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GENOMA

Genomas procaritico e eucaritico


Organizao do DNA nos cromossomas
Organizao dos genes nos cromosssomas
Estrutura dos genes
e ainda:
DNA repetitivo
(DNA extracromossmico)

Genomas
(generalidades)
Clula- compartimentos celulares delimitados por membranas

Eucariotas
Genoma- 2 ou mais molculas de DNA lineares
- DNA mitocondrial e plastidial
. menores dimenses
. circular
- 1x102 Mb- 1x105 MB (o mais pequeno = 10 Mb)
Clula- no compartimentalizao interna

Procariotas
Genoma- 1 molcula DNA circular
- haplides
- 1- 10 Mb
- plasmdios (1 kb-250 kb), profagos e elementos mveis
- informao gentica mais compacta
- grande diversidade de organizao
Ex: Borrelia burgdorferi
cromossoma linear: 911 kb (835 genes)
17 ou 18 molculas lineares e circulares: 533 kb (430 genes)

O que se considera Genoma?


Genoma = DNA cromossmico
Genoma = DNA cromossmico + DNA plasmdico
Vibrio cholerae: 2 molculas de DNA circulares
- 2, 96 MB (3885 genes); 71% genoma
- 1,07 MB (caract. plasmdio)

Genoma = DNA cromossmico + DNA mitocondrial e/ou plastidial

Dimenses de Genomas

Relao complexidade dos organismos com


dimenso do genoma

1) Organismos mais complexos

Genoma de maiores dimenses

ex. Homo sapiens (3 Gb) vs Drosophila melanogaster (180 Mb)

2) Paradoxo C
Salamandra- 90 Gb

vs Homem- 3 Gb

Relao do nmero de genes com dimenso


do genoma

S. cerevisae - 12 Mb

0,004 do genoma humano (3 Gb)

Genoma humano 35 000 genes x 0,004 = 140 genes para S. cerevisae

Genoma de levedura contm


aprox. 5 800 genes

ECONOMIA DE ESPAO NO GENOMA DOS ORGANISMOS MENOS COMPLEXOS

Relao de complexidade do organismo com o nmero


de genes e com dimenso do genoma

ARROZ

MILHO
Mesmo nmero
de genes

0,43 Gb

2,5 Gb

Organismos semelhantes diferem na dimenso do genoma,


mantendo o mesmo nmero de genes aproximadamente

DNA supercoiling
DNA within the cells adopts several forms of ordered

tertiary structures begining with the formation of


coiled and supercoiled helical DNA under the control of
enzymes known as topoisomerases

Supercoiling
(sobrenrolamento ou subenrolamento)

A dupla hlice do DNA uma hlice


o que significa que tem enrolamento
right-handed, ie, no sentido dos ponteiros do relgio
O supercoliling consequncia de:
demasiadas rotaes (superrotao- overwound )
da hlice sob si prpria (positive supercoiling),
ou perda de rotaes (subrotao- underrotating)
sob si prpria (negative supercoiling)

Neste caso a direco do enrolamento oposta do right-handed da dupla hlice


O supercoling s ocorre quando as duas cadeias de DNA no conseguem rodar
livremente uma sobre a outra, ie,
quando as extremidades esto fixas e as
superrotaes ou subrotaes
no podem ser compensadas (como o que acontece no DNA circular)

Supercoiling

Forma relaxada
- 10 pb/rotao na conformao B

Alterao da forma relaxada


- mais ou menos de 10 pb/rotao
na conformao B

Supercoil positivo e negativo

Positive supercoil

Negative supercoil

Ocorre quando o DNA


est overrotated

Ocorre quando o DNA


est underrotated

Enrolamento no mesmo
sentido do enrolamento
da dupla hlice

Enrolamento no sentido
contrrio do enrolamento
da dupla hlice

DNA coiling

Topoisomerases
Enzimas que adicionam ou removem rotaes da dupla hlice de DNA,
quebrando temporariamente a dupla hlice, permitindo a rotao de
uma cadeia em volta da outra, e depois ligando-a de novo.

Topoisomerase I
quebra de uma cadeia, e reduz o
supercoiling devido a
remoo de rotaes

Topoisomerase II
quebra de ambas as cadeias,
adicionando ou removendo rotaes

Organizao do DNA cromossmico


em E. coli

Chromosome is condensed
in one part of the cell

Cromossoma de E.coli
- Molcula de DNA circular-fechada,
negativamente enrolada
- 4 600 kb
- 99-100% codificante
- aproxi. 4280 genes

Nick allows this loop


to become relaxed
-Nucleide (estrutura condensada):
. 40-50 domnios independentes
ou loops de 10-100 kb
. Topoisomerases
. Protenas de ligao ao DNA
- HU
- H-NS (H1)
- Fis
- IHF

-Diviso celular: attachment point


(verso desactualizada)

Organizao do DNA cromossmico


em eucariotas
Estrutura dos cromossomas
eucariticos

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Nucleossoma- unidade elementar da cromatina

Structure of a nucleosome

H3 and H4 are among the most conserved proteins.


