Metabolismo

Reacciones
Anablicas sntesis, consumen energa.
Catablicas degradacin, liberan energa.

Totalidad de
las reacciones
qumicas que
ocurren en los
organismos
Trayectos
metablicos

Rxns qumicas
n

Factores que determinan el destino de

una reaccin:
n

Direccin
n
n

Concentracin
Energa

Velocidad (rate)
n

Enzimas

aA + bB
Reactantes

cC + dD
Productos

ATP4- + H2O ADP2- + Pi2

Keq = [ADP][Pi]

Keq = [C][D]

[ATP]

[A][B]

= 1.65 x 106M

Termodinmica
-Bioenergtica
n

Estudio de la energa y sus

transformaciones.

Energa
n

Capacidad para producir un cambio o

para realizar trabajo:
n

movimiento de la materia en contra de

fuerzas opuestas (trabajo)
n

CINETICA

producir rearreglos en la materia

n

POTENCIAL

Difusin

No requiere
inversin energa.

Primera ley de termodinmica

Principio de conservacin de energa
n
n

Transporte
activo

Requiere inversin
energa.

Flujo de
energa

La energa se conserva.
La energa puede ser
transferida o
transformada pero no
se crea ni se destruye.
n la cantidad TOTAL
de energa en el
Universo es
constante.

ORGANISMOS = sistemas
abiertos
Heat

(b) Second law of thermodynamics

Cada transferencia o
transformacin de energa de una
forma a otra aumenta el
desorden, aumenta la entropa
del universo.

Ejemplos

Entropa
n

CO2
H 2O

Chemical
energy

(a) First law of

thermodynamics

Segunda ley de termodinmica

Medida del grado de desorden.

Increase
in entropy
Highly
ordered

More disordered

No es dificil predecir la direccion en

que ocurren estos eventos.

Las leyes de termodinmica nos

ayudan a predecir:
n
n

Qu eventos pueden ocurrir en la

naturaleza y cules no?
Qu eventos ocurren
espontneamente?

Los sistemas espontneamente

van de un estado de orden a un
estado en desorden / entropa.
n
n

Organismos vivos - Orden

Sin inversin de energa

El estado entropa presenta al
sistema MAYOR estabilidad.

Cuanta energa hay disponible para

mantener el orden? Para realizar
trabajo ?
energa total = energa utilizable + energa
no utilizable
energa utilizable =
energa total - energa no utilizable

Inversin constante de energa mantiene el

http://cbs.fas.harvard.edu/science/connectom
orden en el sistema.
e-project/brainbow

Energa libre (G)

n

Energa del sistema que puede utilizarse

para realizar trabajo cuando la
temperatura y la presin son uniformes.

DG = G estado final G estado inicial

G = H TS
energa utilizable = energa total energa no utilizable

G energa libre
H entalpia/energa total del sistema
T- temperatura
S- entropa

DG = G

estado final

estado inicial

DG < 0

Espontneo

Exergnicas

DG > 0

NO
Espontneo

Endergnicas Entropia Inestable

DG = 0

Equilibrio

-Entropia Estable

More free energy (higher G)

Less stable
Greater work capacity
In a spontaneous change
The free energy of the
system decreases
(G < 0)
The system becomes
more stable
The released free
energy can be
harnessed to do
work
Less free energy (lower G)
More stable
Less work capacity
(a) Gravitational motion

(b) Diffusion

(c) Chemical reaction

(a) Exergonic reaction: energy released,

spontaneous

Equilibrio y desequilibrio

Free energy

Reactants

Energy

Amount of
energy
released
(G < 0)
Products

G < 0

G = 0

Progress of the reaction

(b) Endergonic reaction: energy required,
nonspontaneous

Free energy

Products

Reactants

Amount of
energy
required
(G > 0)

Energy

Progress of the reaction

Adenine

(a) An open hydroelectric system

Reaction 1
Starting
molecule

G < 0

Reaction 2

Reaction 3

D
Product

Triphosphate group
(3 phosphate groups)

Ribose

(a) The structure of ATP

G < 0

Hidrlisis de ATP
G = -7.3 kcal/mol

G < 0
G < 0

Adenosine triphosphate (ATP)

H2O

Energy

(b) A multistep open hydroelectric system

Inorganic
phosphate

Adenosine diphosphate
(ADP)

(b) The hydrolysis of ATP

ATP + H2O ADP + Pi

Ambiente celular G = -7.3 kcal/mol
Reaccin exergnica
Para qu puedo usar la energa
liberada?

