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m e lh o r a m e n t o d e
p la n t a s
E veline T eix eira
C a ix eta
Melhoramento Gentico
Combinao adequada de
alelos nos locos que controlam
caractersticas de interesse o
objetivo da seleo artificial.
Variabilidade
Marcadores
Genticos
Marcadores Gentico
p
Marcadores
morfolgicos
???
Marcadores Gentico
w Marcadores
w Marcadores moleculares
w Isoenzimticos
w Marcadores de DNA
N virtualmente ilimitado de marcadores polimrficos,
independente do estdio de desenvolvimento da planta e
de variaes ambientais
Marcadores Moleculares
w
Marcadores de DNA
Vantagens
w
Podem
ser
utilizados
em
geraes
altamente
segregantes, permitindo a eliminao dos gentipos
indesejveis nas primeiras geraes de seleo
Marcadores de DNA
w
Planta
1
Marcadores
de DNA
Planta
2
C. canephora
Hbridos de Timor
Mg2+
dGTP
DNA Polimerase
DNA template
dCTP
dTTP
dATP
Primers
PCR
Planta 2
pl2
pl3
pl4
M C. arabica
Primer especfico
C. canephora
Hbridos de Timor
Microssatlites
RAPD
AFLP
Marcadores SNP
w
w Deteco
de polimorfismo
resultante da alterao de
uma base
Marcadores SNP
w
SNP
SNP (Indel)
Marcadores SNP
90% do polimorfismo
encontrado = SNPs
Marcadores SNP
w
w Deteco
w Genotipagem
fragmentos
no se baseia em tamanho de
Sofisticao
M C. arabica C. canephora
1975
Hbridos de Timor
??
1980
1985
1990
1995
2000
2005
Marcadores de DNA
w
Variam quanto:
w
w
w
w
w
Marcadores de DNA
w
w Analisar
Marcadores de DNA
Funcional
RFLP
SSR
SNP
Especfic
os
Aleatrio
RFLP
RAPD
AFLP
SSR
ISSR
SNP...
Marcadores de DNA
Projetos Genoma
Funcional
RFLP
SSR
SNP
Especfic
os
Projetos Genoma
Sequenciamento
Projetos Genoma
Genmica Funcional
Projetos Genoma
Genmica Funcional
p
p
G
E
N
E
p
p
p
Genmica
Transcriptmica
Protemica
Metabolmica
micas
Projetos Genoma
Aplicao da genmica
Gene conhecido
Marcadores
Moleculares Funcionais
EST-SSRs
COS e Especficos
SNPs
Marcadores de DNA
Funcional
RFLP
SSR
SNP
Especfic
os
Aleatrio
RFLP
RAPD
AFLP
SSR
ISSR
SNP...
Marcadores no
Melhoramento
Caracteriza
o de
Estudo de
germoplasm
evoluo
a
Escolha
mtodo
Teste de
melhoramen
cruzamentos
to
Seleo
assistida
Solues
especficas
Fingerprintin
g de
Monitorame
cultivares
nto pureza
Proteo
genticade
variedades
Anlise de
pedigree
Clonagem
de genes
Filogenia
Conhecimen
to carter
Deteco
estudadode
OGMs
Diagnose de
doenas
Marcadores no
Melhoramento
w Fingerprint
w Marcadores
associados a genes
ou caracterstica de interesse
G
E
N
E
Fingerprint
Indivduo = seqncia caracterstica de nucleotdeos
Identificao das diferenas MM
Padro nico = impresso digital gentica
Fingerprint
Todo o Genoma
Fingerprint
Mapa gentico de ligao
Fingerprint
Fingerprint eficiente
Marcadores no
Melhoramento
w Marcadores
interesse
G
E
N
E
Seleo indireta
Gene marcado
Aleatrio
RFLP
RAPD
AFLP
SSR
ISSR
SNP...
Funcional
RFLP
SSR
SNP
Especfic
os
G
E
N
E
Marcador
com a
sequncia
Marcador
com o
fentipo
Gene marcado ex
BAT 332
Rud
F1
F2
Aleatrio
Gene marcado ex
Final
OPAA07
OPAO12
OPC03
Rud
Bat 332
F1
F2 - 1
F2 - 2
F2 - 3
F2 - 4
F2 - 5
F2 - 6
F2 - 7
F2 - 8
F2 - 9
F2 - 11
...