H2A and H2B an be recognized in all eukaryotes, but
show species-specific variation in sequence.
H1, closely related proteins that show appreciable
variation between tissues and species
(and are absent from yeast)

The nucleosome core particle consists of 146 bp of DNA wrapped 1.65 turns
around a histone octamer consisting of two molecules each of H2A, H2B, H3, and H4.
A nucleosome (chromatosome) contains two full turns of DNA locked in place by one molecule of H1.

Octmero de histonas
Dmero:
Dmero: H2A
Tetrmero:
Tetrmero: 2H3, 2H4
Dmero:
Dmero: H2B

Nuclease protection assays of chromatin


from human nuclei

Modelo solenide da fibra de cromatina de 30nm

Diferentes nveis de organizao das fibras de


cromatina

Estados de condensao do DNA

Outras protenas no-histonas presentes no


cromossoma

No cinetocro
Nos telmeros
No scaffold
Protena da maquinaria da replicao
DNA polimerases
Helicases
Primases

HMP (high-mobility-group proteins)


RNA polimerases
Acetilases
Factores de transcrio
E ainda protenas importantes na alterao do empacotamento e enrolamento
da cromatina durante a transcrio

Proteins scaffold
Papel importante na estrutura do cromossoma

MARs (matrix attachment regions) ou SARs (scaffold attachment regions)

Estruturas particulares dos


cromossomas lineares
Centrmeros
Telmeros

Principais estruturas do cromossoma

Classificao dos cromossomas em


funo da localizao do centrmero

Estrutura do centrmero de levedura


Point mutantions in the central CCG of
CDE3, completely inactivate the centromere

Mutations in CDE1 or CDE2 reduce


but do not inactivate centromere function

Proteins bind to yeast CDE elements

The centromere is identified by a


DNA sequence that binds specific proteins.
These proteins do not themselves bind to
microtubules but establish the site at which
the microtubule-binding proteins bind in turn.

Telomeres
Telomeres are required for the stability of the chromosome end

Telomeres are replicated by a special mechanism

Heterocromatina e eucromatina

Heterocromatina- geralmente mantm


estado de condensao durante o ciclo
celular. Heterocromatina facultativa vs constituitiva

Eucromatina- geralmente sofre


condensao e descondensao
durante o ciclo celular.

Tcnicas de colorao para produzir padres de


bandas cromossmicos

Tcnica

Padro de bandas

G-banding

Bandas escuras so ricas em AT


Bandas claras em GC

Q-banding

Bandas escuras so ricas em GC


Bandas claras em AT

C-banding

Bandas escuras contm


heterocromatina constituitiva

Padres citogenticos

Localizao (mapeamento) de algumas sequncias de


DNA (repetitivo) no cromossoma 1 humano

Estas sequncias de DNA funcionam como marcadores genticos

Estrutura dos genes


e
Organizao dos genes
Procariotas
Eucariotas

O que um gene?
-Unidade de informao gentica contida num segmento de DNA. O produto
final pode ser uma protena ou um transcrito (ex. tRNA)
-Pode variar entre 75 pb e 2 300 000 pb
- A informao biolgica est contida na sequncia de nucletidos e
tornada disponvel atravs da expresso gentica, que altamente REGULADA

Quaisquer 6 nts podem originar 4096 sequncias diferentes (46)

Os genes esto organizados de diferentes modos


nos diferentes organismos

Organizao dos genes em procariotas:


operes
Alguns genes de procariotas esto organizados
linearmente sob o controlo da mesma regio
reguladora da transcrio
Regulao da expresso coordenada

Genes com funes relacionadas


Ocorre em bactrias
DNA
Regio
reguladora

lacZ

lacY

lacA

Estrutura de um gene
eucaritico

Organizao geral dos genes


Topografia dos genes em 4 organismos diferentes

Compactamento do genoma em organismos diferentes

Feature

Yeast

Fruit fly

Human

Gene density (average number per Mb)

479

76

11

Introns per gene (average)

0.04

Amount of the genome that is taken up


by genome-wide repeats

3.4%

12%

44%

Exemplos de organizao, pouco usual,


de genes
Genes que se sobrepem
-Alguns vrus (ex, fago X174 de E. coli)
-Traduo dos mRNAs em diferentes grelhas
abertas de leitura
-Muito raro nos organismos superiores, mas
h exemplos nos genomas mitocondriais de
alguns animais e no Homem

