Méthodes Et Systèmes Pour La Détection Adaptative

No dordre : 4595
THSE
PRSENTE
LUNIVERSIT DE BORDEAUX I
COLE DOCTORALE SCIENCES PHYSIQUE ET DE LINGNIEUR
Par Adam QUOTB

POUR OBTENIR LE GRADE DE
DOCTEUR
SPCIALIT : lectronique
Mthodes et systmes pour la dtection adaptative et

temps rel dactivit dans les signaux biologiques
Soutenue le 12 octobre 2012
Aprs avis de :
M. David GUIRAUD
M. Serge WEBER
Directeur de recherche
Professeur des universits
INRIA Sophia-Antipolis
Universit de Lorraine
Devant la commission dexamen forme de :

M. Yannick BORNAT
M. David GUIRAUD
M. Andreas HIERLEMANN
M. Eric KERHERV
M. Matthieu RAOUX
Mme. Sylvie RENAUD
M. Pierre VACHER
M. Serge WEBER
Matre de confrences
Directeur de recherche
Matre de confrences
Charg de recherche
-2012-
IPB Bordeaux
INRIA Sophia-Antipolis
ETH Zrich
IPB Bordeaux
Universit Bordeaux 1
IPB Bordeaux
INSERM Bordeaux
Universit de Lorraine
Co-directeur de thse
Rapporteur
Examinateur
Examinateur
Examinateur
Directeur de thse
Examinateur
Rapporteur
A la mmoire de mon pre.
Remerciements
Je remercie les professeurs Pascal Fouillat et Claude Pellet pour mavoir accueilli au sein du
laboratoire IMS pendant la ralisation de ces travaux de thse.
Mes remerciements vont galement au professeur Sylvie Renaud pour mavoir accept dans
son quipe et pour mavoir encadr durant tout ce temps. Je retiendrais surtout son soutien
dans toutes les situations bonnes ou mauvaises qui se sont prsentes lors de cette thse. Sa
confiance, son sens de la pdagogie et son charisme seront des qualits qui me serviront de
modle dans ma future carrire.
Je tiens remercier chaleureusement Yannick Bornat qui ma permis, par ses conseils et son
encadrement sans faille, de mener bien cette thse. De part son dvouement et sa conscience
professionnel, nous avons pu mener bien notre projet de recherche. Je ne pense sincrement
pas avoir eu de meilleur encadrant que toi. Merci toi.
Je remercie M. David Giraud et M. Serge Weber pour leurs lectures attentives et critiques
du mmoire, en tant que rapporteurs de cette thse.
Je remercie galement M. Eric Kerhev davoir accept de prsider ce jury de thse.
Je tiens remercier M. Andreas Hierlemann, M. Matthieu Raoux et M. Pierre Vacher pour
lintrt quils ont port mon travail en acceptant de participer au jury de thse.
Je tiens avoir une pense reconnaissante pour les gens appels communment dans ce
manuscrit "les biologistes" : Jochen, Matthieu, Anton, Fanny pour lquipe provenant de LIECB
et Blaise et Sbastien pour lquipe de lINCIA.
Jai une pense amicale toutes les personnes appeles injustement les "vieux" et travaillant
dans les quipes Elibio et AS2N : Noelle, Jean, Sylvain, Timothe et Gilles.
Et bien sr, jen ai une autre pour les "jeunes" regroupant les doctorants, ingnieurs et
stagiaires qui ont partag mon quotidien : Filippo, Jean-Baptiste, Matthieu, Franois, Adeline,
Billel, Vinh, Youssef, Florian, Gwendal, Thotime, Rmi, Olivia, Agostino, Nicolas, Guillaume.
Mes remerciements vont aussi mon pouse Marion ainsi qu ma mre Catherine et mes
frres Tarik et Maroine qui mont soutenu moralement durant ces trois ans.
Enfin je souhaiterais ddier ce manuscrit de thse la mmoire de mon pre Kamal QUOTB,
docteur en lectronique, qui nous as quitt au tout dbut de cette thse et dont le souvenir et
lamour restera tout jamais grav en moi. Merci toi papa.
ii
Rsum
Rsum
Lintraction entre la biologie et llectronique est une discpline en pleine essort. De nombreux systmes lectroniques tentent de sinterconnecter avec des tissus ou des cellules vivantes
afin de dcoder linformation biologique. Le Potentiel daction (PA) est au coeur de codage
biologique et par consquent il est ncssaire de pouvoir les reprer sur tout type de signal biologique. Par consquent, nous tudions dans ce manuscrit la possibilit de concevoir un circuit
lectronique coupl un systme de microlectrodes capable deffectuer une acquisition, une
dtection des PAs et un enregistrement des signaux biologiques. Que ce soit en milieu bruit
ou non, nous considrons le taux de dtection de PA et la contrainte de temps rel comme
des notions primordiales et la consommation en silicium comme un prix payer. Initialement
dvelopps pour ltude de signaux neuronaux et pancratiques, ces systmes conviennent parfaitement pour dautres type de cellules.
Mots cls
transforme en ondelettes, dtection par seuillage, potentiel daction, dtection de spike, temps
rel, Ilots de Langherans, FPGA, microlectrodes, ASIC.
iii
iv
Abstract
Abstract
Interaction between biology and electronic is in expansion. Many electronic systems are
trying to interconnect with tissues or living cells to decode biological information. The Action
Potential (AP) is the heart of biological coding and therefore it is necessary to be able to locate
it from any type of biological signal. Therefore, we study in this manuscript the possibility of
designing an electronic circuit coupled to microelectrodes capable of acquisition, detection of
PAs and recording of biological signals. Whether or not in a noisy environment, we consider the
detection rate of PA and the real time-computing constraint as an hard specificationand and
silicon area as a price to pay. Initially developed for the study of neural signals and pancreatic,
these systems are ideal for other types of cells.
Key words
wavelet transform, threshold detection, action potential, spike detection, real-time processing,
Langherans Islets, FPGA, microelectrodes, ASIC.
vi
Abrvations
ADC Analog to Digital Converter

ASIC Application-Specific Integrated Circuit
CONV Convolution Based Template Matching
CWT Continuous Wavelet Transform
DBS Deep Brain Stimulation
DSP Digital Signal Processor
DWT Discrete Wavelet Transform
ECG Electrocardiogramme
ELIBIO ELectronique en Interaction avec la BIOlogie
EMG Electromyogramme
ESYCOM laboratoire dElectronique, Systmes de Communication et Microsystmes
FPGA Field-Programmable Gate Array
FT Fourier Tansform
FWHM Full Width at Half Maximum
GBF Gnrateur Basse Fquence
HY-BIOPACS HYbrid BIOelectronic endocrine PAnCreas Sensors
HYRENE HYbridation de REseaux de NEurones pour lexploration de fonctions de rhabilitation
IECB Institut Europen de Chimie de Bordeaux
vii
IMS Laboratoire de lIntgration du Matriau au Systme

INCIA Institut de Neurosciences Cognitives et Intgratives dAquitaine
IP Intellectual Property
LFP Local Field Potential
LNA Low Noise Amplifier
LUT Look UP Table
MCS Multi Channel Systems
MEA Multi Electrode Array
MEMS Micro Electro Chemical Sensor
MRA Multi Resolution Analysis
NST Noyau Sous Thalamique
PA Potentiel dAction
PRES Ple de recherche et denseignement suprieur
RAM Random Access Memory
RNA Rseaux de Neurones Artificiels
ROM Read-Only Memory
SNC Systme Nerveux Central
SNR Signal to Noise Ratio
SSD Sum of Square Difference
STFT Short Term Fourier Transform
SWT Stationary Wavelet Transform
TEO Teager Energy Operator
UART Universal Asynchronous Receiver Transmitter
viii
Table des matires
Introduction
I
xiii
Systmes de microlectrodes - Au coeur des interactions entre llectronique

et le vivant
1
1
Le vivant
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Le systme nerveux central (SNC) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.1.1
Anatomie du SNC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.1.2
La synapse ou la transmission du message nerveux . . . . . . .
1.1.3
Le neurone . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.2
La rgulation de la glycmie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.3
Le diabte . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Linterface Homme-Machine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1.1
2.1
2.2
Contexte du projet de recherche . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10

2.1.1
HYRENE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
2.1.2
HY-BIOPACS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
Les interfaces biolectroniques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13

2.2.1
Interfaces invasives . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
2.2.2
Interfaces non-invasives. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
2.2.3
Exemple de prparation de cellules pancratiques primaires sur

MEAs non-invasifs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
2.2.4
Les interfaces et le bruit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
Llectronique et la dtection de PA par seuillage . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
ix
Table des matires
3.1
3.2
Mthode par seuillage brut . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24

3.1.1
Le seuil fixe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
3.1.2
Le seuil adaptatif . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
Mthode par transforme puis par seuillage . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
II Structure du systme
1
Pr-traitement : La transforme en ondelettes ou la face cache de la transforme

de Fourier ? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
1.1
Lanalyse de Fourier . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
1.2
La transforme en ondelette continue : Au coeur dune analyse multirsolution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
1.3
Transforme en ondelette discte . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
Stratgie de dtection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
Evaluation de la structure du systme . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47

3.1
Matriels et mthodes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
3.2
Rsultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
III Au coeur de limplmentation matrielle

1
33
57
Principes de fonctionnement dun FPGA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57

1.1
Outils utiliss . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
1.2
Contexte de limplmentation du systme sur FPGA . . . . . . . . . . . 58
Module de calcul de la SWT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61

2.1
Cahier des charges . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
2.2
Structure du calcul de la transforme en ondelettes stationnaire (SWT) . 62
2.3
Procdures et rsultats de vrification fonctionnelle . . . . . . . . . . . . 68
Module de seuillage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70
3.1
Cahier des charges . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70
3.2
Structure du module de seuillage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
3.3
Procdures et rsultats de vrification fonctionelle . . . . . . . . . . . . . 75
Modules dacquisition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
4.1
Lacquisition off-line : Systme de vrification fonctionelle . . . . . . . . 77
4.2
Lacquisition on-line . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79
Interfaces utilisateurs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
5.1
Paramtrage des donnes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
5.2
La visualisation des donnes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
Table des matires
5.3
Le stockage sur carte SD . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
IV Expriences et rsultats
1
NeuroBetaMed_Rs232 . . . . . .
1.1
Prsentation . . . . . . . .
1.2
Rsultats . . . . . . . . .
1.3
Discussion et perspectives
2
NeuroBetaMed . . . . . . . . . .
2.1
2.2
Rsultats . . . . . . . . .
2.3
3
NeuroBetaMed_XL . . . . . . . .
3.1
3.2
Rsultats . . . . . . . . .
3.3
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Conclusion gnrale
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83
83
83
85
87
90
90
91
96
96
96
98
106
107
Annexe 1
111
1
Coefficients des filtres repsentant les ondelettes mres . . . . . . . . . . . . . . 111
2
Coefficients du filtre de londelette haar pour la SWT . . . . . . . . . . . . . . . 112
Rfrences bibliographiques de lauteur
Rfrences bibliographiques
113
115
xi
Table des matires
xii
Introduction
Linteraction entre llectronique et le vivant est une notion faisant penser instinctivement
au domaine de la science-fiction. Elle veille en nous un imaginaire dans lequel les Hommes
sont bards dimplants destins lamlioration de leur qualit de vie. Aujourdhui, la ralit
rejoint petit petit la science-fiction, et dj sans sen rendre compte, de nombreux implants
lectroniques sont largement utiliss en vue damliorer notre vie (pacemaker, prothses auditives etc..). Afin de concevoir les prochaines gnrations dimplants, de nombreuses quipes
de recherche dont Elibio, notre quipe daccueil pour nos travaux de recherches, sintressent
la comprhension et lanalyse des signaux lectriques transitant au sein du corps Humain.
En effet, un dcodage de linformation provenant des communications lectriques des cellules
vivantes pourrait amorcer lavnement de nouvelles gnrations de prothses destines pallier des handicaps tels que la ccit, la paralysie ou le diabte. Les scientifiques du domaine
du vivant saccordent sur le fait quune tape importante dans ce processus est la mesure des
changes dinflux entre les cellules, que lon appelle Potentiel dAction (PA). En retour, aprs
dcodage de linformation des PAs, il serait possible de stimuler lectriquement ou chimiquement ces mmes cellules ou dautres. Cependant, les rsultats de ces mthodes de dtection
ne sont pas encore probants et des avances significatives peuvent tre encore ralises pour
reproduire ou pallier une fonction donne.
Il est difficile de mesurer de faon prcise ces influx lectriques sans avoir recours des processus complexes. Par consquent, lide est apparue de crer des implants mesurant lactivit
lectrique directement au contact mme dune ou plusieurs cellules vivantes. La principale tche
de ces implants sera de mesurer, denregistrer, de dtecter et de traiter les PAs en perturbant
au minimum les cellules vivantes. Une premire tape est de proposer un systme dacquisition du signal permettant denregistrer lactivit lectrique de plusieurs centaines de cellules
laide de microlectrodes. Les lectrodes seront couples un circuit lectronique traitant et
transmettant le signal afin de commander un module de contrle externe (pompe insuline) ou
xiii
Chapitre . Introduction
interne (circuit de stimulation lectrique). Notre objectif terme est de raliser un tel systme
dans le cadre de collaborations entre Elibio et des units de recherche en biologie. Le contexte
de ce projet est donc interdisciplinaire avec une forte implication des biologistes et medecins
dans ltablissement du cahier des charges et la validation de notre systme.
La mesure du signal biologique par le biais des microlectrodes est donc un point crucial de
notre tude car le reste de lanalyse dpend entirement de cette acquisition. Si cette mesure
est mal effectue, quelle interfre ou pire encore perturbe le signal acquis, les calculs situs en
aval seront errons. Par consquent, une attention toute particulire sera donne au choix des
mthodes dacquisition du signal. Lenregistrement des donnes brutes mais aussi des donnes
ayant servi lanalyse du signal nous permettra de valider postriori, les diffrentes analyses
effectues. Dans un mme temps, ces donnes seront utilises pour complter des bases de
donnes partages avec dautres chercheurs.
Dans ce manuscrit, nous proposons donc un moyen fiable de mesurer, denregistrer et de
traiter un signal contenant des PAs afin den dduire le message biologique. Le but sera double :
dune part notre circuit compltera les fonctions proposes par les diffrents logiciels dacquisition de signaux biologiques quils vhiculent ; dautre part, il sera, intgrable sur silicium afin
de proposer aux biologistes des applications autonomes et embarques. Par consquent, les
contraintes temps rel ainsi que la consommation en ressources sont deux lments sur lesquels
notre attention sera porte. De plus, tant ddi ltude de signaux biologiques en gnral,
le circuit sera reconfigurable souhait afin de sadapter tout type de signal. Enfin, pour des
tudes long terme effectues par des biologistes, nous dvelopperons une interface utilisateur
qui devra tre aussi intuitive que possible, afin de faciliter lutilisation du systme lectronique
par des usagers non avertis cette discipline (biologistes).
Cet ouvrage sarticule en quatre chapitres de description des travaux raliss, aprs un
premier chapitre dentre en matire sur le sujet.
Plus particulirement, le premier chapitre sintresse aux systmes de microlectrodes qui
constituent le coeur des interactions entre llectronique et le vivant. Il prsente galement les
notions minimales de biologie, ncessaires la comprhension de la problmatique laquelle
nous avons t confronte. Une partie du chapitre est consacre lexplication des phnomnes
biologiques au sein du systme nerveux central et du pancras. Ensuite nous avons introduit
les diffrents types dinterfaces permettant dextraire les signaux biologiques, avant dexpliquer
le rle de llectronique dans le traitement du signal extrait des microlectrodes, en particulier
les diffrentes mthodes dextraction des PAs.
Dans un second chapitre, nous nous intressons et dtaillons les diffrentes structures retenues pour effectuer la dtection des PAs. Au-del de la simple prsentation, nous nous attachons
xiv
identifier une structure de dtection prsentant les meilleures caractristiques en vue dune
implmentation matrielle. Pour cela, nous avons simul sous MATLAB les diffrents modles
existants afin den retenir un ayant un taux de dtection de PAs correct en milieu bruit mais
aussi une implmentation matrielle optimale. Enfin, nous prsentons lenvironnement ncessaire lutilisation du systme de dtection par un utilisateur extrieur.
En troisime partie, nous nous plaons au coeur de limplmentation matrielle du systme.
Ce chapitre est pour nous loccasion de dtailler le fonctionnement du circuit de dtection ainsi
que les diffrentes technologies que nous avons utilis pour le raliser. Nous nous sommes notamment attachs tre particulirement vigilant sur certaines caractristiques : le temps rel,
loccupation spatiale et mmoire, les interfaces utilisateurs et le cot matriel de limplmentation.
Enfin, dans un quatrime et dernier chapitre, nous prsentons les quatre versions du systme
ayant t conues au cours de cette thse. Nous nous attachons les dtailler et prsenter les
rsultats de deux types de tests effectus avec la validation permanente des biologistes ; partir
denregistrement de signaux biologiques et sur tissus vivants en conditions exprimentales.
La conclusion de cet ouvrage prsentera une valuation du travail restant afin dexploiter
au mieux la future gnration de systme de dtection dont nous avons dj commenc la ralisation. Enfin nous pourrons nous laisser aller une discussion sur les perspectives quouvrent
ces travaux.
xv
Chapitre . Introduction
xvi
Chapitre I
Systmes de microlectrodes - Au coeur des
interactions entre llectronique et le vivant
Le principal objectif de cette thse est la conception dun systme dacquisition et de dtection de signaux biologiques. Ceci confre notre sujet un caractre interdisciplinaire nous
poussant prsenter dune part la partie lectronique lie notre expertise fondamentale et
dautre part, la partie biologie du vivant aborde grce la littrature ou aux changes avec
des biologistes et des mdecins. Ainsi, en fonction des caractristiques et des besoins du vivant, llectronique sadapte et non linverse. Do lintrt de bien cerner les caractristiques
physiologiques, fonctionnelles et structurelles des diffrents lments du vivant que nous allons
manipuler avant de les interfacer avec llectronique.
Par consquent, nous nous intresserons dans ce chapitre une caractrisation du vivant
dun point de vue anatomique, physiologique et lectrique dans le strict cadre des applications
que nous visons. Nous illustrerons ensuite la question des interfaces biolectroniques avec des
exemples concrets de signaux biologiques provenant de ces interfaces. Enfin, nous aborderons
laspect lectronique et systme de nos travaux avec la prsentation des principales structures
dacquisition et de dtection de signaux biologiques que nous avons conus.
Le vivant
Parler du "vivant" est un concept gnral puisque ce terme recouvre les animaux, les plantes
etc... Cest pourquoi dans cette partie, nous allons prciser notre pense en dtaillant les diffrentes "matires" vivantes sur lesquelles nous souhaitons mesurer des signaux lectriques biologiques. A titre dexemple, la figure I.1 propose un aperu de la localisation et de la plage de
tension/frquence de certains signaux lectriques mesurables dans le corps humain.
On peut noter ainsi lexistence de plusieurs types de signaux dont :
Chapitre I. Systmes de microlectrodes - Au coeur des interactions entre

llectronique et le vivant
Figure I.1 A) Localisation des principaux signaux lectriques du corps humain. ECG
(lectrocardiogrammes), EMG (lectromyogrammes), PAs (potentiels dactions), LFPs (local field potentials)
B) Plage de tension/frquence des principaux signaux lectriques du corps
humain.
les (Electrocardiogrammes) qui sont une reprsentation graphique du potentiel lectrique

qui commande lactivit musculaire du cur.
les EMG (Electromyogrammes) qui reprsentent lactivit lectrique des muscles.
les PAs (Potentiels daction) neuronaux et LFPs (Local field potentials) qui correspondent
lactivit lectrique des cellules nerveuses.
les PAs pancratiques qui correspondent lactivit lectrique des cellules du pancras.
Ces signaux reprsentent une activit lectrique provenant de cellules ou dorganes reprsentatrice des nombreuses fonctionnalits du corps humain. Selon les mthodes denregistrement
ou la nature mme de lobjet vivant tudi, lactivit lectrique dune cellule vivante diffre.
Le signal biologique peut tre compos de PA isols ou presque (mesure dun seul ou un petit
groupe de neurone), compos dun trs grand nombre de sources plutt asynchrones (EMG,
LFP, EEG) ou compos de PAs synchroniss souvent nomms "composs" (ECG, PAs pancratique et neuronaux).
I.1 Le vivant
1.1
Le systme nerveux central (SNC)

"Du cerveau et du cerveau seul naissent nos plaisirs, nos joies, nos rires et plaisanteries, ainsi que nos peines, nos douleurs et nos chagrins" Hippocrate 400 av
J.C.
Contrairement la pense antique o le cur tait le centre de toutes les motions, ractions
et penses humaine, Hippocrate le premier, sans avoir dmontr le fonctionnement du SNC en
avait compris tout son sens et son utilit.
1.1.1
Anatomie du SNC
Le SNC est la partie centrale et primordiale de toute activit animale ; dun point de vue
anatomique il ne se rsout pas seulement au cerveau. Il se compose de lencphale (cerveau,
cervelet et tronc crbral) ainsi que de la moelle pinire et de ses terminaisons nerveuses (dont
les terminaisons motrices) plongs dans le liquide cphalorachidien (figure I.2). Le SNC est reli
au reste du corps par le SNP (systme nerveux priphrique) dont la fonction principale est de
faire circuler linformation entre les organes et le SNC.
Figure I.2 Anatomie du SNC
Le cerveau possde deux hmisphres entours dune couche extrieure appel cortex crbral. Le tronc crbral est une zone de transit, dchange et de relais entre le cerveau et la
moelle pinire. Il est le carrefour entre les voies de communication ascendantes (moelle cortex) et descendantes (cortex moelle). Les premires voies ont la possibilit de senrichir, en

passant par le tronc crbral, des fibres qui proviennent des noyaux sensitifs des nerfs crniens.
Les secondes voies senrichissent des voies extrapyramidales cest--dire de la motricit non volontaire. La moelle pinire est quant elle le lieu de transmission des messages nerveux entre
le cerveau et le reste du corps par le biais de ses terminaisons nerveuses. Elle contient aussi des
circuits neuronaux indpendants qui contrlent un certain nombre de rflexes essentiels la vie
(respiration, battement du coeur etc.).
1.1.2
La synapse ou la transmission du message nerveux
Sa capacit de dduction et dapprentissage a fait de lHomme une fascinante machine

dont latout majeur est son systme neuronal. En effet, il relaye le message nerveux dans
tout le SNC et plus particulirement dans le cerveau. A la base de ce systme neuronal se
trouvent des neurones interconnects ou non (phase dapprentissage) reprsentant les entits
essentielles dans la "symphonie" du SNC. Ils forment un rseau pouvant aller jusqua cent mille
milliards dindividus et nous permettent de raliser la totalit de nos activits conscientes ou non
(Williams and Herrup [1988]). Les rseaux se crent grce la proprit quont les neurones
se connecter dautres via les dendrites, les axones et les synapses. La synapse est une
excroissance dun neurone et correspond la zone de contact fonctionelle entre deux neurones
(neurone post et prsynaptique). Son rle est de transmettre linformation soit lectriquement
dans le cas dune synapse lectrique soit par le biais de neurotransmetteur dans le cas dune
synapse chimique (figure I.3).
Figure I.3 La synapse. Figure inspire de [Tritsch et al., 1998]
I.1 Le vivant
1.1.3
Le neurone
Dun point de vue physiologique plusieurs types de neurone existent selon la fonction ou la
forme spatiale de ce dernier ; la figure I.4 montre un neurone typique et dcrit ses principales
composantes. Chaque neurone est dlimit par une membrane cellulaire qui le protge et permet
de rguler les flux entrants et sortants dlectrolytes (ions sodium (Na+) et potassium (K+)
entre autres). Au repos, les ions sodium sont plus concentrs lextrieur de la membrane alors
que les ions potassium sont plus concentrs lintrieur de la membrane. Lors dune stimulation
de cette dernire, les ions sodium la traversent au voisinage de la stimulation et se propagent
le long de la membrane. Ces flux de part et dautre de la membrane engendrent une activit
lectrique dont le potentiel daction (PA) est la base. La partie centrale du neurone, appele
soma, collecte les stimulations nerveuses en provenance des synapses, via ses dendrites. Lorsque
la stimulation dpasse un certain seuil, le soma gnre un potentiel daction qui va se propager le long de laxone protg gnralement par une gaine de myline jusquaux terminaisons
synaptiques qui assurent la connexion entre les neurones ([Tritsch et al., 1998]).
Figure I.4 Le neurone. Figure inspire de Bornat [2006]
Le PA correspond une inversion de polarit de la membrane du neurone, maintenue au

repos (absence de PA) un potentiel fixe par rapport au milieu extrieur la cellule. Comme
le montre la figure I.5, un PA peut tre divis en quatre priodes. Les priodes et correspondent des priodes de repos. Durant , le potentiel de membrane se dpolarise et atteint,
en approximativement 1 ms, une valeur positive de lordre de la dizaine de mV. Dans un troisime temps , la membrane shyperpolarise, descendant en dessous de son potentiel de repos.
Pendant cette priode le neurone ne peut pas mettre dautres potentiels daction, do le nom
de priode rfractaire. Bien que la forme du potentiel daction varie dun neurone un autre,

Figure I.5 Le potentiel daction : et : priodes de repos, priode de dpolarisation
et : priode rfractaire
les quatre grandes priodes dcrites prcdemment sont conserves.

