TEMA 2: cidos nucleicos.

1. estructura y funcin.
El ADN es la molcula ms compleja ue e!iste. Es una
secuencia de nucletidos. "os #umanos poseemos $ %illones de
pares de %ases.
En la composicin del ADN #ay ue tener en cuenta ue #ay
dos tipos de cidos nucleicos& el ADN formado por
deso!irri%onucletidos y el A'N formado por nucletidos.
"os cidos nucleicos estn formados por:
(ases nitro)enadas * a+,car * fosfato.
EN"A-E ."/-012D3-0 EN"A-E E1TE'
4ay cuatro tipos de %ases nitro)enadas:
ADEN3NA 5 A
T3M3NA 5 T
./AN3NA 5 .
-3T013NA 5 -
-omo #emos dic#o los cidos nucleicos estn formados por
nucletidos ue se unen entre s6 mediante un enlace fosfodiester.
2. estructura primaria.
1e produce un apareamiento de %ases: A7T y -7. ue son los
pares de %ases del modelo del ADN de 8atson y -ric9. Este
apareamiento permite ue los car%onos -1: de las 2 #e%ras estn
e!actamente a la misma distancia en am%os pares de %ases. 1e
produce un apilamiento de los pares de %ases. "a estructura del
ADN ;ista desde arri%a muestra la forma en la ue se apilan los
pares de %ases uno so%re otro& de tal modo ue cada par presenta
una rotacin de $<= respecto al si)uiente. "a distancia entre los
pares de %ases es del orden de >&$? nm. Esta distancia se
denomina E"E@A-3AN DE "A 4B"3-E. El modelo tridimensional del
ADN muestra& se),n 8atson y -ric9& cada tomo indicado
mediante su radio de @am der 8aals. 1e aprecia claramente lo
densamente empauetadas ue estn las %ases dentro de la
#lice. 1e indican los surcos principal y menor.
En la estructura 7#lice se forman %ucles y #oruillas. -on 1>
u 11 pares de %ases se da una ;uelta de #lice Cen el A'ND. El ADN
aduiere sin em%ar)o una estructura cruciforme.
$. E1T'/-T/'A 1E-/NDA'3A DE" ADN
Cformas a& %& # y +D.
M0DE"0 A7ADN: El tipo de #lice es des#idratada. El
sentido de )iro de la #lice es de!tr)iro y es la ms anc#a y corta.
4ay 11 pares de %ases por ;uelta& y una )ran inclinacin del plano
de los pares de %ases C1E=D. El surco mayor es estrec#o y profundo&
y el surco menor es amplio y no profundo.
M0DE"0 (7ADN: fue propuesto por 8atson y -ric9. El
sentido de )iro de la #lice es de!tr)iro& y tiene forma y tamaFo
intermedio. 4ay 1>&? pares de %ases por ;uelta& y el plano de los
pares de %ases es casi perpendicular al eje de la #lice C1&2=D. El
surco mayor es anc#o y de profundidad media y el surco menor es
estrec#o y de i)ual profundidad ue el mayor.
M0DE"0 G7ADN: fue propuesto por 'ic#7Dic9erson. El
sentido de )iro de la #lice es le;)iro& y es la #lice ms estrec#a
y lar)a. 4ay 12 pares de %ases por ;uelta& y una li)era inclinacin
del plano de los pares de %ases CE=D. El surco mayor es plano y sin
profundidad y el surco menor es estrec#o y profundo.
M0DE"0 47ADN CT'3H"E 4B"3-ED: consiste es una
molcula de ADN& formada en al)unas re)iones por una triple
#lice C$ #e%ras de ADND. Esto ocurre cuando en el ADN #ay
re)iones p,ricas CA.D& muy repetidas C o su complemento
pirimid6nico T& -& muy repetidoD. 1e produce un acortamiento en la
do%le #lice y se esta%lecen puente de 4 con la otra #e%ra de ADN.
Esta estructura produce una cur;a cerrada en el ADN.
FORMA A FORMA B FORMA Z
SENTIDO DE GIRO dextrgiro dextrgiro levgiro
FORMA Y TAMAO ms !"# $ "ort i!termedio ms estre"# $ lrg
%ARES %OR &'E(TA )) )*+, )-
IN.(INA.I/N )01 )+-1 01
S'R.O MAYOR estre"#o $ 2ro34!do !"#o+ 2ro34!didd medi 2l!o $ si! 2ro34!didd
S'R.O MENOR !"#o $ 2ro34!do estre"#o+ 2ro34!didd medi estre"#o $ 2ro34!do
?. estructura secundaria en el A'N.
El A'N es de cadena simple. Normalmente& no presenta una
estructura secundaria ue se repita de forma re)ular. 1in em%ar)o&
podemos encontrar las si)uientes estructuras:
o Do%le #lice A.
o Estructuras en %ucles y #oruillas.
1i #ay complementariedad de %ases& se pueden formar
#oruillas. 1i no #ay complementariedad& se forman %ucles. "as
re)iones apareadas adoptan )eneralmente una estructura en
#lice de!tr)ira de la forma A.
