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  • P2-C05 - Funciones de Las Proteínas

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    P2-C05 - Funciones de las proteínas

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    benética molecular lectronmicrogralia de barrido de cromosomas ‘humanos en metafase. (Por cortesia de Terry D. Allen.) Serie de seis imagenes de un modelo anatémico de un poliovirus, cuya estructura tridimensional se cane exactitud a partir de cristalografia de rayos X. Cada Imagen esta ampliada tres veces respecto ala ancerlor, hasta que al final podemos ver una region del virus a nivel de resolucién atémica, Enel centro de la ltima Jmagen puede verse claramente Ia cadena lateral del aminodeido triptofano, (Por cortesia de James Hogle). £s protefnas constituyen la mayor parte de la masa seca de la célula y desempe- fn las funciones predominantes de la mayoria de los procesos biol6gicos. Sin [nbargo, para poder entender lo que son las protefnas, primero hay que inten- fRemensdercdmo es una edua. En el Captlo 3 presentamos una introducelén mental de la estructura de las proteinas, junto con una visién general de las, Jacromoléculas biolégicas, discutiendo su quimica y su conformacién. Sin em- £zzo, las proteinas no son s6lo rigidos grumos de material de superficie quimi- mente reactiva. Disponen de zonas méviles estructuradas de manera muy Frecisa, cuyas acciones mecénicas estan acopladas con eventos quimicos, Preci- mente es este acoplamiento entre quimica y movimiento lo que provee a las foteinas de capacicades extraordinarias que estén en la base de todos los pro- sos dindmicos de las células vivas. Sin comprender cémo actiian las proteinas ‘pmo moléculas con zonas méviles resulta dificil apreciar el resto de la biologta lular. En este capitulo, que inicia las secciones més avanzadas del libro, utiliza bos ejemplos seleccionados para mostrar de qué manera funcionan las prot las, no solo como catalizadores sino también como sofisticados transductores le movimientos, integradores de senales, y componentes de maquinas protei- 's compuestas por muchas subunidades. La discusion se basa en avances que lan reveladio las estructuras tridimensionales detalladas de muchas proteinas; [iliis ine principios generales o intentalsentar Ine bases de descripciones|de {structuras celulares espectficas y de procesos que se detallan en capitulos pos- kriores. En la itima parte del capitulo describimos la vida y la muerte de las prot jas ~lesde su plegamiento, guiado por chaperones moleculares, hasta su des- fuccisn por proteolisis dirigida—poniendo énfasis en la construccién molecular lela mayorfa de las proteinas y de los complejos proteicos, Las protefnas como maquinas smpezaremos considerando de qué manera se puede alterar la conformacién de ina proteina debido a la unién de otra molécula denominada ligando. Demos- raremos las profundas implicaciones de este fenémeno aparentemente simple lescribiendo algunas de las muchas maneras por las que las células utilizan las. lteraciones de las proteinas inducidas por ligandos. ‘are + = —_ lucose Stoseto La uni6n de un ligando puede cambiar la conformacién de una proteina! EI primer ejemplo trata de la enzima hexoquinasa, la cual esta presente en casi todas las células. Esta enzima cataliza una etapa temprana del metabolismo de los aziicares -1a transferencia del fosfato terminal de una molécula de ATP a la ‘slucosa, formando glucosa 6-fosfato (como se discute en el Capitulo 2). La hexo- quinasa se une fuertemente a glucosa, lo cual incrementa notablemente la afini- dad de la enzima por el ATP, que se une a un lugar vecino de la proteina. Enton- ces, algunas cadenas laterales de determinados aminodcidos de la proteina catalizan la transferencia del fosfato, ylos dos productos -la glucosa 6-fosfato y eLADP-~se liberan, acabando el ciclo de reaceién (Figura 5-1) La hexoquinasa de levadura esté compuesta por dos dominios. Los hugares de unin para la glucosa y para el ATP se hallan en una hendidura situada entre estos dominios, y cuando la glucosa se une, los dominios se desplazan uno hacia lotro cerrando la hendidura (Figura 5-2) Este tipo de desplazamiento de dominios en respuesta a la unién de un ti ‘gando es un proceso habitual y facil de explicar. En el caso de la hexoquinasa, en Ja cara interna de cada dominio existen lugares de unién para diferentes zonas dela molécula de glucosa, El cambio desfavorable de la energfa libre de la protef- nna que ocurre cuando los dominios se desplazan tno respecto al otro cerrando la hendidura queda mds que compensado por la energfa libre liberada cuando la hendidura se cierra sobre la glucosa; en otras palabras, los enlaces no covalentes {que forma la glucosa con la proteina “unen” los dos dominios, uno contra otto, haciendo que la protefna salte de una conformacién abierta a otra cerrada dominio sominio 2 208 Capitulo 5: Funcién de las proteinas Figura 5-1 Lareaceién eatalizada por lahexoquinasa. En el primer paso de Ja degradacién de la glucosa se \wansliere un grupo fosfato desde et ATP hasta la giucosa, formando hucasa 6-fosfat, Entonces la glucosa B-fosfato es procesada mediante series de otras enzimas que catalizan la cadena de reacciones conocidas como shucolisis. La glucolisis transforma la lucosa en piruvato y produce una sanancia neta de moléculas de ATP para la eslula (véase Figura 2-21) iguraS-2 Eleamblode conformacién de Ia hexoquinasa ‘causado por la unién de glucosa. Las lineas trazan el curso del esqueleto hhidrocarbonado de la hexoquinasa. Estas estructuras fueron determinadas por andlisis de difraccidn de rayos X de ristales dela proteina, sin ycon slucosa. La unién de glucosa cambia la protesna desde una conformacién ‘abjerta a una conformacién cerrada, ei Oy OS Bla ry w__Wweoerrada [6 _we raga |) Leys Como discntimos a continuacién, las proteinas cuyos cambios de confor macién acoplan dos lugares de unin separados de su molécula, han sido selec: cionadas durante la evolucidn ya que permiten a la célula relacionar la presencia de una molécula a la presencia o ausencia de cualquier otra molécula. Este tipo de acoplamiento conformacional se denomina alosteria. Una proteina cuya acti vidad esta regulada de esta forma se denomina proteina alostérica y la transi que sulre se denomina transietén alostérica, Dos ligandos cuyos lugares de unién estén acoplados pueden afectar recfprocamente la uni6n del otro? Cuando dos ligandos prefieren unirse a la misma conformacién de una proteina alostérica, consideraciones termodindmicas basicas aseguran que cada ligando Incrementa la afinidad de la proteina por el otro ligando. Este concepto se deno- ‘mina conexién (linkage). Est bien iustrado por el ejemplo considerado en la Fi- gra 5-5, en el que la unién de la glucosa a la hexoquinasa incrementa la afinidad de la enzima por la molécula X, y viceversa. La relacién de conexién es cuantitati- vamente reeiproca de forma, por ejemplo, que si la ghucasa tiene un gran efecto sobre la unign deX, X también tendré un gran efecto sobre la unién de glucosa. Si dos ligandos se unen a conformaciones diferentes de una proteina alosté- rica, la conexién seré negativa, Por regla general un ligando estabiliza la confor- macién particular de la proteina a la que se une; si esta conformacién es dife- rente de la favorecida por el otro ligando, la unin del primer ligando dificultara la unién del segundo ligando. Ast, siel cambio de conformacién inducido por ka slucosa reduce la afnidad de la proteina por la molécuta X, la unin de X disti- nuird la afinidad de la protefna porla glucosa (Figura 5-6). Las relaciones mostradas esquematicamente en las Figuras 5-5 y 9-6 estén en la base de la biologfa celular. Parecen tan obvias que hoy las damos por sentadas Pero su descubrimiento, en 1950, seguido por una descripcidn general de la alos- {eria en 1960, result revolucionario. En estos