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03/04/2014
INTRODUCCIN AL ESTUDIO DE
LAS PROTENAS
lvarez Safuan, Fernando Said; Amarilla Acosta, Julio Csar; Aparicio Lugo,
Valeria Elizabeth
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por azar en el medio celular, est porque hay un programa que cumplir, y porque
esa protena tiene que hacer ALGO, y para hacer ese algo, que puede ser muy
diverso, entonces tiene una estructura que lo soporte, esa funcin est soportada
por una estructura. Y recuerden, y se los voy a decir hasta el final del curso, y
espero que se les quede bien fijo: Estamos hablando a nivel molecular y lo que las
estructuras celulares ven para interactuar son molculas, ven grupos funcionales, ven
atraccin o repulsin electrosttica, ven reactividad qumica, no ven otra cosa. No es como
nosotros que vemos, no s, la cara o la estatura, no, pueden ver el tamao, por favor, no
vayan a usar el trmino ver, sino reconocer. Pueden reconocer tamao, se pueden
reconocer polaridades?. S!, porque lo que es muy polar no pasa la membrana, lo
que es muy grande no pasa la membrana. Puede reconocer cargas? S, porque las
especies cargadas, a menos que tengan un transportador, no pasan la membrana.
Entonces, de qu estamos hablando? Estamos hablando de estructuras a
nivel qumico, a nivel molecular, o inico si quieren, pero son especies qumicas,
eso es lo que reconoce la clula. Y gran parte de esa capacidad de reconocimiento,
de transporte, de contacto con el medio, la clula la tiene a partir de las protenas.
Bueno, decamos, molcula grande, siempre que hablamos de protena, asociamos
al trmino aminocido (a.), cualquier asociacin de aminocidos es una protena?
Compaeros: NO.
Ferro: A ver, por qu no?
Compaero: Tiene que ser a partir de 50 aminocidos.
Ferro: Primero un nmero mnimo, solamente eso?
Compaero: No, tambin tiene que ver el tamao, la estructura).
Ferro: No, no!, 50, ya me dijiste tamao, solo eso?, si yo junto 51
aminocidos de cualquier manera, eso es una protena? Estamos formalmente
definiendo una protena en trminos biolgicos? La mayora de las veces, yo creo
que no hay excepcin, cualquier agrupacin covalente de 50 aminocidos, que a
partir de ah llamamos residuos, o ms, es una protena, pero no es suficiente, es
una asociacin en la cual se tiene que dar una secuencia de este tipo:
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Fig. 1
Fig. 2
De acuerdo?, o sea, no residuo como cosa intil, sino como resto, como fragmento
y vamos a utilizar el mismo nombre para el aminocido y para el residuo, es decir,
cuando encontremos Treonina (Thr) dentro de una protena, vamos a decir que es
Treonina (Thr) , y si est en disolucin tambin, no va a haber diferencias.
La mayora tiene en estos lmites -masa promedio por residuo de 110 Da por
residuo las masas entre 5.500 (5,5 kDa) y 220.000 Da (220 kDa) - ah hay que ser
cuidadosos, dice la mayora, no 100 %, hay protenas ms grandes? Claro que las
hay, ahora, tambin hay una cuestin interesante: cuando esas protenas tienden a
ser ms grandes, lo ms frecuente es que sean protenas multimricas.
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para sintetizar esta protena, mnimo? UNO Y ese gen tiene que ser repetitivo,
tiene que estar aqu aqu aqu varias veces, y se lee todo de una vez?
Compaeros: NO.
Ferro: Cmo es entonces? Se lee varias veces, verdad? O, el ARN
produce a partir de una transcripcin, produce un transcripto muy estable
tambin, verdad? No necesariamente hay que leer todas las veces, a veces, se lee
una vez y ese transcripto es muy estable y en el ribosoma se traducen muchas
veces, de acuerdo? Observen que, normalmente, nosotros nos vamos a encontrar
con protenas grandes, y vamos a encontrar protenas como estas, o vamos a
encontrar protenas como estas hace referencia a la hemoglobina y gamma-carboxiglutamato-, y cuntos genes como mnimo?
(MOSTR LO DE LA HEMOGLOBINA Y GLA-CARBOXI-GLU).
