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Estrutura tridimensional das

proteinas

Talvez as caractersticas mais notveis (mioglobina) sejam


a sua complexidade e ausncia de simetria, Nature,1958
John Kendrew

Kendrew & Perutz


PN 1962 pelos estudos
de estruturas de
protenas globulares

Protein Data Bank (PDB)


(www.rcsb.org./pdb)
PDB ID

coordenadas
+
programas
desenho molecular (p.e. RasMol
e Chime)

Estrutura tridimensional da
protena

1920s vrias protenas cristalizadas


p.e.
urease (MM 483 000)
hemoglobina (MM 64 500)

Estrutura tridimensional determinada pela


sequncia de res. de aa?
A estrutura determina a funo ?

Uma protena tem uma ou poucas formas estveis


Importantes p. a estr. trid. so apenas as ligaes
no covalentes

Existem padres estruturais comuns


Conformao: arranjo espacial dos tomos
numa protena (nativa)

Flexibilidade estrutural (lig. no covalentes)

Mltiplos estados conformacionais (necessrios p.


funo, ligao)

Estabilidade = tendncia para manter conf. nativa


G entre estados fold e unfold (cond. fisiol.) 20-65 kJ/mol
i.e.
um polipptido pode terica/assumir um n de
conformaes elevada entropia conformacional

elevada entropia conformacional +


lig. H com gua
unfold mantido

Ento porque acontece o fold?

S-S e interaces no cov. entre cadeias (H, inicas


e hidrfobas)

Estabilizao da conform. nativa

A ligao peptdica (nvel primrio de estrutura)


1930

Pauling PN 1954 (Q)


PN 1962 (Paz)
Stop the war!

Pauling props em 1950 o primeiro modelo


aceitvel para a molcula de protena!

Terminal
C

Terminal N

Lig simples-1.47
Lig dupla-1,20

Os tomos e os planos definem


o ngulo

Os ngulos so 0
para que as lig.
peptdicas no
sejam coplanares


(graus)

Grfico de Ramachandran
para L-Ala

(graus)

Nvel secundrio de
estrutura (geometria local)
hlice e conformaes (previstas por
Pauling e Corey, 1951)
hlice a mais comum

Hlice esquerda

Hlice direita

Glu , Ala, Leu, Met H


Ile, Lys, Gln, Trp, Val, Phe h

Pro, Gly B

- hlice clssica
de Pauling-CoreyBranson

Tipos de constrangimentos que afectam


estabilidade da -hlice:
Repulso (ou atraco)de cargas entre R sucessivos
A dimenso de R adjacentes
Interaces entre R distanciados 3-4 res.
Pro ou Gly
Interaces do res. terminal com o dipolo da hlice

Algumas protenas
globulares

Mioglobina
(153res.)
79% - hlice

Insulina
(51res.)
52% - hlice

Citocromo c
(104res.)
39% - hlice

Conformao (folhas pregueadas )


tambem previstas por Pauling e Corey;
confirmadas por difraco raios X
antiparalela

Vista de cima

paralela
Vista lateral

Tyr, Val, Ileu H


Cys, Met, Phe, Gln, Leu, Thr, Trp h
Pro, Glu, Asp B

Dobras ou turns (elementos de ligao)

Gly

Prol

Tipo I
Estruturas random ?

Tipo II

turns.
Pro
6% cis

folhas
pregueadas
antiparalelas

tripla
hlice de
folhas
pregueadas colagneo
paralelas

folhas pregueadas
enroladas direira
-hlice
esquerda ??

(graus)

-hlice direita

(graus)
Grfico de Ramachandran


(graus)

(graus)
Ramachandran para piruvatocinase de msculo coelho

Estr.sec.

anidrase
carbnico

folha folha dobras


hl. n

n
n
% segm %
segm.
20

37

13

carboxipeptidase 38

17

13

cit C

39

insulina

52

mioglobina

79

A ferredoxina Pseudomonas Aeroginosa


no tem nenhuma estrutura sec. caracterizada!

NVEL SECUNDRIO E PROPRIEDADES DE PROTEINAS FIBROSAS

Estrutura

caractersticas

exemplo

- hlice

dureza e flexibilidade

-queratina do cabelo

l.cruz e S-S

variavel

penas, unhas..

conformaes

tripla hlice
de colagneo

filamentos flexveis

fibrona da seda

rgida e no flexvel

colagneo dos tendes


e matriz ssea

-queratina (cabelo)

-hlice
2 cadeias
enroladas
para a
esquerda

protofilamentos

protofibrila

-queratina - estrutura complexa (IF-filamentos intermedirios) e mal


estudada!