La reaccin de hidrlisis de ATP se

puede acomplar a reacciones cuyo DG sea
igual o menor que 7.3 kcal/mol.

Transporte
activo

C D
Reaccin exergnica
DG < 0
X Y
Reaccin endergnica
DG >0

Acoplamiento de reacciones - transferencia de

energa de reacciones exergnicas (catablicas) a
reacciones endergnicas (anablicas).

Glucose + phosphate2- glucose-phosphate2- + H2O

G = +3.3 Kcal/mole
ATP4- + H2O ADP2- + Pi2-

G = -7.3 Kcal/mole

Coupled reaction:

Glucose + ATP4- glucose-phosphate2- + ADP2G = -4.0 Kcal/mole

NH3

NH2

Glu

Glu

Glutamic acid Ammonia

Glutamine

(a) Glutamic acid conversion to glutamine

ATP

ADP

NH3

1
Glu

ATP

Glu

Glutamic acid

Solute

Transport protein
GGlu = +3.4 kcal/mol

ADP

Pi

P
2

NH2
Glu

Phosphorylated
intermediate

ADP

Solute transported

Pi

Glutamin
e

Pi

(a) Transport work: ATP phosphorylates transport proteins.

Vesicle

(b) Conversion reaction coupled with ATP hydrolysis

Cytoskeletal track

GGlu = +3.4 kcal/mol

NH3
Glu

GGlu = +3.4 kcal/mol

+ GATP = 7.3 kcal/mol
Net G = 3.9 kcal/mol

NH2

ATP

Glu

ADP

Pi

GATP = 7.3 kcal/mol

(c) Free-energy change for coupled reaction

Ciclo ATP

ATP

ADP

Motor protein

Protein and vesicle moved

Pi

(b) Mechanical work: ATP binds noncovalently to motor

proteins and then is hydrolyzed.

% Eficiencia
ATP

Energy from
catabolism
(exergonic, energyreleasing processes)

ATP

ADP

H2O

Pi

Energy for cellular

work (endergonic
energy-consuming
processes)

10

Espontneo = Rpidamente ?

Energa de activacin

Free energy

Transition state

EA

Reactants
A

B
G < O

Products
Progress of the reaction

11

Reacciones
Exergnicas vs. Engergnicas

Enzimas
Catalizadores - Aumenta la
velocidad de la reaccin
Mayora son protenas.
Se han descrito ribozimas,
RNA con funcin de enzimas.

Glucose + phosphate2- glucose-phosphate2- + H2O

G = +3.3 Kcal/mole
ATP4- + H2O ADP2- + Pi2-

glucose + ATP4- glucose-6-phosphate2- + ADP3- + H+

G = -4 (kJ/mol)
Glucose

ATP

G = -7.3 Kcal/mole

Coupled reaction:

Activation energy (EA)

without enzyme

Free energy (G)

Glucose + ATP4- glucose-phosphate2- + ADP2G = -4.0 Kcal/mole

Reactants

Change
in free
energy
(DG)
Products

Progress of an exergonic reaction

12

Substrates
Glucose

ATP

Active site

E + S

ES

E + S

VOCABULARIO
n
n
n
n
n
n

E + S

ES

E +P

Sitio activo
Afinidad
Sustratos
Productos
Acoplamiento inducido
Estado de transicin
Catlisis

13

ATP
Glucose
Enzyme

Substrates
ATP

Regeneracin de la enzima
Glucose
Active site

ADP

Glucosephosphate

Enzyme-substrate complex

Transition state

http://web.chem.ucsb.edu/~molvisual/ABLE/induced_fit/
http://www.wiley.com/college/boyer/0470003790/structure/hexoki
nase/hexokinase.htm