F2 - 200
Aleatrio
cM
OPAO12
1,60
OPAA07
5,10
Resistncia
Gene marcado- ex
P1 P2
BR BS
10 11 12 13 14 15
16
Resistentes
OPAO12
Suscetveis
GENE
OPAA07
1,60cM
5,10cM
Aleatrio
Caracterstica/gene
marcado
w
QTL
w
QTL1
B2
QTL2
B1
QTL3
Marcadores no
Melhoramento
Mapa gentico
Marcadores ligados
Desenvolvimento marcadores
Protocolos...
Marcadores de DNA
Funcional
RFLP
SSR
SNP
Especfic
os
G
E
N
E
Aleatrio
RFLP
RAPD
AFLP
SSR
ISSR
SNP...
Marcadores no
Melhoramento
Caracteriza
o de
Estudo de
germoplasm
evoluo
a
Escolha
mtodo
Teste de
melhoramen
cruzamentos
to
Seleo
assistida
Solues
especficas
Fingerprintin
g de
Monitorame
cultivares
nto pureza
Proteo
genticade
variedades
Anlise de
pedigree
Clonagem
de genes
Filogenia
Conhecimen
to carter
Deteco
estudadode
OGMs
Diagnose de
doenas
Marcadores no
Pr-melhoramento
Marcadores no Prmelhoramento
Caracteriza
o de
Estudo de
germoplasm
evoluo
a
Pr-melhoramento
w Diversidade
w Como os genes so herdados
w Como genes se relacionam ...
Caracterizao molecular de
germoplasma
Conservao de
germoplasma
Fingerp
rint
GENE
Escolha de genitores
Caracterizao molecular de
germoplasma
Avaliar
redundncia
Conservao
de
germoplasma
Caracterizao molecular de
germoplasma
Avaliar
redundncia
Conservao
de
germoplasma
Avaliar
deficincias
Caracterizao molecular de
germoplasma
Avaliar
redundncia
Conservao
de
germoplasma
Avaliar
deficincias
Avaliar coleta,
manuteno e
ampliao
Problemas
especficos
Permitir e
facilitar o
acesso dos
melhoristas
Caracterizao molecular de
germoplasma
Seleo de
Genitores
Identificao
de genes
Dificuldade de
identificao
fenotpica
Ausncia do
patgeno
Distncia entre
genitores
Seleo de genitores
Diversidade gentica
G = h2 p i/
L
Mxima diversidade
Material elite
Seleo de genitores
Diversidade gentica
p
Seleo de genitores
Melhoramento visando obteno de Hbridos (milho)
Distncia Gentica
-0.01
Gentipos
C. congensis
C. racemosa
CIFC 4106
CIFC 2234
Tpica da China
Tpica de Portugal
Bourbon
Catua IAC 99
Bourbon Amarelo
Catua IAC 15
Catua IAC 44
Catua IAC 81
Catua IAC 30
Catua IAC 47
Catua IAC 86
Bourbon da China 1
Bourbon da China 2
H 843
H 484-2
C. canephora
Triplide
0.99
0.79
0.59
0.39
0.19
C. arabica C. canephora
C. arabica
C. canephora
Hbridos de Timor
Marcadores no Prmelhoramento
Genes no
encontrados na
espcie
cultivada
Marcadores no
Melhoramento
Marcadores no
Melhoramento
Estratgia
de
Teste de
melhoramen
cruzamentos
to
Seleo
assistida
Solues
especficas
Melhoramento
Estratgia de Melhoramento
Mapas permitem entender a base
da correlao entre caractersticas.
B1
QT
L1
QT
L2
w
B
2
QT
L3
Estratgia de Melhoramento
Mapa = Localizao
dos genes
Escolha
estratgia de
melhoramento
Melhor estratgia
de ao
Planejamento
mtodos de
seleo
Tamanho ideal
das populaes
Teste de Cruzamento
H M P H M P H M P H M P
Teste de
cruzamentos
Autgama
Algama
SAM
Aumentar a eficincia de seleo
SAM
Justificativa de uso
Morfologia
de raiz
Tolerncia a
salinidade
Estresse hdrico
Deficincia e
toxidez mineral
SAM
Justificativa de uso
SAM
w Mtodo dos retrocruzamentos
w Quando se deseja introduzir uma ou poucas caractersticas
em gentipo-elite;
Recorrente
Gera
oF
1
R
C
R
C
R
C
R
Doad
or
.