ejemplos X se une a un lugar que es diferente del lugar donde ocurre la catdlisis, por lo que no tiene por qué haber ninguna relacién con la glucosa 0 con cualquier otro ligando que se una al lugar activo. En el caso de enzimas que estén reguladas de esta manera, la molécula X puede activar (Figura 5-5) o inactivar (Figura 5-6) la enzima. Por mecanismos de este tipo las proteinas alostéricas pueden actuar como interruptores gencrales ue permiten que una molécula de una célulaafecte el destino de otra molécula. Las transiciones alostéricas colaboran en la regulacién del metabolismo* Como describimos en el Capitulo 2, a menudo el producto final de una via meta- bolica inhibe la enzima que inicia dicha via. Debido a esta retroalimentacién ne 210 Capitulo unci6n de las protefnas a Ane |® eal sss Unién cooperativa, ‘causada por cl acoplamiento ‘conformacional entre dos lugares de tunién distantes. En este ejemplo tanto ln ghicosa como la molécula X se unen ‘mejor a la conformacidn cerrada de luna proteina con dos dominios. Tanto la glucosa como lasubstancia X dlitigen la proteina hacia su canformacién cerrada, porlo que cada ligando colabora con el otro para que se unaala proteina. Asi pues, sedice quel ghicosa y la molécula Xe unen de forma cooperativaa la protefna La figura es muy similar alas Figuras 5.3 5:4; la nica diferencia es que ‘mientras que el lugar de unién para el ATP se localiza en la hendidura dela hexoquinasa, el lugar de unign parala ‘molécula X se localiva fuera de esta hendidura, eo t 2 Boxk aw ©) 100% cera 0 om cored o. 0% evra Figura 5-6 Unién competitiva generada por el acoplamiento conformacional entre dos lugares de untén distantes entre sf. diseno de esta Aguea es el mismo que el descrito para la Figura 5-5, pero aquila moléeula X preflere unirse ala conformacién abierta, mientras a glucosa prefiere la eerrada, Ahora la glucosa y la molécula X drigen la protefna hacla conformaciones opuestas (cerrada y ablerta respectivamente), por lo que la presencia de uno de los ligands incerflere con la untén del ott. sobre el lujo de la via, la concentracién intracelular del producto final se aproximadamente constante a pesar de Ios grandes cambios de las nes quimicas de la célula. En este tipo de regulacién por retroinhibicién ‘Ssnsiciones alostéricas son esenciales. Por ejemplo, las enzimas que acttian io de una via generalmente pueden existr en dos conformaciones. Una es activa y une al substrato en su lugar activo catalizando su conversién SSeeva substancia de la via, La otra es una conformacién inactiva que une al final de la via en un lugar diferente, el lugar regulador. Cuando se acu- {producto final se une @ la enzima transformadndola en su conformacién (véase Figura 2-38), ‘Ges enzima que participa en una via metabdlica también puede ser activada ‘ransicién alostérica inducida por la unidn de un ligando. En este caso el es una molécula que se acumula cuando la eélula es deficiente en un so dela via; como el ligando se une preferentemente a la forma activa de 2, dirige la enzima hacia su conformacién activa. Muchas enzimas que en procesos catabdlicos que producen ATP proporcionan ejemplos de seeroalimentacin positiva estas enzimas son estimuladas por un incremen- J concentracion de ADP, que tiene lugar cuando los niveles de ATP dismi- Para estas enzimas el ADP tiene un papel puramente regulador, en con- con el papel de substrato que juega el ATP en la funcién de la hexoquinasa. oie en ie ee leprae 5 "0 concentracin de inhibidor-—= como méquinas Figura 5-7 Cinética de actividad cenzimétiea respecto ala cconcentracién de ligando inhibidor, para enzimas alostéricas formadas por diferente niimero de ‘subunidades. En el caso de una cenzima con una sola subunidad (ine ‘ojala disminucién desde el 90% hhasta el 10% de actividad (indicada por puntos en la curva) requiere un incremento en la concentracién de Inhibidor de unas 100 veces. La ‘actividad encimtica se calcula a partir dela telacion de equilibrio simple K=IN[PU/IPI, donde Pes la proteina activa, [esl inhibidor e P es la pproteina inactiva unida al inhibidor. Estaes a curva que se aplicaria a ‘cualquier unisa simple entre dos ‘moléculas Ay B (véase Figura 3-9) ontrariamente una enzima alostérica formada por varias subunidades puede responder variaciones dela ‘concentracién de inhibidor deuna manera semefante a un interruptor: a respuesta esealonada se debe a que el ligando se une ala proteina de una forma cooperativa, como se explica en Ia Figura 5-8, La linea verde representa el esultado tedrico esperado en el ‘caso le uni6n cooperativa de dos ‘moléculas de inhibidor a una enzima alostérica con 2 subunidades,y la linea ‘azul el resultado teérieo esperado de tuna enzima con 4 subunidades. Como Indican los puntos de las curvas, as ‘enzimas nds complejas caen del 90% a 10% de actividad con incrementos menores de la concentracisn de Inhibidor que la enzima compuesta por una sola subuniad, ‘igura5-8 Una transieién cooperativa alostérica, Diagrama esquemético ‘queilustra de que forma la conformacién de una subunidad puede afectar la de sus vecinas, en una proteina simétrica compuesta por dos subunidades alostéricas iénticas. La tmién de una sola moléeula den ligando inhibidor (amarili a una subunidad de la enzima se produce con difcultad debido a ‘que modifica la conformacién de esta subunidad, y por lo tanto destruye la simetria de la enzima. Sin embargo, cuando se ha completado este cambio conformacional, la energia obtenida al recuperarla estructura simétrica dela protein hace que la segunda conformacién tm el ligando mucho més faciImente, sultiendo el mismo cambio conformacional quella otra subunidad, La unién de la primera molécula de ligando incrementa la afinidad de Ia otra subunidad porla misma molécula de ligando, por lo que la respuesta de la enzima a variaciones de la concentraci6n del liganclo es ‘mucho mas marcada que la de una enzima monomeérica (véase la Figura 5-7). Amenudo las protefnas forman agregados simétricos que sufren transiciones alostéricas cooperativas' Una enzima que esté regulada por retroalimentaci6n negativa y que conste de una sola subunidad con un tnico lugar regulador, puede disminuir desde et 90% hasta el 10% de actividad en respuesta a un incremento de unas 100 veces de la concentracién del ligando inhibidor (Figura 5-7, linea roja). Aparentemente, las respuestas de este tipo no son suficientemente marcadas para una regulacién celular éptima, y la mayorfa de enzimas que se activan o inhiben por la unién de un ligando consisten en agregados simétricos de subunidades idénticas. Me- diante esta disposici6n, la unién de una molécula de ligando al lugar de unién de una de las subunidades puede provocar una alteracién alostérica en esta sub- lunidad que puede ser transmitida a la otra subunidad vecina, favoreciendo ast que ésta también una otra molécula de ligando, Como resultado de esta transi- cign alostérica cooperariva, una variacién relativamente pequena de la concen- tacién del ligando en la céhula puede hacer pasar todo el agregado de una con- formacién casi completamente activa a otra casi completamente inactiva, 0 vice versa (Figura 5-7, linea azul). Los principios que permiten que se produzca una transicién cooperativa del “todo 0 nada” son mas ffciles de visualizar en el caso de una enzima formada por un dimero simétrico. En el ejemplo mostrado en la Figura 5-8, la primera molécula del ligando inhibidor se une con una gran dificultad ya que su unién destruye una interaccién favorable entre las dos moléculas idénticas del dimero. Sin embargo, ahora se une mucho mas fécilmente la segunda molécula de ligan- do ya que su unién recupera los contactos monémero-monémero del dimero si- métrico (y también inactivando completamente la enzima). Puede obtenerse luna respuesta incluso mas marcada a la unién de un ligando mediante agrega- dos mayores, como en el caso de la enzima