Comme la majorit des signaux biologiques, le signal neuronal est considr comme un signal
non stationnaire [Al ani, 1998]. En dautre termes, le contenu frquentiel du signal neuronal
change au cours du temps. Sur un signal neuronal de 1 seconde, on peut avoir des PAs
une frquence f0 sur lintervalle 0-100ms, f1 sur lintervale 100-600ms et f2 sur lintervale
600-1000ms. Ainsi dans le domaine temps-frquence, un signal neuronal compos de PAs se
caractrise par des composantes haute frquence pour des courtes dures et des composantes
de basse frquence pour de longues dures ([Rangayyan, 2002], [Finn and Lopresti, 2003]).
Selon la manire dont les PAs sont mesurs (lectrode, filtrage, amplification etc.), ils
peuvent tre bruits par ce que lon appelle des LFPs (Local Field Potentials) issus du tissu
nerveux. Ces LFPs correspondent la mesure cumule dinformations simultanes dun groupe
de neurones et ne concernent donc plus un neurone de manire individuelle. Ils ne sont donc pas
considrs comme tant du bruit, ils sont la consquence de lactivit synaptique des rseaux
de neurones et mritent detre observs et tudis comme le font [Perelman and Ginosar, 2007]
et [Ranade et al., 2009].
Le fonctionnement lectrique des neurones et des rseaux peut tre modlis par des modles
mathmatiques permettant aux chercheurs de mimer lactivit biologique. Ainsi lingnierie
neuromorphique est largement rpandu dans les labos et des rseaux de neurones plus ou moins
ralistes ont t dja raliss ([Gerstner and Kistler, 2002], [Shih-Chii and Douglas, 2004] et
[Fieres et al., 2004]).
I.1 Le vivant
1.2
La rgulation de la glycmie
Le pancras est un organe abdominal situ derrire lestomac, devant et au-dessus des reins.
Il a pour particularit de secrter des enzymes destination du tube digestif (fonction exocrine)
contribuant la digestion et la synthse des hormones (insuline, glucagon, somatostatine,
polypeptide pancratique) libres dans la circulation sanguine (fonction endocrine). Cette
fonction endocrine est dvolue des lots de cellules spciales dissmins au sein du pancras,
les lots de Langerhans composs de diffrents types de cellules :
Les
Les
Les
Les
cellules
cellules
cellules
cellules
alpha scrtant du glucagon.

bta scrtant de linsuline.
delta scrtant de la somatostatine.
scrtant du polypeptide pancratique.
Les actions de la somatostatine et du polypeptide pancratique sont encore mal connues. Le

glucagon et linsuline sont des hormones antagonistes ncessaires la rgulation de la glycmie,
le glucagon provoque en outre une augmentation de la glycmie. Linsuline est quant elle
une hormone essentielle scrte par le pancras par le biais de ses cellules btapancratiques
ou cellules "bta". Cest grce aux proprits hypoglycmiantes de linsuline que le pancras
exerce sa fonction endocrine essentielle : la rgulation du mtabolisme du sucre. Llvation de
la glycmie est un des facteurs primordiaux de la scrtion dinsuline mais certaines hormones
ainsi que des facteurs nerveux peuvent aussi influer sur la dlivrance dinsuline par lorganisme
([Gromada et al., 2004], [De Marinis et al., 2010]). Par consquent, les cellules bta ne sont
donc pas seulement de simples capteurs de glucose mais elles prennent aussi en compte leffet
dautres nutriments ou hormones afin de fonctionner. Cest ainsi que selon le niveau de glucose
et dhormone, la cellule bta va subir une dpolarisation plus ou moins forte afin de procder
la fusion des cellules contenant linsuline avec la membrane cellulaire (exocytose) et ainsi
librer linsuline dans le sang. Le fonctionnement simplifi du processus de synthse dinsuline
par la cellule bta est prsent dans la figure I.6. Le transporteur de glucose de type 2 (GLUT2)
roit le glucose afin de procder sa phosphorylation glycolique (transformation du glucose en
glucose 6-phosphate grace une enzyme catalysatrice : la glucokinase) entrainant une lvation
du ratio ATD/ADP (ATP : enzyme rfltant lnergie ncessaire aux ractions chimiques ADP :
enzyme rfltant lnergie libr lors dune raction chimique). Cette lvation va dsactiver
les canaux ioniques de potassium (K+), engendrant une dpolarisation de la membrane et
causant une ouverture des canaux ioniques calcium (Ca2+) entrant dans la cellule ([Best et al.,
2010]). Llvation du taux de calcium conduit la raction dexocytose librant linsuline
dans lorganisme (figure I.6). Dun point de vue lectrique, de mme que pour les neurones,

Figure I.6 Fonctionnement de la cellule bta et cycle de la scrtion dinsuline
la dpolarisation de la membrane correspond un PA dont la forme est semblable celle

des neurones, mais dont la dure et lamplitude varient respectivement entre 10ms/40ms et
quelque mV. Selon la mthode denregistrement du signal pancratique et le niveau dactivit
des cellules, les signal pancrtique peut tre, comme un signal neuronal, un signal unitaire (un
seul PA) ou compos (plusieurs PAs provenant de plusieurs cellules plus ou moins loignes
des lectrodes et qui dpolarisent en mme temps). La figure I.7 propose une forme dun PA
unitaire pancratique. Comme un signal neuronal, un signal pancratique peut tre compos
de PAs unitaires, composs ou moduls en amplitude.
Certains chercheurs ont modlis, comme pour les neurones, le fonctionnement lectrique de
la cellule bta avec des modles plus ou moins labors ([Bertram et al., 2007], [Pedersen, 2009],
[Fridlyand et al., 2009], [Pedersen, 2010]). Le principal objetif de ces modles est de trouver un
lien entre lactivit lectrique des cellules des lots de Langerhans et le taux dinsuline ncessaire
la rgulation de la glycmie. Ainsi, en fonction de la prsence de PAs ou non on peut savoir de
combien dinsuline le corps a besoin. Par consquent, les cellules bta chez les personnes nondiabtiques fournissent linsuline et contribuent donc maintenir constant le taux de glycmie.
Cette action est utilise en thrapeutique dans le traitement du diabte ; lutilisation de circuits
lectroniques mimant lactivit lectrique des cellules pancratiques (pancras artificiel) ou la
greffe de cellules saines sont autant de solutions au traitement du diabte ([Marquie et al.,
1997], [Gromada et al., 2004], [Chen et al., 2009]) .
I.2 Linterface Homme-Machine
Figure I.7 PA unitaire pancratique
1.3
Le diabte
Le diabte est un dysfonctionnement du systme de rgulation de la glycmie, il sagit dune

maladie incurable et handicapante, qui affecte 220 millions de personnes dans le monde et dont
la progression, notamment chez les jeunes, est alarmante. Il se dcompose en trois familles. Le
diabte de type 1 (5% des cas) est la consquence dune maladie auto-immune, cest--dire la
destruction des cellules bta par le systme immunitaire, le diabte de type 2 observ le plus
souvent chez des patients en surpoids ou obse conduit au mauvais fonctionnement des cellules
bta et le diabte gestationnel apparaissant chez certaines femmes enceintes.
La mthode la plus rpandue pour le traitement du diabte est linjection dinsuline par voie
sous-cutane. En prenant en compte plusieurs facteurs (glycmie, poids, repas, exercices physiques etc...) le patient sinjecte la dose adquate dinsuline. Mais les injections et les contrles
rpts (pluri-quotidiens) sont peu compatibles avec les contraintes et le rythme dune vie normale. Un contrle continu du glucose li une pompe insuline ("pancras artificiel") est une
alternative de qualit limitant les risques de complications.
Linterface Homme-Machine
Lactivit dune cellule vivante est de notre point de vue une activit lectrique. Et comme
toute activit il nous faut la mesurer. Pour cela, nous utilisons gnralement multimtres,
oscilloscopes etc., or ce genre de matriel nest pas du tout adapt pour une tude sur un matriel
biologique. Par consquent, il faut donc trouver des interfaces que lon appellera interfaces

biolectroniques capables daller capter le signal lectrique. Dans cette partie nous allons essayer
de comprendre pourquoi ce besoin dinterface est-il si important ? Nous verrons diffrents types
dinterfaces ainsi que des exemples denregistrements dactivits lectriques des cellules vivantes.
2.1
Contexte du projet de recherche
Le besoin dinterfaage biolectronique et du traitement du signal biologique dcoule dune

part du besoin de comprendre le fonctionnement du corps humain mais aussi dautre part du
dsir de le rhabiliter ou de le contrler. Dans cette perspective, lquipe Elibio (ELectronique
en Interaction avec la BIOlogie) du laboratoire IMS de Bordeaux qui sorganise autour de
linteraction des systmes lectroniques avec le vivant, dans un but de comprhension des mcanismes biologiques ou de contrle vise thrapeutique sest engage entre autres sur deux
projets nationaux (financs par lANR) appels HYRENE et HY-BIOPACS. Nos travaux se
situent dans le contexte de ses deux projets.
2.1.1
HYRENE
HYRENE (HYbridation de REseaux de NEurones pour lexploration de fonctions de rhabilitation) a t lanc dbut 2011 et doit se poursuivre jusqu fin 2014. Il sagit dun projet de
recherche fondamentale visant dvelopper de nouvelles technologies de communication hybride
entre rseaux de neurones vivants et rseaux de neurones artificiels lectroniques. Lambition
particulire de ce projet est de parvenir coupler un organe entier (moelle pinire de souris)
un rseau de neurones artificiel (RNA), avec pour objectif de rtablir une activit fonctionnelle
de lorgane lorsque celui-ci a subi une lsion. A plus long terme, les concepts mis en place dans
le cadre de ce projet permettront de dvelopper des interfaces neurolectroniques "intelligentes"
des fins de rhabilitation fonctionnelle. La figure I.8A reprsente le protocole dhybridation
vis par le projet.
Afin de rtablir la transmission dune commande motrice provenant des centres supraspinaux (tronc crbral) vers les rseaux locomoteurs lombaires, une stimulation dans le tronc
crbral est effectue. Ceci a pour effet dinitier une commande supraspinale descendante qui va
engendrer une activit locomotrice au niveau lombaire de la moelle pinire. Ensuite le signal
lectrique de la commande supraspinale est rcupr au niveau de la matrice de microlectrodes
1 (MEA1) et trait par le rseaux de neurones (RNA) et ses interfaces de communications (un
MEA est un ensemble dlectrodes extra-cellulaires mesurant une tension par couplage). Selon
la sortie du RNA plac entre les matrices MEA1 et MEA2, une stimulation lectrique sera
effectue au niveau de la matrice MEA2 vers les rseaux locomoteurs lombaires.
10
Ce projet se droule en coopration entre trois laboratoires : lIMS (Laboratoire de lIntgration du matriaux et des Systmes, UMR 5218) qui soccupe de la partie lectronique du
projet et qui est hte de cette thse, lINCIA (Institut de Neurosciences Cognitives et Intgratives dAquitaine, UMR 5287) qui soccupe des aspects biologique et physiologique du projet
et lESYCOM (Laboratoire dElectronique, Systmes de Communication et Microsystmes, EA
2552) soccupant de la mise au point des matrices de microlectrodes 3D.
La rle de lquipe ELIBIO se situe au niveau du RNA et de ses interfaces de communication.
Le schma interface homme-machine dvelopp par notre quipe est prsent en figure I.8B.
Le signal lectrique mesur sur les cellules de la moelle pinire est acquis puis amplifi grce
un LNA (Low Noise Amplifier) pour tre ensuite filtr dune part par un filtre passe-bas
afin de visualiser les PAs et dautre part un filtre passe-haut pour observer les LFPs. Enfin
linformation de dtection de PA ou denveloppe de LFP est envoye en temps rel au RNA
afin de procder la stimulation des fonctions motrices.
Lobjectif final de ce projet est bien entendu de comprendre les modalits de restauration
dune activit fonctionnelle dans un rseau spinal ls. Mais, dun point de vue technique,
nous dveloppons de nouvelles mthodes de traitement du signal biologique en temps rel, des
matrices MEAs optimises pour la stimulation localise, des neurones in-silico interconnects
avec un rseau de neurones vivant ainsi que de nouvelles mthodes de stimulation intra-spinale.
Les travaux de cette thse dans ce projet se situent au niveau de la partie dtection des PAs
et commande du RNA.
2.1.2
HY-BIOPACS
HY-BIOPACS (HYbrid BIOelectronic endocrine PAnCreas Sensors) est un programme

ANR-Emergence (soutien aux "preuves de concept" en vue de valorisation), lanc dbut 2011
et se poursuivant durant 24 mois. Lobjectif de ce programme est de raliser un capteur hybride biolectronique du pancras endocrine. Comme nous lavons vu dans la partie 1.1.2, les
procds de dtection du besoin dinsuline sont bass sur la mesure biochimique dun seul paramtre (le glucose) et prsentent des limites quant la fiabilit de dtection de lhyperglycmie,
leur temps de rponse, et leur incapacit sadapter ltat hormonal du patient. Ils ne
permettent pas lauto-rgulation (boucle ferme). A linverse, nous avons vu que lapparition
des PAs provenant de lactivit lectrique des cellules dlots de Langerhans est troitement
corrl un ensemble de paramtres chimiques et hormonaux, dont le glucose nest quun lment. Cette thse propose une mthode de mesure de PAs qui devrait permettre de prendre
en compte tous les paramtres du besoin dinsuline et donc de rguler le taux de sucre dans le
11

Figure I.8 Projet Hyrene : A) Protocole exprimental, B) Traitement avant le RNA
12
sang.
Ce projet se droule en coopration entre trois laboratoires : lIECB (Institut Europen
de Chimie et Biologie, UMR5248) dont la tche est de raliser des prparations biologiques et
denregistrer des cellules pancratiques sur des interfaces de microlectrode (MEAs), lIMS qui
dveloppe des algorithmes et des circuits de traitement des signaux cellulaires pour la dtection
des potentiels daction et de dcodage du besoin dinsuline et enfin Aquitaine Valo (service de
valorisation de la recherche du Ple de Recherche et dEnseignement Suprieur (PRES) "Universit de Bordeaux") dont le rle est de soccuper de laspect valorisation et de la protection
des interts du projet .
Ces deux projets sont la gense de cette thse et nous prouvent quel point lacquisition
du signal biologique ainsi que le traitement de ce dernier sont des actions cruciales. Une rhabilitation ou un contrle de certaines fonctions du corps humain ncessitent une acquisition suivie
dun traitement du signal ad-hoc afin de prendre une dcision adapte. Dans les applications
que nous traitons, les rseaux de multi lectrodes sont les premiers lmens du lien HommeMachine. Dans la partie suivante, nous allons voir les diffrents types de microlectrodes ainsi
que les consquences de leur utilisation sur le tissu biologique et sur la mesure de son activit
lectrique.
2.2
Les interfaces biolectroniques
Une interface biolectronique est une interface qui va venir mesurer lactivit lectrique dun
organisme vivant et/ou stimuler ce dernier. Deux grandes catgories dinterface existent : les
interfaces invasives destines enregistrer des signaux lectriques au sein mme du cerveau ou
dun muscle et les interfaces non-invasives venant se placer autour de lendroit tudier. Le
panel dinterfaces en interaction avec le vivant est si large que nous ne pouvons pas en faire une
description exhaustive mais nous allons en voir les principales techniques et matriels pour les
interfaces invasives.
2.2.1
Interfaces invasives
La figure I.9 reprsente les principaux types dinterface invasives que lon retrouve lors
dexpriences in vivo (sur animal vivant), ex vivo (sur organe prlev) et in vitro (sur culture
cellulaire). Dans cette partie, nous allons faire une description des principales interfaces invasives.
13

Figure I.9 Interfaces invasives. A) MEMS selon un systme de microlectrodes 3D, B)
MEMS en fourchette
La technique du patch-clamp utilise une micropipette de verre afin denregistrer la diffrence
de potentiel due aux courants ioniques transitant travers les membranes cellulaires des cellules
excitables. Cette technique est gnralement utlis dans le cas de prparations in vitro. La
pointe effile dune micropipette de verre est mise en contact troit avec un trs petit morceau
de la membrane cellulaire. Avec une lgre succion, la membrane se scelle hermtiquement
lextrmit de la pipette et permet lutilisateur de mesurer les changes ioniques travers
la membrane. Tout ion qui sort de la membrane au niveau de la pipette entre dans cette
dernire et gnre un courant lectrique ([Speier and Rupnik, 2003]). Cette mthode permet
donc denregistrer des signaux que lon qualifie de signaux intra-cellulaires car ils sont mesurs
entre lintrieur et lextrieur de la cellule.
Les MEMS (Micro Electro Mechanical Sensor) sont la deuxime grande famille dinterfaces
invasives utilises. On les retrouve la plupart du temps dans des expriences ex vivo et in
vivo. Contrairement au patch-clamp qui ncessite une trs grande prcision afin de se placer
la surface de la membrane, lutilisation des MEMS ne requiert pas une telle prcision. Il
suffit de positionner le MEMS lendroit de lexprimentation et de lenfoncer dans le tissu
afin de commencer lenregistrement des signaux extra-cellulaires (autour de la cellule). Les
MEMS se dclinent suivant un systme de microlectrodes (fig I.9.A) ou suivant des fourchettes
(figure I.9.B). En ce qui concerne la stimulation, le systme DBS (Deep Brain Stimulation)
est trs rpandu ([Benazzouz, 2004], [Bootin, 2006], [Coffey, 2009],[Kolbl et al., 2010]) dans
la thrapie de la maladie de Parkinson. En effet, une stimulation intra-cranienne du Noyau
Sous Thalamique (NST) permet la rduction des symptomes de tremblement et dakinsie.
Le modle lectrique pris en compte, pour des signaux avec des courants et tensions faibles,
avec de telles interfaces est prsent en figure I.10. Les microlectrodes implantables avec une
14
Figure I.10 Modle lectrique des lectrodes invasives [Harrison, 2011]. Rs, Rtissu et Rp :
Rsistance, Ce : Condensateur
petite surface ont une impdance comprise entre 50 kohm et 10 Mohm 1kHz suivant leur
matriau et lapplication. Langle de phase 1kHz est proche de -90 degr, donc les lectrodes
se comportent principalement comme des capacits avec des valeurs comprises entre 16pF et
3.2F. Les rsistances (RS + Rtissu) sont de lordre du k ([Harrison, 2011]).
Luniversit du Michigan avec lentreprise NeuroNexus ou luniversit de lUtah avec Blackrock Microsystem sont des pionniers dans le domaine de la fabrication de mono/multi microlectrodes invasives tel point quon parle de microlectrodes Michigan ou Utah ([Shulyzki
et al., 2011]). La technologie de fabrication des MEMS repose sur des lectrodes fabriques
en platine, en or ou en platine-irridium encapsules dans un matriau isolant tel que silicone,
polyimide ou le parylene etc. La diamtre et la profondeur des lectrodes est variable et se situe
entre 15 m et 50 m de diamtre et 2 mm 15 mm de profondeur ([Shulyzki et al., 2011]). Ces
lectrodes commerciales sont trs pratiques lorsquon veut faire des tests prliminaires, mais
lorsquon veut produire des systmes entirement personaliss, des lectrodes personalises sont
ncessaires ([Kato et al., 2006], [HajjHassan et al., 2008]).
Le principal avantage de ces interfaces est le fait quelles permettent denregistrer une activit lectrique de faon prcise. En localisant le capteur un certain endroit, lenregistrement
ou la stimulation dune zone de llment vivant cible devient facile avec toutefois une rsolution
limite (stimuler et enregistrer lactivit lectrique dune zone du cerveau est envisageable, mais
stimuler un neurone nest pas encore possible). De part leur taille et les bons rsultats obtenus, ce genre dinterface invasive est largement utilise et implante chez lanimal et lhomme
([Benazzouz, 2004], [Bootin, 2006], [Coffey, 2009]).
En revanche, long terme, lintroduction dun corps tranger au sein dun organisme vivant
a plusieurs consquences. La destruction des cellules vivantes lors de linsertion de linterface, la
hausse de la temprature ([Sohee et al., 2007]) de aux circuits lectroniques ou le phnomme
15

Figure I.11 Interfaces non-invasives. A) Interface lectrode-tissu mesurant les EEG, B)
Rseaux de microlectrodes 60 canaux

de fibrose, sont des limites lutilisation des interfaces invasives. De plus certains organes
comme le pancras ont une texture qui ne permet pas de maintenir la cohsion mcanique
dune lectrode. Une alternative est dutiliser des interfaces non-invasives.
2.2.2
Interfaces non-invasives.
Comme pour les lectrodes invasives, on note aussi plusieurs types dlectrodes ; les interfaces
lectrode-tissu (figure I.11.A) ou les rseaux de microlectrodes (figure I.11.B). Ces lectrodes
mesurent des signaux extra-cellulaires.
Certains examens mdicaux ou expriences scientifiques ne peuvent pas tolrer linsertion
dune lectrode dans le tissu vivant. Cela est le cas par exemple pour la visualisation des
battements cardiaques (ECG) ou la mesure de lactivit lectrique globale du cerveau (EEG)
(figureI.11.A) o on va venir appliquer des lectrodes sur le tissu vivant (la poitrine ou la tte)
sans lendommager. Dun point de vue lectronique, on modlise ces interfaces de la mme
manire que dans la figure I.10. La seule diffrence se situe au niveau des valeurs des rsistances
et des capacits (CE=60 nF, RS=7 ohm, Rp =210 kohm, R tissu=1.7kohm) ([Harrison, 2011]).
Compar aux lectrodes invasives, les effets capacitifs et rsistifs sont beaucoup plus importants,
ce qui va causer une dformation et une attnuation du signal beaucoup plus importante. Ce
genre dlectrode est utilise pour des signaux damplitude leve (ECG) ou des signaux o
seule la notion denveloppe est importante (EEG).
Lautre type dinterface non-invasive concerne les rseaux de multi-lectrodes ou Micro
Electrode Arrays (MEAs) utilises dans de nombreuses expriences in vivo ou in vitro (Un MEA
est une matrice contenant L l lectrodes planaires (6 6, 8 8, 60 60 etc.) avec un diamtre
16
dlectrode compris entre 10 et 30 m). Dans le cadre de mesures in vivo, on trouve ce types
dlectrodes non-invasives dans diffrents projets concernant par exemple les travaux sur les
prothses de rtine ([Ahuja et al., 2010]). Le but est dutiliser des MEAs avec des rcepteurs
de lumire (type photodiode) et ensuite stimuler lectriquement la rtine ou le cerveau avec les
lectrodes. Plusieurs laboratoires nottamment amricains se sont lancs dans ces applications
(USC/Caltech/UCSC-SSMP, Retina Implant GmBH, Intelligent Medical Implants etc...). Ce
genre dlectrode est utilis dans le programme de recherche HYRENE o des MEAs 3D ont
t insrs dans des moelles pinires de souris afin dextraire lactivit locomotrice circulant
dans la moelle.
Au del de lutilisation des MEAs non invasifs sur des expriences in vivo, on retrouve
trs souvent ce genre dinterface sur des expriences in vitro ([Gullo et al., 2009], [Maccione
et al., 2009], [Nam and Wheeler, 2011]). Les interfaces utilises pendant cette thse ont t
acquises auprs de lentreprise Multi Channel Systems (MCS) et les caractristiques techniques
sont prsentes dans la figure I.11.B et sont utilises dans le programme de recherche HYBIOPACS. Le choix de cultiver deux types de cellules pancratiques (primaires et clonales) a
t adopt afin dtudier les phnommes biologiques. La grande diffrence entre ces deux types
de cellules est le fait que dans une prparation primaire tous les composants cellulaires dun
lot de Langerhans sont actifs (cellule alpha, cellule bta, cellule delta et cellule polypeptidique)
alors que dans les prparations clonales seul un type de composant cellulaire est actif.
2.2.3
Exemple de prparation de cellules pancratiques primaires sur MEAs noninvasifs
Dans le cadre du projet Hy-BIOPACS, la mise en culture des cellules primaires sur MEA
ncessite un processus long et rigoureux qui est prsent en annexe. Afin de mieux apprhender
les contraintes et les procds utiliss par les biologistes, nous avons particip ces prparations
que nous illustrons ici. Les figures I.12 et I.13 reprsentent les grandes tapes du processus de
prparation des MEAs. Le pancras dune souris ou dun rat est extrait de manire chirurgicale
suivant un protocole bien prcis conforme aux rgles en vigueur sur la dissction danimaux en
laboratoire.
La premire tape consiste asphyxier le rat grce un mlange de glace carbonique et
dthanol afin de le sacrifier.
La peau abdominale est ensuite retire afin de faire apparaitre les diffrents organes du rat
(figure I.12A). Le pancras est situ sous lestomac et le foie. Nous allons donc dplacer
le foie afin de faire apparaitre le canal choldoque qui transporte la bile depuis le foie vers
17

18
les autres organes dont le pancras.

