Escolar Documentos
Profissional Documentos
Cultura Documentos
Javier Sancho
jsancho@unizar.es
Departamento de Bioqumica y Biologa Molecular y Celular & Instituto de
Biocomputacin y Fsica de Sistemas Complejos. Universidad de Zaragoza
Esta
denominacin histrica deriva del parecido que presentan, respectivamente, con las
frmulas tridimensionales del D y del L gliceraldehdo (FIGURA 3). La denominacin
D y L, introducida por Fischer en 1891, no es ya utilizada habitualmente por los
qumicos, que prefieren distinguir a cualquier pareja de compuestos especulares
denominndolos R o S, segn la nomenclatura introducida por Cahn, Ingold y Prelog en
1956. Sin embargo, en Bioqumica se sigue utilizando la nomenclatura L/D quiz
porque la nueva denominacin R/S, aunque ms clara y general, distingue a la Lcistena (que es R) de los dems L-aminocidos (que son S), a pesar de su evidente
similitud estructural. Todos los aminocidos que aparecen en las protenas son L.
Algunas
responsables de la absorbancia a 280 nm, tpica de las protenas (FIGURA 6). Gracias a
ellos, la concentracin de una disolucin proteica se puede medir con comodidad y de
forma no destructiva con un simple espectrofotmetro. Quien trabaje con una protena
pura y de composicin conocida, que se olvide de los mtodos colorimtricos (Biuret,
Lowry, Bradford) y utilice el coeficiente de extincin de la protena calculado a partir
del contenido de tirosinas y triptfanos! (ver captulo 6). Las nubes de los anillos
Finalmente los aminocidos histidina, lisina y arginina poseen grupos bsicos (imidazol,
amino y guanidinio) que captan protones y se cargan positivamente a pH neutro. La
Edman.
Los
pptidos de un conjunto presentan secuencias que se solapan con las de los pptidos del
otro grupo y, por comparacin, se puede establecer el orden en que se encadenan los
pptidos en la protena entera. En la actualidad, es extraordinariamente ms fcil y
rpido determinar la secuencia de una protena por secuenciacin de su gen y traduccin
de la secuencia de nucletidos a aminocidos, utilizando el cdigo gentico. Este
procedimiento,
sin
embargo,
no
identifica
las
posibles
modificaciones
dos situaciones extremas sino que es un hbrido resonante de ambas, y sus propiedades
son intermedias. As, su distancia de enlace (1.32 ) es ms corta que la de un enlace
sencillo C-N (1.49 ), pero algo mayor que la de un enlace doble C=N (1.27), lo que
indica que su fortaleza en intermedia.
La consecuencia ms importante es, sin duda, que el enlace peptdico presenta un
cierto carcter de enlace doble que va a determinar, como veremos, buena parte de las
propiedades conformacionales de las protenas. Una caracterstica fundamental de los
enlaces dobles es que se debilitan tanto, cuando las dos partes de la molcula unidas por
ellos rotan una respecto a la otra, que tal rotacin en la prctica no se produce. Por
tanto, los tomos unidos por el enlace doble y los que estn unidos a ellos permanecen
de forma estable en un mismo plano (FIGURA 15). Esto se traduce, en el caso de los
enlaces peptdicos, en que el C carbonlico, con su oxgeno y su carbono (los tres
tomos del primer aminocido: i), y el nitrgeno, con su hidrgeno y su carbono (del
aminocido siguiente: i+1) son coplanares. Estos seis tomos forman el plano peptdico
que enlaza los dos aminocidos. Como ocurre en cualquier compuesto orgnico con
enlaces dobles en que cada uno de los dos tomos as enlazados presentan sus dos
sustituyentes adicionales distintos, el enlace peptdico puede ser cis o trans (FIGURA
