CLASE LIGAMIENTO GNICO Y MAPEO DE GENES

Prof. Luca Cifuentes

Recordemos las clases anteriores:
La Teora cromosmica de la herencia postula (y demuestra) que los genes se ubican fsicamente
en los cromosomas. Al poco tiempo de haberse demostrado esto, los bilogos de la poca se
dieron cuenta que el nmero de genes es mucho mayor que el nmero de cromosomas que
tenemos, por lo que en cada gen hay muchos cromosomas (miiich).Entonces cmo se puede
cumplir la segunda ley de Mendel para genes que estn cerca en un mismo cromosoma?
Conceptualmente esto es imposible, porque durante la meiosis los cromosomas no se fragmentan
Cmo se combinan al azar genes que estn cerca de un mismo segmento?
Surge la idea de que no todos los genes respetan la segunda ley de Mendel por su proximidad
fsica, a esto de le llam Ligamiento de Genes.En el ao 1906 dos genetistas, Bateson y
Punnetdemostraron el ligamiento gnico en guisantes.
Ellos queran identificar el modo de herencia de estas plantas de la misma forma en que lo hizo
Mendel, usando monohibridismo. Determinaron que haba un gen en la planta del guisante que
determinaba el color de la flor y para este gen haba dos alelos, uno dominante que daba flores
prpuras (AA), y uno recesivo que daba las flores rojas (aa). En esta misma especie indagaron la
forma del polen, que tambin tena dos alelos: el dominante daba polen alargado (BB)y el recesivo
era redondo (bb). De estos dos caracteres tenan el modo de herencia bien deducida, pero queran
sabercmo se daba la herencia conjunta de estos dos caracteres:
Hicieron un cruzamientodihbrido igual que Mendel. Cruzaron una de color prpura y polen
alargado(AABB) con una roja y polen redondo(aabb).El fenotipo de la F1 fue todas prpuras y
polen alargado (AaBb).
Luego cruzaron entre si las plantas de la F1, esperando encontrar 4 fenotipos distintos: flores
prpuras con polen alargado y otras redondo, luego plantas de flores rojas y polen tanto alargado
como redondo.Encontraron efectivamente los 4 fenotipos, pero los nmeros fueron distintos:

Esto es lo que esperamos encontrar

en un cruce dihbrido tipo
mendeliano, en proporciones
fenotpicas de 9:3:3:1

296 Ambos dominantes9

19flores purpuras polen redondo3
27 flores rojas, alargado3
87 con ambas recesivas1
Se parece esto a 9:3:3:1? NO! Por lo tanto esta herencia no fue mendeliana. Los fenotipos
dominantes deberan estar en 9/16 de la F2, pero aqu estn en 296 de un total de 400, o sea ms
de lo esperado. El segundo fenotipo aparece muchas menos veces de lo que se esperaba, y la
condicin doble recesiva aparece ms; esperbamos 1/16 y obtuvieron 1/4 aprox.
Entonces compararon estos valores y plantearon una explicacin para este resultado tan
diferente: seguramente el doble heterocigoto no produjo 4 gametos con igual frecuencia (lo
quese espera en la segunda ley de Mendel), sino que tuvo preferencia de transmitir las
combinaciones que recibi de sus progenitores (AByab). Esto sera porque estos genes estn
ubicados en el mismo cromosoma y tienen tendencia a transmitirse juntos.
Por lo tanto, el ligamiento de genes sera la tendencia que tienen genes no alelos a transmitirse
juntos en los gametos, contradiciendo la segunda ley de Mendel. Esto ocurre porque estos genes
estn fsicamente cerca dentro de un mismo cromosoma.
Mendel demostr su segunda ley con 7 pares de caractersticas, estos 7 estn en cromosomas
distintos (slo dos de ellos estn en el mismo cromosoma pero fsicamente lejos)por lo que
efectivamente los estudios de Mendel corroboraban su segunda ley, ya que no estn ligados.
Nadie sabe si Mendel encontr otros caracteres que no cumplan esta ley y que estaban ligados,
pero al no poder interpretarlos los omiti (CHAN.)
Si existe predileccin de algunas combinaciones allicas por sobre otras, y demuestro que hay
genes que estn ligados estoy determinando la ubicacin fsica de los genes, por lo que el
ligamiento no es solo importante por el concepto sino que constituye una herramienta de
mapeo de genes.
Pregunta alumno: Cuando usted dice ligamiento, se alude a que estn los dos genes en un mismo
cromosoma. Pero qu hace que se transmitan juntos?Alguna protena o algo as?
Profe: Imaginemos los dos genes que estn juntos en un mismo cromosoma. Necesito un
mecanismo adicional a su posicin fsica para que se transmitan juntos? No, slo estn juntos y se
transmiten as, a menos que ocurra crossingover.
Ahora, supongamos que tengo dos loci, A y B cualesquiera, cada uno con dos alelos y yo quiero
saber si estn ligados. Si demuestro que estn ligados podr saber dnde se ubican, siestn en el
mismo cromosoma o en cromosomas diferentes.