Um cabelo um conjunto de
mltiplos filamentos de -queratina

clulas
filamento
intermedirio
protofibrila
protofilamento

2 cadeias
coiled coil
-hlice

Seco de cabelo

Nas regies de proximidade das 2 hlices

Ala, Leu, Ileu, Phe, Met, Val - i. hidrfobas (packing)

superhlice esquerda

Nvel quaternrio da -queratina?

red.

oxid.

Ex2: colagneo PDB ID 1CGD


Gly
GlyXPro
GlyX4-Hyp

Hlice esquerda de prolinas(3res/volta)

Estrutura das fibrilas


de colagneo

cabeas da
molcula de
colagneo

seco da
molcula de
colagneo

zonas
cruzadas(64nm)

Mr 300 000
3 000 /15

Estrutura das fibrilas de


colagneo

Tendo-100% colag.
Cartilagem-colag.
embebido em matriz
poliosdica
cabeas da
molcula de
colagneo

zonas
cruzadas(64nm)

Osso-matriz colag.
cimentada por
depsitos de
Ca10(PO4)6(OH)2

seco da
molcula de
colagneo

Estrutura das fibrilas de


colagneo

Tendo-100% colag.
Cartilagem-colag.
embebido em matriz
poliosdica
cabeas da
molcula de
colagneo

zonas
cruzadas(64nm)

Osso-matriz colag.
cimentada por
depsitos de
Ca10(PO4)6(OH)2

Nos vertebrados
h muitos tipos
de colagneo
seco da
molcula de
colagneo

Estrutura das fibrilas de


colagneo

Tendo-100% colag.
Cartilagem-colag.
embebido em matriz
poliosdica
cabeas da
molcula de
colagneo

zonas
cruzadas(64nm)

Osso-matriz colag.
cimentada por
depsitos de
Ca10(PO4)6(OH)2

Colag tpico:
35% Gly
seco da
molcula de
colagneo

11%Ala

21% Pro(Hyp)

Estrutura das fibrilas de


colagneo

Tendo-100% colag.
Cartilagem-colag.
embebido em matriz
poliosdica
cabeas da
molcula de
colagneo

zonas
cruzadas(64nm)

Osso-matriz colag.
cimentada por
depsitos de
Ca10(PO4)6(OH)2

seco da
molcula de
colagneo

Cross-links
invulgares entre
Lys, 5-HyL ou
His (X)

O tecido conjuntivo envelhecido


(rgido e quebradio) resulta de
desses cross-links nas fibrilas
de colagneo.

Vitaminas grupo de pequenas molculas

nutrientes essenciais para muitos organismos


multicelulares (humanos em particular).
vitamin = vital amine

Vitaminas grupo de pequenas molculas

nutrientes essenciais para muitos organismos


multicelulares (humanos em particular).
vitamin = vital amine

Walter Norman Paul Karrer


Haworth
PN 1937(Q)
PN 1937(Q)

for his work in


determining
the structure
of ascorbic
acid

for his work


on Vitamins

Albert Szent-Gyrgyi
PN 1937(M)
for his studies of the biological
functions of L-ascorbic acid

Vitamina C
Em plantas:
cido
ascrbico
Superxido, H2O2 ,radical
tocoferol

Monodesidro
ascorbato
redutase

monodesidroascorbato
Desidroascorbato
redutase

desidroascorbato

Tartarato
+ oxalato

Tratado sobre escorbuto

Ascorbato existe no cloroplasto (2040%), citosol, vacuolo e em


compartimentos extracelulares.

20% dos mamferos no sintetisam Vit C

A China fornece 80% da Vit C mundial


Dose discutvel: <2g/dia ?
Obrigatrio fumadores, grvidas, stress
Panaceia universal!
Apenas 20% dos marinheiros de Ferno de Magalhes
sobreviveram (1820)
Na viagem India de Vasco da Gama morreram 2/3 da
tripulao
Entre 1600-1800 +1 milho de mortos com escorbuto

prolil 4-hidroxilase

resduo Pro

-oxoglutarato

resduo 4-Hyp

succinato

prolil 4-hidroxilase

-oxoglutarato

ascorbato

succinato

ascorbato oxidado

Importncia do ascorbato:

1. Reaco dependente do ascorbato (formao do colagneo)


-cofactor
2. Antioxidante (ROS)/envelhecimento e cancro
3. Nas plantas substrato do ascorbato peroxidase

Outras conformaes ricas em Pro ?