formada por 12 cadenas polipeptidi- ccas que discutiremos a continuacién, La transici6n alostérica de la aspartato transcarbamilasa se conoce a nivel atémico® ‘Una de las enzimas utlizadas en los primeros estudios de retroalimentaci6n ne- gativa es la aspartato transcarbamilasa de £. coli. Cataliza la importante reaccién carbamilfosfato + aspartato > N-carbamilaspartato, que inicia la sintesis del anillo pirimidinico de los nucledtides C, U y T. Uno de los productos finales de esta via, el citosin trifosfato (CTP), se une a la enzima inactivandola cuando las, concentraciones de CTP son elevadas. La aspartato transcarbamilasa es un gran complejo formado por seis sub- unidades reguladoras y seis subunidades catalfticas. Las subunidades cataliticas estdn dispuestas en forma de dos trimeros, cada uno de ellos dispuesto como un triéngulo equikitero, Ambos trimeros se mantienen uno contra otro a través de 212 Capitulo: Funcin de las proteinas naa eo € indir “TRANSICION BR oer ‘TRANSICION g FACIL @ ena nae ENZIMA INACTIVA: ESTADO T Figura 5-9 Transleién entre los estados Ry Ten la enzima aspartate transearbamilasa. La enzima esté compuesta por un complejo de seis a subumidades caaliticas y seis cr subunidades reguladoras. La estructura de las formas inactivas (estado D y de las formas actvas (estado f) se han determinado por cristalografia de rayos X. La enzima se inhibe cuando aumenta la coneentracion de CTP. Cada una de subunidades las subunidades reguladoras puede uunir una molécula de CTP, el cual es sles de la via tuno de los proditctos fi 7 a Mediante esta regulacién por ss ae retroalimentacidn negativa se impide {quella via produzea més cantidad de CTP de la que necesita la cétula. aa (Basado en K.L. Krause, KW. Volzy WAN. Lipscomb, Proc. Natl. Acad. Sei. USA12:1645-1647, 1985) — Figura 9-10 Partedel interruptor sifmo de la subunidad eatalitica dela aspartato transcarbamilasa. Variaciones en las interacciones entre enlaces de hidrégeno indicadas son parcialmente tesponsables det “salto” {que sufre el lugar activo de esta cenzima desde la conformacién activa (amariia) ala inactiva. Los enlaces de hidrgeno se indican como finas lineas rojas. Los aminoacids que partcipan en las interacciones entre las dos subunidades se indican en rojo mientras que ls que forman el Iugae activo dea enzima se muestran fen azul, La parte superior de la figura ‘muestra el lugar catalitico en el interior de la enzima; la parte inferior ‘muestra la superficie externa de la ‘encima. (Adaptado de F-R. Kantrowitz yWN. Lipscomb, Trends Biochem. Sci 15:53-59, 1990) ENZIMA ACTIVA: ESTADO estado T inactive) stodo activo) jeinas como méquinas Jas subunidades regulacoras, que hacen de puente entre ellos. La molécula com- pleta puede sufrirtransiciones alostéricas del “todo 0 nada” entre dos conforma- ciones los estadosT (“tenso”)y R (“relajado") (Figura 5). La unidn de los substratos (carbamilfosfato y aspartato) alos timeros cata- liticos empuja a la aspartato transcarbamilasa a su estado R, catalticamente ac- tivo, del que entonces se disocian las moléculas de CTP, reguladoras. Contraria- mente, la uni6n de CTP a los dimeros reguladores empuja la enzima a su estado T, cataiticamente inactivo, del cual se disocian los substratos. Este “tira y afloja" entre el CTP y los substratos es idémtico, en principio, al descrto previamente en Ja Figura 5-6 para el caso de una proteina alostérica més sencilla. Sin embargo, aqui el tira y afloja ocurre en una molécula simétrica con muchos lugares de uunidn, por fo que el efecto es una transicién alostérica cooperativa que puede activar la enzima répidamente cuando se acumulan los substratos (transfor- mandola en su estado R) o inactivarla repentinamente cuando se acumula CTP (transformandola en su estado). Una combinacién de bioquimica y de cristalografia de rayos X ha revelado ‘una gran cantidad de fascinantes de‘alles de esta transicién alostérica, Cada sub- unidad reguladora tiene dos dominios, y la unién de CTP hace que ambos domi- nios se desplacen uno respecto al otto, de forma que actian como un elevador {que hace rotar los trimeros cataiticos acercéndolos entre sf en el estado T (véa- se Figura 5-9). Cuando esto ocurre se forman enlaces de hidrégeno entre las su- bunidades cataiticas opuesias que ensanchan la hendidura que forma el lugar activo en cada subunicad catalitica, destruyendo asf los lugares de unién para el substrato (Figura 5-10). Anadiendo grandes cantidades de substrato se obtiene elefecto contratio, favoreciendo la formaci6n del estado R mediante la unién de rmoléculas de substrato en la hendidura de cada subunidad catalitica y oponién dose asf al cambio conformacional descrito. Las conformaciones intermedias entre los estados R y Tson inestables, de forma que la enzima fundamentalmen- te salta entre las formas R y T, produciéndose una mezcla de ambas formas, la composicion de la cual varia en funcién de las concentraciones relativas de CTP yde substratos La fosforilacién de proteinas es un mecanismo habitual de dirigir transiciones alostéricas en las células eucariotas* En una bacteria como E. coli la actividad de las protefnas est4 regulada funda- rmentalmente por una mirfada de pequetias moléculas de la eélla, que se unen especificamente @ determinadas proteinas causando transiciones alostéricas que controlan la actividad de estas protefnas. Muchas de las protefnas reguladas de esta manera son enzimas que catalizan reacciones metabslicas otras trans- ducen senales o activan o inaetivan genes (como ejemplo, véase la Figura 9-27), Sin embargo, algunas proteinas bacterianas stn controladas de forma diferen te-mediante la unin covalente de un grupo fosfato a una cadena lateral de un aminoécido. Cada grupo fosfto tiene dos cargas negativa, por lo cual su unién a una proteina puede generar un cambio estructural, por ejemplo atrayendo en- tre sia dos grupos de aminoscides cargados positivamente (Figura 5-11). Ast ver, tn cambio de est tipo que ocurra en un lugar de la proteina puede alterar la conformacién de otra zona de la proteina -por ejemplo controlando alostéri- camente Ia actividad de un lugar de unién alejado. La fosforilacidn reversible de las proteinases a estrategia mas utilizada para controlar la actividad en las células eucariotas. Se cree que mas del 10% de las 10 000 proteinas de una eéhilatipica de mamifero se fosforilan, El fosfato se transfiere desde una molécula de ATP mediante una proteina quinasay es eimi- nado mediante una proteina fosferasa. Las eélulas eucariotas contienen una gran variedad de estas enzimas, muichas de las cuales jaegan un papel central en la sefializaci6n intracelular (como se discute en al Capitulo 15). 214 Capitulo 5: Funcién de las proteinas eucariota contiene muchas proteina quinasas -quinasas que fosforilan proteinas en las eélulas eucariotas pertene- familia de enzimas, les cuales contienen un dominio catalitico de (quinasa) similar (Figura 5-12). Los diversos miembros dela fa- diferentes secuencias de aminodcidos a ambos lados del don ‘ya menudo dentro del dominio tienen diferentes secuencias for- ‘veanse las eabezas rojas de flecha en la Figura 5-12), Algunas de 22s adicionales de aminoacids permiten que cada quinasa reco- ente el conjunto de proteinas que fosforila, Otras secuencias que cada quinasa esté regulada de forma diferente, de manera ‘ser activada o inhibida en respuesta a diferentes seftales especificas, 's mds adelante. io las diferencias en la secuencia de aminodcidos entre los ‘una familia proteica puede construirse un “érbol evolutivo", que al fa el patrén de duplicacién génica y de divergencia que ha dado lu- (véase Figura 6-76). En la Figura 5-13 se presenta un arbol evolu- 1a quinasas. No resulta sorprendente que a menudo las quit funciones relacionadas se localicen en ramas vecinas del érbol sodas las proteina quinasas que participan en procesos de sefializa- ‘esforilando