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1. Introduccin (T = 5 h, P = 5 h)
Objetivos
Revisar conceptos fundamentales de Microbiologa, as como su
historia, para establecer su importancia en la produccin
agrcola.
Comparar los microorganismos, con base en su nivel evolutivo,
nivel de organizacin y forma de nutricin con la finalidad de
deducir la forma en que los microorganismos satisfacen sus
demandas de energa y nutrimentos
Microbiologa del Suelo
Ciencia interdisciplinaria
Estudia a los microorganismos, su diversidad, su
adaptabilidad a diversas condiciones y sus efectos en
el entorno, incluyendo plantas, animales y el hombre;
con impacto en la ciencia, la salud, la agricultura y la
industria de los alimentos.
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1.1 Definicin
Rama de la Edafologa que se ocupa
de los organismos que habitan en el
suelo, su actividad metablica, sus
diversas funciones en el flujo de
energa y en reciclado de nutrientes.


Soil Science Society of America. 1998. Glossary of soil science
terms. SSSA. Madison, WI, USA.
Microscopio y esquemas de Leeuvenhoek
(1632)
1.2 Historia
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3
1.2 Historia
Luis Pasteur
(1822-1895)
Generacin
espontnea
Fermentacin
Pasteurizacin

1.2 Historia
Roberto Koch
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Microorganismos como agentes causales de
enfermedades
en humanos Microbiologa mdica
en animales Microbiologa Veterinaria
en plantas Fitopatologa
Responsables de fermentaciones Microbiologa
Industrial

Microorganismos en los procesos del suelo?
Serge Winogradsky
Ciclo del Azufre (columna de Winogradsky)
Microorganismos quimioauttrofos (CO
2
y minerales)
Nitrificacin Nitrobacter winogradsky
Oxidacin microbiana del Fe
2+

Aislamiento de Clostridium pasteurianum
Martinus Beijerinck
Cultivo de bacterias fijadoras de N
2
en simbiosis con leguminosas
(Rhizobium) y asimbitica (Azotobacter)
Virus del mosaico del tabaco Virologa
Alexander Flemming
Interacciones entre organismos
Penicilina
Jacob Lipman (1908)
Bacterias relacionadas con la vida en el campo
Selman Waksman
antibitico
Estreptomicina


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1.3 Importancia de los
microorganismos en el suelo
Participan en la
produccin primaria:
ALGAS y
CIANOBACTERIAS
(aerobias),
BACTERIAS
FOTOTROFICAS
DEL AZUFRE
(anaerobias)
1.3 Importancia de los microorganismos en el
suelo
Aseguran la continuidad de la vida:
Mineralizacin de materiales orgnicos y
reciclado de nutrientes
Regulan flujo de materia y energa
Establecen interacciones con otros organismos

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1.3 Importancia de los
microorganismos en el suelo
Formacin del suelo
(intemperismo)
Formacin de agregados estables
estructura, porosidad,
infiltracin
Acondicionan, mantienen e
incrementan la fertilidad del
suelo
Muchos productos del
metabolismo microbiano son
alimento, bebidas alcohlicas,
antibiticos, combustibles, etc.
Constituyentes del suelo
Partculas del suelo Dimensin
aproximada (m)
# estimado de
individuos/15 cm
superficiales/ha
1

Grava 2000 -
Arena gruesa 200 - 2000 -
Arena fina 50 - 200 -
Limo 2 - 50 -
Arcilla .02 - 2 -
Material vegetal
Raz 1000 -
Races finas 50 - 1000 -
Pelo radical 7 - 15 -
Fauna
Lombrices 2000 - 5000 7 x 10
3

caros 500 - 2000 4 x 10
5

Nemtodos 500 - 2000 2.5 x 10
9

Protozoarios 10 - 80 1 x 10
16

1
suelo frtil de regin templado-hmeda\
Microorganismo = Organismo
menor de 100 m
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Constituyentes del suelo
Partculas del suelo Dimensin
aproximada (m)
# estimado de
individuos/15 cm
superficiales/ha
1