La enzima acelera la velocidad de la

reaccin disminuyendo la energa de
activacin.
-reducen la barrera energtica
entre el sustrato y el estado de
transicin

Free energy (G)

Activation energy (EA)

without enzyme
Activation energy (EA)
with enzyme
Reactants

Change
in free
energy
(DG)
Products

Progress of an exergonic reaction

Prueba corta
en parejas.
Intro metabolismo
26 de febrero

EA

14

1. Si una reaccin tiene un DG < 0, entonces la

reaccin:
i. disminuye la entropa
ii. es endergnica
iii. es espontanea
iv. es exergnica

3. Cul podra ser el DG de un proceso

Endergnico que se acopla a la hidrlisis de
dos molculas de ATP (DG = -14.6 Kcal)?
Asume que la eficiencia del proceso es 50%

2. Las reacciones catablicas:

i. son exergnicas
ii. aumentan la energa libre del sistema
iii. son espontneas
iv. tienen un G< 0

4. La grfica ilustra
el progreso de una
reaccin con y sin
intervencin
enzimtica.
Identifica las letras:
A
B
C

15

Tipos de reacciones enzimticas

CARACTERSTICAS DE LA ACCIN
ENZIMTICA
La caracterstica ms sobresaliente de las
enzimas es su especificidad.
Especificidad de sustrato. El sustrato
(S) es la molcula sobre la que el enzima
ejerce su accin cataltica.
Especificidad de accin. Cada reaccin
est catalizada por un enzima especfico.

Modelos

Sito activo centro de catlisis

Mecanismos
Acerca y coloca sustratos en la orientacin
correcta.
Acoplamiento inducido
Produce distorcin en el sustrato.

Provee un microambiente adecuado

Hidrofobico
Puentes de H
Acidico o alcalino
Con cargas..

Participa directamente (temporeramente)

de la reaccin.
Figure 4-8: Two models of enzyme binding sites

16

Cintica

Vmax

Velocidad inicial, depende de la concentracin de

sustrato.
Saturacin

Rate of Reaction

Active sites full- maximum

turnover

C
Velocity
(product/second)

Concentracin Sustrato

Vmax
2
B

Substrate Concentration

Control del metabolismo

KM

Tube

Amount of
enzyme

1 mm

1 mm

1 mm

1 mm

Incubation
time

60 sec

60 sec

60 sec

60 sec

Substrate
concentration

Low

Moderate

High

Very
high

[Substrate]

(a) Reaction velocity in the absence of inhibitors

Regulacin Gentica

Regulacin estricta
sobre los trayectos
metablicos:
Gentica
Regulacin celular
Bioqumica

17

Sealizacin
celular
Mitochondria

Regulacin celular
Compartimientos
especficos

1 m

Regulacin bioqumica

Vmax
Velocity
(product/second)

Reversible

Substrate
Enzyme

KM

[Substrate]

18

Vmax

Substrate
Enzyme

Velocity
(product/second)

Velocity
(product/second)

Vmax

Plus competitive inhibitor

Substrate
Enzyme

Inhibitor

KM

Inhibitor

[Substrate]

KM

K M with inhibitor

[Substrate]

Vmax

Enzyme
Substrate

Velocity
(product/second)

Velocity
(product/second)

Vmax

Enzyme
Allosteric site

Substrate

Inhibitor
0

KM

[Substrate]

KM

[Substrate]

19

Velocity
(product/second)

Vmax
V max with inhibitor
Plus noncompetitive
inhibitor
Enzyme
Allosteric site
Inhibitor
0

KM

[Substrate]

Regulacin alostrica

Substrate

Inhibicin reversible
Inhibidores competitivos parecidos
al sustrato normal, compiten por el
sitio activo.
Inhibidores no competitivos se
enlazan a una regin diferente del sitio
activo, cambia la conformacin de la
enzima y el sustrato no puede
enlazarse al sitio activo.

