudio de AngioTAC.
La deteccin de cada contorno de la ROI se acompaa
de la ubicacin del centroide de la misma, esas coordenadas
son usadas para la ubicacin automtica de la siembra en el
corte siguiente y posteriormente para la ubicacin de la
lnea central de toda la estructura reconstruida, este paso es
importante porque es la base para la realizacin de las
mediciones de la longitud real del vaso, de dimetros y de
ngulos entre los diferentes segmentos y tambin para la
navegacin intravascular virtual. Si bien las coordenadas de
la siembra proceden del paso previo, despus de cada
deteccin las coordenadas son corregidas para tener en
cuenta el desplazamiento que presenta el vaso en el plano
bidimensional.



Fig. 2. Imagen de AngioTAC de la aorta abdominal en la que se ilustra la
deteccin del contorno de vaso en estudio (lnea magenta) y la deteccin
del centro de la ROI (crculo rojo)

Una vez finalizada la deteccin de cada contorno se usa
un algoritmo para eliminar puntos del mismo que originen
aberraciones de la forma del vaso. En la Fig. 3 se puede
apreciar la graficacin tridimensional de los contornos
detectados en un grupo de imgenes de AngioTAC de la
aorta abdominal; como puede apreciarse en la imagen
existen algunas espculas en la superficie que corresponden
a la deteccin del nacimiento de ramas del vaso principal o
al contacto del vaso con estructuras anatmicas que tiene un
nivel de gris que cae dentro del rango que se est
explorando. El usuario puede optar por hacer un suavizado
de los contornos por medio de la opcin Smoothing del
men que se presenta en la Fig. 1 y que usa funciones de
interpolacin lineal.
El conjunto de coordenadas tridimensionales de los
contornos es almacenado en matrices para su posterior
procesamiento, el usuario puede optar por activar el botn
Slice previews que le permite visualizar cada uno de los
contornos en forma individual y desechar aquellos que crea
que pueden afectar la forma o apariencia del vaso que se va
a reconstruir por las anomalas en la deteccin mencionadas
anteriormente. El paso siguiente es la reconstruccin 3D
que se realiza activando el botn 3D - Reconstruction del
men mostrado en la Fig. 1.




Fig. 3. Graficacin tridimensional de los contornos detectados en un
conjunto de 85 imgenes de AngioTAC de la aorta abdominal en que se
aprecia un aneurisma. A. Vista izquierda, B. Vista derecha.

El proceso de deteccin tarda de 3 a 15 segundos por
corte, en un PC con un procesador Pentium 4 de de 2.66
GHz y 1 GB de RAM, dependiendo del rea de la ROI y de
otros factores como la disponibilidad del procesador para la
ejecucin del programa.


3. RESULTADOS Y DISCUSIN

En la Fig. 4 A y B se muestran los resultados finales de
la reconstruccin 3D de 2 estudios de AngioTAC de la
aorta abdominal, ambos casos afectados por aneurismas, la
reconstruccin de la Fig. 4A fue realizada sobre un
conjunto de 85 cortes, la reconstruccin de la Fig. 4B se
hizo sobre un conjunto de 95 cortes
En la Fig. 5 se muestra la deteccin de la lnea central
de las arterias reconstruidas y que se presentan en la Fig. 4.
En la Fig. 6 se muestra los resultados obtenidos de la
reconstruccin tridimensional simultnea bilateral de las
arterias cartidas comunes y de un segmento de las arterias
cartidas internas despus de la bifurcacin a partir de un
conjunto de 75 cortes de un estudio de AngioTAC.
En la Fig. 7 se muestra la deteccin de la lnea central en
las reconstrucciones de las arterias cartidas que se
muestran en la Fig. 6.



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Fig. 4. Reconstruccin tridimensional y renderizado de imgenes de
AngioTAC, A. Reconstruccin realizada a partir de un conjunto de 85
cortes de la aorta abdominal con un aneurisma, los contornos que sirvieron
de base para esta reconstruccin se pueden observar en la Fig. 3. B.
Reconstruccin realizada a partir de un conjunto de 95 cortes de la aorta
aobdominal con un aneurisma.




Fig. 5. Deteccin de la lnea central en las reconstrucciones
tridimensionales de la aorta abdominal mostradas en la Fig. 4A. y 4 B
respectivamente



Fig. 6. Reconstruccin bilateral de las arterias cartidas comunes y de
segmentos de las arterias cartidaa internas localizados despus de la
bifurcacin. La reconstruccin fue realizada a partir de __ cortes de un
estudio de AngioTAC. Vista superior



Fig. 7. Deteccin de la lnea central ambas arterias cartidas comunes e
internas a partir de la reconstruccin de las imgenes de AngioTAC
mostradas en la Fig. 6. Vista inferior.

5. CONCLUSIONES

Se logrado el desarrollo de un programa en Matlab para la
reconstruccin tridimensional de imgenes multicorte como
la TAC o la RM que es eficiente en cuanto a su capacidad
de detectar las ROI en las estructuras vasculares motivo del
estudio, en cuanto a la deteccin de la lnea central, base
para la realizacin de mediciones, y en cuanto al consumo
del tiempo durante la fase de procesamiento. Los resultados
obtenidos son promisorios porque al ser capaces de
reconstruir una estructura vascular en forma fidedigna podr
ser usado en el futuro para la planificacin de
procedimientos endovasculares. Adems la posibilidad de
generar una estructura tridimensional basada en un
enmallado permitir exportar los datos a programas que
realizan anlisis usando mtodos numricos avanzados
como FEM o BEM para el estudio del flujo sanguneo en
las condiciones geomtricas particulares de las estructuras
reconstruidas lo que servira en la prediccin de los
resultados de los tratamientos aplicados.

REFERENCIAS

[1] A. Giachetti, M. Tuveri, G. Zanetti. Reconstruction and web
distribution of measurable arterial models. Medical Image
Analysis vol. 7, pp. 7993, 2003.
[2] Barbara Podda, Gianluigi Zanetti, Andrea Giachetti. Texture
analysis for vascular segmentation from CT images. International
Congress Series vol. 1281 pp. 206-211, 2005.
[3] A. Giachetti, , M. Tuveri, G. Zanetti, E. Piccinini Web-based 3D
quantitative measurements of abdominal aortic aneurysms,
International Congress Series, vol. 1230, 395 400, 2001.
[4] A. Giachetti, F. Frexia, S. Manca, G. Zanetti. Distributed
measurement and reporting system for surgical planning.
International Congress Series, vol. 1256, pp. 828-833, 2003.
[5] Sandra Martelli, Laura Nofrini, Paolo Vendruscolo, Andrea Visan.
Criteria of interface evaluation for computer assisted surgery
systems. International Journal of Medical Informatics, vol. 72,
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[6] Mark C. Wyers, Mark F. Fillinger, Marc L. Schermerhorn, Richard
J. Powell, Eva M. Rzucidlo, Daniel B. Walsh, Robert M. Zwolak,
MD, Jack L. Cronenwett. Endovascular repair of abdominal aortic
aneurysm without preoperative arteriography. J Vasc Surg, vol 38
pp. 730-8, 2003.

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