Aplicaciones de La Bioinformática Al Diseño de Farmacos

APLICACIONES DE LA BIOINFORMTICA
AL DISEO DE FRMACOS
Diseo basado en estructura
Hugo Gutirrez de Tern

Fundacin pblica Galega de Medicina Xenmica - SERGAS
Guin de las sesiones
Sesin 1 (1.15h)
Introduccin a estructura de protenas
Modelizacin de macromolculas (protenas)
Sesin 2 (1.45h)
Simulaciones moleculares
Diseo de frmacos asistido por ordenador
Prctica (2.30h)
Interaccin frmaco-protena
Guin Sesin 1
Introduccin: Biologa y bioinformtica estructurales
Estructura de protenas
Estructura primaria, secundaria y terciaria
Mtodos experimentales de determinacin de estructuras
Bases de datos estructurales
Alineamientos estructurales
Modelado computacional de protenas
Modelado por homologa
Criterios de calidad de las estructuras
El concurso CASP
Estructuras supramoleculares
Interacciones protena-protena
Programas de docking protena-protena y el concurso CAPRI
Guin Sesin 1
El concurso CASP
GENMICA ESTRUCTURAL
INTRODUCCIN
GENMICA ESTRUCTURAL
INTRODUCCIN
GENMICA ESTRUCTURAL
INTRODUCCIN
Por qu necesitamos conocer su estructura?
Evolucin molecular
Predecir la estructura de otras protenas
Disear e interpretar experimentos de biologa molecular
Prediccin del plegamiento (folding)
Conocer y predecir la funcin de las protenas
Ingeniera de protenas
Diseo de frmacos basado en estructura de diana
GENMICA ESTRUCTURAL
INTRODUCCIN
Evolucin molecular
Aspartil proteasas de P. falciparum (degradacin hemoglobina)
INTRODUCCIN
GENMICA ESTRUCTURAL
Prediccin de estructura de protenas
GPCR (A1AR) modelado a partir

de rodopsina bovina (1F88)
INTRODUCCIN
GENMICA ESTRUCTURAL
Biologa molecular
GPCR (5-HT2A) estdios de mutagnesis

dirigida
GENMICA ESTRUCTURAL
INTRODUCCIN
Plegamiento de protenas
Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1999. 28:31965
INTRODUCCIN
GENMICA ESTRUCTURAL
Inferir Funcin a partir de estructura
Phosphoglycerate kinasa: Por qu es una kinasa?
http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/CSA/
GENMICA ESTRUCTURAL
INTRODUCCIN
Inferir Funcin a partir de estructura
Hemoglobina, misma funcin

Pero diferente secuencia (8% seq ID)
P. marinus
V. stercoraria
PROTEOMA
GENMICA ESTRUCTURAL
PROTEOMA
GENMICA ESTRUCTURAL
Diseo de frmacos a partir de estructura
Diseo de antagonistas de plasmepsina IV como antimalricos
Guin Sesin 1
El concurso CASP
INTROODUCCIN
ESTRUCTURA
ESTRUCTURA PRIMARIA DE PROTENAS
Clasificacin de aminocidos:
Polares: S, T, N, Q
Hidrofbicos: C, M, V, A, L, I, F, Y, W
Bsicos: H, K, R
Acidos: E, D
Kink: G, P
ESTRUCTURA
ESTRUCTURA PRIMARIA
Secuencia polipeptdica y enlace peptdico:
Aminocido: amino + Ca + cido
Enlace peptdico: rgido (180)
R1
OH
NH2
R2
H2N
OH
NH2
R1
3D
R2
OH
N
H
O
ESTRUCTURA
ESTRUCTURA SECUNDARIA
Secuencia polipeptdica se ha de plegar para:
Encontrar conformaciones de baja energa para las cadenas laterales
Satisfacer puentes de hidrgeno (HB) para las cadenas polares
Estructuras compactas, bien empaquetadas