Para responder esta pregunta, debemos disear un cruzamiento.

a) AaBb X AaBb: Una alternativa es hacer un cruzamiento dondelos dos parentales deberan ser
diheterocigotos. Si hago este cruce y me da 9: 3:3: 1 no estn ligados. Si los fenotipos difieren, me
dan dos fenotipos muy abundantes y dos disminuidos, estaran ligados. (Lo que hicieron Bateson y
Punnet).
b) AaBb X aabb: Otra forma; si hago un cruzamiento de prueba, estara directamente
demostrndome como se estn transmitiendo los genes.
Hay dos tipos de ligamiento:
1) Ligamiento completo Cuando siempre (siempre siempre), en todas las meiosis los dos genes
se transmiten juntos. Para que esto pase ambos genes deben ser contiguos.
2)Ligamiento incompleto Los dos genes tienden a transmitirse juntos pero no siempre, puede
ser que ocurra crossingover si los genes estn ligados, pero no taaaan cerca.
Entonces, volvemos al experimento para saber si los dos genes estn ligados. Si hago un cruce de
prueba(AaBb X aabb), tengo muchas posibilidades:
1. No hay ligamiento se cumple la segunda ley de Mendel, los genes no estn ligados por
lo que obtendra 4 fenotipos diferentes en un 25% cada uno.
2. Hay ligamiento completo Entonces cruzo los mismos individuos de antes, un doble
heterocigoto en un cruce de prueba. Cul esla descendencia que obtengo? Slo dos
fenotipos distintos: AB o ab (estos son fenotipos, no genotipos).En el caso de no saber el
genotipo de los padres, tambin podra ser Ab y la otra mitad aB. Dequ depende que es
lo que obtengo? De cmo vienen heredados desde los cromosomas paternos.
Lo que pasa es que un mismo diheterocigoto (en este caso AaBb) para dos locicon ligamiento
completo puede tener 2 combinaciones de padres:
AABB x aabb = AaBbAAbb x aaBB = AaBb
Entonces, cuando analizamos ligamiento, el que nos responder la pregunta es el doble
heterocigoto; l es quien nos dar la respuesta. Este individuo puede tener dos posibilidades de
gametos, por lo que se ha inventado una normativa:para escribir el genotipo del heterocigoto
doble se escribe una horizontal, sobre esta se escriben los alelos que recibi de un progenitor, y
bajo la horizontal lo que recibi del otro.
Un heterocigoto Fase cis o de acoplamiento hered los dos alelos dominantes de un progenitor y
los dos recesivos de otro (En este caso AB estn en un cromosoma y ab en el otro) independiente
de si estn ligados o no. Fase trans o de Repulsin el heterocigoto hered un alelo dominante de
un par con el recesivo del otro par de uno de sus padres (En este caso hered el A de un locus y el
b del otro padre)

Parentales: AABB x aabb

Gametos:
AB x ab
AB
ab
Fase de
acoplamiento
Volviendo:

Parentales:AAbbxaaBB
Gametos:

Ab x aB

Ab
aB
Fase de repulsin

3. Hay ligamiento incompletoOcurre si en el ligamiento entre los genes A y B obtengo 4

fenotipos distintos, pero las proporciones no son 1:1:1:1, sino que tenemos dos mucho
ms frecuentes. Los dos ms frecuentes se producen porque provienen de los padres, los
dos menos frecuentes se producen por crossingover. A estos ltimos que son productos
del crossingover y aparecen en menor frecuencia, se les llama fenotipos recombinantes.
Los que aparecen con ms frecuencia y son iguales a los de los progenitores son los
fenotipos parentales o no recombinantes (Im a genious! :D)
Entonces cuando se tiene ligamiento incompleto la frecuencia de los fenotipos recombinantes es
muy variable de un caso a otro. El genetista Morgan en 1911 postul que la frecuencia de
individuos con fenotipo recombinante que aparecen en la descendencia, se relaciona
directamente con la distancia que separa los genes dentro del mismo cromosoma. A ms
distancia aparecen ms fenotipos recombinantes, porque hay ms probabilidad de que ocurra
crossingover. Por lo que una manera de medir la distancia entre los genes, es contar cuantos
fenotipos recombinantes tengo. Entonces Morgan determin una unidad de distancia fsica entre
los genes,la frecuencia de recombinacin:
Fr = Nmero de individuos con fenotipos recombiantes
Nmero total de individuos

Se puede expresar como fraccin de 1 o como porcentaje. Posee unidades equivalentes:

1% de recombinacin = 1 unidad de mapa (um) o 1 centiMorgan (cM).
Sitenemos un ligamiento completo la frecuencia de recombinacin es un 0 %
Si tenemos herencia mendeliana (ausencia de ligamiento), y tengo 4 fenotipos (2
recombinantes y dos parentales) me quedara 2/4 y los recombinantes serian el 50% (0.5).
Entonces este 50% nos dara que los genes no estn ligados, la distancia mxima que
puede existir entre dos genes es 50%, ya que tienen su loci en cromosomas diferentes o
si estn en el mismo la distancia es muy lejana uno del otro.
si el ligamiento es incompleto, tendremos un valor entre 0 y 50%.

Si A y B se heredan ligados, el individuo hered un haplotipo(conjunto de genes que se heredan

ligados), cuando hay ligamiento, recibimos un haplotipo de cada progenitor.
Todo lo que hemos visto es bastante simple cuando podemos realizar los cruces. Pero, como se
hace el mapeo de genes en la especie humana? Obviamente no podemos realizar todos estos
cruces, partiendo porque necesitaramos mucho tiempo en llegar a la F2 y la progenie sera
mnima.
Imaginen que de nuevo me pregunto: los genes A y B estarn ligados? Esta vez estoy trabajando
en la especie humana; si no puedo fabricar el doble heterocigoto, lo busco. Pongamos un
heterocigoto en fase cis, que haya tenido hijos con una mujer para simular el cruce de prueba. Si
tienen 4 hijos, debemos estudiar el fenotipo que presentan para A y B.

Fenotipos
Analizo esta descendencia para ver si existe la posibilidad de que estn ligados, como es pequea
la muestra el error estndar sera enorme D: Qu se puede hacer?
Hay muchos mtodos, uno de ellos es el mtodo de Odds-Score, el cual se basa en calcular dos
probabilidades solamente:
PL: probabilidad de obtener esta descendencia bajo el supuesto de que los genes estn ligados.
PA: probabilidad de obtener esta descendencia suponiendo que los genes no estn ligados
Si hago un cuociente entre estos dos valores, obtengo el valor de Odds-score.
Odds-Score = PL :PA
Para calcular PA(bajo las leyes de Mendel de asociacin independiente), tendramos:
Madre: gametos ab
Padre: gametosAB y Ab
Entonces si hago el cruce bajo esta condicin de asociacin independiente, la probabilidad para
cada fenotipo ser:
AB

Ab aB

ab

La probabilidad de todos los hijos juntos, como son independientes uno de otro se obtiene
multiplicando: * * * 1/256(son 4 hijos con una probabilidad de un cada uno de
obtener el fenotipo que obtuvieron). PA= 1/256