Dos, mnimamente 2, y en total cuntas subunidades? 4, muy bien. Sera
como hemoglobina por ejemplo, Glutamina Sintentasa, Hemoglobina (Hb) o
Glucgeno-Fosforilasa-Quinasa, Cuntas sub-unidades aqu?
()4
Son 16 sub-unidades construidas con 4 pptidos distintos cada uno, est
claro? Es decir, cuando hablamos de protenas oligomricas, en realidad, estamos
hablando de cosas complejas. Entonces, habra que preguntarse por qu en la
naturaleza se recurre a esta solucin (Citocromo-C) con ms frecuencia de que a
esta por ejemplo (Titina Humana).
Residuos de
Subunidad
Masa Molecular
Aminocidos
es
del Polipptido
(D)
Titina (Humana)
29.926
2.993.428
Citocromo C
101
11.617
(Humano)
Titina humana que tiene 26.000 residuos y un peso de casi 3000 kDa. Sea un
1 Da una unidad de masa (1 Da = 1 uma), o por qu esto y no eso, o a ver aqu no
est el receptor, uno que vamos a usar muchas veces, que es el receptor de LDL, el
receptor de Apo-B100 que es una sola cadena con 850 y algo residuos, o sea es una
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Una de las protenas ms pequeas que hay, sin que haya sido recortada de
otra protena ms grande es el Citocromo-C, es una protena que se usa mucho
para estudios de parentesco, por qu, porque es una protena que existe en todos
los organismos. Entonces, se supone que si est en todos los organismos por qu ha
de ser, eh? Porque realiza en todos los organismos una funcin vital y esa
funcin debe ser parecida en todos los organismos, verdad, o sea, si hay algo que
est en todos los organismos es porque debe hacer lo mismo y porque todos los
organismos la necesitan, es decir, las plantas tienen Hemoglobina?
No, Hemoglobina como tal, no, las legumbres tiene Lec-globina (?), una
lec-globina, pero para otra cosa, o sea debe ser que no tienen la misma funcin que
tiene en nosotros, no la necesitan, entonces no expresan eso, pero esta es una
protena que todos los seres vivos tanto eucariontes como procariontes, tenemos y
usamos. Y es una protena, ustedes diran, qu es grande o es pequea? Porque a
veces yo hablo de grande o de pequeo y tal vez no nos entendemos exactamente
dnde empieza grande y dnde empieza pequeo. A ver, grande o pequea
seala una protena de 11 kDa? Pequea, son 104 residuos, 11 kDa apenas, o sea
11,000 Dalton, recuerden que esto esta sacado de un texto en ingls y la coma (,)
aqu es punto decimal para nosotros, est claro.
Entonces, hay protenas monomricas grandes? S las hay, verdad, pero
fjense Glutamina Sintetasa que marcbamos all tiene 621 kDa, pero tiene 12
cadenas. Por qu se recurre ms a este tipo de solucin que a este para producir
una protena grande?
Compaero: No es para evitar mutaciones.
Ferro: Una de las, bueno en realidad no se sabe, pero una de las
explicaciones es esa. Si tenemos una protena grande monomrica, quiere decir que
el gen tiene que ser enorme. Ese gen ocupa mucho lugar, primero. Piensen en
trminos de espacio. Cunto espacio yo necesito para cifrar Glutamina Sintetasa?
Un gen que mnimo, mnimo, tendra a ver 5600x3, verdad, estamos, o no,
bases, o no es as, eh? Son 5600 codones, o sea 5600 por tres. Si yo tuviera las 12
subunidades como una cadena solamente sera 5600x12x3 y sera un gen
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ENORME, en cambio, aqu tenemos un gen ms pequeo que se lee varias veces o
que me produce un RNA muy estable que se traduce varias veces.
Primero, hay un ahorro de ESPACIO, segundo, lo que deca el compaero
es muy cierto, cunto ms largo es el gen, ms largo es el proceso de lectura, por lo
tanto ms probable la aparicin de errores de lectura. Pero los genes solamente
se leen o les pasan otras cosas?
Compaero: Se transcriben?.
Ferro: Se duplican, verdad, se replican, los genes se tienen que copiar de
una clula a otra, entonces al copiar, como el examen, verdad, no se fen de copiar
mucho, porque aparte que les voy a dar con todo, si los pesco. De que pueden
copiar, seguro que van a poder. Si ustedes son 200 y nosotros somos 2 en el
examen, nos ganan 100 a 1, verdad, pero existe el riesgo de copiar mal. Bueno, en
la clula, tambin existe riesgo de copiar mal y eso introducira una mutacin.