A ce stade, le pancras nest pas encore visible, pour ce faire, nous allons le remplir dun
liquide appel collagnase afin de le faire grossir et le retirer. Pour cela, nous ligaturons
le canal choldoque afin de sassurer que la majeure partie de la collagnase aille dans le
pancras et non dans les intestins (figure I.12B). Ainsi le pancras augmente de volume
et nous pouvons lobserver (figure I.12C) et lextraire (figure I.12D).
Il est ensuite mix et mlang de la collagnase qui a la proprit de digrer le pancras.
Aprs un certain temps, larrt de la raction de digestion (grce une solution dite Krebs
et dont la composition est prsente en annexe) est amorc. Lorsque les lots de Langerhans
commencent tre observables, leurs comptage peut commencer (figure I.13A). Pour
remplir un MEA de 60 lectrodes (diamtre 10m et 100m despacement entre chaque
lectrode) convenablement, il faut compter et isoler au minimum 100 lots pour tre sr
dobserver une activit lectrique sur toute la surface du MEA.
Lorsque lisolation des lots est termine, ils sont mlangs deux solutions : la tripsine
qui a la proprit de dissocier les lots de Langherans (cad dissocier les cellules bta, alpha
etc...) et le Matrigel qui sert ladhsion des cellules sur les lectrodes.
La dernire tape consiste ajouter le milieu contenant nutriments et acides amins ncessaires au bon fonctionnement de la cellule sur le MEA (figure I.13B) qui est donc prt
tre utilis en exprience. La dure de vie de ces prparations est variable selon les conditions exprimentales mais elle est comprise entre 1 h pour un MEA sans renouvellement
du milieu de culture et 6 h pour un MEA avec renouvellement du milieu.
Figure I.12 Prparation de cellules pancratiques primaires sur MEAs non-invasifs : A)
Systme abdominal du rat, B) Etat du pancras avant linjection de collagnase, C) Etat du pancras aprs linjection de collagnase, D) Pancras
isol
19

Figure I.13 Prparation de cellules pancratiques primaires sur MEAs non-invasifs : A)
Comptage et extraction des lots de Langerhans par lintermdiaire dune

pipette, B) Pose des cellules pancratiques sur MEA
2.2.4
Les interfaces et le bruit
La mesure dun phnomne lectrique rvle systmatiquement un bruit brouillant et pouvant mme aller jusqu couvrir le signal utile. Les sources de bruit peuvent tre classes en deux
grandes catgories : le bruit que lon appelle lectronique et le bruit issu de lenvironnement.
Le bruit lectronique est d aux dispositifs de mesure implants, en dautre terme linterface biolectronique est la source de bruit concern. Il y a tout dabord le bruit thermique
20
engendr par les composants lectroniques sur llectrode qui vont, du fait de leur fonctionnement, augmenter la temprature dans le tissu vivant et modifier le signal biologique. Si un
pr-amplificateur est plac sur llectrode (ce qui est le cas dans la majorit des cas), ce bruit
est accentu. Ensuite, on peut noter le bruit lectrique caus par les lectrodes de mesure. Et
enfin, il y a le bruit electromagntique engendr par les liaisons RF, la prsence dun tlephone
portable etc..
La seconde catgorie de source de bruit, sur laquelle le concepteur na pas ou peu de contrle,
est principalement constitue par le bruit provenant des autres entits situes dans le milieu de
mesure. En ce qui concerne les neurones, du fait de leur taille, les lectrodes de mesure in vivo
actuellement sur le march ne permettent pas encore de mesurer le signal dun seul et unique
neurone, on doit mesurer le signal de la population dune zone autour de llectrode. Or ce
milieu est affect par des potentiels de champs (LFP) de mme que par les potentiels daction
des neurones plus loigns dont la rponse est affaiblie mais tout de mme mesurable.
De manire gnrale, en ce qui concerne le niveau de bruit, les mesures faites de faon
intra-cellulaire comportent beaucoup moins de bruit que les mesures faites grce des lectrodes extra-cellulaires. Cela sexplique principalement par le fait que ce type dlectrode se
situe beaucoup plus prs de la cellule tudier. En ce qui concerne la faisabilit et la reproductibilit, les mesures extra-cellulaires sont beaucoup plus pertinentes. Ainsi en fonction de
lutilisation, lutilisateur devra valuer la meilleur mthode dinterfaage biolectronique. Lhypothse formule est que laddition de ces deux bruits peut tre approxime comme tant un
bruit blanc gaussien [Harrison, 2003].
Lors de cette thse nous avons pu ctoyer les deux types dinterfaces. Dans le projet HYRENE, la mthode privilgie a t la fabrication dinterfaces invasives afin de stimuler le tissu
vivant. En effet, plonger une lectrode au sein de la moelle pinire nous permet de stimuler le
tissu sur une plus grande surface et ainsi trouver le meilleur endroit et la meilleure profondeur
de stimulation. En ce qui concerne le projet HY-BIOPACS, les interfaces invasives ont tout
de suite t cartes car la texture du pancras (figure I.12D) nest pas du tout adapte ce
type dinterface. Ainsi la culture in vitro avec des MEAs non-invasifs nous a permis de rpter
un nombre important de fois nos expriences afin de tester nos circuits sur diffrents types de
cellule pancratiques (primaires et clonales). Un exemple de signal neuronal extrait de la moelle
pinire de souris ainsi quun signal pancratique de cellule clonale sont prsents en figure I.14.
21

Figure I.14 A) Signal neuronal de contrle de locomotion, provenant de la moelle pinire
de souris, enregistr avec un gain de 1000 partir dlectrodes invasives, B)

Signal pancratique issu dune cellule bta avec un gain de 1000 partir
dlectrodes non invasives.
22
I.3 Llectronique et la dtection de PA par seuillage
Figure I.15 Mthodes de seuillage : A) Mthode par seuillage brut, B) Mthode par
transformation puis par seuillage
Llectronique et la dtection de PA par seuillage

"La vie est un long fleuve tranquille. Ce sont les rives qui sont dangereuses. Il ne
faudrait jamais aborder." Denis Langlois
Les interfaces biolectroniques permettent donc de capter le fonctionnement lectrique dun

tissu vivant. Cest donc aprs ces interfaces (couples gnralement avec un tage damplification du signal) que nos comptences dlectroniciens peuvent sexprimer. Dans cette partie,
nous verrons les diffrents types de traitement lectronique qui sont mis en jeu afin dextraire
linformation lectrique que nous souhaitons extraire du milieu vivant : le PA. En effet, le principal objectif de cette thse est de dtecter ces PAs afin de dcoder le message vivant et lui
envoyer une rponse adquate si ncessaire. Cette partie permettra grce lvoquation des
diffrentes techniques de dtection de PA didentifier les principales contraintes auxquelles tout
concepteur de circuit intgr interfac avec la biologie doit faire face.
La principale mthode de dtection dun PA est la mthode dite de seuillage. Si le signal
vivant est au dessus du seuil alors le signal est considr comme un PA. Une autre mthode
consiste comparer le signal par rapport une rfrence fixe ([Sarna et al., 1988]). Ensuite
le concepteur a le choix du signal auquel appliquer ce seuil : le signal dorigine (mthode de
seuillage brut) (figure I.15A) ou le signal trait (mthode par transformation puis par seuillage)
(figure I.15B).
23

3.1
Mthode par seuillage brut
Dans cette mthode, le seul degr de libert laiss lutilisateur est le calcul du seuil auquel
le signal est compar. Le principal objectif est de fixer le seuil de manire ce quil se trouve
au-dessus du bruit du signal sans tre ni trop haut, ni trop bas afin de ne pas dtecter du bruit.
Le schma structurel de cette mthode est prsent en figure I.15A. Le seuil est calcul puis est
compar au signal dentre biologique. Plusieurs implmentations matrielles sont envisageables.
3.1.1
Le seuil fixe
La premire solution est de positionner manuellement un seuil qui sera fixe. Il faut donc une
priode assez longue afin de visualiser et denregistrer le signal avant de rgler manuellement
le seuil afin de le fixer au-dessus du bruit. Cette mthode est largement rpandue dans les
laboratoires, du fait de sa simplicit dutilisation par des utilisateurs habitus aux signaux
biologiques tels que les biologistes ou des bio-ingnieurs . [Horiuchi et al., 2004] prsente un
circuit de dtection o le seuil est une simple entre en tension fixe par lutilisateur.
De par laugmentation du nombre dlectrode dans les interfaces biolectroniques ainsi que
la variabilit du signal biologique au cours du temps, fixer le seuil manuellement est une tche
fastidieuse et hasardeuse. Elle est dpendante de la sensibilit de lutilisateur et nest pas
envisageable pour des systmes embarqus et autonomes, et son tablissement ne peut donc
pas tre automatis. Il existe donc dautres mthodes, base mathmatique, pour fixer ce seuil
appel alors seuil adapt.
[Mtetwa and Smith, 2006] propose une review des diffrentes mthodes mathmatiques de
calcul de seuil adapt pour les PAs neuronaux. Sur un signal de rfrence (le "template"), une
opration mathmatique est effectue afin de calculer un seuil qui sera appliqu au signal. Parmi
elles se trouvent les oprations SSD (Sum of Square Differences) ou CONV (Convolution based
template matching). Ces mthodes ont montr de trs bons rsultats en matire de dtection
mais ont t implmentes de faon logicielle sans contrainte de temps rel et en dehors de la
chaine dacquisition du signal biologique.
Une autre mthode consiste fixer ce que [Donoho, 1995] appelle seuil universel (T ), dfini
comme suit :
v
u
N
q
u 1
X
t
(xi xi )2
(I.a)
T = 2 log(N ) avec =
N 1 i=1
O est lcart type (ou le niveau de bruit estim), xi est le signal brut chantillonn et N
le nombre dchantillons du signal dentre. Dans son quation Donoho utilise le fait quun bruit
blanc gaussien peut tre entirement dcrit par son cart type (). Or, comme nous avons pu le
24
voir dans la partie prcdente, le bruit provenant des signaux neuronaux ou pancratiques peut
tre assimil un bruit blanc Gaussien. En partant de ce fait, on peut en dduire quil suffit
de calculer lcart type du bruit afin de calculer le seuil adapt T . Pour une implmentation
en analogique [Harrison, 2003] a simplifi la formule du seuil universel de Donoho en laissant
lutilisateur le choix du coefficient de multiplication (K) afin de rgler le seuil plus ou moins
prs du niveau de bruit.
T = K
(I.b)
Avec cette mthode, il suffit de calculer lcart type du signal et ainsi avoir une approximation
du niveau de bruit et du seuil appliquer au signal biologique. Cette technique est utilise par
les outils logiciels dacquisition de signaux biologiques (type MCS). En slectionnant une partie
du signal o il ny a pas de PA (afin de ne pas corrompre le calcul de lcart type du bruit),
les logiciels calculent lcart type selon la formule en equation I.a. Ensuite il faut prciser le
coefficient K afin de se situer juste au-dessus du bruit. Par la suite le seuil est considr comme
fix.
Mais, comme la vie, un signal biologique nest pas un long fleuve tranquille. Un mouvement,
une onde radio ou de tlphone, les lectrodes elles-mmes peuvent amener une variation lente
du signal ou une lvation du niveau de bruit qui va venir faire annuler tous les efforts dploys
menant ltablissement du seuil. En effet, un seuil adapt ou un seuil valu manuellement,
ne sont pas du tout robustes pour extraire des PAs dans un milieu bruit ou instable comme
peuvent ltre les signaux vivants.
Par consquent, il faut considrer un seuil qui va venir suivre ces variations en temps rel
afin de rester en toute circonstance au dessus du niveau de bruit.
3.1.2
Le seuil adaptatif
Le seuil adaptatif est un seuil adapt dont la valeur va tre actualise afin de suivre en
continu les variations de bruit du signal source. Pour cela, un moyen est de calculer sa valeur
moyenne ou son cart type en temps rel (afin de caractriser en permanence le signal dentre).
Une solution est dutiliser les formules gnrales de Vrms et , sur des fentres temporelles
glissantes qui vont calculer intervalle rgulier la valeur moyenne ou lcart type. Ces fentres
doivent dune part tre assez longues pour produire un calcul significatif mais aussi dautre part
assez courtes afin de suivre rapidement la variation du signal dentre.
- [Barati and Sodagar, 2011] propose un systme discret utilisant la valeur Vrms ainsi que
la valeur moyenne du signal afin de calculer son seuil Tbar qui est dcrit suivant lquation
25

Figure I.16 Distribution normale du signal f(x) et reprsentation de la largeur mi-
hauteur FWHM.
suivante et ractualis larrive de chaque chantillon n :

T bar[n] = AV G[n] + k RM S[n]
(I.c)
o k est un coefficient multiplicateur afin de se situer au dessus du bruit, n est le numro

dchantillon, AVG est la valeur moyenne et RMS est la valeur efficace du signal source. Ainsi
en calculant ce seuil sur des fentres glissantes, la valeur du seuil est mise jour en continu.
- [Beche et al., 2009] propose un circuit numrique cod en VHDL afin de calculer un
seuil adaptatif. Son objectif est de calculer lcart type en temps rel en utilisant des fentres
glissantes ainsi que la largeur mi-hauteur du signal (FWHM : Full Width at half Maximum).En
effet, lcart type peut tre exprim en fonction de la largeur mi-hauteur FWHM du signal
selon lquation I.d. La figure I.16 illustre lvaluation de la FWHM partir dune distribution
normale dune fonction f(x).
F W HM =
F W HM
q
2 2 ln(2)
(I.d)
Sur une fentre fixe, une distribution normale du signal est effectue et la largeur mihauteur en est extraite . Il ne reste plus qu fixer le bon coefficient multiplicateur pour en
dduire le seuil. En utilisant plusieurs fentres fixes que lon dcalera dans le temps, on pourra
recommencer ce calcul et obtenir un seuil qui va venir sadapter en temps rel (le temps rel
26
est corrl la largeur de la fentre fixe).

- [Chung-Ching et al., 2009] propose un systme intgr qui calcule le seuil grce une
boucle comprenant plusieurs tapes. La premire tape est de calculer la valeur moyenne du
signal sur une certaine priode. Ensuite, le seuil est compar au signal dentre. Le seuil est
ajust grce une machine dtat qui en fonction de limpact sur les performances du dtecteur
du seuil prcdent dcide de diminuer ou daugmenter le seuil. Ce circuit na t test quen
simulation.
- [Harrison, 2003] et [Donghwi et al., 2008] proposent un moyen de calculer lcart type de
faon automatique et en temps rel grce un circuit intgr. Leur mthode sappuie non pas
sur la dfinition mathmatique de lcart type prsente dans lquation I.a mais plutt sur une
proprit du bruit blanc Gaussien. En effet, en ce qui concerne un bruit blanc Gaussien, on
considre que si un seuil est fix , la probabilit que ce bruit dpasse ce seuil est de 0,159
([Harrison, 2003]). Il suffit ensuite dasservir le calcul de lcart type par rapport au nombre
dchantillons situs au dessus de lcart type calcul. Lorsque le systme est lquilibre, lcart
type estim est consider comme correct.
Une version similaire se basant sur cette mme thorie de calcul de lcart type a t implmente au sein de lquipe Elibio. Nous avons encadr la ralisation dun circuit intgr de
type ASIC appel OSLO et conu dans le cadre dun stage de fin dtude par M.Guillaume
ARNAUD [Arnaud, 2011] (voir le layout prsent en figure I.17). Le rle de ce circuit est de
calculer un seuil adaptatif sur un signal biologique. Un filtre passe-bas venant stabiliser la valeur de lcart type ainsi quun moyen de rgler le temps de dtection entre deux PAs ont t
ajout par rapport la version dorigine de Harrisson. Le circuit est aujourdhui en phase de
test dans notre quipe. La dtection des PAs partir du signal brut en utilisant un seuil adaptatif semble tre la meilleure mthode pour automatiser lextraction des PAs [Harrison, 2003],
[Watkins et al., 2004], [Quotb et al., 2011]. Ensuite, le point ngatif de cette mthode est que
le rsultat de la dtection dpend en grande partie du signal dentre. Avec des enregistrements
provenant dlectrodes intra-cellulaires o le rapport signal bruit (SNR) nest pas trop faible,
ce type de circuit est tout fait ddi pour la dtection de PAs. Mais avec des enregistrements
extra-cellulaires o le bruit est considrablement augment par rapport aux lectrodes intracellulaires, la dtection sur signal brut devient extrmement dlicate. Par consquent, il faut
trouver un moyen de miniser cette contrainte en traitant le signal dentre avant den extraire
un seuil afin de diminuer leffet du bruit et dextraire les PAs.
27

Figure I.17 A) Schma bloc du circuit intgr OSLO, B) Masques de fabrication du
circuit intgr OSLO
28
3.2
Mthode par transforme puis par seuillage
Cette partie sera axe sur la description des diffrentes mthodes utilisant le principe dcrit
dans la figure I.15B. Le principal objectif est deffectuer un pr-traitement rendant le signal
plus sujet un seuillage. [Obeid, 2007] a effectu un tat de lart des principaux dtecteurs
et en a dduit quun tage de pr-traitement avant le seuillage amliore les performances de
dtection de faon significative. Ainsi le seuillage en milieu trs bruit devient comme, nous
allons le voir, un dfi ralisable.
La transforme la plus simple consiste calculer la valeur absolue du signal. Ce type de
calcul permet davoir une dtection correcte sur des signaux peu bruits.
[Mukhopadhyay and Ray, 1998], [Obeid, 2007], [Moo Sung et al., 2008], [Drolet et al., 2011]
prsentent lutilisation du pr-traitement TEO (Teager Energy Operator) dfini par lquation
I.e.
T EO [x(n)] = x2 (n) x(n + 1) x(n 1)
(I.e)
O x[n] reprsente lchantillon provenant du signal dentre biologique et T EO [x(n)] reprsente la sortie du calcul du TEO. La principale fonction du TEO est de faire ressortir les
PAs du bruit en amplitude et en frquence. En terme defficacit, lutilisation du TEO apporte
une amlioration considrable par rapport au simple seuillage sur signal brut ou celui utilisant
la valeur absolue mais reste encore insuffisant pour des signaux trs bruits. En terme dutilisation, on trouve des TEO implments en analogique ([Gosselin and Sawan, 2009]) et numrique
([Drolet et al., 2011]) avec des cots en surface silicium compatibles pour limplmentation
embarque.
A un autre niveau en terme defficacit de dtection en milieu trs bruit, on trouve la
transforme en ondelettes (ou "wavelet transform"). A lorigine dveloppe pour la compression
dimage ou ltude des secousses sismiques, on retrouve maintenant cette mthode de traitement
dans le milieu biomdical. Les transformes en ondelettes sont utilises dans la littrature de
ce domaine de recherche pour deux principales applications : la compression du signal et la
dtection des PAs.
[Unser and Aldroubi, 1996] prsente un rcapitulatif des diffrentes applications biomdicales de la transforme en ondelettes. Ainsi, on les trouve dans ltude des signaux obtenus par
phonocardiographie (tude des ondes sonore provenant des battements du cur), lectrocardiographie (ECG), lectroencphalographie (EEG) ou pour des images biomdicales ([Khadra
et al., 1993], [Dickhaus et al., 1994]). En ce qui concerne ces signaux, le taux de dtection des
PAs est suprieur celui obtenu avec les mthodes conventionnelles prsentes prcdemment.
Mais ce nest pas sur ce type de PA, de forte amplitude, que la transforme en ondelettes
29

montre tout son potentiel. Cest avec des amplitudes de lordre du V et un bruit pouvant aller
jusqu recouvrir les PAs (SNR faible) que lutilisation de la transforme en ondelettes sur des
signaux neuronaux provenant dlectrode extra-cellulaires prend tout son sens et est largement
utilise ([Swendels, 1997], [Hulata et al., 2000], [Nakatani et al., 2001], [Addison, 2002],[Folkers
et al., 2003], [Karel et al., 2005], [Lee and Kipke, 2006], [Yuning et al., 2010]). Lintert de
cette mthode rside dans sa capacit de compression et dextraction de forme dans le domaine
temps-frquence. Nous dtaillerons ces aspects dans le chapitre suivant.
En ce qui concerne les expriences o le traitement est effectu en dehors de la chane dacquisition (off-line) ([Lewicki, 1994], [Wickerhauser, 1994], [Kim and Kim, 2003], [Salmanpour
et al., 2008], [Manjunath and Ravikumar, 2010], [Quotb et al., 2011]), lutilit des ondelettes
a t explore et dmontre. Pour le traitement dans la chane dacquisition (on-line et temps
rel), les ondelettes font faces un obstacle assez consquent : elles impliquent une consommation en calcul et en mmoire trs leve. Cest pourquoi lutilisation de la transforme en
ondelettes en analogique [Gosselin et al., 2011] ou en numrique embarqu (FPGA, DSP) reste
assez rare pour les traitements temps rel.
- [Imfeld et al., 2009] et [Fei et al., 2011] ont ralis un neuroprocesseur capable de compresser
et de dtecter le signal ainsi que classer les signaux provenant dun signal neuronal sur 32
canaux mesurs en parallle. Le systme utilise une architecture appele DWT (Discrete Wavelet
Transform) afin deffectuer son pr-traitement, le seuillage est quant lui calcul manuellement
sans adaptation. Le principal rsultat de ces travaux est la dmonstration que les ondelettes
sont un outil de compression remarquable et compatible avec des systmes de transmission sans
fil. Un autre aspect intressant car non systmatique est lutilisation de vrai signaux biologiques
(non-enregistrs) dmontrant concrtement lutilisation des ondelettes on-line.
- [Yuning et al., 2010] propose un systme de dtection de signaux neuronaux utilisant
une autre architecture dondelette : SWT (Stationary Wavelet Transform) avec un seuillage
adaptatif. Les rsultats en terme de dtection sont bons mais on peut regretter que ce systme
nait pas t prvu pour etre utilis en temps rel car la partie acquisition on-line n est pas
prise en compte.
- [Gosselin et al., 2011] propose un circuit intgr analogique, dont le schma a t ralis
par lauteur lors de son stage de Master, capable de calculer une DWT (Discrete Wavelet
Transform). Ce systme de dtection est un des seuls systmes calculant une transforme en
ondelette de faon analogique et mrite dtre test. Dun autre cot, lutilisation de lanalogique
ne permet pas la configurabilit du circuit, chose qui est trs importante comme nous le verrons
par la suite.
Par consquent, du fait de leur capacit de dtection en milieu bruit, la transforme en on-
30
delettes suivie dun seuillage adaptatif semble tre une mthode optimale pour notre utilisation.
Cette technique de dtection sera appelle dans la suite de la thse dtection par ondelettes.
Comme nous lavons vu, les signaux neuronaux et pancratiques sont trs souvent trop bruits
pour quun simple seuillage soit efficace. Cette hypothse devra tre confirme par la suite,
en effet le ratio dtection/consommation devra tre suivi de prs afin dtre sr de ne pas
surdimensionner notre outil de dtection par rapport aux signaux observs.
31

