Annexe A

Alignements des protéines Nop10 et

L7Ae des sRNP H/ACA d’archaea

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Wed 3 Feb 2010 10:00:39
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Annexe A. Alignements des protéines Nop10 et L7Ae des sRNP H/ACA d’archaea
P_abyssi - MR F R I R K C P K - - - - - C - G R Y T L - K E T C P V C G E K T K V A H P P R F S P E D P Y G E Y RRRL - K R E L - - L GI GR K E K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 60
P_horikosh - MR F R I R K C P R - - - - - C - G R Y T L - K E I C P V C G E K T K V A H P P R F S P E D P Y G E Y RRRL - K R E L - - L GI GR K E K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 60
P_furiosus - MR F R I R K C P K - - - - - C - G R Y T L - K E V C P V C G E K T K V A H P P R F S P E D P Y G E Y R R R W- K R E V - - L GI GR K E K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 60
T_barophil - MR F R I R K C P K - - - - - C - G R Y T L - K E T C P A C G E K T K V A H P P R F S P E D P Y G E Y RRK L - K R E L - - L GI GR R S E - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 60
A_boonei - MH T L I R R C P K - - - - - C - G A Y T L - R E L C P K C G E K T L E V L P P R F S P E D R Y G K Y R R ML - K K E V E K Y GA NN S - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 60
M_jannasch M V E M R M K K C P K - - - - - C - G L Y T L - K E I C P K C G E K T V I P K P P K F S L E D R WG K Y R R ML - KRAL - - - KNKNKAE- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 60
M_fervens - - - - - M R K C L K - - - - - C - G T Y T L - K E I C P K C G E K T V I P K P P K F S L E D R WG K Y R R ML - KRAL - - - KNK- KA- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 53
M_vulcaniu - - - M R M R K C P R - - - - - C - E S Y S L - R D T C P K C R E K T I I P K P P K F S L E D R WG K Y R R ML - K R E L - - - K K K MGT K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 57
T_sibiricu - MR F K I K K C P K - - - - - C - G E Y T L - K E T C P L C G E K T K L A H P P K F S P E D P Y G E Y RRRL - K K E T - - L GI GV K K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 59
M_aeolicus - - - MR MK K C P N - - - - - C - K N Y T L - N T I C Q - C G E K T I T V K P P R Y S P T D K Y G K Y R R ML - K K S I - - - - - - K Q- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 51
T_onnurine - MR F R I R K C P S - - - - - C - G R Y T L - K E T C P V C G T K T K I A H P P R F S P E D P Y G E Y RRRL - K R E Q- - L GI V K R- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 58
T_gammatol - MR F R I R K C P N - - - - - C - G R Y T L - K E I C P V C G A K T K V A H P P R F S P E D P Y G E Y R R R W- K R E V - - L GI - E V R K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 59
M_infernus - - - M K I R K C E R - - - - - C - G R Y T L - K E I C P V C G G K T F Y P K P P K F S L E D R WG E Y RRK L - K R A L - R N K L P MQS S D T V N - - - - - - - - - - - - - - - 63
M_stadtman - MK F Q MR K C K E - - - - - C - G E Y T L - E E S C P E C N V K T G V I F P A R Y S P Q D K Y G K Y RRI L - K R Q - - - - - - - Q ME K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 55
M_maripalu - - - MK MK K C P K - - - - - C - G R Y T L - K D F C S E C N E K S V T V K P P R F S P V D K Y G K Y RRA L - K K A - - - - - - - K M- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 51
S_islandic - M K WK M K K C P K - - - - - D - N T Y T F - K D I C P V C G S K T M I P H P S R F S P E D K Y V K Y RI E L - K K GV - K L N C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 56
S_solfatar - M K WK M R K C P K - - - - - D - N I Y T F - K D T C Q I C G S K T V I P H P S R F S P E D K Y V K Y RI E L - K K GI - T L N C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 56
M_vannieli - - - MQ MK K C P K - - - - - C - G K Y T L - K E Y C I D C N E K A G T V K P P R F S P V D K Y G K Y R R ML - KKSL - - - - - - KK- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 52
M_barkeri - MG Q K I R K C K N - - - - - C - G R Y T L - R E I C P V C G G K P F S P N P A R F S P K D P Y G R Y R R MA - K K G- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 51
A_fulgidus - M K V L M R K C G K - - - - - C - G R Y T L - K E R C P V C G E R T H MP I P P R F S I E D P Y G K Y RRK L - R K E I - GF F S F R R- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 59
F_placidus - M K S L I R K C C E - - - - - C - G R Y T L - K E V C P S C G G R T I MA I P P R F S P E D P Y G K Y RRE L - R K K I - GF F - I R RC E H D - - - - - - - - - - - - - - - - - 62
M_thermaut - - - MK MK R C R S - - - - - C - G E Y T L - K E V C P H C G G R T G V I Y P P K F S P E D K Y G A Y RRK L - K R E L Y S R GS GE S K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 59
M_thermoph MV R S K I L R C E R - - - - - C - R L Y T L - K E T C P R C G S H T T GT K P A R F S P E D R Y G RY RRA L - F S E - - - - - S GR E E E K A - - - - - - - - - - - - - - - - - 60
N_maritimu - MR F Q L R K C S K - - - - - C - F Q Y T L - K E I C P K C K E Q T I S A H P A K F S P D D K Y M RY RL A E - RY N- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 51
I_hospital - MK F L MK K C V R - - - - - C - G R Y T F - K D V C P V C N G Q T T V P H P P R F S P E D K Y V K Y RV L A - K L T K E R P S S E GS T L S S - - - - - - - - - - - - - - - - - 64
T_volcaniu - MK S L I R K C R K - - - - - C - G R Y T M- E E I C P V C G S Q T Y I A V P P R F S P V D R F K K Y R ME E L L E G- - K Y GK N N S G- K V - - - - - - - - - - - - - - - - - 62
CM_palustr - MK G R I R R C S A - - - - - D - H T Y T L - A A Q C P V C K E P T E T A H P A R Y S P E D R Y G L Y RRL V - R- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 49
S_tokodaii - M K WK I K K C P K - - - - - D - C T Y T L - K D I C P I C G T P T I I P H P A R F S P V D K Y V K Y RI E I - K K GI - K L N C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 56
M_hungatei - MK G R I R Y C P S - - - - - D - N L Y T L - S E T C S S C G K P T I T P H P A R Y S P D D R Y G K Y R R MI - R- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 49
P_arsenati - MR S L L R R C T A - - - - - C - G R Y T L S K E K C P Q C G G P V K V P H P P K F S P E D K Y Q K Y RI V Q- K L L QGK I QV K E E V R E K I L QE L T T I P GI - - - - - - 76
A_pernix - M Q WL L R K C R R - - - - - C - G R Y T L R R D A C P V C G G P V A V P H P P R F S P D N R F I K Y RY E L - QK K L GL I P P - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 58
P_islandic - MR S L L R R C T K - - - - - C - G A Y T L S K E K C P R C G G P V K V P H P P K Y S P E D K Y Q R Y RI L Q- K L S T GA L P V R E E T K E R I L K D L - - L GGP - - - - - - 74
T_neutroph - MR S L L R R C T K - - - - - C - G A Y T L S K E R C P R C G G P V K V P H P P K Y S P E D K Y Q R Y RI L Q- K L S T GA L P V R E E T K E R I L K D L - - L GGP - - - - - - 74
T_kodakare - MH F R I R K C P N - - - - - C - G R Y T L - K E V C P V C G S E T K V A H P P R F S P E D P Y G E Y RRRL - K R E L - - L GI GR R S - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 59
M_sedula - - MR L I R K C P K - - - - - D - K V Y T L - H E R C P A C G G E T K P A H P P R F S P V D R MV K Y RI L A - R R G- - - - - - - K V C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 53
M_smithii - MN MK MN K C P D - - - - - C - K I Y T M- E D A C P Q C G G E L K V I Y P P K F S I E D K Y G K Y RRI L - K K E - - - - - - - A MN K K D D - - - - - - - - - - - - - - - - 58
S_marinus - M R WL M R K C I R - - - - - C - G R Y T L N H D R C P Y C G G E L I V P H P P R F S P E D K Y V A Y R L E M- K I K T GI L D L N K I P V Y D P - - - - - - - - - - - - - - - - 66
D_kamchatk - M N WL L R K C S K - - - - - C - G R Y T L S R D R C P Y C G G E L I V P H P P R F S P I D K Y V E Y RL E E - K L S K GI I K L D E K P P Y K P - - - - - - - - - - - - - - - - 66
P_calidifo - M K S L L R R C K N - - - - - C - G WY T L S K A S C P K C G G E V E V P H P P K F S P E D K Y Q R Y RI L Q- K A L L GT L P V K E E T R R K I L E E F A - - - - A V V E GS G 78
H_marismor - M K S D I H V C A V WE S E H D R P V Y T L - D D T C P E C G A E A V N S A P A P F S P E D S Y G E Y RRS L - K RRS RE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 60
M_kandleri - MP K R L R R C K E - - - - - C - G E Y T L Q R D K C P H C G G D L E V P H P H R F S P E D P Y G K Y RRK L - K K R V WA E K F G P P S G E G D - - - - - - - - - - - - - - - - 66
T_acidophi - MK S L I R K C P R - - - - - C - H A Y T M- E E K C P K C G S D T Y I A V P P R Y S P V D R F R K Y RI E E - L R G- - E I D GE N S GD QI - - - - - - - - - - - - - - - - - 62
M_acetivor - MG Q K I R K C K N - - - - - C - G R Y T L - R E K C P V C G G V T L P A I P A R F S P Q D P Y G K Y RRL A - K K G- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 51
M_burtonii - MG N K L R K C T Q - - - - - C - N I Y T L - K D N C P E C G E S S G N P L P A R F S P L D T Y G K Y RRI S - K K R - - - - - - - E ME H A - - - - - - - - - - - - - - - - - - 56
P_aerophil - MK S L L R R C V N - - - - - C - G E Y T L S K D K C P R C G G A V R V P H P P K F S P E D K Y Q K Y RI L Q- K L L MG K L P I R D E T K E R L L R D L T - - - - S- - - - - - 72

