ENZIMOLOGA

Las enzimas son protenas altamente

especializadas que tienen como funcin la catlisis
o regulacin de la velocidad de las reacciones
qumicas que se llevan a cabo en los seres vivos.

Las enzimas son protenas* que catalizan reacciones qumicas
No hacen factibles las reacciones imposibles
Son sustancias que, sin consumirse en una reaccin,
aumentan notablemente su velocidad.
Ello hace posible que en condiciones fisiolgicas tengan
lugar reacciones que sin catalizador requeriran
condiciones extremas de presin, temperatura o pH.
Prcticamente todas las reacciones qumicas que
tienen lugar en los seres vivos estn catalizadas por
enzimas.

* En su mayora son protenas, hay ARN con capacidad cataltica
(ribozimas)
Aspectos generales de las enzimas
Las enzimas son catalizadores especficos: cada
enzima cataliza un solo tipo de reaccin, y casi
siempre acta sobre
un nico sustrato o
un grupo muy reducido de ellos.

Reaccin catalizada por una enzima
El
centro activo comprende
un sitio de unin formado por los aminocidos que
estn en contacto directo con el sustrato (da
especificidad a la enzima)
un sitio cataltico, formado por los aminocidos
directamente implicados en el mecanismo de la
reaccin
Nomenclatura
Hay varias formas de nombrar una enzima:
1. nombres particulares
2. nombre sistemtico
3. cdigo de la comisin enzimtica (enzyme comission)

1. Nombres particulares

Antiguamente, los enzimas reciban nombres
particulares, asignados por su descubridor.
Ejemplos: amilasa (hidrolisa el almidn)
glucoquinasa
Glc + ATP Glc-6P + ADP
Al ir aumentando el nmero de enzimas conocidos, se
hizo necesaria una nomenclatura sistemtica que
informara sobre la accin especfica de cada enzima y
los sustratos sobre los que actuaba.

2. Nombre sistemtico

Consta actualmente de 3 partes:
el sustrato preferente
el tipo de reaccin realizado
terminacin "asa"
ejemplo: la glucoquinasa
ATP:glucosa fosfo transferasa
Glc + ATP Glc-6P + ADP

3. Comisin de Enzimas
El nombre es identificado por un cdigo numrico:
encabezado por las letras EC (enzyme commission)
seguidas de cuatro nmeros separados por puntos.
el primer nmero indica a cual de las seis
clases pertenece la enzima,
el segundo se refiere a distintas subclases
dentro de cada grupo,
el tercero y el cuarto se refieren a los grupos
qumicos especficos que intervienen en la
reaccin.
Ej.: la ATP:glucosa fosfotransferasa
(glucoquinasa)
Glc + ATP Glc-6P + ADP
EC 2.7.1.2.
2: transferasa
7: fosfotransferasa
1: el aceptor es un grupo OH
2: es un OH de la D-glucosa el que acepta el grupo
fosfato.



Clases
1. xido-reductasas
2. Transferasas
3. Hidrolasas
4. Liasas
5. Isomerasas
6. Ligasas

1. Clase 1: OXIDORREDUCTASAS: Catalizan reacciones
de transferencia de hidrgeno (H) o electrones (e-) de
un sustrato a otro


2. Clase 2: TRANSFERASAS: Catalizan la transferencia de
un grupo qumico (distinto del hidrgeno) de un
sustrato a otro

3. Clase 3: HIDROLASAS: Catalizan las reacciones de
hidrlisis

4. Clase 4: LIASAS: Catalizan reacciones de ruptura
o unin de sustratos

5. Clase 5: ISOMERASAS: Catalizan la
interconversin de ismeros



6. Clase 6: LIGASAS
Catalizan la unin de dos sustratos con hidrlisis
simultnea de un nucletido trifosfato (ATP, GTP,
etc.)

MODO DE ACCIN DE LAS ENZIMAS
La accin de los catalizadores consiste en disminuir la
Energa de activacin
Las enzimas son catalizadores especialmente eficaces,
ya que disminuyen la Ea an ms que los catalizadores
inorgnicos.
Por ej, la descomposicin del agua oxigenada (H2O2)
puede ocurrir
sin catalizador E
a
= 18 Kcal/mol
con un catalizador inorgnico (platino) E
a
= 12
Kcal/mol
con una enzima especfico (catalasa) E
a
= 6
Kcal/mol
As, se puede calcular que el platino acelera la reaccin
20.000 veces, mientras que la catalasa la acelera
370.000 veces.





