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Mutaciones, division, replicacin, recombinacin

Recombinacin
Mecanismo por el cual zonas de genes se combian con otras dentro de un
organismo. Es necesario que los genes se estabilicen (que la bacteria los
acepte).
xito de la transferencia horizontal de genes y se basa en la habilidad de
integrar el DNA del donador a su genoma.
Se comienza con DNA homlogo y si hay recombinacin se forma el DNA
heterlogo. Tambien puede ser un mecanismo para reparar errores o
mutaciones.
Para que se estabilice el DNA extrao ocurren dos procesos, pero el ms
aceptado es la recombinacin dependiente de la protena RecA (recombinacin
homloga).
En la recombinacin homloga hay rearreglo gentico. Su modelo ms
aceptado es el de ruptura de la doble cadena.
Tipos de recombinacin:
Recombinacin homloga: presente entre secuencias que son casi idnticas. Se
emplea el modelo de la estructura de Holliday.
a)Se alinean dos DNA doble cadena homlogos.
b) El intercambio de la hebra genera un intermediario con hebras cruzadas.
c) Esta hebra se puede mover: migracin de rama.
d) La rama se resuelve por ruptura y sellado.
Modelo de ruptura de la doble cadena:
1- La hebra donadora se rompe.
2- Degradacin de la doble cadena por RecBCD en el sitio de ruptura; dos
extremos con cadenas sencillas.
3- Se forma el entrecruzamiento (estructura de Holliday). RecA promueve la
invasin de la hebra y la formacin del D-loop.
4- Reparacin del hueco (gap) por sntesis de la regin ausente de la
cadena invasora.
1.Ruptu
ra

2.Entrecruzamien
to

3.Migra hebra

4.Formacin
Holliday

5.Resolucin
Holliday

Para que la estructura de Holliday culmine en una clula recombinante, esta


debe resolverse de forma horizontal para que haya una verdadera
recombinacin.
Protenas involucradas en la recombinacin homloga en E. coli:
Protena
Descripcin
RecBCD
Reconoce la ruptura de la doble
cadena de DNA (sitio chi) y genera
regiones de cadena sencilla en el sitio
de ruptura que estn involucrados en

Protena de unin a cadena sencilla


RecA

RecG

RuvABC

la invasind e la hebra.
Proviene de la degradacin excesiva
de la hebra por RecBCD.
Promueve la invasin y
desplazamiento de la hebra
complementaria para generar el loop.
Ayuida a formar las estructurasd e
Holliday y promueve la migracinde la
hebra.
Endonucleasa que se une a la
estructura de Holliday, promueve la
migracin de hebras y corta las
hebras en la estructura de Holliday
para separar los cromosomas.

Estructuras Chi: se forman cuando el plsmido se recombina.


Una vez que las hebras se han recombinado se debe comenzar la fase de
ewstabilizacin.
-RuvC: protena que resuelve la estructura de Holliday.
-RuvA y RuvB ayudan a migrar las hebras.
Recombinacin sitio-especfica
Ocurre en un sitio muy particular entre dos secuencias muy definidas. Puede
genrar tres tipos de rearreglos de DNA: Insercin, delecin e inversin. Este
tipo de recombinacin tiene dos caractersticas principales:
1. Recombinasa (serinrecombinasa o tirosinrecombinasa).
2. Un sitio especfico para la recombinasa. Ah se une y ocurre la
recombinacin.
Serinrecombinasas: Rompen las 4 cadenas recombinantes, destuercen el DNA.
No hay estructura de Holliday. Las serinrecombinasas se liberan y se sellan las
hebras de DNA.
Tirosinrecombinasas: Rompen y renen por par de hebras de DNA,
posteriormente y ya uhnida la primera, rompen y renen las otras dos hebras.
S hay estructura de Holliday.
El fago P1 tiene una enzima Cre (recombinasa) que ataca el hospedero el cual
debe de tener wsitios Lox.
En el fago lambda el sitio attP est en el DNA del fago y el sitio attB en el DNA
bacteriano.

El plsmido F se replica como crculo rodante.