cadenas laterales de tirosina se hallan agrupadas en la vizquierda del érbol. Las otras quinasas mostradas fosforilan ca- ‘de serina o de treonina, y muchas de ellas estan agrupadas, al pa- ‘Soura 5-12 Estructura tridimensional de un dominio proteina quinasa. “Estructura del dominio quinasa de Ia quinasa dependiente de AMP ciclco. “Seperpuestas al dibujo dela estructura, las cabezas de lec rojas indican “Segares en que se han encontrado insertos de entre Sy 100 aminodcidos en ‘etros miembros de la familia de protein quinasas. Estos insertos estan Jecalizacios en asas sobre la superficie de la enzima, donde otros ligands ‘Seteractian con Ia protein. Asi, los insertosdiferencian las dstintas quinasas . Asi, en cierto sentido los papeles de GAP y de GNRP son and: _proteina fosfatasa y de la proteina quinasa, respectivamente (Fi '¢s uno de los miembros de una familia de GTPasas reguladoras una de las cuales esta formada por un dominio de unién a Figura 5-18 Estructura dela proteina Ras, en su forma unidaa GTP. Fsta proteina relatvamente Dequetiaiustra la estructura de un. dominio de unién a GTP, que se halla, presente en otras proteinas que unen GTP (como ejemplo, vase Figura 5-20). Las reglones mostradas en rojo ‘cambian su conformaciéa cuando la ‘molécula de GTP es hidrolizada a GDP y fosfato inorginico porla proteins; et GDP queda unido a la proteina mientras que el fosfato Inorganica es liberado, Més adelante se explica el papel especial que juega la *helice interruptor” en las proteinas relacionadas con Ras (véase Figura 5-20, 219 =n aaa Bey & omy = = an oa ® gene ® a ae — — |) SEHALIZACION PORFOSFORILACION —_(B)_SENALIZACION POR PROTEINA QUE UNE GTP GTP de unos 200 aminodcidos. En el transcurso de la evolucién, este dominio también se ha unido a otros dominios proteicos, generando una gran familia de proteinas que unen GTP, entre las que se hallan las protefnas G triméricas aso- ciadas a receptores (discutidas en el Capitulo 15), protesnas reguladoras del tra- fico de vesiculas entre compartimientos intracelulares (discutidas en el Capftulo 13) y protefnas que se unen al RNA de transferencia y que son necesarfas para ‘que se produzca la sintesis proteica en los ribosomas (discutidas en el Capstulo 6). En cada caso, una importante actividad biolégica est controlada por un cambio en la conformacién de a protefna, producico por la hidrdlisis de GTP en un dominio semejante a Ras. La proteina EF-Tu proporciona un buen ejemplo de cémo actian los com- ponentes de esta familia de proteinas. EF-Tu es una molécula muy abundance en células bacterianas, donde actia como un factor de elongacién en la sintesis, proteica, cargando en el ribosoma cada molécula aminoacil-tRNA. La molécula de tRNA forma un fntimo complejo con la forma de EF-Tu unida a GIP. Bn este complejo el aminodcido unido al tRNA esté enmascarado; su desenmascara: miento, necesario para que se produzca la sintesis proteica, tiene lugar sobre el ribosoma cuando el tRNA es liberado tras la hidrdlisis del GTP unido a EF-Tu (la Figura 6-31 ihustta el funcionamiento de EF-Tu, preciso como un reloj) Laestructura tridimensional de EF-Tu, tanto en su forma unida a GTP como a GDP, se ha determinado por cristalograffa de rayos X. Estos estudios revelan cémo ocurre el desenmascaramiento del tRNA. La disociaeién del fosfato inor- sinico (P), procedente de la reaccién GTP GDP + P, genera una ligerisima de- formaci6n (de unas décimas de nanémetro) del lugar de unién a GTP, tal como ‘ocurte ena proteina Ras. Este ligero movimiento, equivalente dimicamente a al- ‘gunas veces el didmetzo de un atomo de hidrégeno, genera un cambio de con- Formacién que se propaga alo largo de wna pieza crucial de bétice Wanna fné- lice incerruptor, en. el dominio semejante a Ras de la protefna. Al parecer la hélice interruptor acttia como un pestillo que se une espeeificamente a una zona de otro dominio de la molécula, manteniendo la proteina en una conformacién “cerrada’. El cambio de conformacién desencadenado por la hidrétisis de GTP hhace que la hélice interruptor se desenganche, dejando que los dominios de la proteina, ahora separados, se desplacen una distancia de unos 4 nandmetros,It- berando asf la molécula de tRNA que estaba unida (Figura 5-20). Este ejemplo pone de manifesto de qué forma las células aprovechan cam- bios quimicos sencillos que ocurren sobre la superlicie de pequetios dominios 220 Capftulo 5: Funcin de las proteinas Figuras-19 Comparacién entre los dos principales mecanismos de sefializacin de las células cucariotas. En ambos casos una prateina de seal ‘es activada mediante la adieign de un 0 fosfato, v inactivada mediante le inaci6n de este fosfato, Para cenfatizar las similitudes de ambos pprocesos, ATP y GTP se han dibujado ‘como APPP y GPP, y ADP y GDP. ‘como APP y GPP respectivamente, Como se muestra en la Figura 5-17, le adicién de un fosfato a una proteina también puede inhibirla, jcos para modificar grandes proteinas con sofisticadas funciones. En la i6n de Ras a EF-Tu hemos entrado en un mundo que “huele" a biologta, as que hidrolizan ATP realizan trabajo mecdnico Jas células!* ‘cambios alostéricos de forma pueden utilizarse para regular reacciones qui- pero también para generar movimientos ordenados en las células. Su- 5, por ejemplo, que se necesita una protefna que “camine” alo largo de no hilo, como es el caso de una molécula de DNA. En la Figura 5-21 se esquemdticamente cémo una proteina alostérica puede hacerlo adop- tuna serie de cambios conformacionales. Sin embargo, si no hubiera nada -rigiera estas modificaciones para que siguieran una secuencia ordenada, pperfectamente reversibles y la proteina se desplazaria al azar, arriba y lo largo del filamento. ‘Posiemos considerar Ia situacién desde otro punto de vista. Como el movi- direccional de una proteina produce trabajo, las leyes de la termodind- dicen que un movimiento como éste ha de consumir energia libre de otra (de lo contrario la proteina podria utilizarse para construir una maquina fento continuo). Por lo tanto, sean cuales fueren las modificaciones, xduzcamos en el modelo mostrado en la Figura 5-21, como aftadirligan- que favorezcan determinadas conformaciones, sin un aporte de energia la proteica deambulard sin rumbo. 10 se puede conseguir que las modificaciones conformacionales sean ales? Para lograr que todo el ciclo se produzca en una direccién con que una cualquiera de sus etapas sea irreversible, Una manera de asin es wiizar el mecanismo que acabamos de describir para ditigit las atin “S ‘rth, vane | eracion -tostéricas en wna molécula proveica mediante la bideitisis de GTP. dewrisn ‘sect? ion dominio Figura 5-20 Elgran eambio conformacional de EP-Tu esta producido por a hidrélisis de GTP. (A) Estructura tridimensional de EF-Tu ‘cuando une GTP, El dominio superior {es homélogo ala proteina Ras ya lice a.en rojoesla“hélice Interruptor” que se desplaza cuando el GTP se ha hidrolizado, como se ‘muestra en la Figura 5-18. (B) EL ‘cambio de conformacién de Ia helice interruptoren el dominio 1 hace que los dominios 2 y3 giren, como una sola unidad, unos 90° hacia el ‘observador, iberando el RNA. (A, adaptado de Berehtold eta, Nature 365:126-132, 1993, © 1993, Macmillan Magazines Ltd; B, por cortesia de ‘Mathias Sprina y Rolf Hilgenteld,) debido a la gran cantidad de energia libre que se libera cuando se '€1GTP, resulta muy improbable que la protefna EF-Tu pueda afiadir tuna molécula de fosfato al GDP, invirtiendo asf la hidrélisis de in minninan 221 Figura 5-21 Una protefna alostérica “que anda”. A pesarde que sus tres cconformaciones diferentes le permiten desplazarse al azar adelante y atrés ‘mientras se mantiene unida a un famento, la proteina no puede moverse _uniformemente en uma sola direccién, GTP. Este mismo principio se aplica a la hidrdlisis del ATP, y la mayoria de las proteinas que son capaces de caminar en una direccién recorriendo