Escolar Documentos
Profissional Documentos
Cultura Documentos
BIOQUMICOS
I.N.E.F.
FUNDAMENTOS
BIOQUMICOS
NDICE
INTRODUCCIN
TEMA 1
Concepto de bioqumica. Composicin molecular de los seres vivos. Organizacin
celular y compartimentacin. Homeostasis.
TEMA 3
Niveles estructurales de protenas. Estructura primaria y secundaria de protenas.
Estabilizacin de la estructura secundaria. Tipos de estructura secundaria: - hlice,
estructura . Estructura terciaria de protenas, dominios y estructura supersecundaria.
Estabilizacin de estas estructuras. Protenas globulares y fibrosas. Estructura cuaternaria
de protenas.
TEMA 5
Funcionalidad cataltica de protenas: enzimas. Especificidad enzimtica. Centro
activo. Cintica de reacciones enzimticas con un sustrato. Ecuacin de Michaelis
Menten. Inhibicin enzimtica; tipos. Efecto del ph y de la temperatura sobre la actividad
enzimtica. Cintica de las reacciones enzimticas con ms de un sustrato.
TEMA 6
Relaciones estructura funcin en protenas: actividad cataltica. Tipos de
interacciones enzima sustrato. Mecanismo de accin enzimtica. Importancia de grupos
prostticos, coenzima y coofactores en la actividad enzimtica. Criterios generales.
Regulacin alostrica. Modificacin covalente de enzimas: zimgenos. Isoenzimas.
Regulacin de las rutas metablicas.
INTRODUCCIN
1- Concepto de bioqumica
La Bioqumica es la ciencia que estudia las bases moleculares de la vida, en la que
se integra y relaciona los conocimientos de dos ciencias, una la Biologa ( ciencia que
estudia las interacciones de las clulas y el organismo ), y otra la Qumica ( ciencia que
estudia las interacciones entre los tomos y las molecular ).
El trmino Vida, no es sencillo de definir, ya que es imposible explicar la esencia de
la misma, por lo tanto nos debemos limitar a decir las caractersticas vitales que diferencian
a los seres vivos de los inertes: nutrirse, relacionarse con el medio, reproducirse,
diferenciarse y crecer.
Para Norman Hollowitz, el concepto de vida atribuye a los seres vivos la capacidad de
replicarse, catalizarse y la mutabilidad ( adaptarse al medio ambiente ).
* Generalidades aplicables a los seres vivos.
1- Hiptesis gentica: dice que la herencia en todos los seres vivos es necesaria para que un
organismo crezca y se reproduzca, y se produce por la replicacin del DNA.
2- Dogma central de la Biologa: dice que el flujo de informacin gentico dentro de un ser
vivo, va desde el DNA hasta el RNA, y de ste a protenas.
3- Hiptesis enzimtica: dice que casi todas las reacciones qumicas que ocurren a nivel
celular, estn catalizadas por enzimas que son siempre
4- Hiptesis energtica: dice que en la unidad bsica de vida ( clula ), el ATP es la unidad
cuntica de energa, la cual, se libera cuando los distintos nutrientes se metabolizan en el
interior de la clula. Cualquier reaccin metablica producida en la clula que necesite
energa va a ser aportada por medio de la molcula de ATP.
- Protenas.
- Ac. Nucleicos.
. Molculas inorgnicas:
- H2O.
- Iones asociados a sales minerales: Cationes (+) y Aniones (-).
Escherichia Poli: E. Poli. Es una bacteria de nuestro estmago que se usa por
su tamao como ejemplo de organismo vivo. Es un procarionte, GRAM (-),
unicelular.
Esta bacteria revela que el componente ms abundante son las protenas, por
tanto las protenas son cuantitativamente y cualitativamente (muchos tipos de
protenas) las ms importantes.
Tamao: Las molculas de mayor tamao son los cidos nucleicos, en
concreto el DNA, adems lo es en todos los organismos.
