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Procedimientos en Microbiologa Clnica

Recomendaciones de la Sociedad Espaola de Enfermedades


Infecciosas y Microbiologa Clnica

Editores: Emilia Cercenado y Rafael Cantn

43.

Anlisis microbiolgico
post-mortem

Coordinadora:
Autores:

Amparo Fernndez Rodrguez


Juan Alberola
Marta Cecilia Cohen
Amparo Fernndez Rodrguez

ISBN- 978-84-616-0446-3

NDICE DEL DOCUMENTO CIENTFICO:


1. Introduccin
1.1. Inters y aplicaciones clnicas y forenses de la microbiologa post-mortem
1.2. Dificultades en la interpretacin de la microbiologa post-mortem
2. Consideraciones clnicas
2.1. Infecciones respiratorias
2.2. Infecciones del sistema nervioso central
2.3. Infecciones cardiovasculares
2.4. Septicemia
2.5. Peritonitis
2.6. Infecciones gastrointestinales
2.7. Muerte sbita infantil
2.8. Corioamnionitis
2.9. Infecciones en inmunodeprimidos
3. Consideraciones especificas en la autopsia forense
4. Recogida de la muestra
5. Transporte y conservacin de la muestra
6. Reactivos, productos, aparatos y material
7. Procesamiento de las muestras
7.1. Tipos de anlisis en microbiologa post-mortem
7.2. Recepcin en el laboratorio de las muestras post-mortem
7.3. Seleccin del protocolo de trabajo
7.4. Anlisis antignicos y tinciones
7.5. Cultivo bacteriolgico y de hongos
7.5.1. Seleccin de medios de cultivo
7.5.2. Condiciones de incubacin
7.6. Virologa
7.7. Anlisis moleculares
7.7.1. Instalaciones
7.7.2. Flujo de trabajo
7.7.3. Tcnicas de extraccin de cidos nucleicos
7.7.4. Tcnicas de amplificacin gnica y otras nuevas tecnologas
7.8. Serologa
8.
9.
10.
11.
12.
13.
14.

Tcnicas rpidas de diagnstico


Procedimientos adicionales a realizar en situaciones especiales
Procedimientos no aceptables
Criterios para la interpretacin de resultados en microbiologa post-mortem
Informe de resultados
Consideraciones finales y perspectivas de futuro
Bibliografa

DOCUMENTOS TCNICOS:
1. PNT-MP-01. Toma de muestras post-mortem para anlisis microbiolgico
2. PNT-MP-02. Procesamiento microbiolgico de muestras post-mortem
3. Anexo I. Algortmos diagnsticos en microbiologa post-mortem

II

Procedimientos en Microbiologa Clnica


Recomendaciones de la Sociedad Espaola de Enfermedades
Infecciosas y Microbiologa Clnica

Editores: Emilia Cercenado y Rafael Cantn

43. ANLISIS MICROBIOLGICO POST-MORTEM. 2012

Coordinadora:
Autores:

Amparo Fernndez Rodrguez


Juan Alberola
Marta Cecilia Cohen
Amparo Fernndez Rodrguez

DOCUMENTO CIENTFICO

1. INTRODUCCIN
1.1. INTERS Y APLICACIONES CLNICAS Y
FORENSES DE LA MICROBIOLOGA POSTMORTEM
La historia de las enfermedades infecciosas est
estrechamente relacionada con la evolucin de los
mtodos de diagnstico microbiolgico y las
modalidades de tratamiento farmacolgico. De esta
forma, la epidemiologa de las patologas infecciosas
es un proceso dinmico y en continua evolucin.
Enfermedades infecciosas como la lepra existan ya
en tiempos bblicos y se han podido demostrar en
momias egipcias. Otros agentes, como el virus de la
inmunodeficiencia
humana
(VIH),
Borrelia
burgdorferi, coronavirus y bocavirus han sido
descritos ms recientemente. Es por esto que la
patologa de autopsia y la microbiologa clnica y
forense se han ido desarrollando paralelamente al
descubrimiento de nuevos agentes infecciosos.
El estudio de la patologa infecciosa en la autopsia
se describe en dos situaciones bien diferenciadas: la
autopsia clnica y la autopsia mdico-legal o forense.
En ambas, la patologa infecciosa puede estar
acompaada de la presuncin clnica que sugiera
este diagnstico, o bien ser ste un hallazgo
macroscpico en la autopsia. En forma adicional, si
bien en ciertas circunstancias la patologa infecciosa
puede pasar desapercibida clnicamente, durante la
evisceracin al momento de la autopsia, la aplicacin
de protocolos sistemticos de anlisis microbiolgico
y/o histolgico permitir llegar a un diagnstico
preciso. Es ste el caso de la participacin de
patologa infecciosa en la patogenia de algunos
casos de muerte sbita. Destacan entre estas la
meningitis bacteriana, la miocarditis viral, la
bronquiolitis, el shock sptico y la bronconeumona.
Principalmente en la infancia, la muerte sbita es
una secuela reconocida de distintos agentes
infecciosos, cuyo desenlace depender de la
combinacin de tres factores: la edad del nio, la
virulencia del agente infeccioso y el estado
inmunolgico de la vctima.
Los principales motivos mdico-legales de solicitud
de anlisis microbiolgico en las autopsias forenses
son: 1) la muerte inesperada en adulto, con
sospecha de origen infeccioso; 2) la muerte sbita
infantil (MSI); 3) la investigacin de supuesta mala
praxis por sospecha de infeccin hospitalaria; y 4) la
muerte cardiaca en la que se sospecha y solicita la
investigacin de miocarditis viral. Por otra parte, en la
autopsia clnica los motivos ms frecuentes por los
que interesa el anlisis microbiolgico son la
necesidad de confirmar una infeccin sospechada o
la aplicacin de protocolos microbiolgicos en los
donantes de rganos o tejidos.
1.2. DIFICULTADES EN EL INTERPRETACIN DE
LA MICROBIOLOGA POST-MORTEM
En microbiologa post-mortem, adems de la
desventaja de la contaminacin, comn a la
microbiologa clnica, existe la dificultad de que

microorganismos que se recuperan en muestras


tomadas en la autopsia pueden tener significados
diversos y opuestos, ya que los mismos pueden
corresponder a: 1) un organismo patognico, 2)
bacteriemia transitoria no causante de enfermedad,
que podra haber acontecido prxima al momento de
la muerte, 3) microbiota normal de esa zona corporal,
4) contaminacin producida en el momento de la
toma de la muestra, 5) diseminacin agnica y/o, 6)
translocacin post-mortem secundaria (diseminacin
pasiva).
Es as que ciertos estudios sugieren que algunas
bacterias gramnegativas como las enterobacterias
podran ser consideradas patognicas en ciertas
muestras, como el hemocultivo, mientras que otros
autores opinan que este tipo de bacterias son
capaces de multiplicarse rpidamente como
contaminantes,
por
lo
que
su
deteccin
correspondera, en consecuencia, a microbiota postmortem.
El significado clnico de la presencia en el cultivo
de sangre de microorganismos habitualmente
hallados en la piel es an ms difcil de discernir, y la
literatura cientfica actual refleja este debate.
Algunos autores interpretan que un hemocultivo
bacteriano genuinamente positivo obtendr, en
general, un cultivo puro de un solo organismo,
mientras que una diseminacin bacteriana agnica
estar reflejada en un cultivo mixto, con organismos
patognicos y comensales. Con respecto a la
translocacin secundaria post-mortem, en general se
acepta que sta no ocasiona interferencia si las
muestras se obtienen lo antes posible (idealmente
dentro de las primeras 24 horas del deceso) y el
cuerpo se ha mantenido refrigerado a 4C antes de
la autopsia. Un estudio reciente que investig los
resultados de la bacteriologa en muestras de
autopsia observ que casi el 50% de las muestras
obtuvieron un nmero significativo de contaminantes
externos (principalmente difteroides, estreptococos
alfa-hemolticos y Staphylocococus epidermidis);
mientras que otro que investig la utilidad de la
microbiologa en autopsias peditricas, observ que
no hubo diferencias significativas en el intervalo postmortem
de
los
cultivos
con
organismos
potencialmente patognicos y aquellos en los que en
el cultivo se obtuvo microbiota comensal no
patognica. Este ltimo estudio demostr que,
siempre que el cuerpo se mantenga bien refrigerado,
el intervalo post-mortem no afectara mayormente la
sensibilidad del cultivo. En cambio, la contaminacin
en el momento de obtencin de la muestra parece
ser el inconveniente ms serio y frecuente.
La controversia sobre la validez de la sensibilidad y
especificidad de la utilizacin de
mtodos de
diagnstico microbiolgico en la autopsia es, en gran
parte, responsable de que sta haya sido
tradicionalmente relegada a un segundo plano. Sin
embargo, estudios recientemente publicados han
revalorizado su papel, tanto en el campo de la
patologa clnica como en el forense. Ms an
2

cuando la introduccin de nuevas tcnicas


diagnsticas como la inmunohistoqumica, la
hibridacin in-situ u otras tcnicas de biologa
molecular tales como la reaccin en cadena de la
polimerasa (PCR), permiten actualmente que el ADN
y el ARN de los organismos patognicos puedan
detectarse directamente en las muestras tisulares
tomadas en la autopsia. De esta manera, las
tcnicas moleculares actuales no slo han logrado
que el diagnstico microbiolgico recupere su papel
protagonista en la patologa de autopsia, sino que su
fusin con la biologa molecular y la histopatologa le
han abierto a una nueva dimensin cientfica.
En el presente documento se abordan los distintos
anlisis microbiolgicos que se pueden realizar en
muestras post-mortem y se indican las principales
diferencias respecto a los anlisis microbiolgicos en
muestras clnicas de pacientes vivos, dirigidas a
minimizar los efectos de la posible contaminacin
durante la toma de muestra o de la diseminacin
post-mortem.
2. CONSIDERACIONES CLNICAS
A continuacin se mencionan, a modo de esquema,
las infecciones que se observan ms frecuentemente
en la patologa de autopsia. Solamente se indican las
de presentacin ms habitual.
2.1. INFECCIONES RESPIRATORIAS
De cara al anlisis microbiolgico post-mortem, se
pueden resumir en cinco grandes grupos, a saber:
1) Laringitis, traquetis, bronquitis agudas: estas
infecciones pueden ser de origen viral o bacteriano.
La mucosa afectada se observa congestiva y con o
sin secrecin muco-purulenta asociada. Es
recomendable realizar hisopado para microbiologa
como se explica en el apartado 4 de este
documento.
2) Neumona: se clasifica de acuerdo al agente
etiolgico y/o al contexto clnico en el que ocurre
(ejemplos: adquirida en la comunidad, infeccin
intrahospitalaria, en husped inmunocomprometido,
por aspiracin, etc.). La neumona bacteriana tiene
dos patrones macroscpicos en la autopsia: uno
heterogneo
y
de
distribucin
lobular
o
bronconeumona, y otro homogneo y de distribucin
lobar o neumona. La neumona transcurre por
cuatro estados: congestin (pulmn con aumento de
tamao y congestivo), hepatizacin roja (pulmn con
aspecto rojizo, firme y consolidado), hepatizacin gris
(pulmn de coloracin griscea, opaca y con
exudado purulento en la superficie de corte) y
resolucin. Durante la apertura de la cavidad torcica
en la autopsia, y antes de realizar la evisceracin de
los pulmones, debe tomarse muestra para
bacteriologa de acuerdo a lo indicado en el apartado
4.
3) Tuberculosis (TB): en la TB diseminada
secundaria, se observan ndulos firmes, bien
circunscritos, de coloracin amarillo-blanquecina con
caseosis central variable. En la forma miliar, la

diseminacin linftica y vascular da como resultado


mltiples lesiones blanco-amarillentas de 2 mm de
dimetro. La pleura est invariablemente afectada.
4) Absceso: el pulmn muestra una cavidad con
contenido necrtico-purulento, generalmente en el
contexto y como complicacin de bronconeumona o
neumona lobar.
5) Empiema: hay exudado fibrino-purulento en la
superficie pleural. Puede ser complicacin de una
neumona o bronconeumona, de la diseminacin
hematgena o linftica de un foco infeccioso distante
o bien estar asociada con un absceso heptico o con
una coleccin supurada sub-diafragmtica.
2.2. INFECCIONES DEL SISTEMA NERVIOSO
CENTRAL
Para el anlisis microbiolgico se pueden clasificar
en:
1) Meningo-encefalitis viral: apariencia macroscpica
poco especfica. El cerebro se presenta edematoso,
plido, pero desprovisto de exudado. La muestra a
remitir para virologa puede ser LCR tomado con
pipeta estril o mediante puncin con aguja y
aspirado en jeringa en el foramen magnum, o bien
hisopado de la superficie cerebral con hisopo para
virologa o pequeo fragmento de cerebro remitido al
laboratorio de virologa en frasco estril con solucin
fisiolgica (ver apartado 4).
2) Meningo-encefalitis bacteriana: su apariencia
macroscpica depende del tipo de agente etiolgico.
La ocasionada por Neisseria menigitidis no produce
ningn tipo de exudado. Este microorganismo es
muy lbil y en general suele sobrevivir
aproximadamente 24 horas en el cadver, por lo que
si la autopsia no se realiza dentro de las 24 horas del
fallecimiento, es altamente probable que el cultivo
sea negativo. En este caso, las tcnicas de PCR
suelen resultar de ayuda, ya que el porcentaje de
resultados positivos es mayor. Adems, el envo de
muestras de petequias de la piel (en frasco/tubo
estril con solucin fisiolgica) generalmente arroja
un alto porcentaje de resultados positivos mediante
anlisis por PCR. La meningoencefalitis bacteriana
por agentes etiolgicos distintos al meningococo
suele producir un exudado purulento en la superficie
enceflica. En estos casos se recomienda enviar
LCR tomado como se indica en el apartado de
recogida de la muestra de este documento. Si no
existiese sospecha de meningitis y sta se detectara
tras la apertura craneal, se podra remitir al
laboratorio de microbiologa una muestra de tejido
tomado en condiciones estriles o, en ltima
instancia, un hisopado del exudado (ver apartado 4).
Es frecuente que la meningitis bacteriana se asocie
con infeccin del odo medio, por lo que se
recomienda abrir esta cavidad mediante la apertura
del peasco del hueso temporal.
3) Meningo-encefalitis mictica: este tipo de infeccin
suele presentarse en husped inmunocomprometido,
(generalmente Candida albicans, Mucor spp.,
Aspergillus fumigatus y Cryptococus neoformans) en
3

individuos provenientes de zonas endmicas


(patgenos
como
Histoplasma
capsulatum,
Coccidioides inmitis o Blastomyces dermatitidis).
4) Infecciones parasitarias: Toxoplasma gondii
adquiere relevancia en pacientes inmunodeprimidos.
El cerebro muestra abscesos, por lo general
mltiples y predominantemente ubicados en la
corteza cerebral y en los ncleos grises profundos.
2.3. INFECCIONES CARDIOVASCULARES
Los anlisis microbiolgicos estn dirigidos al
diagnstico de la endocarditis bacteriana, de la
miocarditis y de la pericarditis.
1) Endocarditis bacteriana: colonizacin o invasin
de las vlvulas cardacas y/ o del endocardio por
agentes microbianos. Su signo macroscpico es la
presencia de vegetaciones constituidas por fibrina,
restos celulares y tisulares y organismos bacterianos.
En el 50%-60% de los casos el organismo infectante
es Streptococcus del grupo viridans, mientras que
Staphylococcus aureus ocasiona del 10% al 20% de
las endocarditis. ste ltimo es responsable de
endocarditis en usuarios de drogas por va
intravenosa (UDVP). Otros responsables de
endocarditis bacteriana se incluyen en el grupo
HACEK:
Haemophilus,
Actinobacillus,
Cardiobacterium,
Eikenella
y
Kingella.
Macroscpicamente se observan vegetaciones
friables. Las vlvulas mitral y artica suelen ser las
ms afectadas, aunque en los UDVP lo son las
vlvulas tricspide y pulmonar. Las vegetaciones
pueden
erosionar
el
miocardio
adyacente,
generando, alrededor del anillo valvular, un absceso
anular.
2) Miocarditis: proceso inflamatorio que afecta al
miocardio. Macroscpicamente la cavidad ventricular
suele estar ligeramente dilatada y el miocardio se
observa flcido y de aspecto moteado, con reas
plidas que alternan con otras de hemorragia
puntiforme. La etiologa ms comn es la viral,
siendo los ms frecuentes los virus Coxsackie A y B,
y otros enterovirus. Agentes menos comunes
incluyen al
citomegalovirus, virus de la
inmunodeficiencia humana, Chlamydia psittaci,
hongos como Candida albicans, protozoarios como
Trypanosoma cruzi o Toxoplasma gondii, o helmintos
como la Trichinella spp.
3) Pericarditis: su forma purulenta o supurativa se
debe a la invasin directa o indirecta de bacterias en
la cavidad pericrdica. Macroscpicamente se
caracteriza por la presencia de exudado purulento
(de hasta 400-500 ml). La superficie pericrdica se
observa irregular, opaca y con depsito purulento. Si
la pericarditis es de cierta antigedad, ocurre la
proliferacin de tejido fibroso, que da lugar a la
pericarditis constrictiva.
2.4. SEPTICEMIA
La septicemia es una infeccin bacteriana
generalizada, ms comnmente ocasionada por
microorganismos gramnegativos, que dan lugar al

shock endotxico, aunque tambin puede estar


causada por microorganismos grampositivos u
hongos. En estos casos es recomendable enviar al
laboratorio de microbiologa muestras de sangre
(hemocultivo) y de bazo (ver apartado 4).
2.5. PERITONITIS
La peritonitis es la inflamacin del peritoneo, cuya
etiologa puede ser qumica, infecciosa o estril. La
peritonitis infecciosa suele asociarse a otra etiologa
subyacente, que incluye apendicitis aguda,
perforacin
de
lcera
pptica,
colecistitis,
diverticulitis, vlvulo de intestino, salpingitis aguda,
traumatismo abdominal, sndrome nefrtico, cirrosis y
dilisis peritoneal. Las bacterias ms frecuentemente
involucradas
incluyen:
Escherichia
coli,
Streptococcus alfa y beta-hemolticos; S. aureus,
enterococos
y
Clostridium
perfringens.
Macroscpicamente la superficie peritoneal se
muestra opaca y con exudado purulento. El volumen
del exudado y de la superficie peritoneal afectada
vara con el tiempo transcurrido y la magnitud del
proceso infeccioso. En los casos ms graves, la
peritonitis puede estar acompaada por abscesos
subfrnicos.
2.6. INFECCIONES GASTROINTESTINALES
Las ms importantes son la hepatitis, los abscesos y
la colitis.
1) Hepatitis: la mayora de las infecciones hepticas
agudas son de origen viral. En algunas ocasiones, el
hgado puede verse afectado como parte de otros
procesos infecciosos como la mononucleosis
infecciosa (virus de Epstein Barr -VEB-), el
citomegalovirus, la tuberculosis miliar, el paludismo,
la septicemia y la amebiasis o candidiasis sistmicas.
Los virus de la hepatitis A, B, C, D y E, as como el
VEB y el citomegalovirus se pueden detectar en
muestras de tejido heptico (ver apartado 4). Es
necesario determinar tambin el estado serolgico
del paciente mediante la muestra de suero. En las
hepatitis, el hgado se observa aumentado de
tamao (hepatomegalia), congestivo, de coloracin
verdosa si hay colestasis, y con o sin reas plidas
que corresponden a la necrosis hepatocelular.
Cuando se progresa a la cronicidad, la caracterstica
macroscpica es la cirrosis heptica, con ndulos
fibrosos y de reduccin de volumen heptico.
2) Abscesos: causados ms frecuentemente por
bacterias del tracto gastrointestinal, incluyendo
bacterias grampositivas como Peptoestreptococcus
spp. y Clostridium spp. y gramnegativas como E. coli
y Bacteriodes fragilis. El absceso se presenta con
una cavidad de contenido purulento. Suele complicar
la peritonitis y las causas asociadas a sta.
3) Colitis: la mayora de las enterocolitis infecciosas
se presentan con diarreas, frecuentemente
sanguinolentas, y con mucosa de aspecto
hemorrgico, edematoso y ulcerado. Como
patgenos se incluyen S. aureus, E. coli, Salmonella
spp., Shigella spp., Campylobacter spp., Yersinia
4

spp. y Clostridium spp. Las infecciones por Shigella


spp. se caracterizan por la afectacin del colon
distal, con hiperemia, edema, prominencia de las
placas linfticas de Peyer y exudado purulento y
hemorrgico. Salmonella spp. afecta principalmente
al leo y al colon proximal, otorgando a la mucosa
aspecto edematoso, hipermico y con presencia de
lceras lineales. Los microorganismos del gnero
Clostridium pueden causar necrosis y hemorragia de
la mucosa y pared intestinal, que puede llegar a
perforarse. Clostridium difficile se asocia a colitis
pseudomembranosa que se caracteriza por la
presencia de un exudado fibrino-purulento que se
adhiere firmemente a la mucosa subyacente. Los
agentes infecciosos ms comnmente asociados con
enterocolitis viral incluyen rotavirus y adenovirus
entricos. En estos casos, la mucosa no suele
presentar alteraciones macroscpicas.
2.7. MUERTE SBITA INFANTIL
Las caractersticas macroscpicas de las infecciones
que pueden presentarse como muerte sbita infantil
han sido descritas en los apartados anteriores. Estas
infecciones incluyen:
1)
Respiratorias:
empiema,
laringo-trqueobronquitis,
neumona,
absceso
retrofarngeo,
bronquiolitis, amigdalitis, neumonitis, epiglotitis
aguda.
2) Cardacas: miocarditis, endocarditis, arteritis,
aortitis.
3) Infecciones del sistema nervioso: meningitis
bacteriana, encefalitis.
4) Gastrointestinales: enterocolitis, peritonitis.
5) Infecciones genitourinarias: pielonefritis, sndrome
urmico-hemoltico.
6) Sepsis: septicemia, shock endotxico.
2.8. CORIOAMNIONITIS
La infeccin de las membranas ovulares o
corioamnionitis suele estar causada por una
infeccin ascendente del tracto genital inferior
femenino. Es comn el antecedente de ruptura
prematura y prolongada de membranas ovulares.
Los organismos habituales son E. coli y
Streptococcus pyogenes. Las membranas ovulares y
la superficie amnitica fetal suelen mostrarse opacas
y ligeramente verdosas, aunque el aspecto tambin
puede ser normal (principalmente en la infeccin por
estreptococos beta-hemolticos). En este caso se
recomienda acompaar la toma de muestra
bacteriolgica de las membranas ovulares con la
toma de una muestra de pulmn.
2.9. INFECCIONES EN INMUNODEPRIMIDOS
La prevalencia de los organismos infectantes y de
las infecciones causadas por stos depender de la
causa de la inmunodeficiencia y del mecanismo
inmune afectado. Por ejemplo, en pacientes con
deficiencias que afecten a los neutrfilos y a la
produccin
de
anticuerpos
(linfocitos
B)
predominarn las infecciones producidas por

bacterias extracelulares y algunos tipos de micosis.


