INSTITUTO TECNOLGICO DE

CELAYA
ESPECIALIDAD:
Ingeniera Bioqumica
MATERIA:
BIOQUMICA DEL NITROGENO Y REGULACIN
GENTICA

Trabajo sobre la regulacin

del opern de arabinosa y triptfanomtodos para medir la curvatura del DNA.

ALUMNA:
Sierra Flores Sarai
PROFESOR:
Guevara Gonzlez Ramn Gerardo
Celaya Guanajuato a 29 de Octubre del 2014

Bioqumica del nitrgeno y regulacin gentica.

REGULACIN DEL OPERN DE ARABINOSA.
El esquema de regulacin ms complejo se encuentra en el opern arabinosa (ara) de E.
coli. El opern ara est sometido tanto a regulacin positiva como negativa mediante una
nica protena reguladora. Su esquema de regulacin es complejo. Este sistema introduce
varios mecanismos reguladores adicionales. En primer lugar, una nica protena puede
efectuar un control positivo y negativo simultneamente. En este caso la protena
reguladora es la protena AraC, y la unin a una molcula seal modifica su conformacin,
desde una forma represora que se une a una secuencia de DNA reguladora, hasta un
activador que se une a una secuencia de DNA diferente. En segundo lugar, la protena
AraC regula su propia sntesis mediante la represin de la transcripcin de su gen. Este
fenmeno se denomina autoregulacin. Finalmente, los efectos de algunas secuencias
de DNA reguladoras pueden ejercerse a distancia; es decir, estas secuencias no siempre
se sitan contiguas a los

promotores. Las secuencias de DNA distantes pueden

acercarse mediante la formacin de lazos de DNA, gracias a interacciones especficas

protena-protena y protena-DNA. Este ltimo fenmeno convierte el sistema ara en un
importante paradigma para la expresin gnica en eucariotas, en la que es bastante
comn la regulacin mediante secuencias relativamente distantes en el DNA.

Bioqumica del nitrgeno y regulacin gentica.

E. coli puede usar la arabinosa como fuente de carbono mediante su conversin en
xilulosa-5-fosfato, un intermedio de la va de las pentosas fosfato. Para ello se requieren
las enzimas arabinosa isomerasa, ribulosa quinasa, y ribulosa-5-fosfatomepimerasa
codificados por los genes araA, araB yaraD, respectivamente. El opern ara incluye estos
tres genes, un sitio regulador que contiene dos operones (araO1 y ara O2), otro sitio de
unin para la protena reguladora de AraC llamada araI (I de inductor), y un promotor
adyacente a araI. El gen araC se encuentra prximo y se transcribe desde su propio
promotor (cercano a araO1) en direccin opuesta a la de los genes araB,A, yD (llamados
colectivamente araBAD). Adyacente al promotor del opern ara se encuentra un sitio de
unin para la CAP, y la transcripcin est modulada mediante el complejo CAP-cAMP al
igual que ocurre en el sistema lac. En este punto se acaban todas las similitudes.
El papel de la protena AraC en la regulacin de este sistema es complejo. En primer
lugar, regula su propia sntesis, unindose a araO1 y reprimiendo la transcripcin del gen
araC cuando su concentracin supera las cuarenta copias por clula. En segundo lugar,
acta tanto como regulador positivo y negativo de los genes araBAD, unindose en este
caso a araO2 y araI. Esta regulacin se puede resumir considerando cuatro situaciones
metablicas: (1) la glucosa es abundante y la arabinosa no. En estas condiciones, la
protena AraC unida a araO2 y la unida a araI, se unen entre ellas formando un lazo de
DNA de unos 210 pares de bases. En esta configuracin, el sistema reprime la
transcripcin de los genes araBAD desde el promotor. (2) No hay glucosa (o la hay en
niveles muy bajos) pero hay arabinosa disponible. En estas condiciones, el complejo
CAP-cAMP se vuelve abundante y se une a un sitio adyacente a araI. La arabinosa
tambin se une a la protena AraC, alterando su conformacin. El lazo de DNA se abre, y
la protena AraC unida a araI se convierte en un activador, actuando simultneamente con
el complejo CAP-cAMP para inducir la transcripcin de los genes araBAD. (3) La
arabinosa y la glucosa son abundantes. (4) La arabinosa y la glucosa estn ausentes. En
ambos casos, no est totalmente claro el estado del sistema, aunque se sabe que
permanece reprimido. El opern ara es un sistema regulador complejo que ofrece una
respuesta rpida y reversible a cambios ambientales.