Para que una reaccin qumica tenga lugar, las molculas de los
reactantes deben
chocar con una energa y una orientacin adecuadas.
La actuacin de la enzima
aumenta la concentracin efectiva de los
sustratos (aumenta la probabilidad de choque)
permite que los reactantes (sustratos) se unan
a su centro activo con una orientacin ptima
para que la reaccin se produzca y
modifica las propiedades qumicas del sustrato
unido a su centro activo, debilitando los
enlaces existentes y facilitando la formacin
de otros nuevos
Modelo de llaves
Hay dos modelos sobre la forma en que el sustrato se une al
centro activo del enzima:
1. el modelo llave-cerradura
2. el modelo del ajuste inducido

1. MODELO LLAVE-CERRADURA

La estructura del sustrato y la del centro activo son
complementarias
Este modelo es vlido en muchos casos, pero no es
siempre correcto




2. MODELO DEL AJUSTE INDUCIDO

el centro activo adopta la conformacin idnea slo en
presencia del sustrato.

La unin del sustrato al centro activo del enzima
desencadena un cambio conformacional que da lugar a
la formacin del producto.









Cofactores Coenzimas
A veces, un enzima requiere para su funcin la presencia de
sustancias no proteicas que colaboran en la catlisis:
los cofactores. Pueden ser iones inorgnicos como el
Fe++, Mg++, Mn++, Zn++ etc. Casi un tercio de los
enzimas conocidos requieren cofactores.
Cuando el cofactor es una molcula orgnica se llama coenzima.
Muchas de estas coenzimas se sintetizan a partir de
vitaminas.
Cuando los cofactores y las coenzimas se encuentran
unidos covalentemente al enzima se llaman grupos
prostticos.
La forma catalticamente activa del enzima, es decir, el
enzima unida a su grupo prosttico, se llama
holoenzima. La parte proteica de un holoenzima
(inactiva) se llama apoenzima, de forma que:
apoenzima + grupo prosttico= holoenzima




Coenzima: NAD
+








Deriva de la Vitamina B
5

(cido nicotnico)



Coenzima: FAD: Es grupo prosttico
Deriva de la Vitamina B
2
(flavina)


FAD forma oxidada
FADH
2
forma
reducida







CLASE 1: OXIDOREDUCTASAS






CLASE 2: TRANSFERASAS
Catalizan la transferencia de un grupo qumico (distinto del
hidrgeno) de un sustrato a otro, segn la reaccin:
A-B + C A + C-B




CLASE 3: HIDROLASAS
CLASE 4: LIASAS


CLASE 5: ISOMERASAS



CLASE 6: LIGASAS


Fosfotri
CINTICA ENZIMTICA
La cintica enzimtica estudia la velocidad de las
reacciones catalizadas por enzimas.
La velocidad de una reaccin catalizada por una enzima
puede medirse con relativa facilidad, ya que en muchos
casos no es necesario purificar o aislar la enzima.
Estos estudios proporcionan informacin directa acerca
del mecanismo de la reaccin cataltica y de la
especifidad de la enzima.
MODELO CINTICO DE MICHAELIS-MENTEN
Los estudios sistemticos del efecto de la concentracin inicial
del sustrato sobre la actividad enzimtica comenzaron a
realizarse a finales del siglo XIX. Ya en 1882 se introdujo el
concepto del complejo enzima-sustrato como intermediario del
proceso de catlisis enzimtica.
En 1913, Leonor Michaelis
y Maud Menten desarrollaron esta teora y propusieron una
ecuacin de velocidad que explica el comportamiento cintico
de los enzimas.
MODELO CINTICO DE MICHAELIS-MENTEN CLCULO DE LA K
M