32
Chapitre II
Structure du systme
"to be or not to be, that is the question ?" William Shakespeare.
Aprs avoir pris connaissance des diffrentes composantes (vivant et lectronique) qui dessinent le contour de cette thse, nous allons prsenter la structure du systme retenue pour
effectuer en temps rel une dtection de signaux biologiques en milieu bruit. Avant la phase
dimplmentation matrielle, nous devons dune part choisir les lements constitutifs de la
structure de dtection voque dans le chapitre I mais aussi dautre part les valuer afin de ne
garder que les meilleurs. Un lment sera considr comme meilleur lorsque le ratio du taux
de dtection de PAs en milieu bruit rapport la consommation de puissance et despace est
optimale.
Par consquent, nous tudierons dans un premier temps les aspects thoriques du prtraitement choisi (figure I.15B). Ensuite nous exposerons notre stratgie de dtection pour un
seuillage en temps rel. Et enfin, la dernire partie sera ddie lvaluation de notre structure
de dtection.
Les exemples applicatifs illustrant cette partie se rapportent des signaux neuronaux. Dans
un souci de concision et de clart, nous navons pas prsent les rsultats de la mme tude
mene dans le cas de signaux pancratiques, dont les principes sont les mmes que pour les
signaux neuronaux.
Pr-traitement : La transforme en ondelettes ou la

face cache de la transforme de Fourier ?
Le dveloppement des thories sous-jacentes la transforme en ondelettes a dbut au dbut du sicle dernier avec les recherches de Alfred Haar. Toutefois, le concept dondelette ne fut
introduit vritablement ([Flandrin, 1998]) que durant les annes 1940, par les travaux notamment de Gabor [Gabor, 1946], Grossman et Morlet [Grossmann and Morlet, 1984], Daubechies
33
Chapitre II. Structure du systme
[Daubechies, 1992], Meyer [Meyer and Ryan, 1993] et Mallat [Mallat, 1999]. Lappropriation
des rsultats des travaux de ces mathmaticiens par les ingnieurs et chercheurs en qute de
mthodes de traitement de signal toujours plus efficaces a entran lclosion ou lamlioration
de nombreuses applications dont plusieurs sont destines lanalyse des signaux biomdicaux.
La principale caractristique dune ondelette est son support compact, cest--dire que la
fonction dondelette est limite la fois dans les domaines du temps et de la frquence. La
fonction est donc considre comme nulle lextrieur de ce support. Cette particularit a pour
effet de localiser en temps et en frquence le rsultat de la transforme en ondelettes dun
signal. La transforme de signaux non stationnaires comportant des transitions rapides, par
exemple des potentiels daction, concentre leur nergie en quelques coefficients qui peuvent tre
vus comme la signature du potentiel daction dans le domaine transform [Unser and Aldroubi,
1996]. Le reste du signal, considr comme du bruit, est rparti de faon plutt rgulire sur
tous les coefficients. De cette faon, la transforme en ondelettes contribue sparer le bruit
du signal dintrt. Les coefficients moindres, attribus au bruit, peuvent ensuite tre ngligs
lors de lanalyse du signal [Samar et al., 1999].
Le principe dondelette (CWT : Continuous Wavelet Transform) a t dvelopp comme

une approche alternative la transforme de Fourier (STFT : Short Time Fourier Transform)
pour surmonter un problme que lon appelle "problme de rsolution". Lanalyse dondelette
est faite dune manire semblable lanalyse de STFT, en ce sens que le signal est multipli par
une fonction, ondelette (wavelet), semblable la fonction de fentre dans le STFT, et la transformation est calcule sparment pour diffrents segments du signal dans le domaine temporel.
Cependant, elle permet une analyse multi-rsolution (MRA : Multi Resolution Analysis) qui
est conue pour donner :
une bonne rsolution de temps et une faible rsolution de frquence aux hautes frquences.
ET
une bonne rsolution de frquence et une faible rsolution de temps aux basses frquences.
Cette approche a un sens particulirement quand le signal rel a des composantes haute
frquence pour des courtes dures et des composantes de basse frquence pour de longues dures,
ce qui est le cas pour des signaux neuronaux comme nous lavons vu dans le chapitre prcdent.
34
II.1 Pr-traitement : La transforme en ondelettes ou la face cache de la

transforme de Fourier ?
1.1
Lanalyse de Fourier
La transforme de Fourier (FT) dun signal x(t) sexprime selon :

F T {x(t)} = X() =
x(t)ejt dt
(II.a)
O F est la frquence en Hertz et = 2Ft est la phase en Radian.

La FT a la particularit dtre la reprsentation du contenu frquentiel global dun signal
sur toute la priode o il existe. Elle ne donne pas accs la variation spectrale du signal
durant cet intervalle de temps et fournit une image statique du contenu frquentiel. Ce manque
de prcision locale est combl par la STFT (Short Time Fourier Transform). Elle est obtenue
en appliquant la FT sur des portions successives du signal grce une fentre glissante. Cette
technique permet dobtenir la variation spectrale du signal durant un intervalle de temps dsign
par la fentre glissante. Lquation de la STFT est :
Z
ST F Tg(,b) {x(t)} = Xg (, b) =
x(t)[ ,b (t)] dt
(II.b)
O g(t) est la fentre glissante et ,b (t) est le compos de b,t (t) = g(t b)ejt .
Cette transforme peut tre considre comme la projection de x(t) sur le panel de fonction
,b (t) et tend mettre en vidence les caractristiques spectrales du signal autour dune
zone localise par la paire de paramtres (b : indice de temps, : indice de frquence). Pour
une paire (b, ) donne, la fonction de base est localise dans le plan temps-frquence autour
du point dfini par cette paire. Les valeurs t et sont dfinies par les quations II.c et
correspondent respectivement la rsolution temporelle et frquentielle.
Z
m2 m21
o mi =
ti |,b (t)|2 dt
t =
m0
2
2 =
M2 M12
M0
o M i =
(II.c)
i |,b (t)|2 dt
De plus la STFT est limite par le principe dHeisenberg qui borne la rsolution en tempsfrquence de la STFT :
t 1/2
(II.d)
35
Figure II.1 Dcoupage en atomes temps-frquence pour la STFT
La meilleure rsolution est acquise lorsque lgalit est obtenue. Pour ,b (t) cette galit
doit tre obtenue en faisant varier g(t) qui est une fonction gaussienne de la forme :
g (t) =
t2
1
1
et t =
e 22 avec =
2
2
(II.e)
Ainsi avec la STFT, lorsque les valeurs de la fentre et t sont choisies, elles le sont pour
lanalyse entire. Le dcoupage en atomes de frquence peut donc tre reprsent comme dans
la figure II.1. On peut remarquer que la distribution temps-frquence est uniforme partout dans
le domaine temps-frquence. De par lutilisation dune fentre de taille fixe, la SFTF ne nous
permet pas de savoir prcisment quelle composante spectrale existe un instant donn. Le
mieux qui peut tre fait est de chercher quelles composantes spectrales existent sur un intervalle
de temps donn, ce qui constitue un problme de rsolution.
Nous sommes donc confronts avec la STFT au dilemme suivant : si nous employons une
fentre de longueur infinie, nous obtenons la FT, qui donne une rsolution parfaite de frquence,
mais aucune information de temps. En outre, afin dobtenir la stationnarit, nous devons avoir
une fentre assez troite, dans laquelle le signal est stationnaire. Plus la fentre est troite,
meilleure est la rsolution de temps ; et plus la marge sur lhypothse de la stationnarit est
bonne, plus la rsolution de frquence est pauvre :
36

Fentre troite bonne rsolution temporelle, mauvaise rsolution frquentielle.

Fentre large bonne rsolution frquentielle, mauvaise rsolution temporelle.
Pour rsumer, la STFT est trs bien si le signal tudi est stationnaire car dans ce cas l,
il suffit de fixer lchelle adquate pour tudier le signal. Mais si le signal est non-stationnaire,
lchelle fixe nest plus dactualit et il faut trouver une autre solution.
1.2
La transforme en ondelette continue : Au coeur dune analyse

multi-rsolution
La transforme en ondelette continue (CWT) a t dveloppe comme une alternative au

problme de rsolution rencontr par la STFT. Comme nous lavons vu dans le premier chapitre,
une telle analyse multi-rsolution est notamment ncessaire afin dtudier des PAs.
La transforme en ondelette continue (CWT) est dfinie par cette quation :
X (a, b) =
tb
1
)
x(t) a,b (t) dt avec a,b (t) = (
a
a
(II.f)
O a R+ , b R sont respectivement le facteur de dilatation et le facteur de translation,

et (t) la fonction appele ondelette mre.
Une base dondelette est forme dune ondelette mre qui est une fonction de moyenne
nulle et de support compact, dilate ou compresse (facteur de dilatation : a) et translate afin
de couvrir tout le domaine de la fonction dcompose (facteur de translation : b). Ce facteur
dtermine sur quel intervalle du domaine de dfinition de la fonction on se place (notion de
temps) alors que le facteur de dilatation calibre le domaine frquentiel. Par consquent, la
CWT procde une dcomposition en temps mais aussi en frquence. Londelette mre est un
paramtre crucial comme nous le verrons par la suite. Un large panel dondelettes mres existe,
la figure II.2 propose les allures des ondelettes les plus connues.
Le calcul de la CWT consiste donc multiplier le signal par londelette mre en utilisant
diffrentes valeurs pour les coefficients (a) et (b). mesure que la largeur (a) de la fentre
augmente, la transforme commence slectionner les composantes de plus basses frquences.
En consquence, pour chaque chelle et pour chaque intervalle de temps, un point du plan
temps-chelle est calcul. Les calculs une chelle donne construisent les lignes du plan tempschelle, et les calculs diffrentes chelles construisent les colonnes du plan chelle-temps. On
obtient donc le dcoupage en atomes prsent en figure II.3.
Chaque case correspond une valeur de la CWT dans le plan temps-frquence. Remarquez
37
Figure II.2 Exemples dondelettes mres normalise : A) Haar, B) Symlet2, C) Biortho-
gonal 1.3 et D) Daubechies4
Figure II.3 Dcoupage en atomes temps-frquence pour la CWT
38

que les cases possdent certaines surfaces constantes non nulles qui impliquent que la valeur
dun point particulier dans le plan temps-frquence ne peut pas tre connue. Tous les points
dans ce plan qui tombent dans une case sont reprsents par une seule valeur sur la CWT.
Ainsi :
Aux basses frquences, les hauteurs des cases sont plus faibles (ce qui correspond de
meilleures rsolutions de frquence, puisquil y a moins dambigut concernant la valeur
exacte de la frquence), mais leurs largeurs sont plus leves (ce qui correspondent la
rsolution faible de temps, puisquil y a plus dambigut concernant la valeur exacte du
temps).
des frquences plus leves la largeur des cases diminue, i.e., la rsolution de temps
est meilleure, et la hauteur des cases augmente. La rsolution de frquence devient plus
faible.
Cette caractristique est le signe quune analyse CWT est une analyse multi-rsolution. En
conclusion, lanalyse CWT est tout fait dsigne afin dtudier des signaux neuronaux car
contrairement la STFT, elle propose une analyse multi-rsolution ncessaire ltude des
signaux neuronaux dans un environnement trs bruit.
En termes dimplmentation matrielle, le contexte des diffrents projets de recherche ainsi
que le savoir faire de notre quipe nous a pouss vers une question cruciale : tre analogique ou
ne pas tre ? Limplmentation des ondelettes en analogique est une mthode trs peu rpandue.
Nous avons pu nous y confronter durant notre stage de Master et il est de toute vidence trs
difficile dutiliser les ondelettes en analogique car leur implmentations comporte beaucoup
dinconvnients :
La difficult dtablir une fonction de transfert dordre facilement implantable dune ondelette mre. En effet, pour implmenter une ondelette mre en analogique on doit connaitre
sa fonction mathmatique qui nous mnera ltablissement dune fonction de transfert.
Or cette fonction de transfert est trs souvent dordre trs lev mme aprs une approximation ([Akansu, 1994], [Edwards and Cauwenberghs, 1995], [Haddad et al., 2004]). Ce
dfaut engendre des filtres dordre trs levs difficilements implantables en analogique.
Le manque de reconfigurabilit de la mthode analogique. Un circuit est spcifique une
ondelette mre donne.
La consommation. Des calculs de consommation de la CWT ont t effectus dans [Simard, 2004] et ont montr que la CWT est quatre fois plus consommatrice en puissance
quun calcul en ondelette en numrique.
Par consquent en terme dimplmentation la CWT ne semble pas tre le meilleur moyen,
39
voyons du cot numrique.
1.3
Transforme en ondelette discte
Une des mthodes des plus fiables et simples en matire de transforme en ondelette numrique est la transforme appele "transforme en ondelettes discrte" ou "discrete wavelet
transform" (DWT). Cette mthode est base sur un algorithme pyramidal, et plus prcisment
sur une dcomposition dune banque de filtres sur une base orthogonale. Cette dcomposition
est ralise par un calcul de convolution un niveau j entre un signal original x[n] et deux
filtres : un passe-haut (G) qui calcule dj [n] (appel "coefficient de dtail") et un passe-bas (H)
qui calcule aj [n] (appel "coefficient dapproximation") reprsentant les sorties du calcul en
ondelette. Ce calcul entre G et H est prsent dans les quations II.g et II.h :
dj [n] =
L
X
g j [k] aj1 [n k]
(II.g)
hj [k] aj1 [n k]
(II.h)
k=0
aj [n] =
L
X
k=0
O L reprsente lordre des filtres, gnralement entre 2 et 8, j le niveau de dcomposition et

n le numro dchantillon. g[k] et h[k] correspondent respectivement aux coefficients des filtres
passe-haut et passe-bas (voir tableau A1.1 en annexe 1) ([Meyer and Ryan, 1993], [Coifman
et al., 1992], [Strang and Nguyen, 1996], [Mallat, 1999]). Nous pouvons noter que les coefficients dapproximation ou ceux de dtail un niveau j dpendent seulement des coefficients
dapproximation au niveau (j 1). Contrairement au domaine continu o londelette mre tait
dfinie par une quation mathmatique continue, en numrique, londelette mre est compose
par un jeu de deux filtres (G et H). Le choix de londelette mre doit tre fait soigneusement car
lanalyse en ondelette est une analyse certes frquentielle, mais aussi temporelle. En gnral,
plus la forme de londelette mre est proche du signal (par exemple le PA) dtecter, plus la
dtection est facile.
Le principal problme de la DWT rside dans le fait que cest une transforme qui nest pas
invariante par rapport au temps, ce qui veut dire quune variation temporelle dans le signal
dentre va produire diffrents jeux de coefficients ([Salmanpour et al., 2008]) du fait du souschantillonage. Comme illustr dans la figure II.4, chaque niveau de dcomposition correspond
un filtre passe-bande dont les frquences normalises sont dans lintervalle [1/4; 1/2] 2j .
La transforme en ondelettes stationnaire (SWT) va rsoudre ce problme en omettant le
40

Figure II.4 Dcomposition en DWT sur 3 niveaux
sous-chantillonage par deux. Ainsi, les coefficients dapproximations et de dtails auront le

mme nombre dchantillons que le signal dentre. La SWT dun signal avec N chantillons
fournira des coefficients dapproximation et de dtail avec N chantillons chaque niveau de
dcomposition. La redondance des rsultats aura pour effet daugmenter le niveau de prcision
de la dtection. La figure II.5 reprsente la dcomposition de la SWT sur 3 niveaux.
Contrairement la DWT o tous les coefficients des filtres taient identiques (tableau A1.1)
selon le niveau de dcomposition, la SWT propose des filtres de tailles diffrentes grce au surchantillonnage (figure II.5). Un exemple avec londelette de Haar est prsent dans le tableau
A1.2. Par consquent, un signal dentre avec N chantillons donne des coefficients dapproximation et de dtail de longueur N chaque niveau de dcomposition rendant le signal de sortie
plus prcis que celui obtenu avec une DWT (figure II.5).
La diffrence de discrimination des PAs entre la SWT (figure I.8.C) et la DWT (figure I.8.D),
sera prcise dans la section valuation de la structure de dtection. En terme dimplmentation
il existe plusieurs types darchitectures [Dumortier, 2005].
Lalgorithme pyramidal propos dans la figure II.5 qui reste lalgorithme basique.
Lalgorithme polyphase.
41
42
Figure II.5 Dcomposition en SWT sur 3 niveaux
II.2 Stratgie de dtection
Lalgorithme lifting.
Lalgorithme lattice.
Dans un premier temps, notre choix sest port sur lalgorithme pyramidal de base malgr
le fait quil soit rput consommateur de ressources compar aux autres architectures. En effet,
notre but final est la ralisation de toute la chane dacquisition, de traitement et dextraction
des rsultats. Nous avons voulu donc aller lessentiel avec lalgorithme pyramidal afin de ne pas
tre retard par une implmentation trop complexe. Mais comme nous allons le dmontrer dans
nos rsultats, en optimisant notre procd de calcul et nos machines dtat, la consommation
de ressources peut tre rduite et tre comparable celle des autres architectures.
En ce qui concerne le matriel, notre choix dimplmentation sest port sur un FPGA. Avec
leurs mmoires embarques (type RAM), les FPGAs nous sont apparus comme une vidence.
De plus, le calcul en ondelettes consiste en de simples additions et multiplications associes
une mmoire vive. Ce type dinterface a le mrite davoir un temps de dveloppement court
mais aussi une reconfigurabilit accrue que lon naurait jamais eu avec une implmentation
analogique. Par exemple, en changeant simplement les coefficients des filtres on obtient telle ou
telle ondelette mre.
Une autre implmentation numrique telle que lutilisation dun DSP (Digital Signal Processor) na pas t envisag. En effet, comme nous le verrons par la suite, le but du systme
nest pas seulement de faire un calcul en ondelette mais aussi de contrler, en mme temps,
diffrents priphriques externes (cartes de stockage, ADCs, cran etc...). Cette multiplication
des tches en parallle aurait t compliqu par lutilisation dun contrleur squentiel tel quun
DSP. De plus, notre objectif final est de pouvoir partir de la plateforme existante, fabriquer
un ASIC afin de pouvoir limplmenter. Cette tche est possible partir du VHDL car des
outils de synthse existent mais difficileme partir dune autre implmentation.
Stratgie de dtection
Notre stratgie finale pour une dtection des PAs sur la chaine dacquisition (on-line) et
en temps rel est dimplmenter un tage de pr-traitement (transforme en ondelettes) qui va
amplifier les PAs et attnuer le bruit, suivi dun seuillage adaptatif qui va discriminer les PAs.
Notre mthode de seuillage adaptatif sinspire de la mthode que Harrison [Harrison, 2003] a
dvelopp en analogique et dont le principe dcoule de lautomatique. Le principe gnral pour
calculer un seuil de faon automatique est de calibrer ce seuil par rapport lcart type ()
du signal, qui lui-mme value le niveau de "bruit", en prenant lhypothse que le signal tudi
43
Figure II.6 Dcomposition en ondelette dun signal neuronal : A) Localisation des spikes,
B) signal dorigine x[n], C) troisime niveau de dcomposition SWT d3 [n] et

D) troisime niveau de dcomposition DWT d3 [n].
44
II.2 Stratgie de dtection
Figure II.7 Bloc de dtection en ondelette
prsente une distribution gaussienne. Pour cela, on utilise une boucle de rtrocontrle qui va
tre asservie vis--vis dune rfrence dont lcart type est connu. Cette rfrence provient du
fait que, pour un bruit blanc gaussien, si un seuil est fix il y a 0,159% de chance quun
chantillon (ou 0,318% pour que sa valeur absolue) soit au-dessus de ce seuil. Par consquent
le calcul de passe par plusieurs tapes.
Etape
Etape
Etape
Etape
1
2
3
4
:
:
:
:
comparaison du estim avec chaque chantillon du signal dentre

calcul de la valeur moyenne en sortie du comparateur de ltape 1
calcul de la diffrence entre cette moyenne et la rfrence 0,318 ou 0,159
r-valuation du et retour ltape 1
Un schma du module de dtection en ondelettes suivi dun module de calcul du seuil

adaptatif est prsent en figure II.7. Le bloc dondelette fournit au bloc de seuillage le premier
niveau de dtail d1 ainsi que le niveau de dtail extrayant le mieux les PAs dk . est estim
dynamiquement sur le premier niveau de dtail en utilisant une boucle de rtrocontrle. Dans
notre systme, le rle du seuillage adaptatif est de suivre la variation du bruit sans prendre en
compte la variation du continu. En effet, nous pouvons noter que nous utilisons d1 au lieu du
signal dorigine car il est obtenu aprs un filtre passe-haut qui ne garde que les composantes de
hautes frquence du signal. Grce cela les variations lentes du signal sont enleves et le seuil
ne ragira qu la variation du bruit.
45
Figure II.8 Bruit enregistr par lintermdiaire dun MEA sur des cellules pancratiques
A lintrieur de la boucle, le signal et le estim sont compars par le comparateur A. La

sortie de A est une pulsation binaire qui est une reprsentation linaire du ratio dchantillons
au-dessus du estim. Le filtre passe-bas (F1) en extrait la valeur moyenne. La diffrence
amplifie par G1 entre cette valeur et une rfrence P, est renvoye au comparateur A. Ce signal
est une estimation de lcart type courant. Lutilisateur fixe la rfrence P selon lapproximation
gaussienne du signal biologique. Pour un bruit blanc gaussien la probabilit que la valeur absolue
dun chantillon soit au dessus de est de 0,318. Dans ce cas l, la rfrence fixer est de 0,318
conformment [Addison, 2002]. On utilise la valeur absolue des chantillons afin de rduire
les contraintes sur le filtre passe-bas F1. Vrifions cette hypothse par lexemple. La figure II.8
propose le bruit enregistr par lintermdiaire dun MEA sur des cellules pancratiques. En
calculant lcart type de la valeur absolue de ce signal grce MATLAB nous obtenons un
cart type de 0,35756 trs proche de la rfrence thorique. Ensuite, aprs un filtre passe-bas
F2 qui stabilise sa valeur (f iltr ), le seuil T est calcul selon lquation II.i, o G2 est un gain
dfini par lutilisateur selon son exprience avec les signaux biologiques. En dautres termes on
rgle G2 afin de se trouver plus ou moins proche du niveau de bruit [Watkins et al., 2004].
T = G2 f iltr
46
(II.i)
II.3 Evaluation de la structure du systme
Tableau II.1 Coefficients des filtres passe-bas (F1 et F2)
Valeur dcimale
Valeur binaire
0,003112792968750
00.00000000110011
wp
01.00000000000000
wz
-0,99371337890625
11.00000001100111
La fonction de transfert des filtres F1 et F2 est :
H(z) = K
1 + wz z 1
1 + wp z 1
(II.j)
H est un filtre passe-bas de Butterworth avec une frquence de coupure de 10 Hz pour une
frquence dchantillonnage de 10 kHz. En vue dune implmentation FPGA, les paramtres de
H sont encods en 16 bits avec virgule fixe. Les coefficients ont t calculs partir de lutilitaire
de cration de filtre sous MATLAB (FDATOOLS) en fixant les diffrents paramtres du filtre
et sont prsents dans le tableau II.1. Afin que ce calcul du seuil soit juste, nous avons suppos
que le bruit tait Gaussien comme cela est le cas gnralement pour les signaux biologiques.
Si cela nest pas le cas une analyse du signal biologique doit tre effectue au pralable afin de
fixer la rfrence P et G1.
Evaluation de la structure du systme
Nous venons de prsenter les diffrentes mthodes que nous souhaitons utiliser dans notre
systme, il faut maintenant valider les diffrentes propositions. Pour cela, nous avons dvelopp
sous MATLAB un modle de notre systme qui va nous servir notamment tester diffrentes
configurations et ainsi les valuer. Nous allons comparer diffrentes mthodes pour la dtection
des PAs sur diffrents signaux neuronaux. Dans un premier temps nous allons prsenter les matriels et mthodes qui nous ont servi afin de caractriser notre systme, pour ensuite prsenter
nos rsultats de simulation.
47
Figure II.9 Trois types de signaux neuronaux artificiels dune dure comprise entre 1 s
et 1,6 s avec un SNR de 5 et diffrents PAs. A) 50 PAs provenant dun