El H2O Es siempre la sustancia que mayor nmero de molculas tienen los
organismos, alrededor del 75% es agua en cualquier tejido salvo en el tejido
seo y el adiposo (las grasas).
Composicin celular: Las protenas y los cidos nucleicos son necesarios en
cualquier clula.
La cantidad de lpidos, hidratos de carbono e incluso agua pueden modificarse.
FUNCIONES.
Las protenas son las ms variadas en funciones siempre.
- Los cidos nucleicos:
DNA: Almacenar la herencia gentica.
RNA: Transcribir la informacin gentica a las protenas.
- Lpidos o grasas:
Estructural.
Reguladora.
Reserva energtica.
- Protenas:
- Estructural.
- Cataltico (enzimas).
- Regulador.
- Defensa (inmunidad y anticuerpos).
- Hidratos de carbono:
- Estructurales.
- Reserva de energa (mucho tamao).
LAS SALES MINERALES.
CLASIFICACIN DE ANDERSEN:
Depende de las necesidades diarias de cada elemento:
- Esenciales: + de 100 mg da: Ca, P, K, Na, Cl, ...
. _ de 100 mg da: Fe, Co, ...
- No esenciales: No esenciales, Ni, estao, ...
Contaminantes: Pb, Hg, ... Se encuentran en el pescado y los
empates.
REINO
TIPO DE CLULA
(I) Mnera
Procariota
(II) Protstas
Eucariota
(III) Planta
Eucariota
(IV) Animalia
Eucariota
(V) Fungi
Eucariota
NUTRICIN
N DE CLULAS
Auttrofo o hetertrofo
Unicelular
Auttrofo o hetertrofo
Unicelular
Auttrofo
Pluricelular
Hetertrofo
Pluricelular
Auttrofo o hetertrofo Pluricelular
ANIMALIA.
Son hetertrofos, requieren compuestos orgnicos para producir energa.
Necesitan oxidar compuestos orgnicos.
MONERA Y PROCARIOTAS.
1-.Clasificacin: - Cianobacterias: Viven del aire.
- Otra bacterias: 19 tipos.
2-. Clasificacin: Dependiendo del tipo de pared celular que tengan:
- Microplasmas: Es el ser vivo ms pequeo que existe. 0,12 micras.
- Gram +: Bacteria gruesa. Se tie y queda definitivamente as.
- Gram -: Poco gruesa, no sigue teida perpetuamente tras haberla colorado.
3-. Clasificacin:
- Arqueobacterias:
. Acidfilas: Viven en altas temperaturas y bajos Ph, >2.
. Halobacterias: Viven en lugares de gran concentracin salina.
. Metalgenas: Obtiene metano por reduccin de CO2, son anaerobias.
CON + H CH4 + O2.
- Eubacterias o verdaderas:
- Eucariotas.
LA CLULA.
Es la entidad compleja y mnima unidad donde se produce la vida.
Se apoya en la teora celular:
1-.
Las clulas forman toda la materia viva.
2-.
Todas las clulas provienen de otras clulas (por replicacin).
3-.
La informacin gentica para que crezca y se desarrolle se transmite de
una clula a otra.
4-.
Todas las reacciones qumicas de la vida discurren a nivel celular, dentro
de las clulas.
LA CLULA PROCARIOTA.
Por definicin pro = anterior y cario = ncleo.
Las clulas procariotas pertenecen al reino mnera, seres unicelulares y
auttrofos o hetertrofos. Son los organismos ms numerosos y ms distribuidos
de la tierra. Tambin son los seres ms antiguos de la misma, su origen se
remonta a 3.500 millones de aos. Pueden sobrevivir en condiciones muy
adversas, con falta de O2, a altas temperaturas, ...
Generalmente este grupo se compone por bacterias, las cuales tienen la
posibilidad de crear o sintetizar esporas, que les sirven para ser ms resistentes
an.
Su tamao es menor que el de las clulas eucariotas, su tasa de reproduccin en
tres veces mayor, como mnimo, que las eucariotas.