largas dis- tancias la llamadas motores proteicos) lo hacen hidrolizando ATP. En el modelo altamente esquemitico de la Figura 5-22, a unién de ATP im- pula la transformacién del motor proteico de la conformacién | ala conforma cidn 2, Entonces, el ATP undo se hidroliza produciendo ADP y fosfato inorgéni- co ©}, to cual genera un cambio de Ta conformacién 2 a ta conformacion 3, Finalmente, lallberacién del ADP y del P, que estaban unidos a la proteina, im- pulsa ala protesna de nuevo a adoptar la conformacién 1. Las transiciones 1 ->2 ~ 3 1 estén impulsadas por la energia de hidrilisis del ATP, por lo que estas, series de cambios conformacionales serdn efectivamente irreversibles en condi- ciones fisiol6gicas (es decir, la probabilidad de que el ADP se recombine con P, formando ADP por la ruta | > 3 +2 1 es extremadamente baja). As{ pues, el Ciclo entero de reacciones se producira Gnicamente en una direccién, haciendo {que la molécula proteica se desplace siempre hacia la derecha en este ejemplo. ‘Muchos proteinas generan movimientos direccionales a través de este mecanis- mo, incluyendo las DIVA helicasas, enzimas que se impulsan a sf mismas alo lar- go del DNA a velocidades tan elevadas como 1000 nucledtidos por segundo. La estructura de la miosina revela de qué forma Jos miisculos generan fuerza"® En el Capitulo 16 discutimos de qué manera diversos movimientos celulares es- ‘an producidos por motores proteicos que se desplazan rapidamente a lo largo de filamentos proteicos, dirigidos por ciclos repetidos de hidrdlisis de ATP (véa- se Figura 5-22). Fl mejor conocido dle estos motores proteicos es la miosina, cu- ‘yos movimientos dirigidos a lo largo de filamentos de actina genera movimien- {os intracelulares y eontraceién muscular. Las estructuras tridimensionales de la miosina (y de la actina) se han determinado mediante anélisis de cristalogratia de rayos X, lo cual nos permite vislumbrar el mecanismo interno de un motor biol6gico. La estructura del dominio de la cabeza de la miosina (Figura 5-23) su- giere de qué forma la hidrélisis de ATP se puede acoplara la generacidn de fuer- 7a, Se cree que la uniGn y la hidrélisis del ATP generan una serie de cambios de conformacién ordenados que desplazan la punta de la cabeza unos 5 nandme- ‘ros, como se ihustra esqueméticamente en la Figura 5-24). Este movimiento, acoplado a la formacién y rotura de interacciones con la actina, repitiéndose en cada ciclo de hidrdlisis del ATP, propulsa la molécula de miosina unidireccional- mente a lo largo del filamento de actina (véase Figura 16-91). Asf en la miosina, como en la proteina EF-Tu discutida anteriormente, una pequefia perturbacién del lugar de unin del nucledtido, a través de transiciones alostéricas que au- mentan el efecto, genera movimientos proteicos ordenados mucho mas acusa- dos, que estan en la base de la biologia celular. Figura5-22. Una protefna alostériea “motor”. Una transicién ordenada entre tres conformaciones esta impulsada por la hidrélisis de una molécula de ATP unida sella, Debido a que tna de estas ransiciones esté acoplada ala hidr6lisis de ATP, el eclo es esencialmente irreversible. Al repetirse el ciclo la proteina se desplaza siempre en la misma direccién (hacia la derecha en la figura a fo largo del filament . 222 Capitulo: ‘uncidn de las proteinas Vt > 44 @ a Mt Soste p 4 Hionuisis . IBERACION 8 q t+ bs Lager de unin ola acting Lugar do union ‘elastin 2 uc as alostéricas unidas a membrana y dirigidas por ATP actuar como bombas idnicas o trabajar en sentido , sintetizando ATP 4s de generar fuerza mecénica, las proteinas alostéricas pueden utilizar la de la hidrolisis del ATP para realizar otras formas de trabajo, como el espectfico de iones al interior o al exterior de la célula. Un importante al respecto es la ATPasa Na‘-K’, que se encuentra en la membrana plas- de todas las eélulas animales, y que bombea 3 Na* hacia el exterior de la 'y2 K* hacia el interior en cada ciclo de cambios conformacionales dirgi- spor la hidrdlisis del ATP (véase Figura 11-11). En la mayoria de las eélulas “Semiba impulsada por ATP consume més del 30% del total de la energfa que Sere la célula. Bombeando continuamente Na’ hacia el exterior y K* hacia el ; mantiene la concentracién de Na’ mucho menor en el interior dela cé ‘que en el exterior y la de K* mucho mayor en el interior que en el exterior, io asf dos gradiente iénicos (en direcciones opuestas) a través de la a plasmética. Estos y otros gradientes iGnicos a través de diferentes as de la célula pueden almacenar energfa, tal como lo hace una dife- Sade nivel de agua a cada lado de las paredes de una presa. La energia se para dirigir cambios conformacioneles en una gran variedad de protefnas asociadas a membrana, que realizan trabajo itil. El gran gradiente de -stravés de la membrana plasmatica, por ejemplo, dirige muchas otras bom- Jproteicas unidas a dicha membrana, que transportan glucosa o determina- -sminodcidos hacia el interior dela célula; tanto la glucosa como los aminod- ‘on arrastrados hacia ¢l interior mediante el influjo simulténeo de Na’ que ‘cuando el Nar se desplaza a favor de su gradiente de concentracién, | anid ehidratiie ys _aoaTe como méquinas Figura 5-23 Estructura della cabeza dela miosina. En este diagrama estereosedpico del dominio cabera de J miosina, se produce hidrélisis de ATP en el lugar activo, ELC indica la ‘cadena ligera esencial (de Essential Light Chain) mientras que RLC indica Incadena ligera reguladora (de Regulatory Light Chain}; ambas ccontribuyen alo largo de la cadena pesada de la miosina, al dominio cabeza. (De I. Rayment etal, Science 261:50-58, 1993, © 1993 the AAAS.) Figura 5-24 Visién conceptual de un ‘gran cambio de conformacién en la ‘iosina, probablemente causado por Iaunién ehidrdlisis de ATP. Este ‘modelo esté basado en la estructura mostrada en la Figura 5-23. En el siguiente paso en el proceso de hidr6lisis, a molécula de fosfato 223 Las bombas alostéricas asociadas a membrana ditigidas por la hidrdlisis de ATP también pueden actuar en sentido inverso, utilizando la energia del gra- diente iénico para sintetizar ATP. De hecho, la energfa asequible en el gradiente de H’ a través de la membrana mitocondrial interna se utiliza de esta forma por el complejo proteico alostérico unido a membrana, ATP sintasa, el cual sintetiza, Ia mayor parte del ATP que necesita la célula animal, tal como discutiremos en el Capitulo 14. Las transiciones alostéricas acopladas energéticamente permiten a las protefnas actuar como motores, como relojes, como factores de ensamblaje o como transductores de informacién'* Muchas proteinas sufren cambios conformacionales ordenadas acoplados a la Iiberacion de energia que se produce cuando un nucledsido trifosfato (tanto ATP. como GTP) se hidroliza a nucledsido difosfato (ADP 0 GDP respectivamente). Al- gunos de estos cambios comprenden la unién covalente del grupo fosfato a la proteina (fosforilacidn proteica), pero muchos otros no, como la miosina, Gene- ralmente cada cambio se desencadena por un evento espeeffico (la unién de la miosina a la actina, por ejemplo, desencadena la hidrélisis de ATP por la miosi- na), lo cual marca una direccién y ordena las interacciones de las macromolécu- tas en ta eétuta. La capacidad de utilizar la energfa de un nucledsido trifosfato para ditigir cambios alostéricos en proteinas ha resultado crucial para a evoluci6n de las eel Jas, exactamente de la misma forma en que la capacidad de utilizar la energia elée- trica ha resultado crucial para el desarrollo de la tecnologia moderna. En ambos casos se han abierto enormes posibilidades para desarrollar aparatos wtiles. Por ejemplo, proteinas como Cdk aetdan como interruptores integradores sofisticados (véase Figura 5-15), recibiendo la informacién del entorno de la estula y del estado del ciclo celular y wilizaindola para coordinar el comportamiento de la célula, Mo- tores proteicos, como la miosina, se desplazan unidireccionalmente a lo largo de filamentos generando varios tipos de movimientos y generando orden en el inte rior de la célula, Proteinas como EF-Tu actiian como instrumentos medidores de tiempo, mejorando la fidelidad de importantes reacciones biolégicas (véase 6-31). Otras protefnas utilizan la energia liberada por la hidrdlisis de un nucledsido trifosfato para catalizar el ensamblaje de determinados complejos proteicos. En la Figura 5-25 se recoge un resumen de estas diferentes posibilidades, Pigura5-25 Algunos dispositives abrieados con protesnas. En estos ejemplos la energia de hidrdlisis de nucleoside tiostato se utiliza para dlitigit cambios de conformacidn en proteinas alostericas. (A) Un transduetor de informacidn, como uns protesna quinasa, (B) Un motor, como Ja miosina (C) Un reloj, como EF-Tu ‘que retrasael ensamblaje de un complejo activ para asegurar que los ‘complejos incorreetos se disocien (Unea discontinua).