Hlices
hojas-
Paralela
Antiparalela
-Barrel
- hlice: NHi O=i+4

hlice 310:NHi O=i+3
hlice : NHi O=i+5
Loops
ESTRUCTURA
-Hlices
ESTRUCTURA
Hojas-
loop
ESTRUCTURA
Prediccin de estructura secundaria
Topologa: TMHMM, TMAP
Estructura secundaria: PHD, Jpred
ESTRUCTURA
Superficie (surface)
ESTRUCTURA TERCIARIA
Ribbon / Cartoon
ESTRUCTURA
ESTRUCTURA TERCIARIA
Estructura SECUNDARIA
Estructura PRIMARIA
Lig
an
G-prot
Estructura CUATERNARIA
Estructura TERCIARIA
ESTRUCTURA
MOTIVOS
Regiones conservadas en protenas de una familia,

asociadas a la funcin (Ej., stios catalticos)
La conservacin no es perfecta, no se detecta en BLAST
Se mantienen a grandes distancias evolutivas
Bases de datos: PROSITE
[LIVMFGAC]-[LIVMTADN]-[LIVFSA]-D-[ST]-G-[STAV]-[STAPDENQ]-{GQ}[LIVMFSTNC] - {EGK} - [LIVMFGTA]
Expresiones Regulares
[LI]
{GQ}
x
S(2)
Lys Ile
NO Gly Gln
Cualquiera
Ser-Ser
Patterns
Pattern/motif in sequence regular expression
Can define important sites
EXAMPLE:
Insulin
Enzyme catalytic site

B chain xxxxxxCxxxxxxxxxxxxCxxxxxxxxx
Prosthetic group attachment
A chain xxxxxCCxxxCxxxxxxxxCxMetal ion binding site
|
|
Cysteines for disulphide bonds
Protein or molecule binding
From Jennifer McDowal, EBI
Patterns
EXAMPLE: PS00262 Insulin family signature
A chain xxxxxCCxxxCxxxxxxxxCx
|
|
MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLV
EALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGGGPG
AGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN
Patterns
|
|
AGSLQPLALEGSLQKRGIVEQ CCTSICSLYQLENYC N
Patterns
|
|
AGSLQPLALEGSLQKRGIVEQ CCTSICSLYQLENYC N
Regular expression
C-C-{P}-x(2)-C-[STDNEKPI]-x(3)-[LIVMFS]-x(3)-C
Patterns
Sequence alignment
Insulin family
motif
Define pattern
xxxxxx
xxxxxx
xxxxxx
xxxxxx
Extract pattern sequences
Build regular
expression
C-C-{P}-x(2)-C-[STDNEKPI]-x(3)-[LIVMFS]-x(3)-C
Pattern signature
PS00000
Guin Sesin 1
El concurso CASP
ESTRUCTURA
MTODOS EXPERIMENTALES
Cristalografa de rayos X
Resolucin (1-3 )
Estructura esttica
Cristalizacin?
Resonancia Magntica Nuclear (RMN)
Naturaleza dinmica de la protena
Pptidos y pequeas protenas
Criomicroscopa electrnica
Grandes protenas (<= 1500 de dimetro)
Baja resolucin
ESTRUCTURA
Cristalografa de rayos X
Se apoya en programas de mecnica molecular
Resonancia Magntica Nuclear (RMN)

!!
Criomicroscopa electrnica
LO
E
Se apoya en programas de dinmica
OD
molecular
M
n
su
e
o
d
o
T
Sirve como soporte para hacer un modelo
Se ha de validar (simulacin molecular)
PROTEOMA
GENMICA ESTRUCTURAL
Secuencia y estructura de las protenas codificadas:

Finding a resolved structure for a protein is the
exception rather than the rule (LJ Mullan)
N secuencias de proteinas
potenciales
(TrEMBL)
N secuencias de proteinas
(Swiss-prot)
N estructuras 3D de
protenas conocidas exp.
(PDB)
Mayo 2009
< 7,600,000
>450.000
> 65,000
ESTRUCTURA
Bookhaven Protein Data Bank (PDB) http://www.rcsb.org
ESTRUCTURA
Formato PDB
N seq
cadena
Reiduo
HEADER
Atom Type
N tomo
ATOM/HETATM
COORDINATES
Factor
Protein Structure Classification

CATH - Protein Structure Classification
[ http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath_new/ ]
UCL, Janet Thornton & Christine Orengo

Class (C), Architecture(A), Topology(T), Homologous superfamily (H)
SCOP - Structural Classification of Proteins

MRC Cambridge (UK), Alexey Murzin, Brenner S. E., Hubbard T., Chothia C.
created by manual inspection
comprehensive description of the structural and evolutionary relationships
[ http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ ]
MODELIZACIN DE PROTEINAS
ESTRUCTURA
La importancia del alineamiento
El major alineamiento?
El del score ms alto (Aln1)