Cuadro del sistema internacional de medidas: SI.
- 1mm : 10-3 m
- micra : 10-6 m
- nm (nanmetro) : 10-9 m
- (Amstrom) : 10-10 m
Grupos:
Segn su forma:
. Redondas: COCOS.
. Alargadas: BACILOS.
. Helicoidales: SPIRILLIUM.
CLULA PROCARIOTA.
Estructura:
. Apndices: Son proyecciones, los hay de tres tipos:
- Flagelos: Son distintos a los que tienen las clulas eucariotas, se componen
de una protena llamada flagelina y se encargan del movimiento.
- Pilis: Se le asocia con la transferencia de DNA en la conjugacin sexual.
- Fimbrias: Se utilizan para aderirse a superficies que son ajenas.
Las bacterias tienen una gran capacidad de movimiento, se mueven a 50 veces su
tamao en un segundo.
. Mb. Plasmtica: (con un grosor aproximado de 70 ), toda la bacteria est
rodeada por ella. Es una bicapa lipoproteca, sus protenas se encuentran como:
. Funcin estructural.
. Funcin cataltica, que sirve para comunicarlas con el exterior.
. Pared rgida: Con un espesor variable entre los 50 y 500 , es la encargada de
conferir proteccin mecnica y la capacidad de no incharse por osmosis.
Tambin le tiene capacidad antignica, de defensa, est constituida por polisacridos y
protenas.
. Cpsula: Solo la tienen algunas, es una capa con estructura gelatinosa,
compuesta por un gel de polisacridos. Su funcin es la misma que la pared
rgida, pero esta aumenta ms sus propiedades.
COMPARTIMENTOS INTERIORES:
HIDRATOS DE CARBONO
CIDOS GRASOS
AMINOCIDOS
GLUCOSA
AEROBIA
ANAEROBIA
. LIBERA ATP
CIDO PIRBICO
CICLO DE KREBS
GLICEROL
CIDOS GRASOS
. Fosforilacin oxidativa.
. PDH Es el enzima que determina si el proceso oxidativo es aerobio o
anaerobio. Es irreversible, es el encargado de llevar cido pirbico a la
mitocondria. Su funcin est relacionada con la respiracin celular.
c. Pirbico PDH Acetil Co-A
(proceso irreversible)
(Citosol)
(CO2)
(Mitocondria)
A nivel del ncleo: Es el encargado de almacenar y expresar los genes.
. Replicacin de DNA.
. Sntesis o transcripcin de RNA.
. Traduccin de RNA a protenas.
A nivel de peroxisomas: El peroxido de hidrgeno es el agua oxigenada.
. Catarasa (libera O2) H2O2 H2O + O
. D y L Aminocido oxidasa 1 para cada aminocido.
A nivel de membrana nuclear: Llevan las relaciones entre el interior y el
exterior.
Son los enzimas relacionados con el transporte. El ms importante es el Na K ATPasa, que
se engarga de funcines de transporte, mantener el gradiente de presin y excitacin celular.
Adems libera el ATP (por lo tanto libera energa).
A nivel de receptores: Son las sustancias que reconocen a las hormonas, principalmente
al glucagn y a la insulina. Llevan a cabo la regulacin de los hidratos de carbono(LDL
light densitive lipity-).
. Translocasas de glucosa.
. GLUT Protenas transportadoras de glucosa, el subindice de estas protenas nos indica
el tipo de tejido (por ejemplo 4 sera tejido esqueltico).
A nivel de retculo endoplasmtico:
LISO.
Se encarga de la sntesis de lpidos complejos:
. Fosfolpidos.
. Hidroxilacin de los esteroides (meter OH).
. Actividad del citocromo P-450, se encuentra en el hgado y es el responsable del
metabolismo de sustancias estimulantes).
RUGOSO Y APARATO DE GOLGI.
Stesis de protenas membranales con funcin estructural y secrecin de protenas.