Sequncias de poliprolinas (trans) formam


hlices esquerdas com 3res/volta- docking sites
em locais de reconhecimento
p.e. em vias de transduo de sinal

Ex3: Fibrona da seda (artrpodes como alguns insectos e


aranhas)

c. lat. Ala

c. lat. Gly

folhas antiparalelas

Ala

Gly

No extensvel

Flexvel

Protenas globulares-diversidades
estrutural vs diversidade funcional
Conformao
Forma globular
nativa
Hlice
Compacta e variada

albumina srica humana (MM 64 500) / 585 res./1 cadeia

Nveis de estrutura tercirio e quaternrio

Nvel tercirio: arranjo tridimensional global

Globulares e fibrosas
Vrios segmentos de estr.sec.
um tipo de estr.sec.
protenas fibrosas: relao estrutura-funo
-queratina (cabelo, penas, unhas, cornos, l, pele, carapaa
tartaruga)Flexibilidade e rudeza variveis-funo estrutural

Ex1: mioglobina MM 16 7000


(baleia)
PDB ID 1MBO

Cadeia nica com 156


resduos + heme

Nvel tercirio de algumas


protenasglobulares

Msculo
Funes:
Transporte e armazenamento de O2
Difuso facilitada de O2 (contraco
muscular)

res. hidrfobos Leu, Ile, Val, Phe

A maior parte dos res.


hidrfobos no interior

Compacta
Interior hidrfobo
4 H2O no interior
70% hlice

O grupo heme

Hemoglobina
Mioglobina
Citocromos
Outras protenas hemticas

Outras protenas globulares


(nvel tercirio)

Heme
ligado covalente/
40% hlice
sem folhas

Componente da
c.t.e mitocondrial;
MM 12 400
~100res.; 1 cadeia

Citocromo c

PDB ID 1CCR

MM 14 600;129 res.;
clara de ovo;
lgrima humana;
catalisa a hidrlise
de polisidos de
algumas paredes
bacterianas(agente
bactericida)

Cadeias laterais
do c.a.
4 S-S
40% hlice
algumas folhas

Lisozima PDB ID 3LYM

hlice
muitas folhas
4 S-S

MM 13 700;
124res.; produzido
no pncreas e
activo no int. delg.

Ribonuclease PDB ID 3RN3

Mioglobina + cit c + ribonuclease + lisozima=


pequenas protenas (nvel tercirio)

volume

vol./rea
i.hidrfobas
i.inicas
Pequenas protenas necessitam de ligaes
covalentes para estabilizar conformao

% aproximada de hlices e estruturas nalgumas


protenas globulares de cadeia nica
resduos

Protena (n resduos)

hlice

quimotripsina
ribonuclease
carboxipeptidase
citocromo c
lisozima
mioglobina
Comum
i.hidrfobas no interior
grupos hidrfilos no exterior
muitas lig H
algumas i. Inicas

conformao

Interaces hidrfobas e
de van der Waals

Cadeia
polipeptdica
Ligao de H

Ligao persulfureto

Interaco inica

Protenas globulares grandes


Estruturas supersecundrias (motivos ou folds ?)arranjos estveis de elementos de estruturas sec.

(zink finger)

Motivos com ligaes


tpicas (chave grega)
Proteina toxina Antrax

Factores de transcrio

Motivos com ligaes


crossover (no observado)

Domnio-unidade estrutural estvel (~100res.)


-estvel mesmo separado do resto da protena
(p.e.clivagem hidroltica)

Domnio-unidade estrutural estvel


(25-500 res.)
-estvel mesmo separado do resto da protena
(p.e.clivagem hidroltica)
ou

regio compacta da estrutura


que mtas vezes constituda por
segmento contnuo
da sequncia

Protenas
quimricas

Piruvato cinase

Troponina C (PDB ID 4TCN)

Alguns domnios so suficiente/ estveis para


existirem autnomos em meio aquoso
(prova-clonagem e expresso do domnio)

Domnio de hemolisina de
Staphilococcus aureus (toxina
que forma poros na membrana
da clula-alvo)

Rossman fold

Classificao de protenas com base na estrutura


(Structural classification of proteins SCOP -base de dados)

Classes:
s estruturas (ex: citrato sintase)
s estruturas (ex: quimotripsina)
/ (interseptam-se ou ) (ex: cinases e desidrogenases;
fosfato de triose isomerase e fosfogliceromutase)
+ (separadas) (ex: termolisina, lisozima, ribonuclease)
(Alguns autores consideram este grupo como subgrupo do ant.)

Discovery consists of seeing what everybody has seen


and thinking what nobody has thought

Albert Szent-Gyorgi (1893-1986)

Protenas multidomnio tero evoludo provavel/ a


partir de fuso de genes

O n de domnios no ser ilimitado (alguns milhares)=


domain folds

Arranjo topogrfico
de elementos de
estruturas sec.que
caracterizam um
domnio

A protena seria descrita pelos


domnios que a constituem e pelo
modo como eles se ligam
(interactuam)

a protena seria formada de mdulos :


idntica combinao

idntica conformao?

idntica funo?