En cambio, deficiencias que afecten al sistema de
inmunidad celular darn como resultado un aumento
de la susceptibilidad a los virus y las bacterias
intracelulares. Es importante resaltar que, en
ocasiones, la inmunodeficiencia no es primaria
(afecta primariamente al sistema inmune) sino
secundaria o adquirida. Ejemplo de esta ltima son
los pacientes con quemaduras extensas, o con
fibrosis qustica, esplenectoma (pacientes stos
particularmente susceptibles a infecciones por
Streptococcus pneumoniae) o pacientes desnutridos.
En pacientes con infecciones por el VIH est
afectada la inmunidad celular, particularmente los
linfocitos T4 (Helper), predominando las infecciones
oportunistas.
3. CONSIDERACIONES ESPECFICAS EN LA
AUTOPSIA FORENSE
La casustica de la microbiologa forense incluye
investigaciones en los siguientes contextos:
1. Muerte natural sbita-inesperada, principalmente
en la infancia y adolescencia, aunque tambin en el
adulto. Aqu se incluyen los siguientes supuestos:
a) Muerte sbita infantil, en la que los anlisis
microbiolgicos forman parte de un protocolo
completo de anlisis que debe incluir estudios
histopatolgicos,
qumico-toxicolgicos,
bioqumicos, genticos y metablicos que permitan
descartar el diagnstico de exclusin que es el
sndrome de muerte sbita infantil.
b) Muerte sbita-inesperada de origen infeccioso.
c) Muerte cardiaca en la que interesa la
investigacin de miocarditis infecciosa.
2. Muerte con sospecha de criminalidad, que
comprende:
a) La investigacin de supuesta mala praxis por
sospecha de infeccin hospitalaria.
b) El estudio de presuntos delitos contra la salud
pblica, en casos de intoxicaciones alimentarias o
brotes de legionelosis entre otros.
c) Muertes violentas en las que interesa la
investigacin microbiolgica, bien porque pueda
existir una relacin entre la causa de la muerte y
una infeccin, o bien porque se asocien a la
transmisin de patgenos. En este sentido, la
transmisin de agentes infecciosos durante actos
violentos ocurre ms frecuentemente en
situaciones en que hay penetracin de la piel o
membranas
mucosas
que
quedan
as
potencialmente expuestas a la sangre y/o tejidos
del agresor. De este modo, se ha descrito
ocasionalmente en asociacin con hechos
violentos, la transmisin de los virus herpes
simplex, VIH, y virus de las hepatitis B y C.
El patlogo forense tambin est expuesto al
contagio de agentes infecciosos durante la autopsia.
Adems de los organismos arriba mencionados,
otros agentes potencialmente contagiosos incluyen
Mycobacterium tuberculosis y priones, como es el
caso de la enfermedad de Creutzfeldt-Jakob. A tal
5

efecto, hay normas de prevencin del contagio de


organismos infecciosos durante la autopsia, que se
recomienda consultar en estos casos.
Las muestras tomadas durante la autopsia forense
tienen carcter judicial, y con ellas es necesario
seguir un procedimiento de cadena de custodia que
garantice su trazabilidad as como la de las submuestras, alcuotas y extractos de ADN/ARN que se
generen a partir de ellas. El mantenimiento de esta
cadena de custodia, iniciada en el momento de la
toma de muestra, implica la existencia de un
documento escrito donde quedarn reflejadas todas
las incidencias y movimientos de las muestras desde
su toma hasta la emisin de resultados, sin olvidar su
posterior conservacin hasta su devolucin al

servicio peticionario o su destruccin. Los datos


consignados en dicho documento se irn rellenando
por las distintas personas que realicen algn proceso
de manipulacin de la muestra dentro de la cadena.
De forma general estos datos se indican en la tabla
1.
4. RECOGIDA DE LA MUESTRA
El diagnstico que el laboratorio de microbiologa
puede proporcionar depende de la calidad de la
muestra recibida. Por esto, una toma mal realizada,
con deficiencias en la calidad de su recoleccin o
mal transportada determinar un posible fallo en la
recuperacin de los agentes etiolgicos y en los
correspondientes errores diagnsticos.

Tabla 1. Cadena de custodia de las muestras forenses

RUTA DE LA MUESTRA

TOMA DE MUESTRAS

ALMACENAJE (si el envo al

laboratorio no es inmediato)

TRANSPORTE

LLEGADA AL LABORATORIO

DE MICROBIOLOGA

ANLISIS

ALMACENAJE POST-ANLISIS

DATOS A RECOGER
Fecha y hora
Persona y lugar
Descripcin
Envasado
Precintado
Lugar
Periodo
Condiciones
Fecha
Medio
Condiciones
Fecha y hora de entrada
Persona que lo recibe
Precintado
Datos identificativos del caso
Relacin de muestras recibidas
Observaciones de las muestras
Anlisis solicitados
Boxes asignados
Lugar de almacenaje
Fecha de anlisis
Personas que intervienen
Acciones sobre las muestras*
Tcnicas analticas realizadas*
Resultados*
Fecha de almacenaje
Condiciones
Periodo de custodia**
Fecha de destruccin

RESPONSABILIDAD
Servicio/Departamento e Institucin
que realiza la toma de muestra

Servicio/Departamento e Institucin
que realiza la toma de muestra
Servicio/Departamento e Institucin
que realiza la toma de muestra
Personal del rea de registro del
laboratorio de microbiologa

Personal del laboratorio de


microbiologa

Personal del laboratorio de


microbiologa

* Los anlisis y resultados de las muestras deben quedar registrados en documentos escritos que se puedan integrar en el
sistema informtico de gestin de datos del laboratorio.
** El perodo de custodia de las muestras y la decisin de su posible destruccin o devolucin corresponden a la autoridad
judicial solicitante. El laboratorio debe informar al solicitante de si la muestra se ha agotado durante los anlisis. Hasta la fecha
en la legislacin actual espaola no existe ninguna indicacin expresa acerca de los perodos de custodia, aunque la Ley de
Enjuiciamiento Criminal (modificada por L.O. 21/1994 de 6 de julio) en su artculo 479 hace referencia de forma genrica a la
conservacin de muestras analizadas de cara a un nuevo anlisis (contraperitaje).

Una recomendacin que aplica a cualquier muestra


que se tome en la sala de autopsia es que la
superficie externa de los frascos se limpie con leja u
otro desinfectante y se seque antes de su envo al
laboratorio de microbiologa. Tras la toma de
muestras se deber controlar que cada una de ellas
est debidamente rotulada, fechada y firmada para
evitar inexactitudes.
A continuacin se indica cmo se deben recoger
los diferentes tipos de muestras de una autopsia y
cmo deben enviarse al laboratorio de microbiologa
para su anlisis.
1. Catteres intravasculares: se deben tomar 5 cm
de la porcin ms distal. Porciones mayores
dificultan el procesamiento en el laboratorio. Se
envan en frasco/tubo estril.
2. Aspirado nasofarngeo: se realiza utilizando un
hisopo con medio de transporte para aerobios y
anaerobios (bacteriologa) y otro con medio de
transporte para virologa.
3. Lquido cefalorraqudeo (LCR): se coloca el
cadver en decbito ventral. En los adolescentes y
adultos, se limpia la zona posterior del cuello con
povidona iodada o con alcohol isopropilico de 70, se
inserta una aguja de calibre 1-2 en la lnea media
bajo el hueso occipital, inclinando la aguja hacia las
cavidades
orbitales.
Esta
muestra
puede
complementarse con una porcin de cerebro
obtenida inmediatamente despus de quitar la calota
craneana, con instrumental estril. En los lactantes y
nios pequeos, en los que se puede abrir la calota
craneana cortando las suturas craneales con tijera,
se pueden disecar los msculos paraespinales del
cuello y tras retirar el atlas, cortar la duramadre
espinal mediante bistur estril y tomar una muestra
de LCR con jeringa o pipeta estriles. Al menos se
deben tomar 2 ml de LCR e introducirlos en tubos
cnicos limpios y estriles con tapn de rosca (1 ml
para virologa y 1 ml para bacteriologa).
4. Sangre: para evitar la contaminacin por
translocacin bacteriana, es recomendable que la
sangre para hemocultivo se obtenga antes de la
manipulacin del intestino. En el sujeto adulto es
mejor obtener una muestra de sangre perifrica por
puncin de vena yugular externa, antes de la
apertura
del
cadver.
Previamente
deber
esterilizarse la piel con un atomizador de alcohol
isoproplico. Tras dejar secar unos minutos, se aspira
la sangre utilizando aguja y jeringa estril de 20 ml.
En los nios pequeos (de hasta 4-5 aos) y en los
lactantes es difcil acceder a la vena yugular y suele
utilizarse una muestra de sangre por puncin del
corazn derecho, al que se accede tras abrir el saco
pericrdico. Para ello se esteriliza la zona a punzar
con un atomizador o con toallitas embebidas en
alcohol isoproplico de 70 antes de aspirar sangre
con una aguja y jeringa estril de 10 ml. Una vez
obtenida la muestra, la sangre se inyecta
directamente en dos frascos de hemocultivo (40 ml
cada uno), para aerobios y anaerobios. En el caso

de nios pequeos, en los que es difcil obtener una


cantidad abundante de sangre, se puede utilizar un
solo frasco de hemocultivo peditrico de 20 ml. Es
recomendable la utilizacin de tubos con SPS
(polianetol sulfonato sdico) como anticoagulante o
en su defecto el empleo de citrato sdico en
muestras para cultivo bacteriolgico en caso de que
el transporte desde el lugar de la toma de muestra
hasta el laboratorio de anlisis no sea inmediato,
pues aunque la inoculacin se retrase, tambin se
evita la posibilidad de sobrecrecimiento de bacterias
contaminantes en el frasco de hemocultivo que
dificultan o impiden el crecimiento de las bacterias
potencialmente patgenas durante el transporte. Una
vez obtenida la muestra para el hemocultivo, que
deber ser siempre la primera muestra de sangre, y
de acuerdo a las circunstancias del caso, deber
considerarse la previsin de tomar otra muestra de
sangre con EDTA para anlisis moleculares.
5. Suero: es necesario para anlisis antignicos y
serolgicos. Se obtiene mediante la sedimentacin y
posterior centrifugacin de la sangre recogida en
tubo con activador del cogulo.
6. Lquidos: en caso de secreciones, lquidos o
derrames (pleurales, pericrdicos o peritoneales):
enviar 2 -3 ml en frasco estril.
7. Miocardio, pericardio y vlvulas cardiacas: si no
hay sospecha clnica del diagnstico de endocarditis,
la apertura del corazn contaminar las vlvulas
cardiacas. Si al abrir el corazn la presencia de
vegetaciones sugiere endocarditis, igualmente
debern enviarse la/s vlvula afectada/s al
laboratorio de microbiologa. Es aconsejable realizar
tambin un hisopado de la vlvula afectada. Si se
sospecha de antemano la posibilidad de endocarditis
bacteriana,
deben
tomarse
las
siguientes
precauciones: pinzar los grandes vasos arteriales y
venosos a su salida o entrada al corazn, extraer el
corazn despus de cortar las conexiones
vasculares y utilizar un juego de instrumental distinto
y estril para acceder a cada vlvula. A la vlvula
mitral se acceder a travs de una ventana que se
realiza cortando una superficie de 3 cm por 10 cm a
la izquierda del tabique auricular y ventricular. La
vlvula se examinar cuidadosamente utilizando
pinzas, tijeras y bistur estriles. Deber tomarse una
muestra representativa (por ejemplo vegetacin), que
se enviar al laboratorio de microbiologa. Es muy
importante no olvidar fotografiar la misma antes de
su recogida. Si se anticipa que adems de la
endocarditis el paciente haya sufrido de
aterosclerosis coronaria y/o infarto de miocardio, es
recomendable examinar las arterias coronarias antes
de inspeccionar las vlvulas cardacas. La muestra
de miocardio para virologa se obtiene tras efectuar
una cauterizacin y atomizar con alcohol isoproplico
de 70 la superficie pericrdica. Utilizando pinzas y
bistur estriles se extrae 1 cm3 de tejido cardiaco
que se coloca en tubo de transporte universal estril,
al que se le aade solucin fisiolgica estril para
remitirlo al laboratorio.
7

8. Trquea: en el momento de realizar la


evisceracin de la lengua y rganos del cuello, se
deber tomar una muestra de laringe y trquea
mediante hisopado (con medio de transporte para
bacteriologa).
9. Pulmn: su superficie puede esterilizarse con
alcohol o aplicando una esptula calentada en
mechero de Bunsen. La muestra de pulmn para
virologa y para bacteriologa consiste en dos cubos
de 1-2 cm3 obtenidos con bistur estril. Cada
muestra se coloca en un frasco estril, agregando
solucin fisiolgica estril en el caso de la destinada
a virologa. En algunas instituciones la muestra para
bacteriologa se obtiene mediante hisopado de la
superficie pulmonar, utilizando un bistur estril para
la incisin del parnquima e hisopo con medio de
transporte.
10. Intestino: para tomar la muestra hay que abrir el
colon descendente en forma asptica y suspender el
contenido del mismo sobre dos recipientes para
cultivo de heces (frasco estril de 40 ml) uno para
microbiologa y otro para virologa. Es necesario
enviar aproximadamente 5 ml en cada frasco. Si se
observa la presencia de patologa intestinal
macroscpicamente y se identifican lceras, debe
enviarse
muestra
de
stas
para
cultivo.
Adicionalmente, el patlogo podr realizar diferentes
tinciones en muestras de tejido fijado en formol y
procesado en parafina, que le ayudarn a demostrar
la presencia de amebas, hongos (metenamina de
plata o Grocott), virus (inmunohistoqumica dirigida a
herpes o adenovirus, etc.) o bacterias (tincin de
Gram).
11. Orina: se obtiene por medio de puncin y
aspirado directo de la vejiga con jeringa estril. De
no obtenerse orina por aspirado, debe intentarse la
apertura de la vejiga por el techo, utilizando pinzas y
tijeras estriles. Una vez abierta, se aspira orina con
jeringa estril. Se recogen unos 5-10 ml de orina en
recipiente universal estril.
12. Bazo (pulpa esplnica), hgado y otros tejidos:
primero hay que esterilizar la superficie del tejido con
alcohol isoproplico o aplicando una esptula
calentada en mechero de Bunsen. Con bistur estril
se toma un cubo de 1-2 cm3 para bacteriologa y otro
para virologa (ste ltimo con solucin fisiolgica),
segn los anlisis a realizar en cada tejido. En el
bazo tambin se puede realizar una toma con hisopo
para bacteriologa, una vez expuesta la superficie de
corte, aplicando el hisopo a la manera de barrido
de la misma.
13. Abscesos: se accede a su interior con bistur y
tijera estriles. Se extraen 2-3 ml del exudado
purulento con pipeta estril. Tambin se puede
aspirar el centro del absceso con jeringa estril de 20
ml. Ambas muestras se introducen en frasco estril.
14. Odo medio: se accede al mismo a travs de la
base del crneo. Una vez retirado el cerebro, se
corta con sierra a ambos lados del techo del peasco
del hueso temporal. Una vez realizado esto se
levanta el peasco utilizando instrumental para

cortar hueso. Se inspecciona el odo medio y puede


tomarse muestra para microbiologa mediante
hisopado y medio utilizando hisopo con medio de
transporte para bacteriologa. Si el exudado es
abundante, el mismo podr aspirarse mediante
pipeta o jeringa de 20 ml, vertiendo el contenido en
frasco estril.
15. Huesos: en el caso de osteomielitis se deber
identificar primero la lesin en la radiografa o
tomografa computada. La muestra puede obtenerse
utilizando aguja de Vim-Silverman o de Jamshidi.
16. Articulaciones: tras limpieza de la piel con agua y
jabn y esterilizacin con alcohol isoproplico se
aspira lquido articular mediante jeringa de 10 ml y
aguja de calibre 15 a 18. De no obtenerse aspirado,
pueden instilarse algunos mililitros de medio de
cultivo (por ejemplo, caldo BHI) en la cavidad
articular e inmediatamente aspirar el lavado articular.
17. Placenta: Durante la toma, la placenta deber
manipularse con pinzas estriles. Una vez
localizadas las membranas perifricas y la superficie
amnitica fetal, se puede realizar cualquiera de los
siguientes procedimientos: a) toma mediante hisopo
con medio de transporte para aerobios y anaerobios
de la superficie amnitica de las membranas
perifricas, o b) toma mediante bistur y pinzas
estriles de tejido de la superficie fetal o amnitica
del parnquima placentario (cerca del cordn
umbilical) que se remite en fresco en un frasco estril
de dimensiones adecuadas para que la placenta no
quede comprimida en su interior. La placenta es una
muestra donde las tinciones especiales o las
tcnicas de inmunohistoqumica pueden ser de gran
utilidad en cortes de tejido fijado en formol y
procesado en parafina.
18. Muestras especficas para estudio de hongos: se
recogern en frasco estril con solucin fisiolgica
estril con el agregado de penicilina (500 U/ml.) y de
estreptomicina (500 mcg/ml.) o cloranfenicol (500
mcg/ml).
En el documento tcnico, PNT-MP-01 de este
procedimiento (Toma de muestras post-mortem para
anlisis microbiolgico) se recogen y detallan los
aspectos prcticos relacionados con la toma de
muestras.
5. TRANSPORTE Y CONSERVACIN DE LA
MUESTRA
En general se recomienda el envo inmediato al
laboratorio una vez finalizada la autopsia. Las
recomendaciones para los diferentes tipos de
muestra se indican a continuacin.
1. Hemocultivo: mantener a temperatura ambiente.
Nunca debe refrigerarse ni congelarse. En caso de
que el transporte de la sangre desde el lugar de la
toma de muestra hasta el laboratorio de anlisis no
sea inmediato se recomienda emplear tubos con
polianetol sulfonato sdico como anticoagulante o
en su defecto tubos con citrato sdico (como se ha
indicado anteriormente).
8

2. LCR: si no es posible su envo inmediato, la


alcuota para bacteriologa se mantendr en estufa a
35-37C y una parte se incubar en un frasco de
hemocultivo que se mantendr en idnticas
condiciones hasta su procesamiento. Si no se
dispone de estufas se mantendr a temperatura
ambiente. Nunca deber refrigerarse la muestra
destinada a bacteriologa. La alcuota para el estudio
de virus o biologa molecular se enviar en hielo, si
el envo se retrasa ms de 24 horas, se deber
conservar a -70C.
3. El resto de las muestras deben enviarse al
laboratorio preferentemente en plazo no superior a 2
horas. Si no es posible, se conservarn refrigeradas
a 4C.
6. REACTIVOS, PRODUCTOS, APARATOS Y
MATERIAL
Los reactivos, productos, aparatos y material
empleados en microbiologa post-mortem son
similares a los utilizados en microbiologa clnica y se
distribuirn en las distintas reas de trabajo del
laboratorio segn su uso. En la tabla 1 del
documento
tcnico
PNT-MP-02
de
este
procedimiento (Procesamiento microbiolgico de
muestras post-mortem) se exponen de forma
resumida los principales reactivos y medios
empleados en bacteriologa, micologa, virologa,
serologa y microbiologa molecular.
7. PROCESAMIENTO DE LAS MUESTRAS
7.1. TIPOS DE ANLISIS EN MICROBIOLOGA
POST-MORTEM
Los anlisis ms frecuentes en microbiologa postmortem son: las tcnicas de deteccin de antgeno,
el cultivo bacteriolgico y de levaduras y hongos, y
las
tcnicas
moleculares,
aplicadas
fundamentalmente a bacteriologa y virologa.
Los anlisis antignicos, en la mayora de los
casos, en el contexto de muestras post-mortem se
consideran anlisis orientativos o preliminares, esto
es, que necesitan confirmacin, bien mediante
cultivo o mediante una tcnica molecular. No
obstante, en determinadas situaciones, en general
ante infecciones virales para cuyo diagnstico slo
se dispone de tcnicas de deteccin de antgeno, y
no as de tcnicas de cultivo y/o PCR, se realizarn
slo las primeras, teniendo en cuenta sus
limitaciones de sensibilidad y especificidad en la
interpretacin de resultados (ver Procedimiento
SEIMC n 19, Tcnicas rpidas de deteccin de
antgeno; SEIMC 2005).
Con menor frecuencia se requieren otros anlisis
como: tipificacin o caracterizacin epidemiolgica,
serologa, identificacin de parsitos mediante
microscopa (sobre todo con tincin de Giemsa),
inmunocromatografa o mtodos moleculares
(especialmente ante la sospecha de enfermedades
importadas), cultivo viral, cultivo e identificacin de
especies
de
hongos
(de
inters
en
el
inmunodeprimido). Para la realizacin de estos

anlisis
remitimos
a
los
procedimientos microbiolgicos.