MTODOS DE LABORATORIO PARA EL ROMPIMIENTO Y SEPARACIN DE LOS
ORGNULOS.
LAS PROTENAS.
Por su significado etimolgico (protos es principal), sabemos que son necesarias, y que son
las sustancias principales por el gran nmero de funciones que realizan. Son los principales
causantes de todo lo que ocurre a nivel celular y corporal.
Las funciones de las protenas son:
Enzimticas: Catalizan casi todas las reacciones.
Receptoras: Se encuentran dentro de la clula (en el ncleo, dentro de orgnulos,...),
dentro de la membrana plasmtica, en la superficie de la membrana plasmtica, etc.
Estructural: Es la ms importante a nivel de membrana, muscular (constituye las
miofibrillas de miosina y actina), en los huesos y tejido conjuntivo (el colgeno es la
principal molcula estructural).
Transportadoras: El transporte de molculas apolares en sangre se realiza gracias a las
protenas. Las lipoprotenas transportan los lpidos, las albuminas transportan las
grasas, etc.
Anticuerpos: Funcin defensiva y protectora. Frenan y bloquean los efectos de los
antgenos (sustancia que nos invade) gracias aun anticuerpo (pretenas). Los receptores
de los linfocitos aseguran la defensa.
Las protenas estn compuestas por 20 aminocidos de 300 que existen, estos son los aa
codificados o estandar. Los genes tienen la suficiente informacin para saber el orden de la
secuencia de aa que forman una protena. Son secuencias de DNA que repiten tres tipos de
bases, son los codos o tripletes que se traducen por un aminocido.
DNA cada codon 1aa. Por este motivo se produce la herencia fsica.
Las protenas tienen un reciclamiento (turnover), mientras unas viejas y degradadas otras
nuevas se estn sintetizando.
La vida media de una protena tiene relacin con el turnover, es el tiempo que tardan las
protenas en ser cambiadas por otras de su mismo tipo. Este tiempo oscila entre unos
minutos y varias semanas.
AA COMO CONSTITUYENTES DE LAS PROTENAS.
Los aa que se encuentran en las protenas son alfa aminocidos (que son los mismos 20 que
se encuentran codificados, y se encuentran en su forma L (levgina).
Excepto para la glicina, tienen en comn un carbono asimtrico o quiral. El carbono tiene
cuatro valencias.
ESTRUCTURA GENERAL DE LOS AA.
H
NH2- C-
COOH
El alfa viene determinado por el grupo COOH.
La cadena lateral determina sus propiedades y caractersticas.
La cadena principal es la sucesin ms larga de C, quedando hacia fuera sus radicales.
Se clasifican en 7 grupos y con tres acepciones:
Alanina/Ala/A.
Cistena/Cis/C.
cido asprtico/Asp/D
cido glutamnico/Glu/E
Fenilalanina/Fen/F
Glicena/Gli/G
Histidina/His/H
Isoleucina/Ile/I
Leucina/Leu/L
Metionina/Met/M
Asparragina/Asn/N
GRUPOS DE AA:
Suscaractersticas comunes van a ser si son polares (buena relacin con el agua), o son
apolares (hidrfobos). Tambin se distingue segn la tabla alimenticia, es decir si son
esenciales (no los podemos sintetizar) o si son no esenciales. Tambin sabemos que todas
las protenas animales son ms ricas energticamente que las vegetales. Tambin podemos
encontrar algunas que solo son esenciales en algunos momentos de nuestra vida.
Consideranos tambin el grado de Ph, de esta forma encontraremos aa cidos (donadores de
protones), AA bsicos (receptores de protones, o neutros.
1-. ALIFTICOS: Su cadena lateral solo tiene hidrgenos y carbonos. Son apolares. Son
hidrfilos (rechazo por las molculas de H2O). Con la Glicina (2-C) cuyo radical es H,y la
Alanina (3-C) cuyo radical es CH3.
