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nlisis microbiolgico en la
industria agroalimentaria.
Ponente: Jos Luis Parra Montoya
Responsable Tcnico del Departamento de Microbiologa y Fitopatologa de Laboratorios Fitosoil
Cdigo: FC14064MT0001
J o s L u i s P a r r a M o nt o ya
R e sp o n sa b l e T c n i c o d e l D e p a r t a m e n t o d e M i c r o b i o l o g a y F i t o p a t o l o g a d e L a b o r a t o r i o s F i t o so i l S . L
Introducin.
El temario especfico de microbiologa gira en torno a tres pilares bsicos:
-
Adicionalmente, a los laboratorios actuales se les exige que trabajen dentro de esquemas de
normalizacin. Por ello, los aspectos tratados en el curso se ligarn directamente con las normas
internacionales ms importantes para el desarrollo de la actividad analtica en microbiologa.
De modo general, los conceptos se han expuesto de un modo eminentemente prctico, orientado a las
situaciones reales ms frecuentes en laboratorio.
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ndice.
1. Tipos de microorganismos controlados por legislacin .......................................................................... 4
1.1. Organismos mencionados en la legislacin. ..................................................................................... 4
1.2. Legislacin en la industria alimentaria. ............................................................................................ 5
2. Tcnicas bsicas en microbiologa clsica. .............................................................................................. 7
2.1. Descubriendo las bacterias. ............................................................................................................. 7
2.2. Medios de cultivo. ............................................................................................................................ 7
2.3. Flujo de trabajo en el laboratorio de microbiologa. ........................................................................ 9
2.4. Mtodos normalizados y alternativos. ........................................................................................... 12
2.5. Tipos de tcnicas en microbiologa tradicional. ............................................................................. 13
2.6. Algunas tcnicas normalizadas. ..................................................................................................... 15
3. Microbiologa rpida. ............................................................................................................................ 16
3.1. Mejora del flujo de trabajo. ........................................................................................................... 16
3.2. Galeras de identificacin. .............................................................................................................. 17
3.3. Nmero ms probable miniaturizado. ........................................................................................... 18
3.4. Medios cromognicos. ................................................................................................................... 18
4. Tcnicas moleculares. ........................................................................................................................... 20
4.1. ELISA. ............................................................................................................................................. 20
4.2. Reaccin en cadena de la polimerasa (PCR). .................................................................................. 21
5. Matrices con inters analtico en la industria agroalimentaria. ............................................................ 25
6. Muestreo segn legislacin .................................................................................................................. 26
7. Ejemplos de informes de laboratorio de matrices de inters ............................................................... 29
8. Visita a las instalacionesde Fitosoil. ...................................................................................................... 30
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Virus.
Bacterias.
Hongos.
Helmintos.
Organismos indicadores.
Organismos patgenos.
Los organismos patgenos causan enfermedad por s mismos. Por ello, no se tolera su presencia
(ausencia en la matriz -alimento, agua...- analizada).
Respecto a los organismos indicadores, no causan enfermedad por s mismos, pero si se encuentran
presentes indican una matriz contaminada y, por tanto, un riesgo potencial. En ciertas matrices pueden
indicar contaminacin mientras que en otras pueden ser de origen ambiental. La legislacin suele
marcar lmites numricos (recuentos) para ellos, del tipo <100 bacterias por gramo de producto.
Pero, por qu se analizan unos microorganismos y no otros? Los organismos analizados en el
laboratorio renen las siguientes caractersticas:
Importancia sanitaria
Presencia de
legislacin
Autocontrol
Sistemas de
calidad
definidos
interna o
externamente
Lmites
microbiolgicos
posibles
Presencia de
puntos crticos
Disponibilidad de la tcnica
Coste relativamente bajo
Diana factible
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Tienen un origen comn al de los patgenos asociados y/o necesitan las mismas condiciones
(humedad, temperatura) para su supervivencia o proliferacin.