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Figura 27-20 Regulacin del opern ara. (a) Cuando la protena AraC es deficiente, su gen se transcribe
desde s propio promotor. (b) Cuando los niveles de arabinosa son bajos y los de glucosa altos, la protena
AraC se une tanto a araI como a araO2, acercando estos dos sitios mediante la formacin de un lazo de DNA.
La figura ilustra el opern en este estado. Esta protena tambin se une a araO1, reprimiendo la sntesis
posterior de AraC. (c) Cuando hay arabinosa y la concentracin de glucosa es baja, la protena AraC se une a
la arabinosa y cambia su conformacin para convertirse en un activador. Se abre el lazo de DNA, y la protena
AraC conjuntamente con el complejo CAP-cAMP facilitando la transcripcin.

REGULACIN DEL OPERN DE TRIPTOFANO.

Para la sntesis de protenas se necesitan aminocidos en grandes cantidades, y E. coli
tiene las enzimas par sintetizalos todos. Como era de esperar, los genes de las enzimas
requeridos para sintetizar un aminocido determinado se encuentran generalmente
agrupados en un opern. Estas enzimas son necesarias y, por tanto, se expresa el
opern correspondiente a un aminocido siempre que la provisin de este aminocido
sea insuficiente para cubrir las necesidades celulares. Cuando el aminocido se
encuentra en grandes cantidades, las enzimas biosintticas ya no se necesitan y el
opern se reprime.

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El opern triptfano (trp) de E. coli, est formado por cinco genes estructurales ordenados
en una serie contigua, los cuales codifican las tres enzimas que transforman el cido
corsmico en triptfano. El mRNA sintetizado a partir de este opern tiene una vida media
de slo 3 min, permitiendo a la clula responder rpidamente frente a las necesidades
variables de aminocidos. El represor trp es un homodmero en el que cada subunidad
contiene 107 residuos de aminocidos. Cuando el triptfano es abundante, se une al
represor trp originando un cambio conformacional que permite al represor unirse a su
opern. El sitio del operador trp se solapa con el del promotor, y la unin del represor
bloquea la unin de la RNA polimerasa.

El sistema regulador responde frente a diferentes concentraciones de triptfano variando

la velocidad de sntesis de las enzimas biosintticas en un margen de unas 700 veces.

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Cuando el sistema deja de estar reprimido y comienza la transcripcin, la velocidad de la
transcripcin se ajusta mediante un segundo proceso de regulacin conocido como
atenuacin de la transcripcin.

El opern trp est formado por cinco

genes
estructurales
contiguos
precedidos por una regin de control
que incluye el promotor, el operador,
la regin codificadora del pptido lder
y el atenuador.