Y DE LA V
max
DE UN ENZIMA


V = velocidad de la reaccin catalizada
por la enzima
La representacin grfica de la ecuacin de Michaelis-Menten
es una hiprbola . La Vmax corresponde al valor mximo al que
tiende la curva experimental, y la KM corresponde a la
concentracin de sustrato a la cual la velocidad de la reaccin es
la mitad de la Vmax.
La constante de Michaelis-Menten (KM) es un parmetro
cintico importante por varias razones
K
M
es la concentracin de sustrato para la cual la
velocidad de reaccin es la mitad de la velocidad
mxima.
El valor de K
M
da idea de la afinidad del enzima por el
sustrato:
- a menor K
M
, mayor afinidad del enzima por el sustrato,
y
- a mayor K
M
, menor afinidad
ACTIVIDAD ENZIMTICA: se mide en trminos de velocidad
UI: los moles de sustrato que la enzima transforma en
un minuto.
Katal: los moles de sustrato que la enzima transforma
en un segundo
Cuando se conoce el PM E pura y el nmero de centros
activos por molcula de enzima, las medidas de
actividad enzimtica permiten calcular el nmero de
recambio: nmero de moles que la enzima convierte
por cada centro activo y por unidad de tiempo.
La velocidad de una reaccin catalizada por un enzima
puede medirse con relativa facilidad, ya que en muchos
casos no es necesario purificar o aislar el enzima.
La medida se realiza siempre en las condiciones
ptimas de pH, temperatura, presencia de cofactores,
etc, y se utilizan concentraciones saturantes de
sustrato.
En estas condiciones, la velocidad de reaccin
observada es la velocidad mxima (Vmax).
La velocidad puede determinarse bien midiendo la
aparicin de los productos o la desaparicin de los
reactivos.
A medida que la reaccin transcurre,
la velocidad de acumulacin del
producto va disminuyendo porque se
va consumiendo el sustrato de la
reaccin
Para evitar esta complicacin se
procede a medir la velocidad inicial de la reaccin (v
0
).
La velocidad inicial de la reaccin es igual a la pendiente de la
curva de avance a tiempo cero
De esta forma, la medida de v
0
se realiza antes de que se
consuma el 10% del total del sustrato, de forma que pueda
considerarse la [S] como esencialmente constante a lo largo del
experimento.
Para estudiar la cintica enzimtica se mide el efecto de la
concentracin inicial de sustrato sobre la velocidad inicial de la
reaccin, manteniendo la cantidad de enzima constante.

Si representamos v0 frente a [S]0 obtenemos una grfica
- Cuando [S]0 es
pequea, la velocidad inicial
es directamente
proporcional a la
concentracin de sustrato, y
por tanto, la reaccin es de
primer orden.
- A altas [S]0, el enzima se encuentra saturada por el
sustrato, y la velocidad ya no depende de [S]0. En este punto, la
reaccin es de orden cero y la velocidad es mxima (Vmax).
. Hay enzimas que no obedecen
la ecuacin de Michaelis-
Menten. Se dice que su cintica
no es Michaeliana.
Esto ocurre con las enzimas
alostricos, cuya grfica v frente
a [S] no es una hiprbola, sino una sigmoide
En la cintica sigmoidea, pequeas variaciones en la [S] en una
zona crtica (cercana a la KM) se traduce en grandes variaciones
en la velocidad de reaccin.
FACTORES QUE AFECTAN LA CINTICA ENZIMTICA
La actividad puede estar afectada por:
el pH
la temperatura
la fuerza inica
Inhibidores
Efecto del pH
Los enzimas poseen grupos qumicos ionizables
(carboxilos -COOH; amino -NH2; etc.) en las cadenas
laterales de sus aminocidos.
Segn el pH del medio, estos grupos pueden tener
carga elctrica positiva, negativa o neutra.
Como la conformacin de las protenas depende, en
parte, de sus cargas elctricas, habr un pH en el cual la
conformacin ser la ms adecuada para la actividad
cataltica. Este es el llamado pH ptimo.
La mayora de los enzimas son muy sensibles a los cambios de
pH. Desviaciones de pocas dcimas por encima o por debajo del
pH ptimo pueden afectar drsticamente su actividad. Como
ligeros cambios del pH pueden provocar la desnaturalizacin de
la protena, los seres vivos han desarrollado sistemas ms o
menos complejos para mantener estable el pH intracelular
Efecto el pH