correspondientes

7.2. RECEPCIN EN EL LABORATORIO DE LAS


MUESTRAS POST-MORTEM
El anlisis de las muestras post-mortem puede
encuadrarse en un proceso judicial, de inters
mdico-legal. En estos casos el laboratorio de
microbiologa debe velar por la preservacin de las
muestras desde el mismo momento de su recepcin;
para ello, cuando se reciban muestras procedentes
de autopsias forenses ser necesario cumplimentar
la hoja de custodia donde se consignen los datos de
recepcin (ver tabla 1).
La recepcin de las muestras post-mortem en el
laboratorio de microbiologa es similar a la de las
muestras clnicas procedentes de pacientes vivos
(ver Procedimiento SEIMC n 1a, Recogida
transporte y procesamiento general de las muestras;
SEIMC 2003). Estas muestras se reciben en el rea
de recepcin de muestras, donde se registran,
numeran y gestionan, a la vez que se registran los
datos del individuo de procedencia y la
documentacin recibida donde consta la peticin
solicitada.
Los documentos de peticin de anlisis
dependern del servicio/organismo solicitante y
pueden ser variados, especialmente en las muestras
forenses. Los ms frecuentes son: el volante de
peticin (si la muestra procede de un servicio
hospitalario, como el de Anatoma Patolgica), el
oficio judicial y cuestionario forense. En ocasiones
pueden venir acompaados de otros documentos
informativos como dictamen de autopsia, informes
clnicos, etc.
7.3. SELECCIN DEL PROTOCOLO DE TRABAJO
En el anlisis microbiolgico post-mortem es
imprescindible mantener una estrecha comunicacin
entre el laboratorio y el mdico peticionario con
objeto de la adecuada orientacin de los anlisis a
realizar. Las muestras post-mortem se analizarn
siguiendo los protocolos de trabajo del laboratorio y
la informacin aportada por el servicio solicitante
sobre las muestras y el paciente. As el
procesamiento depender de varios factores como
son la peticin del servicio solicitante, el tipo de
muestra, condicionada sta por la tcnica de
obtencin, y el diagnstico del paciente/enfermedad
de base que se basa en los antecedentes antemortem y/o en los hallazgos de autopsia.
En los fallecimientos en que interesa investigar una
posible enfermedad infecciosa, ya sea durante una
autopsia clnica o mdico-legal, se suele realizar un
muestreo amplio para microbiologa. En alguna de
estas ocasiones, particularmente en el mbito
mdico-legal, se solicita de forma genrica el anlisis
microbiolgico, sin especificacin de una peticin
concreta para un tipo de anlisis determinado. En
estos casos es el microbilogo quien establece el
protocolo de laboratorio a seguir, decidiendo qu
9

anlisis realizar y seleccionando las muestras ms


adecuadas para los distintos tipos de anlisis. Para
ello resulta imprescindible disponer de una
informacin lo ms completa posible sobre
antecedentes y hallazgos de autopsia. En muchas
ocasiones en base a dichos datos, las muestras
post-mortem, dado su carcter nico, deben
someterse a ms de un tipo de anlisis
microbiolgico (antignico, cultivo y/o anlisis
molecular principalmente), que debern realizarse
secuencialmente.
En el anexo I de este procedimiento se presentan
unas recomendaciones sobre los protocolos de
trabajo aplicables a las situaciones clnicas ms
frecuentes en microbiologa post-mortem. En ellos se
incluyen de forma genrica los tipos de anlisis
aplicables a las distintas muestras recogidas en cada
contexto clnico. Segn esto, cada muestra puede
someterse a ms de un anlisis, por lo que la
orientacin del tipo de estudio es prioritaria en las
muestras nicas que pueden requerir ms de un
anlisis (por ejemplo, un nico hisopo nasofarngeo,
o un determinado volumen de LCR). Este punto hay
que tenerlo siempre presente en el momento de la
recepcin de la muestra, con objeto de no agotarla
en un primer anlisis como podra ser la siembra
para cultivo bacteriolgico. Por tanto, segn cada
protocolo, en paralelo a la inoculacin en medio de
cultivo habr que valorar si se trata de una muestra
nica que ha de ser compartida para ms de un
anlisis, o por el contrario, si se ha tomado durante
la autopsia por duplicado (ejemplo, hisopo
nasofarngeo), lo que permitir destinar una de ellas
a un tipo de anlisis y su duplicado a otro tipo. Es por
ello, que en la mayora de las muestras post-mortem,
el procesamiento inicial en el laboratorio conlleva no
slo la inoculacin en medios de cultivo sino tambin
el alicuotado o particin y preparacin para otro tipo
de anlisis (antignicos, moleculares, serolgicos).
7.4. ANLISIS ANTIGNICOS Y TINCIONES
Como regla general, las pruebas antignicas y las
tinciones son la primera aproximacin al anlisis
microbiolgico post-mortem. Los anlisis antignicos
- aglutinacin con ltex, inmunocromatografa,
inmunofluorescencia directa, inmunofluorescencia
indirecta -, deberan realizarse en aquellos casos con
elevada sospecha de infeccin segn criterios
clnicos o histopatolgicos, siempre que los
resultados
obtenidos
se
informen
a
los
clnicos/epidemilogos con fines de profilaxis y/o
tratamiento a posibles contactos del fallecido, y
siempre considerando su coste/beneficio. No
obstante, estas pruebas suelen ser poco eficientes
en las denominadas autopsias blancas, en las que
no se detectan hallazgos macroscpicos sugestivos
de infeccin o de otra patologa que pueda explicar
la causa de la muerte. Cuando se reciban lquidos o
fluidos como LCR, liquido pleural u orina, tambin se
debe realizar una tincin de Gram y una tincin
citolgica como primera aproximacin, que tambin

pueden a ayudar a orientar el resto de los anlisis.


Ante la sospecha de tuberculosis se pueden hacer
tambin tinciones especficas como la de ZiehlNeelsen o la de auramina.
7.5. CULTIVO BACTERIOLGICO Y DE HONGOS
7.5.1. Seleccin de medios de cultivo. La seleccin
del tipo de muestras que se van a inocular
depender del cuadro clnico que se quiere
investigar, para lo que se recomienda seguir las
recomendaciones de los diagramas diagnsticos (ver
Anexo I).A diferencia de las muestras en individuos
vivos, el volumen/tamao de la muestra post-mortem
que se toma para anlisis microbiolgico no suele
ser un problema, con la excepcin de determinados
fluidos biolgicos que, en ocasiones, son escasos y
difciles de tomar. Tal es el caso de la sangre, que
puede estar coagulada, bien por una coagulacin
intravascular diseminada u otra alteracin de la
coagulacin, o puede ser escasa en lactantes; o del
LCR, cuya toma puede revestir cierta dificultad. En
general se intenta recoger varias alcuotas/porciones
de una misma muestra para poder realizar ms de
un tipo de anlisis y preservarlas por si alguno de
dichos anlisis se difiere en el tiempo.
En ocasiones, las muestras post-mortem no se
pueden procesar inmediatamente despus de su
recogida; esto puede ocurrir en las tomadas por los
mdicos forenses en los Institutos de Medicina
Legal. Como se indica en el documento tcnico PNTMP-01 de este procedimiento, en estos casos se
recomienda que la sangre no slo se inocule
directamente en frascos de hemocultivo aerobio/
anaerobio durante la toma de muestra, como se
hara en un paciente vivo, sino que sta se recoja
adicionalmente en tubos tipo Vacutainer con SPS o
en su defecto citrato sdico que sern destinados
tambin al cultivo una vez se reciban en el
laboratorio de microbiologa. Este punto es
importante, pues podra ocurrir que el frasco de
hemocultivo favoreciese la proliferacin de bacterias
de crecimiento rpido y fcil, como Staphylococcus
coagulasa negativa, enterococos o bacilos
gramnegativos procedentes de una pequea
contaminacin durante la toma de muestra, en
detrimento de un patgeno con altos requerimientos
nutritivos como el meningococo. Para evitar esto,
una vez recibida la muestra de sangre en el
laboratorio se debe sembrar directamente una
cantidad de sta procedente de dichos tubos en: i)
caldo BHI/tioglicolato y ii) placas con medios
enriquecidos y selectivos. De esta forma, se puede
recuperar ms fcilmente el patgeno causante de la
infeccin aunque adems se recuperen otros
posibles microorganismos contaminantes.
La inoculacin directa de las muestras de lquidos,
tejidos, exudados, abscesos y biopsias se realizar
en medios convencionales para bacterias aerobias y
anaerobias facultativas: agar sangre (AS), agar
chocolate (AC), agar MacConkey (MC) y agar
colistina-cido nalidxico (ACN). Opcionalmente se
10

podrn utilizar medios complementarios para otros


microorganismos como S. aureus, o Haemophilus
spp, este ltimo en el caso de muestras respiratorias.
Para el cultivo de las bacterias anaerobias se debe
utilizar un medio no selectivo como agar Schaedler o
el agar Brucella y otros medios selectivos para
anaerobios como el agar Bacteroides bilis esculina
con amicacina, entre otros. Adems se inocular un
medio lquido de enriquecimiento tipo caldo
tioglicolato o BHI.
Las muestras de heces, hisopos rectales o
contenido intestinal se inocularn al menos en agar
entrico Hektoen (HK), Agar Salmonella-Shigella
(SS), Yersinia Agar Base (CIN), Caldo selenito F
(SEL) y medio para Campylobacter. Tambin se
pueden utilizar medios de mayor especificidad para
Salmonella (BGA o de tipo cromognico como el
SM2). Ver la tabla 3 del documento tcnico PNT-MP02 de este procedimiento.
El medio Thayer Martin (TM) o equivalente se
emplear tambin para sembrar muestras de sangre,
LCR, tejidos y exudados respiratorios ante la
sospecha
de
meningococcemia,
meningitis
bacteriana aguda o sepsis fulminante primaria.
Cuando se sospeche o sea necesario descartar una
infeccin fngica las muestras se inocularn
adicionalmente en agar Sabouraud con antibiticos.
Cuando se sospechen patgenos especiales, como
Legionella
spp.,
Vibrio
cholerae
u
otros,
especialmente en el contexto de brotes o epidemias,
se podrn emplear medios especficos para stos.
7.5.2. Condiciones de incubacin. Las placas de
agar sangre se incuban a 35-37C, preferiblemente
en atmsfera con 5% de CO2. Las placas de agar
chocolate, TM tambin a 35-37C siempre con
atmsfera enriquecida en 5% de CO2. Las placas
para el cultivo de anaerobios a 35-37C en atmsfera
de anaerobiosis (jarras, sobres o cmaras).
Dependiendo de los microorganismos buscados, los
tiempos de incubacin varan (ver la tabla 3 del
documento tcnico PNT-MP-02).
7.6. VIROLOGA
El empleo de mtodos basados en la deteccin de
los antgenos vricos presenta como ventajas,
adems de su rapidez, su independencia de la
infectividad del virus. Entre las limitaciones se
encuentra su baja sensibilidad. En lo que se refiere a
las tcnicas de inmunocromatografa y/o de
enzimoinmunoanlisis de membrana que detectan
antgenos de virus gripales y virus entricos, stas
tambin se han aplicado a muestras post-mortem.
Aunque en virologa, al menos en teora, el mtodo
de referencia sigue considerndose el cultivo viral,
en la prctica, en la mayora de los laboratorios de
microbiologa las tcnicas moleculares, gracias a su
implantacin ms sencilla, estn reemplazando al
cultivo, que requiere infraestructura y mantenimiento
ms complejos. Es por ello que en las muestras postmortem,
los
estudios
virolgicos
emplean
esencialmente tcnicas moleculares mientras que el

cultivo viral slo se usa de forma excepcional.


Aunque las lneas celulares pueden prepararse en el
laboratorio, en la actualidad existe una amplia oferta
comercial que evita los inconvenientes inherentes al
mtodo de preparacin. Deben combinarse lneas
celulares que permitan cubrir la mayor parte de los
virus esperados, por ejemplo clulas de
Rabdomiosarcoma humano y fibroblastos humanos.
En la tabla 1 del documento tcnico PNT-MP-02 se
describen las principales lneas celulares que se
pueden utilizar. A pesar de que la deteccin directa
de antgenos vricos en la muestra mediante
inmunofluorescencia se ha aplicado a especmenes
post-mortem, se ha visto que su sensibilidad es ms
baja que la de las tcnicas moleculares, por lo que
hoy da stas tambin tienden a sustituirla.
7.7. ANLISIS MOLECULARES
7.7.1. Instalaciones. Las tcnicas moleculares se
han erigido en uno de los pilares diagnsticos de la
microbiologa post-mortem. Esto supone que las
instalaciones del laboratorio deben respetar los
requerimientos de separacin de reas con objeto de
minimizar la contaminacin de muestras y extractos
de cidos nucleicos generados durante los anlisis.
El laboratorio de microbiologa molecular debe
permanecer separado de otras reas de trabajo del
laboratorio de microbiologa. Se recomienda una
doble puerta de acceso (con bio-vestbulo para
cambio de batas). El acceso debe ser controlado y la
puerta de acceso debe permanecer cerrada. Las
reas requeridas son:
- rea de preparacin de material estril y reactivos
(tampones, albmina bovina srica, reactivos de
extraccin).
- rea de autoclavado (comn al resto del
laboratorio).
- rea pre-PCR, que comprende las reas de
extraccin de ADN/ARN y de preparacin de la PCR.
- rea de amplificacin.
- rea post-PCR o de productos de amplificacin.
- reas separadas de almacenamiento de (i)
reactivos empleados en la PCR; (ii) extractos de
cidos nucleicos; (iii) productos (amplicones) de
PCR; y (iv) muestras/extractos empleados como
controles en la PCR.
7.7.2. Flujo de trabajo. En el laboratorio de
microbiologa molecular el flujo de trabajo debe ser
unidireccional, desde el rea pre-PCR al rea de
amplificacin y al rea post-PCR. Tras seleccionar
las muestras para los distintos anlisis en el rea de
recepcin de muestras del laboratorio, aqullas
destinadas al anlisis moleculares se llevarn al rea
de extraccin de ADN/ARN donde se extraern de
inmediato siempre que esto sea posible. En caso
contrario se dispondrn en nevera a 4C si la
extraccin se va a realizar en un plazo mximo de 24
horas, o congeladas a -80C si se efecta ms tarde.
Los extractos de cidos nucleicos se deben
almacenar en un rea identificada y separada de los
11

reactivos y controles de PCR (por ejemplo, un cajn


o estante) de un arcn-congelador.
En el rea de preparacin de la PCR se realizar la
PCR-set-up o preparacin de la mezcla de
reaccin, a la que se aadirn los extractos. Los
tubos o placas con la reaccin de PCR se llevarn al
rea de termocicladores desde donde, una vez
terminada la reaccin, y ya convertidos en productos
de amplificacin, pasarn al rea de ADN
amplificado por PCR donde tiene lugar la deteccin o
la secuenciacin (en caso de que estos pasos sean
necesarios).
7.7.3. Tcnicas de extraccin de cidos
nucleicos. Las tcnicas manuales ms habituales
se basan en la extraccin en columnas de slice
empleando en la lisis tiocianato de guanidina, que
inhibe las ARN-asas, aunque tambin se puede usar
la extraccin orgnica con posterior purificacin
mediante
centrifugacin.
Las
modernas
metodologas permiten un cierto grado de
semiautomatizacin
e
incluyen
diferentes
modalidades: extraccin en columnas de slice o
mediante partculas magnticas a las que se unen
selectivamente los cidos nucleicos. La mayora de
los mtodos comerciales de amplificacin gnica no
incluyen sistemas de extraccin de cidos nucleicos,
pero para ello existen diversas plataformas
automticas (BioRobot EZ1 de Qiagen, NucliSENS
easyMag de BioMerieux, sistemas AmpliPrep y
MagNA de PureRoche, sistema m1000 de Abbott
entre otros), que permiten a cada laboratorio
disponer de soluciones adaptadas al volumen de sus
necesidades. Existe ya una tcnica de deteccin de
ARN de enterovirus que incluye todo el proceso de
extraccin y amplificacin en un formato totalmente
automtico (mediante el sistema GeneXpert de
Cepheid). Dada la posibilidad de degradacin de los
cidos nucleicos se recomienda la cuantificacin del
ADN total en el extracto obtenido, que se puede
hacer por espectrofotometra.
7.7.4. Tcnicas de amplificacin gnica y otras
nuevas tecnologas. Los anlisis moleculares se
han convertido en la piedra angular de la
microbiologa post-mortem en la mayora de las
situaciones. Esto se debe a que los resultados de los
cultivos post-mortem no son siempre fciles de
interpretar, y a la posibilidad de obtener cultivos
falsos-negativos debido a un eventual retraso en el
inicio del cultivo. Ante una infeccin bacteriana
fulminante, stos son tremendamente tiles para
confirmar o descartar determinados patgenos, como
meningococo
o
neumococo,
Streptococcus
agalactiae u otros, previamente al cultivo, pues sus
resultados pueden estar disponibles en pocas horas.
En muchos laboratorios de virologa, los anlisis
moleculares han reemplazado a los cultivos virales.
La tcnica ms empleada es la reaccin en cadena
de la polimerasa (PCR), en su variante de PCR a
tiempo real (RT-PCR), debido a sus elevadas
especificidad y sensibilidad y al amplio nmero de
sistemas comerciales disponibles (tecnologas ABI,

SmartCycler, Light Cycler, RotorGene, entre otras),


aunque alternativamente tambin se pueden utilizar
sistemas de PCR tradicional acoplados a otras
detecciones como la hibridacin en microarrays de
baja densidad (Genomica), la PCR-ELISA (HAIN) o
la electroforesis capilar en microchip. Para la
investigacin de determinados microorganismos,
como enterovirus o S. agalactiae, existen disponibles
en el mercado sistemas de PCR a tiempo real en los
que la plataforma incluye tambin de forma
automatizada la extraccin previa de los cidos
nucleicos en la muestra (Genexpert). Otros mtodos
de reciente aplicacin son la READ (Real Amplicon
Detection) PCR con tecnologa DPO (Dual Priming
Oligonucleotide) (Seegene), o la tecnologa Luminex,
entre otros. En general se recurre al empleo de
genes diana conservados dentro de las distintas
especies investigadas. En bacteriologa una opcin
alternativa es la amplificacin y posterior
secuenciacin de la regin 16S ARNr de las
eubacterias como herramienta complementaria,
particularmente en el contexto de un cultivo
microbiolgico negativo ante una sospecha de
infeccin fulminante bacteriana una vez descartadas
las PCR especficas de especie. Aunque esta tcnica
puede aportar resultados concluyentes en algunos
casos, hoy por hoy, sus principales limitaciones son
la imposibilidad de aplicacin a muestras con
crecimiento de contaminantes y el tamao elevado
de los fragmentos de amplificacin, que dificulta su
aplicacin a muestras degradadas.
Los mtodos caseros, basados en artculos
cientficos sobre mtodos contrastados y evaluados
tienen como ventajas principales su bajo coste y su
adaptacin a las necesidades de cada laboratorio,
especialmente en aquellos de pequeo tamao.
Como inconveniente sealar la necesidad de realizar
una evaluacin o validacin interna por parte del
laboratorio que la implanta. No obstante, sta puede
simplificarse si se realiza una comparacin en
paralelo con otras tcnicas de uso habitual en el
propio laboratorio o en otro de referencia.
Cada vez son ms numerosos los kits comerciales
para el diagnstico molecular tanto de virus como de
bacterias.
Concretamente,
existen
sistemas
comerciales para deteccin de genomas de los
agentes ms comunes como HSV, VZV, enterovirus
o CMV, o virus respiratorios, la mayora basados en
tecnologa de PCR a tiempo real. Asimismo, estn
tambin disponibles comercialmente mtodos de
deteccin mltiple para virus respiratorios mediante
PCR e hibridacin en microarrays o basados en la
READ PCR, o para virus de la familia herpes (VHS,
VZV, CMV, HHV6, EBV) basados en PCR anidada
con electroforesis posterior o en una sola
amplificacin con hibridacin en microplaca. Aunque
existen diferencias en cuanto a su aplicabilidad,
especificidad, etc., la obligatoriedad por parte del
fabricante de realizar una validacin de desarrollo
previa a su salida al mercado supone una garanta
para su empleo tanto en muestras de pacientes vivos
12

como post-mortem. No obstante, el desconocimiento


en algunos casos de las caractersticas internas y de
la composicin de oligonucletidos, sondas, mezclas
de reaccin, tampones y otros componentes supone
una limitacin para su aplicacin. Esto es
especialmente relevante en las muestras forenses,
que con frecuencia sufren fenmenos de
degradacin, bien por su transporte o conservacin
deficientes. En estas situaciones, se requiere el
anlisis de fragmentos de ADN de pequeo tamao
(preferiblemente menores de 150 pb, e incluso
menores de 100 pb), para garantizar la eficacia de la
reaccin de amplificacin en un extracto de una
muestra presuntamente degradada. Por ello, antes
de implantar una tcnica que se va a aplicar a
muestras post-mortem resulta prioritario solicitar
informacin especfica de las caractersticas de los
kits a los fabricantes.
Las tcnicas moleculares tambin se pueden
aplicar en microbiologa post-mortem a la tipificacin
molecular de gran nmero de los patgenos
considerados como significativos (ver Procedimiento
SEIMC n 18, Mtodos moleculares de tipificacin
epidemiolgica en bacteriologa; SEIMC 2005).
Otras nuevas tecnologas en uso en microbiologa
clnica, como la espectrometra de masas (sistemas

MALDI TOF) aplicada a la identificacin bacteriana,


tambin pueden ser tiles en el anlisis de muestras
post-mortem.
7.8. SEROLOGA
Las tcnicas serolgicas se aplican ampliamente en
los estudios post-mortem realizados en donantes de
rganos y tejidos (ver Anexo I). No obstante, esta
metodologa, ampliamente empleada hasta finales
de los aos 90 en los estudios de muerte sbita
infantil, se ha visto desplazada por las tcnicas
moleculares hasta convertirse en una prueba
complementaria usada slo en determinados casos
de muerte fulminante por causa infecciosa. Hay que
recordar que su principal limitacin en microbiologa
post-mortem es la imposibilidad de disponer de
muestras
pareadas
para
el
estudio
de
seroconversin en estos pacientes, por lo que los
anlisis serolgicos pierden parte de su importancia
como herramientas diagnsticas ante la muerte
sbita-inesperada. Es por ello que la serologa slo
se emplear de forma colateral para el diagnstico
de algunos patgenos, la mayora de ellos virales
(ver tabla 2).

