BIOLOGIA MOLECULAR CURSOS: FARMCIA NOTURNO E BIOMEDICINA

DEPARTAMENTO DE BIOQUMICA E IMUNOLOGIA

PROFESSORA RAFAELA FERREIRA
GD3 - Sequenciamento de genoma e medicina personalisada; Biologia molecular no diagnstico
de doenas; Tcnicas de estudo de proteoma

1. De maneira geral, quais so etapas envolvidas no sequenciamento de um genoma?

2. Compare as bibliotecas genmicas e de cDNA quanto ao material de origem e ao preparo das
mesmas.
3. Os vetores BAC e YAC so teis no preparo de bibliotecas genmicas.
a.Qual a vantagem de utilizar estes vetores, quando comparados aos plasmdeos?
b. possvel sequenciar diretamente os fragmentos de DNA incorporados em um BAC?
Explique.
4. Para cada um dos objetivos abaixo, seria mais adequado empregar bibliotecas genmicas, de
cDNA, ou ambas? Explique indicando porque um dos tipos de biblioteca seria inadequado.
a.Expressar todas as protenas de um organismo
b. Avaliar sequncias consenso de promotores de um organismo
c. Determinar qual proporo de xons e ntrons em um organismo
d. Comparar o perfil de expresso proteica em clulas distintas
5. Tcnicas de sequenciamento de nova gerao permitem analisar genomas de pacientes com
cncer, fornecendo interessantes perspectivas para a terapia personalisada.
a.Compare os mtodos de amplificao utilizados para diferentes estratgias de
sequenciamento.
b. Cite vantagens dessas tcnicas em relao ao sequenciamento de Sanger e ao
sequenciamento automtico em capilar.
c. Explique como estas tcnicas podem auxiliar na definio da melhor terapia para um
paciente.

6. As seguintes tcnicas de biologia molecular podem ser empregadas em diagnstico e

prognstico de doenas. Explique como cada tcnica pode ser empregada.
a.PCR
b. PCR quantitativo (ou PCR em tempo real)
c. Sondas de DNA
d. Sequenciamento de DNA
As situaes abaixo so frequentemente encontradas quando se trabalha com protenas.
Que tcnicas poderiam ser empregadas para resolver estas situaes? Para cada caso, cite a
tcnica e explique BREVEMENTE seus fundamentos.
7. Utilizando uma coluna de cromatografia de gel filtrao na etapa inicial de purificao de
uma protena, a mesma permaneceu misturada com outras de massa molecular semelhante.
8. Deseja-se conferir se a sequncia de aminocidos da protena corresponde a sequncia
esperada.
9. Ao realizar uma eletroforese SDS-PAGE estimou-se a massa molecular da protena. No
entanto, deseja-se determinar a massa molecular exata.
10. Deseja-se determinar a localizao da protena na clula.
11. Sabe-se que o perfil de expresso de protenas varia de acordo com o tipo celular. Como
comparar as protenas expressas por duas clulas?
12. Para planejar inibidores que interajam no stio ativo de uma protena, deseja-se determinar
sua estrutura tridimensional. (Neste tem, ao invs de descrever os fundamentos das tcnicas,
cite vantagens e desvantagens de cada mtodo)
13. Cite trs tcnicas que podem ser empregadas na determinao de interaes protenaprotena, explicando seus fundamentos.
14. Diversos tipos de cromatografia podem ser empregados na purificao de protenas,
incluindo tcnicas de gel filtrao, troca inica, afinidade e HPLC.
a. Que caractersticas todos esses processos tem em comum?
b. O que diferencia essas tcnicas.

15. A partir de anlises protemicas e comparao com bancos de dados de compostos

bioativos cujo mecanismo de ao j era conhecido, determinou-se que o composto BNS-22
um inibidor cataltico da enzima topoisomerase-2. Para verificar se h interao direta entre o
composto BNS-22 e TOP2, realizou-se o seguinte experimento:
a.A enzima foi incubada em uma soluo contendo resina cromatogrfica (associada
covalentemente a BNS-22 ou no)
b. Aps o perodo de incubao, a resina foi separada da soluo de incubao e foi lavada com
uma soluo tampo (incapaz de promover a possvel associao entre a enzima e os
compostos).
c. A resina foi ento transferida para uma coluna cromatogrfica e aplicou-se uma soluo capaz
de eluir TOP2.
Este experimento foi realizado vrias vezes, em diferentes solues de incubao (1-3). Nas
condies 2 e 3 a resina foi ligada covalentemente a BNS-22, enquanto na condio 1 a resina
no estava ligada a esta molcula. As condies 2 e 3 diferem quanto a presena ou ausncia
de altas concentraes de BNS-22 na soluo de incubao, conforme indicado na figura
abaixo.
As fraes obtidas por cromatografia, para cada uma das condies descritas, foram
aplicadas num gel de poliacrilamida, as protenas foram transferidas para uma membrana de
nitrocelulose e realizou-se a tcnica de Western-Blot, permitindo verificar a presena de TOP2
na frao cromatogrfica.

Com base no resultado observado no gel possvel concluir que TOP2 interage diretamente
com BNS-22? Explique, explicando o perfil observado nas colunas 1 a 3.