El que corresponde a un alineamiento
estructural (Aln2)
Edicin manual !!
ESTRUCTURA
Alineamiento estructural
STAMP(http://www.compbio.dundee.ac.uk/Software/Stamp/stamp.html)
PyMol
(http://pymol.sourceforge.net/)
Guin Sesin 1
El concurso CASP
ESTRUCTURA
MODELIZACIN DE PROTENAS
Mtodos ab initio
Toda la informacin est en la secuencia
Representacin simplificada de la protena (simulacin molecular)
Vlido para folding: ROSETA
Reconocimiento del plegamiento
Similaridad en secuencia
Prediccin plegamiento (simulacin molecular)
Threading: THREADER

Se identifica un patrn (template) con homologa > 30%
Se parte de la estructura del template, y se muta a la protena problema
Se refina (simulacin molecular)
Modeller, Sybyl (Tripos), InsightII

(Accelerys), Swiss-Model (www)
ALINEAMIENTO
BSQUEDA DE HOMLOGOS
Homologa
mbito de bsqueda: familia, suprafamilia, inter/intra

especie, base de datos local/internet
Alineamiento Local y Global
Global: Secuencia 1 vs secuencia 2 (Needleman-Wunsch)

Local: Encontrar la mayor similaridad para fragmentos
de secuencia 1 en secuencia x (Smith-Waterman)
motivos
genes
ALINEAMIENTO
BSQUEDA DE HOMLOGOS
BLAST
Basic Local Alignment Search Tool
Velocidad:
Modificacin del algoritmo Smith-Waterman
HSP (high Scoring segment pair), evita gaps
Estadsticos:
Score (S)
Parmetro E (expectation), nmero de alineamientos con el score S
esperable por casualidad en la Db utilizada
Versatilidad:
Base de datos a buscar
Cliente web / instalacin local
Secuencia (nucletido, proteina)
INTROODUCCIN
Bsqueda de homlogos
Secuencia consenso
(+) conservativa
MODELADO POR HOMOLOGA
MODELIZACIN
Modeller
(http://salilab.org/modeller/)
El programa ms popular y utilizado
Protocolo automatizado + flexibilidad y uso avanzado

1.
Alineamiento con base de datos de protenas de estructura conocida
2.
Seleccin del mejor template
3.
Construccin de varios modelos
4.
Refinamiento energtico y validacin
MODELIZACIN
MODELIZACIN
ESTRUCTURA
Calidad estereoqumica
-sheet
-helix
3D
Protein-Protein Complexes: Biology
Docking Predictions of Protein-Protein Interactions
- Life 50.000 protein-protein interactions

- Pivotal role in communication on molecular level
- Protein complexes:
Immune system
Nano-machines
Membrane
Cancer...
Schwikowski, Uetz, Fields, Nature
Biotech. 18, 1257 (2001)
Lysozime-Ab (Fv)
Protein-Protein Complexes: Interface
PACKING, CAVITIES AND SHAPE COMPLEMENTARITY
- Molecular surfaces buried in the

contact have complementary shapes.
- Interior of proteins must be tightly

packed in spite of occasional cavities
- Packing is less tight on the protein
surface
Protein-Protein Complexes: Interface
CHEMICAL AND CHEMICAL-PHYSICAL

PROPERTIES
- Chemical and amino acid composition:

interfaces have less charged groups
compared to the surface of the protein.
- Hydrophobicity: one of the most
relevant issue to the propensity of a
protein surface to interact with a ligand
(groups get dehydrated, increasing
water's contribution to entropy, and finally
favouring association).
- Polar interactions and hydration: longrange electrostatic interactions may play
an active part in the kinetics of
association (take care, specially with
simplified force fields!)... and water is
also part of interfaces!
Guin de las sesiones
Sesin 1 (1.15h)
Introduccin a estructura de protenas
Modelizacin de macromolculas (protenas)
Sesin 2 (1.45h)
Simulaciones moleculares
Diseo de frmacos asistido por ordenador
Prctica (2.30h)
Interaccin frmaco-protena
INTROODUCCIN
Bioinformtica: conceptor bsicos
Estructura terciaria de protenas
Simulacin molecular:
Forcefield o campo de fuerzas
Optimizacin geomtrica/minimizacin energtica
Dinmica molecular
Anclaje de ligandos (docking)
Evaluacin de afinidades (binding)
ESTRUCTURA
MTODOS TERICOS
H2N
3
2
O
OH
CH3
Valina
2
2
3
Interacciones ENLAZANTES
Distancia de equilibrio 1-2

ngulo de equilibrio 1-2-3
Torsional de equilibrio 1-2-3-4
ESTRUCTURA
MTODOS TERICOS
Naturaleza de la estructura molecular y campos de fuerzas
ESTRUCTURA
MTODOS TERICOS
Tipo de tomo y carga parcial
Interacciones NO
ENLAZANTES
O=-0.5
C=0.5
Fuerzas de Van der Waals