Consensus - MK - R I R K C - K - - - - - C - G - Y T L - K E - C P - C G - K T - V - H P P R F S P E D K Y G K Y RR- L - K - - L - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 90

10 20 30 40 50 60
-plurality 22.5 -nocollision -box -boxcol -colbyresidues

Figure A1. Alignement multiple de la protéine Nop10 chez 45 espèces d’archaea. L’alignement a été généré à partir d’une recherche BLAST et l’utilisation de
l’outil d’alignement multiple COBALT ("Constraint-based Multiple Alignment Tool", NCBI) ; l’alignement a été édité manuellement pour respecter la conservation
des éléments de structure secondaire et notamment les positions des résidus cystéine (ou qui les substituent) qui forment le doigt de zinc. Les régions en feuillets-β
et hélice-α sont indiquées par des losanges et un cylindre. La séquence de référence est celle de Pyrococcus abyssi. Une covariation de séquence intra-moléculaire
a été décelée entre les positions 28 et 47, ainsi q’une autre covariation inter-moléculaire entre les positions 28 de Nop10 et 65 de L7Ae (Fig. A2).
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Wed 3 Feb 2010 15:36:08
P_abyssi - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M E G WM M A K P S Y V K F E V P K E L A E K A L Q A V E I A R D T G- K I R K GT N E T T K A V E R GQ A K L V I I A E D V D P E E I V A H L P P L C E E K E I P - Y I Y V - P S K K E L GA A A G I E V A A A S V A I I E P G K A R D L V E E I A MK V R E L MK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 128