16). El enlace es cis cuando los dos carbonos se encuentran en el mismo semiplano
de los definidos por el eje del enlace doble, y es trans cuando cada carbono alfa queda
en un semiplano distinto. Aunque la barrera de energa entre los dos ismeros no es
demasiado elevada (es mucho menor que en el caso de un autntico enlace doble C=N),
basta para que en la prctica cada enlace peptdico est permanentemente en una de las
dos formas. En general, la forma trans es la de menor energa porque es la que sita a
los sustituyentes voluminosos (carbonos alfa con sus cadenas laterales) ms alejados y
por tanto con menor conflicto estrico. La inmensa mayora de los enlaces peptdicos
de las protenas son, por esta razn, trans. La prolina, sin embargo, es especial debido a
que su cadena lateral est unida covalentemente al nitrgeno del enlace peptdico. Para
la prolina, la forma trans, con mayor impedimento estrico que en los dems
aminocidos, es slo un poco ms estable que la forma cis, de modo que no resulta
inusual encontrar algunas de las prolinas de las protenas formando enlaces X-Pro de
tipo cis (FIGURA 17). Esta circunstancia complica el mecanismo de plegamiento de
las protenas que contienen enlaces de este tipo, hacindolo algo ms lento (ver captulo
11
8). Otra caracterstica notable de los enlaces peptdicos es que los enlaces C=O y N-H
estn polarizados y, como son paralelos y el sentido de sus dipolos es el mismo,
determinan que el enlace peptdico lleva asociado un dipolo (FIGURA 18; ver ms
adelante la estructura de las hlices ).
8.
slo puede tomar dos valores: 0, cuando el enlace es cis, y 180, que
es un enlace trans. Cualquier otro valor sera muy desestabilizador, pues rompera la
resonancia del enlace peptdico que se convertira en un enlace sencillo ordinario.
Cualquier polipptido puede ser considerado como una sucesin de planos peptdicos
engarzados en los carbonos . Cada plano peptdico contiene tomos de dos residuos
consecutivos. A su vez, cada carbono forma parte de dos planos peptdicos (anterior y
posterior). La orientacin de estos dos planos respecto al plano adicional formado por
el propio carbono , su hidrgeno y el primer tomo de su cadena lateral est
determinada por los ngulos y . El ngulo mide el giro en torno al enlace que une
el carbono de un residuo i con el N (situado en el plano peptdico anterior) del mismo
residuo. El ngulo mide el giro en torno al enlace que une el carbono con el C del
mismo residuo en el plano peptdico posterior. La conformacin global de una protena
queda perfectamente definida por los valores de los ngulos y de sus carbonos ,
conocidos los cuales se puede trazar el discurrir del polipptido en el espacio, lo que
equivale a conocer su estructura tridimensional a baja resolucin. Los enlaces N-C y
C-C son enlaces sencillos de modo que los ngulos y no estn fijados a priori
como el ngulo . Sin embargo, no pueden adoptar valores cualesquiera porque en
12
algunos de ellos se producen choques estricos (FIGURA 20) entre los planos anterior y
posterior o con la cadena lateral del residuo.
Ramachandran y colaboradores
determinaron los valores permitidos de los ngulos y . Como los valores permitidos
para cualquiera de estos ngulos depende del valor concreto que adopta el otro, idearon
una representacin conjunta de los valores permitidos de los dos ngulos que se conoce
como diagrama de Ramachandran (FIGURA 21). En este diagrama, las coordenadas de
cada punto representan a una pareja de valores de ngulos y . Con frecuencia, se
dibujan sombreadas las zonas en que aparecen parejas de valores permitidos.