Interaccin electrosttica
H=0.2
CT=0.14
N=-0.5
HC=0.06
HC=0.06
H
HO=0.418
OH=-0.683
CT=0.145
OH
HC=0.06
H
N
Serina
ESTRUCTURA
MTODOS TERICOS
Naturaleza de la estructura molecular y campos de fuerzas
ESTRUCTURA
MTODOS TERICOS
Naturaleza de la estructura molecular y campos de

fuerzas
Aplicaciones:
Optimizacin geomtrica (minimizacin energtica)
Bsqueda de conformaciones (bioactivas)
Evaluacin de energa de interaccin entre dos

molculas (scoring)
Dinmica molecular
ESTRUCTURA
MTODOS TERICOS
Bsqueda de conformaciones (bioactivas)
Bsqueda sistemtica (tree search)
O
N
N
OH
ESTRUCTURA
MTODOS TERICOS
Optimizacin geomtrica (o minimizacin energtica)
Diferentes algoritmos para buscar la estructura ms estable

(steepest descendent, congugate gradients)
1.
Variacin geomtrica del sistema (perturbacin)
2.
Evaluacin energtica (Force field)
3.
Aceptacin o rechazo de la perturbacin (direccin)
4.
STOP: si encontramos un mnimo local

Convergencia en mnimo global?
dE
@0
dr
DINAMICA MOLECULAR
ESTRUCTURA
Esta estructura est minimizada (complejo receptor-ligando)

EST CONGELADA ????
MOLECULAR DINAMICS
SIMULATION
t (1fs)
[]
T=0
T=1 fs
T=(t+t) fs
CAMPO DE FUERZAS!
Posiciones (r):
Velocidades
(v):
MOLECULAR DINAMICS
SIMULATION
Modelos de solvatacin
Dielctrico
Esferico
=2
= 80
Vel =
qi q j
r ( r )
Calidad
Velocidad
PBC
MOLECULAR DINAMICS
SIMULATION
Protenas de membrana?
Mecanismo de permeacin de iones en canal de potasio
qvist & Luzhkov, Nature (2000) 404:881
Roux, Biophys. J (2000) 78:2900
Herramientas informticas en el I+D

de medicamentos
Identificacin
de la diana
biolgica
Validacin
de la diana
biolgica
Modelizacin de protenas
Obtencin
de posibles
nuevos
frmacos
Diseo de
frmacos
asistido por
ordenador
Ensayos
clnicos
Control
postlanzamiento
Clculo de propiedades moleculares

QSAR
Simulaciones de molculas biolgicas
Docking protena-ligando
Evaluacin
preclnica
INTROODUCCIN
Diseo de Frmacos Asistido por Ordenador (CADD)
INTROODUCCIN
Modelos moleculares
Mecnica molecular
Mecnica cuntica
INTROODUCCIN
Propiedades moleculares
Mecnica molecular
Mecnica cuntica
Optimizacin geomtrica
Bsqueda conformacional
Clculos energticos
Dinmica molecular (MD)
Propiedades electrnicas
Reactividad Qumica
Reactividad enzimtica
Clculo cargas parciales
Propiedades electrnicas
INTROODUCCIN
2 grandes grupos de CADD
PH
PROTEOMA
GENMICA ESTRUCTURAL
Por qu necesitamos conocer su estructura?
Predecir la estructura de otras protenas
Disear e interpretar experimentos de biologa molecular
Prediccin del plegamiento (folding)
Conocer y predecir la funcin de las protenas
Evolucin molecular
Diseo de frmacos basado en estructura de diana
INTROODUCCIN
Y RALENZA (Glaxo)
INTROODUCCIN
Definicin del sitio de unin
Definicin del modo de unin
Evaluacin de afinidades relativas (scoring)
CADD
STRUCTURE-BASED
Concepts and computational techniques
Protein-Ligand docking
Binding free energy predictions
Molecular simulations (MD, MC)
From qvist group web page

http://xray.bmc.uu.se/~aqwww
DETERMINAR EL MODO DE UNIN
DOCKING
Docking: modo de anclaje

de un ligando en una
macromolcula biolgica
DOCKING
INFORMACIN DE PARTIDA (ESCENARIOS)
(A) Estructura holo de la diana
Varios complejos diana-ligando?