P_horikosh - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M MA K P S Y V K F E V P K E L A E K A L Q A V E I A R D T G- K I R K GT N E T T K A V E R GQ A K L V I I A E D V D P E E I V A H L P P L C E E K E I P - Y I Y V - P S K K E L GA A A G I E V A A A S V A I I E P G K A R D L V E E I A MK V R E L MK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 124

P_furiosus - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M MA K P S Y V K F E V P K E L A E K A L Q A V E I A R D T G- K I R K GT N E T T K A V E R GQ A K L V I I A E D V D P E E I V A H L P P L C E E K E I P - Y I Y V - P S K K E L GA A A G I E V A A A S V A I I E P G K A R D L V E E I A MK V K E L MK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 124

T_barophil - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MA K P S Y V K F E V P K E L A E K A L E A V E I A R D T G- R I R K GT N E T T K A V E R GQ A K L V I I A E D V D P E E I V A H L P P L C E E K E I P - Y I Y V - P S K K E L GA A A G I E V S A A S V A I I E P G K A R E L V E E I A MK V R E L MK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 123

A_boonei - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M- - K E V K K MA A I Y V R F E T P K E L QE K ML S A V E I S K E T G- K V R K GT N E V T K T I E R GD A K F V I I A E D V N P P E I V A H L P L L C E E K GI P - Y GY V - A T K E E L GK R V G I K S A - A S V S I L D F G K A N D S F K E I I E QI KAI KK- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 127

M_jannasch - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M K D MA V Y V K F K V P E E I Q - - - K E L L D A V A K A Q- K I K K GA N E V T K A V E R GI A K L V I I A E D V K P E E V V A H L P Y L C E E K GI P - Y A Y V - A S K Q D L GK A A G L E V A A S S V A I I N E G D A E E L - K V L I E K V N V L K Q- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 120

M_fervens - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MA V Y V K F K V P E D I Q - - - K E L L D A V A K A Q- K I K K GA N E V T K A V E R GI A K L V I I A E D V QP E E V V A H L P Y L C E E K GI P - Y A Y V - A S K Q D L GK A A G L E V A A S S V A I V N E G N A D E L - K A L I E K I N A L K Q- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 117

M_vulcaniu - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MA V Y V K F K V P E E I Q - - - K E L L D A I A K A Q- K I K K GA N E V T K A V E R GI A K L V I I A E D V K P E E V V A H L P Y L C E E K GI P - Y A Y V - A S K Q D L GK A A G L E V A T S A V A I V K E G D A D E L - K A L I E K I NAL KE- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 117

T_sibiricu - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M E G C E MA K P S Y V K F E V P K E L A E K A L E A V E I A R D T G- K V R K GT N E T T K A V E R GQ A K L V V I A E D V D P E E I V A H L P P L C E E K E I P - Y I Y V - S S K K E L GA A A G I E V P S A S V A I I E P G K GR E L V E E I A MK V REL AK- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 128

M_aeolicus - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MA V Y V K F D V P Q E M E E K T A E V L S K S E - - - - K V K K GA N E V T K A V E R GT A K L V V L A K D V QP E E I V A H I P I I C E E K GI P - Y T Y I - A T K E D L GK A I G L E V S T A A V A I I A E K D A N - A L K D L V E K I N GL K A - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 117

T_onnurine - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MA K P S Y V K F E V P A E L A E K A L E A V E L A R D T G- R I R K GT N E T T K A V E R GQ A K L V I I A E D V D P E E I V A H L P P L C E E K E I P - Y I Y V - P S K K E L GA A A G I E V P A A S V A I I E P G K GR E L V E E I A MK V R E L MK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 123

T_gammatol - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MA K P S Y V K F E V P Q E L A E K A L E A V E I A R D T G- R I R K GT N E T T K A V E R GQ A K L V I I A E D V D P E E I V A H L P P L C E E K E I P - Y I Y V - P S K K E L GA A A G L E V A A A S V A I I E P G K A R E L V E D I A MK V K E L MK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 123

M_infernus - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MA I Y V K F K V P E D L Q - - - K E L L D A V A K A E - K I R K GA N E V T K A V E R K Q A K L V I I A E D V K P E E I V A H L P V L C E E K GI P - Y A Y V - A S K Q D L GK A A G I E V A A S S V A I I K P A N E E E L - N A L I E K I N A L K Q- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 117

M_stadtman - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MA N S V Y V K F E V P K E I A D K V Y E A L E I A R D T G- K I GK GT N E V T K N I E R N N V A L A V I A E D I E P A E I V A H L P I L A E E K E I P - Y V Y L - P T K E E L GE A A G L N V G T A S A C I I D A G E GQ E L V D E I V E K V A EL KN- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 123

M_maripalu - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MA V Y V K F E I S Q E L E E K T A E V V A N A E - - - - K I K K GA N E V T K A V E K GI A K L V V I A Q D V QP E E I V A H I P V I C D E K GI A - Y S Y S - S T K E A L GK A A G L E V P T S A I A V V A E G S A D - E L K D L V E K L N GL K A - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 117

S_islandic - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MS K A S Y V K F E V P Q D L A D K V L E A V R K A K E S G- K I K K GT N E T T K A V E R GQ A K L V V I A E D V QP E E I V A H L P L L C D E K K I P - Y V Y V - S S K K A L GE A C G L Q V A T A S A A I L E P G E A K D L V D E I V K R V N E I K G- K T S S - - - - - - - - - - - - - - - 127

S_solfatar - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M N A - - MS K A S Y V K F E V P Q D L A D K V L E A V R K A K E S G- K I K K GT N E T T K A V E R GQ A K L V I I A E D V QP E E I V A H L P L L C D E K K I P - Y V Y V - S S K K A L GE A C G L Q V A T A S A A I L E P G E A K D L V D E I I K R V N E I K G- K T S S - - - - - - - - - - - - - - - 130