Ahora para PL debo calcular la probabilidad a distancia 0, a 1%, a 2%, hasta llegar al 50% (Todo
esto se hace por computador). Daremos distintos ejemplos de cmo se realiza este clculo.
Ejemplo 1: Si tengo un PL completo, esto significa que est a una distancia del 0% de
recombinacin. Esta se calcula igual que antes, con el tablero usando a estos dos individuos bajo la
condicin de que los genes estn totalmente ligados.
Entonces hacemos el tablero:
La madre slo produce ab. Bajo el supuesto que es ligamiento completo, este
hombre solo produce 2 gametos: AB y Ab. Hago el cruzamiento,
Fenotipo descendencia: AB 1/2

ab1/2

Si volvemos a la genealoga y miramos la descendencia, los fenotipos que

encontramos son:AB, ab, ab, Ab.
La probabilidad de que haya fenotipos Ab en esta descendencia, bajo el supuesto de que estos
genes poseen ligamiento completo, es 0. Ahora calculamos el PL = ***0 PL= 0
Ahora calculamos el Odds Score:
Odds Score= PL : PA= 0 : 1/256 = 0.
Por lo tanto el odd-score es 0. Esto significa que la posibilidad de que esta la descendencia se
explique por ligamiento completo es 0.
Ejemplo 2:Ahora calculemos la probabilidad de ligamiento al 20% de recombinacin, ya sabemos
que el ligamiento completo es imposible.PLal 20% quiere decir que al probabilidad de que
aparezcan fenotipos recombinantes es de 0,2 en total (0,1 para cada recombinante), y la
probabilidad de fenotipos parentales es de 0,8 en total (0,4 para cada uno).
La madre slo podr producir gametos ab, por lo que la proporcin fenotpica de la descendencia
depende slo de los gametos del padre. El padre producir 4 gametos:
2 gametosparentales: AB 0,4 ab 0,4
2 gametos recombinantes: Ab 0,1 aB 0,1
Si volvemos a la genealoga y miramos la descendencia, los fenotipos son: AB, ab, ab, Ab.
Ahora calculamos PL= 0,4* 0,4 *0,4 *0,1 = 0,0064
Luego, Odds Score= PL : PA= 0,0064 : 1/256 = 1,63.
Esto se traduce en que es 1,63 veces ms probable explicar esta descendencia si los genes estn
ligados a una distancia del 20% a que si no estuvieran ligados.

Ojo que esto es solo una probabilidad, para que sea concluyente se necesitan nmeros mucho
ms grandes. Si el Odds- score es mayor o igual a 1000, ser demostrado el ligamiento.
Si el Odds-score es menor o igual a 0.01 queda demostrado el no ligamiento, por lo que se cumple
la segunda ley de Mendel.
Si obtenemos un Odds-score de 1.63, cmo podemos comprobar si los genes que estoy
estudiando estn o no ligados? Estudiando ms familias. En cada familia calculo un Odds-score,
como son elementos independientes se multiplican los Odds-score de cada familia y obtengo el
total, que tendr un valor o mayor de 1000 o menor que 0.01, lo cual sera concluyente (No se
asusten porque el Odds score se saca con computadores sper cachilupis). Para hacer la parte
aritmtica ms simple se usa el Lod, que es el logaritmo del Odd-score (as queda un nmero ms
chico).
Cuando no se conoce la fase en que el heterocigoto ha heredado sus genes (cis o trans), se
analiza en un escenario tanto de fase cis como de trans y se saca el promedio entre ambas.
El clculo de la distancia que vimos hace un rato no es perfecto, si la distancia es muy grande
podran haber dos quiasmas que no estara tomando en cuenta al determinar la frecuencia de
recombinacin. Este se puede corregir utilizando un tercer gen para analizar, lo que se llama
cruzamiento de tres puntos.