Tambin estn los ramificados, que adems son esenciales, es decir, necesitamos ingerirlos
porque somos incapaces de sintetizarlos dentro de nuestro organismo), estos son: Valina
(C-5), Isoleucina (C-6), Leucina(C-7).
2-. AROMTICOS: Se caracterizan porque tiene anillo aromtico, que es una estructura
cclica que tiene dos enlaces.
Fenilalanina, es apolar y esencial.
Tiroxina, es polar.
Triptfano, es esencial.
3-. AZUFRADOS O SULFURADOS: Son la cistena y na metionina.
- La cistena: Tiene como radical el CH2-SH, el grupo sulfihidrilo tiene la capacidad
de reaccionar con otro SH creando unos puentes disulfuro y originar un dipctido
llamado cistina. Es un grupo muy frecuente entre las protenas estructurales. Es
polar, levemente cido y no esencial.
- La Metionina: Su radical es CH2-CH2-S-CH3. Como el sulfuro est en medio es
neutro, apolar y esencial.
4-. CIDOS O DICARBOXLICOS (-COOH) Y SUS DERIVADOS:
O
!!
(derivado) Asparragina:. R: CH2-C-NH2
. Polar.
. cido.
. No esencial.
O
!!
(derivado) Glutamina: .R: CH2-CH2-C-NH2
. Polar.
. Neutro.
. No esencial.
5-.
BSICOS: Tienen tendencia a aceptar protones. El NH2 captura un protn para
convertirse en NH3+.
NH2
!!
Arginina: . R: (CH2)3-NH-C-NH2. Este es el grupo guaridina, que puede aceptar (H+).
. Polar.
. Bsico
. Esencial.
Histena: . R: Grupo inmidazol (anillo de 2N y 3C, dos dobles enlaces y aceptor de (+)).
. Esencial
. Polar.
. Bsico.
Lisina: . R: (CH2)4- NH3.
. Esencial.
. Polar.
. Bsico.
6-. HIDROXILADOS O CON GRUPO ALCOHOL:
Serina: . R: CH2-OH
. Polar.
. Neutro.
. No esencial.
Treonina: . R: CH-CH3
OH
. Polar.
. Neutro.
. Esencial.
7-. CCLICOS O AMNIDOS:
Prolina: . R: (CH 2)3-C@
NH2
. Apolar.
. Neutro.
. No esencial.
CARACTERSTICAS DE LOS AA.
1.
No tiene carbono asimtrico nicamente la Glicina o glicocola.
2.
Los aa treonina e isoleucina tienen dos carbonos asimtricos.
3.
La glicina y la pronina se encuentran amenudo en los pliegues o codos de las
protenas por culpa de su estructura.
4.
La glicina se encuentra cada cuatro residuos en el colgeno.
5.
La serina, treonina y la tiroxina (los hidroxilatos), pueden fosforilarse por su OH,
que interviene en muchos procesos de regulacin.
6.
La metionina y el triptfano estn codificados solo por un codon o triplete mientras
que las dems tienen dos o ms codones. Estos dos aa son los menos frecuentes en
las protenas.
7.
El aspartato y el glutamato (ambos con cargas negativas) son neurotransmisores
excitantes del cerebro, especialmente el ltimo.
8.
El triptfano es el encargado o precursor del 5-DH-TRIPTAMINA, es un
neurotransmisor que provoca el sueo.
9.
La metionina es el aa que inicia las protenas.
10.
La alginina y la lisina se encuentran cargadas negativamente a PH fisiolgico.
11.
La histidina (su anillo), est cargado positivamente a PH fisiolgico.
ENLACE PEPTDICO.
Para que los aa se unan dando lugar a protenas, es necesaria la obtencin de un enlace
peptdico. El carbono alfa - C@ - del AA1, por su grupo amino, reacciona con el grupo
carboxilo del AA2. Lleva consigo la aliminacin de una molcula de H2O.
