Talvez as caractersticas mais notveis (mioglobina) sejam
a sua complexidade e ausncia de simetria, Nature,1958 John Kendrew
Kendrew & Perutz
PN 1962 pelos estudos de estruturas de protenas globulares
Protein Data Bank (PDB)
(www.rcsb.org./pdb) PDB ID
coordenadas + programas desenho molecular (p.e. RasMol e Chime)
Estrutura tridimensional da protena
1920s vrias protenas cristalizadas
p.e. urease (MM 483 000) hemoglobina (MM 64 500)
Estrutura tridimensional determinada pela
sequncia de res. de aa? A estrutura determina a funo ?
Uma protena tem uma ou poucas formas estveis
Importantes p. a estr. trid. so apenas as ligaes no covalentes
Existem padres estruturais comuns
Conformao: arranjo espacial dos tomos numa protena (nativa)
Flexibilidade estrutural (lig. no covalentes)
Mltiplos estados conformacionais (necessrios p.
funo, ligao)
Estabilidade = tendncia para manter conf. nativa
G entre estados fold e unfold (cond. fisiol.) 20-65 kJ/mol i.e. um polipptido pode terica/assumir um n de conformaes elevada entropia conformacional
elevada entropia conformacional +
lig. H com gua unfold mantido
Ento porque acontece o fold?
S-S e interaces no cov. entre cadeias (H, inicas
e hidrfobas)
Estabilizao da conform. nativa
A ligao peptdica (nvel primrio de estrutura)
1930
Pauling PN 1954 (Q)
PN 1962 (Paz) Stop the war!
Pauling props em 1950 o primeiro modelo
aceitvel para a molcula de protena!
Terminal C
Terminal N
Lig simples-1.47 Lig dupla-1,20
Os tomos e os planos definem
o ngulo
Os ngulos so 0 para que as lig. peptdicas no sejam coplanares
(graus)
Grfico de Ramachandran para L-Ala
(graus)
Nvel secundrio de estrutura (geometria local) hlice e conformaes (previstas por Pauling e Corey, 1951) hlice a mais comum
Hlice esquerda
Hlice direita
Glu , Ala, Leu, Met H
Ile, Lys, Gln, Trp, Val, Phe h
Pro, Gly B
- hlice clssica de Pauling-CoreyBranson
Tipos de constrangimentos que afectam
estabilidade da -hlice: Repulso (ou atraco)de cargas entre R sucessivos A dimenso de R adjacentes Interaces entre R distanciados 3-4 res. Pro ou Gly Interaces do res. terminal com o dipolo da hlice
Algumas protenas globulares
Mioglobina (153res.) 79% - hlice
Insulina (51res.) 52% - hlice
Citocromo c (104res.) 39% - hlice
Conformao (folhas pregueadas )
tambem previstas por Pauling e Corey; confirmadas por difraco raios X antiparalela
Vista de cima
paralela Vista lateral
Tyr, Val, Ileu H
Cys, Met, Phe, Gln, Leu, Thr, Trp h Pro, Glu, Asp B
Dobras ou turns (elementos de ligao)
Gly
Prol
Tipo I Estruturas random ?
Tipo II
turns. Pro 6% cis
folhas pregueadas antiparalelas
tripla hlice de folhas pregueadas colagneo paralelas
Ala, Leu, Ileu, Phe, Met, Val - i. hidrfobas (packing)
superhlice esquerda
Nvel quaternrio da -queratina?
red.
oxid.