E1T'/T/'A1 4E"3-03DA"E1 AHA'EADA1 DE /N A'N.
4ay una posi%le estructura secundaria del A'N M1
de la en+ima 'Nasa H de E.-oli& en la ue se o%ser;an muc#as
#oruillas. "a 'Nasa H contiene tam%in un componente proteico.
Este en+ima act,a en el procesamiento de las A'N positi;os. 4ay
dos parntesis ue seFalan secuencias complementarias
adicionales ue pueden aparearse en la estructura tridimensional.
4ay ue destacar ue los pares de %ases .7/ se forman cuando
cadenas de A'N se plie)an so%re s6 mismas. No #ay A'N
polimerasas ue inserten en un / entrante de un molde de . o
;ice;ersa durante la s6ntesis de A'N.
I. propiedades Jsicou6micas de los cidos
nucleicos& desnaturali+acin Cconcepto y
aplicacionesD& modiJcaciones espontneas en
los cidos nucleicos.
DE1NAT/'A"3GA-3AN Cconcepto y
aplicacionesD.
Es la prdida de la estructura del ADN. "as causas
pueden ser di;ersas: cam%ios en la temperatura& en el p4&
aplicando a)entes desnaturali+antes... Kundamentalmente #ay ue
romper los puentes de #idr)eno. "a desnaturali+acin puede ser
completa o parcial:
- El calentamiento )radual del ADN de%ilita las fuer+as
esta%ili+adoras de la do%le #lice& de forma ue las 2 #e%ras se
desenrollan #asta su separacin total. En este proceso de
DE1NAT/'A"3GA-3AN se pierden la estructura secundaria y
superiores. 1i el enfriamiento se #ace lentamente& #ay posi%ilidad
de ue las secuencias complementarias se LencuentrenM y se
formen de nue;o los puentes de 4 entre las #e%ras CLtempladoMD.
"a mayor parte de las cadenas sencillas forman el mismo ADN
do%le ori)inal: se produce la 'ENAT/'A"3GA-3AN del ADN& es decir&
la desnaturali+acin es re;ersi%le.
- 1i despus del aumento )radual de temperatura& se
enfr6a rpidamente el sistema Cme+cla de ADNs de #e%ra sencillaD
las cadenas uedan disociadas: la desnaturali+acin es irre;ersi%le
y se #a perdido la funcionalidad.
A/MENTAND0 "A TEMHE'AT/'A...
- desciende la ;iscosidad. Aumenta
el N
- Aumenta la a%sorcin ptica de
desnaturali+acin
Al desple)arse el 7#lice& las %ases estn
e!puestas a ms lu+& por lo ue a%sor%en ms: EKE-T0
43HE'-'AM3-0.
1i a%sor%en menos lu+ porue se encuentran
ple)adas: EKE-T0 43H0-'AM3-0.
A partir de una cur;a de desnaturali+acin
podemos calcular la temperatura a la ue la desnaturali+acin es
del I>N. Esta temperatura se denomina Lde fusinM o Tm CMeltinD.
-on esto se puede calcular el contenido de %ases de un or)anismo.
En las tcnicas de #i%ridacin se usa esta temperatura de fusin.
M0D3K3-A-30NE1 E1H0NTONEA1 EN "01
O-3D01 N/-"B3-01.
DE1AM3NA-3AN: es la prdida de un )rupo
amino en una %ase nitro)enada pasando a con;ertirse en otra:
-3T013NA /'A-3"0
MET3"-3T013NA T3M3NA
ADEN3NA 43H0PANT3NA
./AN3NA PANT3NA
DE1H/'3NA-3AN: se pierde una purina por
#idrlisis del enlace N7)lucos6dico. "a deso!irri%osa restante
despus de la despurinacin se con;ierte rpidamente a la forma
alde#6do a partir de la 7furanosa. 0curre al %ajar el p4.
*
K0'MA-3AN DE D2ME'01 DE T3M3NA: inducida
por la lu+ /.@. "a reaccin de cmo resultado la formacin de un
P
ribosa G
N-glicosdico
despurinacin
G ribosa G
anillo de ciclo%utilo en el ue estn in;olucrados los -I y -< de
cada residuo de timina& del mismo modo en ue la lu+ /.@ induce
la formacin de ciclo%utano a partir de dos molculas de etileno. "a
formacin de un d6mero de timina de ciclo%utano induce un codo o
plie)ue en el ADN.
Estas modiJcaciones se lle;an a ca%o )racias a
compuestos aluilantes& reacciones ioni+antes o procesos
o!idati;os.
<. secuenciacin del ADN Cpor el mtodo de
san)erD.
Queremos conocer la secuencia de nucletidos de un
fra)mento de ADN. Necesitamos& en primer lu)ar& un Hrimer o
-e%ador& de secuencia conocida de oli)onucletidos sintticos& ue
sea complementario a una secuencia de ADN conocido. El Hrimer
est marcado. A partir de esta molcula ce%adora se irn
aFadiendo deso!irri%onucletidos complementarios a la cadena de
ADNR por la accin de la en+ima ADN polimerasa.