Tabla 2. Anlisis serolgicos virales de posible aplicacin en casos de muerte sbita-inesperada


Virus
Adenovirus
Bocavirus
Citomegalovirus
Coronavirus
Enterovirus
Hantavirus
Herpes simplex
Influenza A
Influenza B
Metapneumovirus
ParaInfluenza 1, 2, 3
Rhinovirus
VRS
Herpes Virus 6

EIA
EIA IgG
EIA IgG. No
disponible comercial
EIA IgG, IgM
EIA IgG. IgG+IgM
EIA IgG, IgM
EIA IgG,IgM
EIA IgG,IgM
EIA IgG
EIA IgG
No disponible
comercial
EIA IgG
No disponible
comercial
EIA IgG
EIA IgG, IgM

FC
SI

Neutralizacin
SI (tipado)

SI
SI
S

SI
SI

IH
SI (tipado)

IC
SI

SI
SI
SI

SI

SI
SI

SI
SI

SI
SI

SI
SI
SI

SI
SI
SI

SI
SI

SI

SI

SI

IF
SI
SI

SI

SI

SI

SI
SI

FC: fijacin del complemento; IH: Inhibicin hemaglutinacin; IC: Inmunocromatografa; IF: Inmunofluorescencia

8. TCNICAS RPIDAS DE DIAGNSTICO


Como ya se ha indicado en apartados anteriores, las
tcnicas rpidas (deteccin de antgeno y tcnicas
moleculares) han revolucionado la microbiologa
post-mortem; de un lado aportan de forma rpida
informacin para el enfoque diagnstico del caso en
el laboratorio. Adems, el empleo cotidiano de
tcnicas moleculares rpidas como la PCR a tiempo
real puede proporcionar al mdico peticionario datos

sobre la etiologa de una muerte fulminante de origen


infeccioso, por lo que el mismo da en que se reciben
las muestras en el laboratorio podran emitirse
resultados orientados al tratamiento de los contactos.
El desarrollo de nuevas plataformas de anlisis
moleculares, una vez que los precios sean
competitivos, permitir un abordaje ms completo de
los casos.
13

9. PROCEDIMIENTOS ADICIONALES A REALIZAR


EN SITUACIONES ESPECIALES
En el contexto de brotes o epidemias ser necesario
contactar con los laboratorios de referencia,
regionales o nacionales, para la comunicacin de
resultados y para el envo de cepas para su
tipificacin en caso de que sea necesario.
Ante la sospecha de un patgeno de nivel III o IV,
si el laboratorio carece del nivel de bioseguridad
requerido, ser necesario el envo directo de las
muestras post-mortem a un laboratorio de referencia
para su anlisis. De igual manera, ante un supuesto
evento bio-terrorista ser necesario ponerse en
contacto con la Red de Laboratorios de Alerta
Biolgica (Re-LAB).
En todas estas situaciones el envo de muestras
deber hacerse siguiendo las normas de seguridad
indicadas para el transporte de sustancias
infecciosas.
10. PROCEDIMIENTOS NO ACEPTABLES
No se deben emplear mtodos caseros que no
garanticen la adecuada calidad de los resultados. Se
seguirn las instrucciones del fabricante en los
ensayos comerciales y, en caso contrario, se
especificarn las modificaciones en el procedimiento
normalizado de trabajo y se articular un control de
calidad adecuado.
No son aceptables los informes que no sean
inteligibles para el mdico peticionario o no reflejen
claramente el ensayo que se ha realizado y, a ser
posible, la interpretacin del mismo.
11. CRITERIOS PARA LA INTERPRETACIN DE
RESULTADOS EN MICROBIOLOGA POSTMORTEM
La correcta interpretacin de los resultados
microbiolgicos post-mortem debe tener en cuenta:
(i) el lugar del aislamiento; (ii) el potencial patgeno
del organismo; (iii) la edad del individuo,
especialmente en los nios; (iv) la microbiota habitual
bacteriana del lugar de aislamiento; y (v) el empleo
de los criterios de infeccin en individuos vivos. Los
principales criterios de interpretacin se exponen en
el documento tcnico PNT-MP-02 de este
procedimiento.
Para la adecuada interpretacin de los anlisis
microbiolgicos post-mortem hay que asumir la
posibilidad de falsos negativos y falsos positivos.
Entre las causas de los primeros se halla el intervalo
post-mortem (tiempo transcurrido desde la muerte
hasta la toma de muestra en la autopsia), la toma de
antibiticos en el perodo peri-mortal, el retraso en el
inicio del anlisis desde la toma de muestra, la
inoculacin de pequeas cantidades de muestra (por
ejemplo, escasa disponibilidad de sangre en el caso
de los lactantes) o la degradacin de las muestras.
Un falso positivo se definira como la presencia en un
tejido o fluido de un microorganismo (aislamiento o
deteccin por PCR) que carece de valor patgeno.
Entre las razones que expliquen los falsos positivos

se encuentran: la translocacin post-mortem


(diseminacin pasiva) y la contaminacin de la
muestra ocurrida principalmente durante la autopsia.
Los resultados microbiolgicos post-mortem
indican slo que un agente infeccioso se hallaba
presente en el individuo en el momento de la muerte;
aunque en muchos casos la presencia del patgeno
en tejidos/fluidos estriles puede explicar la causa de
muerte, por el contrario, en otros no habr
evidencias directas de que ste sea el responsable
del deceso. Esto slo lo podr establecer la
valoracin conjunta de los anlisis microbiolgicos e
histopatolgicos. En cualquier caso, el aislamiento o
la deteccin molecular de bacterias con elevada
capacidad patgena (por ejemplo S. agalactiae) en
lugares normalmente estriles, como el LCR, se
debe asumir como significativo.
12. INFORME DE RESULTADOS
Cualquier resultado analtico que pueda aportar
datos significativos tiles para el tratamiento o
profilaxis de los contactos del fallecido debe
informarse con la mayor rapidez posible al
clnico/epidemilogo
mediante
comunicacin
telefnica o informes provisionales.
En los casos mdico-legales una vez expuestos los
resultados de manera objetiva, como resultados o en
forma de conclusiones (si se trata de un dictamen
con valor mdico-legal) se recomienda aadir
cuando sea necesario un breve comentario que
ayude al mdico forense a la interpretacin de los
resultados obtenidos. Si adems se dispone de los
hallazgos histopatolgicos, es del todo conveniente
realizar una valoracin conjunta a la vista de stos,
que se puede efectuar por un equipo multidisciplinar
que incluya microbilogos y patlogos.
13.
CONSIDERACIONES
FINALES
Y
PERSPECTIVA DE FUTURO
Al igual que la microbiologa clnica, la microbiologa
post-mortem debe hallarse en continua evolucin,
adoptando aquellas nuevas tecnologas que
proporcionen herramientas de trabajo ms tiles y
siguiendo de cerca la aparicin de patgenos
emergentes. En este procedimiento se presentan
pautas de laboratorio a seguir en las situaciones ms
frecuentes; stas podrn adaptarse a nuevos
formatos ms eficientes. A corto plazo es deseable
una mayor estandarizacin metodolgica entre los
distintos profesionales vinculados a este campo.
Slo mediante la investigacin activa se podrn
establecer en un futuro pautas de actuacin basadas
en la evidencia, lo que podr originar posibles
modificaciones de los procedimientos incluidos en el
presente documento.

14

14. BIBLIOGRAFA
1. Agero J., Ortega-Mendi M, Cano ME, Gonzlez de
Aledo A, Calvo J, Viloria L, Mellado P, Pelayo T,
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significance of post-mortem cultures. Arch Pathol.
1975; 94:244-249.

15

DOCUMENTO TCNICO

PNT-MP-01
TOMA DE MUESTRAS POST-MORTEM PARA ANLISIS MICROBIOLGICO

ELABORADO

REVISADO Y APROBADO
Jefe de Servicio

Nombre/Firma

EDICIN
01

Fecha

FECHA

Nombre/Firma

Fecha

ALCANCE DE LAS MODIFICACIONES


Edicin inicial

COPIA REGISTRADA N..........ASIGNADA A.....................................................


Este documento es propiedad del Servicio de Microbiologa del Hospital/Centro. La
informacin en l contenida no podr reproducirse total ni parcialmente sin autorizacin escrita del Responsable
de su elaboracin. Las copias no registradas no se mantienen actualizadas a sus destinatarios.

Servicio de Microbiologa
Hospital/Centro
..

Toma de muestras post-mortem para


anlisis microbiolgico

1. PROPSITO Y ALCANCE
El objetivo del presente documento es describir el
tipo de muestras post-mortem que deben tomarse
segn el tipo de paciente y la sospecha de las
diferentes infecciones para proceder posteriormente
al anlisis microbiolgico.
2. FUNDAMENTO
El patlogo o mdico-forense es el responsable de la
toma de muestras durante la autopsia -clnica o
forense- incluyendo aquellas destinadas al
laboratorio de microbiologa. En los casos de muerte
sbita del lactante, las muestras se obtienen
siguiendo las normas de un protocolo de
investigacin. Esto es debido a que la muerte sbita
del lactante es un diagnstico de exclusin y, por lo
tanto, debern procurarse muestras de rutina que
permitan excluir una causa infecciosa de muerte.
En autopsias de causa diferente a la muerte sbita
del lactante, la toma de muestras deber estar
guiada por la historia clnica del paciente y el aspecto
macroscpico de las lesiones. Es as que, por
ejemplo, la historia clnica de gastroenteritis previa al
deceso deber orientar al envo de muestras de
contenido intestinal al laboratorio de microbiologa.
Las distintas situaciones clnicas que orientan la
toma de la muestra y fundamentan la solicitud de
estudios microbiologcos especficos, incluyendo los
de microbiologa molecular, han sido descritas en el
documento cientfico.
3. DOCUMENTOS DE CONSULTA
- BOE 19 Mayo 2010. Nmero 122, Sec. I. Pg.
43476-43480. Orden JUS/1291/2010, de 13 de
mayo, por la que se aprueban las normas para la
preparacin y remisin de muestras objeto de
anlisis por el Instituto Nacional de Toxicologa y
Ciencias Forenses. Subseccin 4. Estudios
microbiolgicos en casos de muerte de etiologa no
aclarada.
- Debich-Spicer D, Gilbert-Barness E. Handbook of
Pediatric Autopsy Pathology. Humana Press.
Totawa, 2005.
- Ridgway EJ, Harvey DJ. Microbiology of the
autopsy. En: The hospital autopsy. A manual of
fundamental autopsy practice. Third Ed J Burton & G
Rutty Eds. Hodder Arnold. 2010. London.
4. MUESTRAS
4.1. VOLANTE DE PETICIN
El volante de peticin o la peticin electrnica que
acompaa a cada muestra deben ser correctamente
cumplimentados y en ellos debern constar
claramente:
- Datos demogrficos del paciente (filiacin, edad,
nmero de historia), servicio de procedencia y datos
del facultativo que realiza la peticin.
- Datos de la muestra (tipo, localizacin anatmica,
modo y fecha de obtencin) y determinaciones
microbiolgicas solicitadas.

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- Datos clnicos (diagnstico del paciente, enfermedad


de base, tratamiento antibitico previo, etc.).
- Diagnostico presuntivo.
Adems, si se trata de una autopsia forense se
rellenar la cadena de custodia.
4.2 RECOGIDA DE LA MUESTRA
Las muestras para el anlisis microbiolgico, pueden
verse
afectadas
por
numerosos
procesos:
contaminacin con microbiota cutnea o exgena,
migracin bacteriana postmortem, degradacin de
las muestras, alteracin de la viabilidad de los
patgenos que pueden contener, etc., por ello se
debern tomar una serie de precauciones
encaminadas a proteger las muestras que se
enumeran a continuacin:
- El cadver se debe conservar a 4C lo antes
posible y hasta la realizacin de la autopsia.
- La autopsia idealmente se realizar en un perodo
que no supere las 24 horas desde la muerte y
preferentemente en las primeras 15 horas.
- Las muestras de sangre y otros fluidos corporales,
exudado nasofarngeo, orina y heces, se tomarn al
comienzo de la autopsia.
- No se debe emplear el oxalato como
anticoagulante, ni el fluoruro como conservante, por
ser txicos para muchos microorganismos.
- Los exudados se debern recoger mediante
hisopos de polister o cualquier otro material
sinttico, nunca de algodn o alginato de calcio. Se
evitarn los hisopos con vstagos de madera. Los
hisopos debern introducirse en un medio de
transporte que ser diferente segn la patologa que
se sospeche: Amies o Stuart para bacteriologa o
medio de transporte viral para virologa. Se tomarn
al menos dos hisopos en cada caso.
- Si se desconoce si la etiologa es viral o bacteriana,
habr que tomar la misma muestra con los dos
sistemas de transporte por separado.
- Si se sospecha una infeccin por anaerobios, las
muestras se inocularn en un vial de anaerobios que
se enviar al laboratorio, inmediatamente, sin
refrigeracin.
- La apertura de cavidades y diseccin de rganos,
se realizar empleando las tcnicas de esterilidad y
asepsia quirrgicas usuales. Se evitar romper vasos
sanguneos u otros rganos, especialmente el
intestino.
- Las muestras se obtendrn esterilizando la
superficie del rgano con una esptula ardiente y
cortando bloques de tejidos desde la zona central del
rea cauterizada o aspirando fluidos a travs de
sta.
- Se aconseja realizar tomas de, al menos, cinco
rganos empleando un kit de instrumentos estriles
para cada rgano o tejido.
- Los envases para anlisis microbiolgicos no se
compartirn con otros anlisis.
- Se deber resear la hora de la toma de muestra y
el tiempo transcurrido entre la muerte y su envo.

Servicio de Microbiologa
Hospital/Centro
..

Toma de muestras post-mortem para


anlisis microbiolgico

5. MEDIOS DE CULTIVO, REACTIVOS Y


PRODUCTOS
Los medios de cultivo y de transporte debern
tenerse preparados con antelacin de forma que
estn disponibles antes de comenzar la autopsia. Se
debern incluir los siguientes:
- Torundas con medio de transporte para aerobios
- Torundas con medio de transporte para anaerobios
(tambin es posible disponer de torundas con medio
de transporte genrico para bacteriologa, tiles para
ambos tipos de microorganismos)
- Torundas con medio de transporte viral
- Frascos de hemocultivo para aerobios
- Frascos de hemocultivo para anaerobios
- Solucin fisiolgica estril
- Tubos de sangre con SPS (polianetol sulfonato
sdico)/ o con citrato sdico
- Tubos de sangre con EDTA
- Tubos de sangre con activador del cogulo
6. APARATOS Y MATERIAL
6.1. APARATOS
- Autoclave para esterilizar material
- Selladora (recomendable)
6.2. MATERIAL
Todo el material debe tenerse preparado con
antelacin de forma que est disponible antes de
comenzar la autopsia. Este material incluye:
- Guantes
- Pinzas estriles
- Pipetas Pasteur estriles
- Jeringas y agujas estriles
- Alcohol isoproplico 70
- Bistur estril
- Gasas con material desinfectante
- Frascos / tubos universales estriles adecuados al
tamao de la muestra
7. PROCESAMIENTO
Las muestras se tomarn desde la superficie y a
medida que la autopsia progresa, de esta manera se
intenta disminuir la contaminacin de la muestra. A
continuacin se indican los diferentes tipos de
muestras a tomar.
1. Catteres intravasculares: los 5 cm ms distales.
Remitir en frasco estril.
2. Muestras de sangre:
- Hemocultivo en sujeto adulto: utilizar frasco de
hemocultivo de 40 ml, uno para microorganismos
aerobios y otro para anaerobios. Se recomienda
tomar entre 5-10 ml de sangre en adultos.
- Hemocultivo en lactantes: puede utilizarse frasco de
20 ml destinado simultneamente a microorganismos
aerobios y anaerobios. En nios se recomienda
tomar entre 1-5 ml. Dada la dificultad de conseguir
volmenes grandes en lactantes, en las siguientes
tablas se indica genricamente que se tome 1 ml,
que sera el mnimo deseable.
- 1 ml de sangre con EDTA para anlisis
moleculares.

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- 3-5 ml de sangre con SPS (polianetol sulfonato


sdico) como anticoagulante o en su defecto el
empleo de citrato sdico en muestras para cultivo
bacteriolgico en caso de que el transporte desde el
lugar de la toma de muestra hasta el laboratorio de
anlisis no sea inmediato.
Nota: los frascos de hemocultivo no deben sustituir
nunca a las muestras de sangre con EDTA ni a las
muestras de sangre con SPS o citrato sdico, sino
que deben enviarse adicionalmente.
3. Muestra de suero:
- Obtenido tras la sedimentacin y centrifugacin de
2-3 ml de sangre total, preferiblemente recogida en
tubo con activador del cogulo. Destinado a anlisis
antignicos y serolgicos.
4. Torundas o hisopado de lesiones, meninges, odo
medio, tejidos de diferentes orgenes, faringe,
nasofaringe, laringe, trquea, bronquios: utilizar
hisopos con medio de transporte adecuado para
bacteriologa (con medio para aerobios y anaerobios)
y/o virologa.
5. Derrames: colocar 2 -3 ml en frasco estril. Remitir
al laboratorio de microbiologa lo antes posible.
6. Muestra de tejido para bacteriologa, incluida la
vegetacin de vlvula cardiaca ante la sospecha de
endocarditis: 1-2 cm3 obtenidos con pinza y bistur
estriles. Colocar en tubo de transporte universal
estril y remitir al laboratorio de microbiologa lo
antes posible.
7. Muestra de tejido para estudios virolgicos: 1 cm3
de tejido obtenido con pinzas y bistur estriles.
Remitir en tubo de transporte universal estril, con
medio de transporte de virus o con el agregado de
solucin fisiolgica estril.
8. Muestra de tejido para micologa: si se desea
investigar la presencia de hongos la muestra se
deber enviar en frasco estril, con suero fisiolgico
y el adicionado de un antibitico para prevenir el
sobrecrecimiento bacteriano. ste puede ser:
penicilina (500 U/ml) y estreptomicina (500 g/ml) o
cloranfenicol (500 g/ml).
9. Orina: enviar 5-10 ml de orina en recipiente
universal estril al laboratorio de microbiologa.
10. Abscesos: acceder al interior del absceso
utilizando bistur y tijera estriles. Extraer muestra del
exudado purulento con pipeta estril, verter el
contenido en frasco estril y remitir a microbiologa
lo antes posible.
11. Muestra de heces: son las ltimas muestras en
tomarse. Colocar 5 ml en dos recipientes estriles,
uno de ellos preferiblemente con medio de transporte
Cary-Blair para bacteriologa (en su defecto, sin
conservantes) y otro, preferentemente con medio de
transporte viral, para virologa.
12. Lquido articular: aspirar con aguja y jeringa
estriles y enviar 1-2 ml en tubo estril.
13. Placenta: este procedimiento debe realizarse
antes de la fijacin en formol, mediante uno o dos
mtodos: a) mediante hisopo con medio de
transporte para aerobios y anaerobios realizando un
hisopado de la superficie amnitica de las

Servicio de Microbiologa
Hospital/Centro
..

Toma de muestras post-mortem para


anlisis microbiolgico

membranas perifricas, o b) mediante bistur y


pinzas estriles tomando la muestra de tejido de la
superficie fetal o amnitica del parnquima
placentario (cerca del cordn umbilical). Se deben
remitir al laboratorio de microbiologa en un frasco
estril.
8. TOMA DE MUESTRAS SEGN LOS DISTINTOS
SUPUESTOS CLNICOS Y TIPOS DE AUTOPSIA
En las tablas 1 a 9 se indican los tipos de muestra,
cantidad, medios de transporte y cultivos que se

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deben realizar en los distintos supuestos clnicos y


tipos de autopsia.
Nota: en las tablas 2 a 9, al no especificarse si se
trata de adultos o de nios, cuando se incluye la
sangre para inoculacin en frasco de hemocultivo se
considera 1 ml como el volumen mnimo
recomendable en lactantes. Como ya se ha indicado
anteriormente, para adultos se requieren volmenes
mayores.

8.1. CASOS DE AUTOPSIA DE MUERTE SBITA DEL LACTANTE


Tabla 1. Toma de muestra en casos de muerte sbita del lactante
Tipo de Muestra

Cantidad

Enviar a

Envase o medio a utilizar

Sangre

1 ml

Bacteriologa (slo
cultivo)

Sangre

1 ml

Sangre

3-5 ml

Suero

Sedimentar
y
centrifugar
2-3 ml de
sangre
total
1 ml
1ml

Bacteriologa (slo
cultivo)
Anlisis moleculares
y virologa
Serologa y anlisis
antignicos

Un frasco de hemocultivo de anaerobios


y otro de aerobios (si sangre
insuficiente, priorizar aerobios)
Tubo con SPS/citrato sdico

LCR
LCR

Con agregado de EDTA


Tubo con activador del cogulo / tubo
estril

Bacteriologa
Anlisis moleculares
y virologa
Bacteriologa

Medio de transporte para bacteriologa

Virologa

Medio de transporte para virus

Bacteriologa

Medio de transporte para bacteriologa

Virologa

Medio de transporte para virus

Hisopado
1 cm3

Bacteriologa

Pulmn

1 cm3

Bazo*
Cerebro, miocardio,
hgado*
Orina
Heces
Heces

1 cm3
1 cm3

Anlisis moleculares
y virologa
Bacteriologa
Bacteriologa y
congelacin
Bacteriologa
Bacteriologa
Anlisis moleculares
y virologa

Hisopo con medio de transporte para


bacteriologa. Si es muestra de tejido,
remitir en frasco estril
Remitir en frasco estril con solucin
fisiolgica
En frasco estril
En frasco estril

Hisopado
nasofarngeo
Hisopado
nasofarngeo
Hisopado traqueo
bronquial
Hisopado traqueo
bronquial
Pulmn

1 ml
2 ml
2 ml

Medio de transporte para bacteriologa


Tubo estril

En frasco estril
En frasco estril**
En frasco estril preferentemente con
medio de transporte viral

*Se tomar una porcin de estas muestras para estudio bacteriolgico y congelacin en fresco por si en un
futuro fuera necesario realizar estudios microbiolgicos moleculares.
** Preferiblemente con medio de transporte Cary-Blair para bacteriologa

Toma de muestras post-mortem para

Servicio de Microbiologa
Hospital/Centro
..

anlisis microbiolgico

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8.2. INFECCIONES DE VAS RESPIRATORIAS ALTAS: FARINGITIS, TRAQUEOBRONQUITIS, LARINGITIS


Tabla 2. Toma de muestra para diagnstico de infecciones de vas respiratorias altas
Tipo de Muestra

Cantidad

Enviar a

Envase o medio a utilizar

Sangre

5-10 ml adulto
1 ml lactante

Bacteriologa

Sangre

1 ml

Bacteriologa
(slo cultivo)
Bacteriologa

Un frasco de hemocultivo de
anaerobios y otro de aerobios (si
sangre insuficiente, priorizar
aerobios)
Tubo con SPS/citrato sdico

Hisopado nasofarngeo
Hisopado nasofarngeo
Hisopado traqueo
bronquial
Hisopado traqueo
bronquial
Hisopado farngeo

Virologa
Bacteriologa
Virologa
Bacteriologa

Medio de transporte para


bacteriologa
Medio de transporte para virus
Medio de transporte para
bacteriologa
Medio de transporte para virus
Medio de transporte para
bacteriologa

8.3. INFECCIONES DE VAS RESPIRATORIAS BAJAS: NEUMONA, NEUMONITIS, BRONCONEUMONA,


EMPIEMA, ABSCESO PULMONAR
Tabla 3. Toma de muestra para diagnstico de infecciones de vas respiratorias bajas
Tipo de Muestra

Cantidad

Enviar a

Envase o medio a utilizar

Sangre

1 ml

Bacteriologa

Sangre

1 ml

Bacteriologa
(slo cultivo)

Un frasco de hemocultivo de
anaerobios y otro de aerobios (si
sangre insuficiente, priorizar
aerobios)
Tubo con SPS/citrato sdico

Bazo

Hisopado
1 cm3

Bacteriologa

Suero

Sedimentar y
centrifugar 23 ml de
sangre entera

Serologa
/congelar en
caso de eventual
PCR
Bacteriologa

Hisopado traqueo
bronquial
Hisopado traqueo
bronquial
Derrame pleural

Virologa
2 ml

Bacteriologa

Derrame pleural
Pulmn

2 ml
Hisopado
1 cm3

Virologa
Bacteriologa

Pulmn

1 cm3

Virologa

Pulmn

1 cm3

Micologa si hay
sospecha clnica
o el paciente es
inmunodeprimido

Hisopo con medio de transporte


para bacteriologa. Si es muestra
de tejido, remitir en frasco estril
Tubo con activador del cogulo /
tubo estril

Medio de transporte para


bacteriologa
Medio de transporte para virus
Medio de transporte para
bacteriologa
Medio de transporte para virus
Hisopo con medio de transporte
para bacteriologa. Si es muestra de
tejido, remitir en frasco estril
Remitir en frasco estril con
solucin fisiolgica
Remitir en frasco estril con
solucin fisiolgica

Servicio de Microbiologa
Hospital/Centro
..