Al contrario que los patgenos, su nmero es elevado ( son ms fciles de detectar).
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Matriz
Legislacin / Comentarios
Fertilizantes
Sustratos de cultivo
Agua de riego
Alimentos (materia
prima y producto
terminado)
Superficies de trabajo
Ambiente
(contaminacin
ambiental)
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Medio de
cultivo
Tiempo de
incubacin
Temperatura
de
incubacin
UNE-CEN ISO/TS 11133-1:2009. Microbiologa de los alimentos para consumo humano y animal.
Gua para la preparacin y produccin de medios de cultivo. Parte 1: Directrices generales para
el aseguramiento de la calidad para la preparacin de medios de cultivo en el laboratorio.
UNE-CEN ISO/TS 11133-2:2006. Microbiologa de los alimentos para consumo humano y animal.
Gua para la preparacin y produccin de medios de cultivo. Parte 2: Gua prctica para las
pruebas de rendimiento de medios de cultivo
Cuantitativos
Se evala de modo numrico la respuesta de un medio al crecimiento de una o varias cepas (por
ejemplo, nmero de colonias que aparecen sobre l respecto al valor de referencia asignado a la cepa
inoculada)
Semicuantitivos
Evaluacin del crecimiento (o de su inhibicin) en un medio dado para una determinada cepa o cepas
a partir de una escala de valor cualitativa predeterminada (por ejemplo para un caldo de cultivo, turbidez nula, media o elevada-, o numrica pero no referenciada a ufc).
Cualitativos
Evaluacin del crecimiento o alguna propiedad asociada a l de una o varias cepas sobre un medio
respecto a un valor esperado (morfologa de las colonias, expresin de determinada caracterstica
bioqumica, presencia de gas o turbidez)
Productividad
Cantidad de un microorganismo que crece sobre un medio respecto al valor de referencia o a un valor
esperado
Selectividad
Capacidad de un medio para inhibir el crecimiento de un microorganismo no diana
Especificidad
Capacidad de un medio para discernir entre el crecimiento del microorganismo diana y otros
Esterilidad
Ausencia de Crecimiento Microbiano (ACM) tras determinadas condiciones de incubacin (tiempo,
temperatura definidos)
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Muestreo
Recepcin y
conservacin
Anlisis
Emisin de
resultados
Envase apropiado
Condiciones de transporte
Asignacin de n de laboratorio
Conservacin adecuada (ej. 4-8 C)
Anlisis de muestras
Controles de calidad asociados a los ensayos
Control de resultados
Emisin y comunicacin de informe
Gestin de residuos
Todas las etapas deben disearse teniendo en cuenta tanto la legislacin vigente como las normas
a las que sta con frecuencia hacen referencia.
El muestreo, aunque no se considera estrictamente una actividad intralaboratorio, es una de las
etapas que ms incertidumbre aporta al proceso de medida y, por ello, la legislacin suele hacer
referencia a que se realice de acuerdo a normas internacionales, como normas ISO (www.iso.org).
As por ejemplo para alimentos:
-
Norma EN-UNE ISO/IEC 6887-1: Microbiologa de los alimentos para consumo humano y
animal. Preparacin de las muestras de ensayo, suspensin inicial y diluciones decimales
para examen microbiolgico. Parte 1: Reglas generales para la preparacin de la suspensin
inicial y las diluciones decimales.
Norma EN-UNE ISO/IEC 6887-1: Microbiologa de los alimentos para consumo humano y
animal. Preparacin de las muestras de ensayo, suspensin inicial y diluciones decimales
para examen microbiolgico. Parte 2: Reglas especficas para la preparacin de carnes y
productos crnicos.
Norma EN-UNE ISO/IEC 6887-1: Microbiologa de los alimentos para consumo humano y
animal. Preparacin de las muestras de ensayo, suspensin inicial y diluciones decimales
para examen microbiolgico. Parte 3: Reglas especficas para la preparacin de pescados y
productos de la pesca.