enregistrement de signaux neuronal de singe [Boraud et al., 2005] mesur in
vivo, B) 18 PAs : crs artificiellement et provenant de [Quiroga et al., 2004],
C) 10 PAs : crs artificiellement et provenant de [Nenadic and Burdick,
2005]. Figures du haut : signal en fonction du temps ; forme donde des PAs.
Figures du bas : Densit de puissance spectrale correspondante.
3.1
Matriels et mthodes
Afin de faire une comparaison quantitative et qualitative des diffrentes mthodes, nous
avons effectu nos tests sur des signaux neuronaux artificiels o la forme et la localisation
temporelle des PAs sont connues parfaitement. Trois types de signaux neuronaux utiliss lors
de cette tude sont prsents en figure II.9. La cration des signaux neuronaux sous MATLAB
se droule en trois tapes :
On dfinit la forme du PA que lon utilise dans notre signal de test artificiel (qui est
spcifique pour chaque signal). Deux PAs artificiels sont inspirs de la littrature : figure
II.9.B ([Quiroga et al., 2004]) et figure II.9.C ([Nenadic and Burdick, 2005]). Le troisime
48
PA (figure II.9.A) a t enregistr de faon in vivo partir du cortex crbral dun singe
Macaca Mulatta au repos avec des microlectrodes en tungstne (impdance 0,5 M
1 kHz) une frquence de 10 kHz.
La seconde tape consiste crer un signal (x[n]) o les PAs apparaissent de faon alatoire
avec diffrentes amplitudes.
En ajoutant finalement un bruit blanc Gaussien selon la formule II.k, nous obtenons un
signal neuronal artificiel (y[n]) avec un SNR bien dfini.
y[n] = x[n] + [n] K
(II.k)
K est un coefficient choisi pour obtenir un SNR spcifique. n est le numro dchantillon.
est une squence pseudo-alatoire dont la distribution est centre sur 0 avec une variance de 1.
Le SNR est calcul selon lquation II.l qui est une adaptation de lquation gnrale du SNR
II.m. De par la dure trs courte des PAs, il nest pas possible dutiliser lquation II.l qui ne
prend pas en compte les PAs. Lquation II.m amplifie le poids des PAs dans le calcul du SNR
et ainsi on obtient un SNR qui prend mieux en compte loccurence des PAs.
x[n]2
SN R = 10 log P
y[n]2
P
SN R = 10 log
(II.l)
spike[n]2 length(x)
length(s)
P
y[n]2
(II.m)
spike correspond la forme du PA, x[n] au signal ne comportant que les PAs, y[n] au signal
comportant les PAs et le bruit comme dfini dans lquation II.k et length(x[n]) digne la
longueur du signal x[n].
Nous avons effectu des simulations avec des valeurs de SNR diffrentes : de 0 10 dB
par pas de 1 dB. La figure II.9 montre des exemples de signaux neuronaux artificiels avec un
SNR de 5 dB et des formes de PAs diffrentes. Le nombre de PAs varie dun signal lautre :
50 PAs dans la figure II.9A, 18 PAs dans la figure II.9B et 10 PAs dans la figure II.9C avec
aucun recouvrement entre les PAs. Pour complter la caractrisation des signaux, nous avons
calcul et reprsent la densit de puissance spectrale de chaque signal. Ainsi, on peut noter
que les diffrents spectres ne prsentent aucune raie significative trahissant la prsence de PAs
(f>200 Hz) ; cest pourquoi une simple analyse de Fourier nest pas suffisante pour dtecter les
PAs.
49
Figure II.10 Lissage dun PA
Les diffrents PAs incorpors dans le signal sont chantillonns 10 kHz et doivent tre
dbruits car un bruit Gaussien est ensuite ajout. Cette caractristique doit tre vraiment
respecte pour la bonne continuit de notre analyse. Pour cela, nous avons appliqu au PA
avant son incorporation dans le signal un lissage par la mthode de la valeur mdiane comme
prsent dans la figure II.10. En vue de classer les diffrents algorithmes de dtection de PA
pour une future implmentation matrielle, nous avons suivi le protocole suivant :
Tout dabord, la mthode pour calculer le seuil doit tre value. Nous ne savons pas priori
partir de quel niveau dondelette il faut appliquer le seuil afin dobtenir une dtection correcte. Ensuite, il est utile de comparer les mthodes de dtection prsentes dans le chapitre
1 (seuillage brut, DWT et SWT). Le rsultat de dtection de chaque mthode est important,
mais nous prendrons aussi en compte le nombre doprations ncessaires pour chacune dentre
elles afin de rduire le cot dimplmentation estim sur circuit intgr. Enfin, nous mettrons
en vidence limpact du choix de londelette mre sur le rsultat de dtection. Dautre part,
nous avons implment deux configurations pour chacune des ondelettes mres tudies afin de
voir si en simplifiant le niveau de prcision des coefficients des filtres H et G (en passant de 10
digits 2 digits de prcision), on peut rduire le cot dimplmentation de la transforme en
ondelettes.
3.2
Rsultats
Cette partie va dvoiler les rsultats de notre stratgie de dtection explique dans la partie
prcdente. Plusieurs points ont t abords :
Niveau de dcomposition : Comme le montre la figure II.11, les diffrents niveaux de
dcomposition nont pas la mme allure et dun niveau lautre, le rsultat peut diffrer.
Afin de fixer un niveau pour la dtection, nous avons simul la rponse de notre mthode
de dtection en appliquant le seuil diffrents niveaux de dcomposition. Les rsultats
sont prsents figure II.12.
50
Figure II.11 Dcomposition en ondelette stationnaire du signal provenant des PAs de
singe en figure II.9A
Les rsultats montrent que pour une SWT avec un signal neuronal chantillonn 10 kHz,
le pourcentage de dtection correcte est le meilleur quand on applique le seuil sur le troisime niveau de dcomposition. En termes de cot dopration, celui du troisime niveau
est trois fois plus lev que celui du premier. Si lon modifie la frquence dchantillonnage,
on se rend compte quau-dessus de 17 kHz, le niveau 4 devient plus intressant ce qui est
normal puisque la rponse des filtres est dpendante de la frquence dchantillonnage.
Le niveau 3 reste comptitif pour des frquences dchantillonnage comprise entre 8,5 et
14 kHz, ce qui est tout a fait compatible avec les caractristiques des signaux biologiques.
Mthode de pr-traitement : Nous avons compar trois mthodes, le seuillage brut (sans
transformation), la DWT et la SWT. La figure II.13 prsente les rsultats de dtection.
En termes defficacit de dtection, la SWT est trs clairement la meilleure mthode de
dtection pour tous les signaux tudis. Du ct calcul algorithmique, si nous considrons
quun niveau de dcomposition en ondelette cote une unit, le cot de la DWT est de
1,75 ressources cause du facteur de sous-chantillonnage (1 pour le premier niveau,
51
Figure II.12 Taux de dtection pour diffrents niveaux de dcomposition o le seuil est
appliqu. Nous avons utilis la SWT et londelette mre Haar. La barre

derreur maximale est de 0,93 %(non reprsente) ; la valeur p (indiquant la
probabilit que les rsultats obtenus puissent tre attribus au seul fait du
hasard) et les faux positifs sont ngligeables.([Raoux et al., 2012])
52
Figure II.13 Taux de dtection pour diffrentes mthodes. (A) PAs provenant de singe
in vivo, (B) PAs provenant de Quiroga, (C) PAs provenant de Nenadic. La

barre derreur maximale est de 0,86 %(non reprsente) ; la valeur p et les
faux positifs sont ngligeables.([Raoux et al., 2012])
53
Figure II.14 Taux de dtection pour diffrentes ondelettes mres sur un signal provenant
des PAs in vivo de singe. La barre derreur maximale est de 0,99 %(non
reprsente) ; la valeur p et les faux positifs sont ngligeables.
0,5 pour le second et 0,25 pour le troisime) et la SWT cote 3 ressources. Au final, la
SWT utilise en thorie 58,3% plus de ressources que la DWT. Malgr cet inconvnient, la
SWT apparait tout de mme comme le meilleur choix car son taux de dtection est bien
suprieur celui de la DWT et du seuillage brut compar au cot dimplmentation.
De plus, il faut noter que pour un SNR de 5 dB (figure II.9), lextraction des PAs avec un
simple seuillage brut nest pas possible alors que la SWT propose dexcellents rsultats.
On obtient un trs bon niveau de dtection pour les signaux in vivo de singe et Nenadic
mais aussi pour Quiroga o le taux de dtection est suprieur 60%. Cette comparaison
montre la puissance de la transforme en ondelettes stationnaire pour extraire des PAs
dun signal extrmement bruit, mais cela dmontre aussi que sans ce genre de mthode,
la dtection dpend en grande partie du signal dentre.
Limpact de londelette mre : Cette tude est illustre par la figure II.14 montrant le
test effectu sur le signal neuronal cr partir de PAs de singe. On note que lutilisation
de londelette bior1.3 (Biorthogonale 1.3) donne les meilleurs rsultats de dtection. La
54
figure II.2, qui reprsente les ondelettes utilises dans cette tude, montre quil y a une
grande similitude de forme entre londelette bior 1.3 et un PA. Ceci nous confirme que
plus la forme de londelette ressemble au PA, plus la dtection est correcte.
Le cot dimplmentation : nous prfrons des coefficients dondelette avec le moins possible de digits ce qui aura une influence sur la prcision numrique en nombre de bits
(voir table 2). Pour une implmentation matrielle (sur circuit intgr), au vu des rsultats de dtection et du nombre de coefficients, londelette Haar semble tre en dfinitive
le meilleur choix. Toujours dans cette optique de rduction des cots dimplmentation,
nous avons limit le nombre de digits et donc la place quoccuperait les coefficients dondelette dans une RAM. La figure II.15 montre les rsultats de lutilisation dune mme
ondelette mre un niveau de prcision lev (10 digits) et un niveau faible (2 digits) et
son impact sur le taux de dtection des PAs. Ils montrent quil ny a que 1% de diffrence
de dtection entre les deux configurations (haute et faible prcision). Bien sr en utilisant
2 digits, on perd lorthogonalit des ondelettes mais cela ne pose pas de problme, partir
du moment o la reconstruction du signal nest pas envisage. En termes doccupation
de RAM, un coefficient exprim sur 2 digits ne requiert que 8 bits alors quun coefficient
sur 10 digits requiert 34 bits. Lutilisation de 2 digits au lieu de 10 est une conomie de
place mmoire non ngligeable en vue de limplmentation multi-canaux.
Cette tude nous a permis de vrifier que nos choix de conceptions taient justifis en vue
dune implmentation matrielle du principe de dtection de PAs par ondelette suivie dun
seuillage adaptatif. En prenant en compte plusieurs aspects de limplmentation dont la mthode de dtection, le niveau de dtection sur lequel appliquer le seuil, la frquence dchantillonnage et le choix des ondelettes mres ainsi que le niveau de prcision des filtres dondelette,
nous en avons conclu que :
(a) En terme de dtection de PAs, la SWT apparait comme tant la mthode la plus efficace
malgr un cot de calcul lev. (b) Londelette mre doit tre choisie en fonction de la forme des
PAs recherchs. (c) Une ondelette mre avec peu de coefficients (type Haar) propose un taux
de dtection gal celui obtenu avec une ondelette plus fournie en nombre de coefficient (type
bior1.3) et (d) les coefficients des filtres des ondelettes mres avec peu de prcision permettent
une dtection du mme niveau quavec une grande prcision. Ce qui nous permet dconomiser
une occupation RAM importante.
Notre stratgie de dtection vient dtre dvoile puis justifie, maintenant notre objectif
est de limplmenter sur FPGA. Cette modlisation sur MATLAB nous a fourni une base solide
afin de tester et de comparer nos principes dimplmentation.
55
Figure II.15 Taux de dtection pour des coefficients dondelette utilisant 10 et 2 digits sur
un signal provenant des PAs in vivo de singe. La barre derreur maximale est
de 0,94 %(non reprsente) ; la valeur p et les faux positifs sont ngligeables.
56
Chapitre III
Au coeur de limplmentation matrielle
La structure de dtection ayant t simule et teste sous MATLAB, il nous reste la traduire en langage dimplmentation matrielle et la synthtiser pour une utilisation sur FPGA
(Field-Programmable Gate Array). Par consquent, nous prsenterons dans un premier temps
le principe de fonctionnement dun FPGA en insistant sur les outils ddis son implmentation, son comportement et sa structure dans le cadre de notre systme de dtection. Nous
poursuivrons par une approche fonctionnelle et architecturale du systme avec une description
plus prcise des principaux blocs appartenant au systme de dtection dvelopp dans cette
thse.
Principes de fonctionnement dun FPGA
Le composant de type FPGA est la structure matrielle sur laquelle notre systme est bas.
Cette partie sera entirement ddie sa prsentation et son rle dans limplmentation de
larchitecture dveloppe sous MATLAB dans le chapitre prcdent.
1.1
Outils utiliss
Le FPGA (Field-Programmable Gate Array) ou rseau de portes programmables

Apparus au milieu des annes 1980, les FPGAs sont des circuits composs de nombreuses
cellules logiques lmentaires librement assemblables. Un bloc logique est de manire gnrale
constitu dune table de correspondance (LUT ou Look-Up-Table) et dune bascule (Flip-Flop).
La LUT sert implmenter des quations logiques ayant gnralement 4 6 entres et une sortie.
Elle peut toutefois tre considre comme une petite mmoire, un multiplexeur ou un registre
dcalage. En plus de ces blocs logiques, un FPGA contient dautres ressources prcables
comme des mmoires RAMs, des gnrateurs dhorloge programmables, des entres/sorties
57
Chapitre III. Au coeur de limplmentation matrielle
programmables etc.. Plusieurs familles de FPGA existent ; la socit Xilinx, un des principaux fabricants de FPGA, propose dans son nouveau catalogue les produits Spartan-6, Artix-7,
Kintex-7 et Virtex-6. En vue de fournir un environnement de travail plus complet les dveloppeurs de FPGA proposent des kits de dveloppement comprenant un FPGA comme pice
centrale, mais aussi dautres composants pouvant tre utiliss avec ce dernier (convertisseur
analogique/numrique, convertisseur numrique analogique, cran LCD, port srie etc.). Afin
de pouvoir configurer un FPGA, il est ncessaire dutiliser un langage de description matrielle
ou un outil de saisie graphique. Aprs synthse de cette description, on obtient un fichier de
configuration pour le FPGA cible. Le langage choisi dans cette thse est le VHDL.
Le VHDL (VHSIC hardware description language)
Le langage VHDL fait partie des standards IEEE (Institute of Electrical and Electronics
Engineers) depuis 1987, il est largement rpandu dans la ralisation de circuits numriques
destins a tre implments sur FPGA. Le langage VHDL permet la description dun systme
matriel, savoir son comportement, sa structure et ses caractristiques temporelles. A cela
sajoute la possibilit, par le biais de ce langage, de non seulement simuler un systme mais
aussi de le synthtiser, la synthse consiste traduire par des logiciels adapts (synthtiseurs)
la description VHDL en une srie de portes logiques prtes tre graves sur silicium. Par
consquent, en fonction de la capacit du FPGA hte, il est possible de porter notre architecture
et ainsi rendre nos travaux entirement portables et reconfigurables. La suite logicielle utilise
pour la description et la synthse est loutil ISE, fourni par le fabricant Xilinx. Cette suite se
compose doutils pour la description soit par saisie en ligne soit, par saisie schmatique, doutils
pour la simulation (Modelsim, Xilinx ISE Simulator etc.), pour la synthse et limplmentation
vers le composant cible Xilinx.
1.2
Contexte de limplmentation du systme sur FPGA
Rle du FPGA
Dans un premier temps, le FPGA doit rceptionner, formater et chantillonner les donnes
provenant du milieu extrieur. On qualifiera cette action dtape dacquisition. Il doit, dans un
second temps, envoyer les donnes formates vers les blocs de calcul de la SWT et du seuil. Enfin,
le FPGA devra mettre en forme tous les paramtres de la dtection et permettre lutilisateur
de les reconfigurer si ncessaire. Les contraintes lies au systme sont dune part, le temps rel :
58
III.1 Principes de fonctionnement dun FPGA
Figure III.1 Architecture du systme sur FPGA
le temps de calcul de la SWT et du seuil doit tre infrieur la priode dchantillonnage.

Dautre part la consommation en cellules logiques et en mmoire doit tre minimise afin de
rendre notre systme intgrable sur une petite surface compatible lintgration dimplants
biomdicaux.
Structure du systme sur FPGA
La structure du systme sur FPGA dcoule directement du comportement qui vient dtre
nonc et est prsente dans la figure III.1.
Sur ce schma on remarque quatre blocs principaux : Le bloc rception et gestion des donnes
biologiques, le bloc de calcul de la SWT, le bloc seuillage et le bloc interface utilisateur.
Le bloc rception et gestion des donnes a pour rle dorchestrer lacquisition du signal
biologique par le biais de sa liaison avec les convertisseurs analogiques/numriques (ADC).
Ainsi les donnes biologiques sont codes numriquement et subissent un premier formatage (diminution ou augmentation du facteur damplification) afin dtre transmises au
module de dtection. On peut noter que lutilisateur peut accder ltat de lacquisition
car le bloc de rception transmet en temps rel ltat davancement de lacquisition mais
aussi le dpassement ou non de capacit des diffrentes donnes biologiques formates.
Le bloc interface utilisateur a une double fonction. Il transmet, dune part, les commandes
59
de lutilisateur vers les trois autres modules contribuant ainsi la reconfigurabilit la

vole du systme. Et dautre part, il transmet toutes les informations utiles provenant des
autres modules lutilisateur par le biais dun cran ou dun terminal. Il faut bien faire la
diffrence entre reconfigurabilit la vole et configuration du FPGA. La configuration
consiste synthtiser le code VHDL sur le FPGA afin dimplmenter un design de portes
logiques fixe. Ce processus peut prendre une dizaine de minutes alors que la reconfigurabilit la vole permet au FPGA de modifier rapidement les paramtres de la dtection
sans avoir configurer un nouveau design sur le FPGA.
Le bloc calcul de la SWT consiste calculer les diffrents coefficients de dtails (dj ) et
dapproximations (aj ) vus dans le chapitre II. Il reoit les donnes biologiques du bloc
dacquisition afin de procder au calcul de la SWT. Les paramtres du calcul sont fournis
par le bloc utilisateur.
Le bloc Seuillage effectue le calcul de lcart type afin dvaluer un seuil pour ensuite le
comparer avec la sortie de la SWT. Par consquent la structure de seuillage est connecte
la structure de calcul de SWT par trois liens : un lien principal transportant les donnes
de sortie du module de calcul de la SWT (niveau de dtail 1 et niveau de dtail voulu par
lutilisateur) et deux liens indiquant quel type de donne transite sur le lien principal. Il
reoit aussi les signaux commandant le seuillage de linterface utilisateur et renvoie les
sorties de la dtection.
Evolution de larchitecture du systme sur FPGA
Ces quatre blocs sont communs toutes les versions du systme de dtection. Mais au
fur et mesure de notre avance dans la thse, nous les avons modifis de faon ce quils
rpondent aux diffrents besoins qui nous sont apparus. Par consquent, de par lutilisation
de la transforme en ondelettes, voquant pour nous la mer Mditerranne (Med) et de la
multitude de versions ayant t dvelop (Multi), nous avons appell notre projet : "MultiMed"
dont "NeuroBetaMed_Matlab" est la version logicielle ddis au dveloppement thorique de
notre systme et "NeuroBetaMed_Rs232", "NeuroBetaMed" et "NeuroBetaMed XL" sont les
versions matrielles dveloppes. La figure III.2 prsente lhistorique dapparition des diffrentes
versions.
NeuroBetaMed_Rs232 est la premire version matrielle implmente. Son principal objectif tait le dveloppement du module de dtection des PAs. Linterface utilisateur ainsi
que linterface de rception et gestion des donnes taient rduits au maximum.
NeuroBetaMed puis NeuroBetaMed XL sont plutt tourns vers le dveloppement du
60
III.2 Module de calcul de la SWT
Figure III.2 Projet MultiMed : volution de larchitecture du systme sur FPGA
bloc dacquisition et du bloc dinterface utilisateur.

Nous verrons plus en dtails ces versions dans le dernier chapitre de cette thse. Maintenant
que le principe de fonctionnement du FPGA vient dtre prsent, nous allons pouvoir nous
atteler la description de larchitecture des diffrents modules noncs dans la figure III.1.
Module de calcul de la SWT
Historiquement le premier module dvelopp durant cette thse a t le module de calcul

de la SWT. Nous allons donc le prsenter en premier en commenant par le cahier des charges
dfini avec nos collaborateurs.
2.1
Cahier des charges
Limplmentation tant numrique, le premier aspect de ce cahier des charges pointe le

codage binaire des valeurs numriques. En effet, cet aspect conditionne beaucoup de paramtres
comme la taille des ADCs, la taille des RAMs, le temps de calcul etc.. Par consquent, le choix
doit tre fait avec beaucoup de prcautions. Nous avons tabli (chapitre II.1.3) que pour la
plupart des ondelettes mres, la SWT consistait au maximum en 7 additions et 8 multiplications
avec des coefficients dondelette mre strictement infrieurs 1. La principale difficult consiste
ne pas observer de dpassement de capacit lors du calcul de la SWT. Afin de limiter ce
problme, aprs tude logicielle (chapitre II.3), nous avons introduit une tape de normalisation
des donnes biologiques en entre afin de rduire la probabilit dobserver un dpassement. Nous
optons donc pour un codage binaire complment deux sur 16 bits avec une virgule fixe situe
entre les bits 15 et 14, limitant donc les sorties du calcul en SWT entre -2 et +2. Une autre
solution, en complment de la normalisation, est de diminuer le gain damplification du signal
biologique afin de rduire la dynamique dentre. Enfin une solution radicale, plus complexe et
61
Tableau III.1 Codage binaire des valeurs dcimales
Plage de fonctionnement
Valeur du LSB
Valeur dcimale
1,999938964843750
-1,999938964843750
Valeur binaire
01.11111111111111
10.00000000000001
0,000061035156250
00.00000000000001
gourmande en circuit logique, est prvue dans la version finale du systme afin de stopper le
calcul lors de lapparition dun dpassement de capacit. Le tableau III.1 reprsente le codage
binaire choisi.
Le deuxime paramtre prendre en compte aprs le codage binaire est la frquence dchantillonnage. En effet, cest elle qui fixe le temps dapparition dun nouvel chantillon. Avec le
systme dacquisition provenant de lentreprise MCS (Multi Channel System) que nous avons
utilis, cette frquence est fixe 10 kHz, cest--dire que nous avons 100 s entre chaque
chantillon pour effectuer toutes nos oprations. Cette frquence dutilisation est impose par
les filtres prsents le long de la chane dacquisition et ne peut tre modifie sans bruiter le
signal dentre.
Enfin le dernier point du cahier des charges se concentre sur lutilisation mmoire. Comme
nous lavons montr, il faut mmoriser les niveaux dapproximations intermdiaires (aj1 ,aj2 ...)
ainsi que les 8 coefficients des filtres des ondelettes mres afin de calculer le niveau j. Ainsi
pour le premier niveau, il faut enregistrer les 8 derniers chantillons du signal biologique, pour
le deuxime niveau, il faut enregistrer les 16 derniers coefficients dapproximations obtenus du
niveau 1, etc.. Par consquent plus on va dans les niveaux levs plus loccupation mmoire
augmente : elle est multiplie par deux chaque niveau de dcomposition et est proportionnelle
au nombre de canaux. Par consquent, une gestion de la RAM devra tre effectue de faon
trs prudente afin de ne pas dpasser les capacits du FPGA.
Le cahier des charges pour limplmentation matrielle de la SWT vient dtre prsent avec
comme point crucial loccupation mmoire, voyons maintenant la structure de la SWT.
2.2
Structure du calcul de la transforme en ondelettes stationnaire

(SWT)
Aprs tude du cahier des charges, la structure fonctionnelle de calcul de la SWT en temps
rel associe une RAM se prsente comme une structure permettant de faire 7 additions et 8
62
Figure III.3 Structure pipeline du calcul de la SWT
multiplications. Le rsultat de ce calcul est soit enregistr par la RAM, soit envoy aux autres
blocs du systme de dtection. En vue dimplmenter cette fonction, nous sommes confronts au
double problme temps/ressources ; le calcul de la SWT peut tre effectu avec une architecture
parallle o les calculs sont effectus trs rapidement en consommant beaucoup de ressources
(8 multiplieurs et 7 addtionneurs). Ou il peut se raliser en utilisant plus de temps, en utilisant
une architecture squentielle, par un pipeline consommant 1 multiplieur et 1 additionneur. Dans
notre application, de par la frquence dchantillonnage assez faible, notre contrainte en temps
nest pas un obstacle majeur. Au contraire de la contrainte en ressource o, dans un FPGA,
les multiplieurs sont une denre assez limite. Par consquent larchitecture squentielle sera
prfre dans notre cas larchitecture parallle
Architecture fonctionnelle et cot matriel