(D) Un factor de ensamblaje que genera grandes cestructuras. «a e oe >(anm " 224 Capitulo 5: Funcién de las protefnas PiguraS-26 Una “méquina proteica”. A menudo, los complejas proteicos contienen una o ms subunidades que pueden moverse de una forma ‘ordenada, drigidas por un cambio energético favorable que tiene lugar en ‘una molécula de substrato unida al complejo (véase Figura 5-22), Movimientos proteicos de este tipo son especialmente stiles para la céhala si curren en un gran complejo proteico en el que, como se ilustra agut, se pueden coordinar las actividades de varias subunidades, { menudo las protefnas forman grandes complejos jue actian como maquinas proteicas"* n el progreso desde las pequefias protefnas hasta las grandes protefnas forma- las por muchos dominios, las funciones que puede realizar una protefna son ada vez mas elaboradas. Sin embargo, las tareas mas imprevisibles las llevan a abo grandes agregadas proteicos formados por muchas subunidades indivi Juales. Actualmente es posible reconstruir la mayorfa de los procesos biol6gicos nun sistema libre de células en el tubo de ensayo, y como puede observarse ada proceso central de una célula -como la replicacién del DNA, del RNA o la ntesis de protefnas, la formacién de vesfculas 0 la sefializacién transmembra- )a-estd catalizado por un complejo de més de 10 proteinas. En estas méquinas protelcas la hidrélisis de moléculas de nucledsidos trifosfato (ATP o GTP) unidas + la propia méquina dirige cambios de conformacién ordenados en las proteinas ndividuales, permitiendo que todas las proteinas del complejo se muevan de Jorma coordinada. De esta forma, por ejemplo, las enzimas apropiadas se des: plazan directamente hacia posiciones donde son necesarias para producir ree ‘ones en serie, en lugar de esperar a que se produzcan colisiones aleatorias de sada uno de los componentes necesarios. En la Figura 5-26 se ilustra una analo- ia mecénica sencilla Las células han desarrollado méquinas proteicas por la misma razén que los humanos hemos inventado méquinas mecanicas y electrénicas: las manipula- Fiones que estén espacial y temporalmente coordinadas a través de procesos de tunién son mucho més eficientes desarrollando casi cualquier tarea que la ut zacidn secuencial de cada uno de los acontecimientos individuales. Resumen Las protetnas alostéricas cambian reversiblemente de conformacién cuando deter- minados ligandos se unen a su superficie. A menudo los cambios producidos por un ligando afectan a otro ligando, y este tipo de relacién entre dos lugares dle unién de Higandos proporciona un mecanismo crucial de regular procesos celulares. Por ejemplo, los procesos metabélicos estdn controlados por retroalimentactén: algu- nas moléculas pequefias inhiben y otras activan a enzimas iniclales del proceso. Generalmente las enzimas reguladas de esta manera forman ensamblajes simétri- 0s, permitiendo que se produzcan cambios conformacionales cooperativos que ge- mneran respuestas escalonadas.a los ligandos. proteinas como méquinas ‘Las cambios de conformacién de las yrotetnas yueden estar divigidos de una manera unidireccional por la utilizacién de energia quinica. Por ejemplo, aco- plano cambios alostéricas a a hidrélisis de ATP las provetnas pueden desarrollar trabajo til, como generar una fuerza mecénica 0 bombear tones a través de una ‘membrana. Las estructuras tridimensionales de varias protetnas, determinadas por ristalografia de rayos X, han revelado de qué forma un pequeno cambio local ‘generado por la hidrélisis de un nucledsido trifesfato se amplifica dando lugar ‘cambios mayores en otros hugares de la protetna; de esta forma estas protefnas son capaces de actuar como transductores de informacién, motores, rlojes 0 factores de ensamblaje. Se forman *maquinas protetcas" altamente eicientes mediante la incorporacién de muchas subunidades protetcas diferentes a un gran agregado, en ‘el cual los movimientos alostéricas de cada componente individual estén coordina- dos para realizar la mayorta sino todas, as eacciones bloldgicas. Nacimiento, ensamblaje y muerte de las protefnas Hemos deserito algunos de los extraordinarios instrumentos celulares formados. por protefnas, Ahora consideraremos de qué manera se forman y se destruyen, estos instrumentos. Fl mecanismo de la sintesis proteica se discute en otra par- te, Ahora empezaremos considerando eémo se pliega y cémo se ensambla una proteina a medida que va abandonando ef ribosoma en forma de cadena poli- peptidica, Se cree que las protefnas se pliegan a través de un intermediario globular fundido”” Muchas protesnas purificadas se pliegan in vitro de forma adecuada después de haber sido despleyadas, por lo que durante muchos aos se pens6 que las protei- DOR Roo oN «Ws lobule Se Blopede ‘tiie por Eorestamenta chaperons 226 Capftulo 5: Funeién de las protefnas FiguraS-27 Visién actual del plegamlento proteieo. Una proteins ‘acahada de sintetizarripidamente adquiere un estado de “gidbulo fundido” (véase Figura 5-28). Después, més lentamente, se producen plegamientos a tavés de ‘motples etapas, algunas de las cuales producirfan Ia muerte dela protefna sinla ayuda de chaperonas ‘moleculates. Algunas moléeulas pueden no conseguir plegarse ccorrectamentey ser reconocidas y ddogradadas por enzimas proteoliticas (ease Figura 5-39). i) 8 ‘adoptar todas las conformaciones posibles mientras se van plegan- ‘que consiguen adoptar la conformacién de menor energfa posible, Ia mne que es el estado correcto de In protefna. Ahora sabemos que esto ‘= pesar dle las altas velocidades que adquieren los movimientos mole- ‘una protefna (véase pég. 101), para cualquier protefna grande existen més conformaciones posibles de las que se pueden explorar duran- segundos que tarda la proteina en plegarse. Ademds, la existencia miutantes que tienen defectos especificos de plegamiento indica Ja evolucién se ha ido seleccionando una secuencia de aminosci- jada, no sélo en funcién de las propiedades de la estructura final por la capacidad de plegarse répidamente adoptando su confor- id de algunas protefnas purificadas y desnaturalizadas de recu. aras nativas por s{mismas ha hecho posible disecar experimen. ‘procesos del plegamiento de las proteinas. Las protefnas se pliegan Semmando estructuras en las que se ha formado la mayor parte Sec) ela estructura secundaria final (hélices @ y léminas B) y en las ss se disponen de una forma extraordinariamente semejante a Fiera 5-27). Fsta conformacién extraordinariamente abierta y flexi- lobulo fundido (molten globule) (Figura 5-28) es el punto de ‘proceso relativamente lento en el que se producen muckos ajustes Jterales intentando formar correctamente la estructura terciaria, ‘seeriores hacia la conformacién final se han de producir diferen- de ellos pueden conducir a plegamientos incorrectos a no {sea ls colaboracién de una chaperona molecular, proteinas espe- ccuya funcién