Los trminos atenuacin de la transcripcin describen un proceso en el que la

transcripcin se inicia normalmente pero se interrumpe bruscamente antes de que se
transcriban los genes del opern. La frecuencia con la que se atena la transcripcin
depende de la concentracin disponible de triptfano.. La base del mecanismo, deducida
por Charles Yanofsky, es el acoplamiento inmediato entre transcripcin y traduccin en
bacterias. El mecanismo de atenuacin del opern trp

utiliza seales codificadas en

cuatro secuencias localizadas en una regin gua (leader) en el extremo 5 del mRNA
que precede el codn que inicio del primer gen. En el extremo de la secuencia gua hay
una secuencia llamada atenuador, constituida por las secuencias 3 y 4. Estas secuencias
se complementan para formar una orquilla, rica en G-C, seguida de una serie de residuos
uracilo, la transcripcin se interrumpir aqu cuando se forme esta estructura. La
formacin de la orquilla atenuadora depende de los acontecimientos que se produzcan
durante la traduccin de una corta pauta abierta de lectura de RNA gua que codifica un
pptido de 14 residuos (denominado pptido gua porque est codificado en la regin gua
del mRNA). Este gen corto es otra de las cuatro secuencias reguladoras. La traduccin
del pptido gua se inicia inmediatamente despus de su transcripcin, y el ribosoma
unido sigue de cerca a la RNA polimerasa conforme la transcripcin avanza. La secuencia
reguladora 2 se encuentra cercana al extremo de este corto marco abierto de lectura, y

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las secuencias 3 y 4, como ya se mencion anteriormente, forman la orquilla atenuadora.
La secuencia 2 puede completarse alternativamente con la secuencia 3. Si las secuencias
2 y 3 se complementan, la estructura atenuadora deriva de la interaccin de las
secuencias 3 y 4 no se puede formar y la transcripcin contina en los genes biosintticos
trp (el lazo formado por las secuencias 2 y 3 no obstruye la transcripcin).

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La corta pauta abierta de lectura (la secuencia reguladora 1 o pptido gua) es el
elemento clave en la deteccin de las concentraciones de triptfano. Puede considerarse
que acta como un mecanismo de control temporal sensible a la concentracin de
triptfano que determina si la secuancia 3 se complementa con la 4 (atenuando la
trascripcin) o con la secuencia 2 (permitiendo que contine). Esta pauta abierta de
lectura incluye dos codones para el triptfano. Cuando las concentraciones de triptfano
son altas, la concentracin de tRNA cargados para este aminocido (Trp-tRNA) tambin
lo es. La traduccin seguir inmediatamente a la transcripcin, pasando rpidamente por
los codones Trp y hacia la secuencia 2, antes de que la secuencia 3 sea sintetizada por
la RNA polimerasa. En este caso la secuencia 2 est tapada por el ribosoma y por tanto
inhabilitada para complementarse con la secuencia 3 cuando se sintetiza; se forma la
estructura del atenuador (secuencia 3 y 4), interrumpindose la transcripcin. Sin
embargo, cuando las concentraciones de triptfano son bajas, el ribosoma se atasca en
los dos codones Trp debido a la ausencia de tRNATrp cargados. La secuencia 2 se
encuentra libre mientras se sintetiza la 3; estas dos secuencias se pueden complementar
y la transcripcin proceder. De este modo, la proporcin de transcritos que son
atenuados aumenta simultneamente con la cantidad de triptfano.
Todos los operones implicados en la biosntesis de aminocidos utilizan una estrategia de
atenuacin similar para adecuar los niveles de enzimas biosintticas a las necesidades
celulares. El pptido gua de 15 aminocidos producido por el opern phe contiene siete
residuos Phe. El pptido gua del opern his contiene siete residuos His contiguos, e
igualmente, el del opern leu contiene 4 residuos Leu contiguos. De hecho, en la mayora
de operones para la biosntesis de aminocidos (a excepcin del trp), la atenuacin es
suficientemente sensible como para ser el nico mecanismo regulador.
MTODOS PARA MEDIR LA CURVATURA DE DNA.
El ADN es un polmero relativamente rgido, generalmente modelada como una cadena
de gusano. Tiene tres grados significativos de libertad; flexin, torsin y compresin, cada
uno de los cuales causan limitaciones particulares sobre lo que es posible con el ADN
dentro de una clula. Torciendo/rigidez a la torsin es importante para la circularizacin
del ADN y la orientacin de las protenas unidas de ADN respecto a la otra y de
flexin/rigidez axial es importante para el embalaje y la circularizacin del ADN y las