M_vannieli - - - - - - - - - - - - MS G R H P D K K I L L S N E G G H N MA I Y V K F D I P Q E L E E K T A E V V A N A E - - - - K I K K GA N E V T K A V E K GI A K L V V V A K D V QP E E I V A H I P V I C E E K GI A - Y S Y C - S T K E A L GK A A G L E V P T S A I A V V A E G S A E - Q L K D L V E K L N GL K A - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 136

M_barkeri MA - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Q- - L A K F D V P E E L T N K A L E A L E L A R D T G- K I K K GT N E A T K A I E R GN A K L V L I A E D I E P A E I I A H I A P L S E E K K A P - Y I F I - K N QK E L GA A S G L G V S C A T V A I V D A G K A G E MV Q D I A Q K L EAL K- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 120

A_fulgidus - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MY V R F E V P E D M Q N E A L S L L E K V R E S G- K V K K GT N E T T K A V E R GL A K L V Y I A E D V D P P E I V A H L P L L C E E K N V P - Y I Y V - K S K N D L GR A V G I E V P C A S A A I I N E G E L R K E L G S L V E K I K GL QK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 119

F_placidus - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MS MS V Y V R F E V P E E L Q Q E A L A L L E K A R E T G- K I K K GT N E T T K A V E R GL A K L V Y I A MD V D P P E I V A H L P L L C E E K N I P - Y V Y V - K S K E D L GK A A G I D V A A A S A A I I N E G E A K K E L E E L I K K I NAL KK- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 123

M_thermaut - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M K K E V N S MA K A I Y V K F D V P K E L A D K A A E A L E I A R E T G- K V S K GT N E V T K A V E R GV A Q L V L I A E D V E P A E I V A H L P L L A E E K E I P - Y I Y I - P T K D E L GA A A G L N V G T A S S A I V E A G D A E D L I K E I I E K V EEL KK- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 130

M_thermoph - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MA R P I Y V R F D V P P E L A S K S L E A L E L A R D T G- R I K K GT N E A T K A V E R GV A K L V I I GE D V E P P E I V A H L P P L C E E K N T P - Y V Y V - K K QS D V GA A A G L S V K S A A A A I I E P G K GK E L L E E I I Q K L QAL K- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 122

N_maritimu MG- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - K A Y Y V K F E T P E D L V N P I L E A V R V A S T S G- K V K K GT N E A T K A I E R GT S K L I V I A E D V E P P E V V A H L P I L C E E Q GA A - F A F V - P S K Q E L GK S L G I D I T S A A A A I L D A G D A Q H I V D QV V S S I A K I K GG K T D Q - - - - - - - - - - - - - - - 128

I_hospital - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MS K P F Y V R F E V P P E L A E K A Y E A L R K A R E S GG K I K K GT N E T T K A V D K GL A K L V L I A E D V D P P E I V A H L P L L C E E K K I P - Y V Y V - P S K K K L GE A A G I E V Q A A A A A I I D P G A A K D L V E E I I K E V E QI K A - K A GL - - - - - - - - - - - - - - - 128

T_volcaniu - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ME K S Y V K F E T P E D V S Q K A L D L V E S A F R S G- K I K K GT N E V I K S I E R GE S K L V V I A E D V N P P E V V Y Y L P S L C E D K K V P - Y V Y V - K K K A D L GS K V G I A S A - A S V S I V D Y G K N E E L Y K S I V S A V E QL K K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 121

CM_palustr MS K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A Y V T F D S P E E I QN K A L E A L E I A R D T G- K V K K GS N E A T K A I E R S I A Q L V L I GA D V E P E E I V MH L A P L C D E K H I P - Y I F I - GK QN D I GA A S G L T V A S T A A A I V K P G K A K E L V D E I T A QL T E L R G- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 122

S_tokodaii - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MS K P S Y V K F D V P E D L A N K V L D A V R K A K E S G- K I K K GT N E T T K A V E R GQ A K L V V I A T D V QP E E I V A H L P L L C E E K K I P - Y V Y V - P S K K A L GE A C G L Q V A A A S A A I I D P G E A K D L L D E I V K R V E E L K G- K A S - - - - - - - - - - - - - - - - 126

M_hungatei MA N - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Y V T F E V S E E I QN K A L E A V E A A R E S G- K I K K GS N E A T K A I E R GI A Q L V L I GG D V E P A E I V MH L GP L C E E K K I P - Y L F I - S K QN D I GA A C G L E V G S A A A A I V K S G K A K E T I D E I A A QI AAL KAE- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 122

P_arsenati - - - - - - - - - - - - - - MA V T I D P K T F Y A N P L P G K P F Y V R F E V P S D V A E K A L E I L S I A K QT G- K I K K GT N E A T K A V E R GL A K L V L I A E D V D P P E V V A H L P L L C E E K K V P - Y V Y V - P S K E K L GK A A G I N V S A A A A V V I E P G QA A GE L E A L V A K I N E I R A - K N GL N A I P L P - - A G A R R - - 153

A_pernix - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MS K P I Y V R F E V P E D L A E K A Y E A V K R A R E T G- R I K K GT N E T T K A V E R GL A K L V V I A E D V D P P E I V MH L P L L C D E K K I P - Y V Y V - P S K K R L GE A A G I E V A A A S V A I I E P G D A E T L V R E I V E K V K E L R A - K A GV - - - - - - - - - - - - - - - 127

P_islandic M G V N T Y I A F A F S K A MS V T I D P R T F Y A N P P P G K P F Y V R F E V P A E V A E K A L E I L S I A R QT G- K I K K GT N E T T K A V E R GL A K L V L I A E D V D P P E V V A H L P L L C E E K K V P - Y V Y V - P S K E K L GK A A G I N V S A A S A V V I D P G QA A GD L E A L V A K I N E I R A - K H GL N A I P L P S S GA A K K - - 169

