Block 5 Assignment

Name : Karolina Chandra

Student Number : 0481001076
Title : Penyambungan RNA (Splicing) Pasca Transkripsi
Due Date : March, 23rd 2009
Score :
Statements/Topics : DNA, RNA and Protein Synthesis
 DAFTAR ISI

Daftar Isi........................................................................................................... x
Pendahuluan...................................................................................................... 1
Isi...................................................................................................................... 2
Kesimpulan....................................................................................................... 6
Daftar Pustaka................................................................................................... 7
 1. Pendahuluan

Kromosom tersusun atas nukleoprotein, yaitu suatu persenyawaan antara asam

nukleat dan protein (histon atau protamin). Terdapat dua jenis asam nukleat, yaitu
DNA dan RNA. Asam nukleat terdapat dalam semua jenis sel dan mempunyai
peranan yang sangat penting dalam biosintesis protein.
DNA atau asam deoksiribonukleat tersusun atas gula deoksiribosa, fosfat dan
basa. Tulang punggung heliks itu tersusun atas dua rantai unit gula (S) – fosfat (P)
yang berselang-seling. Gugus fosfat menghubungkan gula-gula yang bersebelahan
dengan ikatan fosfodiester dari posisi 3’ salah satu gula ke posisi 5’ gula yang
satunya lagi. Ada 2 pasangan basa, yakni purin (adenine dan guanine) dan pirimidin
(timin dan sitosin).
Molekul RNA terutama berfungsi dalam sintesis protein. Bentuk RNA yang
berperan sebagai pembawa pesan yang membawa informasi berupa instruksi yang
dikodekan oleh DNA, menuju situs-situs sintesis protein di ribosom dalam sel
dinamakan RNA messenger (mRNA). Ribosom mengandung sebuah kelas khusus
RNA yang disebut RNA ribosomal (r-RNA) yang menyusun sebagian besar RNA
seluler. Jenis RNA ketiga, disebut RNA transfer (t-RNA), melekat ke asam-asam
amino dan saat sintesis protein membawa molekul tersebut ke posisi yang tepat
bersama asam amino lainnya dengan menggunakan kompleks mRNA ribosom
sebagai cetakan (template).
Sintesis protein terjadi melalui dua tahap, yaitu transkripsi dan translasi.
Transkripsi adalah pencetakan mRNA oleh DNA di dalam nukleus. Translasi adalah
penerjemahan kode yang dibawa mRNA oleh t-RNA ke dalam urutan asam amino
dan terjadi di sitoplasma. Akan tetapi, sebelum RNA meninggalkan nukleus sebagai
mRNA, transkrip RNA aslinya, yang disebut pra mRNA, diproses dalam berbagai
cara oleh enzim sebelum meninggalkan nukleus sebagai mRNA. Gen pra mRNA
memiliki tiga segmen yang berisi daerah pengkode, disebut ekson, yang dipisah oleh
daerah bukan pengkode, yang disebut intron, dan primer. Pada ujung-ujung ekson
mRNA mencakup daerah bukan pengkode (leader dan trailer), tempat diletakkannya
tutup dan ekor. Tahap yang paling mengagumkan dari pemrosesan RNA di dalam
nukleus eukariotik adalah pemindahan sebagian besar molekul RNA yang mula-mula
disintesis (pekerjaan potong dan tempel) yang disebut penyambungan RNA (RNA
splicing), yang memotong intron dan menyambung ekson menjadi satu.

2. Isi

Pada pemrosesan RNA messenger oleh enzim-enzim di dalam nukleus eukariot,

ada beberapa proses yakni pembelahan pre-mRNA menjadi mRNA, pergantian
ujung-ujung molekul RNA dan pemisahan gen serta penyambungan RNA.

Pembelahan pre-mRNA menjadi mRNA

Pembelahan termasuk dalam konversi pre-mRNAs menjadi mRNAs yang
sering kali diikuti pemindahan leader sequences (urutan dari ujung 5’ sampai kodon
inisiasi translasi) dan noncoding sequences (intervening sequences or introns yang
berada di antara coding sequences). Masing-masing gen transkrip dapat melakukan
beberapa atau seluruh tipe proses tersebut. Tidak semua mRNA mengandung 5’cap
dan tidak semuanya mengandung poly-A.
Sebagian besar RNAs nonribosom yang disintesis dalam nukleus sel eukariot
mengandung sebagian besar molekul yang berbeda ukurannya. RNA ini disebut RNA
inti heterogen (hnRNA). Proses cepat pada hnRNA besar atau molekul pre-RNA
dalam nukleus terjadi setelah hasil transkripsi jelas kelihatan dalam: 1) sebagian besar
RNA nonribosom yang disintesis dalam nukleus menurun dengan cepat; 2) susunan
molekul mRNA yang lebih kecil dipindahkan menuju sitoplasma.
RNA polimerase mentranskripsi intron maupun ekson dari DNA, yang
menciptakan molekul RNA yang terlalu besar. Tetapi pra mRNA ini tidak pernah
meninggalkan nukleus. Molekul mRNA yang memasuki sitoplasma merupakan versi
ringkas dari transkrip primernya. Intron dipotong dari molekul dan ekson bergabung
menjadi satu membentuk suatu molekul mRNA dengan urutan pengkode yang
kontinu.