Pero solamente al copiar, al replicar el ADN hay riesgo de error? No!, se puede
cargar mal el ARNt, se puede leer mal el ribosoma, es decir, muchas cosas pueden
pasar en ese proceso y generar una mutacin, y esa mutacin podra alterar
severamente la estructura, de manera que controle severamente o influya
severamente sobre la funcionalidad de la protena.
Entonces, se piensa que esas son las 2 razones las ms importantes, las ms
evidentes por las cuales para ser una protena grande se prefiere un nmero de
genes o varios genes pequeos, relativamente, que se lean varias veces, en lugar de
tener un gen enorme, menos lugar para almacenar la memoria en lugar de tener un
gen enorme, menos tamao y disminuir la probabilidad de errores.
Bien, si nosotros tomamos que la masa promedio son entre 100110 Da de
un aminocido, y hablamos de 50 residuos, entonces, la masa est en torno a 5 y
kDa, sera muy chiquitito, estamos hablando del tamao de la Insulina funcional,
que no es lo que viene del gen de la insulina, a protenas de unos 200 kDa.
Cuando se habla de la constitucin, estn constituidos por a..
mayoritariamente de la serie L, no exclusivamente, hay varios ejemplos de
protenas, es decir, de participacin de a.. de la serie D en alguna protena del
sistema nervioso, en protenas que constituyen toxinas de algas, estas toxinas que
hay en lago Ypacara, Microcistinas, eso tiene algunos a.. de la serie D, pero
fundamentalmente son a.. de la serie L.
El hecho de que haya a.. y que, en principio, la organizacin de las
protenas se basa en 20 a.. que denominamos aminocidos proteicos, conste que
los aminocidos proteicos son cuntos. Cuntos son aminocidos proteicos?
Compaero: 20.
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Fig. 4 Esqueleto
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tambin hay
formacin de algo, por ejemplo Yodo Tirosina para constituir las hormonas
tiroideas ms adelante o simplemente pasos en una degradacin, pero que
qumicamente son a..
Fjense que aun comparando dos protenas del mismo organismo, es decir
de vaca, nos vamos a encontrar que la composicin de a.. puede ser radicalmente
distinta, verdad, en una molcula es cierto que esta tiene ms del doble de residuos
que esta, pero por ejemplo en una hay solamente 1 residuo de triptfano (W) y en
esta hay 8 residuos de W.
Aminocido
CitocromoC Bovina
Quimotripsingeno
Triptfano
Cistena
10
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Fig. 5
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queman los extremos, muchas veces no tanto para que no se deshagan, sino que
para que no se agreguen otras estructuras.
Podemos tener (escribe en la pizarra una frmula) (Fig.6):
Fig.6
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Quiere decir que estructuras como FAD o FMN siempre estn unidas
fuertemente a las protenas, no quiere decir que siempre sean covalentes, pero
siempre es fuerte, por eso decimos C) flavoprotenas. En cambio, en estructuras
como NAD o NADP la unin con las protenas es laxa, qu quiere decir?, est
basada en qu?
Compaeros: Interacciones.
Ferro: En interacciones, no en enlaces covalentes. Y eso es bueno o es
malo? Despus vamos a ver que es un espectculo, porque eso significa que la
protena reduce al NAD y lo manda afuera y viene otra molcula de NAD, reduce
y lo manda afuera, es decir la protena que es lo costoso se puede usar un
montn de veces sin que se estropee, sin que cambie estructuralmente y eso
definitivamente confiere a la clula un ahorro extraordinario. Es decir, si nuestras
clulas son tan buenas que pueden hacer cosas tan espectaculares, porque una de
las cosas que aprendieron es a ser econmicas y economa es todo lo opuesto a
nuestro de vida de usar y tirar, la clula en lo posible reutiliza las cosas para no
tener que estar sintetizando una y otra vez. Sintetizar una protena es un proceso
muy, muy caro.
Recuerdan cuanto ATP por cada enlace peptdico, cuntos? 7 ATP por cada
enlace peptdico, y no estemos hablando de todo lo que se gasta de enlace rico en
energa en la replicacin, en la transcripcin. No hablemos de lo que se gasta en
energa en la modificacin post-traducciones. Miren
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