Nvel
quaternrio

Hemoglobina (Mr 64 500; 2 cadeias - 2x141 res.+ 2


cadeias - 2x146 res.)
Tetrmero 22 ou dmero ()2

Perutz e Kendrew-estr.
tridimensional da hemoglobina,
1959
PN 1962-estrutura das
protenas globulares

Homodmero a2
Heterodmero ab

Heterotetrmero a2b2

Heteropentmero a2bcd

Multmeros(subunidades=
protmeros)

Regulao
Funes mas
relacionadas (catlise e
regulao)

Homodmero a2
Heterodmero ab

Heterotetrmero a2b2

Heteropentmero a2bcd

Multmeros(subunidades=
protmeros)

Regulao
Funes mas
relacionadas (catlise e
regulao)

Simetria rotacional ou helicoidal

Poliovirus:dimetro 300
Simetria icosadrica

Simetria helicoidal
Subunidade
proteica

Virus do mosaico do tabaco:


diam. 180 ; comp. 3 000

H limite dimenso da protena?


Maior dimenso

Maior complexidade funcional


2 factores limitantes:

1. Capacidade codificadora do DNA


mais fcil fazer muitas cpias de um
pequeno polipptido do que uma cpia
Ex: capside do vrus,
de uma grande estrutura!
citoesqueleto, enzimas
2. Preciso do processo de traduo (Mr 100 000 mltiplas
subunidades)

Baixa(??) frequncia do erro:


1 /10 000 res.

DESNATURAO e FOLDING
Desnaturao - perda da estrutura tridimensional
perda de funo
1-Calor: agente desnaturante comum maior parte
das protenas
(quebra das lig. H ??)
%
sinal

Ribonuclease A
(Por fluorescncia)
mantem S-S

Apomioglobina

Curvas deste tipo sugerem cooperatividade!

(Por dicrosmo
circular)

Temperatura C

Protenas de bactrias termfilas no


desnaturam a 100C e so homlogas de
protenas de E.coli. Porqu?

2- pH (extremos)
3- solventes orgnicos (lcool, acetona)
4- solues (ureia, guanidina HCL)
5- detergentes
Os estados de desnaturao com os diferentes agentes
no so idnticos!
A desnaturao pode ser reversvelcertas protenas globulares desnaturadas podem
renaturar i.e. ao regressar s condies iniciais, voltam a
ter actividade.

Ex: Ribonuclease purificado


Estado nativo;
catalticamente activo

adio de ureia e -mercaptoetanol

Estado desnaturado;
inactivo
Quebra das ligaes S-S

remoo de ureia e -mercaptoetanol

Estado nativo;
catalticamente activo
S-S recuperadas

experincia de
Anfinsen (1950s)
confirmada com
ribonuclease
sinttico
PN1972

A sntese de uma cadeia polipeptdica um


processo rpido
Ex: E.coli faz uma cadeia de 100 resduos em 5 segundos
a 37C

O paradoxo de Levinthal (1968):


Mesmo que cada resduo tenha apenas 2 estados - R e
- um pptido com 100 resduos teria 2100 ~ 1030
conformaes possveis. Admitindo que a velocidade de
interconverso entre conformaes ~ 10 -13 seg, o
polipptido de 100 resduos levaria 1030 x 10 -13 ~1017
seg ~ 109 anos. As protenas no podem enrolar ao
acaso e s escuras.

Ex: encefalopatias espongiformes


BSE (encefalopatia espongiforme de bovino)
Kuru e Creutzfeldt-Jakob em humano
scrapie em ovinos
Folding incorrecto=
patologia

Cortex cerebral
de doente com
Creutzfeldt-Jakob

1960 Tikvah Alper - ausncia de material gentico no


agente infeccioso!?
1990 Stanley Prusiner PN 1997
Encefalopatias so doenas diferentes
Protena o agente infeccioso PrP MM 28 000
Crebro de mamfero; funo?
PrPc conformao normal
PrPSc conformao modificada

mecanismo???

mutaes???

PrPSc

PrPc

PrPSc

efeito domin

Folding facilitado (para muitas protenas)


Chaperes moleculares-protenas que
interactuam com as cadeias polipeptdicas
permitindo (ou corrigindo) o folding

HSP 70 (heat schock MM 70 000)


chaperoninas-complexos proteicos
(na E.coli 20% das protenas precisam de
chaperoninas)

e ainda
PDI (protena persulfureto isomerase)
PPI (peptidoprolil cis-trans isomerase)
+enzimas
+ protenas

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