Hondremos en un tu%o de ensayo la molcula de ADN a
secuenciar& en+imas ADN polimerasa capa+ de unir
deso!irri%onucletidos y adems A& .& T y - ue son los A.-T
reacti;os ue elon)arn la cadena complementaria a la ue
ueremos secuenciar.
Adems de esto al tu%o de ensayo se le aFaden
dideso!irri%onucletidos de A& T& - y . ue #an perdido su )rupo
#idro!ilo en posicin $. Este )rupo S04 era fundamental para la
formacin del enlace fosfodiester entre un nucletido y el
si)uiente& por lo ue& si la ADN polimerasa une al)uno de estos
nucletidos a la cadena& sta no podr se)uir elon)ndose en
posicin I:7$: y la reaccin Jnali+ar. Hor eso& cuando uno de estos
nucletidos se une a la cadena& se para la reaccin.
Que la ADN polimerasa una un deso!irri%onucletido o un
dideso!irri%onucletido a la #e%ra de ADN molde depende
meramente de la pro%a%ilidad. "ue)o& a partir de la #e%ra molde se
podr formar ADN complementario de distinta lon)itud& se),n se
unen antes o despus los dideso!irri%onucletidos y se pare la
reaccin.
Estas reacciones se ;an a #acer en ? tu%os& uno para cada
dideso!irri%onucletido marcado con Tuorescencia.
Hara el dideso!irri%onucletido de Timina& se usa un
Tuorescente rojo.
Hara el de Adenina& un Tuorescente a+ul.
Hara el de -itosina& un Tuorescente amarillo.
Hara el de .uanina& un Tuorescente ;erde.
A continuacin se me+clan los ? tu%os y se separan las
molculas o%tenidas tras la reaccin por electroforesis& se),n el
tamaFo.
En la cinta de electroforesis #ay un lector lser ue reconoce
los Tuorescentes. 1e),n el perJl de colores ue lea el lser se
identiJcar cada %ase nitro)enada.
/n ordenador lee y almacena la secuencia de %ases
nitro)enadas& y colocan cada fra)mento& en su posicin en la
molcula de ADN.
U. oli)onucletidos sintticos& aplicaciones.
"os oli)onucletidos sintticos se fa%rican en la%oratorios y no
tienen ms de 2> o $> nucletidos unidos. En la naturale+a la
s6ntesis de oli)onucletidos ocurre siempre en direccin I:7$:& de
manera diferente a como ocurre en la%oratorio C$:7I:D.
El primer nucletido se unir por su e!tremo $: a una matri+&
un )el de s6lice. El e!tremo I: de este primer nucletido& para
impedir ue reaccione& se une a dimeto!initrilo CDMTD. /na ;e+ ue
se ;a a unir el se)undo nucletido& se li%era al e!tremo I: del
primero del DMT para ue pueda reaccionar. El se)undo nucletido
tiene tam%in su e!tremo I: inacti;ado con DMT& y su e!tremo $:
del se)undo acti;ado con fosforamidito. 'eaccionar este e!tremo
$: del se)undo con el I: del primero Creaccin en sentido $:7I:D.
Estos pasos se ;an a repetir #asta o%tener una cadena de 2> o $>
oli)onucletidos. "a s6ntesis Jnali+a eliminando los )rupos
%loueados y desprendiendo la cadena de la matri+ de )el de
s6lice.
AH"3-A-30NE1:
"as aplicaciones ue pueden tener son:
1E-/EN-3A-3AN DE ADN.
-"0NA-3AN DE .ENE1: si se puriJca una
prote6na& se puede conocer la secuencia de aminocidos ue la
constituyen. -onociendo la secuencia de aminocidos podemos
diseFar un oli)onucletido sinttico ue codiJue dic#a
prote6na. Este oli)onucletido se marcar con radiacti;idad& y se
%uscar en una )enoteca un )en ue sea complementario en
dic#a cadena de oli)onucletidos. Bste ser el )en ue codiJue
la prote6na.
TB-N3-A DE "A H-' Creaccin en cadena de
la polimerasaD: esta reaccin permite copiar muc#as ;eces una
misma secuencia de ADN.
D3A.NA1T3-0 DE ENKE'MEDADE1: muc#as
enfermedades son producidas por el cam%io de %ases
nitro)enadas en un )en. Estas mutaciones pueden ser
reconocidas mediante oli)onucletidos sintticos. "a tcnica de
Dot (lot sir;e para dia)nosticar la 7talasemia. "a talasemia es
una enfermedad causada por una alteracin en la s6ntesis de la
4%. Hara la deteccin de la enfermedad se diseFan
oli)onucletidos muy espec6Jcos& ue reconocen cada una de
las mutaciones. -ada oli)onucletido& marcado radiacti;amente&
reconocer una mutacin concretaR al me+clar el ADN con los
oli)onucletidos& stos #i%ridarn con las secuencias alteradas.
1i no #ay #i%ridacin el indi;iduo es normal& sano y no tiene
mutacin.
M3-'0-43H1 DE ADN.