Norma EN-UNE ISO/IEC 6887-1: Microbiologa de los alimentos para consumo humano y
animal. Preparacin de las muestras de ensayo, suspensin inicial y diluciones decimales
para examen microbiolgico. Parte 4: Reglas especficas para la preparacin de productos
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Y en el caso de aguas:
-
ISO 5667-1:2006. Water quality -- Sampling -- Part 1: Guidance on the design of sampling
programmes and sampling techniques.
ISO 5667-4:1987. Water quality -- Sampling -- Part 4: Guidance on sampling from lakes,
natural and man-made.
ISO 5667-9:1992. Water quality -- Sampling -- Part 9: Guidance on sampling from marine
waters.
ISO 5667-10:1992. Water quality -- Sampling -- Part 10: Guidance on sampling of waste
waters.
ISO 5667-5:2006. Water quality -- Sampling -- Part 5: Guidance on sampling of drinking
water from treatment works and piped distribution systems.
Una vez dentro del laboratorio, el flujo de trabajo habitual para muestras habituales es:
Ph-metros
Confirmaciones,
resiembras
Estufas
Baos termostatizados
Contadores de colonias
Otros (cmaras oscuras)
Los puestos administrativos deberan quedar separados de las zonas de trabajo. Sobre esta
organizacin se solapan todas las actividades anexas de control de calidad, tanto aquellos
controles transversales:
-
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De modo anlogo, en el caso de realizar ensayos mediante el uso de PCR reaccin en cadena de
polimerasa- el flujo de trabajo ha de estar definido (UNE-EN ISO 22174:2005. Microbiologa de los
alimentos para consumo humano y animal. Reaccin en cadena de la polimerasa (PCR) para la
deteccin de patgenos en los alimentos. Requisitos generales y definiciones):
Extraccin de ADN
Preparacin de la mezcla
maestra (master mix)
Adicin de ADN a la
mezcla maestra
Amplificacin
Balanzas
Centrfugas
Micropipetas
Termobloques
Micropipetas
Frigorficos y congeladores
Material fungible PCR: Tubos, tiras y placas
Micropipetas
Termociclador
Tiempo real: Lectura directa en el aparato o en
ordenador; Punto final: cubetas de
electroforesis, transiluminador
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Control
negativo
del
proceso
Control
positivo
del
proceso
Control
negativo de
la extraccin
Control de la
amplificacin
externo / interno
Control
positivo
de PCR
Control
negativo
de PCR
Tratamiento de
la muestra
Extraccin del
cido nucleco
Amplificacin
Deteccin
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Tipo I: Mtodos
normalizados (publicados
como norma)
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En cualquier caso, los mtodos alternativos han de ser ensayados frente a los de referencia,
generalmente siguiendo directrices preestablecidas, por ejemplo:
-
UNE-EN ISO 16140:2003. Microbiologa de los alimentos para consumo humano y animal.
Protocolo de validacin de mtodos alternativos (ISO 16140:2003).
ISO/TR 13843:2000. Water quality -- Guidance on validation of microbiological methods.
ISO 17994:2014. Water quality -- Requirements for the comparison of the relative recovery.
Investigacin
(presencia / ausencia
en la muestra)
Recuento (propgulos
por muestra)
En medio slido:
Unidades formadoras
de colonias (ufc)
En medio lquido:
Nmero ms probable
(nmp)
Desde el punto de vista normativo, las siguientes normas recogen los aspectos esenciales en
alimentos y en aguas:
-
Norma UNE-EN ISO 8199:2008. Calidad del agua. Orientaciones generales para el recuento
de microorganismos en cultivo.
Norma UNE-EN ISO 7218:2008. Microbiologa de los alimentos para consumo humano y
alimentacin animal. Requisitos generales y gua para el examen microbiolgico.
De modo resumido, los mtodos para recuento sobre medios slidos son:
-
Reparto en placa.
Incorporacin en placa.