Suite aux rflexions ci-dessus, nous avons choisi une structure pipeline sur 3 tages (figure III.3). La structure en pipeline rparti le calul en ondelette sur un seul addtionneur et
multiplieur en effectuant un multiplexage temporel.
Le 1er tage de calcul consiste lire les deux RAMs afin de prsenter au multiplieur les
bonnes donnes. Nous utilisons une RAM de taile 8 16b qui contient les 8 coefficients
des filtres dfinissant londelette mre. Contrairement cette mmoire qui est fonction-
63
nellement comparable une ROM (mme si on se garde le droit de modifier ses valeurs),
la deuxime RAM doit mmoriser les chantillons du signal biologique ainsi que les coefficients dapproximation des niveaux de dcomposition infrieurs chaque nouveau calcul
ou chantillon.
La seconde tape est de faire la multiplication pour ensuite faire dans une troisime tape
une addition qui va tre envoye laccumulateur. Au bout de la 8me donne, le calcul
est prt.
Un exemple de lvolution du remplissage de la mmoire RAM chantillons en fonction de
larrive dun chantillon x[n] est prsente en figure III.4 pour un seuillage sur le niveau 3 de
dcomposition. x[n] correspond au signal dentre pour lchantillon n et ai identifie le coefficient
dapproximation au niveau i. On remarque que pour effectuer un calcul jusquau niveau 3, il
faut une RAM de taille 56 16b. Or une RAM de cette taille est automatiquement tendue par
le FPGA en une RAM de taille de 64 16b pour plus de commodit au niveau de ladressage
des donnes. Par consquent, on aura une taille de RAM pour un niveau 4 : 128 16b, pour
un niveau 5 : 256 16b et pour un niveau 6 : 512 16b etc..Si on veut tendre ce systme n
canaux dacquisition, il faut multiplier par n chaque taille prsente prcdemment.
Le cot matriel majeur du calcul de la SWT sur n canaux dacquisition au niveau de seuil
i (i >= 2) se rsume par lutilisation de :
deux RAMs de taille fixe : 8 16b
une RAM de taille variable : n 8 2i 16b
un multiplieur
Architecture temporelle
En ce qui concerne le temps de calcul de la SWT, la figure III.5 prsente un aperu de

lvolution temporelle du calcul.
64
Figure III.4 Evolution du remplissage de la mmoire RAM chantillons en fonction de
larrive dun chantillon x[n]. La zone barre (haut) correspond la zone

mmoire non utilise. les ? reprsentent des espaces mmoires non encore
affects.
65
Figure III.5 Timing du calcul de la transforme en ondelette stationnaire (SWT). A)
Timing pour le calcul dun niveau dapproximation, B) Timing pour le calcul

du niveau 6 de dtail, C) Timing restant sur une priode dchantillonnage.
Nous remarquons que notre structure en pipeline effectue 8 additions, et non pas 7 comme
nonc dans la thorie. Ceci est fait dans un souci de symtrie temporelle par rapport aux 8
multiplications. De plus, un tat de clear, non pnalisant en terme de temps de calcul, a t mis
en place au niveau de laddition afin de la dcaler par rapport la multiplication. Ainsi, nous
assurons le fait que la multiplication se droule en premier par rapport laddition. La figure
III.5.A montre que la squence dopration pour le calcul dun coefficient dapproximation ou
de detail (aj ou dj ) est dune dure de 10 cycles soit 20 ns si lon considre une frquence de
fonctionnement du FPGA de 50 MHz (cette frquence dpend du FPGA choisi). Cinq units
fonctionnelles sont impliques dans le calcul : Switch calcul (Nouveau calcul), laccs RAM,
laccumulation, le multiplieur et la sortie. La figure III.5B montre que la dure des calculs
menant au calcul du sixime niveau de dtail est de 1,4 s. Enfin puisque les expriences
sont menes avec une frquence dchantillonnage de 10 kHz sur le signal biologique, nous
pouvons reproduire 70 fois ce calcul sur une priode dchantillonnage (figure III.5.C). Ainsi
on peut en conclure quil est tout a fait envisageable de conserver cette structure de calcul
66
Figure III.6 Structure VHDL du calcul de la transforme en ondelette stationnaire
(SWT)
pour le traitement des 64 canaux extrait dun MEA, avec une consommation mmoire totale
de 64 512 16b pour obtenir un niveau de dcomposition maximal de 6.
En ce qui concerne les entres/sorties, elles sont gres par le bloc dacquisition. Ainsi le
calcul de la SWT na besoin que de la donne biologique code sur 16 bits et dun signal
dordre de transfert. Ensuite la structure de calcul de la SWT lance le calcul des coefficients
dapproximation et propose au module de seuillage le premier niveau de dtail pour calculer
lcart type ainsi que le niveau de dtail souhait o effectuer le seuillage. Lutilisateur peut
interagir en permanence sur le choix de londelette mre et le niveau de dtail dsir pour le
seuillage. Au final la structure de calcul de la SWT est considre comme configurable la
vole et temps rel.
Structure VHDL
De ces deux architectures, on peut en dduire une structure VHDL finale du module de
calcul de la SWT(figure III.6).
67
Figure III.7 Chronogramme de test du calcul de la SWT : Ri correspond aux accs RAM
de la figure III.5, add_ech_ et add_coeff[2 :0] : adresses de lecture de la

RAM chantillon et de la RAM ondelette mres, echantil et coeff_s[15 :0] :
valeurs hexadcimales des RAMs, acc[34 :0] : valeur de laccumulateur, result[15 :0] : rsultat du calcul, wr : ordre dcriture
Une premire tape de normalisation est effectue afin de rpondre au premier point du
cahier des charges (chapitre II.2.1). Ensuite on repre un tage de mmorisation reprsent
par les deux RAMs relies par une liaison bidirectionnelle au bloc de calcul de la SWT afin
de fournir ce dernier les donnes ncessaires au calcul. Enfin les donnes correspondantes au
coefficient de dtail de niveau 1 et de niveau k (niveau voulu par lutilisateur) ainsi que les deux
signaux de contrle (start_d1 et start_dk ) sont envoys au bloc de seuillage. La reconfigurabilit
du systme est reprsente par laxe de paramtres utilisateur.
2.3
Procdures et rsultats de vrification fonctionnelle
La premire procdure pour la vrification des rsultats est de faire une simulation en
utilisant un testbench sous le logiciel ISE de Xilinx. Nous avons donc crit une routine sous
MATLAB afin de construire notre fichier testbench dont le but est de simuler larrive de
plusieurs chantillons correspondant au signal biologique sur notre circuit. Ainsi nous pouvons
par la suite vrifier chaque tape de calcul.
La figure III.7 reprsente les 10 tapes de calcul menant au calcul dun coefficient dapproximation au niveau 5. La RAM chantillons est initialise la valeur 0.
On simule le calcul dun coefficient dapproximation au niveau 4 avec une ondelette de haar
(2 coefficients).
1re tape : Envoi des adresses de lecture pour les deux RAMs (R0)
2me tape : Arrive des premires donnes (R1). Dcrmentation des adresses de lecture
3me tape : Premire addition puis accumulation qui est dans cet exemple nulle (acc[34 :0]).
68
Notez que laccumulation est code sur 35 bits. Cela est tout a fait normal car puisque
nous faisons une multiplication de deux nombres de 16 bits, nous prfrons garder un
maximum de prcision. On observe encore une arrive des donnes et une dcrmentation
des adresses de lecture (R3)
On continue de mme jusqua la 8
me
tape.
8 me tape : Envoie des dernires adresses (R7)

9 me tape : Arrive des dernires donnes et calcul
10 me tape : On extrait les bits significatifs de laccumulation correspondant au rsultat
du calcul (WRITE)
Ainsi les tapes de calculs sont respectes et lenchanement des actions est bien synchronis
comme le prvoyait la figure III.5.A. Par consquent, dun point de vue fonctionnel, le calcul
de la SWT est correct.
Maintenant que nous avons vrifi le droulement des squences de calcul, vrifions le calcul
en lui mme : lchantillon provenant du coefficient dapproximation 3 est $001E = 0,001831054
et le coefficient du filtre dondelette Haar pour calculer un niveau dapproximation est gal
$2D41 = 0,7071067812.
La squence que nous voulons calculer est donc la suivante :
a4 [0] = a3 [7] h0 + a3 [0] h7 + a3 [1] h6 + a3 [2] h5
+ a3 [3] h4 + a3 [4] h3 + a3 [5] h2 + a3 [6] h1
a4 [0] = 0 0 + 0, 001831054 0, 7071067812 + 0, 7071067812 0 +
+ 00+00+00+00+00
a4 [0] = a4 [0] = 0, 00129690836577553848 = $0015
(III.a)
O hi (i 8) correspond aux 8 coefficients du filtre de londelette mre et aj aux coefficients

dapproximations au niveau j.
Or le rsultat que lon trouve avec la simulation est identique celui trouv prcdemment.
Nous avons bien sr continu lexpertise sur plusieurs chantillons et plusieurs types dondelettes et les rsultats correspondent. La simulation sur n canaux a t aussi effectue et nous
avons pu mesurer lefficacit du multiplexage des diffrents canaux ainsi que la gestion de la
RAM chantillons tendue. Le temps de calcul pour les 64 canaux est conforme aux prvisions
69
thoriques.
Par consquent on peut en conclure que le calcul de la SWT est correct en simulation. La
prochaine tape est donc de le tester en situation relle, nous verrons cela dans le prochain
chapitre avec la description des diffrentes versions de MultiMed.
Module de seuillage
La structure de seuillage est destine effectuer le calcul de lcart type afin dvaluer un
seuil pour ensuite le comparer avec le niveau de dtail de la SWT adquate. Par consquent
la structure de seuillage est connecte la structure de calcul de SWT par 3 liens : un lien
principal transportant les donnes de sortie de la SWT (niveau de dtail 1 et niveau de dtail
voulu par lutilisateur) et deux liens indiquant quel type de donne transite sur le lien principal
(figure III.1).
3.1
Cahier des charges
En ce qui concerne le codage des nombres binaires ainsi que de la frquence dchantillonnage, le cahier des charges pour la structure de dtection est la mme que celle du calcul de
la SWT. Afin dvaluer les contraintes au niveau matriel, rappelons la structure thorique du
modle de seuillage dans la figure III.8 (chapitre II.2).
Les principaux lments matriels devant tre utiliss sont des filtres passe-bas, des comparateurs, des amplificateurs, des multiplieurs et des modules de calcul de valeur absolue. En
effet, en vue de la simplification des calculs, nous avons prfr nutiliser que la valeur absolue
des coefficients de dtails. Cette conomie nous permet dviter la gestion du seuillage ngatif,
rendant la structure beaucoup plus simple.
En ce qui concerne les filtres passe-bas, leur fonction est, comme nous lavons vue (chapitre
II.2), de calculer une valeur moyenne. Pour cela, nous en avons extrait diffrents paramtres
comme la frquence de coupure et le type de filtre nous permettant dvaluer la fonction de
transfert (II.j) vu dans le chapitre II. Dun point de vue temporel, ces filtres sont des filtres IIR
(Infinite Impulse Response) ayant pour dfinition lquation III.b.
y[n] = K x[n] + K x[n 1] + a1 y[n 1]
(III.b)
Avec n le numro dchantillon, K et a1 = wp coefficients du filtre IIR (table A1.2 situe

en annexe 1), y la sortie du filtre et x lchantillon dentre.
70
III.3 Module de seuillage
Figure III.8 Modle du seuillage adaptatif en temps rel (chapitre II.2)
La contrainte la plus importante sera la contrainte temporelle. En effet aprs larrive dun
chantillon correspondant au niveau de dtail 1 (servant au calcul de lcart type), le temps
minimum avant le calcul du prochain niveau de dtail (d2 ) est de 420 ns. Par consquent le
calcul du seuil devra se faire dans ce temps imparti (figure III.10).
3.2
Structure du module de seuillage
Architecture fonctionnelle et cot matriel

Aprs lecture du cahier des charges plusieurs fonctions nous sont apparues. Le calcul de la
valeur absolue consiste en un calcul de linverse dun complment deux si la donne en entre
(coefficient de dtail) est ngative. Par consquent ce calcul contient une soustraction par 1
suivi dun inverseur. La soustraction par la rfrence ainsi que le gain de deux sont effectus
dans le mme cycle dhorloge. En termes dutilisation matrielle, la soustraction consomme un
soustracteur et le gain (G1) de deux a t effectu grce un dcalage dun bit vers la gauche.
Si le rsultat de cette soustraction est ngatif alors le rsultat final envoy au gain G1 est gal
zro. Le gain G2 est quant lui effectu par un multiplieur car nous voulons pouvoir modifier
finement sa valeur. A et B sont des comparateurs ncessitant un cycle dhorloge.
La partie la plus dlicate dans cette structure de dtection est la ralisation des filtres F1
et F2. Etant identiques (chapitre II.2), nous avons dcid de nutiliser quun seul bloc de calcul
71
(passe_bas) effectuant lquation III.b pour modliser les filtres. Une structure pipeline sur
cinq tages a t utilise afin de rduire au maximum le nombre de multiplieur et dadditionneur
(figure III.9).
La premire tape consiste lire la valeur des RAMs ainsi que de la donne en entre
Ensuite, une machine dtat par le biais de deux multiplexeurs choisit dune part la donne
chantillon (x[n], x[n 1] ou y[n 1]) et dautre part le coefficient du filtre (K ou a1 ).
La troisime tape consiste effectuer la multiplication et la dernire tape effectue
laccumulation. Au bout de la troisime accumulation le calcul est termin et la donne
est envoye en sortie du filtre.
Dun point de vue matriel, le bloc filtre possde 2 RAMs (une contenant les donnes
x[n 1], une contenant les donnes y[n 1]) ncessaires au stockage des 64 canaux, un jeu de
registres et de multiplexeurs, un multiplieur, un additionneur et un accumulateur. En fonction
du nombre de canaux (n_canal) sur lesquels le seuil est calcul, la taille des RAMs varie et est
de lordre de 2n_canal16b (le nombre 2 permet de diffrencier la RAM destine au filtre 1
et celle du filtre 2). Lutilisation dun multiplieur pour implmenter ce filtre passe-bas dordre
1 peut sembler exagre, un simple dcalage de bit aurait pu suffire. Nous avons test cette
possibili mais les rsultats des multiplications implmentes par un dcalage de bit ntaient
pas assez prcis pour nos applications. Nous avons donc opt pour lutilisation dun multiplieur
pour limplmentation de notre filtre.
Le cot matriel du seuillage se rsume donc :
deux RAMs de tailles variables en fonction du nombre de canaux n : n 16b
deux multiplieurs
Architecture temporelle
La figure III.10 reprsente les contraintes temporelles lies lutilisation des diffrents blocs.
Le calcul du seuil est lanc suite larrive du niveau de dtail 1 sur le bloc de seuillage grce au
signal start_d1 . Le seuillage est quant lui effectu lorsque le niveau de dtail que lutlisateur
a choisi est calcul. Le signal start_d1 indique le dbut du seuillage.
Dun point de vue temporel, il faut attendre 320 ns ( une frquence de fonctionnement de
50 MHz soit 16 cycles dhorloge pour que le seuil soit calcul (III.10). Ainsi nous entrons dans
les conditions temporelles fixes par le cahier des charges qui tait de faire le calcul du seuil en
moins de 420 ns.
72
Figure III.9 Structure pipeline des filtres F1 et F2
73
Figure III.10 Chronogramme de test du calcul des filtres F1 et F2. A) Timing pour le
calcul dun filtre, B) Timing pour le calcul des deux filtres.
74
Figure III.11 Structure systme finale du module de seuillage ; ABS : Calcul de la valeur
absolue, Compa A et B : Comparateurs, G2 : Amplification par un gain

G2 fix par lutilisateur ; S : Soustraction suivie dune amplifaction par le
gain G1.
Structure finale du systme
De ces deux architectures, on dduit une structure finale du systme du module de seuillage
(figure III.11).
Les sorties de dtection se composent de plusieurs signaux :
La dtection en elle mme qui se caractrise par un signal cod sur 64 bits, correspondant
aux 64 canaux dacquisition
Le seuil calcul (cod sur 16 bits)
Les donnes du coefficient de dtail choisi par lutilisateur sur lequel on calcule le seuil
Pour plus de clart, les paramtres de contrle utilisateur ont t volontairement non reprsents. Maintenant que la structure finale du module de calcul du seuil est ralise, voyons son
fonctionnement en simulation.
3.3
Procdures et rsultats de vrification fonctionelle
Les procdures de vrification sont les mmes que pour le calcul de la SWT.
Dans un premier temps nous avons vrifi le bon fonctionnement du bloc Passe-bas F1 et
F2. Le but est de comparer le droulement des squences de calcul de la figure III.10A et celui
la figure III.12 obtenu aprs simulation sous Xilinx.
75
Figure III.12 Chronogramme de simulation du calcul du filtre F1. Ri correspond aux
accs RAM de la figure III.10, x1d[15 :0] : entre du filtre, x_input

et c_input : valeurs des RAMs x[n-1] ou y[n-1] et des coefficients, accumu[34 :0] : valeur de laccumulateur et sortie : rsultat du filtre F1.
Nous pouvons noter que les diffrentes tapes du calcul sont conserves ainsi que le timing
de 320 ns. En ce qui concerne la justesse des calculs nous avons vrifi le calcul effectu en
simulation dont lquation mathmatique est :
y[n] = 1 0, 003112792968750 + 0 0, 003112792968750 + 0 0, 993713378906250
y[n] = 0, 003112792968750 = $0033
(III.c)
Or le rsultat que lon trouve avec la simulation (sortie[15 :0]) est identique celui trouv
prcdemment. Nous avons bien sr continu lexpertise sur plusieurs sries de simulation en
comparant les diffrents rsultats obtenus par la simulation et la thorie.
En ce qui concerne le seuillage dans sa globalit on se rend compte que le temps annonc est
le mme que celui de la figure III.8B. La figure III.13 propose un diagramme montrant le flot
complet de traitement des donnes sur une prriode dchantillonage. Le signal de Scan done
autorise le dbut du traitement. Le remplissage de la RAM chantillons ainsi que le calcul en
ondelette et le calcul du seuil sont prsents. La dure totale pour le traitement de 64 canaux
est de 92,16 s.
Des tests sur des priodes beaucoup plus longues ont montr que le seuil voluait en fonction
du niveau de bruit en entre. Par consquent du point de vue de la simulation le calcul de la SWT
ainsi que le seuillage sont fonctionnels. Il reste encore dvelopper le module dacquisition afin
de pouvoir implmenter notre modle de dtection et pouvoir faire des sries de test pratiques
sur des signaux provenant de gnrateurs.
76
III.4 Modules dacquisition
Figure III.13 Flot complet de traitement des donnes sur une prriode dchantillonage
Modules dacquisition
Selon les besoins inhrents la mise en place de notre systme de dtection, nous avons
d proposer plusieurs mthodes dacquisition de signaux biologiques. On peut tout de mme
les classer en deux grandes familles : lacquisition off-line (avec des signaux biologiques prenregistrs) et lacquisition on-line (avec des signaux biologiques acquis en temps rel) sur un
ou plusieurs canaux.
4.1
Lacquisition off-line : Systme de vrification fonctionelle
Le but de lacquisition off-line est denvoyer vers la carte FPGA des donnes biologiques
issues de fichiers pr-enregistrs sur PC par le biais dune liaison srie. Ces donnes sont issues
de donnes exprimentales. Lintrt de ce module est de connaitre exactement la valeur de
lchantillon transmis vers le bloc de dtection. Sa particularit est quil comporte en son sein
le protocole de configuration des diffrents paramtres de dtection. Par consquent il joue aussi
un rle dinterface utilisateur. Cette acquisition permet de caractriser et mettre lpreuve
notre systme de dtection sans aucune incertitude sur la validit des donnes en entre. Par
lintermdiaire dune liaison UART, dune interface de transfert de donnes sur PC (Hyper
Terminal) et dune machine dtat dcodant le protocole de communication sur le FPGA, il
est possible denvoyer des donnes correspondant au signal biologique codes sur 16 bits. Par
consquent, en amnageant une suite logique de caractres, nous pouvons coder les donnes
dun chantillon ou les diffrents paramtres de la dtection sur le FPGA ncessaires au calcul.
77
Cette suite logique de caractres est crite dans un fichier de lancement (lancement.txt) dont
un exemple est prsent ci-dessous :
Listing III.1 Lancement.txt
1
11
16
21
26
r
a
0010110101000001;000111;1
0010110101000001;000110;1
0000000000000000;000101;1
0000000000000000;000100;1
0000000000000000;000011;1
0000000000000000;000010;1
0000000000000000;000001;1
0000000000000000;000000;1
d
1101001010111111;000111;1
0010110101000001;000110;1
0000000000000000;000101;1
0000000000000000;000100;1
0000000000000000;000011;1
0000000000000000;000010;1
0000000000000000;000001;1
0000000000000000;000000;1
e
0001000011001101;110000;1
c
000000
.............
.............
.............
La machine dtat prsente sur le FPGA dcode le message afin de le transmettre au reste
du systme. Nous aurions pu coder nos chantillons en ASCII pour une meilleure utilisation de
la bande passante mais cela aurait demand une machine dtat plus performante et complexe.
Or le but du systme tait denvoyer le plus simplement possible les chantillons vers le systme,
78
III.4 Modules dacquisition
et donc nous avons prfr utiliser une machine dtat plus simple comportant cinq grandes
actions :
r : correspond au reset mettant zro tous les paramtres de la dtection et de lacquisition
a etd : Ces lettres prcisent que les 8 lignes qui suivent correspondent la description
des 8 coefficients de dtails et dapproximations des filtres reprsentant londelette mre
(8 pour a et 8 pourd) Ils sont cods comme suit :
16 bits de donnes ;adresse denregistrement dans la RAM ondelette ;criture
e : Cette lettre indique que la ligne qui suit correspond au information dun chantillon.
Il est cod comme suit :
16 bits de donnes ;adresse denregistrement dans la RAM chantillons ;criture
c : Cette lettre prcise que la ligne qui suit correspond au numro dchantillon (cod sur
6bits) et autorise le dbut du calcul de la SWT pour effectuer la dtection
En continuant lcriture de ce fichier de lancement pour tous les chantillons du signal
biologique, le systme est mis lpreuve et nous pouvons vrifier son fonctionnement. Nous
verrons les rsultats obtenus dans le prochain chapitre. Par contre, pour procder une dtection
en temps rel sur des signaux vivants, ce module nest pas du tout adapt. Il faut donc envisager
une autre mthode dacquisition.
4.2
Lacquisition on-line
Lacquisition on-line permet de procder une acquisition et une transmission des donnes
provenant de signaux analogiques. La procdure consiste transformer des donnes analogiques
(signaux biologiques provenant du MEAs ou signaux pr-enregistrs sur un gnrateur de basse
frquence GBF) puis les convertir en donnes numriques utilisables par le FPGA. Pour ce
faire, nous utilisons une machine dtat qui va contrler des ADCs (Analog to Digital Converter)
afin de procder la conversion analogique/numrique.
Le premier type de systme dacquistion on-line a t dvelopp sur un kit de dvelloppement contenant un FPGA de type Spartan 3A ainsi quun ADC 12bits. En amont du kit
de dveloppement, une tape dadaptation analogique est ncessaire. Les cellules biologiques
sont dposes sur un MEA afin den extraire lactivit lectrique. Lactivit est pr-amplifie
au plus prs du MEA afin de minimiser le bruit pour tre ensuite envoye vers une tape de
79
mise en forme du signal (amplification variable et un offset de 1.25V) obligatoire pour une
conversion analogique/numrique partir des ADCs prsents sur la carte de dveloppement.
Un microcontrleur (p), command par une liaison UART et implment sur le FPGA, centralise les commandes ddies au contrle de lunique canal dacquisition, gre ltape de dtection
ainsi que les DACs (digital to analog converter) permettant de visualiser les diffrents signaux
internes du systme de dtection. Le codage UART des diffrentes informations est le mme
que celui utilis par le systme dacquisition off-line prsent prcdemment. Par consquent
le microcontrleur par le biais de sa liaison UART propose aussi une interface utilisateur assez
performante.
Le deuxime systme dacquisition on-line a t ralis afin daugmenter le nombre de
canaux et ainsi procder une analyse temps rel sur FPGA. Nous avons ralis une carte
dacquisition baptise THETYS. Comme pour le premier systme dacquisition gr par le
microcontrleur, le systme se compose dun MEA et dun pr-amplificateur. On procde
lacquisition des 64 canaux par une mise en parallle de 8 blocs de 8 canaux avec multiplexage
temporelsur une prriode dchantillonnage dans chaque bloc. Aprs cette tape, les signaux
analogiques subissent une mise en forme (offset et amplication) afin de sadapter la dynamique
des ADCs qui vont convertir les signaux analogiques en donnes numriques. Dans la dernire
tape le FPGA rcupre ces donns numriques ainsi que le signal de contrle marquant la fin
de lacquisition des 64 canaux.
Interfaces utilisateurs
Notre objectif est de raliser un systme de dtection reconfigurable. Par consquent il faut
imaginer des moyens de modifier et de visualiser les diffrents paramtres de dtection. Pour
cela nous avons dvelopp plusieurs outils issus de lexprience acquise auprs des diffrents
manipulateurs de systme dacquisition de signaux biologiques.
5.1
Paramtrage des donnes
Pour configurer les paramtres de la dtection la vole, nous utilisons diffrents jeux de
boutons et dinterrupteurs. Le gain G2 du seuil ainsi que la vitesse daffichage des donnes
sont contrls par ce moyen. Pour des paramtres ncessitant plus de ressources (coefficients de
londelette mre), nous utilisons une configuration logicielle par le biais dune interface UART
et dun terminal.
80
III.5 Interfaces utilisateurs
5.2
La visualisation des donnes
Pour de visualiser les diffrents paramtres de la dtection (les 64 signaux dentres, les
seuils, les niveaux de dtail o les seuils sont appliqus et la dtection en elle mme) nous avons
mis en place, dans le cadre dun stage ingnieur, un systme de visualisation de donnes sur
cran VGA. Nous avons fait le choix de contrler un cran VGA par le biais dun FPGA afin
dafficher le plus lisiblement possible les diffrents paramtres de la dtection.
Ensuite afin dinformer lutilisateur du coefficient de multiplication du seuil (G2), nous
lavons affich en utilisant un cran LCD prsent sur les cartes de dveloppement. Au fur et
mesure de lvolution du projet, nous avons dcid de nous passer de ce type dinterface et tout
afficher sur lcran VGA.
5.3
Le stockage sur carte SD
Lors de nos expriences avec les biologistes, nous avons remarqu quil tait important de
conserver les donnes afin de les r-tudier aprs lacquisition et ventuellement vrifier chantillon par chantillon le bon droulement des calculs. Par consquent une interface permettant
de stocker les diffrents lments de la dtection sur carte mmoire SD a t dveloppe. Ainsi
aprs lexprience, il est possible de visualiser les donnes extraites de la dtection.
Au cours de ce chapitre, nous avons pu dtailler limplmentation matrielle des difffrents
blocs appartenant notre systme. Les blocs dacquisition, de traitement du signal et dinterface
utilisateur ont t prsents, et simuls afin doptimiser leur fonctionnalit lors des futures
expriences sur tissu vivant. Le FPGA nous est apparu comme une solution adapte pour
raliser notre systme de dtection. Les principales contraintes dimplmentation se situent
au niveau du temps rel, de lutilisation mmoire et des multiplieurs. La structure des blocs
appartenant au systme a donc t revue en consquence. Dans le prochain chapitre, nous
verrons les diffrents systmes conus partir des ces blocs et leurs performances respectives.
81
82
Chapitre IV
Expriences et rsultats
Le chapitre prcdent vient de prsenter en dtail les diffrents modules ncessaires la
ralisation de notre systme de dtection. Ils ont t expliqus, simuls mais jamais assembls.
Ce chapitre vient donc faire la synthse de ces modules en vue de la caractrisation fonctionelle sur signaux biologiques du systme global. Nous prsenterons par ordre de conception
les diffrents systmes MultiMed raliss durant la thse ainsi que les rsultats obtenus. Le
tableau IV.1 propose les principales caractristiques des diffrentes versions du systme que
nous prsenterons en dtail dans les paragraphes suivants. La validation des rsultats se fera en
effectuant la comparaison entre le modle MATLAB prsent dans le chapitre II et les rsultats
exprimentaux obtenus par les diffrentes versions du projet MultiMed.
Tous les rsultats statistiques obtenus avec des enregistrements bruits ou non ont t
valids manuellement avec la participation des biologistes. Chaque PA dtect par le systme
a t identifi et labllis comme tel par un biologiste spcialiste. Sera considr comme faux
positif tout artfact ayant t dtect par un systme alors quil ne correspond pas un PA.
1
1.1
NeuroBetaMed_Rs232
Prsentation
NeuroBetaMed_RS232 est la premire plateforme de dtection de PAs en temps rel dveloppe au cours de la thse. Elle permet deffectuer une acquisition off-line sur un canal (en
dehors de la chane dacquisition) suivie dune dtection par ondelette et dun seuillage adaptatif. Ce type darchitecture permet de vrifier le fonctionnement des modules de dtection et
de seuillage en matrisant les donnes traites.
Dun point de vue matriel nous utilisons une carte de dveloppement "Spartan3A FPGA
starter kit". Un cable RS-232 connecte un PC la carte FPGA ; le PC envoie les donnes
du signal biologique et les diffrents paramtres de la dtection. Un oscilloscope permet de
83
Chapitre IV. Expriences et rsultats
Tableau IV.1 MultiMed : tableau rcapitulatif des systmes et des tests effectus
Chap
IV
Nom de la
plateforme
section NeuroBetaMed
1
_Rs232
section
NeuroBetaMed
2
section NeuroBetaMed
3
_XL
84
Type
dacquisition
- Off line
- Liaison RS232
- 1 canal
- On line
- 1 canal
- On line
- 64 canaux
Matriel lectronique
Tests vivant
- Xilinx Spartan
3A starter kit
Enregistrements :
- Cellules pancratiques
- Neurones artificiels
- Xilinx Spartan
3A starter kit
- Cellules pancratiques primaires et