1. Rep contiene 2 residuos de tirosina que reconocen el DNA circular de
doble cadena en 3.
2. Rep rompe DNA en el sitio nic, formando un enlace P-tirosina con el
residuo 1.
3. Se ensambla el aparato de replicacin.
4. Se inicia la replicacin y reconstruye el sitio nic.
5. Se replica todo el plsmido y se llega de nuevo al sitio nic reconstruido.
6. La hebra desplazada se copia mediante un RNA primer genarado por la
RNA polimerasa (del husped en fagos o la propia en plsmidos de
control de copias).
Fagos: Sitio nic roto por el sitio Rep-tir activo tir2, se forma una nueva Ptirosina. El 3-OH ataca el enlace original de fosfotirosina y libera una copia del
fago circular Rep-unida a DNA circular replica la hebra complementaria.
Plsmidos: Con nmero de copias reguladas: No se forma un segundo enlace
de P-tirosina. El plsmido vuelve a ganar su conformacin de DNA doble
cadena a travs de un segundo nuclefilo (agua) en vez de tirosina.
PLASMIDO F (tambin en conjugacin)
-No hay sitio nic, es el sitio OriS.
-Grande (100kb)
-Bajo nmero de copias (1-2 copias/clula).
-Necesita sntesis de protenas (sensible a cloranfenicol).
-Gen RepE codifica la protena RepE para empezar la replicacin por circulo
rodante.
-RepE se enlaza al origen de la replicacin (oriS) e inicia la replicacin del DNA
plasmdico.

Existe una protena determinante para que inicie el proceso de replicacin


celular: Factor de activacin DNA A. Sus funciones son:
-Ubicar una zona prxima al sitio de origen de replicacin del cromosoma, el
sitio OriC.
-Censar la disponibilidad de nutrientes (se une al ATP).
-Secuestrar al sitio OriC para que no se inicie otra replicacin de DNA hasta que
termine una.
Anillo Z
Se conforma de muchas unidades de FtsZ. Cada que el anillo se forma en el
centro en los casquetes debe sintetizarse una serie de protenas (MinE). Para
que solo en la parte meridional se forme el anillo Z.

El proceso de replicacin del material gentico se da nicamente en la parte


central de la bacteria pegado a la membrana, para que a la vez que se va
replicando vaya segregndose a cada uno de los polos.
ZipA, FtsA ayudan a polimerizar el anillo Z.
El sistema de protenas Mre ayuda a que en la fisin binaria no haya lisis.
Refuerzan el centro de la bacteria.

Bioqumicas
Cambio en la
bioqumica de
la clula. La
mutante no
se desarrolla
en medios sin
esta molcula
(auxotrofa).

Tipos de mutaciones
Condicionales Sin sentido
Delecin
En ciertas
No genera
Prdida de
condiciones
cambio en la
varias bases.
ambientales.
secuencia de
aminocidos
pero integra
un codn de
paro AUG,
UGA o UAA.

Insercin
Adicin de
bases extra.

Regin hotspot: Regiones del genoma con mayor tendencia a sufrir


mutaciones.
Supresin de mutaciones
-Reversin: Generacin de un fenotipo silvestre a partir de uno mutante.
-Reversin verdadera: Restaura la secuencia original de DNA.
-Supresin: Reversin de un fenotipo mutante como resultado de una mutacin
secundaria en el mismo gen (supreso intragnica) o en un gen diferente
(supresor endognico). Segunda mutacin que compensa o altera los efectos
de la mutacin primaria.
-Describe la ocurrencia de cambios que eliminan los efectos de una mitacin
sin regresar a la secuencia de DNA original.
Tipo de mutacin
Cambio del DNA
Silenciosa
Sustitucin de bases
Sentido errneo
Sustitucin de bases
Marco de lectura
Insercin/delecin
Marco de lectura del signo opuesto
Insercin/delecin
(se corre la secuencia)
Reparacin de mutaciones
Tipos de sistemas:
-Pre-replicativos: sistemas que aseguran que no haya mutaciones en la
replicacin.
-Post-replicativos.