consiste en ayudar a otras proteinas a plegarse sestructuras estables y activas (Figura 5-27), moleculares facilitan elas proteinas"® ‘Seteculares se identificaron por primera vez en las bacterias, mutantes de E, coli que eran incapaces de utilizar bacte- seplicarse. Estos mutantes producen versiones ligeramen- ‘Semponentes de la maquinaria de chaparones, relacionada ‘=stzes por calor 60 y 70 (hsp60 y hsp70, de Heat-Shock Pro- defectuosas en determinadas etapas del ensamblaje sy muerte de las proteinas Figura5-28 Estructura de un ‘gldbulo fundido. (8) La forma de slobulo fundidlo de! less ablertay menos ordenada tocromo b562 que a proteina nativa, mostrada en. (8). Notese que el globulo fundido contiene la mayor parte dela estructura secundaria de la forma nativa, aunque los finales de las helices « estan deshilachados y una de estas helices solo esta formada parcialmente. (Por cortesfa de Joshua Wand) 227 maquina 0 Sn tbowome proteins plagedeeorectamante Las células eucariotas tienen familias de proteinas hsp60 y hsp70, de forma que diferentes miembros de las familias acttian en compartimientos celulares distintos. Asf, como discutimos en el Capftulo 12, las mitocondrias contienen sus propias moléculas hsp60 y hsp76, diferentes de las que acttian en el citosol, y en el reticulo endoplasmatico existe una hsp especial (llamada BIP) que colabora en el plegamiento de las proteinas. ‘Tanto ls protefnas hsp60 como las hsp70 acttlan con un reducido niimero de proteinas asociadas, cuando colaboran en el plegamiento de otras protefnas. Pre- sentan afinidad por las zonas hidrofobicas asequibles que muestran las proteinas plegadas de forma incompleta e hidrolizan ATP, posiblemente uniéndose y liberdn- dose de su proteina en cada ciclo de hidrétisis del ATP. Originalmente se pens6 que Jas chaperonas moleculares s6lo actuaban impidiendo la agregacién promiscua de Jas protefnas todavia no plegadas (de ah su nombre; chaperon significa “dama de comparifa de seftoritas”). Sin embargo ahora se cree que también interacttian mas ‘ntimamente con sus “clientes” produciendo efectos que podrian asemejarse a un “masaje proteico”. Las chaperonas se unen a las regiones hidrofbicas expuestas, ¥ dan un masaje a las regiones de la proteina que estén medio plegacdas a partir del intermediario globular fundido, cambiando si estructura de tal manera que pro- porciona ala proteina otra posibilidad de plegarse (véase Figura 5-27). En otros aspectos los dos tipos de proteinas hsp actian de forma diferente. Se cree que la mnaquinaria hsp70 acta precozmente en la vida de una proteina, unién- dose a cadenas de unos siete aminodcidos hidrofébicos antes de que la proteina se libere del ribosoma (Figura 5-29). Por el contrario, as proteinas semejantes a hsp60 forman una estructura parecida a un gran barril (Figura 5-30) que acta mas tarde en la vida de la proteina; se cree que esta chaperona forma una “cémara de aisla- miento” dentro de la cual se colocan las proteinas a medio plegar, y se les facita un entomo favorable donde puedan intentar volverse a plegar (véase Figura 5-29). Estas chaperonas moleculares se denominan proteinas de estrés por calor debido a que su sintesis se incrementa notablemente tras una breve exposicién 228 Capitulo 5 : Funcién de las protefnas Figura 5-29 Dos familias de ‘chaperonas moleculares. Las protefnas hsp70 actian de forma ‘emprana, reconociendo pequenas zonas de la superficie de las protes Las protefnas semejantes a hsp60 ‘actian mas tarde y forman una especie de contenedor dentea del se transfieren las protefnas que to no se han plegado completamente ambos casos, ciclos repetidos de bidr6lisis de ATP contribuyen a que: protefnas hsp sigan ciclos de unién = liberacién de la proteina cliente, litando su plegamiento. Pigura5-80 Estructura de una ‘chaperona semejantea hsp60, ‘determinada por microscopia lectrSnica. En (A) se muestra un gras nndimero de particulas contrastadas negativamente y en (B) un modelo tridimensional de una de estas, particulas, obtenido por métodos de procesamienta de Imagenes basados ‘en ordenador. Tanto en procariotas estructuras similares, parecidas a un gran barrl A este tipo de proteina sele {denomina hsp60 en las mitocondrias. {groELen bacterias y TCP-1 en el citosol de las eélulas de vertebrados. (Ade B.M. Phipps etal, EMBO 10:1711-1722, 1991; B, de BM. Phipps etal, Nature 361:475-477, 1993. (© Macmillan Magazines Ld) elevadas temperaturas (por ejemplo, 42°C). Ello parece reflejar de retroalimentacién que responde a un inctemento de la canti- ss medio desplegadas (como las producidas por las elevacas tem- ‘== forma que se incrementa la sintesis de chaperonas que ayudan a ‘volverse a plegar. as contienen series de moléculas plegadas pendiente”® + plezamiento de una proteina acabada de sintetizar empieza con la sen determinado ntimero de dominios estructurales estables, que se ‘con unidades funcionales, y que parecen tener origenes evolutivos, En otros apartados del libro discutimos los procesos por los que se “Ssoluicionado las proteinas, poniendo de relieve de qué manera se proteinas mediante el barajado de exones que codificaban domi- de proteinas tities (véanse pags. 413-424). La evolucién ha nos de estos dominios en forma de unidades plegadas que retie- Inehuso cuando son separadas de Ia protefna -bien sea por bien, de manera mas eficiente, por téenicas de ingenieria ios proteicos de este tipo, que muy a menudo participan en sivo de exones, se denominan médulos; ahora que conocemos Se DNA de centenares de genes, se ha puesto de manifiesto la im- smédulos. proteicos tienen tipicamente entre 40 y 100 aminodcidos de ‘Sequefio tamafo y su capacidad de plegarse independientemente ddeterminar la estructura tridimensional de muchos de ellos en re téenicas de NMR de elevada resolucién, la cual es una alter- ote a la cristalograffa de rayos X. En la Figura 5-31 se ilustran al- iC oO c AEE complement medulo de toronectina econel ‘ipo ata de médle de fbronetina modilo sectunoalabulina ‘depo 3. trinale nbblaje y muerte de las proteinas quraS-S1 Estructuras idimensionales de algunos médulos protelcos. En estos diagramas, las zonas de lémina se presentan como ‘Mechasy los extremas N y C estén ‘marcados como bolas rojas. (Adaptado dde M. Baron, D.G, Norman ¢ LD. (Campbel, Trends Biocher. Sc. 16:13 17,1991 yDJ Leahy etal, Science 258:987-991, 1992. © de AAAS) guns médulos tipicos. Cada uno de ellos tiene un micleo con una estructura es- table formado por cadenas 0 por ldmminas p, del que salen asas de cadenas poli- peptidicas menos ordenadas (mostradas en verde). Idealmente las asas estin si- tuadas formando lugares de unidn para otras moléculas, como se ha demostrado para el plegado de las inmunoglobulinas que fue reconocido primero en las mo- Iéculas de anticuerpo (véase Figura 23-35). Es posible que el éxito evolutivo de los !médulos basados en ldminas B se deba al hecho de que constituyeron unidad adecuadas para la generacién de nuevos lugares de unién para ligands, a tra de variaciones en estas asas que sobresalen del nticleo del médulo. Los médulos confieren versatilidad y a menudo median Jas interacciones proteina-proteina®*.” ‘Una segunda caracteristica de los médulos proteicos que explica su utiidad es la facilidad con la que pueden ser integrados en otras proteinas. Cinco de los seis ‘médulos que se ilustran en la Figura 5-31 tienen sus extremos C y N (seftalados con bolas rojas) en extremos opuestos del médulo. Estas disposiciones “en Ii- nea” signiffean que cuando un DNA que codifica un médulo de este tipo se du- plica en tandem, 1o cual es habitual en la evolucion de los genes (como se discu- {een el Capftulo 8), los médulos duplicados se pueden acomodar fécilmente en Ja proteina, De esta forma estos médulos pueden unirse en serie tanto consigo mismos (Figura 5-32) como con otros médulos en linea, formando largas estruic- ‘turas. Habitualmente se