Regulacin enzimtica
Enzimas alostricas

Allosteric enyzme
with four subunits

Regulatory
site (one
of four)

Active site
(one of four)

Activator
Active form

Stabilized active form

Oscillation

Nonfunctional
active
site

Inactive form

Inhibitor

Stabilized inactive
form

(a) Allosteric activators and inhibitors

Substrate

Inactive form

Stabilized active
form

(b) Cooperativity: another type of allosteric activation

20

Active site available

Threonine
in active site
Enzyme 1
(threonine
deaminase)

Isoleucine
used up by
cell
Feedback
inhibition

Intermediate A
Active
site no
longer
available;
pathway
is halted.

Enzyme 2

Algunas enzimas actan con la ayuda de estructuras no

protecas. En funcin de su naturaleza se denominan:
Cofactor
Molculas inorgnicas - metales
Coenzima.
Molcula orgnica.
Muchas vitaminas funcionan como coenzimas.

Intermediate B
Enzyme 3
Intermediate C

Isoleucine
binds to
allosteric
site.

Enzyme 4
Intermediate D

Inhibicin por
retroinformacin

Enzyme 5
End product
(isoleucine)

Reaction type

Coenzyme class

B 1 (Thiamine)

TPP

Oxidative
decarboxylation

Prosthetic group

B 2 (Riboflavin)

FAD

Oxidation/Reduction

Prosthetic group

B 3 (Pantothenate)

CoA - Coenzyme A

Acyl group transfer

Cosubstrate

B 6 (Pyridoxine)

PLP

Transfer of groups to
and from amino acids

Prosthetic group

B 12 (Cobalamin)

5-deoxyadenosyl
cobalamin

Intramolecular
rearrangements

Prosthetic group

Niacin

NAD +

Oxidation/Reduction

Cosubstrate

Folic acid

Tetrahydrofolate

One carbon group

transfer

Prosthetic group

Biotin

Biotin

Carboxylation

Prosthetic group

EFECTO DEL pH Y
TEMPERATURA

Optimal temperature for

typical human enzyme
Rate of reaction

Coenzyme

Optimal temperature for

enzyme of thermophilic
(heat-tolerant)
bacteria

40
60
80
Temperature (C)
(a) Optimal temperature for two enzymes

100

20

Optimal pH for pepsin

(stomach enzyme)
Rate of reaction

Vitamin

0
1
2
3
4
5
pH
(b) Optimal pH for two enzymes

Optimal pH
for trypsin

(intestinal
enzyme)

10

21

La siguiente figura representa curvas de velocidad de

reaccin como funcin de la concentracin de sustrato
en ausencia y presencia de reguladores. Dado que la
curva B se obtuvo en ausencia de regulador, cul de las
alternativas representa el efecto de un inhibidor no
competitivo?

Free energy

Exergnica

Free energy

Endergnica

Si colocamos una cucharadita de azcar

en agua, en un tiempo corto esta se
disolver completamente.
Segn pasa el tiempo, el agua se
evaporara completamente y los
cristales de azcar volvern a
formarse.
Explica estas observaciones en
trminos de entropa.

22

Calculando G
n

Step
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

G = G' + RTln Q,

Reaction
glucose + ATP4- glucose-6-phosphate2- + ADP3- + H+
glucose-6-phosphate2- fructose-6-phosphate2fructose-6-phosphate2- + ATP4- fructose-1,6-bisphosphate4- + ADP3- + H+
fructose-1,6-bisphosphate4- dihydroxyacetone phosphate2- +
glyceraldehyde-3-phosphate2dihydroxyacetone phosphate2- glyceraldehyde-3-phosphate2glyceraldehyde-3-phosphate2- + Pi2- + NAD+ 1,3-bisphosphoglycerate4- +
NADH + H+
1,3-bisphosphoglycerate4- + ADP3- 3-phosphoglycerate3- + ATP43-phosphoglycerate3- 2-phosphoglycerate32-phosphoglycerate3- phosphoenolpyruvate3- + H2O
phosphoenolpyruvate3- + ADP3- + H+ pyruvate- + ATP4-

G' / (kJ/mol)
-16.7
1.67
-14.2

G / (kJ/mol)
-34
-2.9
-19

23.9

-0.23

7.56

2.4

6.30

-1.29

-18.9
4.4
1.8
-31.7

0.09
0.83
1.1
-23.0

23