Es un enlace plano y rgido, que imposibilita la rotacin entre el H y el C. Nos lo
encontramos entre cada residuo de la cadena de la protena. A la izquierda solo queda el
grupo amino, a la derecha queda el grupo carboxilo que es por donde crece (ambos
extremos estn libres).
AA1 + AA2 DIPPTIDO.
Residuo + residuo
AC. CARBNICO
IN CARBONICO
CO2 + H2O
CO3 H2 COH- + H+
(A)
(B)
(C)
Se encuentran en A,B o C dependiendo de las necesidades del PH corporal.
ACIDOSIS FISIOLGICA.
Sera aquella situacin en la que el PH se menor de 7,35. (PH < 7,35)
Se puede producir en el ejercicio o por imposibilidad de eliminar sustancias cidas.
- Acidosis respiratoria: Se produce a causa de enfermedades obstructivas, consiste en
que no se puede expulsar el CO2. El PH aumenta porque el total de cido carbnico
aumenta. La ecuacin se traslada hacia B.
- Acidosis metablica: Es muy corriente en situacin fisiolgica de ejercicio. Se va a
producir un exceso en la proporcin de cidos no vortiles, por la produccin de
cido lctico que pasa a sangre desde los msculos, el cual no puede ser
neutralizado por el bicarbonato (que est disminuido). Esta acidosis metablica es
tambin frecuente (no en ejercicio fsico) entre los diabticos.
Las respuestas a la acidosis respiratoria es un aumento de los cidos en orina y la retencin
del bicarbonato.
La respuesta a la acidosis metablica es un aumento de NH4+ en orina y expulsin tambin
en orina del in fosfato (PO4H2-), se aumenta el CO2 expirado y se retiene el bicarbonato.
ALCALOSIS FISIOLGICA.
Cuando tenemos un PH superior a 7,45 estamos en esta situacin. Es producido por una
excesiva eliminacin de cidos o por una ingesta desmesurada de bicarbonato.
Podemos encontrar dos tipos de alcalosis en el organismo:
- Alcalosis respiratoria: Se produce por una excesiva eliminacin de CO2 que
responde a dos motivos, por ansiedad o por meningitis. El PH est aumentado
porque el CO2 y el CO3H2 estn disminuidos. Se neutraliza con una mayor
excrecin de bicarbonato y una retencin de cidos.
- Alcalosis metablica: Est relacionada con la manipulacin de la ingesta, se
produce por una sobrecarga de bicarbonato, para evitar vmitos o emesis durante el
ejercicio. Se neutraliza mediante la excrecin de bicarbonato, aumento de
bicarbonato en orina y se reduce la eliminacin de CO2 y CO3H2.
Los AA funcionan por tanto como neutralizadores o sustancias tampom porque su
estructura est determinada como bipolar:
2 GRUPOS CIDOS: . COOH COO- + H+ Es la molcula ms cida.
. NH3+ NH2 +H+
2 GRUPOS BSICOS: .COO- COOH
. NH2 NH3+ Es la sustancia ms bsica.
PEPTIDOS NATURALES.
Hasta 10 se pone la preposicin; bi, tri, ..., nona, deca.
A partir de 10 resduos se les conoce como polipptidos.
Tambin se consideran pptidos a aquellas cadenas que tienen menos de 50 AA.
La insulina est en el lmite (51 AA).
Loa pptidos naturales tienen funciones muy diferentes:
- Son agentes reductores (mutatin).
GLUTATIN.
Es untripeptido compuesto por tres residuos de AA. Se ha clasificado como 1 pptido no
proteco por dos razones:
- Su carbono es Beta y no alfa (se une por la cadena lateral).
- En su sntesis no intervienen los cromosomas (no sigue el mtodo normal:
cromosomas, RNAm , protenas, AA...).
Su concentracin es de 5 Molar en los humanos.
Sus grupos ms importantes son el tiol (SH), y el sulfhdrico, gracias a los cuales forma
enlaces entre ellos mismos dando lugar a puentes de hidrgeno.
Su ciclo glutmico:
1.
2.