Toma de muestras post-mortem para


anlisis microbiolgico

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8.4. INFECCIONES DEL SISTEMA NERVIOSO CENTRAL (incluye meningitis, encefalitis y absceso cerebral)
Tabla 4. Toma de muestra para diagnstico de infecciones del sistema nervioso central
Tipo
de Muestra

Cantidad

Enviar a

Envase o medio a utilizar

Sangre

1 ml

Bacteriologa

Sangre

1 ml

Sangre

3-5 ml

Suero

Centrifugar 2 ml
de sangre entera
Hisopado 1
cm3

Bacteriologa (slo
cultivo)
Anlisis moleculares y
virologa
Serologa /congelar en
caso de eventual PCR
Bacteriologa

Un frasco de hemocultivo de
anaerobios y otro de aerobios
(si sangre insuficiente, priorizar
aerobios)
Tubo con SPS/citrato sdico

Bazo

LCR

1 ml

Bacteriologa

LCR
Cerebro

1ml
Hisopado
cm3

Cerebro

1 cm3

Virologa
Bacteriologa

Virologa

Con agregado de EDTA


Tubo con activador del cogulo
Hisopo con medio de transporte
para bacteriologa. Si es
muestra de tejido, remitir en
frasco estril
Medio de transporte para
bacteriologa
Tubo estril
Hisopo con medio de transporte
para bacteriologa. Si es muestra
de tejido, remitir en frasco estril
Remitir en frasco estril con
solucin fisiolgica

Nota: Ante una sospecha clnica de la variante humana de la BSE (encefalitis espongiforme bovina), se tomar 1
ml de LCR, y un tubo de sangre total con EDTA, de acuerdo al protocolo del Centro Nacional de Microbiologa del
Instituto de Salud Carlos III (ver Anexo I. Algoritmos de decisiones).
8.5. SEPTICEMIA (incluye peritonitis)
Tabla 5. Toma de muestra para diagnstico de septicemia y peritonitis
Tipo de Muestra

Cantidad

Enviar a

Envase o medio a utilizar

Sangre

1 ml

Bacteriologa

Sangre
Sangre
Suero

1 ml
1 ml
Sedimentar y
centrifugar 2-3
ml de sangre
entera
Hisopado
1 cm3

Bacteriologa
Virologa
Serologa
/congelar en
caso de eventual
PCR
Bacteriologa

Un frasco de hemocultivo de
anaerobios y otro de aerobios (si
sangre insuficiente, priorizar
anaerobios)*
Tubo con SPS/citrato sdico
Con agregado de EDTA
Tubo con activador del cogulo /
tubo estril

Bazo

Hisopo con medio de transporte


para bacteriologa. Si es muestra
de tejido, remitir en frasco estril
rganos
Hisopado
Bacteriologa
Hisopo con medio de transporte
macroscpicamente 1 cm3
para bacteriologa. Si es muestra
anormales
de tejido, remitir en frasco estril
Lquidos de
2 ml
Bacteriologa
Tubo/frasco estril. Si sospecha de
derrame
infeccin por anaerobios, medio de
transporte especial para anaerobios
*Ante una peritonitis se prioriza la toma de sangre en frasco de hemocultivo para anaerobios.

Toma de muestras post-mortem para

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Hospital/Centro
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anlisis microbiolgico

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8.6. INFECCIONES CARDIOVASCULARES (incluye endocarditis bacteriana (a), miocarditis (b) y pericarditis (c))
Tabla 6. Toma de muestra para diagnstico de infecciones cardiovasculares
Tipo de Muestra

Cantidad

Enviar a

Envase o medio a utilizar

Sangre (a, b, c)

1 ml

Bacteriologa

Sangre (a, b, c)
Sangre (b)

1 ml
3-5 ml

Bazo (a, b, c)

Hisopado
1 cm3

Bacteriologa
Anlisis
moleculares y
virologa
Bacteriologa

Un frasco de hemocultivo de
anaerobios y otro de aerobios (si
sangre insuficiente, priorizar aerobios)
Tubo con SPS/citrato sdico
Con agregado de EDTA

Suero (a, b, c)

Vlvula cardiaca o
vegetacin (a)

Sedimentar
y centrifugar
2-3 ml de
sangre
entera
Hisopado
1 cm3

Miocardio (b)

1 cm3

Liquido pericrdico (c)


Liquido pericrdico (c)

2 ml
2 ml

Serologa
/congelar en
caso de
eventual PCR
Bacteriologa

Virologa

Hisopo con medio de transporte para


bacteriologa. Si es muestra de tejido,
remitir en frasco estril
Tubo con activador del cogulo / tubo
estril

Hisopo con medio de transporte para


bacteriologa. Si es muestra de tejido,
remitir en frasco estril
Remitir en frasco estril con solucin
fisiolgica
Tubo estril
Tubo estril

Bacteriologa
Anlisis
moleculares y
virologa
Notas: la muestra de bazo se toma si la pericarditis es purulenta.
Ante la sospecha de pericarditis o miocarditis virales se pueden tomar adicionalmente hisopo nasofarngeo y
heces para la investigacin de virus. Con este fin tambin se puede tomar suero en la pericarditis de posible
origen viral.
8.7. INFECCIONES GASTROINTESTINALES (incluye gastroenteritis (a), hepatitis (b), abscesos (c))
Tabla 7. Toma de muestra para diagnstico de infecciones gastrointestinales
Tipo de Muestra Cantidad

Enviar a

Envase o medio a utilizar

Sangre (a, b, c)

1 ml

Bacteriologa

Sangre (a, b, c)
Sangre (a, b, c)
Bazo (a, c)

1 ml
1 ml
Hisopado
cm3

Bacteriologa
Virologa
Bacteriologa

Suero (b, c)

Sedimentar y
centrifugar 2-3
ml de sangre
entera
2 ml
2 ml
Hisopado 1
cm3

Un frasco de hemocultivo de anaerobios y


otro de aerobios (si sangre insuficiente,
priorizar anaerobios en absceso)
Tubo con SPS/citrato sdico
Con agregado de EDTA
Hisopo con medio de transporte para
bacteriologa. Si es muestra de tejido, remitir
en frasco estril.
Tubo con activador del cogulo / tubo estril

Heces (a)
Heces (a)
Hgado (c)

Serologa
/congelar en
caso de
eventual PCR
Bacteriologa
Virologa
Bacteriologa

En frasco estril o medio Cary Blair


En frasco estril
Hisopo con medio de transporte para
bacteriologa. Si es muestra de tejido,
remitir en frasco estril
Hgado (b)
1 cm3
Virologa
Remitir en frasco estril con solucin
fisiolgica
Nota: enviar una muestra de hgado para bacteriologa si se sospecha absceso heptico.

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Hospital/Centro
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anlisis microbiolgico

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8.8. INFECCIONES GENITO-URINARIAS (incluye pielonefritis, cistitis y sndrome urmico-hemoltico)


Tabla 8. Toma de muestra para diagnstico de infecciones genitourinarias
Tipo de Muestra

Cantidad

Enviar a

Envase o medio a utilizar

Sangre

1 ml

Bacteriologa

Sangre
Sangre

1 ml
3-5 ml

Bazo

Hisopado
1 cm3

Bacteriologa
Anlisis
moleculares
Bacteriologa

Un frasco de hemocultivo de
anaerobios y otro de aerobios
(si sangre insuficiente,
priorizar anaerobios en los
abscesos)
Tubo con SPS/citrato sdico
Con agregado de EDTA

Rin
Orina

1 cm3
1 ml

Bacteriologa
Bacteriologa

Hisopo con medio de


transporte para bacteriologa.
Si es muestra de tejido, remitir
en frasco estril
Remitir en frasco estril
En frasco/tubo estril

8.9. CORIOAMNIONITIS
Tabla 9. Toma de muestra para diagnstico de corioamnionitis
Tipo de Muestra

Cantidad

Enviar a

Envase o medio a utilizar

Membranas ovulares

Hisopado
1 cm3

Bacteriologa

Membranas ovulares

Hisopado
1 cm3

Virologa

Hisopo con medio de


transporte para bacteriologa,
priorizando cultivo de
anaerobios. Si es muestra de
tejido, remitir en frasco estril
Remitir en frasco estril con
solucin fisiolgica

9. RESPONSABILIDADES
El proceso de recogida de la muestra, envasado y
almacn (hasta su traslado al laboratorio de
microbiologa) es responsabilidad del servicio
solicitante. En las autopsias forenses el personal de
autopsia es el responsable del mantenimiento de la
cadena de custodia de las muestras, proceso que se
inicia en la toma de muestra.
10. ANOTACIONES AL PROCEDIMIENTO
La calidad y especificidad de los resultados
microbiolgicos dependern de la prontitud con que
se realice la necropsia. Lo ideal es que se efectue en
las primeras 24 horas del deceso, preferentemente
dentro de las primeras 15 horas. De no realizar la
necropsia rpidamente, se debe refrigerar el cadver
a 4C hasta el momento de la misma. En todo
momento debern extremarse los cuidados para
mantener las condiciones de asepsia durante la toma
de la muestra. Deben cuidarse las condiciones de
empaquetado y conservacin de las muestras hasta
su envo al laboratorio, a fin de evitar o retrasar la

contaminacin microbiolgica por el desarrollo de


microrganismos. Deber realizarse siempre limpieza
y secado exterior de los frascos antes de su envo al
laboratorio.
11. LIMITACIONES DEL PROCEDIMIENTO
La ausencia de asepsia durante la toma de muestra
puede producir la contaminacin de tejidos o fluidos
estriles con microbiota de reas colonizadas (piel o
mucosas) que alteren los anlisis posteriores.
El retraso en el inicio de la autopsia, y por tanto en
la toma de muestra, puede limitar los resultados del
laboratorio, produciendo por ejemplo resultados
falsos negativos en el cultivo.
Un muestreo inadecuado o escaso limita los
resultados de laboratorio. La utilizacin de medios de
cultivo inadecuados no permitir comprobar el
organismo infectante. La translocacin post-mortem
secundaria puede arrojar un resultado falso positivo.
El envo defectuoso puede suponer igualmente el
fracaso en el aislamiento del agente etiolgico o el
aislamiento de microorganismos contaminantes.

Servicio de Microbiologa
Hospital/Centro
..

Toma de muestras post-mortem para


anlisis microbiolgico

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Edicin N 01

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12. BIBLIOGRAFA
1. Mandell. Enfermedades infecciosas. Principios y
prcticas 7 Edicin: Dolin R; Bennett JE; Mandell GL.
Elsevier, Espaa 2011.
2. Miller J, Krisher K, Holmes HT: General principles of
specimen collection and handling. En: Murray PR, Baron

EJ, Jorgensen JH, Landry ML, Pfaller MA. Manual of


Clinical Microbiology. 9th Ed. ASM Press,
Washington DC. 2007.

3. Snchez Carrillo C, Guerrero Gmez C. Recogida,


transporte y procesamiento general de las muestras.
Procedimientos en Microbiologa Clnica. SEIMC.2 edicin
(1a), 2003.
4. Waters BL. Autopsy microbiology. In: Handbook of
Autopsy Practice. 4th Ed. Humana Press Totawa 2009.

DOCUMENTO TCNICO

PNT-MP-02
PROCESAMIENTO MICROBIOLGICO DE MUESTRAS POST-MORTEM
ELABORADO

REVISADO Y APROBADO
Jefe de Servicio

Nombre/Firma

EDICIN
01

Fecha

FECHA

Nombre/Firma

Fecha

ALCANCE DE LAS MODIFICACIONES


Edicin inicial

COPIA REGISTRADA N..........ASIGNADA A.....................................................


Este documento es propiedad del Servicio de Microbiologa del Hospital/Centro. La
informacin en l contenida no podr reproducirse total ni parcialmente sin autorizacin escrita del Responsable
de su elaboracin. Las copias no registradas no se mantienen actualizadas a sus destinatarios.

Servicio de Microbiologa
Hospital/Centro
..

Procesamiento microbiolgico de muestras


post-mortem

1. PROSITO Y ALCANCE
El objetivo del presente documento es describir los
anlisis microbiolgicos que se deben realizar en
muestras post-mortem, incluyendo tanto los
bacteriolgicos y virolgicos clsicos como los de
microbiologa molecular, as como los criterios para
su interpretacin. Dichos anlisis se realizan en
funcin de la patologa sospechada en base a la
historia clnica y a los hallazgos preliminares de la
autopsia. Dada la gran variabilidad de situaciones
que pueden requerir la aplicacin de las tcnicas
microbiolgicas, en este procedimiento se describen
slo las ms habituales y por tanto la investigacin
de los patgenos ms frecuentes.
2. FUNDAMENTO
El diagnstico microbiolgico post-mortem incluye
habitualmente (i) anlisis antignicos, generalmente
de carcter preliminar u orientativo, (ii) cultivo
bacteriolgico y de levaduras y hongos y (iii)
diagnstico molecular para los diferentes grupos de
patgenos. De forma adicional, en casos concretos
se recurre a la tipificacin o caracterizacin
epidemiolgica y slo ocasionalmente, a la serologa,
al cultivo de virus o a la identificacin de parsitos y
hongos.
El procesamiento de las muestras post-mortem se
realiza de manera similar al de las muestras clnicas
de pacientes vivos, con algunas diferencias dirigidas
a minimizar los efectos de la posible contaminacin
durante la toma de muestra o de la diseminacin
post-mortem. De igual manera, la microbiologa postmortem requiere de unos criterios de identificacin
ligeramente diferentes a los empleados en
microbiologa clnica.
3. DOCUMENTOS DE CONSULTA
- Caplan MJ, Koontz FT. Postmortem Microbiology.
Cumitech 35. Coordinating editor: McCurdy BW.
- Krisher K, Callihan DR, Jones RN, Luper DC, Miller
JM, Sharp SE, Shively RG. Quality Control for
Commercially Prepared Microbiological Culture
Media: Approved Standard. 3rd Edition CLSI. M22A3.
- Domnguez J (Coordinador), Alonso C, Bartolom R,
Matas L, Rabella N. Tcnicas rpidas de deteccin de
antgeno. Procedimientos en Microbiologa Clnica
n19.
SEIMC.
2005.
Disponible
en:
http://www.seimc.org/documentos/protocolos/microbiol
ogia
- Eiros JM (Coordinador), Casas I, Eiros JM, de
Lejarazu R, Prez P, Pozo F, Ruiz G, Tenorio A.
Diagnstico microbiolgico de las infecciones por virus
respiratorios. Procedimientos en Microbiologa Clnica
n
29.
SEIMC.
2008.
Disponible
en:
http://www.seimc.org/documentos/protocolos/microbiol
ogia
- Garcia LS. Quality Control. En: Clinical Microbiology
Procedures Handbook, 3th edition, vol.3. Section
14.2. Washington DC: ASM Press; 2010.

PNT-MP-02
Edicin N 01

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- Guillem P (Coordinador), de Cueto M, Echevarra J,


Vicente D, Diagnstico microbiolgico de las
infecciones
del
sistema
nervioso
central.
Procedimientos en Microbiologa Clnica n36. SEIMC.
2010. Disponible en:
http://www.seimc.org/documentos/protocolos/microbiol
ogia
- Rambaud C, Roux AL, Saegeman V. Chapter 53:
Microbiological examination of postmortem samples.
En European Manual of Clinical Microbiology. 1st ed.
ESCMID; pp. 255-60. 2012.
- Snchez C (Coordinador), Guerrero C, Snchez C.
Recogida, transporte y procesamiento general de
muestras en el laboratorio de microbiologa.
Procedimientos en Microbiologa Clnica n 1a, 2
edicin.
SEIMC
2003.
Disponible
en:
http://www.seimc.org/documentos/protocolos/microbiol
ogia
- Vila J (Coordinador), lvarez M, Buesa J, Castillo J,
Vila J. Diagnstico microbiolgico de las infecciones
gastrointestinales. Procedimientos en Microbiologa
Clnica n 30. SEIMC. 2008. Disponible en:
http://www.seimc.org/documentos/protocolos/microbiol
ogia
4. MUESTRAS
Todos los aspectos relacionados con la toma de
muestra, su transporte y su conservacin, se incluye
en el documento tcnico n 1 de este procedimiento
(PNT-MP-01): Toma de muestras post-mortem para
anlisis microbiolgico.
4.1. CRITERIOS DE ACEPTACIN Y RECHAZO
Por tratarse de muestras especiales se intentar no
rechazarlas, pero se indicar en el informe de
resultados cualquier incidencia relacionada con su
identificacin, transporte o conservacin.
Deben considerarse criterios de rechazo los
defectos en la identificacin de la muestra y/o volante
de peticin (etiquetado errneo, que no permite la
identificacin correcta del paciente o muestras sin
documentacin).
5. MEDIOS DE CULTIVO, REACTIVOS Y
PRODUCTOS
Los medios de cultivo, reactivos y productos
empleados y su distribucin en las distintas reas de
trabajo se describen en la tabla 1.
El propio laboratorio establecer la periodicidad
(semanal, mensual, trimestral, etc.) con la que se
debe realizar la revisin de los materiales
almacenados (cantidad, caducidades, estado
general) con el fin de comprobar el estado de los
mismos, verificando su correcta ubicacin en los
espacios identificados y definidos para ellos en el
almacn y su aptitud para el uso. Se registrarn los
resultados de los controles realizados. Si no son
adecuados, se adoptarn medidas correctoras. Los
medios se controlarn preferentemente mediante
cepas de coleccin (ATCC, CECT u otras
colecciones) y en caso de no tener acceso a stas el

Servicio de Microbiologa
Hospital/Centro
..

Procesamiento microbiolgico de muestras


post-mortem

laboratorio podr utilizar cepas propias de


caractersticas perfectamente definidas. Para los
medios de cultivo preparados se seguirn las
recomendaciones del CLSI.
Los reactivos y productos especficos de
microbiologa molecular se deben distribuir y
almacenar segn su uso, en las distintas reas de
trabajo del laboratorio de microbiologa molecular. Se
recomienda el almacenamiento de iniciadores o
cebadores, controles de PCR y extractos de cidos
nucleicos en congeladores a -80C, que, debido al
calor y ruido que generan, debern localizarse en
una sala especfica para este tipo de aparatos,
preferiblemente refrigerada.
6. APARATOS Y MATERIAL
En la tabla 1 se indican los aparatos y material
necesario para las distintas reas del laboratorio y se
describe su ubicacin en las diferentes reas de
trabajo.
7. PROCESAMIENTO
Durante todo el procesamiento se seguirn las
medidas de bioseguridad habituales que se aplican a
cualquier anlisis de muestras clnicas.
7.1. RECEPCIN DE MUESTRAS
Cuando las muestras recibidas tienen origen mdicolegal se rellenar un documento de cadena de
custodia que cada laboratorio cumplimentar segn
formulario propio en el que deben constar los datos
que se detallan en el documento cientfico. Este
procedimiento de cadena de custodia garantiza la
trazabilidad de las muestras, alcuotas y extractos de
ADN/ARN generados (ver Tabla 1 del documento
cientfico de este procedimiento n 43).
7.2.
PROCESAMIENTO
INICIAL
DE
LAS
MUESTRAS
De forma genrica los anlisis microbiolgicos postmortem deben efectuarse en una cabina de
bioseguridad tipo II. En el Anexo I se presentan unos
diagramas diagnsticos que reflejan las situaciones
ms habituales en microbiologa post-mortem y que
contienen recomendaciones sobre los diferentes
anlisis a seguir para cada tipo de muestra y
situacin clnica.
7.2.1. Seleccin y preparacin de las muestras.
Las muestras se procesarn siguiendo en lneas
generales las recomendaciones del procedimiento
SEIMC n 1a, 2 edicin (2003): Recogida, transporte
y procesamiento general de muestras en el
laboratorio de microbiologa. A continuacin se
exponen de forma resumida las principales
diferencias de procesamiento con respecto a las
muestras clnicas de individuos vivos.
Los anlisis a realizar dependern del tipo de
muestra y del protocolo que se siga (ver Anexo I), el
cual estar en funcin del cuadro clnico sospechado
y del motivo de la peticin. Como se indica en el
documento cientfico de este procedimiento, una

PNT-MP-02
Edicin N 01

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nica muestra puede someterse a ms de un


anlisis. Las muestras se sembrarn y alicuotarn
para los diferentes anlisis (antignicos, moleculares
y serolgicos principalmente), segn lo indicado en
las recomendaciones del Anexo I.
7.2.2. Anlisis antignicos. Como regla general, la
primera aproximacin al anlisis microbiolgico postmortem son los tests de deteccin de antgenos:
aglutinacin con ltex (AL), inmunocromatografa
(IC),
inmunofluorescencia
directa
(IFD),
inmunofluorescencia indirecta (IFI), que deberan
realizarse en aquellos casos con elevada sospecha
de
infeccin
segn
criterios
clnicos
o
histopatolgicos, siempre que los resultados de
dichos tests se informen a los clnicos/epidemilogos
con fines de profilaxis y/o tratamiento a los contactos,
y siempre considerando su coste/beneficio. No
obstante, estos tets suelen ser poco eficientes en las
denominadas autopsias blancas, en las que no se
detectan hallazgos macroscpicos sugestivos de
infeccin o de otra patologa que pueda explicar la
causa de la muerte. En la tabla 2 se indican los
principales anlisis antignicos que se realizan en las
muestras post-mortem.
7.2.3. Tinciones. Cuando se reciban lquidos o
fluidos como LCR, lquido pleural u orina, tambin se
debe realizar una tincin de Gram y una tincin
citolgica como primera aproximacin, que tambin
pueden a ayudar a orientar el resto de los anlisis.
En la tincin de Gram se valorar la presencia o
ausencia de diferentes morfotipos bacterianos,
elementos fngicos, clulas inflamatorias y leucocitos
polimorfonucleares, realizando una estimacin no
cuantitativa. Tambin se intentar correlacionar los
morfotipos visualizados con los que se aslen
posteriormente.
7.2.4. Preparacin e inoculacin de las muestras
para cultivo. En la tabla 3 se describe el empleo de
los distintos medios de cultivo en funcin de las
muestras seleccionadas y de los microorganismos
investigados. Cuando se reciban muestras de sangre
para hemocultivo en tubos con citrato sdico o SPS
se proceder a su inoculacin en i) caldo
BHI/tioglicolato; y ii) siembra directa en placas con
medios enriquecidos y selectivos.