T_neutroph - - - - - - - - - - - - - - MA V T I D P K T F Y A N P P P G K P F Y V R F E V P A D V A E K A L E V L S V A K QT G- K I K K GT N E A T K A V E R GL A K L V L I A E D V D P P E V V A H L P L L C E E K K V P - Y V Y V - P S K E K L GK A A G I N V S A A A A V V I E P G QA A GE L E A L V S K V N E I R A - K N GL N A I P L P - - G- - R K - - 151

T_kodakare - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M K - - - MA K P S Y V K F E V P Q E L A E K A L E A V E I A R D T G- R I R K GT N E T T K A V E R GQ A K L V I I A E D V D P E E I V A H L P P L C E E K E I P - Y V Y V - P S K K E L GA A A G L E V P A A S V A I I E P G K A R E L V E D I A MK V K E L MK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 125

M_sedula - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MA K P S Y V K F D V P P E L A E K A L E A L K K A K E T G- K I R K GT N E A T K A I E R GQ A K L V L I A E D V QP E E I V A H L P P L C E E K K I P - Y I Y V - P T K K GI GE A C G L Q V G A A A A A I L D P G QGK D V L D E V I K R V S E L T G- K S - - - - - - - - - - - - - - - - - 125

M_smithii - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MA K A I Y V K F D T P E E L A N Q A E E A L K T A Q D S G- K V A K GT N E V T K F I E R GD A A L V V I A E D V D P A E I V A H I P V L A D E K E I P - Y I Y L - P T K E QV GG A A G L T V G T A S A C I V D A G D A E GD V A E I V E K I AEL KE- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 123

S_marinus - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MS K P F Y V K F E V P P E L A E K V Y E A V K K A R E T GG K I K K GT N E T T K A V E R GI A K L V I I A E D V D P P E I V A H L P L L C D E K K I P - Y V Y V - P S K K R L GE A A G I E V A A A S A A I I D P G GA K D L V E E I I K QV Q E L R A - K A GA - - - - - - - - - - - - - - - 128

D_kamchatk - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MP K P F Y V K F E V P P E L A D K V Y Q A I S K V R E T GG K I K K GT N E T T K A V E R GQ A K L V V I A E D V D P P E I V A H L P L L C D E K K I P - Y V Y V - P S K Q K L GQ A A G I E V S A A S V A V I D V G GA K D L I D E I I K S V Q QI R A - QS G- - - - - - - - - - - - - - - - 127

P_calidifo - - - - - - - - - - - - - - MA V T I D P K T F Y A N P L P G K P F Y V R F E V P S D V A E K A L E I L S I A R QT G- K I K K GT N E T T K A V E R GL A K L V L I A E D V D P P E V V A H L P L L C E E K K V P - Y V Y V - P S K E K L GK A A G I N V A A A A A V V I E A G QA A GE L E A L V N K I N E I R A - K H GL N A I P V - - - - - - R R - - 149

H_marismor - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MP V Y V D F D V P A D L E D D A L E A L E V A R D T G- A V K K GT N E T T K S I E R GS A E L V F V A E D V QP E E I V MH I P E L A D E K GV P - F I F V - E Q QD D L GH A A G L E V G S A A A A V T D A G E A D A D V E D I A D K V E EL R- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 120

M_kandleri - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MS K P MY V K F E V P E E L A E K A Y E A L E I A R D T G- R I R K GT N E T T K A V E R E E A V L V L I A E D V D P E E V V A H L P E L C D E K GI P - Y V Y V - P S K D E L GA A A G I D V A A A S A C I I D P G D A K D L V D E I I E K V E EL RE- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 123

T_acidophi - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ME K S Y V K F E T P E D V S Q K A L D L V E S S Y R T G- K V K K GT N E V I K S I E R GE S K L V V I A E D V N P P E V V Y Y L P S L C E D K K V P - Y V Y V - K K K A D L GS K V G I A S A - A S V S I V D Y G K N E E L Y K S I V S A L E QI K K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 121

M_acetivor MA - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Q- - L A K F D V P E E L T N K A L E A L E L A R D T G- K I K K GT N E A T K A I E R GN A K L V L I A E D I E P A E I V A H I GP L S E E K K A P - Y I F I - K N QK E L GA A S G L G V S C A T V A I V D A G K A A E MV Q D I A Q K L EAL K- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 120

M_burtonii - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MV K F E V P D E L A D K A L E A I E L A R D T G- K I K K GT N E A T K A I E R GI T K L A V I A A D I E P S E I V A H I P A L C E E K N T P - Y I F V - K Q QK E L GA A C G I G V G C A A V V I T D A G K GS E L V E D V A Q K V AAL K- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 117

P_aerophil - - - - - - - - - - - - - - MA V T I D P K T F Y A N P P P G K P F Y V R F E V P N D V A E K A L E I L S I A R QT G- K I K K GT N E T T K A V E R GL A K L V L I A E D V D P P E V V A H L P L L C E E K K V P - Y V Y V - P S K E K L GK A A G I N V S A A A A V V I E P G QA A GE L E A L V S K I N E V R A - K H GL N A I P V P - - A - - K R - - 151

Consensus - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - K- - YVKFEVPEEL A- KAL E A L E I A R - T G- K I K K GT N E - T K A V E R G- A K L V I I A E D V - P - E I V A H L P L L C E E K K I P - Y V Y V - P S K - E L GK A A G I - V - A A S V A I I - P G - A K E L V E E I V E K V - EL K- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 175

Figure A2. Alignement multiple de la protéine L7Ae chez 45 espèces d’archaea. L’alignement a été généré à partir d’une recherche BLAST et l’utilisation de
l’outil d’alignement multiple COBALT ("Constraint-based Multiple Alignment Tool", NCBI).
37