Pergantian ujung-ujung molekul RNA

Setiap ujung molekul pra mRNA dimodifikasi dengan cara tertentu. Ujung 5’,
ujung yang pertama dibuat selama transkripsi, segera ditutup dengan bentuk
nukleotida guanine yang termodifikasi, yakni 7-methyl guanosin (mRNA “caps”).
Ujung 5’ ini memiliki sedikitnya 2 fungsi penting. Pertama, ujung ini melindungi
mRNA dari perombakan (degradasi) dari enzim hidrolitik. Kedua, setelah mRNA
mencapai sitoplasma, ujung 5’ ini berfungsi sebagai tempat pelekatan untuk ribosom.

Ujung lain molekul mRNA, ujung 3’, juga dimodifikasi sebelum pesannya
meninggalkan ‘nucleus. Pada ujung 3’ ini suatu enzim menambahkan ekor poli(A)
yang terdiri atas 30 hingga 200 nukleotida adenine. Seperti tutup 5’, ekor poli(A) ini
menghambat (menginhibisi) degradasi RNA dan membantu ribososm melekat
padanya. Ekor poli(A) ini tampaknya juga mempermudah ekspor mRNA dari
nukleus.
 Perpindahan rantai intron melalui penyambungan RNA
Penamaan subscibps mengidentikasikan frekuensi dari basa umum tiap-tiap
posisi. Nitrogen mengindikasi bahwa sebagian dari 4 standar nukleotida yang
ditunjukkan pada posisi yang diindikasi. Hanya satu urutan pendek yang ada di dalam
intron gen inti yang disebut kotak TACTAAC. Sisa adenin pada posisi enam dalam
TACTAAC box lengkap dan diketahui untuk menentukan petunjuk dari reaksi
penyambungan. Urutan sisa intron pada sebagian besar gen inti sangat berbeda dan
muncul secara acak.