-Error- proof: Hacen prueba de lectura, son al momento en que se est


replicando.
-Error-prone: Responsables de producir mutaciones heredables (cuando el DNA
ya qued con mutaciones y an as hay replicacin).
Error-proof
Sistema de reparacin de mutaciones por escicin de nucletidos (NER).
Repara segmentos de DNA.
1. Dao por luz UV.
2. Un complejo de protenas UvrAB (tetrmero) escanea el matwerial
gentico y reconoce la lesin (dimero de timina). Se quita el dimero de
UvrA y UvrB desnaturaliza la cadena donde est el dmero de timina.
3. UvrC rompe el enlace fosfodister de la cadena para eliminar la parte
donde se encuentra la mutacin.
4. UvrD con funcin de helicasa quita toda la hebra daada.
5. La PolI repara la zona que se ha eliminado tomando como molde la
hebra complementaria.
Sistema de reparacin por escicijn de bases.
Elimina solo la base que es la mutacin (es puntual), genera que la cadena
quede sin base.
1. DNA glicosilasa reconoce la base errnea, rompe el enlace entre azcar
y base.
2. Se genera un nucletido apirimdico (AP).
3. La APendonucleasa reconoce la base perdida, rompe la cadena de DNA
en el extremo 5respecto a esa base.
4. La DNA poll con su actividad exonucleasa 5-3 remueve la cadena y
llena con la correcta.
Sistema de reparacin de errores metilados
Protenas Mut reconocen bases mal insertadas ya metiladas, las cortan y se
insertan las correctas.
1. MutS se enlaza a DNA errneo.
2. MutL se une a MutS-DNA daado.
3. Activa a la endonucleasa MutH
4. MutH se enlaza a GATC hemiacetilado y elimina la hebra hija
complementaria del sitio daado.
Error proof o Error prone
Sistema de reparacin de mutaciones por recombinacin
1. RecA toma un pedazo de la hebra hermana y la coloca por
recombinacin en la hebra daada.
2. Otro sistema corrige la hebra daada (Ug NER).
Respuesta SOS
Se presenta cuando hay dao excesivo de DNA y no es posible repararlo por
otro sistema.
1.Cuando hay muchos puntos de mutacin se detiene la replicaicn y
comienzan a activarse una serie de enzimas que encienden la respuesta SOS.
LexA es la protena represora que reprime todo el sistema SOS.
2. Se reprime LexA y se activa la red global de control de genes SOS. Para esto
necesitas RecA que hace que LexA se autohidrolice.

3. Caja SOS: contiene genes para activar Pol y la recombinacin, adems de


LexA.
4. RecA se une a gaps o rupturas de DNA de cadena sencilla o doble generadas
por el cese de replicacin.
5. Se inicia reparacin por rfecombinacin.
6. RecA adquiere funcin de proteasa.
7. Interacta con LexA y se autohidroliza.
8. Se incrementa la expresin de genes Uvr.
9. Se incrementa expresin de genes de reparacin por recombinacin.
Cuando el sistema SOS est funcionando se activan las PolV y PolIV, no tienen
pruebas de errores de lectura.
Mutasomas: Complejo formado por polV+RecA+SSB+
Consecuencias: Alelos silvestres o mutantes, recombinacin, variabilidad
gentica.

Replicacin del DNA


Estructura bsica del DNA: carbohidrato de 5 carbonos.
Nuclotidos (3 grupos fosfatos). Si pierde dos fosfatos son nuclesidos.
La sntesis de DNA va 5-3.
La replicacin el bidireccional. Ocurre en el periodo C de la fisin binaria. Para
que inicie la replicacijn del DNA debe de existir una estructura proteica, un
replisoma.
El sitio prximo al sitio OriC es una caja rica en bases A y T donde es ms fcil
de abrir la hebra.
DNA-A se une al sitio prximo y secuestra el sitio OriC.- DNA Helicasa relaja la
doble cadena+DNAC- inicia horquilla- Se unen protenas de unin (a una hebra)
para estabilizar la horquilla- DNA polimerasa (3 en E coli) es un complejo de
protenas iii- forma un enlace- Se lee de 3a 5-Una hebra se lee constante,
la hebra rezagada se sintetiza por medio de fragmentos de Okasaki (forma
horquilla)- La replicacin continua hasta encontrar la secuencia Ter.- La
protena Tug ayuda a la separacin del replisoma.
Girasa: Enzima que ayuda a destorcer el DNA.
ProteccinEcoR1: En E. coli. Reconocen secuencias en la doble hebra
antiparalela y rompe el enlace fosfodister. Son secuencias palindromicas.