El
diagrama es muy similar para los distintos aminocidos (salvo para la glicina) y consiste
en dos grandes zonas permitidas con valores negativos del ngulo y una pequea
regin con valor positivo de dicho ngulo. La glicina, cuya escueta cadena lateral no
provoca conflicto estrico con los planos peptdicos, dispone de zonas ms amplias en
el diagrama de Ramachandran que se consideran permitidas desde un punto de vista
energtico. Por ello permiten giros peculiares del polipptido que ningn otro residuo
puede facilitar. En las protenas, los residuos adoptan, con muy pocas excepciones
valores de ngulos y permitidos (FIGURA 22). Enseguida veremos la relacin
entre estos valores y los elementos de estructura secundaria ms importantes. Hay que
aclarar que la terminologa de valores permitidos y valores no permitidos no es
demasiado afortunada. Por un lado, en la frontera entre las dos clases de valores no se
produce un salto brusco, sino que la energa va aumentando segn los valores de los
ngulos se adentran en la zona no permitida (a veces en el diagrama de Ramachandran
se utilizan distintas intensidades de sombreado para sugerirlo). Por otro lado, el coste
energtico de adoptar valores no permitidos, aunque considerable, no es siempre tan
elevado que no pueda ser compensado, en ocasiones, por el establecimiento de nuevas
interacciones estabilizantes. De hecho, aunque de forma rara, a veces se encuentra en
las protenas algn residuo con valores no permitidos. Se ha sugerido que estos
residuos desempean, en algn caso, papeles destacados en la funcin de su protena.
Adems de las restricciones conformacionales derivadas de los enlaces peptdicos,
las protenas ven limitadas an ms sus conformaciones posibles porque los ngulos de
rotacin de las cadenas laterales no adoptan valores al azar sino, con mucha frecuencia,
los que conducen a conformaciones ms estables. Los ngulos de rotacin en torno a
enlaces sencillos de las cadenas laterales (FIGURA 23) se denominan 1, 2, etc. El
13
ngulo 1,por ejemplo, es el del enlace entre el carbono del residuo y el carbono (el
primero de la cadena lateral). En general, los enlaces sencillos (los ms abundantes en
las cadenas laterales) tienden a preferir los ngulos que sitan a los sustituyentes de los
tomos enlazados lo ms alejados que sea posible. Estas conformaciones se denominan
alternadas (a diferencia de las conformaciones eclipsadas en que los sustituyentes estn
ms prximos) (FIGURA 24). Para el ngulo 1 hay tres conformaciones alternadas
distintas
que
se
denominan
gauche+,
gauche-
trans.
14
disposicin peridica de sus unidades peptdicas (FIGURA 25). Las dos disposiciones
peridicas tienen, respectivamente, forma de hlice o de cadena extendida y se conocen
como hlice y hebra . La asociacin mediante puentes de hidrgeno de varias
hebras adyacentes da lugar a las lminas .
15
Salvo
este ltimo factor, que es ms difcil de calcular, la energtica de las hlices se conoce
razonablemente bien, de modo que se puede calcular si una secuencia de aminocidos
determinada formar por s sola una hlice al disolverla en agua (http://www.emblheidelberg.de/Services/serrano/agadir/agadir-start.html).
Por otra parte, el grado de exposicin al disolvente de una hlice de una protena se
puede deducir fcilmente utilizando la representacin denominada rueda helicoidal
(FIGURA 30). Cuando los residuos polares se agrupan en una cara y los apolares en
otra, se trata de una hlice anfiptica (con dos pasiones: el agua y la membrana). Si,
en cambio, la prctica totalidad de la hlice consta de residuos apolares, se trata de una
hlice enterrada en el interior de la estructura proteica y, si consta de residuos
esencialmente polares, se trata de una hlice totalmente expuesta (no son frecuentes,
pero en ocasiones aparecen conectando dos dominios de una protena).
Adems de las hlices , un polipptido puede, en principio, adoptar otras
conformaciones helicoidales.
16
contiguas alternando los dos sentidos posibles (NC y CN). Para ello, cuando una
hebra termina, basta con que el polipptido cambie de sentido y se disponga en paralelo
para dar lugar a la siguiente hebra. Una lmina mixta est formada por hebras algunas
de las cuales se disponen de forma paralela y otras antiparalela. En las protenas
solubles las hebras antiparalelas son las ms frecuentes; en protenas transmembrana
son las nicas descritas hasta el momento.