Filtracin en membrana.
Mientras que en medio lquido se refieren a recuentos mediante el uso de nmero ms probable.
En el caso de recuento sobre medios slidos, gran parte de las normas mencionadas se centran en
los aspectos relativos a la expresin del resultado. As, se fijan los siguientes rangos de contaje:
Recuento sobre agares genricos
Tcnica
Rango de contaje (ufc/placa)
Tcnica de siembra en masa
10-300
Tcnica de siembra en extensin
10-150
Tcnica de filtracin en membrana
10-100
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El clculo del resultado para el caso general es una media ponderada donde los valores
provenientes de las placas de menor dilucin tienen ms peso:
CS
Z
PS
Ptot
Como se ha mencionado, las normas ISO establecen gran cantidad de casos y excepciones. Por su
frecuencia e implicacin a la hora de establecer el cumplimiento o no de un valor legislado, merece
la pena mencionar la expresin del resultado para recuentos donde el nmero total de colonias
contadas es menor de 10:
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Explicacin
1-3
P
4 s
V1d1
un nivel inferior a
ufc en el
peso (g) o volumen (ml) analizado
4-9
10 o mayor
La incertidumbre disminuye lo
suficiente como para dar un valor
numrico, pero an es alta
Incertidumbre aceptable
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Norma
Ttulo
ISO 16649-2:2001
Y en aguas:
Norma
Ttulo
3. Microbiologa rpida.
3.1. Mejora del flujo de trabajo.
Tal y como se adelant en el apartado 2.4. Mtodos normalizados y alternativos, el empleo de
normas ISO, standard methods, mtodos AOAC.. no es la nica opcin posible.
Los laboratorios emplean a menudo mtodos alternativos completos o automatizaciones a lo largo
del flujo de trabajo que les permiten disminuir costes, acortar plazos de entrega de resultados y/o
procesar mayor nmero de muestras.
Los cuellos de botella ms habituales son:
Preparacin
de la muestra
Siembra
Incubacin
Lectura de las
placas
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Introduccin de medios
de cultivo
cromognicos
Sobre mtodos
existentes (sustitucin
de medios)
En nuevos mtodos
Automatizacin de las
identificaciones
Automatizacin de
mtodos clsicos
Galeras de
identificacin (API,
BBL Crystal, Microgen
ID)
Identificacin de perfil
de cidos grasos de
membrana
Patrones de empleo
de sustratos
(BIOLOG)
Siembra por
agotamiento:
Sembradores en
espiral
Nmero ms probable
miniaturizado
(TEMPO, COLILERT)
Empleo de nuevas
tcnicas
Impedancia
Tcnicas basadas en
inmunologa (ELISA,
VIDAS)
Deteccin de ADN
(PCR a punto final y a
tiempo real,
inmunoblotting, DNA
chips, digital PCR,
viable PCR)
De todas las soluciones planteadas, dos destacan sobre las dems: el uso de medios cromognicos
y la PCR. Ambos adems estn siendo incorporados en las normas internacionales (AFNOR, ISO)
por lo que estn dejando en muchos casos de ser mtodos alternativos para convertirse en los
mtodos de referencia.
Adems de eso, los laboratorio dedican gran parte de sus esfuerzos a la mejora del flujo de trabajo,
de modo que sean capaces de procesar un mayor nmero de muestras en menor plazo y espacio.
Para ello, existen en el mercado gran cantidad de aparatos. Podemos destacar:
-
Diluidores automticos.
Bombas de dispensacin.
Sembradores en espiral.
Contadores automticos.
Por lo general, son tarjetas con pocillos que contienen, en cada uno de ellos, una prueba
bioqumica en miniatura (miniaturizada).
Tras inocular los pocillos con una suspensin del microorganismo problema e incubar la tarjeta, la
tarjeta se lee comparando el aspecto de cada pocillo con el resultado prefijado.