Uno slo?
Naturaleza qumica de ligando
Cavidad / sitio de unin explorado por el ligando
Interacciones dominantes en unin ligando-receptor
Naturaleza qumica de nuestro/s ligandos problema
Docking manual exploracin sistemtica (algoritmos automticos)
DOCKING
(B) Estructura apo de la diana
Flexibilidad del sitio de unin?

Posibilidad de explicar docking de un ligando-tipo?
Tipo de cavidad (hidrofbica, polar)
Exploracin sistemtica (algoritmos automticos)
DOCKING
(C) Modelo por homologa
Calidad del modelo?

Posibilidad de explicar docking de un ligando-tipo?
Datos experimentales (mutagnesis)
Tipo de cavidad (hidrofbica, polar)
Modelos farmacofricos
Exploracin sistemtica (algoritmos automticos)
Simulaciones del modelo / complejos
Mtodos indirectos (QSAR, LBVS)
DOCKING
2 fases (problemas a resolver)

Bsqueda: exahustiva, considerar todas las
opciones plausibles de unirse el ligando a la
protena
Definir la zona de bsqueda
Definir la dimensionalidad del problema
Evaluacin: Qu solucin es la mejor?
Prisma: la naturaleza de asociacin molecular
Margen de error (RMSD, G)
DOCKING
DOCKING
Zona de bsqueda
Acotada por datos experimentales: binding site, mutagnesis,
X-ray
El resto de la protena no existe
Si bscamos la zona de unin: blind docking
DOCKING
Mtodos de bsqueda
Flexibilidad de ligando?
Flexibilidad de protena?
Casi siempre
Casi nunca
Tres tipos de algoritmos:

Construccin incremental
FlexX, DOCK
Monte Carlo (estocstica)
QXP, Autodock2,
ICM
Algoritmos Genticos
Autodock4, GOLD
DOCKING
Construccin incremental DOCK (UCSF)
O
N
N
DOCKING
Esferas de cavidad
(imagen negativa del ligando)
Construccin incremental DOCK (UCSF)
Evaluacin energtica
(grid points)
Posicinado y evaluacin
del ligando
Algoritmos genticos: AutoDOCK (UCSD) y GOLD

CCDC)
DOCKING
Dimensionalidad
Posicin (x, y, z)
Orientacin (qx,qy,qz,qw)
Enlaces rotables (torsional):
Dimensionalidad:
x
z
y
3D
3D
nD
D = 3 + 3 + n; D~10 20
qw = valor
qx rotacin
qz
qy
Y si anotamos cada valor de D en un gen? Creamos un individuo
(Algoritmos genticos)
DOCKING
Algoritmos genticos: AutoDOCK (UCSD) y GOLD

CCDC)
Algoritmos genticos? Dnde estn los genes?

1. Definimos una poblacin aleatoria (50 300 individuos)
2. Existen una serie de GENES: variables de estado (D)
3. Operaciones genticas permitidas:
1. Entrecruzamiento (ABC + abc -> AbC + aBc
2. Mutacin (A -> A*)
4. Evaluar la bondad de cada individuo generado
5. Seleccin (elitismo)
GOLD: Fitness function
DOCKING
1. Definir zona de bsqueda (centro y radio)

2. Deteccin de cavidad
3. Identificacin tomos: HBD, HBA, hidrofbicos (Sybyl atom types)
4. Posiciones iniciales: Posibles satisfacciones HB ligando/receptor
5. Algoritmo gentico + scoring: Determinar la/s solucin/es
Autodock: Grid mapping
DOCKING
1. Ligando: cuntos tipos de tomo tiene? C, A, OA, ND

2. Generamos un mapa de la cavidad con cada uno (map.A, )
3. Mapas extra: cavidad + electrosttico
Autodock: Docking search
DOCKING
N bsquedas independientes = N soluciones