encuentran estructuras rigidas y largas compuestas por series de médulos, tanto en moléculas de la matriz extracelular como en regio- nes de proteinas receptoras situadas en la superficie celular. Otros médulos, como el *kringle” que se muestra en la Figura 5-31, son de tipo “enchufe”. Tras redistribuciones genémicas pueden ser fécilmente acomo- ddados en forma de inserto en una regién de un asa de otra proteina. Algunos de estos médulos acttian como lugares cle unién especificos de otras proteinas 0 de otras estructuras celulares. Un ejemplo importante al respecto es el dominio 'SH2, que puede tnirse fuertemente a una regién de una cadena polipeptidica {que contenga cadenas laterales fosforiladas de tirosina. Como cada dominio ‘SH2 también reconoce otras caracteristicas del polipéptido, sélo se une al sub- ‘grupo de proteins que contienen tirosinas fosforiladas. La presencia de domi- nios SH2 en una proteina le permite formar complejos con proteinas que se fos- forilen en tirosinas en respuesta a procesos de sefializacién celular (Figura 5-33) dominio SH ay er \ler| eracy Lung proieina quinaso las proteinas Ay 8 fost ls prtena A ‘se ensamtian 230 Capitulo 5: Funcién de las protefnas Figura: 92 Larga estructura formada a partir de series de m en linea. Aqui se muestran cinco :médulos de flbronectina de tipo 3 formando una disposicién repetit scrueturas similares se encuentran varias moléculas de matriz, extracehular. Se cree que interacci ‘entre cadenas laterales de los ex de los médulos proporcionan lasestructuras de este tipo. Higura5-3% Los dominios SH2 ‘median las reacciones de ensamblaje de las protetnas que dependen de fosforilaciones, En la Figura 15-49 se iustrala estructura de un dominio SSH, que tiene la forma de un médulo tipo “enchute" as = PA 2D & sat series mnetiie2 I" \ hice + ion 2 1) [BUPERFICIE-CUERDA (8) HELICE-HELICE (©) SUPERFICIE-SUPERFICIE iplejos proteicos que se forman y se deshacen como resultado de cam- fosforilacidn de la proteina juegan un papel central en la transduccién, extracelulares en sefiales intracelulares, como se describe en el Capi- \s pueden unirse unas a otras a través ites tipos de interfases pueden unirse entre sf al menos de tres maneras: en muchos casos de la superficie de una proteina contacta con un asa extendida de ppolipeptidica (una “cuerda”) de otra proteina (Figura 5-34A). Las i de este tipo permiten, por ejemplo, que el dominio SH2 reconozca iada de otra proteina, y también permiten a una proteina quinasa as proteinas que fosforilara (véase Figura 5-168). tipo de interacciones entre la superficie de dos proteinas consis- jiento de dos hélices a, una de cada proteina, formando una h (Figura 5-34B). Este tipo de interacciones entre proteinas se halla familias de protefnas reguladoras de genes, como se discute en el Ca- el sistema mas comuin de interaccidn entre dos proteinas con- -acoplamiento preciso entre dos superficies rigidas, una de cada pro- 5-34(). Las interacciones de este tipo pueden ser muy fuertes, ya formar un elevado ntimero de enlaces si las superficies se acoplan ‘misma raz6n, estas interacciones superficie-superficie pueden ser iente especificas, permitiendo que una proteina seleccione a determinada de entre los muchos miles de proteinas que presenta jota superior. yla proteolisis selectiva aseguran los ensamblajes ‘onada forman grandes agregados con otras protefnas. Ello requiere se una selectivamente a otras protefnas simulténeamente, sesulta crucial que cada complejo proteico se forme de modo efi- Figura5-34 ‘Tres astemas a través de los quese pueden unir entre sf dos proteinas. Slo se muestran las zonas {que interactian de las ds protesnas, (A) Una superficie rgida de una proteina puede unirse a una larga asa de cadena polipeptidica (una “euerda") de otra proteina. (B) Dos helices « pueden uniese entre si ormando una hélice superenrollada, (© Amenudo dos superfciesrfgidas ‘complementarias unen entre si dos proteinas FiguraS-35 Laconexién facttita un censamblaje de tipo todo o nada de los ‘complejos proteicos. Como se indica, cada una de las dos proteinasX eY inducen un cambio alostérico en una tercera proteina (mostrada en azul), ‘que permite la unién de a otra protefna, Como resultado de ello, solamente el complejo formado por las tues proteinases suficientemente fuerte para existir en lacélula, lo cual resulta efeetivo en el ensamblaje del Lupo todo o nada. 231 ciente, y que otros complejos parciales, cuya formacién interferiria con la fun- cién del complejo final, se formen en cantidades minimas. Por ello, debe haber ‘mecanismos que aseguren que los ensamblajes se produzcan por sistemas «let todo o nada. Un mecanismo importante radica en el fendmeno de la conexién (linkage), que hemos descrito antes. Gracias a la conexion, si un ligando cambia la confor- macién de una proteina alostérica de forma que la proteina se una a otro ligan- do de forma mis eficiente, el segundo ligando puede, a su vez, incrementar la afinidad de la protefna por el primer ligando (véase Figura 5-5). Este mismo principio se aplica a las interacciones protefna-proteina, Cuando dos proteinas se unen entre sf, a menudo una de ellas incrementa su afinidad por una tercera proteina, Debido a esta conexién el complejo de las tres protefnas ser4 mas esta: ble que el complejo de una sola proteina. Un mecanismo de este tipo puede pro- ducir un ensamblaje det tipo todo o nada (Figura 3-35). ‘Aunque se produzcan mecanismos de ensamblaje del tipo todo o nada que di rijan la conformacién de complejos proteicos completos, a no ser que la célula pre- sente las cantidades exactas de las proporciones adecuadas de cada proteina del complejo, sobraran proteinas no ensambladas. De hecho, la células no siempre producen sus componentes en las cantidades precisas; sin embargo, las células son capaces de degradar selectivamente cualquier complejo proteico mal ensam- lado (Figura 5-36). Asf pues, las células necesitan disponer de un sofisticado siste- ‘ma para identificar las proteinas ensambladas de forma anormal y para destruitlas. Efectivamente, las células eucariotas contienen un elaborado conjunto de prote- 1nas que permite dirigir especificamente los ensamblajes incompletos de este tipo hhacia la maquinaria de degradacién proteica, como discutiremos a continuacién. La proteolisis dependiente de ubiquitina es la responsable principal del recambio proteico selectivo en los eucariotas* Una de las funciones de los mecanismos intracelulares de proteolisis es, como acabamos de decir, reconocer y eliminar las proteinas no ensambladas. Otra de las funciones consiste en desechar las proteinas danadas 0 mal plegadas (véase Figura 5-27). Otra es conferir una corta vida media a ciertas protefnas normales cuya concentracidn ha de cambiar répidamente en respuesta a alteraciones del estado de la célula; muchas de estas proteinas de corta vida son degradadas ré- pidamente de forma habitual, mientras que otras, especialmente las ciclinas, son estables hasta que son degradaclas repentinamente en un determinado mo- mento del ciclo celular. Aqui discutiremos fundamentalmente cémo se degra~ dan las proteinas en el citosol, pero también se producen procesos importantes de degradacién en el reticulo endoplasmatico (ER) y, como se discute en el Capi- tulo 13, en los lisosomas. La mayorfa de las proteinas que son degradadas en el citosol son liberadas a grandes complejos proteicas denominados proteosomas, de los que hay mu- ‘sto uv, §& om, 9°" Re __ as, Cd Poem Bs _yscoptbi do ‘Soprndseon 232. Capftulo 5 : Funcidn de las proteinas Figura 5-86 La proteolisis de los componentes sobrantes de un complejo protelco impide que se acumulen en laeshula. La degra ‘mostrada aqui requiere que una proteina no ensamblada sea reconocidla por enzimas que le agreguen ubiquitina, de forma ‘eovalente, como se discute en el 000m

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