La combinacin de pocillos positivos y negativos da un cdigo numrico. Este cdigo es buscado
(manualmente, en libros que contienen las combinaciones definidas para cada organismo tipo,
mediante software especfico..), obtenindose la identificacin del organismo.
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Muchos de ellos han sido empleados as mismos por los fabricantes para la validacin de mtodos
alternativos. Por ejemplo:
-
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identificacin ms
fcil del organismo
diana
Ausencia o menor
nmero de
confirmaciones
necesarias
Reduccin de
tiempos de
incubacin
Identificacin de
varios organismos al
tiempo (por ejemplo
coliformes y E. coli)
Como puede colegirse, algunas de estas ventajas se encuentran relacionadas (una mayor facilidad
de identificacin de colonias diana implica un menor nmero de confirmaciones, aun cuando stas
sigan requirindose).
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4. Tcnicas moleculares.
4.1. ELISA.
Aunque los mtodos de inmunoensayo de ms amplia difusin, los ELISA, no tienen actualmente el
mismo predicamento ni proyeccin que la PCR, hay tres motivos por los que merece la pena
dedicar un espacio a estas tcnicas:
Importancia histrica
Hasta la difusin de la PCR, muchos laboratorio optaron por las tcnicas de ELISA para procesar
gran cantidad de muestras
Por todo ello, las tcnicas ELISA siguen estando vigentes y pueden en muchas ocasiones ser
alternativas vlidas y fiables al anlisis tradicional, cuando no la solucin mejor adaptada, como en
el caso del gluten, deteccin de protenas de la leche
La tcnica quizs ms frecuente de ELISA, de doble sndwich (DAS-ELISA) puede esquematizarse del
siguiente modo:
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Lavado
Eliminacin de los restos de Ab
Lavado
Eliminacin de los restos de muestra del pocillo.
Lavado
Eliiminacin del Ab conjugado no unido al Ag
Revelado
Adicin de un sustrato. Si el analito estaba presente, habr quedado unido al Ab de tapizado y, posteriormente, al Ab conjugado, que porta el enzima, de modo
que sta cataliza una reaccin desde el sustrato que da lugar a un producto coloreado detectable a por espectrofotometra
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Norma
Ttulo
ISO/TS 13136:2012
ISO/TS 15216-1:2013
ISO/TS 17919:2013
Cebadores (primers).
Pequeos oligonucletidos
que flanquean la secuancia
diana
Nucletidos, necesarios
para sintetizar el nuevo
ADN
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Activacin
Desnaturalizacin
Aliineamiento
Extensin o
elongacin
T = (94-98) C
Activacin de la Taq polmerasa (no siempre necesaria: Taq polimerasas "Hot
Start")
T = 95 C
El ADN molde, de doble cadena, se separa en sus dos hebras
T = (40-68) C
Los cebadores se unen a sus secuencias especficas
T = (70-80) C
Utilizando los cebadores como inicio y el ADN al que se encuentran unidos como
molde, la Taq polimerasa realiza una rplica del ADN molde
Tras el ltimo paso, el proceso vuelve a la etapa de desnaturalizacin, repitindose este proceso
habitualmente entre 30 y 45 veces. En cada ciclo, el nmero de ADN presente aumenta
exponencialmente.
(Tomado de http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/probe/doc/TechPCR.shtml)
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NOTA: En internet existen numerosos recursos para ver esta reaccin en vivo. Una aplicacin que permite seguir la
reaccin paso a paso puede encontrarse en la web de DNA Learning Center
(http://www.dnalc.org/resources/animations/pcr.html).
Estos productos de amplificacin eran (y son) revelados mediante el uso de geles de electroforesis:
El producto de la PCR se colocaba en un gel al que se le hacan pasar una corriente elctrica.
Dependiendo del tamao de la molcula amplificada, sta se desplazaba ms o menos en el gel, de
modo que a partir de un patrn era posible determinar el tamao del fragmento amplificado (PCR a
punto final).