Servicio de Microbiologa
Hospital/Centro
..

Procesamiento microbiolgico de muestras


post-mortem

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Edicin N 01

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Tabla 1. Medios de cultivo, reactivos, productos, aparatos, material y distribucin de las reas de trabajo
A. Laboratorio de microbiologa general
reas de trabajo
Reactivos y productos
Aparatos
Material
- Micropipetas y puntas de pipeta
- Cabina de seguridad biolgica tipo
- Colorantes para tinciones de
con filtro
II
Bacteriologa,
Gram, Ziehl-Nielsen, azul de
- Mechero de alcohol
- Vrtex
micologa y
lactofenol, Giemsa, blanco de
- Estufas a: 35-37C, preferiblemente - Pinzas estriles
parasitologa
calcoflor
- Tijeras, bistures y otro material
con 5% de CO2, a 30C y a 42C
- Kits comerciales para tcnicas
estril cortante
antignicas:
- Nevera y congelador
- Asas de siembra estriles
- Bao hervidor de muestras
Sistemas de aglutinacin
- Portaobjetos y cubres
- Agitador orbital horizontal
con ltex (AL) para
- Jarras de incubacin tipo GasPak o - Pipetas Pasteur estriles
bacterias causantes de
- Jeringas y agujas
cmara de anaerobiosis
meningitis
- Gradillas autoclavables2
- Centrfuga
Inmunocromatografas:
- Placas Petri de cristal estriles Neumococo, estreptococo - Microscopio
Sistema
automatizado
de
Mortero autoclavable (opcional)
hemoltico del grupo A,
identificacin
y
sensibilidad
Tubos de tipo eppendorf estriles
paludismo, Legionella
(aerobios-facultativos)
- Guantes, mascarillas
- Productos y reactivos bsicos
- Papel de filtro
como agua destilada estril, PBS, - Sistema de identificacin de
anaerobios y otros microorganismos
- Leja y/o Virkon
solucin salina fisiolgica, KOH
fastidiosos (tipo API o similar)
10%.
- Sistema automatizado de
- Sistemas comerciales
incubacin de hemocultivos
generadores de atmsfera
- Sistema de espectrometra de
anaerobia, CO2 y microaerofilia
masas (tipo MALDI-TOF) (deseable)

Virologa

- Kits comerciales para tcnicas


antignicas:
Sistema de AL (Rotavirus)
Inmunocromatografas:
Virus respiratorio sincitial,
rotavirus y adenovirus,
virus influenza A y B, y
enterovirus
- Kits comerciales para tcnicas
de inmunofluorescencia y
deteccin de virus respiratorios:
- Anticuerpos monoclonales frente

- Cabina de seguridad biolgica tipo


II
- Vrtex
- Estufa a 35-37C con 5% de CO2
- Microscopio invertido
- Microscopio de fluorescencia

- Guantes, mascarillas

Principales medios de cultivo1


- Frascos de hemocultivo aerobio y
anaerobio
- Medios imprescindibles: AS, AC, MC
y ACN
- MS o medio cromognico para S.
aureus (optativo)
- TM o similar3
- Agar CB para Haemophilus (optativo)
Caldo de enriquecimiento
(tioglicolato/BHI o similar)
- SCS o similar
- BBE (optativo)
- ASLKV (optativo)
- HK, SS
- BGA
- CIN para Yersinia
- SEL
- Campy
- SB
- BCYE para Legionella
- Medio Kligler
- MH (difusin en placa y factores de
crecimiento para gnero Haemophilus)
- Lneas celulares para cultivos
tradicionales: MRC5 (fibroblastos
humanos) y RD (rabdomiosarcoma
humano)
- Mezcla antibitica y antifngica:
Pen/Strep Fungizone Mix (100x):
10000 U penicilina/ml, 10000 g
estreptomicina/ml, 25 g fungizona/ml
- Shell-vial con MDCK (Madin Darbin
Cocker Kidney), A549, Hep2 y cultivo
mixto (MDCK+A549+Hep2 a partes
iguales).
- Medio de crecimiento:
Composicin: Minimum Essential

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Hospital/Centro
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Procesamiento microbiolgico de muestras


post-mortem

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al virus de la gripe A y virus de la


gripe B, u otros virus respiratorios
(conjugados con isotiocianato de
fluorescena)

- Kits comerciales para serologa


Serologa

Pgina 5 de 15

Medium Eagle con Earle's balanced


salt solution con 25 mM Hepes, sin LGlutamine; BioWhittaker (EMEM) +
6% suero bovino fetal + 2% Lglutamina (L-glutamine 200mM en
solucin 0,85% NaCl, BioWhittaker)
+ 1% aminocidos no esenciales
(NEAA 100x, BioWhittaker) + 1% de
mezcla antibitica.
- Medio de mantenimiento:
Composicin: EMEM + 1-2% suero
bovino fetal + 2% L-glutamina + 1%
aminocidos no esenciales + 1% de
mezcla antibitica.
- Tripsina 2,5% (10x), BioWhittaker.
- Acetona pura
- Conjugados con isotiocianato de
fluorescena
- Procesador de muestras para
ELISA (opcional)
- Lector de ELISA
Autoclave

- Guantes, mascarillas

rea
de
autoclavado
1
Abreviaturas: AS: Agar sangre; AC: Agar chocolate; MC: Agar MacConkey; ACN: agar sangre colistina-cido nalidxico; MS: Agar Manitol Salado o medio cromognico
para S. aureus; TM: Thayer Martin, Martin-Lewis o equivalente; CB: Agar chocolate con Bacitracina; BHI: infusin cerebro-corazn de buey; SCS Schaedler, agar Brucella
o similar; BBE Bacteroides bilis esculina; ASKLV Agar sangre lacada con kanamicina, vancomicina; HK: medio Agar entrico Hektoen gar XLD; SS: medio Agar
Salmonella-Shigella; BGA: Agar verde brillante o medio cromognico para Salmonella (tipo SM2); CIN: Yersinia Agar Base; SEL: Caldo selenito o tetrationato; Campy:
medio selectivo para Campylobacter (Skirrow, Butzler u otro enriquecido con sangre) o adicionado de carbn activado como el CCDA; SB: Agar Sabouraud con
antibiticos; BCYE: agar enriquecido para cultivo de Legionella; MH: Mueller-Hinton.
2
Se utilizarn gradillas autoclavables, con un cdigo de colores que permita diferenciar muestras, extractos de cidos nucleicos, reactivos y productos de amplificacin.
3
Empleado siempre ante la sospecha de una sepsis fulminante, meningococemia o meningitis bacteriana aguda.

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Procesamiento microbiolgico de muestras

B. Laboratorio de microbiologa molecular


reas de trabajo
Reactivos y productos
rea de preparacin de
material estril y reactivos

post-mortem

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Aparatos
- Cabina de seguridad biolgica tipo II
- Selladora1

rea de extraccin de
ADN/ARN (zona Pre-PCR)

- Kits comerciales y otros reactivos


empleados en la extraccin de cidos
nucleicos: etanol, PBS, solucin salina
fisiolgica, proteinasa K, SDS, DTT,
tampones de extraccin (como tampn
acetato sdico), tampones de elucin para
extraccin, como tampn TE etc.)

- Cabina de seguridad biolgica tipo II


- Incubador de muestras o bao
termosttico
- Vrtex
- Microcentrfuga
- Nevera con congelador
- Extractor automtico de muestras
(recomendable)
- Espectrofotmetro aplicable a microvolmenes de muestras (tipo Nanodrop)
(recomendable)

rea de preparacin de la
PCR

- Kits comerciales y otros reactivos (p. ej.


albmina bovina srica) para
determinaciones moleculares

- Cabina de seguridad biolgica tipo II


- Microcentrfuga

rea de amplificacin

- Termocicladores
- Sistemas de PCR a tiempo real
rea de post-PCR (o de
Almacn de:
- Cabina de seguridad biolgica tipo II
deteccin de productos de
- Productos de amplificacin (amplicones
- Equipos de deteccin de productos de
amplificacin)
obtenidos)
PCR, entre los ms frecuentes:
- Reactivos de deteccin de PCR y
Secuenciador, sistemas de
rea de ADN amplificado
secuenciacin
microelectroforesis capilar (recomendable)
por PCR (o de productos de
o de hibridacin
amplificacin)
- Lector de microarrays (PCR acoplada a
microarrays)
- Nevera con congelador
Sala de almacenamiento
- Arcones congeladores
1
Permite el embalaje en papel de autoclave del material de plstico o cristal para su autoclavado.

Pgina 6 de 15

Material
- Tubos de tipo eppendorf
- Papel de selladora
- Leja y/o Virkon
- Guantes, mascarillas
- Micropipetas y puntas de pipeta con filtro
- Mechero de alcohol
- Pinzas estriles
- Tijeras, bistures y otro material estril
cortante
- Gradillas autoclavables
- Mortero autoclavable o triturador de
muestras (opcional)
- Tubos de tipo eppendorf estriles
- Sobres generadores de microaerofilia
- Guantes, mascarillas
- Papel de filtro
- Leja y/o Virkon
- Micropipetas y puntas de pipeta con filtro
- Tubos de tipo eppendorf estriles
- Guantes, mascarillas
- Leja y/o Virkon
- Guantes
- Micropipetas y puntas de pipeta con filtro
- Tubos de tipo eppendorf estriles
- Guantes
- Leja y/o Virkon

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Tabla 2. Principales anlisis antignicos en las muestras post-mortem


Muestras
Sangre/suero
Suero/plasma

AL

LCR
Hisopo nasofarngeo
Exudado farngeo
Orina
Heces/Contenido
intestinal

IC
VEB

Ag bacterianos
en septicemia y
meningitis
Ag bacterianos
en meningitis
S. pyogenes
S. pyogenes
Ag bacterianos
en septicemia
Rota

IFI-IFD

S. pneumoniae
Adeno
Legionella,
S. pneumoniae
Rota/Adeno

Abreviaturas: AL: Aglutinacin con ltex; IC: inmunocromatografa; FIF: inmunofluorescencia indirecta; IFD:
inmunofluorescencia directa; Ag: antgenos; VEB: Virus Epstein Barr. Rota: Rotavirus. Adeno: Adenovirus.
Tabla 3. Inoculacin en medios de cultivo segn las muestras microbiolgicas seleccionadas
Medios ms comunes

Muestras

AS

AC

MC

CNA

MS2

TM3

CB4

BHI5

Medios
para
anaerobios
SCS, BBE,
ASKLV

Medios
muestras
GI1
HK, SS,
BGA,
CIN,
Campy,
SEL

Medios
para
levaduras
SB6

Otros
medios

Sangre
X
X
X
X
X
X
X
X
X
Hemo
LCR
X
X
X
X
X
X
X
X
X
Hemo
Lquido peritoneal
X
X
X
X
X
X
X
X
X
Hemo
Lquido
X
X
X
X
X
X
X
X
pericrdico
Lquido pleural
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
BCYE
Bazo, Cerebro,
X
X
X
X
X
X
X
X
X
Rin, Hgado,
Gl. suprarrenal
Pulmn
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
BCYE
Hisopos traqueal / X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
bronquial
H. nasofarngeo
X
X
X
X
X
Exudado farngeo
X
X
X
X
X
X
X
X
Orina
X
X
X
Heces / contenido
X
X
X
X
X
intestinal
Abreviaturas: GI: gastrointestinal; AS: Agar sangre; AC: Agar chocolate; MC: Agar MacConkey; ACN: agar sangre
colistina-cido nalidxico; MS: Agar Manitol Salado o medio cromognico para S. aureus; TM: Thayer Martin,
Martin-Lewis o equivalente; CB: Agar chocolate con Bacitracina; BHI: infusin cerebro-corazn de buey; SCS:
Schaedler, agar Brucella o similar; BBE Bacteroides bilis esculina; ASKLV Agar sangre lacada con kanamicina,
vancomicina; HK: medio Agar entrico Hektoen; SS: medio Agar Salmonella-Shigella (u otro similar como gar
XLD; BGA: Agar verde brillante o medio cromognico para Salmonella (tipo SM2); CIN: Yersinia Agar Base; SEL:
Caldo selenito F o tetrationato; Campy: medio selectivo para Campylobacter (Skirrow, Butzler u otro enriquecido
con sangre) o adicionado de carbn activado como el CCDA; SB: Agar Sabouraud con antibiticos; BCYE: Agar
enriquecido para cultivo de Legionella. Hemo: frasco hemocultivo.
1. Medios para muestras gastrointestinales. Posibilidad de empleo de Agar-MC-sorbitol si las heces son
hemorrgicas.

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2. Opcional.
3. Inocularlo slo ante la sospecha de meningococemia o meningitis bacteriana fulminante.
4. Recomendable en muestras respiratorias para la deteccin de Haemophilus.
5. Se sustituir por caldo tioglicolato cuando se investiguen anaerobios.
6. Ante la sospecha de infeccin fngica.
Condiciones de incubacin:
- AS, AC, ACN (35-37C, 5-7% CO2): 3-5 das.
- SCS, ASLKV, BBE (35-37C, anaerobiosis): 7 das.
- SB (30C, aerobiosis): 48 horas-7 das.
- MC, MS (35-37C, aerobiosis): 24-48 horas.
- Caldo tioglicolato (35-37C, aerobiosis): 5-7 das con subcultivo al final del periodo de incubacin.
- Agar BCYE (37C aerobiosis): 10-15 das, lecturas cada 3-4 das.
- CIN (Yersinia) (25-32C): 24 48 h.
- Campy (42C): 48 h.
7.2.5. Recogida y adecuacin de las muestras
para otros anlisis. Congelacin. En los algoritmos
diagnsticos
(Anexo
I)
se
indican
las
recomendaciones para los restantes anlisis a
realizar. De forma genrica, una vez que el
facultativo selecciona las muestras a analizar, el
procesamiento ms frecuente incluye:
- Separacin de suero o plasma:
- Del que se destinar a anlisis antignicos una
porcin (ante la sospecha de infeccin aguda
bacteriana como septicemia o meningitis). En lo
que respecta al volumen a separar se seguirn
las instrucciones del fabricante para cada uno
de los kits comerciales).
- En los casos con sospecha de septicemia o
meningitis fulminante se separa una porcin
para la extraccin de ADN/ARN, que se har a
ser posible de forma rpida (extraccin manual
o automtica).
- En caso de que se vayan a realizar anlisis
serolgicos de VIH, VHB, VHC se tomar una
alcuota de varios mililitros en el momento de la
recepcin de la muestra.
- El resto se congelar para futuros anlisis
serolgicos
(-20C)
y/o
moleculares
(preferiblemente a -80C).
- Recogida de porciones/alcuotas de las muestras
recibidas para su preservacin hasta la realizacin
de los anlisis moleculares. Es recomendable tomar
dos porciones / alcuotas por muestra en sendos
viales tipo eppendorf, uno para extraccin, y otro de
reserva - que se congelar a -80 C - para futuros
posibles anlisis. Si resulta posible, la extraccin de
cidos nucleicos se har el mismo da que lleguen
las muestras; en caso de que sta se deba posponer
hasta el da siguiente, se recomienda que las
alcuotas o porciones seleccionadas para la
extraccin se mantengan refrigeradas, para evitar
congelaciones y descongelaciones innecesarias que
puedan degradar los cidos nucleicos. Si esto no
fuera factible, la porcin para la extraccin tambin
se congelar a -80C.
- Fluidos: en el caso de sangre, suero u otro fluido
en el que interese realizar anlisis bacteriolgicos

moleculares el vial de extraccin contendr un


volumen acorde a la cantidad recomendada por el
fabricante del kit de extraccin empleado. En los
fluidos sin celularidad en los que interese la
investigacin de virus se recomienda partir de un
volumen mayor para la extraccin de cidos
nucleicos.
- Tejidos y vsceras: en el vial de extraccin se
tomar una porcin de peso similar al recomendado
por el fabricante del kit de extraccin de cidos
nucleicos. En el vial de reserva se dispondr una
cua de tejido (de, al menos, 1 cm3).
- Hisopos: si se hallan por duplicado o triplicado, uno
de ellos se tomar y dedicar por completo para
anlisis moleculares. Si esto no es as, se recortar
una porcin del mismo para los anlisis moleculares.
Cuando se extraen cidos nucleicos a partir de
hisopos en medio de transporte viral, se intentar
descargar todo el contenido del hisopo en el medio
de transporte para realizar la extraccin a partir de
ste; todo ello siguiendo siempre las instrucciones
del fabricante del mtodo de extraccin empleado.
Cuando se trate de hisopos con el sistema lquido
para transporte universal ESwab, se proceder de
igual manera, dada la facilidad de elucin de stos
en el medio de transporte incorporado.
7.3. CULTIVOS POST-MORTEM
7.3.1. Lectura de los cultivos e identificacin de
los microorganismos
- Se examinarn diariamente las placas y los medios
lquidos. A las 24 horas los incubados en aerobiosis
y atmsfera de CO2 y a las 48 horas los incubados
en anaerobiosis. En lo que se refiere a los tiempos
de incubacin, se seguirn las recomendaciones
indicadas en los distintos procedimientos para las
distintas muestras.
- Se correlacionarn los aislados con los morfotipos
observados en la tincin de Gram. Si se obtienen
cultivos mixtos, se realizarn subcultivos para aislar
e identificar todos los morfotipos que puedan
corresponder
a
microorganismos
patgenos
potenciales en el caso objeto de estudio (ver tabla 4).

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Tabla 4. Principales microorganismos significativos: identificacin bacteriana, estudios de sensibilidad a


antibiticos y tipificacin epidemiolgica
Microorganismos
a identificar
Neisseria
meningitidis

Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus
pyogenes

Listeria
monocytogenes
Staphylococcus
aureus

Haemophilus
influenzae
Streptococcus
agalactiae

MoraxellaBranhamella
catharralis
Escherichia coli y
otras
enterobacterias
Sallmonella,
Shigella
Bacteroides grupo
fragilis
Pseudomonas
aeruginosa

Principales tcnicas de identificacin


bacteriana
Oxidasa, pruebas bioqumicas (ej. apiNH),
aglutinacin con antisueros especficos de
especie (polivalentes y especficos de
serogrupo), para determinacin de serogrupo
(sta tambin se puede hacer con PCR)
Resistencia a optoquina, aglutinacin con
antisueros especficos (ej. Slidex PneumoKit), solubilidad en bilis
-hemlisis, catalasa (-), aglutinacin con
antisuero especfico del grupo A de
Lancefield. Sensibilidad a bacitracina o
pruebas bioqumicas
-hemlisis, catalasa (+), CAMP, esculina,
movilidad
Cribado con tcnica de aglutinacin en ltex
(deteccin del factor de agregacin y de la
protena A), coagulasa, DNA-asa, pruebas
bioqumicas
Oxidasa, catalasa, porfirinas, factores de
crecimiento, pruebas bioqumicas
-hemlisis, catalasa (-), aglutinacin con
antisuero especfico del grupo B de
Lancefield. Si positivo lo anterior, confirmar
con pruebas bioqumicas
Catalasa +, oxidasa +, pruebas bioqumicas

Catalasa +, oxidasa -, pruebas bioqumicas

Catalasa +, oxidasa -, pruebas bioqumicas,


identificacin serolgica
Pruebas bioqumicas
Catalasa +, oxidasa +, pruebas bioqumicas,
pigmentacin

Candida albicans

Test de filamentacin, pruebas bioqumicas

Cryptococcus
neoformans

Test de filamentacin, pruebas bioqumicas

Otras especies de
Candida

Test de filamentacin, pruebas bioqumicas

Sensibilidad a
antibiticos*
S

Tipificacin
epidemiolgica
S: porinas A y B

Serotipo

Serotipo

S
S**

S, si el aislamiento
es relevante para la
patologa
S si el aislamiento
es relevante para la
patologa

S. Slo en aquellos
aislamientos
significativos
S

S: Fagogrupo,
fagotipia, genes
de virulencia***
campo pulsado
Serotipo

Serotipo

Serotipo

No rutinario
S. Slo en aquellos
aislamientos
significativos
Antifungograma si el
aislamiento es
relevante para la
patologa
Antifungograma si el
aislamiento es
relevante para la
patologa
Antifungograma si el
aislamiento es
relevante para la
patologa

*Segn las normas en vigor estandarizadas (CLSI, EUCAST).