Microorganismos
Hongos 0.3 - 10 8 x 10
16

Actinomicetos 1.0 1.5 6 x 10
17

Bacterias 0.5 1.0 2 x 10
18

Virus 0.05 0.2 -
Poros llenos de agua
-10 kPa <30 -
-100 kPa <3 -
-1000 kPa 0.3 -
Pelculas de agua
-100 kPa <0.003 -
-1000 kPa Unas cuantas
molculas de espesor
-
1
suelo frtil de regin templado-hmeda
Si hubiera condiciones limitadas de humedad, O
2
y/o nutrientes, Quines tendran mayor
posibilidad de aprovecharlos?
1.4 Clasificacin de los seres vivos
Taxonoma = establece relaciones entre
un grupo de organismos y otro, para
diferenciarlos entre s. Facilita
investigacin, enseanza y comunicacin
Existen 30 millones de diferentes
organismos aprox, menos de 10% han
sido descubiertos y muchsimo menos
han sido identificados y clasificados
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1.4 Clasificacin de los seres vivos
Dominio Archaea Bacteria Eukarya
Reino partici-
pante
Bacterias Bacterias
Plantas, Animales,
Hongos
Pared celular
pseudopeptidoglicano,
o solo por protenas
Peptidogli-
canos
plantas (celulosa),
animales (ninguna),
fungi (quitina, celulosa)
Membrana
citoplsmica
Lpidos: las cadenas
hidrocarbonadas ramificadas
estn unidas
al glicerol por enlaces ter
lpidos: las cadenas de ac. grasos
estn unidas al glicerol por enlaces ester
Genoma
ADN nico, circular, presencia
de plsmidos
ADN fragmentado en
cromosomas mltiples
Sensibilidad a
antibiticos
No Si No
1.4 Clasificacin de los seres vivos
Eucariotas Procariotas
Dominio Dominio
Reino
Phyllum o
Division
Phyllum
Clase Clase
Orden Orden
Familia Familia
Gnero Gnero
Especie Especie
Cepa

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1.5 Caractersticas de eucariotas y
procariotas
Caracterstica Eucariotas Procariotas
Organizacin del
material nuclear
Con membrana nuclear Sin membrana nuclear
Creacin 2 billones de aos
Homo sapiens 100,000
Antes de que la atmsfera fuera
aerobia (hace 3.5 billones de aos)
Versatilidad metablica Menor Toleran condiciones sin O
2,
fijan N
2
,
utilizan CH
4
, algunos son
quimitrofos

Dimetro prom (m) 10 (plantas 100 y cm o m
de largo)
1 (2 a 20)
rea superficial Menor Mayor (10,000 veces)
Tasa de respiracin
especfica
(QO
2
=O
2
/mg peso seco/h)
Races y hojas 5 1000 a 2000
Tiempo de generacin Largos (horas a meses) Cortos
Escherichia coli = 15 min
rea superficial
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1.5 Caractersticas de eucariotas y
procariotas
Caracterstica Eucariotas Procariotas
Capacidad de adaptacin
ambiental
Menor alta
Distribucin en la
naturaleza
ubicuos

Requerimiento de O
2
Siempre (excepto
levaduras)
Con, sin o ambos
Capacidad fotosinttica Con O
2
Con y sin O
2

Morfologa Ms compleja (ncleo,
ribosomas, mitocondrias,
pared celular, flagelos y
cilios, cloroplastos)
Ms simple
1.5 Estructura
y funcin de
componentes
celulares
Procariotas
Eucariotas
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1.5
Estructura y
funcin de
componen-
tes celulares
1.5 Estructura y funcin de
componentes celulares
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1.5 Estructura y funcin de
componentes celulares
1.6 Agrupacin por diversidad
metablica
Tipo nutricional Fuente de energa Fuente de
carbono
Fottrofo Luz
Quimitrofo Oxidacin de compuestos
Auttrofo Inorgnica
Hetertrofo Orgnica
Fotoauttrofo Luz Inorgnica (CO
2
)
Fotohetertrofo Luz Orgnica
Quimioauttrofo Oxidacin de compuestos
inorgnicos (Fe, S, NO
3
)
Inorgnica (CO
2
)
Quimiohetertrofo Oxidacin de compuestos
orgnicos
Compuestos
orgnicos