Ex2: colagneo PDB ID 1CGD
Gly GlyXPro GlyX4-Hyp
Hlice esquerda de prolinas(3res/volta)
Estrutura das fibrilas
de colagneo
cabeas da molcula de colagneo
seco da molcula de colagneo
zonas cruzadas(64nm)
Mr 300 000 3 000 /15
Estrutura das fibrilas de
colagneo
Tendo-100% colag. Cartilagem-colag. embebido em matriz poliosdica cabeas da molcula de colagneo
zonas cruzadas(64nm)
Osso-matriz colag. cimentada por depsitos de Ca10(PO4)6(OH)2
seco da molcula de colagneo
Estrutura das fibrilas de
colagneo
Tendo-100% colag. Cartilagem-colag. embebido em matriz poliosdica cabeas da molcula de colagneo
zonas cruzadas(64nm)
Osso-matriz colag. cimentada por depsitos de Ca10(PO4)6(OH)2
Nos vertebrados h muitos tipos de colagneo seco da molcula de colagneo
Estrutura das fibrilas de
colagneo
Tendo-100% colag. Cartilagem-colag. embebido em matriz poliosdica cabeas da molcula de colagneo
zonas cruzadas(64nm)
Osso-matriz colag. cimentada por depsitos de Ca10(PO4)6(OH)2
Colag tpico: 35% Gly seco da molcula de colagneo
11%Ala
21% Pro(Hyp)
Estrutura das fibrilas de
colagneo
Tendo-100% colag. Cartilagem-colag. embebido em matriz poliosdica cabeas da molcula de colagneo
zonas cruzadas(64nm)
Osso-matriz colag. cimentada por depsitos de Ca10(PO4)6(OH)2
seco da molcula de colagneo
Cross-links invulgares entre Lys, 5-HyL ou His (X)
O tecido conjuntivo envelhecido
(rgido e quebradio) resulta de desses cross-links nas fibrilas de colagneo.
Vitaminas grupo de pequenas molculas
nutrientes essenciais para muitos organismos
multicelulares (humanos em particular). vitamin = vital amine
Vitaminas grupo de pequenas molculas
nutrientes essenciais para muitos organismos
multicelulares (humanos em particular). vitamin = vital amine
Walter Norman Paul Karrer
Haworth PN 1937(Q) PN 1937(Q)
for his work in
determining the structure of ascorbic acid
for his work
on Vitamins
Albert Szent-Gyrgyi PN 1937(M) for his studies of the biological functions of L-ascorbic acid
Vitamina C Em plantas: cido ascrbico Superxido, H2O2 ,radical tocoferol
Monodesidro ascorbato redutase
monodesidroascorbato Desidroascorbato redutase
desidroascorbato
Tartarato + oxalato
Tratado sobre escorbuto
Ascorbato existe no cloroplasto (2040%), citosol, vacuolo e em
compartimentos extracelulares.
20% dos mamferos no sintetisam Vit C
A China fornece 80% da Vit C mundial
Dose discutvel: <2g/dia ? Obrigatrio fumadores, grvidas, stress Panaceia universal! Apenas 20% dos marinheiros de Ferno de Magalhes sobreviveram (1820) Na viagem India de Vasco da Gama morreram 2/3 da tripulao Entre 1600-1800 +1 milho de mortos com escorbuto
prolil 4-hidroxilase
resduo Pro
-oxoglutarato
resduo 4-Hyp
succinato
prolil 4-hidroxilase
-oxoglutarato
ascorbato
succinato
ascorbato oxidado
Importncia do ascorbato:
1. Reaco dependente do ascorbato (formao do colagneo)
-cofactor 2. Antioxidante (ROS)/envelhecimento e cancro 3. Nas plantas substrato do ascorbato peroxidase
Outras conformaes ricas em Pro ?
Sequncias de poliprolinas (trans) formam
hlices esquerdas com 3res/volta- docking sites em locais de reconhecimento p.e. em vias de transduo de sinal
Ex3: Fibrona da seda (artrpodes como alguns insectos e
aranhas)
c. lat. Ala
c. lat. Gly
folhas antiparalelas
Ala
Gly
No extensvel
Flexvel
Protenas globulares-diversidades estrutural vs diversidade funcional Conformao Forma globular nativa Hlice Compacta e variada
albumina srica humana (MM 64 500) / 585 res./1 cadeia
Nveis de estrutura tercirio e quaternrio
Nvel tercirio: arranjo tridimensional global
Globulares e fibrosas Vrios segmentos de estr.sec. um tipo de estr.sec. protenas fibrosas: relao estrutura-funo -queratina (cabelo, penas, unhas, cornos, l, pele, carapaa tartaruga)Flexibilidade e rudeza variveis-funo estrutural
Ex1: mioglobina MM 16 7000
(baleia) PDB ID 1MBO
Cadeia nica com 156
resduos + heme
Nvel tercirio de algumas
protenasglobulares
Msculo Funes: Transporte e armazenamento de O2 Difuso facilitada de O2 (contraco muscular)
res. hidrfobos Leu, Ile, Val, Phe
A maior parte dos res.