Agrupacin en clusters: criterio de RMSD
Atender a:
Energa ms favorable para unin (menor Gbind)
Poblacin del cluster (probabilidad de encontrar esa
solucin)
CALCULAR LA ENERGA DE UNIN
DOCKING
Kd
DOCKING
DOCKING
Funciones de scoring
Basadas en Force Fields
Autodock
DOCKING
Basadas en estadstica
Chemscore
DOCKING
Basadas en conocimiento (knowledge based)
PMF
MD simulations can be used: during the preparation of the protein receptor before docking, to
optimize its structure and account for protein flexibility; for the refinement of docked
complexes, to include solvent effects and account for induced fit; to calculate binding free
energies, to provide an accurate ranking of the potential ligands; and in the latest
developments, during the docking process itself to find the binding site and correctly dock the
ligand
a priori
INTROODUCCIN
BINDING
Scoring Functions:
G = GpolarNpolar + GlipoNlipo + GrotNrot + G 0
(AUTODOCK)
LIE:
(qvist et al.
Protein Eng 1994;7:385)
G = Vl vdW
s
Vl vdW
s
)+ ( V
el
l s p
Vl el s
)+
FEP:
( L L ')
p
w
Gbind
= Gbind ( L ) Gbind ( L') = Gsol
Gsol
BINDING
LINEAR INTERACTION ENERGY
The Theory: Semiempirical method with strong Physical basis
polar
polar
Gbind = Glnon
+
G
s
l s
Binding calculations
Linear Interaction Energy (LIE)

Methods: Linear Interaction Energy
G = Vl vdW
s
Vl vdW
s
Vl vdW
s
Vl els
)+ ( V
el
l s p
= 0.18
= 0.33/0.37
Vl el s
Vl vdW
s
Vl els
)+
Vl el s
Vl vdW
s
Velocidad vs eficacia
n molculas procesadas
Anlisis basado en ligando

Anlisis quimioteca
(pblica, privada o de
grupo colaborador)
104 - 106
103 - 104
Docking y scoring
Modo de unin
10 - 103
Primer ranking
Dinmicas moleculares
Clculos de G
G = -RTln Ki
Modificacin qumica
(hit lead)
HIT
Experimentacin bioqumica
(afinidad, mutagnesis)
Deteccin
de scaffolds
Primer filtrado
Ranking de
compuestos
SAR (relaciones
estructura-actividad)
Identificacin de residuos
del receptor claves para
interaccin con ligando
EJEMPLOS
1) Localizar el sitio de unin
(Adenosina en receptores de adenosina)
2) Determinar el modo de unin

(peptidomimticos cclicos en proteasa)
3) Evaluar la afinidad relativa

(peptidomimticos en proteasa)
EJEMPLOS


Location of the binding site

NH2
Adenosine = adenine
N
N
CH2OH
N
N
+ ribose
HO
OH
GRID (GROUP module): rigid body docking of ribose

Grid spacing: 1
Grid probes: H (hydrogen), OH2 (water), O1 (hydroxyl O), OC2 (ether O)
polar
acidic
basic
Location of the binding site

Feasibility of the proposed binding site?
Comparison with experimental data:

ribose-enzime complexes from the PDB
Description of each binding site: GRID Independent Descriptors:

O (Hbond acceptor) and N1 (Hbond donor) probes
ALMOND software: correlogram
Comparison of correlograms: Hodgkin similarity index
EJEMPLOS


Plm IV structure
Plm IV has xray deposited structure (PDB code 1LS5)
What are the new features of the Plm IV binding site?

How can be this exploited for the lead optimization process?
flexible-loop
flap-loop
Pro-loop
Plm IV / II : conformationaly constrained ligands
Macrocyclic ligands
Cyclic from P1 to P2'
and from P1 to P2
making 17 and 13 member rings
total of four ligands
HO
N
H
OH O
O
H
N
N
H
OH O
68
OH O
OH O
67
H
N
OH

Compound design & synthesis
Evaluation of affinities (PMII & PMIV)
Automatic docking:
4 comp*2 proteins: CONSENSUS!
MD simulations & computation of affinities
SAR, selectivity, drug design
HO
N
H
OH O
O
H
N
N
H
OH O
68
OH O
OH O
67
H
N
OH
PROTEOMA
GENMICA ESTRUCTURAL
Diseo de frmacos a partir de estructura
Diseo de antagonistas de plasmepsina IV como antimalricos
OH O
O
N
H
H
N
OH
OH O
67
Compound 6: Ki (PMIV)= 200 nM

Compound (E) 5: Ki (PMIV)= 6.2 M
This
was not observed in PM II !
Nor experimentally, neither in MD
EJEMPLOS


9 compounds
9 activities
flexible-loop
Same binding mode?