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1.6 Crecimiento y metabolismo
microbiano
Composicin qumica de una clula microbiana
Componente %
Agua 70 a 85
Materia seca:
-Protenas 50
-Carbohidratos 10 a 20
- Lpidos 10
-ARN 10 a 20
-ADN 3 a 4
- Azcares y sus precursores 2
- Aminocidos y sus precursores 0.5
- Nucletidos y sus precursores 0.5
- Iones inorgnicos 1
Modificado de Coyne M. 2000. Microbiologa del Suelo: Un enfoque exploratorio. Paraninfo. Madrid, Espaa y de
Madigan M.T., J.M. Martinko y J. Parker.1999. Brock Biologa de los microorganismos. Prentice Hall. Madrid, Espaa
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Qu necesita un microorganismo para crecer?
g) Ambiente favorable (temperatura, pH, redox)
a) Agua
b) Nutrientes minerales
c) Fuentes de energa
d) Fuentes de carbono
e) Donadores y aceptores de electrones
f) Factores de crecimiento
COMPOSICIN ELEMENTAL DE CLULA MICROBIANA
Elemento % en peso seco
Carbono 50
Oxgeno 20
Nitrgeno 14
Hidrgeno 8
Fsforo 3
Azufre 1
Potasio 1
Sodio 1
Calcio 0.5
Magnesio 0.5
Cloro 0.5
Hierro 0.2
Todos los dems 0.3
b) Nutrientes minerales
Datos para una bacteria, Escherichia coli, reunidos por S.E. Luria (1960) citado por Stanier, R.Y., E.A. Adelberg y J.L.
Ingraham. Microbiologa. Editorial Revert, S.A. Barcelona, Espaa
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Fuentes de nutrimentos
Fuentes de micronutrimentos
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c) Fuentes de energa
Luz
algas,
cianobacterias,
bacterias
fotosintticas
Oxidacin de
compuestos
qumicos
protozoos,
fauna en
general
hongos,
bacterias,
Formas de produccin de energa
respiracin aerobia,
respiracin anaerobia,
fermentacin,
gluclisis,
fosforilacin cclica y no cclica

TAREA (x e-mail)
Qu diferencias y similitudes hay entre ellas?
Sustrato(s) y producto(s)
Condiciones en las que se lleva a cabo
Eficiencia energtica
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d) Fuentes de carbono
C orgnico: azcares, aminocidos,
lpidos, CH
4
, etc. (hongos,
protozoos, mayora de bacterias,
fauna)
C inorgnico: CO
2
, HCO
3
-

(algas,
cianobacterias, algunas bacterias)

e) Donadores y aceptores de electrones
Oxidacin = se ceden electrones


Reduccin = se aceptan electrones


Reaccin redox acoplada

X X
2+
+ 2 e
-
,
RH
2
R + 2H


Donadores de electrones
o agentes reductores
FOTOSNTESIS AEROBIA (C de CO
2
se reduce y O de H
2
O se oxida)

6 CO
2
+ 6 H
2
O

C
6
H
12
O
6
+ 6 O
2
MINERALIZACIN o RESPIRACIN

R + 2H RH
2

Fe
3+
+ e
-
Fe
2+



Aceptores de electrones
o agentes oxidantes
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f) Factores de crecimiento
Compuestos esenciales para el desarrollo
microbiano
Vitaminas (tiamina, biotina, riboflavina, c
pantotnico, c flico)
Aminocidos (alanina, c asprtico, etc.)
Nucletidos (purinas o pirimidinas)


g) Ambiente favorable
Temperatura
apropiada
pH adecuado
Concentracin
de oxgeno
propicia
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1.7 Transporte de nutrimentos


Transporte activo
Transporte pasivo
Transporte activo
Transporte pasivo


Qu diferencias y
similitudes tienen?