Efecto de la Temperatura





Factores que afectan la cintica enzimtica: INHIBIDORES
Ciertas molculas pueden inhibir la accin cataltica de un
enzima: son los inhibidores.
Irreversibles
E + I EI
se unen fuertemente a la E y el complejo no se disocia
Reversibles
E + I EI
Inhibidores Reversibles
Pueden actuar de 3 modos:
ocupan temporalmente el centro activo por semejanza
estructural con el sustrato original: inhibidor
competitivo
alteran la conformacin espacial del enzima,
impidiendo su unin al sustrato: inhibidor no
competitivo
Se unen al complejo E-S impidiendo la catlisis del
sustrato: inhibidor acompetitivo
Regulacin de la catlisis enzimtica
las concentraciones del sustrato y de los productos
finales
presencia de inhibidores
modulacin alostrica
modificacin covalente
activacin por proteolisis (zimgenos)
isoenzimas

EFECTO DE LAS CONCENTRACIONES SOBRE LA ACTIVIDAD
ENZIMTICA
La velocidad de una reaccin enzimtica depende de la
concentracin de sustrato.
Adems, la presencia de los productos finales puede
hacer que la reaccin sea ms lenta, o incluso invertir
su sentido


MODULACIN ALOSTRICA DE LA ACTIVIDAD ENZIMTICA
Hay enzimas que pueden adoptar 2 conformaciones
interconvertibles llamadas R (relajada) y T (tensa).
R es la forma ms activa porque se une al sustrato con ms
afinidad. Las formas R y T se encuentran en equilibrio R <==> T
Ciertas sustancias tienden a estabilizar la forma R.
Son los llamados moduladores positivos.
El propio sustrato es a menudo un modulador positivo.
Las molculas que favorecen la forma R pero que
actan sobre una regin del enzima distinta del centro
activo son los activadores alostricos (modulador
alostrico positivo)






Las sustancias que favorecen la forma T y actan en lugares
distintos del centro activo de la enzima y disminuyen la
actividad enzimtica: Son los moduladores alostricos
negativos.




enzimas alostricas, no obedecen la ecuacin de Michaelis-
Menten, la grfica v frente a [S] no es una hiprbola, sino
una sigmoide
En la cintica sigmoidea, pequeas variaciones en la [S] en
una zona crtica (cercana a la KM) se traduce en grandes
variaciones en la velocidad de reaccin.





REGULACIN DE LA ACTIVIDAD ENZIMTICA POR
MODIFICACIN COVALENTE
Hay enzimas que pasan de la forma inactiva a la activa
unindose covalentemente a un grupo qumico de
pequeo tamao como el Pi o el AMP.
Tambin se da el caso inverso











El enzima no
fosforilado es
inactivo
El enzima
fosforilado es
activo
REGULACIN DE LA ACTIVIDAD ENZIMTICA POR ACTIVACIN
PROTEOLTICA
Algunos enzimas no se sintetizan como tales, sino como
protenas precursoras sin actividad enzimtica. Estas protenas
se llaman proenzimas o zimgenos.
Para activarse, los zimgenos sufren un ataque hidroltico que
origina la liberacin de uno o varios pptidos.
El resto de la molcula proteica adopta la conformacin y las
propiedades del enzima activo.
Ej.: enzimas digestivos se secretan en forma de zimgenos y en
el tubo digestivo se convierten en la forma activa. Es el caso de
la quimotripsina, que se sintetiza en forma de
quimotripsingeno






REGULACIN DE LA ACTIVIDAD ENZIMTICA POR MEDIO DE
ISOENZIMAS
Algunos enzimas tienen distinta estructura molecular
aunque su funcin biolgica es similar. Se llaman
isozimas o isoenzimas.
Estas diferencias de estructura se traducen en ligeros
cambios en sus propiedades, de forma que cada
isozima se adapta perfectamente a la funcin que debe
realizar.
As, podemos observar la existencia de isoenzimas en funcin
de:
a) el tipo de tejido: Por ejemplo, la lactato
deshidrogenasa presenta isozimas distintos en msculo
y corazn.
b) el compartimento celular donde acta: Por ejemplo, la
malato deshidrogenasa del citoplasma es distinta de la
de la mitocondria.
c) el momento concreto del desarrollo del individuo. Ej:
algunos enzimas de la glicolisis del feto son diferentes
de los mismos enzimas en el adulto.