x
x
x
x
x
SAM
w Mtodo dos retrocruzamentos
w
importncia do genitor
SAM
w Retrocruzamento assistido por marcadores
Monitorar a presena
do gene de interesse
Recuperar o genitor
recorrente
Fingerp
rint
GENE
Recorrente
aa
x
Doador
AA
GENE
Gerao
F1
RC1
Aa
aa* : Aa
aa
x aa
RC2
aa* : Aa x aa
RC3
aa* : Aa
1 AA : 2 Aa* : 1aa*
Recorrente
AA x
Doador
aa
GENE
Gerao
F1
RC1
Aa x AA
*AA
AA : Aa
AA* 1AA*:2Aa*:1aa x AA
RC2
Aa x AA
RC3
AA : Aa ( )
Recorrente
Gerao (%Rec.)
F1
50,0
RC1
75,0
RC2
87,5
RC3
93,75
RC4
96,875
Doador
Fingerp
rint
x
x
x
x
x
14
Nmero de Indivduos
12
10
8
6
4
2
0
50-55
56-60
61-65
66-70
71-75
76-80
81-85
Porcentagem do Catua
86-90
91-95
Sem seleo
Seleo (10%)
50
% Genoma do Doador
45
Seleo (2%)
40
35
30
25
20
15
10
5
0
F1
RC 1
RC 2
RC3
RC4
Gerao de Retrocruzamento
RC 5
SAM
w Retrocruzamento assistido por marcadores
w
SAM
w Retrocruzamento assistido por marcadores
Multilinha
Piramidao
Piramidao
Transgene
Piramidao
w Introgresso/acmulo de vrios genes (para uma
mesma caracterstica) em uma nica variedade
Piramidao
Aumentar a durabilidade da
resistncia
Baixa probabilidade
de um patgeno
conter todos os
genes de virulncia
Muitos genes de
virulncia = reduo
da adaptao do
patgeno
Piramidao
Importncia comprovada e proposta antiga (Nelson, 1978 )
Problema
Trabalhoso = combinar
vrios genes e manter
outras caractersticas
Inoculaes mltiplas na
mesma planta
Piramidao
Problema
Marcadores
Moleculares
Trabalhoso = combinar
vrios genes e manter
outras caractersticas
Inoculaes mltiplas na
mesma planta
SAM
w Seleo recorrente
C2
C1
C0
Recombinao
de prognies
Obteno de
prognies
Avaliao
de
prognies
Monitoramento de QTLs
Fingerprint das prognies
superiores
Exemplo - Feijo
Piramidao
Rud
Exemplo - Feijo
Piramidao
cada gene
w Obter
w Cruzar as linhagens
Exemplo - Feijo
Identificar as fontes de resistncia
FERRUGEM
Ouro Negro
ANTRACNOSE
w Ouro Negro
w AB 136
w TO
MANCHA ANGULAR
w AND 277
w MAR 2
w Mxico 54
w Cornell 49-242
w Bat 332
Exemplo - Feijo
Estudo da herana das fontes de resistncia
Populao N de plantas
R
S
Rud
BAT 332
F1
F2
RCs
RCr
0
27
27
128
33
56
27
0
0
47
29
0
Proporo
2
esperada
0:1
1:0
1:0
3:1
1:1
1:0
Um gene dominante
0,322
0,258
P(%)
57,046
61,145
Exemplo - Feijo
w AND 277
w MAR 2
w Mxico 54
w Cornell 49-242
w Bat 332
Um gene
dominante
w Ouro Negro
w Ouro Negro
w AB 136
w TO
Exemplo - Feijo
Marcadores moleculares para cada gene
P1 P2
BR BS
Resistentes
OPAO12
Suscetveis
GENE
OPAA07
1,60cM
10 11 12 13 14 15 16
5,10cM
Exemplo - Feijo
w AND 277
w MAR 2
w Mxico 54
w Cornell 49-242
w Bat 332
OPAO12
Um gene
dominante
MARCADO
GENE
OPAA07
1,60cM
5,10cM
GENE
OPH13
5,5cM
Exemplo - Feijo
Obter as linhagens com os genes de
resistncia
Mtodo de Retrocruzamento
Recorrente
Rud
Gerao (%Rec.)