Fue precisamente un cambio en el modo de deteccin de la PCR lo que ha propiciado el salto
cualitativo en el uso de la PCR en los laboratorio de uso rutinario: el desarrollo de colorantes que
permiten seguir la tcnica de PCR a tiempo real (PCR a tiempo real o quantitative PCR, qPCR).
Pueden mencionarse dos tipos de colorantes (o fluorforos, pues emiten fluorescencia cuando son
excitados a una determinada longitud de onda):
-
Inespecficos (por ejemplo SybrGreen). Las molculas de este colorante solo emiten
fluorescencia cuando se intercalan en el interior de ADN de doble cadena. Emitirn siempre
que encuentren esta situacin, sea la hibridacin especfica o no.
Especficos: Estos fluorforos son incorporados a oligonucletidos (sondas) que hibridan
con secuencias intermedias entre los cebadores. Cuando la Taq polimerasa llega hasta su
posicin, los degrada, momento en el que empiezan a emitir fluorescencia. Entre este tipo,
pueden mencionarse las sondas TaqMan (Life Technologies).
Este cambio:
-
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25
En esta grfica pueden adems observarse tanto las fases de la reaccin como los valores de
inters:
-
La lnea base (baseline): ciclos iniciales de la PCR en los cuales hay una leve seal de
fluorescencia
Umbral (treshold): seal de fluorescencia a partir de la cual se considera que la
muestra es positiva.
Valor Ct: en una muestra, n de ciclos necesarios para que la seal supere el umbral
(interseccin de la curva con el punto de corte).
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Campo de
cultivo
Abonos y fertilizantes
Agua de riego
Procesado
Distribucin
Producto terminado
(hasta fin de la vida
til)
Superficies de trabajo
y ambiente
Obviamente, las recomendaciones para un patgeno de origen fecal (por ejemplo Salmonella), son
sustancialmente diferentes, y suelen ir encaminadas a prevenir la contaminacin por materia fecal
(control de fertilizantes de origen orgnico)
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Matriz a la que
aplica
Mtodo de
examen
Plan de
muestreo
Lmite
microbiolgico
(Tomado de ICMSF International Commission on Microbiological Specifications for Food (2006), Gua simplificada para
el entendimiento y uso de objetivos de inocuidad de los alimentos y objetivos de rendimiento)
Tanto la matriz que aplica y el mtodo de examen han sido ya tratados. Queda por tanto revisar en
legislacin cmo estn establecidos los lmites microbiolgicos y qu plan de muestreo proponen
para su cumplimiento.
En legislacin, pueden verse lmites microbiolgicos nicos. Por ejemplo en Real Decreto 140/2003,
de 7 de febrero, por el que se establecen los criterios sanitarios de la calidad del agua de consumo
humano:
No obstante, en otras ocasiones los lmites microbiolgicos se definen del siguiente modo:
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NOTA: Este ejemplo est tomado del Reglamento 2073/2007. Ntese como en este caso el criterio microbiolgico define
todas las caractersticas mencionadas en la gua de la ICMSF (matriz, mtodo de examen -mtodo de referencia-, plan de
muestro y lmite microbiolgico).
Por tanto, en el caso de un muestreo a tres clases las muestras aceptables seran aquellas cuyo
valor se encontrase entre m y M. Ntese que, en cualquier caso, para muestreo donde se define n
la evaluacin global de un producto requiere de un histrico de resultados (como en el caso del
Real Decreto 1620/2007) o bien del anlisis de varias muestras del mismo lote (como en el
Reglamento 2073/2007).
Y es que tal y como ya se ha sealado, el muestreo es una de las etapa que mayor incertidumbre
aporta al proceso de medida en el laboratorio (ver apartado 2.3. Flujo de trabajo en el laboratorio
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de microbiologa), de modo que establecer varias medidas ayuda a establecer un valor medido ms
fiable.
Ensayo realizado
Parmetros analizados
Resultado obtenido
Metodologa empleada
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