-plurality 22.5 -nocollision -box -boxcol -colbyresidues

Annexe A. Alignements des protéines Nop10 et L7Ae des sRNP H/ACA d’archaea

38
 Annexe B

Méthodologie pour la simulation de

complexes ARN/protéine et l’analyse
des trajectoires

Pour appréhender l’effet de ces mutations à l’échelle moléculaire, plusieurs complexes sRNP
H/ACA "sauvages" (non mutés) et mutés ont été solvatés dans une boîte d’eau afin de réaliser
des simulations par dynamique moléculaire. Pour des raisons pratiques d’économie de ressources
de calcul et afin de magnifier les effets possibles des mutations touchant l’interface de Nop10, un
seul mutant cumulant la mutation simple (R47A) et la double mutation (Y41 et Y44A) a été
sujet d’étude. Ce sont au total 4 complexes RNP qui ont été soumis à simulations (sauvage : WT ;
L7ae H70A/L74A/E77A identifé L7AE-HLE ; Nop10 R47A/Y41A/Y44A identifé NOP10-RYY ;
Nop10 R34W identifié NOP10-R34W). Les complexes RNP solvatés comportent environ 135 000
atomes dont 10 000 correspondant au soluté (protéines :8000 et ARN :2000), 40 000 molécules
d’eau et une centaine d’ions K+ et Cl− (dans une proportion approximative : 3/4 - 1/4) pour
neutraliser le système entier, (Fig. S3). Les molécules d’eau utilisées dans les simulations sont
de type TIP3P. L’équilibration du système a été réalisée par une augmentation progressive de
la température jusque 298,15K (25C) et 373,15K (100C) en utilisant le programme CHARMM
(durées respectives d’équilibration : 1ns et 1,475ns) et un temps d’intégration de 2fs. Les 2
températures utilisées dans les simulations correspodent : pour la plus basse à la température
utilisée dans les expériences d’assemblage des complexes RNP (JB Fourmann et al.), pour la plus
haute à la température limite de fonctionnement du complexe in vivo. Le programme NAMD a
ensuite utilisé pour réaliser la production correspondant à une simulation de 10ns dans l’ensemble
NVT.

39
Annexe B. Méthodologie pour la simulation de complexes ARN/protéine et l’analyse des trajectoires

Figure B1. Complexe sRNP H/ACA Pab21 de Pyrococcus abyssi solvaté dans une boîte d’eau (133 000 atomes).
Le soluté avec les protéines et l’ARN sont représentés sous forme de "cartoon" : Cbf5 (vert), Nop10 (rouge) et
L7ae (bleu) et l’ARN (magenta). Les contre-ions K+ et les anions Cl− sont représentées par des sphères (cyan et
orange).

40
 L7AE: Ala100 primary contacts L7AE: Ala100 primary contacts
LCN WT LCN L7AE-HLE
Nop10: Arg6 secondary contacts Nop10: Arg6 secondary contacts
L7AE: Glu98 L7AE: Glu98
L7AE: Ala100 stronger or new contacts
: Arg6 protein-protein contacts
1% >1%
Nop10: Arg6 weaker or lost contacts
C L7AE: Ala100 C L7AE: Ala100

30 L7AE: Thr41 30 L7AE: Thr41

1% 2%
U P
G Nop10: Arg6 U P
G Nop10: Arg6
29 P 31 L7AE: Ala102 29 P 31 L7AE: Ala102
100% 35% 100% 49%
L7AE: Glu43 L7AE: Glu43
3% Nop10: Lys26 2% Nop10: Lys26
L7AE: Asp63 2% L7AE: Asp63 9%
P
P

32
U 25%
15%
P
P

32
U 24%
6%
A 28 3% L7AE: Glu65
A 28 2% L7AE: Glu65
P 4% 2% P 2%
P 14% Nop10: Arg34 P 20% Nop10: Arg34
Nop10: Lys28 Nop10: Lys28
27 A G 33 27 A G 33
1%
L7AE: Lys39 22% P P L7AE: Lys39 6% P P
Nop10: Tyr44 Nop10: Tyr44
26 G A 34 33% 26 G A 34 0%
L7AE: Glu77 L7AE: Ala77*
P P L7AE: Arg38 4% P P

10%
25 G A 35 L7AE: Lys46
10%
25 G A 35 0%
4% Nop10: Arg47 2% Nop10: Arg47
L7AE: Arg50 14% P P
4% L7AE: Arg50 10% P P
33%

6% 24 G C 36 4% 24 G C 36 L7AE: Glu66

P P P P 5%
Nop10: Tyr41
23 G C 37 23 G C 37

P P P P
Nop10: Arg45 Nop10: Arg46
Nop10: Arg45 Nop10: Arg46
22 C G 38
13% 4%
22 C G 38
17% 6%
Nop10: Ser36 74% P P
Cbf5: Asp222 Nop10: Ser36 35% P P

Cbf5: Asp222
Nop10: Glu38 21 C G 39 22% Nop10: Glu38 21 C G 39
22%
6% P P Nop10: Lys49 0% P P
Nop10: Lys49
Cbf5: Arg68 20 U G 40 Cbf5: Arg68 20 U G 40 1%
P P
Cbf5: Gly56
P P Cbf5: Asp219
3%
19 C G 41
4% Nop10: Arg4
19 C G 41
2%
U 18
P
P Cbf5: Glu61 U 18
P
P Cbf5: Glu61 Nop10: Arg4
4%
Cbf5: Lys84 9% P Cbf5: Lys84 <1% P
6%
C 17 C G 42 Cbf5: Asp167
C 17 C G 42
Cbf5: Asp167
16 P
P
16 P
P

C 43
U Nop10: Arg13
C 43
U
P P
15 2% 15
P P

44
U Cbf5: Glu159 P P

44
U
G 14 Nop10: Thr15
G 14 Nop10: Thr15

P
P
13% P
P
7%
Nop10: Tyr14 Nop10: Tyr14
C 13 Cbf5: Glu162 C 13 Cbf5: Glu162
14% P 45 C 8%
11% P 45 C 6%
Cbf5: Glu210 Cbf5: Glu210
2% Cbf5: Arg98 <1% Cbf5: Arg98
C 12 C 12
P P
Nop10: Lys17 Nop10: Lys17
5% P 5% P