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interacciones protena. La compresin/extensin es relativamente poco importante en la
ausencia de alta tensin.
Los mtodos ms comnmente empleados para medir la curvatura de ADN son ensayos
de movilidad electrofortica y ciclacin. Los ensayos de ciclacin, basados en mediciones
de la velocidad a la cual el ADN puede formar crculos cerrados enzimticamente
sellados, tienen el potencial de ser desarrollado como mtodo de alto rendimiento. Los
ensayos de movilidad electrofortica no se basan en una teora completa y, por lo tanto,
no son suficientemente detallados para predecir con precisin la movilidad como una
funcin de la flexin de ADN. Las estructuras cristalinas tridimensionales de protenas
unidas al ADN proporcionan ideas ms detalladas sobre el mecanismo de flexin de ADN
en protenas impulsadas, pero esta informacin se obtiene slo a travs de un proceso
largo y laborioso. El anlisis estructural basado en una solucin mediante RMN
proporciona asimismo informacin detallada, pero no es un mtodo aplicable a todos los
casos y no es apto para ensayos rpidos.
Otra de las tcnicas que apoya la medicin de la curvatura del DNA es la Microscopia
electrnica de transmisin. La microscopia electrnica de transmisin (MET) aplicada a
las ciencias de la vida permite estudiar a nivel celular y subcelular, citoqumico e
immunocitoqumico muestras biolgicas, tejidos animales y vegetales, cultivos celulares y
bacterianos, virus, estructuras subcelulares, y macromolculas.

El microscopio electrnico de transmisin es un instrumento que utiliza como fuente de

iluminacin un haz de electrones que son generados por un filamento de tungsteno
cuando este por efecto termoinico se pone incandescente. Estos electrones son
acelerados y dirigidos hacia la muestra mediante lentes electromagnticas en condiciones
de alto vaco.

Con el fin de observar la muestra en el microscopio electrnico de transmisin hay que

prepararla previamente segn mtodos especficos de fijacin, inclusin ultramicrotoma,
o crioultramicrotoma. La imagen que se obtiene es plana y monocromtica (en blanco y
negro) y se puede llegar a un lmite de resolucin de 0.3 nm.
La Microscopa ptica es otra tcnica utilizada para medir la curvatura de DNA, ha sido
utilizada siempre como tcnica bsica en estudios de morfologa general. Pero hoy la

Bioqumica del nitrgeno y regulacin gentica.

Biologa Celular junto a la Biologa Molecular han dado un gran salto en el estudio de las
estructuras a nivel molecular haciendo que la tcnicas de inmunohistoqumica e
inmunocitoqumica sean tan importantes en microscopa ptica como lo pueden ser en
microscopa electrnica.

Otras tcnicas muy utilizadas para mejorar la resolucin en la observacin del estudio de
la muestras son las inclusiones en plstico que permiten realizar secciones finas de 2m a
diferencia del material incluido en parafina que esto no es posible.

La microscopa ptica tiene aplicaciones en

Ciencia bsica y aplicada en las reas

de:

de

Biologa,

Ciencias

Biotecnologa,

Ciencias

la

Salud,

Ciencias

forenses,

agropecuarias, Ciencias de los materiales, Geologa, Arqueologa, Metalurgia

etc.

BIBLIOGRAFA

http://sumsaiumu.wordpress.com/trabajo/tecnicas-2/
http://viaclinica.com/article.php?pmc_id=1807954
http://centrodeartigo.com/articulos-de-todos-los-temas/article_38191.html
http://botanik2.files.wordpress.com/2008/02/capitulo-27.pdf
http://patentados.com/patente/biodeteccion-de-conformacion-molecular/
Genes IX. Escrito por Benjamn Lewin. Novena edicin.