En este estudio se quiso saber si el gen que produce el sndrome de ua-rotula se encuentra
cercano al gen determinante de los grupos sanguneos en el cromosoma 9. Es una enfermedad
caracterizada por hipoplasia de las uas, glaucomas, etc pero no mayores problemas.
Encontraron diversas familias, calculando el odds-score desde el ligamiento completo (frecuencia
de recombinacin 0), pero los valores obtenidos no fueron determinantes. En la familia 2 aparecen
valores de recombinacin 0.36, menores de 1, por lo que aparecen individuos con fenotipo

dominante. Estos valores siguen sin ser determinantes, al usar muuuuchas familias, finalmente
obtuvieron un total que se ve en la diapo. Podemos concluir que hay ligamiento entre el gen AB0 y
el gen Ua rotula, ya que tenemos valores mayores de 1000, y la distancia es de un 10%. As se
han mapeado la mayora de los genes de nuestra especie.
Resumiendo:

El gen AB0 y el Rh son muy buenos marcadores genticos. Un genotipo polimrfico en la poblacin
es el que se encuentra al menos dos alelos diferentes, por ejemplo el color de pelo.

Hoy en da el marcador estrella son las variantes del DNA.

La variacin de estas regiones est dada por el nmero de veces que se repite una secuencia nica
de bases. La flecha muestra que la frecuencia caracterstica se repite: en el alelo 1 se repite 6
veces y el alelo 2 slo se repite 4 veces.
Entonces estas son secuencias de bases nitogenadas que se repiten un variado nmero de veces.
Los alelos para estos mini o microsatelites se determinan mediante la cantidad de repeticiones
que tiene de la secuencia. Un ejemplo el Locus TH01:

El locus TH01 es una variante del ADN caracterizado por las repeticiones, es un micro satlite
porque tiene mximo 5 pares de bases. En uno de los homlogos hered 4 repeticiones y en el
otro 5 repeticiones de la misma secuencia.

Electroforesis.El individuo 1 presenta alelos 4/6, el alelo ms pesado de su ADN migra ms cerca
del origen.
Los locus ms polimrficos son ms tiles, ya que busco los heterocigotos para saber si estn
ligados o no. Al ser muchas variables, la gran mayora sern heterocigotos.

Un ejemplo de mapeo, una herencia de tipo dominante donde el color ms oscuro es el enfermo.
Sabemos que hay un microsatelite en el cromosoma 2, los nmeros que aparecen son los que
surgen del ADN al analizar al cromosoma 2. Por ejemplo, la primera progenitora que es 4/5 tiene
ese fenotipo y genotipo para el microsatlite estudiado. Genotpicamente es doble recesiva (ee),
ya que est sana y dijimos que es una herencia dominante.
Para hacer un anlisis de ligamiento en esta familia necesitamos un doble heterocigoto, un gen de
ubicacin conocida (el microsatlite del cromosoma 2), la enfermedad no sabemos en qu gen
est codificada, pero si descubrimos que est ligada al microsatlite sabremos que est en el
cromosoma 2. Debe ser heterocigoto doble, ya que uno es el gen que se est analizando y el otro
es el marcador gentico. La elegida est marcada con la flecha roja. Su genotipo sera:
Genes heredados de su madre
Genes heredados del padre

4e__
6E

Ahora analicemos a los hijos. Si la herencia es mendeliana con genes no ligados, sus gametos
seran: 4e, 4E, 6e y 6E.
Sus hijos reciben las siguientes herencias: 4e, 6E, 4e, 4e, 6E y 6E (recuerden que la enfermedad es
dominante). No se comport mendelianamente, es sugerente de ligamiento ya que tiene
predileccin de transmitir las mismas combinaciones que hered de sus progenitores. Para
demostrarlonos debera dar 1000 el odds-score; Si da menos de 0.01 no hay ligamiento; Si da
500 (valor intermedio), buscamos en otras familias.

Adems del Odds Score hay otros mtodos de

mapeo de genes, uno de ellos es el mapeo por hibridacin in situ. Estos cromosomas denaturados
estn sin sus puentes de hidrgeno por lo que sus hebras estn separadas. Se aade una
monohebra marcada complementaria al gen (de secuencia identificada), y se hibrida con esta.
Luego al mirar los cromosomas veo los que estn marcados y por bandeo conozco a que
cromosoma corresponde; as identifico en qu cromosoma est el gen que estoy buscando.
Desventaja del mtodo: Se debe conocer la secuencia del gen.

FIN.
Transcripcin by Constanza Charangos.
Agradecimientos a Cristian Len por las correcciones