Pemisahan Gen dan Penyambungan RNA

Panjang rata-rata unit transkripsi di sepanjang molekul DNA eukariotik adalah
sekitar 8000 nukleotida, sehingga transkrip RNA primer juga sepanjang itu. Tetapi
hanya dibutuhkan kira-kira 1200 nukleotida untuk mengkode protein yang ukuran rat-
ratnya 400 asam amino. Ini berarti sebagian besar gen eukariotik dan transkrip RNA
nya memiliki rentangan nukleotida bukan pengkode, daerah yang tidak ditranslasi.
Dengan kata lain, urutan nukleotida DNA yang mengkode polipeptida eukariotik
tidak kontinu. Segmen-segmen asam nukleat bukan pengkode yang terletak di antara
daerah pengkode disebut urutan penyela, atau disingkat intron. Daerah lain disebut
ekson, karena daerah ini akhirnya diekspresikan, artinya ditranslasi menjadi urutan
asam amino.
Setelah gen eukariotik yang mengandung ekson dan intron ditranskripsi, ada
sinyal-sinyal untuk penyambungan RNA yang merupakan urutan nukleotida pendek
pada ujung-ujung intron. snRNA yang tidak berdiri sendiri sebagai molekul RNA
bebas, akan bekeja sama membentuk protein RNA inti yang kecil yang disebut
snRNP. Partikel snRNP inilah yang mengenali tempat-tempat penyambungan ini.
Karena itu, transkrip RNA bergabung dengan ribonukleoprotein nukleus kecil
(snRNP) dan non-snRNP termasuk anggota famili protein kaya serin/arginin untuk
membentuk kompleks makromolekuler yang disebut spliceosome, yang hampir
sebesar ribosom. Spliceosome ini berinteraksi dengan tempat-tempat penyambungan
pada ujung intron. Spliceosome ini terpotong pada titik-titik spesifik untuk melepas
intronnya, kemudian segera bergabung bersama kedua ekson yang mengapit intron
tersebut.
RNA polymerase (RNAP) IIO, bukan RNAP IIA, ditemukan berhubungan
dengan faktor penyambungan (splicing), dan isoform ini juga ditemukan dalam
spliceosome. Hiperfosforilasi carboxy-terminal domain (CTD) pada elongasi RNAP
II berperan dalam splicing, berperan sebagai penunjuk faktor yang diperlukan untuk
transkripsi dan sebagai tempat dimana terjadi proses pengikatan. Terikatnya RNA
polymerase kesius promotor bergantung pada jumlah TF (faktor transkripsi yang
melekat pada situs promotor dan merangsang RNA polrmerase untuk berikatan
dengan situs promotor), seperti kompleks TF IID yang terdiri dari asam amino TATA
yang terletak -20 sampai -40 dari situs awal transkripsi membantu TF-TF lain yang
dibutuhkan untuk inisiasi sintesis RNA. TF dan RNA polymerase bersama
membentuk kompleks pra-inisiasi meghasilkan transkripsi tingkat dasar (pra-mRNA,
yang mengandung ekson intron). Induksi bagi transkripsi tingkat tinggi keberadaan
aktivator transkripsi (TA) seperti Ctf, Sp1, dan Oct-1 menyebabkan DNA
melengkung balik sehingga protein aktivator dapat berinteraksi dengan kompleks pra-
inisiasi dan memberi sinyal kepada RNA polymerase untuk memulai sintesis RNA
tingkat tinggi, yaitu pra-mRNA diubah menjadi mRNA dengan cara pemotongan
intron-intron dan penyambungan exon-exon oleh enzim spliceosome (mengandung 4
small nuclear ribonucleoprotein particle) yang terdapat dalam nukleus.
Lima snRNAs dinamakan U1, U2, U4, U5 dan U6 merupakan komponen
spliceosome. snRNA U1, U2 dan U5 menunjukkan 3 partikel snRNP yang berbeda,
masing-masing mengandung snRNA tunggal. snRNA U4 dan U6 bersama-sama
dalam snRNP keempat. Tahap penyambungan pre-mRNA inti meliputi tahap pertama
yaitu pembelahan pada ujung 5’ intron dan susunan fosfodiester molekular berada di
antara 5’rantai karbon G pada sisi pembelahan dan 2’rantai karbon konserve sisa A di
dekat ujung 3’ intron. Tahap ini terjadi pada spliceosome kompleks dan
membutuhkan hidrolisis ATP. snRNA kedua akan ditambahkan pada penyambungan
komplek yang menjadi snRNP U2 yang diikat pada urutan konsensus yang
mengandung 100% residu A. Pada akhirnya U5 snRNPs berikatan pada daerah
penyambungan 3’ dan U4 atau U6 snRNP akan bertambah dan berkembang menjadi
spliceosome yang lengkap.
Pada tahap kedua reaksi penyambungan daerah penyambungan 3’ intron
dibelah dan dua ekson digabungkan dengan penyambungan fosfodiester 5’-3’.
Setelah itu spliceosome pecah sehingga melepaskan mRNA yang sudah dipotong, dan
siap untuk dikirimkan menuju sitoplasma dan melanjutkan proses translasi pada
ribosom.

3. Kesimpulan

RNA messenger pada eukariot berasal dari transkrip gen primer RNA yang
melalui beberapa tipe proses, antara lain:
1. Pembelahan sebagian besar mRNA prekursor (pre-mRNAs) menjadi molekul
mRNA yang lebih kecil.
2. Penambahan kelompok 7-methyl guanosin (mRNA “caps”) pada ujung 5’ molekul.
3. Penambahan kira-kira 200 nukleotida panjang yang merupakan urutan nukleotida
adenilet (“poly-A tails”) pada ujung 3’ molekul.
4. Melengkapi formasi atau susunan dengan protein yang spesifik.

Splicing RNA terjadi di spliceosome. Di dalam spliceosome, RNA dari snRNP

tertentu membentuk pasangan basa dengan nukleotida di ujung-ujung intron.
Kemudian transkrip RNA dipotong untuk melepaskan intron, dan ekson disambung
menjadi satu. Spliceosome kemudian pecah, melepaskan mRNA yang sekarang hanya
mengandung ekson, dan akan dibawa ke sitoplasma untuk ditranslasi.
 Daftar Pustaka

Akhyar, M. Salman. Biologi untuk SMA kelas III jilid 3A. 2006. Bandung : Penerbit
Grafindo Media Pratama
Campbell, et al. Biologi Edisi Kelima Jilid 1.2007. Jakarta : Erlangga
Splicing transcription.html
Was taken from : http://www.biology-
online.org/articles/rna_polymerase_ii_integration/splicing_transcription.html
Splicing.html
Was taken from : http://svmcompbio.tuebingen.mpg.de/splicing.html
Transcription ani.html
Was taken from : http://nobelprize.org/educational_games/medicine/dna/b/
transcription/transcription_ani.html