2% 2%
Nop10: Lys7
C 11 46 C Nop10: Lys7
C 11 46 C
U P
Cbf5: Asp164
U P
Cbf5: Asp164

P 10 P 10

47 47
Cbf5: Glu229
P P G Cbf5: Glu229
P P G
2% 9 C G 48 3% 9 C G 48
Nop10: Arg50 P P Nop10: Arg50 P P

3% 8 G C 49 9% 8 G C 49
Cbf5: Asp230 Cbf5: Asp230
P P P P

7 G C 50 7 G C 50

Cbf5: Lys74 15% P P Cbf5: Lys74 22% P P

6 C G 51 6 C G 51

Cbf5: Lys322 13% P P Cbf5: Lys322 14% P P

23% 5 C G 52 19% 5 C G 52

P P P P
4% 2%
Cbf5: Val323 4 C G 53 Cbf5: Val323 4 C G 53

P P P P
2% 6%
6% 2%
Cbf5: Gly266 3 G C 54
5%
Cbf5: Arg327
Cbf5: Gly266 3 G C 54
5%
Cbf5: Arg327
P P P P

Cbf5: Lys332 Cbf5: Lys332

2 G C 55
7%
2 G C 55
17%
Cbf5: Gly315 Cbf5: Pro272 Cbf5: Gly315 Cbf5: Pro272
P P P P

Cbf5: Thr270 Cbf5: Thr270

1 G U 56
2%
1% 1% 1 G U 56
2%
0% 0%

P P P P P P

2%
57 58 59 57 58 59

A C A A C A
Cbf5: Trp334

Figure B2. Contacts forts entre l’ARN et ses partenaires protéiques dans les sRNP H/ACA. Les contacts ont été identifiés en recherchant les contacts les plus
41

proches entre l’ARN et ses partenaires à un instant t de la simulation. Pour chaque contact identifié, la part du temps de la simulation au cours duquel ce contact
est le plus fort établi entre un résidu donné de l’ARN et un résidu donné de l’un des partenaires protéiques est indiquée en pourcentage. Les plus forts contacts
établis entre les résidus de protéines en contact avec l’ARN sont identifiés comme résidus secondaires. Les contacts renforcés dans un complexe muté par rapport
au complexe WT sont indiqués par un encadré en rouge, les nouveaux contacts absents dans le complexe WT sont aussi indiqués par un encadré et une annotation
en rouge. PourLCNlesNop10-RYY
contacts affaiblis ou qui disparaissent dans les complexes, la même notation estLCN
utilisée avec une couleur bleue.
Nop10-R34W
L7AE: Ala100 primary contacts L7AE: Ala100 primary contacts

Nop10: Arg6 secondary contacts Nop10: Arg6 secondary contacts

L7AE: Glu98 L7AE: Glu98
L7AE: Ala100 stronger or new contacts L7AE: Ala100 stronger or new contacts
1% 1%
42

Annexe B. Méthodologie pour la simulation de complexes ARN/protéine et l’analyse des trajectoires

L7AE: Ala100 primary contacts L7AE: Ala100 primary contacts
LCN Nop10-RYY LCN Nop10-R34W
Nop10: Arg6 secondary contacts Nop10: Arg6 secondary contacts
L7AE: Glu98 L7AE: Glu98
L7AE: Ala100 stronger or new contacts L7AE: Ala100 stronger or new contacts
1% 1%
Nop10: Arg6 weaker or lost contacts Nop10: Arg6 weaker or lost contacts
C L7AE: Ala100 C L7AE: Ala100

30 L7AE: Thr41 30 L7AE: Thr41

>1% 1%
U P
G Nop10: Arg6 U P
G Nop10: Arg6
29 P 31 L7AE: Ala102 29 P 31 L7AE: Ala102
21% 46% 87% 35%
L7AE: Glu43 L7AE: Glu43
5% 11% Nop10: Lys26 9% Nop10: Lys26
L7AE: Asp63 2% L7AE: Asp63 1%
P
P

32
U 81%
2%
P
P

32
U 30%
8%
A 28 <1% L7AE: Glu65
A 28 2% L7AE: Glu65
P 23% P 11%
P 2% Nop10: Arg34 P 0% Nop10: Trp34
Nop10: Lys28 11% Nop10: Lys28
27 A G 33 27 A G 33

L7AE: Lys39 36% P P L7AE: Lys39 16% P P

Nop10: Ala44 Nop10: Tyr44
26 G A 34 0% 26 G A 34 21%
L7AE: Glu77 L7AE: Glu77
L7AE: Arg38 18% P P L7AE: Arg38 6% P P

0% 22%
25 G A 35 25 G A 35
0% Nop10: Ala47 1% Nop10: Arg47
L7AE: Arg50 0% P P
15% L7AE: Arg50 <1% P P
2%

L7AE: Lys46 18% 24 G C 36 6%

L7AE: Lys13 L7AE: Lys46
15% 24 G C 36
6% 18%
P P 27% P P

Nop10: Glu51
23 G C 37 23 G C 37

P P Nop10: Glu38 P P
4% Nop10: Arg45 Nop10: Arg46
Nop10: Arg45 Nop10: Arg46
Nop10: Pro37
22 C G 38
13% 4%
1%
22 C G 38
17% 4%
8%
Nop10: Ser36 58% P P <1% P P
Cbf5: Asp222 4% Cbf5: Asp222
Nop10: Ser36 34%
Nop10: Glu38 Nop10: Pro37 5% 21 C G 39
19% 8%
21 C G 39 23%
Nop10: Phe35
4% P P P P
Nop10: Lys49
Nop10: Lys49
Cbf5: Arg68 20 U G 40 Cbf5: Arg68 20 U G 40 4%
Cbf5: Asp219
P P P P
4%
Cbf5: Lys84
19 C G 41
2% Nop10: Arg4
3% 19 C G 41
4%
U 18
P
P Cbf5: Glu61
0%
U 18
P
P Cbf5: Glu61 Nop10: Arg4
4%
Cbf5: Lys84 4% P P 1%