F1
50,0
RC1
75,0
RC2
87,5
RC3
99%
93,75
RC4
99%
96,875
ANDNegro
277
x Ouro
Doador
Fingerp
rint
GENE
x
x
x
x Rud Phg-AND
277
Ur-ON
Exemplo - Feijo
Obter as linhagens com os genes de
resistncia
Mtodo de Retrocruzamento
Rud Phg-1
Rud Ur-ON/Co-10
Rud Co-4
Rud Co-3
Rud Phg-Bat 332
Exemplo - Feijo
Cruzar as linhagens
Rud Ur-ON/Co-10
Rud Co-6
Rud Co-4
Rud Phg-1
SAM
Rud Ur-ON/Co-10, Co-4, Co-6, Phg-1
Exemplo - Feijo
Rud Ur-ON/Co-10, Co-4, Co-6, Phg-1
F4 contendo todos os marcadores
F4:5
Teste de prognie
F4:5 homozigotas
F4:6
F4:7
Exemplo - Feijo
Rud Ur-ON, Co-4, Co-6, Co-10, Phg-AND
Rud Ur-ON, Co-44, Co-5, Co-6, Co-10, Phg-AND
Rud Ur-ON, Ur-5, Ur-11
Rud ?
??
Prola
Talism
Diamante Negro
(crestamento bacteriano e
mosaico comum)
Exemplo - Milho
Setor privado
w SAM
w Retrocruzamento
selvagens
Exemplo - Milho
Setor privado
Exemplo - Eucalyptus
x
F1
F1
F2
SAM precoce
Mapa + QTLs
(propriedade de madeira)
Grattapaglia, 2007
Exemplo - Algodo
x
G. hirsutum
G. barbadence
Piramidao
Retrocruzamento
Qualidade de fibra
Gh x F1
Gh x RC1
Mapa = RFLP,
AFLP, SSR
80 QTLs (comprimento,
RC2
RC2S1
uniformidade,
elasticidade, maciez, cor)
19 regies ricas em
QTLs
Exemplo - Algodo
Piramidao
Retrocruzamento
RC4S
RC4
SAM
Gh x RC3
x
G. hirsutum
10%
Lacape et al., 2007
G. barbadence
Gh x F1
Gh x RC1
Gh x RC2
SAM
Qualidade de
fibra
RC2S1
Exemplo - Trigo
n
Exemplo - Trigo
n
Exemplo - Trigo
n
Marcadores no
Ps-melhoramento
Marcadores no Psmelhoramento
Proteo de
cultivares
Monitorame
nto pureza
Fingerprintin
gentica
g de
cultivares
Ps-melhoramento
Proteo de Cultivares
w Registro Nacional de Cultivares
Cadastro de informaes
precisas sobre as caractersticas
das cultivares
Assegurar a identidade gentica
e comportamento das cultivares
Proteo de Cultivares
Identidade
Gentica
Registrada
Distinguibilidade
Homogeneidade
Estabilidade
Diferenas claras de
qualquer outra
cultivar registrada na
data do pedido
Proteo de Cultivares
Descritores
Estabelecido para
a espcie
Morfolgica
Fisiolgica
Identidade Gentica
Bioqumica
Molecular
Herdveis
Proteo de Cultivares
Limitaes de descritores
morfolgicos e fisiolgicos
Marcadores
Moleculares
Proteo de Cultivares
Apesar de ainda no ser reconhecido como metodologia
oficial, MM tm sido utilizados como descritores adicionais
para caracterizar e identificar cultivares com fins de
proteo de direitos.
Fingerprinting de Cultivares
w Demanda Judicial pirataria de sementes
w Necessidades:
-
Monitoramento da Pureza
Gentica
Mistura de sementes
Material segregante
remanescente
Linhagens nos
Hbridos
Marcadores
Outras Aplicaes
Outras Aplicaes
Anlise de
pedigree
Clonagem de
genes
Filogenia
Conhecimento
carter
estudadode
Deteco
OGMs
Diagnose de
doenas
Outras Aplicaes
w Diagnose de doenas - Xylella fastidiosa
M 1
3 4
Consideraes
q
a p lica d o s a o
m e lh o r a m e n t o d e
p la n t a s
eveline.c a ix eta @em bra pa .
br