** Realizar slo en aquellos aislamientos presuntamente significativos. Valorar resistencia a la meticilina. El
antibiotipo puede ser til para cotejar distintos aislamientos obtenidos en varias muestras del mismo paciente
como paso previo a la tipificacin. Ocasionalmente se puede realizar la deteccin del gen mecA.

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*** TSST (toxina del sndrome del shock txico estafiloccico, PVL (leucocidina de Panton-Valentine), exotoxinas
ET-A, B y D.
- El resto se informar con una identificacin
presuntiva (o definitiva mediante MALDI-TOF).
- Si hay turbidez en los medios lquidos se realizar
tincin de Gram y siembra en los medios generales y
selectivos adecuados. Si no hay crecimiento visible,
los lquidos se reincubarn hasta el final del perodo
de incubacin. Si la muestra se ha inoculado slo en
caldo de enriquecimiento, al final del perodo de
incubacin se efectuar un pase o subcultivo ciego
en medios slidos (como AC y un medio no selectivo
para anaerobios) aunque no se haya observado
turbidez.
- Todos los aislados clnicamente significativos se
identificarn a nivel de especie y se realizarn las
pruebas de sensibilidad a los antibiticos. En la
identificacin de bacterias anaerobias cuando se
aslen 3 ms se identificarn a nivel de especie
solo los microorganismos predominantes o aquellos
que se consideren especialmente virulentos. La
identificacin bacteriana se realizar principalmente
mediante pruebas bioqumicas, pruebas basadas en
la resistencia a ciertas sustancias (optoquina,
bacitracina, etc.) y/o serolgicas. Cuando esto no
sea suficiente, se podr recurrir a tcnicas
moleculares (secuenciacin de la regin 16S ARNr o
del gen rpoB ) o a la espectrometra de masas (ej.
sistema MALDI-TOF).
Las placas en las que no haya crecimiento se
reincubarn y reexaminarn diariamente hasta el
final del perodo de incubacin.
7.3.2. Criterios de interpretacin de los cultivos
post-mortem.
En
general,
los
criterios
microbiolgicos de interpretacin de los cultivos postmortem deben ser similares -salvo excepciones- a
los de los cultivos ante-mortem. Dada la dificultad en
la interpretacin de los cultivos post-mortem se
propone seguir las siguientes recomendaciones:
1. Los aislamientos obtenidos a partir de muestras de
bazo tienen la misma significacin clnica que los
procedentes de sangre, por lo que aqul se suele
emplear para corroborar los resultados del cultivo
sanguneo. Un hallazgo positivo en bazo y sangre se
considera tan significativo como un hemocultivo
positivo en un paciente vivo.
2. Un cultivo positivo a partir de una muestra de
hgado o rin tambin puede sugerir bacteriemia,
especialmente si se aslan las mismas bacterias que
en otros rganos como corazn o bazo.
3. El cultivo post-mortem de una nica muestra
raramente aporta informacin suficiente que permita
establecer la significacin clnica a partir de un
resultado positivo. Por ello, para una valoracin ms
precisa se recomienda analizar los resultados de, al
menos, cinco muestras de tejido. Si el mismo
organismo es aislado en los cinco tejidos, se
considera que este aislamiento puede tener
significado clnico. Por el contrario, un nmero

elevado de distintas especies bacterianas en los


diferentes tejidos indica posible contaminacin.
4. La negatividad de un hemocultivo post-mortem
tiene un bajo valor predictivo negativo, es decir, no
descarta la posibilidad de una infeccin.
5. Una regla til es que el cultivo puro de un
patgeno sugiere infeccin, mientras que un cultivo
mixto de bacterias no patgenas es ms probable
que corresponda a un artefacto post-mortem. Sin
embargo, esta regla no se puede considerar como un
indicador absoluto, por lo que en ocasiones se
requiere buscar otras pruebas confirmatorias.
6. Los cultivos post-mortem contaminados, al igual
que sucede en las muestras de pacientes vivos, se
suelen reconocer en el laboratorio porque con
frecuencia presentan un crecimiento polimicrobiano.
7. El aislamiento en muestras estriles de
microorganismos claramente patgenos como
Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae,
Streptococcus beta-hemoltico de los grupos A B,
etc. siempre se debe informar. Tambin se
recomienda
incluir
una
valoracin
cuantitativa/semicuantitativa
que
indique
la
abundancia o no del patgeno en la muestra.
8. Se distinguirn los aislamientos con significado
clnico, por ejemplo que puedan haber intervenido en
la enfermedad o muerte del paciente, de aqullos
que no. Algunas bacterias como Salmonella spp. y
Mycobacterium tuberculosis no son parte de la
microbiota normal y es raro que sean contaminantes,
siendo por tanto su hallazgo extremadamente
significativo.
9. La presencia de Staphylococcus aureus siempre
se debe informar, aunque en ocasiones se
acompae de coliformes, estreptococos del grupo
viridans y otros microorganismos considerados parte
de la microbiota post-mortem. La interpretacin del
aislamiento de S. aureus es compleja y debe
valorarse individualmente en cada caso, ya que no
slo forma parte de la microbiota habitual de vas
altas respiratorias, sino tambin de la piel, por lo que
su hallazgo podra representar una contaminacin
durante la toma de muestra.
10. Cuando se obtenga un cultivo mixto se deben
buscar e identificar todos los morfotipos que puedan
corresponder
a
microorganismos
patgenos
potenciales.
11. Para cada rgano, tejido o fluido estril se
recomienda realizar una valoracin semi-cuantitativa
(del tipo: muy abundante, abundante, moderado,
escaso y muy escaso) de cada uno de los distintos
morfotipos significativos aislados.
12.
De
forma
genrica
se
considerarn
contaminantes en los cultivos post-mortem a
aquellos microorganismos que suelen contaminar las
muestras estriles tomadas en pacientes vivos. La
presencia de mezcla de coliformes, enterococos,
Staphylococcus
coagulasa
negativa,

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post-mortem

Corynebacterium spp., estreptococos del grupo


viridans, Enterococcus spp., Propionibacterium
acnes y otras especies de Bacillus diferentes a B.
anthracis se suelen considerar como contaminantes,
especialmente cuando en una misma muestra hay
microorganismos de ms de uno de estos grupos.
13. El hallazgo de bacilos gramnegativos,
especialmente cuando no estn en cultivo puro, debe
valorarse de forma particular en cada caso; en
ocasiones son contaminantes (por formar parte de la
microbiota intestinal) y en otras son responsables de
infecciones agudas. Se recomienda considerar su
aislamiento cuando se hallan en cultivo puro o bien
cuando se recuperan mayoritariamente de un tejido
estril, valorando especialmente la deteccin del
mismo microorganismo en sangre y otros tejidos del
mismo individuo. Puesto que en estos casos resulta
difcil descartar la posibilidad de contaminacin o
diseminacin post-mortem en base a criterios
exclusivamente microbiolgicos, para la adecuada
valoracin de estos resultados se deben considerar
tambin los antecedentes, la historia clnica del
paciente y los hallazgos histopatolgicos.
14. La presencia en sangre o tejido estril de una
Enterobacteriaceae u otro bacilo gramnegativo (una
vez descartados los patgenos ms significativos
como Salmonella spp. o Shigella spp.) junto con
microbiota mixta sugiere un patrn de contaminacin,
aunque su interpretacin final requiere de ms datos.
El aislamiento de una de estas especies puede
informarse como presencia de coliformes. El hallazgo
en esa muestra, bajo esas mismas circunstancias, de
ms de un bacilo Gram negativo puede informarse
como mezcla de coliformes.
15. Se recomienda valorar el cultivo del pulmn de
forma similar al del esputo expectorado (valorando el
contenido
en
polimorfonucleares
y
clulas
descamativas, y realizando una estimacin, al
menos, de forma semi-cuantitativa). Se debe
informar el aislamiento de cualquiera de las bacterias
consideradas
como
patgenos
respiratorios
potenciales. Tambin se debe valorar la presencia
del mismo patgeno en ms de un lbulo y si ste se
halla en alto nmero, a pesar de aislar
conjuntamente otros microorganismos.
16. En ocasiones, algunas muestras estriles,
generalmente respiratorias, pueden presentar
microbiota mixta compatible con la de vas
respiratorias altas, debido a diseminacin pasiva
post-mortem, que puede haberse favorecido por la
reanimacin cardiopulmonar. Esto debe reflejarse en
el informe.
7. 4. ANLISIS MOLECULARES
7.4.1. Tcnicas de eleccin. Para los anlisis
moleculares se seguirn las recomendaciones
relativas a la separacin de reas indicadas en el
documento cientfico de este procedimiento. En la
tabla 5 se incluye una lista de los anlisis
moleculares ms frecuentes a realizar en un
laboratorio de microbiologa post-mortem. Muchos de

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Edicin N 01

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ellos se hallan en el mercado en forma de kits para


utilizar en los sistemas de deteccin ms frecuentes:
tecnologas ABI, SmartCycler, Light Cycler o
RotorGene.
7.4.2. Criterios de interpretacin de los anlisis
moleculares. A pesar de que las tcnicas
moleculares son muy sensibles a la hora de detectar
virus en muestras clnicas, se recomienda actuar con
prudencia a la hora de su interpretacin. En
ocasiones, un resultado positivo tiene poco valor
pronstico de enfermedad por el citado virus, sobre
todo cuando los virus son capaces de establecer
infecciones latentes o persistentes, con un bajo o
indetectable nivel de replicacin. En estos casos, sin
embargo, un resultado negativo excluye, casi
siempre, una infeccin activa.
En lo que respecta a los virus respiratorios, hay
que tener en cuenta la deteccin prolongada de virus
en pacientes recuperados de una infeccin pasada,
as como la dificultad en diferenciar entre la
colonizacin de las mucosas y la infeccin
propiamente dicha.
En el caso particular de las muestras forenses la
posible degradacin de los cidos nucleicos, que
puede acontecer en cualquier tipo de muestra, se
puede agravar debido a un retraso en la autopsia o a
conservacin o envo inadecuados al laboratorio de
anlisis. Esta degradacin puede contribuir a la
obtencin de valores elevados del ciclo umbral en la
PCR a tiempo real o de cargas virales bajas,
suponiendo tambin mayor dificultad para la
deteccin de los virus ARN.
Por otra parte, el empleo de secciones en parafina
previamente fijadas en formol tambin puede
contribuir a producir fenmenos de inhibicin parcial
o total que ocasionen resultados falsos negativos.
8. OBTENCIN, INTERPRETACIN Y EXPRESIN
DE LOS RESULTADOS
8.1. TCNICAS ANTIGNICAS
Los resultados se pueden expresar como negativos,
positivos o no concluyentes. A continuacin se
indican algunos ejemplos de resultados no
concluyentes que pueden ocurrir en muestras postmortem:
- En la AL: (i) cuando hay positividad para ms de un
antisuero; (ii) cuando la muestra da reaccin positiva
con el ltex control.
- En la IF: cuando el nmero de clulas del epitelio
respiratorio es insuficiente.
- En la IC: cuando no aparece banda coloreada en la
lnea control (ciertas muestras respiratorias en las
que se investiga la deteccin de antgenos de virus
de la gripe o de VRS no se desplazan por la tira
reactiva, invalidando el resultado).
8.2. CULTIVOS
- Si el cultivo es positivo, el informe de resultados
incluir todos los microorganismos aislados que se
consideren clnicamente significativos y su

Servicio de Microbiologa
Hospital/Centro
..

Procesamiento microbiolgico de muestras


post-mortem

sensibilidad a los antimicrobianos cuando sta est


disponible.
- Si el resultado del cultivo es negativo, se emitir un
informe en el que conste: "No se aslan
microorganismos" o "Cultivo negativo".
- Se har constar la deteccin de microbiota habitual
de vas altas respiratorias o microbiota habitual en
heces.
- Cuando se detecten contaminantes no ser
necesario indicar en el informe la identificacin a
nivel de especie de los mismos.
- Cuando muestras de pulmn u otras muestras de
vas bajas respiratorias contengan microbiota
habitual de vas respiratorias altas, esto se indicar,
aadiendo que se puede deber a diseminacin
pasiva.
8.3.- ANLISIS MOLECULARES
- Estructura de los informes: los informes
correspondientes a las pruebas de biologa molecular
in house o de mtodo casero deben incluir el
parmetro investigado (ejemplo, gen diana), la
tcnica empleada y una pequea descripcin de la
misma, e incluso si se considera oportuno por su
relevancia, la referencia bibliogrfica correspondiente
al mtodo.

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- Contenido:
Si se trata de un mtodo cualitativo:
- Positivo, en el caso de deteccin de genoma. Si el
resultado se expresa como conclusin, se podr
informar con el siguiente enunciado: Se detecta
genoma/material gentico de seguido del nombre
del microorganismo.
- Negativo, en caso de que la reaccin de PCR sea
negativa. Si el resultado se expresa como
conclusin, se podr emplear el siguiente
enunciado: Amplificacin negativa para seguido
del nombre del microorganismo investigado, o No
se detecta genoma/material gentico de seguido
del nombre del ste.
- Reaccin inhibida: en el caso de que la reaccin no
se haya podido validar, por algn problema de
inhibicin de la muestra. De forma genrica,
tambin se puede emplear el trmino resultado
inconcluyente cuando los controles internos de la
reaccin fallen o cuando los resultados no sean
repetitivos.
Si se trata de un mtodo cuantitativo:
Se informar el valor del resultado positivo,
seguido de las unidades de cuantificacin de la
tcnica.

Tabla 5. Deteccin molecular de microorganismos patgenos


Microorganismo
BACTERIAS
Neisseria meningitidis
Streptococcus pneumoniae

Streptococcus agalactiae
Staphylococcus aureus
Haemophilus influenzae serotipo b

Bordetella pertussis/B.
parapertussis

Mycoplasma pneumoniae
Chlamydia pneumoniae
Mycobacterium tuberculosis
complex
VIRUS
Herpes simplex 1 y 2 y
Varicella-Zoster Virus
Epstein-Barr

Muestras habituales

Regiones analizadas1

Sangre, suero, LCR, tejidos


(cerebro, bazo)
Sangre, suero, LCR, tejidos
(bazo, pulmn)

genes ctrA, siaD

Sangre, suero, LCR, tejidos (


bazo)
Segn clnica y hallazgos de
autopsia
Sangre, suero, LCR, tejidos
(pulmn, bazo, muestras
respiratorias)
Hisopos nasofarngeo,
farngeo y bronquial

Muestras de vas altas


respiratorias, pulmn
Muestras de vas altas
respiratorias, pulmn
Muestras respiratorias,
sangre, tejidos
LCR, tejidos (cerebro, bazo,
miocardio), sangre
LCR, tejidos (cerebro,
hgado, miocardio, bazo),
sangre

genes ply, lytA, psa


genes sodA, rpoB 2
gen cfb
3

genes NUC, CoA, 16S


ADNr, y FEMA
gen bexA

Regiones IS481 y
IS1001 respectivamente
para B. pertussis y B.
parapertussis
gen P1
gen de la cadena beta de
RNA-polimerasa
Regin IS6110

regin BAM HI-K

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Hospital/Centro
..

Procesamiento microbiolgico de muestras

Herpesvirus 6

Adenovirus
Enterovirus

Virus respiratorios: VRS, Influenza


A y B, Parainfluenza, Coronavirus,
Metapneumovirus, Bocavirus
CMV
Norovirus
Influenza A/Swine Inf. A/H1N1
VIH
VHB
VHC
PARSITOS
Plasmodium, gnero y especies (P.
falciparum, P. vivax, P.malariae, P.
ovale).

post-mortem

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LCR, tejidos (cerebro,


hgado, miocardio, bazo),
sangre
Sangre, LCR, heces tejidos:
bazo, miocardio
Sangre, LCR, hisopos
nasofarngeo, farngeo,
bronquial, tejidos: bazo,
miocardio, pulmn
Hisopos nasofarngeo,
farngeo, bronquial, tejidos:
pulmn

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regin ORF U67

gen Hexon
regin 5'UTR

Varios

Heces, hisopo rectal,


contenido intestinal
Hisopos nasofarngeo,
farngeo, bronquial, pulmn
Suero, plasma, LCR
Suero
Suero

TaqMan Influenza A
(Applied Biosystems)
Varios
Varios
Varios

Sangre, LCR, tejidos:


cerebro, bazo, hgado

Subunidad pequea
(18S) de ARNr

Nota: 1 En la tabla se indican algunas de las regiones ms empleadas. La tcnica molecular ms frecuente es la
PCR a tiempo real, precedida de retrotranscripcin cuando se trata de virus ARN.
2
Mediante secuenciacin.
3
Cuando no haya disponible ningn ensayo de PCR a tiempo real se puede realizar PCR con deteccin mediante
microelectroforesis capilar.
9. RESPONSABILIDADES
El proceso de recogida de la muestra es
responsabilidad
del
servicio
solicitante
(principalmente Servicio hospitalario de Anatoma
Patolgica o Servicio de Patologa de cualquier
Instituto de Medicina Legal). La informacin sobre las
normas de recogida, transporte y conservacin de
las muestras y su distribucin a los servicios
solicitantes es responsabilidad del laboratorio de
microbiologa.
El facultativo encargado del rea de recepcin y
procesamiento de muestras del laboratorio es
responsable de la supervisin de la recepcin,
identificacin y procesamiento de las muestras, as
como del rechazo de las muestras remitidas en
condiciones defectuosas (muestras derramadas o
con medios de transporte inadecuados) y adopcin
de medidas correctoras.
El personal tcnico es responsable de los
procedimientos microbiolgicos de identificacin y
determinacin
de
la
sensibilidad
a
los
antimicrobianos, as como del registro de resultados.
El personal facultativo es responsable de la
valoracin de las tinciones, tcnicas antignicas y
moleculares, lectura de los cultivos y determinacin
de los microorganismos a valorar, as como de la
supervisin del trabajo del personal tcnico,
comunicacin de los resultados preliminares,
validacin de los resultados preliminares y definitivos

y firma de los informes. Tambin es responsable de


mantener al da los procedimientos y responder a las
consultas y aclaraciones de informes.
10. ANOTACIONES AL PROCEDIMIENTO
Al ser muestras de difcil obtencin, nicas e
insustituibles, los criterios de rechazo deben
reducirse al mximo.
Una vez sembradas las placas para cultivo en
anaerobiosis, no demorar la incubacin para evitar la
prdida de viabilidad de las bacterias anaerobias.
Para interpretar correctamente un cultivo postmortem es imprescindible disponer de los
indicadores clnicos de infeccin (entre los que se
hallan los datos de resultados microbiolgicos antemortem).
11. LIMITACIONES DEL PROCEDIMIENTO
La deteccin de un organismo patgeno en una
muestra post-mortem no implica necesariamente una
relacin directa con la causa de muerte. Para la
correcta interpretacin de los anlisis microbiolgicos
en una muestra post-mortem, es necesario valorar el
resto de los resultados en las dems muestras del
paciente as como los antecedentes clnicos y los
hallazgos histopatolgicos.
La cantidad y o volumen reducidos de muestra
obligan a establecer prioridades en el anlisis de la
muestra.

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Hospital/Centro
..

Procesamiento microbiolgico de muestras


post-mortem

11.1. LIMITACIONES DEL CULTIVO POSTMORTEM


Cuando se considere que hubieran podido afectar al
resultado del cultivo, stas se deben hacer constar
en el informe en el apartado de comentarios:
- Si en el volante o en la documentacin disponible
consta el tratamiento antimicrobiano en fechas
inmediatamente anteriores a la muerte se indicar
que la antibioterapia previa a la obtencin de la
muestra puede dar lugar a un cultivo negativo; esto
es particularmente importante en un caso con
sospecha de infeccin y un cultivo con resultado
negativo.
- La recogida de muestra sin las medidas de
asepsia adecuadas puede dar falsos resultados
positivos por contaminaciones con la microbiota
cutnea.
- La demora en el transporte de las muestras o su
refrigeracin disminuye la viabilidad de las bacterias,
especialmente de las anaerobias y de los
microorganismos fastidiosos, lo que puede originar
falsos resultados negativos.
- Ante un cultivo mixto (patrn de contaminacin)
en muestras tomadas de zonas estriles se debera
hacer constar que se podra tratar de un falso
positivo por contaminacin con la microbiota cutnea
o de mucosas.
- Si algunas muestras, como fluidos o exudados,
slo se envan inoculadas en frascos de hemocultivo
no es posible realizar una tincin de Gram
directamente de la muestra; los resultados de la PCR
realizada a partir de estos frascos tambin podran
verse afectados por fenmenos de inhibicin.
11.2.
LIMITACIONES
DE
LAS
TCNICAS
MOLECULARES EN MICROBIOLOGA POSTMORTEM
Los principales factores que afectan a la
interpretacin de los anlisis moleculares son:
- La contaminacin durante la toma de muestra. Si
un tejido estril se contamina con microbiota
procedente de una mucosa colonizada (por ejemplo,
las vas altas respiratorias), se podra obtener una
deteccin positiva mediante PCR en una muestra
tomada en dicho tejido estril para uno de los
microorganismos que colonizan la citada mucosa.
- La diseminacin pasiva post-mortem, es
especialmente relevante en lo que afecta a las
muestras respiratorias. Dicha diseminacin puede
ser propiciada por la reanimacin cardiopulmonar,
favoreciendo que la microbiota de vas respiratorias
altas pase a vas respiratorias bajas, por lo que la
deteccin de un patgeno en stas podra deberse a
su diseminacin pasiva desde vas respiratorias
altas.
- La degradacin de las muestras por una
conservacin deficiente de stas antes de su llegada
al laboratorio (retraso en la toma de muestra,
deficiente transporte, etc.) puede haber afectado a la
estructura de los cidos nucleicos, produciendo su

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fragmentacin, por lo que sera posible obtener


resultados negativos en la amplificacin.
- La inhibicin de la reaccin de PCR por existencia
de inhibidores en la muestra (como el fluoruro
sdico, o formol en las muestras parafinadas
previamente fijadas) tambin puede producir falsos
resultados negativos en la amplificacin. El empleo
de controles internos de amplificacin, basados en la
deteccin especfica de genes humanos puede
ayudar a detectar este fenmeno.
12. BIBLIOGRAFA
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Baron EJ, Jorgensen JH, Landry ML, Pfaller MA.