Fagocitosis
Pinocitosis


Qu tipo de
transporte son?
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1.8 Cintica del crecimiento
microbiano
Reproduccin bacteriana = Fisin binaria
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Reproduccin asexual

Reproduccin logartmica
Nf = (1)2
n
, como no siempre No = 1

Nf = (No)2
n
, n = nmero de generaciones
G = tiempo de generacin
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Conversin a logaritmos
Si trazamos
una grfica ...

(curva ideal)
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... Podramos
estimar
grficamente el
tiempo de
generacin
Es posible calcular el # final de
organismos?, o su # inicial?, o el tiempo
de generacin?, o el tiempo necesario
para obtener una determinada
poblacin?
EJERCICIO
Calcule el tiempo de generacin de una poblacin
bacteriana si se siembran1000 clulas en condiciones
ptimas y despus de 4 horas de incubacin contiene
100,000 bacterias
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Calcule el tiempo de generacin (G) de una
poblacin bacteriana si se siembran1000
clulas en condiciones ptimas y despus de 4
horas de incubacin contiene 100,000 bacterias
No = 1000
Nf = 100,000
t = 4 h
G = t/n = ?


Nf = (No)2
n
,
log Nf = log (No)2
n
,
log Nf = log No + log 2
n
,
log Nf = log No + n log 2;
log Nf - log No = n log 2; log 2 = 0.3
log (Nf/No) = n (0.3);
3.3 log (Nf/No) = n



G = t/n = 4hx60 min/6.6 = 36.6 min
Tiempo de generacin o duplicacin de la
poblacin
Td
promedio
en bacterias:
15-20 o bien de 45-60.
Td
promedio
en levaduras:
90-120.
Td
promedio
en hongos:
60-90 o bien de 4-8 horas.

Keiko Shirai:
UAM-Iztapalapa
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Curva de crecimiento
(real)
Y si se agrega un agente
antibacteriano?
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En qu fase de la curva de crecimiento
conviene mantener un cultivo de
a) bacterias degradadoras de hidrocarburos
contaminantes?,
b) bacterias que deterioren alimentos?,
c) bacterias fijadoras de N
2
con las que se
elaborarn inoculantes?,
d) bacterias fitopatgenas?
Ejemplo de cintica de crecimiento con diferentes concentraciones
de sustrato (glucosa) de Aspergillus niger
Larralde-Corona et al., (1997)
0 10 20 30 40 50 60 70 80 90
0
4
8
12
16
20 120 gL
-1
70 gL
-1
300 gL
-1
40 gL
-1
10 gL
-1
B
i
o
m
a
s
s

d
r
y

w
e
i
g
h
t
,

X

(
m
g
/
c
m
2
)
Time (h)
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Otras formas de reproduccin
Reproduccin asexual
Fisin binaria
Una clula se
divide en dos
despus de
desarrollar una
pared transversa.
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Fisin
mltiple
A partir de
una clula
se forman
ms de
dos clulas

Otras formas de reproduccin bacteriana:

Fragmentacin
Gemacin
recursos.cnice.mec.es/.../contenidos8.
htm
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Reproduccin de levaduras:
Tomada de:Lim, D. 1998. Microbiology. Mc Graw-Hill. Estados Unidos
Saccharomyces cerevisiae (levadura del pan) se pueden observar algunas
clulas gemando.
Keiko Shirai:
UAM-Iztapalapa
Reproduccin sexual
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Reproduccin asexual y sexual en hongos
Reproduccin sexual en Bacterias =
Recombinacin bacteriana
Transformacin. Un segmento libre de ADN
ingresa a una clula y se integra al ADN
bacteriano.
Conjugacin. La transferencia de material
gentico de una clula a otra requiere contacto
real. Se realiza mediante la unin a travs de una
fimbria sexual (F).
Transduccin. La transferencia es mediada por
un vector (virus)

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2. La comunidad microbiana del suelo
Fauna
Algas
Hongos
Bacterias
Virus