La razn de denominar lminas a las agrupaciones de hebras, asociadas por puentes
de hidrgeno, es que, al disponerse las hebras unas al lado de otras, forman en conjunto
una superficie que, a primera vista, parece plana. De esta superficie salen las cadenas
laterales de los residuos de las hebras (FIGURA 33). En cada hebra, si un residuo i
sobresale, ms o menos perpendicularmente de una de las caras de la lmina, el
siguiente residuo, i+1, sobresale por la otra cara de modo que todos los residuos pares
de una hebra apuntan hacia el mismo semiespacio y los impares hacia el contrario. En
realidad, las hebras de las lminas suelen formar entre s ngulos de ~ 25, por lo que las
lminas estn alabeadas (un buen momento para consultar el Diccionario de la Real
17
18
protenas exige, pues, una explicacin adicional. El hecho es que, aunque cuando una
protena se pliega para adoptar su conformacin nativa los residuos apolares tienden a
situarse en el interior mientras que los polares casi exclusivamente aparecen en la
superficie, el enterramiento de un residuo apolar arrastra necesariamente, sin
escapatoria, a los enlaces peptdicos a los que est asociado, y stos poseen grupos
polares (CO y NH).
19
Bibliografa:
Libros recomendados:
Proteins. Structures and Molecular Properties. 2nd edition, W.H. Freeman and
Co. New York, 1994. T. E. Creighton.
Cursos en Internet:
20
21
FIGURA 4.
22
23
carboxilo del otro se mantienen como tales. Estos dos grupos, junto con las cadenas
laterales ionizables de algunos aminocidos son los responsables principales de la
solubilidad en agua de las protenas.
FIGURA 10. Reparto de aminocidos entre fase orgnica y agua. Para cuantificar
la tendencia de los aminocidos a agruparse evitando contacto con el agua se realizan
experimentos de reparto entre un disolvente orgnico, que se supone que representa
adecuadamente el interior apolar de las protenas, (octanol habitualmente) y agua. En
lugar de los aminocidos, se utilizan compuestos modelo (aminocidos con el extremo
amino acetilado y el extremo carboxilo amidado) que representan mejor el modo en que
aparecen en las protenas. Midiendo la concentracin de cada uno de los compuestos
modelo en las dos fases se puede determinar sus constantes de reparto y, a partir de
ellas, las energas libres de transferencia.
24
FIGURA 16.
aparecen dos ismeros: cis (con los carbonos al mismo lado) y trans. El ismero
trans es ms estable al minimizar las repulsiones estricas. Es la forma que aparece
habitualmente en las protenas.
25
26
habitual colorear en el diagrama las zonas en que se concentran las parejas de valores
permitidas. Las zonas con color intenso son las ms favorables energticamente.
FIGURA 22.
A la
conformacional debido a su pequea cadena lateral y que sus ngulos se adentran con
frecuencia en regiones que estn prohibidas a los dems residuos. Todas las protenas
se comportan de igual manera.
FIGURA 23. ngulos de torsin de las cadenas laterales. Adems de en torno a los
ngulos y , las protenas pueden efectuar giros en torno a algunos enlaces de sus
cadenas laterales. Los ngulos de giro de estos enlaces (que conectan los carbonos y
, yy, etc) se denominan 1 2 3, ...
FIGURA 24. Rotmeros de las cadenas laterales. Las distintas conformaciones que
puede adoptar un residuo al girar en torno a los enlaces de su cadena lateral se
denominan rotmeros. En general, se adoptan conformaciones alternadas (ms estables)
que reciben los nombres de trans, gauche+ y gauche, segn el valor concreto del
ngulo . Se representan las conformaciones alternada y eclipsada del etano (a) y los
tres rotmeros de la serina (b).
FIGURA 25. Estructura secundaria y diagrama de Ramachandran. Los elementos
de estructura secundaria ms caractersticos de las protenas, las hlices y las hebras
de las lminas , estn formados por residuos consecutivos de la secuencia cuyos
ngulos y aparecen en una de las dos grandes zonas permitidas del diagrama. Por
el contrario, cuando los ngulos de varios aminocidos consecutivos se reparten entre
las dos zonas, no se forma estructura secundaria sino que aparece un bucle en que el
polipptido puede cambiar de direccin. Las hlices de las protenas son R.