clonales
- Enregistrement
neurones artificiels
- Avnet virtex 5
LX50 evaluation
board
- THETYS
- Cellules pancratiques primaires et

clonales in vitro
- Cellules neuronales de la moelle
pinire de souris
ex vivo
IV.1 NeuroBetaMed_Rs232
Figure IV.1 NeuroBetaMed_Rs232. En jaune : interface utilisateur (sorties et interrup-
teurs), en bleu : FPGA et en orange : connexion RS-232

visualiser les rsultats de dtection et un interrupteur propose lutilisateur de choisir entre
deux configurations de seuillage (un seuillage effectu sur le niveau de dtail 3 ou 6). La figure
4.1 prsente un aperu physique de la carte de dveloppement.
1.2
Rsultats
Nous avons tout dabord envoy un signal trs peu bruit (SNR denviron 9 dB (figure
IV.2.A)) comprenant 10 spikes crs artificiellement dont nous connaissons parfaitement la
localisation temporelle. Le but est de comparer la dtection effectue par notre circuit (figure
IV.2.C) et la dtection sous MATLAB (figure IV.2.B).
Le signal envoy est pralablement normalis et ses valeurs codes sur 16 bits sont transmises au FPGA pralablement. Ainsi nous matrisons parfaitement le type de donnes et leur
frquence darrive sur la carte FPGA ce qui nous permet de nous concentrer uniquement sur
le rsultat de la dtection. Sur ce point, la sortie de notre circuit correspond exactement la
dtection par ondelettes sous MATLAB et nous permet den dduire que la dtection se droule
correctement. Ce premier test nest quune illustration dautres exprimentations menes sur
ce types de signaux peu bruits (7 dB SN R 10 dB) et nous permet de nous rassurer quant
au fonctionnement du seuillage adaptatif. Il nest pas suffisant pour dmontrer lintrt et la
puissance du calcul par ondelettes.
85
Figure IV.2 Rsultats NeuroBetaMed_Rs232 sur signal neuronal peu bruit (SNR=9)
comportant 10000 chantillons : A) Signal neuronal normalis et gnr sous

MATLAB, B) Rsultats de la dtection sur le niveau de dtail 3 sous MATLAB, C) Rsultats du calcul en ondelette et du seuillage sur le niveau de
dtail 3 sous NeuroBetaMed_RS232 (avec D3 : Signal de dbut du calcul
en ondelette, D2 : Signal de dbut de lenregistrement des coefficients dapproximations de londelette mre, D1 : Signal de dbut de lenregistrement
des coefficients de dtail de londelette mre et D0 : Signal de dtection)
86
Passons donc un signal beaucoup plus bruit avec un SNR de 5 dB (figure IV.3), nous
permettant ainsi de pousser notre systme ses limites de fonctionnement. De la mme manire
que prcdemment, nous connaissons exactement la localisation temporelle de nos PAs et on
peut donc valuer trs facilement la prcision de la dtection. Nous pouvons remarquer que sur le
signal dentre (figure IV.3A) les PAs sont compltement invisibles et mme un il averti ne peut
pas les reprer. Par consquent, ce signal est un bon exemple pour prouver que notre systme
de dtection par ondelette permet de dissocier les PAs du bruit. En observant la dtection
par ondelette effectue par le logiciel MATLAB (figure IV.3.B) on obtient 2 fausses dtections
(marques rouge) et un oubli de PA (marque bleue). On remarque quun rsultat identique est
obtenu par lintermdiaire de notre carte FPGA (figure IV.3.C). Cet exemple illustre le fait
que lutilisation dun seuil adaptatif sur le niveau 3 de dtail permet de distinguer une grande
partie des PAs prsents dans un signal neuronal mme si ce dernier est extrmement bruit.
Le but du test suivant est de montrer que notre systme est entirement configurable.
Ainsi nous pouvons passer la vole de 2 3 jusqu 6 pour le niveau de dtail du seuillage.
La figure IV.4 prsente les rsultats du mme test que prcdemment mais avec des signaux
provenant denregistrement de cellules pancratiques o une dtection sur le niveau 6 de dtail
est ncssaire. On peut noter que, l encore, les PAs ne sont pas vidents distinguer et quun
seuillage effectu sur ce signal brut pourrait engendrer des erreurs de dtection nuisant par
exemple au contrle dune pompe insuline. Les rsultats de dtection sur cet exemple sont
conformes Par consquent sur ces exmples, la dtection de PAs en milieu bruit ou non, notre
systme fonctionne comme le modle MATLAB lavait prvu.
1.3
Ces trois exemples sont des dmonstrations de la fonctionnalit de notre systme. Pour
comparer le modle MATLAB et le circuit, nous avons ralis une srie de mesures. Elles
tendent dmontrer que notre systme fonctionne avec des performances en termes de dtection conformes au modle thorique. Nous pouvons en dduire que NeuroBetaMed_Rs232
remplit lobjectif qui lui a t fix et permet de valider in situ notre tude thorique. En revanche, dun point de vue exprimental, la liaison RS-232 constitue un goulet dtranglement
et diminue dbit du flux. Ceci, nous empche donc deffectuer un traitement on-line. De plus,
dans son architecture, le systme est trop rigide et ne nous permet pas de reconfigurer rapidement notre configuration de dtection. Enfin linterface utilisateur est vraiment limit : il
est impossible de visualiser les signaux intermdiaires (niveau de dtail sur lequel le seuil est
calcul, valeur du seuil etc.), de connatre londelette mre utilise ou le niveau du seuil. Elle
87
Figure IV.3 Rsultats NeuroBetaMed_Rs232 sur signal neuronal bruit (SNR=5) :
comportant 10000 chantillons A) Signal neuronal normalis et gnr sous

MATLAB, B) Rsultats de la dtection sur le niveau de dtail 3 sous MATLAB, C) Rsultats du calcul en ondelette et du seuillage sur le niveau de
dtail 3 sous NeuroBetaMed_RS232 (avec D3 : Signal de dbut du calcul
en ondelette, D2 : Signal de dbut de lenregistrement des coefficients dapproximations de londelette mre, D1 : Signal de dbut de lenregistrement
des coefficients de dtail de londelette mre et D0 : Signal de dtection).
Marque rouge : fausse dtection, marque bleue : PA non dtect
88
Figure IV.4 Rsultats NeuroBetaMed_Rs232 sur signal pancratique bruit : A. Si-
gnal pancratique brut normalis et gnr sous MATLAB, B) Rsultats

de la dtection sur le niveau de dtail 6 sous MATLAB, C) Rsultats du
calcul en ondelette et du seuillage sur le niveau de dtail 6 sous NeuroBetaMed_RS232 ( avec D3 : dbut du calcul en ondelette, D2 : dbut de
lenregistrement des coefficients dapproximations de londelette mre, D1 :
dbut de lenregistrement des coefficients de dtail de londelette mre et
D0 : rsultats de la dtection). Marque rouge : fausse dtection, marque
bleu : PA rat
89
Figure IV.5 Configuration exprimentale pour lacquisition et la dtection compares
de PAs par lintermdiaire de NeuroBetaMed et la plateforme MCS

sera donc considrablement revue travers une nouvelle gnration de cartes .
NeuroBetaMed
Aprs avoir valid notre systme de dtection, nous avons tendu sa reconfigurabilit et
amlior les diffrents systmes dacquisition et dinterface utilisateur en mettant au point la
carte NeuroBetaMed.
2.1
Prsentation
NeuroBetaMed propose une dtection en ondelette temps rel et on-line sur un canal. Le
premier objectif est de pouvoir rcuprer un signal analogique provenant de la plateforme MCS,
compose dun MEA, dun pr-amplificateur et dun filtrage passe-bande (0,1 Hz-3 kHz). Ensuite, il faut convertir ce signal en binaire afin que le FPGA puisse effectuer les calculs. Larchitecture du systme dacquisition correspond la premire prsente au chapitre III.4 (banc de
mise en forme + kit FPGA). Enfin, dans un souci critique, nous avons compar notre systme
de dtection de PAs celui utilis gnralement par les biologistes plateforme MCS. Pour cela,
nous avons mis en parallle NeuroBetaMed et le systme MCS pour faire une acquisition et
une dtection de PAs compares comme illustr par la figure IV.5.
Dans le dveloppement de NeuroBetaMed, nous avons pris en compte le fait que faire des
tests sur des cellules vivantes est la fois un travail long et compliqu en ce qui concerne la
90
IV.2 NeuroBetaMed
Tableau IV.2 Occupation du FPGA Spartan 3A et consommation du kit Spartan 3A
Occupation
logique
Occupation totale
SWT
Seuillage
Flip Flop
1238
619
136
483
4 input LUT
2081
1040
520
521
Multiplieur
RAM/ROM (kbits)
22,722
14,3
8,5
Frquence maximum
(MHz)
117,122
Consommation du
kit FPGA (Watt)
2,5
prparation des cellules. Nous avons donc conu notre carte pour pouvoir effectuer dune part
des enregistrements de signaux in vitro acquis par lintermdiaire de MEAs, mais aussi traiter
des signaux pr-enregistrs sur gnrateurs de tension GBF. Le fait de pouvoir utiliser notre
systme de dtection avec un GBF nous a permis de faire tous les tests prliminaires nssaires
sans mobiliser une quipe de biologistes pour la prparation des cellules. Loscilloscope ainsi que
la liaison RS-232 sont des interfaces utilisateurs nous permettant rciproquement de visualiser
les sorties du circuit et de reprogrammer la vole notre dtection. La figure IV.6.A prsente
la plateforme NeuroBetaMed fabrique et la figure IV.6.B permet de visualiser le contexte dans
lequel elle est utilise.
2.2
Rsultats
Rsultats dimplmetation
Nous avons utilis pour NeuroBetaMed un FPGA de marque Xilinx (Spartan-3A XC3S700).
Le systme est configur pour fonctionner avec une horloge cadence 50 Mhz. Afin de stocker
les 5 niveaux dapproximation voulus, nous utilisons un bloc RAM de 512 16 bits. Deux
autres RAMs (2 (8 16 bits)) sont ddies au stockage des coefficients de londelette mre.
En termes doccupation du Spartan-3A xc3s700, la table IV.2 rsume le cot logique postsynthse de NeuroBetaMed.
La ressource critique de notre projet est la RAM qui est utilise principalement pour le
91
Figure IV.6 NeuroBetaMed. A) Carte NeuroBetaMed seule. En vert : carte de mise
92
en forme, en rouge : la conversion Analogique/numrique, en jaune : interface utilisateur (sorties, interrupteurs et cran LCD), en bleu : FPGA et
en orange : connexion RS-232. B) Environnement dutilisation. 1 : MEA o
sont cultives les cellules vivantes, 2 : lieu dacceuil du MEA avec une pramplification suivie dun filtrage du signal, 3 : Extraction du signal analogique sur un canal vers NeuroBetaMed, 4 : NeuroBetaMed, 5 : Visualisation
des signaux de sortie de la carte.
IV.2 NeuroBetaMed
stockage des coefficients impliqus dans le calcul de la SWT. En effet, contrairement au P

(microprocesseur) qui a un cot fixe, la taille des RAMs de la SWT est directement lie au
nombre de canaux : pour n canaux calculs, la taille RAM ncessaire pour la SWT est de
(0.25 + n 8) kbits. Pour chaque niveau de dtail en moins, lutilisation de la RAM est rduite
de (0.25 + n) kbits. Enfin lutilisation mmoire peut tre rduite en utilisant une frquence
dchantillonnage infrieure. Malheureusement, nous navons pas pu faire dtudes sur ce sujet
cause du matriel MCS qui ne peut pas tre reconfigur pour une autre frquence dchantillonnage.
Rsultats dacquisition
Ces premiers rsultats sont importants pour la suite de notre projet. En effet, sur NeuroBetaMed_Rs232, nous avons suppos que la dtection tait correcte en ne visualisant que la
sortie de la dtection, sans jamais pouvoir tudier le rsultat du calcul du seuil et de la SWT
qui sont maintenant accessibles. La figure IV.7 prsente les signaux du seuillage adaptatif et
automatique sur un signal gnr par des lots de cellules pancratiques avec un SNR important (PAs distincts fortement du bruit, SNR=9 dB). 30 ms sont ncessaires entre le dbut de
la dtection et la stabilisation du seuil, ce retard est d la constante de temps prsente dans
le filtre F1 (voir figure II.9). On remarque que sur la sortie du sixime niveau de dtail (figure
IV.7.B), les PAs sont nettement extraits et que le bruit est considrablement rduit, ce qui nous
permet dy effectuer une dtection 100% correcte.
Comme dans la partie prcdente passons un signal plus bruit (SNR=7). La figure IV.8
prsente le rsultat dune exprience visant dmontrer la capacit de notre systme dtecter
des PAs en milieu extrmement bruit. Dans la figure IV.8.A, 9 PAs sont prsents sur un signal
pancratique et sont indiqus par une flche en haut de la figure. Afin de bruiter encore plus
le signal nous y avons ajout un bruit blanc gaussien comme expliqu dans le chapitre II.3.1
(figure IV.8.B). Ce signal est ensuite inject dans un GBF pour tre finalement appliqu notre
circuit de dtection. Sur 9 PAs prsents, 8 sont dtects alors que sur la figure IV.8.B, il est
impossible, mme lil, de distinguer les PAs. Cet exemple montre les bons rsultats de notre
dtection en ondelette avec un SNR rduit.
Dans notre prsentation thorique de la transforme en ondelette, nous avons point le fait
que le choix de londelette mre doit tre fait de manire trs attentive : plus londelette mre
ressemble au PA que lon veut dtecter, plus la dtection est efficace. La figure IV.9 prsente
le taux de dtection suivant 5 types dondelettes mres. Nous remarquons que londelette Haar
ainsi quune ondelette que nous avons fabriqus partir des PAs pancratiques enregistrs (bta)
93
Figure IV.7 Sorties de NeuroBetaMed : A) signal pancratique brut avec un haut SNR
(SNR=9), B) sixime niveau de dtail d6 de la SWT (gris) et son seuil

adaptatif (noir) et C) sortie du circuit de dtection. On remarque deux
fausses dtection en dbut de dtection d au retard dtablissement du
seuil.
Figure IV.8 Sorties de NeuroBetaMed : A) signal pancratique brut avec un haut SNR
(SNR=7), B) signal pancratique avec un bruit blanc gaussien ajout, C)

sixime niveau de dtail d6 de la SWT et D) sortie du circuit de dtection
94
IV.2 NeuroBetaMed
Figure IV.9 Les ondelettes mres et leurs performances pour la dtection de PAs pro-
venant de cellules pancratiques. A) les cinq ondelettes mres teste et B)

rsultats de la dtection (50 essais sur un signal de dure 1,8 s)
proposent le meilleur taux de dtection confirmant ainsi lhypothse formule prcdemment.
Nous venons de prsenter des rsultats sur des exemples ddis une dmonstration fonctionnelle purement lectronique de notre circuit. Maintenant voyons lexploitation de notre
circuit lors dune srie de tests mens dans le cadre dune exprience biologique. Le but est
dune part de dmontrer que notre systme embarqu a des performances quivalentes voire suprieures au systme logiciel utilis par les biologistes (MCS) ; dautre part, de dmontrer quil
tait possible denregistrer lactivit des cellules btas sur MEAs et que leur activit lectrique
varie selon la concentration de glucose et dhormones. La figure IV.10 rsume lexprience mene et est extraite dune de nos publications de [Raoux et al., 2012] : la figure IV.10.A montre la
dcomposition en ondelette (ondelette mre Haar) effectue par notre systme sur un exemple
de signal pancratique provenant dune culture sur MEA et la figure IV.10.B rappelle notre mthode de dtection avec son rsultat. Enfin la figure IV.10.C propose les rsultats statistiques
et nous permet den tirer deux conclusions :
Pour ce genre de signaux trs bruits, une dtection brute est quasiment inefficace et ne
propose quun taux de dtection assez bas (entre 50 % et 60 %). Les rsultats statistiques
montrent que lacquisition et la dtection effectues par notre circuit sont tout fait
comparables celles effectues par un logiciel commercial.
Il est tout fait possible denregistrer des cellules pancratiques sur MEA et la frquence
des PAs varie bien en fonction du taux de glucose. En loccurrence nous pouvons observer(figure IV.10.C) une nette augmentation (de lordre de 2) de frquence de PAs
lorsque le taux de glucose passe de 3 mmol.l1 (G3) 15 mmol.l1 (G15).
95
2.3
Lextraction en temps rel par un systme de dtection, implment sur FPGA, de PAs
provenant de cellules pancratiques cultives sur MEAs vient dtre pour la premire fois dmontre. Avec un taux de dtection gal celui obtenu par un systme logiciel, notre systme
prsente un avantage considrable en termes de consommation de ressources, de reconfigurabilit, et dencombrement pour lembarqu. En effet, notre systme tant destin tre utilis
pour des applications embarques ou mobiles, lencombrement ainsi que la consommation jouent
pour nous un rle prpondrant et restent nos principales proccupations.
Maintenant que notre systme est fonctionnel on-line (sur une chane dacquisition) et en
temps rel sur un canal, la troisime tape consiste ltude de la mise grande chelle de
notre systme. Ceci permettra dtudier plus prcisment lactivit lectrique des cellules ou
dun organe en obtenant une vision densemble ncessaire la caractrisation biologique. Nous
avons vu quavec un FPGA fonctionnant une frquence dchantillonnage de 10 kHz, nous
pouvions faire lacquisition de 70 canaux en gardant une architecture quivalente. Le systme
MCS utilis nous fournissant 60 ou 64 canaux, nous avons dcid de procder lacquisition de
64 canaux. Avec ce nombre de canaux en croissance, le matriel de visualisation des signaux,
de dtection et dacquisition doit donc tre repens et modifi.
NeuroBetaMed_XL
Aprs avoir valid notre systme de dtection on-line sur des signaux biologiques, nous avons
tendu notre systme pour effectuer lacquisition de 64 canaux. Ce changement nous a conduits
modifier notre systme dacquisition, de calcul par ondelette et dinterface utilisateur, donnant
naissance la plateforme NeuroBetaMed_XL.
3.1
Prsentation
NeuroBetaMed_XL propose une dtection on-line de signaux cellulaires, en temps rel

sur 64 canaux. Dun point de vue matriel, laccroissement de lutilisation mmoire nous a
pousss choisir une autre carte de dveloppement Xilinx dote dun FPGA plus puissant :
96
IV.3 NeuroBetaMed_XL
Figure IV.10 Dtection on-line de PAs sur des signaux bta pancratiques enregistrs
partir dun MEA puis transmis vers NeuroBetaMed. A) Dcomposition en