C 17 C G 42 Cbf5: Asp167
C 17 C G 42
Cbf5: Asp167
16 P
P
16 P
P

Nop10: Arg13
C 43
U C 43
U
P P

1% 15 15

Cbf5: Glu159 P P

44
U P P

44
U
G 14 Nop10: Thr15
G 14 Nop10: Thr15 Nop10: Arg13

P
P
13% P
P
5% 1%
Nop10: Tyr14 Nop10: Tyr14
C 13 11% Cbf5: Glu162 C 13 Cbf5: Glu162
13% P 45 C Cbf5: Arg98
8%
18% P 45 C 5%
Cbf5: Glu210 <1% Cbf5: Glu210
2% Cbf5: Arg98
C 12 C 12
P P
Nop10: Lys17 Nop10: Lys17
5% P 6% P

2% 2%
Nop10: Lys7
C 11 46 C Nop10: Lys7
C 11 46 C
U P
Cbf5: Asp164
U P
Cbf5: Asp164

P 10 P 10

47 47
Cbf5: Glu229
P P G Cbf5: Glu229
P P G
2% 9 C G 48 <1% 9 C G 48
Nop10: Arg50 P P Nop10: Arg50 P P

11% 8 G C 49 8% 8 G C 49
Cbf5: Asp230 Cbf5: Asp230
P P P P

7 G C 50 7 G C 50

Cbf5: Lys74 15% P P Cbf5: Lys74 13% P P

6 C G 51 6 C G 51

Cbf5: Lys322 16% P P Cbf5: Lys322 13% P P

20% 5 C G 52 26% 5 C G 52

P P P P
3% 4%
Cbf5: Val323 4 C G 53 Cbf5: Val323 4 C G 53

P P P P
3% 2%
4% 6%
Cbf5: Gly266 3 G C 54
3%
Cbf5: Arg327
Cbf5: Gly266 3 G C 54
4%
Cbf5: Arg327
P P P P

Cbf5: Lys332 Cbf5: Lys332

2 G C 55
10%
2 G C 55
4%
Cbf5: Gly315 Cbf5: Pro272 Cbf5: Gly315 Cbf5: Pro272
P P P P

Cbf5: Thr270 Cbf5: Thr270

1 G U 56
3% 0% <1% 1 G U 56
5%
1% 4%

P P P P P P

57 58 59 57 58 59

Cbf5: His265 1% A C A A C A

Figure B2 (suite). Contacts forts entre l’ARN et ses partenaires protéiques dans les sRNP H/ACA (suite). Le programme CHARMM a été utilisé pour analyser
les trajectoires et identifier les contacts forts définis comme les paires atomiques les plus proches entre macromolécules à un instant t de la simulation.
 Annexe C

Méthodologies de docking

C.1 Une approche de docking classique : MCDOCK

coordonnées 3D,
paramètres de VRAI

simulations Metropolis
échantillonnage conformationnel
MCM (fortran77)
(fortran77) mouvements aléatoires FAUX évaluation
(translations moléculaires,
rotations, torsions)
optimisation & score partiel
CHARMM minimisation
FAUX (fortran77,C) d'énergie
score partiel
énergie de
solvatation
VRAI score partiel
évaluation APBS/UHBD
calcul de la
(fortran77,C) fonction globale de
score

Figure C1. Schéma de la procédure de docking par MCDOCK. La recherche conformationnelle est effectuée par
simulations Monte-Carlo à haute température (600K) avec le programme CHARMM. Un terme d’interaction non-
polaire est également calculé avec CHARMM à partir de la différence de surface accessible entre les molécules dans
le complexe et les molécules libres. Les interactions électrostatiques sont calculées par la résolution de la forme
non-linéaire de l’équation de Poisson-Boltzmann, par les programmes UHBD [34] ou APBS [35]. Les programmes
appelés à différentes étapes sont indiqués en rouge. Les tâches accomplies sont indiquées en bleu. Les indications
“vrai/faux” correspondent aux décisions qui sont prises en fonction du résultat des évaluations correspondantes.

C.2 Une approche par fragment : SELEX in silico

43
44

Annexe C. Méthodologies de docking

Figure C2. Approche SELEX silico in silico pour la modélisation et la conception de chaînes d’ARN simple brin comme ligands de protéines. L’approche SELEX
in silico en 3 étapes consiste d’abord : 1) à rechercher, à la surface de la protéine, des sites d’interaction privilégiés pour des nucléotides, ensuite : 2) à reconstruire
une chaîne complète d’ARN à partir de ces sites, enfin : 3) à optimiser la chaîne d’ARN dans son entier en interaction avec la protéine. Les étapes 1 et 2 sont
focalisées sur l’identification de sites de liaison nucléotidiques et la construction de chaînes d’ARN. L’étape 3 est l’optimisation de l’interface ARN/protéine et le
calcul d’une estimation de l’énergie de liaison. L’interface entre les différentes méthodes est développée en langage Python (version 2.4 et ultérieure).
 C.2. Une approche par fragment : SELEX in silico

Figure C3. Application de l’approche “prédiction” de SELEX in silico à la protéine TIS11d : identification et
sélection de chaînes d’ARN. L’ARN simple brin lié à TIS11d est représentée par un ruban avec les cycles des
riboses et bases nucléiques en bleu pour l’adénosine et en rose pour l’uridine (couleurs foncées). A. Face de liaison
des chaînes prédites par SELEX in silico : l’ensemble des solutions identifiées (représentées de façon abstraite par
une maille) se retrouvent sur une seule des 2 faces de la protéine et concentrées autour de la position de l’ARN
dans la structure expérimentale. B. Mode de liaison de la chaîne avec le meilleur score prédite par SELEX in
silico (couleurs claires) : la déviation par rapport à la structure 3D expérimentale donne une RMSD=3,1Å.

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