27
FIGURA 26. Geometra de la hlice . Las hlices contienen 3.6 residuos por
vuelta y, en cada vuelta, avanzan 5.4 , por lo que cada residuo avanza 1.5 a lo largo
del eje de la hlice. Cada grupo CO (salvo los 4 del extremo C) est enlazado por
puente de hidrgeno al grupo HN del aminacido situado en posicin i+4. Los 4 grupos
HN del extremo N, obviamente, no forman puente de hidrgeno intrahelicoidal. Los
dipolos de los grupos CONH estn alineados con el eje de la hlice dando lugar a la
aparicin de carga parcial negativa en el extremo C y carga parcial positiva en el
extremo N de la hlice. Debido a esta carga parcial positiva y a la presencia de grupos
NH libres, formadores de puentes de hidrgeno, los extremos N de las hlices alfa
constituyen buenos sitios de unin de moleculas fosforiladas. Los residuos de las
hlices se caracterizan por adoptar ngulos y en torno a 58 y -47,
respectivamente.
FIGURA 27. Las cadenas laterales en las hlices . Las cadenas laterales salen del
cilindro abrazado por la hlice apuntando ligeramente hacia el extremo N. Sus vecinas
ms cercanas no son las cadenas laterales de los residuos que las flanquean sino las de
los residuos a i+ 3 e i+4 (que quedan justo encima en direccin C) y las de los residuos
a i-3 e i-4 (que quedan debajo).
presentan dos orientaciones distintas. Las hlices de las protenas son R y sus
residuos describen la trayectoria de los dedos de una mano derecha al cerrarse mientras
el dedo pulgar extendido avanza por el eje de la hlice hacia el extremo C terminal.
FIGURA 29. Distorsiones de las hlices Respecto al modelo ideal, las hlices de
las protenas muestran diversas distorsiones debido a la presencia ocasional de prolinas
(que producen un quiebro de la hlice, (a)), a su tendencia a curvarse para optimizar los
puentes de hidrgeno de los grupos CO con el agua (c) y, sobre todo, al
empaquetamiento con el resto de la protena (b) mediante el cual se estabiliza la
estructura tridimensional de la misma.
28
y de 120 y +120,
respectivamente) que les permite asociarse con otras hebras vecinas mediante puentes
de hidrgeno. En las hebras cada residuo avanza 3.5 a lo largo del eje de la hebra.
Hay dos orientaciones posibles de dos hebras que se asocian para constituir una lmina.
En la orientacin paralela ambas hebras se disponen en el mismo sentido NC mientras
que en la orientacin antiparalela una hebra corre en sentido contrario a la otra.
FIGURA 32. Lminas paralelas y antiparalelas. Esquema de lminas paralelas
y antiparalelas mostrando los puentes de hidrgeno entre las hebras. Una lmina
mixta es, simplemente la que contiene algunas hebras dispuestas en paralelo y otras
antiparalelamente.
FIGURA 33. Cadenas laterales en las lminas . En una hebra (a) las cadenas
laterales de los residuos pares apuntan hacia un lado del plano de la lmina de la que
forma parte (b) y las de los impares hacia el otro lado. As, tampoco en las lminas se
establecen interacciones entre cadenas laterales de residuos consecutivos sino entre
residuos de hebras adyacentes.
FIGURA 34. Giros reversos. Son la forma ms sencilla de invertir el sentido de
avance de un polipptido. Constan de cuatro residuos (con enlace de hidrgeno entre el
primero y el cuarto). Los ngulos y de los residuos centrales tienen que adoptar
valores perfectamente definidos.
29
prohibidas del diagrama de Ramachandran, las glicinas son muy abundantes en los giros
reversos.
30