SWT jusquau niveau 6 de dtail (partie gauche) et allure temporelle des
niveaux de dtail correspondant d1 , d2 ...d6 (partie droite) avec le signal
pancratique dorigine x[n]. B) Structure de dtection complte (partie
gauche) et sortie de la dtection correspondant (droite), C) Etude statistique sur la dtection de NeuroBetaMed compare un seuillage brut et
adapt par le logiciel MCS ; expriences menes avec un taux de glucose de
3 et 15 mmol.l1 (G3 et G15), panel de gauche : frquences moyenne des
PAs une concentration de glucose de G3 et G15 selon trois mthodes de
dtection, panel de droite : taux de dtection des PAs une concentration
de glucose de G3 et G15 selon trois mthodes de dtection. valeur p <
0,01, valeur p < 0,001 compar la condition logicielle voir dfiniton
figure II.12.
97
Figure IV.11 Configuration exprimentale pour lacquisition et la dtection de PAs par
lintermdiaire de NeuroBetaMed_XL
un Virtex 5 XC5VLX50. Une carte appele THETYS soccupe de la partie acquisition sur 64
canaux comme expliqu dans le chapitre III.4.2. Contrairement la version prcdente o le
bloc de dtection dpendait du p, dans cette version, il est entirement autonome. Il ne reoit
de la part du bloc dacquisition que le signal de fin de conversion et il sassure de la bonne
mise en forme des donnes ainsi que de la gnration des signaux lui ordonnant de dbuter
le calcul par ondelette. Linterface utilisateur a t entirement revue. A cause du nombre
important de canaux, loscilloscope a t remplac par un affichage sur cran VGA contrl par
le FPGA. De plus un stockage sur carte mmoire SD a t prvu afin de pouvoir stocker les
diffrents lments de la dtection. La figure IV.11 nous rappelle la configuration exprimentale
de NeuroBetaMed_XL et la figure IV.12 prsente sa configuration physique.
3.2
Rsultats
NeuroBetaMed_XL a t test de multiples reprises et dans diffrentes configurations,

que se soit avec des signaux pr-enregistrs sur GBF ou in situ avec des signaux biologiques
98
Figure IV.12 NeuroBetaMed_XL : A) Carte NeuroBetaMed_XL seule : En vert : THE-
TYS, carte de mise en forme et de conversion analogique numrique, en

jaune : interface utilisateur (LCD, boutons et cartes SD), en bleu : FPGA
et en orange : connexion RS-232. B) Configuration exprimentale. 1 : MEA
o sont cultives les cellules vivantes, 2 : lieu daccueil du MEA avec une
pr-amplification suivie dun filtrage du signal, 3 et 5 : NeuroBetaMed_XL,
4 : Visualisation des 64 canaux de dtection sur cran VGA
99
Tableau IV.3 Occupation du FPGA Virtex 5 et consommation du kit FPGA virtex 5
Occupation
logique
Occupation
totale
Acquisition
SWT +
Seuillage
Interface
utilisateur
Flip Flop
2651
1235
376
1040
4 input LUT
5465
3461
687
1317
Multiplieur
RAM/ROM (kbits)
1296
648
576
936
Frquence maximum
(MHz)
117,122
Consommation du
kit FPGA (Watt)
2,5
extraits dun MEA. Dans cette partie, nous allons nous pencher plus prcisment sur les tests
effectus avec les biologistes, dune part au laboratoire IECB sur des cellules pancratiques et
dautre part au laboratoire INCIA sur la moelle pinire de souris.
Rsultats dimplmetation
Nous avons implment larchitecture VHDL de NeuroBetaMed_XL laide dun FPGA
(Virtex 5 XC5VLX50). Le systme est configur pour fonctionner avec une horloge de 100 MHz.
Afin de stocker les 5 niveaux dapproximation voulus, nous utilisons un bloc RAM de 64
512 16 bits. Deux autres RAMs (2 (8 16 bits)) sont ddies au stockage des coefficients de
londelette mre. En termes dutilisation logique du Virtex 5, la table IV.3 rsume loccupation
post-synthse de NeuroBetaMed_XL.
Lors de notre campagne exprimentale, qui sest tale de fvrier juin 2012, nous avons
pu tester NeuroBetaMed_XL sur deux types de cellules pancratiques : clonales et primaires.
Lors des travaux des biologistes, il sest avr que les cellules clonales navaient plus dactivit
lectrique pour des raisons encore inconnues. Par consquent, nous avons donc consacr cette
partie aux rsultats obtenus avec des cellules primaires qui sont beaucoup plus reprsentatives
des cellules au sein dun pancras. Parmi les six manipulations de 5 heures chacune effectues
avec NeuroBetaMed_XL, nous avons slectionn une portion de 10 minutes denregistrement
o le signal biologique prsente diffrentes particularits qui nous intresse (haut SNR>7 et
bas SNR<5). Rappelons que sur toute la partie denregistrement le circuit est entirement
100
Figure IV.13 Seuil adaptatif : A) signal provenant dun canal denregistrement de cel-
lules pancratiques primaires avec un niveau de bruit faible et son seuil,

B) signal provenant dun canal denregistrement de cellules pancratiques
primaires avec un niveau de bruit plus important et son seuil
autonome sans aucune intervention humaine en cours denregistrement.

Le premier aspect sur lequel nous avons voulu mettre laccent dans cette partie est le seuil
adaptatif et son calcul spcifique chacun des 60 canaux. La figure IV.13.A prsente un canal
denregistrement comportant un niveau de bruit faible avec le seuil calcul par le circuit, et la
figure IV.13.B prsente un autre canal avec un niveau de bruit plus lev. Dans les deux cas,
le seuil est calcul partir du premier niveau de dtail (d1 ) lui mme calcul partir du signal
brut. On remarque une adaptation du seuil en fonction du niveau de bruit. Par consquent, on
peut en dduire que le calcul du seuil se droule correctement et est spcifique chaque canal.
Le deuxime point consiste vrifier la dtection par lintermdiaire de notre circuit en
milieu peu bruit. La figure IV.14 prsente les 60 canaux correspondant au signal brut biologique
101
sur une seconde, la figure IV.15 prsente le calcul du sixime niveau de dtail par lintermdiaire
de la SWT (d6) ainsi que la dtection effectue par NeuroBetaMed_XL.
En cas de problme dacquisition sur un canal (dpassement de la capacit des ADCs ou
mauvais fonctionnement de l lectrode), le calcul en ondelette fournit un rsultat faux engendrant des faux positifs (moticne avec un pouce baiss). Nous avons choisi dafficher ces
rsultats, mme errons, afin de pouvoir caractriser notre circuit. Bien entendu dans la version
finale, lorsque quil y aura un problme dacquisition le calcul ne sera pas effectu et un message
avertira lutilisateur. Les lectrodes comportant un moticne avec un pouce lev prsentent des
PAs qui sont dtects par notre circuit. Par consquent, lorsque lacquisition est bien effectue,
le calcul en ondelette ainsi que la dtection des PAs se passent correctement.
Maintenant, voyons un exemple o lamplitude des PAs est plus faible. Nous sommes
la 220me seconde de notre enregistrement, et lactivit et les cellules commencent spuiser
rendant les PAs difficiles distinguer (figure IV.16.A). Afin de mieux dtecter les PAs, nous
appliquons un filtre passe-bas logiciel avec un seuil fix manuellement depuis le dbut de lexprience (figure IV.16.B). Enfin nous comparons ces rsultats avec ceux fournis par notre circuit
(figure IV.16.D).
Avec le filtrage logiciel, seul 3 PAs sur 8 ont t dtects alors que le seuil est rgl au plus
prs possible du niveau de bruit. Ce rglage a gnr de nombreux faux positifs sur lensemble de
lexprience. Avec NeuroBetaMed_XL, 7 PAs sont dtects. Ce rsultat aurait pu tre meilleur
si nous avions baiss lgrement le gain du seuil durant lexprience sans engendrer de faux
positifs. Au bilan mme quand les PAs diminuent damplitude, ils sont toujours dtects par
notre circuit alors quavec un filtrage conventionnel, cela na pas t possible.
Enfin, nous nous avons fait des tudes statistiques, dont nous montrons un exemple ici sur
5 minutes denregistrement (figure IV.17).
La diffrence du taux de dtection des PAs entre le filtrage logiciel (80%) et celui de NeuroBetaMed_XL (96%) (avec un seuil qui peut tre un peu plus affin) est clairement en faveur
de notre circuit. Ce type dtude a t mene diffrents taux de glucose (3 mmol et 15 mmol),
comme nous lavons fait pour NeuroBetaMed (tude des occurences et de la frquence des
PAs). Les rsultats sont quasi identiques (augmentation de la frquence des PAs pour un taux
de glucose lev).
Le circuit a t adapt, par lajout dune connexion spciale, pour tre utilis sur des signaux
neuronaux mesurs partir des lectrodes fabriques par lESYCOM et provenant de la moelle
pinire ex vivo de souris (projet HYRENE). Nous avons pu tester NeuroBetaMed_XL, sans
tissu vivant en enregistrant des impulsions lectriques envoyes par le biais dune lectrode de
stimulation. La prochaine tape sera denregistrer les signaux vivants et sera ralis dici fin
102
Figure IV.14 60 voies dacquisition du signal dentre extrait des cartes SD. Lmoti-
cne avec un pouce baiss correspond aux canaux ne fonctionnant pas et

lmoticne avec un pouce lev correspond aux canaux avec des PAs
103
Figure IV.15 60 voies du calcul en SWT (niveau d6). Ces donnes ont t stockes sur
les cartes SD du systme. Les flches rouges correspondent la dtection

effectue par NeuroBetaMed_XL.
104
Figure IV.16 Rsultats sur un canal avec un SNR faible (SNR<5) . A) Signal biologique
brut provenant de cellules pancratiques primaires, B) Signal biologique

filtr, C) dtection partir du signal filtr, D) Sixime niveau de dtail
(d6) et E) Dtection en sortie de NeuroBetaMed_XL
105
Figure IV.17 Dtection on-line de PAs par lintermdiaire de NeuroBetaMed_XL (96 %
de dtection et 0% de faux positifs) et du logiciel MCS (80 % de dtection

et 5% de faux positifs) sur des signaux pancratiques enregistrs partir
dun MEA et sur une priode de 5 minutes
2012.
3.3
NeuroBetaMed_XL est oprationnel et suite aux nombreux tests mens, nous avons pu
valider son comportement. La seule prcaution prendre afin dutiliser le circuit dans des
conditions optimales est de choisir lamplification du signal dentre avec soin afin de ne pas
dpasser la capacit des ADCs. De plus un signal tant la limite des ADCs peut engendrer
des dpassements de capacit de calcul. Nous choississons de nous limiter aux trois quart de la
dynamique des ADCs afin de sassurer du bon droulement des calculs. Linterface utilisateur
nous a aids pour la vrification de nos choix de conception et nous a fourni les figures prsentes
prcdemment.
Lide originelle de notre projet tait de dvelopper une plateforme intgrant seulement
lalgorithme en ondelette et le seuillage adaptatif. Mais nous avons pouss notre raisonnement
en imaginant un circuit capable de reevoir des IPs afin dtudier des signaux biologiques.
En dautre termes, le concepteur dIP aura des donnes codes sur 16 bits pour appliquer le
traitement quil dsire. Ce travail est en cours de ralisation. Ensuite laffichage des donnes sur
cran VGA va tre amlior permettant lutilisateur de visualiser non seulement les dtection
en temps rel mais aussi les donnes brutes ainsi que les donnes traites.
106
Conclusion gnrale
Bilan des travaux
Cette partie est loccasion de faire un bilan des travaux effectus. Lide de dvelopper des
circuits de dtection des PAs dcoule du fait que cette information est primordiale pour coder
linformation biologique. Nous avions donc pour objectif de dvelopper les concepts abords
lors de travaux antrieurs de lquipe [Bontorin, 2010], mais aussi den proposer des nouveaux.
Dans ce contexte, les ralisations de lauteur sont :
ltablissement dun environnement logiciel sous MATLAB afin de tester diffrentes systmes de dtection de PA ;
une comparaison des diffrentes mthodes de dtection de PAs avec diffrents signaux
biologiques ;
limplmentation numrique sur FPGA des fonctions dacquisition de signaux biologiques,
de calcul de la SWT et de seuillage adaptatif ;
la ralisation matrielle de diffrents systmes de dtection (NeuroBetaMed_Rs232, NeuroBetaMed, NeuroBetaMed_XL) ;
la ralisation de linterface ncessaire lutilisation des circuits (gestion dun cran VGA
etc.) ;
les tests et mesures sur les circuits lors dexpriences sur tissu vivant avec la participation
systmatique des biologistes ;
la dissmination de ces travaux de recherche travers des publications (spcialises et
grand public).
Les travaux ont donc t raliss en trois temps. Tout dabord la simulation logicielle ncessaire la recherche dune mthode efficaces de dtection de PAs et la justification statistique
de nos choix de conception. Dans un second temps, la structure retenue de faon logicielle a
t implmente matriellement avant dtre teste et caractrise avec des signaux artificiels
(off-line). Enfin, la dernire partie a consist mener des tests sur cellules vivantes en com-
107
Chapitre IV. Conclusion gnrale
parant en permanence les rsultats obtenus logiciellement et ceux obtenus avec nos circuits.
Lensemble de ces protocoles ont t dfinis en interaction avec nos collaborateurs biologistes.
Dun point de vue fonctionnel, la SWT suivie dun seuillage adaptatif a t reconnue dans ce
manuscrit comme une solution intressante pour la dtection des PAs en milieu trs bruit. Cette
mthode a t implmente, non pas sur ASIC full-custom mais sur FPGA pour des raisons
dutilisation matrielle et de reconfigurabilit. La principale caractristique des systmes raliss
est leur autonomie. Le traitement du signal se fait en temps rel pour une consommation en
ressource et une surface silicium rduites au maximum. Lvolution des structures nous a permis
de proposer aux biologistes un systme dtectant des PAs de faon automatique. Nos systmes
sinscrivant dans deux projets de recherche (HYRENE et HYBIOPACS) traitant de signaux
diffrents, leur reconfigurabilit permet de paramtrer la dtection la vole afin de pouvoir
procder une analyse diffrente. Laspect fonctionnel a t important dans la conception
des circuits en vue de leur utilisation simple par les biologistes, do un souci particulier pour
linterface utilisateur. Le stockage des donnes sur cartes mmoires SD ainsi que la visualisation
des diffrents paramtres de dtection reprsentent une interface pratique et performante en
vue de ltude des donnes on-line et off-line.
Enfin, en ce qui concerne les rsultats exprimentaux, les donnes statistiques ont toujours
t calcules avec la participation de lauteur et dun biologiste afin de sassurer que les PAs
dtects par les circuits ntaient pas des faux. En ce qui concerne le traitement des animaux
pour nos expriences, il a t conforme aux diffrentes chartes exiges en laboratoire.
Perspectives
A travers nos diffrents circuits et collaborations, les perspectives de ces travaux se dclinent
selon deux aspects :
Dun point de vue lectronique, les systmes qui viennent dtre prsents ouvrent la voie
lapparition de nouvelles fonctionnalits :
Grce au calcul numrique et en loccurrence aux FPGAs, dautres fonctions peuvent
tre implmentes sur le mme support. Les prochains systmes doivent tre vus comme
des plateformes de dveloppement dIPs o le systme dacquisition extrait et formate
les donnes brutes. Une fonction de traitement (une IP) na plus qu tre implmente
en VHDL afin de proposer un nouveau type de traitement embarqu. Par exemple, de
nouveaux filtrages ou autres mthodes de dtection de PAs peuvent tre appliqus un
signal biologique.
Un choix de conception sest offert nous en ce qui concerne le support dimplmenta-
108
tion : analogique ou numrique. Il semble clair que pour implmenter une fonction aussi
complexe et reconfigurable quest la transforme en ondelettes paramtrables, limplmentation analogique est problmatique. Mais pour des fonctions moins lourdes tel que le
seuillage adaptatif seul, lanalogique a son rle jouer et peut prsenter plus davantages
que le numrique.
En ce qui concerne linterface utilisateur, son amlioration est dj commence au travers
dun stage dlve-ingnieur. Son but est de proposer lutilisateur diffrentes options de
visualisation dont lobservation en temps rel les donnes brutes ou la sortie du filtrage.
Lavance la plus importante venir est la matrise de la chane complte dacquisition.
Pour linstant lacquisition du signal par MEA ainsi que la pr-amplification sont effectus
par des circuits commerciaux.
Nos travaux restent encore assez loigns de la finalit de "limplant" que nous avions
voqu en introduction. Mme si de nombreuses avances ont t effectues, les prochaines
gnrations de circuits, comme cest le cas avec la nouvelle version de NeuroBetaMed_XL,
devront tre encore optimiser en termes doccupation et de consommation.
Dun point de vue exploitation pour la biologie, de nouvelles pistes soffrent nous et nos
collaborateurs :
En ce qui concerne le projet HYRENE sur la moelle pinire de souris, le systme de
dtection de PAs est prt tre utilis. Le protocole de communication entre notre systme et
le rseau de neurones artificiels doit tre encore dfini afin de pouvoir contrler le stimulateur.
Sur le projet du diabte, qui est plus mature, les perspectives sont nombreuses :
Comme les neurones, les cellules pancratiques peuvent tre reprsentes par des modles
mathmatiques. Pour linstant, ces modles ne mettent pas en corrlation directement
lactivit lectrique dune cellule pancratique mesure sur MEA et le besoin en insuline.
Par consquent un travail important doit tre fait dans ce domaine afin de caractriser
prcisment cette dpendance. Notre quipe a donc commenc une collaboration avec
luniversit de Virginia pour avancer sur ces modles mathmatiques.
Durant cette dernire anne les biologistes, en changeant leurs paramtres de filtrage
ont dcouvert un nouveau type de signal autre que les PAs pouvant indiquer le besoin en
insuline. Selon lactivit des cellules, des ondes lentes (0,6 Hz) apparaissent, qui pourraient
fournir aussi une information sur lactivit des cellules. Par consquent une tude sur ce
type de signal doit tre effectue et de nouvelles mthodes de filtrage sont implmentes
actuellement par un post-doctorant dans notre quipe.
Au del de la recherche fondamentale et applique, Elibio sengage sur la recherche finalise avec son projet Diachip destin fournir un systme Lab-on-Chip permettant
109
Chapitre IV. Conclusion gnrale
entre autres de tester la viabilit des cellules pancratiques avant une transplantation sur
patient.
La multitude de perspectives existantes prouve quel point la recherche dans ce domaine
est encore peu avance. De nombreuses pistes restent encore exploiter et lquipe Elibio par
lintermdiaire de ses chercheurs, ses doctorants, ses ingnieurs et ses stagiaires, reste concentre
sur les futures tches accomplir. Linteraction entre la biologie et llectronique reste un
domaine fascinant comportant certes des rponses, mais encore beaucoup dnigmes rsoudre
et de travaux raliser, auquel lauteur espre pouvoir contribuer.
110
Annexe 1
Coefficients des filtres repsentant les ondelettes mres
Tableau A1.1 Coefficients des filtres reprsentant les ondelettes mres
Ondelette
L : Nombre
de coefficient
(ordre du
filtre)
haar
Symlet2
Daubehies4
Coefficients du filtre
passe-haut (G)
Coefficients du filtre
passe-bas (H)
g[0] = -0.7071067812
g[1] = 0.7071067812
h[0] = 0.7071067812
h[1] = 0.7071067812
g[0]
g[1]
g[2]
g[3]
=
=
=
=
-0.4829629131
0.8365163037
-0.2241438680
-0.1294095226
h[0]
h[1]
h[2]
h[3]
=
=
=
=
-0.1294095226
0.2241438680
0.8365163037
0.4829629131
g[0]
g[1]
g[2]
g[3]
g[4]
g[5]
g[6]
g[7]
=
=
=
=
=
=
=
=
-0.2303778133
0.7148465706
-0.6308807679
-0.0279837694
0.1870348117
0.0308413818
-0.0328830117
-0.0105974018
h[0]
h[1]
h[2]
h[3]
h[4]
h[5]
h[6]
h[7]
=
=
=
=
=
=
=
=
-0.0105974018
0.0328830117
0.0308413818
-0.1870348117
-0.0279837694
0.6308807679
0.7148465706
0.2303778133
111
Annexe 1
Coefficients du filtre de londelette haar pour la SWT

Tableau A1.2 Coefficients du filtre de londelette haar pour la SWT
Niveau 1 (j=1)
Filtre
passe- g 1 [0] = -0.7071067812
haut g 1 [1] = 0.7071067812
(Gj )
Filtre
passe- h1 [0] = 0.7071067812
bas h1 [1] = 0.7071067812
(H j )
112
Niveau 2 (j=2)
Niveau 3 (j=3)
g 2 [0]
g 2 [1]
g 2 [2]
g 2 [3]
-0.7071067812
0
0.7071067812
0
g 3 [0]
g 3 [1]
g 3 [2]
g 3 [3]
g 3 [4]
g 3 [5]
g 3 [6]
g 3 [7]
=
=
=
=
=
=
=
=
-0.7071067812
0
0
0
0.7071067812
0
0
0
0.7071067812
0
0.7071067812
0
h3 [0]
h3 [1]
h3 [2]
h3 [3]
h3 [4]
h3 [5]
h3 [6]
h3 [7]
=
=
=
=
=
=
=
=
0.7071067812
0
0
0
0.7071067812
0
0
0
h2 [0]
h2 [1]
h2 [2]
h2 [3]
=
=
=
=
=
=
=
=

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122

Méthodes Et Systèmes Pour La Détection Adaptative

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Mthodes et systmes pour la dtection adaptative et

Devant la commission dexamen forme de :

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IMS Laboratoire de lIntgration du Matriau au Systme

Table des matires

Systmes de microlectrodes - Au coeur des interactions entre llectronique

Le systme nerveux central (SNC) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

La synapse ou la transmission du message nerveux . . . . . . .

Contexte du projet de recherche . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10

Les interfaces biolectroniques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13

Exemple de prparation de cellules pancratiques primaires sur

Les interfaces et le bruit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20

Llectronique et la dtection de PA par seuillage . . . . . . . . . . . . . . . . . 23

Table des matires

Mthode par seuillage brut . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24

Mthode par transforme puis par seuillage . . . . . . . . . . . . . . . . . 29

Pr-traitement : La transforme en ondelettes ou la face cache de la transforme

La transforme en ondelette continue : Au coeur dune analyse multirsolution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37

Transforme en ondelette discte . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40

Evaluation de la structure du systme . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47

III Au coeur de limplmentation matrielle

Principes de fonctionnement dun FPGA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57

Contexte de limplmentation du systme sur FPGA . . . . . . . . . . . 58

Module de calcul de la SWT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61

Cahier des charges . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61

Structure du calcul de la transforme en ondelettes stationnaire (SWT) . 62

Procdures et rsultats de vrification fonctionnelle . . . . . . . . . . . . 68

Cahier des charges . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70

Structure du module de seuillage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71

Procdures et rsultats de vrification fonctionelle . . . . . . . . . . . . . 75

Lacquisition off-line : Systme de vrification fonctionelle . . . . . . . . 77

Paramtrage des donnes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80

La visualisation des donnes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81

Table des matires

Le stockage sur carte SD . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81

Table des matires

Chapitre I. Systmes de microlectrodes - Au coeur des interactions entre

les (Electrocardiogrammes) qui sont une reprsentation graphique du potentiel lectrique

Le systme nerveux central (SNC)

Figure I.2 Anatomie du SNC

Chapitre I. Systmes de microlectrodes - Au coeur des interactions entre

La synapse ou la transmission du message nerveux

Sa capacit de dduction et dapprentissage a fait de lHomme une fascinante machine

Figure I.3 La synapse. Figure inspire de [Tritsch et al., 1998]

Figure I.4 Le neurone. Figure inspire de Bornat [2006]

Le PA correspond une inversion de polarit de la membrane du neurone, maintenue au

Chapitre I. Systmes de microlectrodes - Au coeur des interactions entre

Figure I.5 Le potentiel daction : et : priodes de repos, priode de dpolarisation

les quatre grandes priodes dcrites prcdemment sont conserves.

alpha scrtant du glucagon.

Les actions de la somatostatine et du polypeptide pancratique sont encore mal connues. Le

Chapitre I. Systmes de microlectrodes - Au coeur des interactions entre

Figure I.6 Fonctionnement de la cellule bta et cycle de la scrtion dinsuline

la dpolarisation de la membrane correspond un PA dont la forme est semblable celle

I.2 Linterface Homme-Machine

Figure I.7 PA unitaire pancratique

Le diabte est un dysfonctionnement du systme de rgulation de la glycmie, il sagit dune

Chapitre I. Systmes de microlectrodes - Au coeur des interactions entre

Contexte du projet de recherche

Le besoin dinterfaage biolectronique et du traitement du signal biologique dcoule dune