hidrfobos no interior
Compacta Interior hidrfobo 4 H2O no interior 70% hlice
O grupo heme
Hemoglobina Mioglobina Citocromos Outras protenas hemticas
Outras protenas globulares
(nvel tercirio)
Heme ligado covalente/ 40% hlice sem folhas
Componente da c.t.e mitocondrial; MM 12 400 ~100res.; 1 cadeia
Citocromo c
PDB ID 1CCR
MM 14 600;129 res.; clara de ovo; lgrima humana; catalisa a hidrlise de polisidos de algumas paredes bacterianas(agente bactericida)
Cadeias laterais do c.a. 4 S-S 40% hlice algumas folhas
Lisozima PDB ID 3LYM
hlice muitas folhas 4 S-S
MM 13 700; 124res.; produzido no pncreas e activo no int. delg.
Ribonuclease PDB ID 3RN3
Mioglobina + cit c + ribonuclease + lisozima=
pequenas protenas (nvel tercirio)
volume
vol./rea i.hidrfobas i.inicas Pequenas protenas necessitam de ligaes covalentes para estabilizar conformao
% aproximada de hlices e estruturas nalgumas
protenas globulares de cadeia nica resduos
Protena (n resduos)
hlice
quimotripsina ribonuclease carboxipeptidase citocromo c lisozima mioglobina Comum i.hidrfobas no interior grupos hidrfilos no exterior muitas lig H algumas i. Inicas
conformao
Interaces hidrfobas e de van der Waals
Cadeia polipeptdica Ligao de H
Ligao persulfureto
Interaco inica
Protenas globulares grandes
Estruturas supersecundrias (motivos ou folds ?)arranjos estveis de elementos de estruturas sec.
(zink finger)
Motivos com ligaes
tpicas (chave grega) Proteina toxina Antrax
Factores de transcrio
Motivos com ligaes
crossover (no observado)
Domnio-unidade estrutural estvel (~100res.)
-estvel mesmo separado do resto da protena (p.e.clivagem hidroltica)
Domnio-unidade estrutural estvel
(25-500 res.) -estvel mesmo separado do resto da protena (p.e.clivagem hidroltica) ou
regio compacta da estrutura
que mtas vezes constituda por segmento contnuo da sequncia
Protenas quimricas
Piruvato cinase
Troponina C (PDB ID 4TCN)
Alguns domnios so suficiente/ estveis para
existirem autnomos em meio aquoso (prova-clonagem e expresso do domnio)
Domnio de hemolisina de Staphilococcus aureus (toxina que forma poros na membrana da clula-alvo)
Rossman fold
Classificao de protenas com base na estrutura
(Structural classification of proteins SCOP -base de dados)
Classes: s estruturas (ex: citrato sintase) s estruturas (ex: quimotripsina) / (interseptam-se ou ) (ex: cinases e desidrogenases; fosfato de triose isomerase e fosfogliceromutase) + (separadas) (ex: termolisina, lisozima, ribonuclease) (Alguns autores consideram este grupo como subgrupo do ant.)
Discovery consists of seeing what everybody has seen
and thinking what nobody has thought
Albert Szent-Gyorgi (1893-1986)
Protenas multidomnio tero evoludo provavel/ a
partir de fuso de genes
O n de domnios no ser ilimitado (alguns milhares)=
domain folds
Arranjo topogrfico de elementos de estruturas sec.que caracterizam um domnio
A protena seria descrita pelos
domnios que a constituem e pelo modo como eles se ligam (interactuam)
a protena seria formada de mdulos :
idntica combinao
idntica conformao?
idntica funo?