SAR?
Selectivity PMII/PMIV?
PROTEASES
Diol-like Plm IV inhibitors
flexible-loop
PlmII PlmIV selectivity
Gutirrez de Teran et al, Biochemistry, 2006, 45:10529
INTROODUCCIN
2 grandes grupos de CADD
PH
Computacin molecular en I+D de medicamentos
Mtodos
indirectos
(x semejanza)
Potenciales de Interaccin Molecular
DESCRIPTORES
Lo potenciales de interaccin molecular (MIP) constituyen herramientas

tiles para el estudio de las capacidades de interaccin de
biomolculas (no requieren conocimiento explicito sobre la contraparte
biolgica).
Se definen como energas de
interaccin entre la molcula
estudiada y sondas qumicas
apropiadas. Dichas energas se
acostumbran a calcular en los
nodos de una red 3D definida
alrededor de la molcula
generando distribuciones/campos
de MIPs (MIF)
Eijk = E EL + E LJ + ( E HB )
DESCRIPTORES
Sondas habituales en el clculo de MIPs

DRY. Indica las capacidades de interaccin hidrofbica
O. Oxigeno carbonilico que indica las capacidades

de donar puentes de H
N1. Nitrgeno amdico que indica las capacidades de

aceptar puentes de H
Modelos 3D-QSAR
DESCRIPTORES
axb
axb
axb
axbxc
Actividades
biolgicas
MIPcalculadosenm
puntosconlasondaX
MIPcalculadosenlosm
puntosconotrasonda
MIPcalculadosenlosm
puntosconlaltimasonda
X1X2Xm
Z1Z2Zm
Compuesto1
Compuesto2
Compuesto3
Compueston
Y1
Y2
Y3
Yn
X11X21Xm1
X1nX2nXmn
Z11Z21Zm1
Z1nZ2nZmn
Mediante anlisis PLS se obtienen modelos 3D-QSAR
DESCRIPTORES
Relaciones estructura-actividad basadas en

descriptores MIP
CoMFA (Tripos Inc.)
GRID-GOLPE (MIA srl)
El problema del alineamiento molecular:

los modelos obtenidos son muy sensibles a la posicin relativa
de las molculas estudiadas en la caja en la que se calculan
los MIPs.
Similaridad molecular
DESCRIPTORES
El problema del alineamiento molecular

Se puede abordar cuando:
- las molculas estudiadas comparten un esqueleto
comn y incorporan slo sustituyentes
relativamente pequeos
- se dispone de las conformaciones y posiciones
relativas que las molculas estudiadas adoptan al
acoplarse en la diana biolgica que comparten
DESCRIPTORES
Molculas con un esqueleto comn
Modelos 3D-QSAR
DESCRIPTORES
Anlisis estadstico multivariante: PLS (Partial Least Squares)

Correlacin descriptores vs actividad experimental (modelos explicativos)
Clculo de nuevas actividades a partir de descriptores (modelos predictivos)
MOL
Ki(obs) Ki(calc)
d1 d945
C1
C283
DESCRIPTORES
Independencia de alineamiento
DESCRIPTORES
Relaciones estructura-actividad
basadas en descriptores MIP
CoMFA (Tripos Inc.)
GRID-GOLPE (MIA srl)
Un problema crucial: el alineamiento molecular
Una posible solucin: la aproximacin GRIND/ALMOND
DESCRIPTORES
Los correlogramas de GRIND son representaciones 2D en las que a

cada distancia se le asocia el mayor producto de MIPs favorables que
se hallan a dicha distancia.
Cada fila
corresponde a
uno de los
compuestos y
contiene los
productos de
MIPs ordenados
por distancias y
sondas
auto-correlograma
cross-correlogram
N1-O
compuestos
N1-N1
DESCRIPTORES
Si se usan 3 sondas se obtienen 6 correlogramas para cada compuesto:
DRY-DRY
O-O
N1-N1
DRY-O
DRY-N1
O-N1
Estos espectros o vectores son independientes de la posicin de cada

compuesto en la caja en la que se calculan los MIFs
DESCRIPTORES
Feasibility of the proposed binding site?
Comparison with experimental data:

ribose-enzime complexes from the PDB
Description of each binding site: GRID Independent Descriptors:

O (Hbond acceptor) and N1 (Hbond donor) probes
ALMOND software: correlogram
Comparison of correlograms: Hodgkin similarity index
Quimiogenmica
Enfermedad
Informacin
clnica
Sistemas
Dianas
Frmacos
Estrategias
Informacin
mica quimiogenmicas
Informacin
qumica
Bsqueda de ligandos y de dianas
VIRTUAL SCREENING
Traditional Medicinal Chemistry

Target
Bibliography
Docking
Lead compound
T.O.
Synthesis
Pharmacophore
(...)
Library
Actives / Inactives
Chemogenomics approach
1. Virtual Screening
COMPOUND
HIT
GPCR (1)
GPCR (...)
A1 AR
H3_R
AA2 R
5HT3_R
GPCR (86)
Chimiotheque_1
Chimiotheque_2
Chimiotheque_(...)
Chimiotheque_10 x
2. (High Throughput) Screening

3. Medicinal Chemistry
LEAD
Lead optimization
LIGAND-BASED
VIRTUAL SCREENING
Similarity of database molecules with a reference ligand

Good discrimination actives/decoys
Poor Ranking
2D or 3D similarity based methods (J Chem Inf Model, 2007, 47:1504)
3D-based: Openeye pipeline (www.eyesopen.com)
database (2D)
conformers (3D)
Overlay with
Reference compound
Rank (shape
and electrostatics)
LIGAND-BASED
VIRTUAL SCREENING
Nuevos esqueletos con afinidad por receptor 5-HT2A
pKi = 5.8
pKi = 8.3

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APLICACIONES DE LA BIOINFORMTICA

Hugo Gutirrez de Tern

Guin de las sesiones

Introduccin a estructura de protenas

Modelizacin de macromolculas (protenas)

Diseo de frmacos asistido por ordenador

Introduccin: Biologa y bioinformtica estructurales

Estructura primaria, secundaria y terciaria

Mtodos experimentales de determinacin de estructuras

Bases de datos estructurales

Modelado computacional de protenas

Modelado por homologa

Criterios de calidad de las estructuras

Programas de docking protena-protena y el concurso CAPRI

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Criterios de calidad de las estructuras

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Por qu necesitamos conocer su estructura?

Predecir la estructura de otras protenas

Disear e interpretar experimentos de biologa molecular

Prediccin del plegamiento (folding)

Conocer y predecir la funcin de las protenas

Diseo de frmacos basado en estructura de diana

Aspartil proteasas de P. falciparum (degradacin hemoglobina)

Prediccin de estructura de protenas

GPCR (A1AR) modelado a partir

GPCR (5-HT2A) estdios de mutagnesis

Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1999. 28:31965

Inferir Funcin a partir de estructura

Phosphoglycerate kinasa: Por qu es una kinasa?

Inferir Funcin a partir de estructura

Hemoglobina, misma funcin

Diseo de frmacos a partir de estructura

Diseo de antagonistas de plasmepsina IV como antimalricos

Introduccin: Biologa y bioinformtica estructurales

Estructura primaria, secundaria y terciaria

Mtodos experimentales de determinacin de estructuras

Bases de datos estructurales

Modelado computacional de protenas

Modelado por homologa

Criterios de calidad de las estructuras

Programas de docking protena-protena y el concurso CAPRI

ESTRUCTURA PRIMARIA DE PROTENAS

Secuencia polipeptdica y enlace peptdico:

Aminocido: amino + Ca + cido

Enlace peptdico: rgido (180)

Secuencia polipeptdica se ha de plegar para:

Encontrar conformaciones de baja energa para las cadenas laterales

Satisfacer puentes de hidrgeno (HB) para las cadenas polares

Estructuras compactas, bien empaquetadas

- hlice: NHi O=i+4

Prediccin de estructura secundaria

Topologa: TMHMM, TMAP

Estructura secundaria: PHD, Jpred

Regiones conservadas en protenas de una familia,

La conservacin no es perfecta, no se detecta en BLAST

Se mantienen a grandes distancias evolutivas

Bases de datos: PROSITE

[LIVMFGAC]-[LIVMTADN]-[LIVFSA]-D-[ST]-G-[STAV]-[STAPDENQ]-{GQ}[LIVMFSTNC] - {EGK} - [LIVMFGTA]