Manual of Clinical Microbiology, 9th edition. vol.1.
Washington D.C: ASM Press; 2007.
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viral load kinetics to identify patients who develop
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aspects
of
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pneumonia.
Anesthesiology 1996; 84:760-771.
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formalin-fixed tissues from sudden deaths. Diagn
Microbiol Infect Dis. 2008; 60:339-346.
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actuacin forense ante la sospecha de meningitis
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Estudio microbiolgico de la biopsia pulmonar post
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Procesamiento microbiolgico de muestras


post-mortem

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death in alcoholics. Forensic Sci Int 2000; 110: 139-144.

PNT-MP-02
Edicin N 01

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ANEXO I. ALGORITMOS DIAGNSTICOS EN MICROBIOLOGA POST-MORTEM


En los siguientes algoritmos diagnsticos se presentan las situaciones ms frecuentes en las que puede solicitarse el anlisis microbiolgico post-mortem. En la mayora de
los casos se debe realizar un cultivo bacteriano, a menos que (i) exista una elevada sospecha de una infeccin aguda viral con curso fulminante o (ii) una causa de muerte
cardiaca fulminante (que podra deberse a miocarditis). En situaciones particulares se pueden realizar cultivos especficos para levaduras y hongos.
En los diagramas tambin se han incluido los anlisis moleculares. Por una parte, con el fin de detectar patgenos bacterianos, generalmente slo bajo alguna de las
siguientes circunstancias: (i) alarma social ante una alerta sanitaria, como la sospecha de meningitis, con contactos a los que tratar (en este caso deberan realizarse con
carcter urgente); (ii) cultivos bacterianos negativos y elevada sospecha de infeccin bacteriana; (iii) deteccin de un determinado patgeno en muestras antemortem
(aislado por cultivo o detectado mediante otras pruebas, como la antignica) y (iv) sospecha de infeccin causada por alguna bacteria para la que no se dispone de cultivo.
Por otra parte, tambin se considera necesaria la realizacin de anlisis moleculares en todos los casos en que se sospeche una infeccin viral y haya disponible un test
molecular especfico (generalmente PCR). Aunque los anlisis moleculares se incluyan en muchas de las situaciones de los siguientes diagramas, y en ocasiones sean el
primer anlisis a realizar, en otras circunstancias debern realizarse secuencialmente, de acuerdo a los resultados de los tests ya efectuados. El cultivo de virus no se ha
incluido en los diagramas por realizarse slo de forma excepcional.
En los siguientes protocolos hay que subrayar la importancia de recoger un mnimo de muestras representativas que se deben conservar de forma correcta con el fin de
realizar posteriores anlisis en relacin con los hallazgos anatomopatolgicos.
En los casos que la historia clnica as lo indique, se realizarn aquellos estudios necesarios con relacin a viajes realizados, contactos mantenidos, contacto con animales
etc. sobre todo en el caso de los estudios moleculares especficos.
Abreviaturas:
SUDI: Muerte sbita e inesperada del nio (<12 meses).
Ag: anlisis antignicos
Adeno: Adenovirus
AL: aglutinacin con ltex
Entero: Enterovirus
Flu: Virus Influenza
Gram: Tincin de Gram
Hemo: Hemocultivo bacteriano
HP: Estudios de histopatologa.
IC: inmunocromatografa
IFI/IFD: Inmunofluorescencia indirecta/directa
Meningo: Meningococo
Neumo: Neumococo
Parvo: Parvovirus B19
Rota: Rotavirus
TB: Tuberculosis
VEB: Virus Epstein Barr
VH6: Virus Humano Herpes 6
VHS: Virus Herpes Simple
VVZ: Virus Varicela Zster
VRS: Virus Respiratorio Sincitial
1

1. PROTOCOLO EXTENSIVO EN SUDI (se incluyen todos los casos de muertes sbitas inesperadas infantiles en las que a priori no hay sospecha de infeccin)
SUDI

Sangre

Hemo
PCR3
Meningo
Neumo

Virologa

Suero

AL para
septicemia/
meningitis

Congelar:
Serologa
y/o
PCR si
necesario
segn HP

Hisopos de
vas
respiratorias1

Tests
Ag: IC
para S.
pyogenes
VRS,
FluA/B,
Adeno

Cultivo
bacteriano
Congelar
para PCR
si
necesarios
segn HP

LCR

Tejidos:
Bazo,
pulmn2
cerebro
miocardio
hgado

Cultivo
bacteriano

Congelar
para PCR
si
necesario
segn HP

AL para
septicemia
/meningitis
IC Neumo

Orina

Gram,
Cultivo.
cultivo
AL si
bacteriano sospecha
PCR3
de
Meningo septicemia
/meningitis
Neumo

Heces

IC Adeno/
Rota/
Entero

Cultivo
bacteriano
PCR virus
entricos

Hisopados nasofarngeo y traqueobronquial.


Se tomar de ms de un lbulo si el aspecto macroscpico de los pulmones es distinto.
3
En nios de hasta 3 meses con sospecha de infeccin: PCR para Streptococcus agalactiae en LCR y sangre y PCR de Enterovirus en LCR. Si hay sospecha de infeccin
congnita habr que constatar previamente la enfermedad en la madre (toxoplasmosis, Treponema pallidum, virus exantemticos, grupo herpes, Chlamydia, dirigiendo los
anlisis de forma especfica. Ver Procedimiento SEIMC n 4 a. Estudios serolgicos en la prevencin de la infeccin congnita y perinatal. Coordinador: Isabel Garca
Bermejo. SEIMC. 2004).
4
Segn celularidad del LCR se harn AL y PCR bacterianas, o bien PCR virales grupo Herpes (CMV, VHS, VVZ, VEB y VH6) Entero, Adeno.
Nota: En autopsias blancas de nios sin sintomatologa infecciosa una opcin es hacer cultivo bacteriolgico como cribado y congelar el resto de las muestras hasta que la
histopatologa proporcione informacin adicional. Si sta aporta evidencias de infeccin se pueden hacer anlisis moleculares.
2

2. INFECCIONES DE VAS RESPIRATORIAS ALTAS: FARINGITIS, TRAQUEOBRONQUITIS, LARINGITIS

Infecciones de vas respiratorias altas1

Exudado
farngeo

Ag:
S. pyogenes

Cultivo
bacteriano
Congelar para
PCR2 si
necesario
segn HP

Exudado
nasofarngeo

Ag:
VRS y FluA/B3
(IC)
Adenovirus
(IFI-IFD)

Cultivo
bacteriano4
Congelar para
PCR2 si
necesario
(Bordetella)5

Hisopo
traqueo
bronquial

Pulmn

Sangre

Cultivo
bacteriano
Congelar para
PCR2 si
necesario

Cultivo
bacteriano
Congelar para
PCR2 si
necesario
(Bordetella)5

Hemo y
congelar para
futuras PCRs si
necesario

Cuando la observacin macroscpica del pulmn sea sugerente de algn tipo de alteracin, adems de las muestras reseadas, tambin se deber tomar una muestra del
mismo para su anlisis.
2
Segn clnica y HP, se seleccionar la muestra ms adecuada para PCR virales (y de Chlamydophila pneumoniae y Mycoplasma pneumoniae, ver siguiente diagrama).
3
Durante los momentos del ao que exista un brote epidmico de gripe y sta se sospeche debido a los hallazgos de autopsia, se debera realizar un estudio de una posible
infeccin por virus Influenza teniendo en cuenta el virus circulante en el ao, principalmente por PCR (tambin se puede realizar un cribado mediante IC).
4
Si se inocula/cultiva el exudado farngeo, el cultivo del exudado nasofarngeo no es imprescindible, pudiendo dedicarlo a los anlisis antignicos y moleculares.
5
Estudio de Bordetella spp. en exudado nasofarngeo en nios menores de 5 aos con antecedentes clnicos de infeccin respiratoria compatible con Bordetella spp.
(especialmente en menores de 1 ao).

3. NEUMONA, NEUMONITIS, BRONCONEUMONA, EMPIEMA, ABSCESO PULMONAR, BRONQUIOLITIS


Neumona/Bronconeumona/Neumonitis1/Empiema/Bronquiolitis

Sangre

Bazo

A:
Hemo
Congelar para
PCR2 si
necesario

A:
Cultivo
bacteriano
Congelar
para PCR2

Pulmn1

Suero

A:
AL para
septicemia

B:
Congelar
para
PCR2 /
serologa

A:
Gram, Cultivo
bacteriano
Congelar para
PCR2 si
necesario

B:
PCRs virales
3
Influenza

Hisopo
traqueo
bronquial

A:
Gram, Cultivo
bacteriano
Congelar para
PCR 2

B:
Congelar para
PCR viral si
necesario

Lquido
de
derrame
pleural

A:
Gram, Cultivo
bacteriano
PCR2 si
necesario

B:
Congelar para
PCR viral si
necesario

A: Neumona bacteriana y empiema. B: Neumonitis. Sospecha de infeccin viral.


1
Cultivo micolgico si hay sospecha clnica o el paciente es inmunodeprimido. Si sospecha de neumonitis: PCR virales en pulmn.
2
PCR Neumo, Streptococcus grupos A/B, etc. Otras PCR bacterianas, como Chlamydophila y Mycoplasma pneumoniae, siempre en funcin de los hallazgos de autopsia e
HP y si los cultivos son negativos.
3
PCR virales: virus respiratorios (Influenza, VRS, Coronavirus, Rhinovirus, Enterovirus, Adenovirus, Metapneumovirus, Bocavirus), teniendo en cuenta el marcado carcter
estacional de algunas de estas infecciones virales.

4. INFECCIONES DEL SISTEMA NERVIOSO CENTRAL: MENINGITIS, ENCEFALITIS, ABSCESO CEREBRAL


Meningitis/Encefalitis 1, 2, 3

LCR3, 4

A:
AL, IC Neumo
Gram
Cultivo
bacteriano
PCR Meningo,
Neumo

Sangre 3, 5

B: PCR
virales

Hemo
A: PCR
Meningo
Neumo
B: PCR
virales

Suero 5

AL para
meningitis /
septicemia

A: PCR
Meningo,
Neumo
Congelar
para
serologa /
PCR

Cerebro 3

A:
Cultivo
bacteriano
PCR
Meningo
Neumo

B: PCR
virales

Bazo 5

A:
Cultivo
bacteriano
PCR
Meningo
Neumo

B: PCR
virales

A: Sospecha de meningitis bacteriana. B: Sospecha de infeccin viral. PCR virales: Grupo Herpes virus, Entero, Adeno.
1
Ante una sospecha clnica de la variante humana de la BSE (encefalitis espongiforme bovina), se seguir el protocolo del Centro Nacional de Microbiologa del Instituto
de Salud Carlos III: estudio gentico y de la protena 14.3.3 en LCR y sangre.
2
Ante la sospecha de un absceso: se realizar cultivo bacteriolgico en aerobiosis y anaerobiosis de muestras de sangre, biopsia cerebral y LCR.
3
Si hay sospecha de meningitis tuberculosa se har estudio de micobacterias en LCR y cerebro (tinciones, cultivo y PCR especfica).
4
En pacientes VIH positivos se debe realizar una carga viral en LCR, con cualquiera de los sistemas comerciales y la deteccin del Ag de Cryptococcus neoformans.
5
Se incluye la toma de sangre, suero y bazo debido a la posibilidad de un shock sptico asociado a meningitis bacteriana.
6
En aquellos momentos del ao donde se haya producido un brote epidmico de gripe y el paciente presente afectacin enceflica se debera investigar la posible
infeccin por virus Influenza en LCR.
Nota: conviene considerar el estudio de nuevos patgenos que parecen estar relacionados con algunas muertes sbitas.

5. SEPTICEMIA SIN APARENTE FOCO DE INFECCIN


Septicemia

Sangre

Hemo 2, PCR3
Meningo Neumo

Suero

AL para
septicemia

PCR3
Meningo Neumo

Bazo

Pulmn1

Rin1

Glndulas
suprarrenales si
hemorrgicas 1

Hgado1

Cultivo
bacteriano
Congelar para
otras PCR si
necesario

Cultivo
bacteriano
Congelar para
otras PCR si
necesario

Cultivo
bacteriano
Congelar para
otras PCR si
necesario

Cultivo
bacteriano
Congelar para
otras PCR si
necesario

Cultivo
bacteriano
Congelar para
otras PCR si
necesario

Adems del bazo, se tomarn todos aquellos rganos de aspecto macroscpico anormal en la autopsia (como las suprarrenales, en ocasiones hemorrgicas). Se resean
las muestras de tejidos ms habituales; otra posible muestra a tomar si existe afectacin es el miocardio. Tambin se tomarn los lquidos de derrame para cultivo
bacteriolgico. Las muestras obtenidas de bazo, pulmn, rin, adrenales, hgado y miocardio deben ser congeladas y mantenidas para PCR, si as fuera necesario, en
funcin de lo observado en la autopsia.
2
Evaluar la posibilidad de emplear mtodos de diagnstico como LightCycler Septi-Fast, que permite la identificacin de 25 especies bacterianas y fngicas directamente
desde la sangre.
3
Si se detectan petequias o existe una alta sospecha de infeccin bacteriana fulminante se deben realizar anlisis moleculares (meningococo, neumococo y, en neonatos y
lactantes menores de 4 meses, la deteccin molecular del Streptocococus del grupo B en sangre y suero). Segn los hallazgos histopatolgicos, estas PCR u otras podran
realizarse en el resto de las muestras.

6. PERITONITIS AGUDA
Peritonitis 1

Sangre

Hemo incluyendo
incubacin en
anaerobiosis
1

Exudado/lquido peritoneal

Congelar para PCR: Si


hemo negativo, PCR16S
ARNr

Tincin de Gram
Cultivo bacteriano
aerobio y anaerobio

Congelar para PCR: Si


cultivo negativo, PCR16S
ARNr

Bazo

Cultivo bacteriano
aerobio y anaerobio

Congelar para PCR: Si


cultivo negativo, PCR16S
ARNr

Ante la sospecha de peritonitis herptica primaria se podra incluir un estudio molecular de muestras conservadas del intestino para la deteccin de VHS.

7. INFECCIONES DE TEJIDOS BLANDOS: MIONECROSIS, GANGRENA, CELULITIS


Heridas infectadas/celulitis/Infeccin de tejidos blandos

Sangre

Suero

Tejido infectado (msculo)

Bazo

Hemo incluyendo incubacin


en anaerobiosis

Ag para Streptococcus
pyogenes

Tincin de Gram
Cultivo bacteriano aerobio y
anaerobio

Cultivo bacteriano aerobio y


anaerobio
7

8. ENDOCARDITIS

Endocarditis

Sangre

Hemo

Suero

Congelar para PCR:


Si hemo negativo,
PCR16S ARNr
o PCRs especficas

Vlvula cardiaca o
vegetacin

Congelar para
serologa 1

Cultivo bacteriano
Tincin de Blanco
calcoflor, cultivo y/o
PCR de hongos

Congelar para PCR


(16S ARNr o PCRs
especficas) si los
cultivos son negativos

Serologa de Coxiella, Bartonella, Aspergillus, Brucella.

9. MIOCARDITIS

Miocarditis

Miocardio

PCR: Adeno,
Entero, VH6, VEB,
Parvo, VHS, VZV,
virus respiratorios

Suero

Cultivo bacteriano

1, 3

Serologa

Sangre

PCRs para virus


causantes de
viremia: Entero,
Adeno

Bazo

Hemo

Cultivo bacteriano

Sospecha de miocarditis viral. En este caso, adems de las muestras indicadas se pueden tomar exudado nasofarngeo y heces como muestras complementarias para
estudio viral molecular (PCR virus respiratorios, Entero, Adeno, etc.).
2
Slo ante sospecha de miocarditis bacteriana (secundaria a septicemia). En este caso, si el cultivo fuera negativo, se podran hacer PCR bacterianas.
Nota: Si no se sospecha miocarditis en el momento de la autopsia, con posterioridad se podran analizar secciones parafinadas del miocardio en las que se ha detectado
infiltrado inflamatorio mediante histopatologa.
3
Serologa de virus cardiotropos.

10. PERICARDITIS
Pericarditis

Suero 1

Lquido
pericrdico

Si purulento:
Tincin de Gram
Cultivo
bacteriano
1
2

Segn
celularidad
PCR TB
PCRs virales

Sangre

Bazo 2

Hemo

Cultivo bacteriano

Serologa cuando la pericarditis se asocia a miocarditis (posibilidad de virus cardiotropos).


Si la pericarditis es purulenta interesa el estudio bacteriolgico del bazo (por trazar un posible origen hematgeno).

11.GASTROENTERITIS AGUDA
Gastroenteritis

Sangre1

Hemo

Congelar para
PCR: Si hemo
negativo,
PCR16S ARNr
o PCRs
especficas

Bazo1

Heces o
contenido
intestinal

Cultivo de heces 2

Ag Rota/Adeno/
3

Congelar para
PCR especficas
de patgenos
gastrointestinales

Cultivo bacteriano1

Congelar para
PCR: si cultivo
negativo,
PCR16S ARNr

2y4

Es conveniente tomar ambas muestras para confirmar la bacteriemia debida a los patgenos entricos.
Medios selectivos para Salmonella, Shigella, Yersinia, Campylobacter (ver PNT-MP-02 de este procedimiento. Procesamiento microbiolgico de muestras post-mortem).
Ante epidemias o brote, se podran investigar otros patgenos (por ejemplo, E. coli diarreagnicos).
3
En nios e inmunodeprimidos.
4
Si negatividad en los cultivos, posibilidad de PCR especficas para las citadas bacterias y para patgenos virales (los principales: Norovirus, Adenovirus, Rotavirus.
Astrovirus y Sapovirus, tambin pueden ser agentes productores de gastroenteritis). En el caso de las infecciones graves por Rotavirus, con el fin de corroborar el
diagnstico, se puede intentar aislar el virus de otras localizaciones extraintestinales.
2

12. HEPATITIS

Hepatitis

Sangre

Suero

PCRs virales

Serologa para hepatitis A, B, C 1

Hgado

PCRs virales a realizar segn


resultados de otras serologas 2

PCRs virales: VHC, VHB, VEB,


Adeno, CMV segn HP

Si la serologa es positiva para el VHC se deber realizar la cuantificacin de la carga viral de la hepatitis C (y el genotipo del VHC); si fuera positiva para VHB, habra
que realizar la cuantificacin de la carga viral del VHB, as como el estudio de la coinfeccin por el virus delta. Si existiera dao heptico y los resultados analticos de
otras hepatitis fueran negativos se podra investigar la infeccin por el VHE.
2
El cribado de otras posibles infecciones vricas se debera retrasar hasta completar el estudio HP.
3
Las restantes muestras hepticas se conservarn hasta completar el estudio HP.
13. INFECCIONES GENITO-URINARIAS: PIELONEFRITIS, CISTITIS Y SNDROME URMICOHEMOLTICO

Pielonefritis, cistitis, sndrome urmico-hemoltico

Sangre

Hemo

Congelar para
PCR: Si
hemocultivo
negativo,
PCR16S ARNr

Rin

Cultivo
bacteriano

Congelar para
PCR: Si
cultivo
negativo,
PCR16S ARNr

Orina

Cultivo
bacteriano

Bazo

Cultivo
bacteriano

Congelar para
PCR: Si
cultivo
negativo,
PCR16S ARNr
10

14. CORIOAMNIONITIS
Corioamnionitis

Membranas ovulares

Cultivo bacteriano aerobio/anaerobio1

PCR1

Diagnstico por cultivo o PCR de C. trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, micoplasmas genitales, herpes simple, Adenovirus.

15. CRIBADO MICROBIOLGICO EN DONANTES DE RGANOS Y TEJIDOS


Donantes de
rganos/tejidos

Suero

Serologa 2 de:
VIH, VHB, VHC, HTLV-I y II y de
Treponema pallidum, CMV, VEB, T.
gondii.
PCR para VIH, VHB y VHC (a realizar
segn resultados de serologa)3

Tejidos para trasplante1

Cultivo bacteriolgico
aerobios/anaerobios

Cultivo de hongos

Rin, corazn, pulmn, hgado, pncreas, intestino, piel, tendones, hueso, vasos sanguneos, vlvulas cardiacas, crnea, etc.
Se seguirn las recomendaciones del Procedimiento SEIMC 5a. Microbiologa del trasplante. Prez J (Coordinador). Ayats J, Fortn J, de Oa M, Prez J, Pumarola T.
SEIMC 2010.
3
Los tests de PCR para VIH, VHB y VHC no son obligatorios para el transplante de rganos, pero su empleo constituye una buena prctica en el laboratorio de
microbiologa. Para mayor detalle se recomienda consultar la Guidance On The Microbiological Safety Of Human Organs, Tissues And Cells Used In Transplantation.
Ministerio de Sanidad UK. http://www.dh.gov.uk/prod_consum_dh/idcplg?IdcService=SS_GET_PAGE&ssDocName=DH_121497
2

11

Infecciones en donantes extranjeros o procedentes de pases tropicales


Es importante conocer el origen o viajes realizados por los donantes ya que pueden stos pueden presentar una patologa infecciosa especial (con el consiguiente riesgo de
transmisin al receptor). Se evaluar en cada situacin la necesidad de este tipo de cribado. Entre los ms importantes:
a) Paludismo, mediante extensin y gota gruesa o deteccin antignica por IC.
b) Enfermedad de Chagas, a travs de la deteccin de anticuerpos por inmunoprecipitacin, inmunofluorescencia o enzimoinmunoensayo.
c) Leishmaniasis visceral por serologa.
d) Estrongiloidiasis (en evaluacin del candidato a trasplante).
e) En caso de eosinofilia en el donante, deteccin en diferido de huevos de trematodos en heces (Clonorchis spp., Opistorchis spp.), en orina (Schistosoma spp.) en
muestras respiratorias (Paragonimus spp.) o en bilis (Fasciola hepatica).
f) Coccidiodes inmitis e Histoplasma capsulatum: podra hacerse serologa diferida, pero existe una importante dificultad para conseguir los reactivos en nuestro pas.

16. PARTICULARIDADES EN PACIENTES INMUNODEPRIMIDOS


Estudio de tuberculosis diseminada (hemocultivo por lisis-centrifugacin y PCR).
En pacientes VIH: Realizar un anlisis genrico acuerdo a los hallazgos HP; adems se debe incluir el estudio de la carga viral en plasma/suero y en LCR.

12