Nvel quaternrio
Hemoglobina (Mr 64 500; 2 cadeias - 2x141 res.+ 2
cadeias - 2x146 res.) Tetrmero 22 ou dmero ()2
Perutz e Kendrew-estr. tridimensional da hemoglobina, 1959 PN 1962-estrutura das protenas globulares
Homodmero a2 Heterodmero ab
Heterotetrmero a2b2
Heteropentmero a2bcd
Multmeros(subunidades= protmeros)
Regulao Funes mas relacionadas (catlise e regulao)
Homodmero a2 Heterodmero ab
Heterotetrmero a2b2
Heteropentmero a2bcd
Multmeros(subunidades= protmeros)
Regulao Funes mas relacionadas (catlise e regulao)
Simetria rotacional ou helicoidal
Poliovirus:dimetro 300 Simetria icosadrica
Simetria helicoidal Subunidade proteica
Virus do mosaico do tabaco:
diam. 180 ; comp. 3 000
H limite dimenso da protena?
Maior dimenso
Maior complexidade funcional
2 factores limitantes:
1. Capacidade codificadora do DNA
mais fcil fazer muitas cpias de um pequeno polipptido do que uma cpia Ex: capside do vrus, de uma grande estrutura! citoesqueleto, enzimas 2. Preciso do processo de traduo (Mr 100 000 mltiplas subunidades)
Baixa(??) frequncia do erro:
1 /10 000 res.
DESNATURAO e FOLDING Desnaturao - perda da estrutura tridimensional perda de funo 1-Calor: agente desnaturante comum maior parte das protenas (quebra das lig. H ??) % sinal
Ribonuclease A (Por fluorescncia) mantem S-S
Apomioglobina
Curvas deste tipo sugerem cooperatividade!
(Por dicrosmo circular)
Temperatura C
Protenas de bactrias termfilas no
desnaturam a 100C e so homlogas de protenas de E.coli. Porqu?
2- pH (extremos) 3- solventes orgnicos (lcool, acetona) 4- solues (ureia, guanidina HCL) 5- detergentes Os estados de desnaturao com os diferentes agentes no so idnticos! A desnaturao pode ser reversvelcertas protenas globulares desnaturadas podem renaturar i.e. ao regressar s condies iniciais, voltam a ter actividade.
Ex: Ribonuclease purificado
Estado nativo; catalticamente activo
adio de ureia e -mercaptoetanol
Estado desnaturado; inactivo Quebra das ligaes S-S
remoo de ureia e -mercaptoetanol
Estado nativo; catalticamente activo S-S recuperadas
experincia de Anfinsen (1950s) confirmada com ribonuclease sinttico PN1972
A sntese de uma cadeia polipeptdica um
processo rpido Ex: E.coli faz uma cadeia de 100 resduos em 5 segundos a 37C
O paradoxo de Levinthal (1968):
Mesmo que cada resduo tenha apenas 2 estados - R e - um pptido com 100 resduos teria 2100 ~ 1030 conformaes possveis. Admitindo que a velocidade de interconverso entre conformaes ~ 10 -13 seg, o polipptido de 100 resduos levaria 1030 x 10 -13 ~1017 seg ~ 109 anos. As protenas no podem enrolar ao acaso e s escuras.
Ex: encefalopatias espongiformes
BSE (encefalopatia espongiforme de bovino) Kuru e Creutzfeldt-Jakob em humano scrapie em ovinos Folding incorrecto= patologia
Cortex cerebral de doente com Creutzfeldt-Jakob
1960 Tikvah Alper - ausncia de material gentico no
agente infeccioso!? 1990 Stanley Prusiner PN 1997 Encefalopatias so doenas diferentes Protena o agente infeccioso PrP MM 28 000 Crebro de mamfero; funo? PrPc conformao normal PrPSc conformao modificada
mecanismo???
mutaes???
PrPSc
PrPc
PrPSc
efeito domin
Folding facilitado (para muitas protenas)
Chaperes moleculares-protenas que interactuam com as cadeias polipeptdicas permitindo (ou corrigindo) o folding
HSP 70 (heat schock MM 70 000)
chaperoninas-complexos proteicos (na E.coli 20% das protenas precisam de chaperoninas)
e ainda PDI (protena persulfureto isomerase) PPI (peptidoprolil cis-trans isomerase) +enzimas + protenas