Genes dentro de genes


- Frequente nos genomas nucleares
- Genes dentro de intres de genes
Ex. no genoma humano o gene da
neurofibratose de tipo I, que contm trs
pequenos genes (OGMP, EVI2B, EVI2A),
dentro do intro 27
- Muitos snoRNAs so codificados por genes
dentro de intres

Genoma II
DNA repetitivo

DNA satlite no genoma humano

DNA fraccionado em
gradiente de densidade

% G/C muito diferente nas bandas satlites, em relao encontrada na banda principal

DNA repetitivo
Nota: existem outras sequncias repetitivas para alm das observadas no DNA satlite

DNA repetitivo
(DNA repetitivo agrupado e disperso)

Repeties agrupadas: micro- e minisatlites


Repeties dispersas: Lines, Sines, transposes e retrotransposes

Mini and microsatellites


Minisatellites
ex. VNTR (variable number of tandem repeats);
VNTR loci in humans are 1- to 5-kb sequences,
consisting of variable numbers of a repeating
unit from 15 to 100 nts)
Microsatellites- usually, dinucleotides repeated
in tandem

Localizao (mapeamento) de algumas sequncias de


DNA (repetitivo agrupado) no cromossoma 1 humano

Estas sequncias de DNA funcionam como marcadores genticos

DNA polymorphisms
DNA polymorphisms are specific sites
(locus), in non-coding regions of the
genome, where the precise sequence of
DNA tends to differ in unrelated individuals
These polymorphisms when found in
genes, accounting for the differences in
phenotype, are usually referred as
mutations or variants (alleles)

What is a genetic marker or DNA marker?

A distinctive feature of a genome map


Any polymorphic mendelian character that can
be used to follow a chromosomal segment
through a pedigree. Genetic markers are usually
DNA polymorphisms
Marker- a gene carried by a cloning vector, that codes a distinctive protein and/or
phenotype and so can be used to determine if a cell contains a copy of the cloning vector

DNA repetitivo
(DNA altamente e moderadamente repetitivo)
vs
DNA cpia nica
DNA altamente repetitivo
at 105 cpias/genoma
Ex. mini- e microsatlites, Sines etc.
DNA moderadamente repetitivo
10 a 1000 cpias/genoma
Ex. famlias de genes relacionados (rRNAS, tRNAs,
histonas, cinases etc.)

Famlias Multignicas Simples


ex. genes de rRNAs
Gene de rRNA 5S

1)

DNA intergnico
No Homem h 2000 cpias do gene que codifica rRNA 5S,em tandem no cromossoma 1

2) Gene de 45 S (28 S, 5.8 S, 18 S)


28 S 5.8 S 18 S

28 S 5.8 S 18 S

28 S 5.8 S 18 S

Cromossomas 13, 14, 15, 21, 22

X 50 70/
cromossoma

Composio dos ribossomas eucaritico e bacteriano

Famlias Multignicas Complexas


Agrupadas (clustered or tandem)
Gene clusters de - e -globulina humana

Cromossoma 16

Cromossoma 11

Dispersas
Ex: genes da aldolase que se localizam nos cromossomas 2, 9, 10, 16, 17

Famlias Multignicas
Agrupadas
Simples (ex rRNA)- vrias cpias em tandem no mesmo
cromossoma (rRNA 5S), ou em vrios cromossomas (rRNA
15S, 23S, 5.8S)
Complexas (alfa e beta globulina)- diferentes cpias de
genes que codificam protenas com a mesma funo mas
com algumas diferenas na sua sequncia de aminocidos
As complexas tambm podem ser dispersas (ex gene da
aldolase) que as diferentes cpias do gene se encontram
em cromossomas diferentes.

Sequncias de Insero (IS) e transposes


Grande parte do DNA moderadamente repetitivo pertence a uma classe de elementos
ELEMENTOS MVEIS
So sequncias de DNA mveis que se encontram no genoma de todos os organismos
Transpem-se deixando cpias (da o repetirem-se)
Podem j estar fixas ou ainda terem a capacidade de se transpr
MECANISMO DE TRANSPOSIO
No utiliza a maquinaria de recombinao homloga da clula
e
Podem transpr-se atravs de
intermedirio deDNA ( o caso da maioria dos procariotas)
ou RNA ( o caso da maioria dos eucariotas)
inserindo-se em
sequncias preferenciais ou sem sequncia alvo
Ser leccionado nas aulas de recombinao