NATURALEZA MOLECULAR DEL GEN Y EL GENOMA

EL CONCEPTO DE GEN
El genoma es el conjunto de genes de una especie. Pero qu es un gen? En principio es una unidad informativa discreta,
responsable de una caracterstica transmisible, El color de ojos, la textura de la semilla, la longitud del tallo. Este es el
concepto mendeliano del gen, acuado en el siglo XIX, cuando an se desconoca su verdadera naturaleza qumica. Esta
definicin del gen sigue siendo til en determinado contexto, con la salvedad de que hoy identificamos a dicha unidad de
informacin con un fragmento de ADN localizado en determinado lugar de un cromosoma. Una segunda concepcin del
gen surgi cuando los genetistas demostraron de forma concluyente que los genes especifican la estructura de las
protenas individuales. A principios de los aos 1950 se lleg a conocer la secuencia de aminocidos de la protena
insulina y se descubri que cada protena consiste en una secuencia de aminocidos tpica, de la cual, se supuso,
dependeran sus propiedades. Al mismo tiempo se correlacionaron mutaciones (alteraciones en la secuencia de
nucletidos del ADN) con alteraciones de la secuencia de aminocidos en las protenas. Result evidente que la secuencia
del ADN especifica, mediante algn cdigo, la secuencia proteica. Un gen es, entonces, una secuencia de ADN con la
informacin necesaria para la sntesis de una protena particular.
Dado que el ADN es una molcula relativamente inerte, su informacin se expresa indirectamente, a travs de otras
molculas. El ADN dirige la sntesis de protenas y stas determinan las caractersticas fsicas y qumicas de la clula.
Como ya adelantramos, las instrucciones genticas contenidas en el ADN se expresan en dos pasos. El primero de ellos,
la transcripcin, consiste en la sntesis de ARN a partir del ADN. El ARN contiene toda la informacin de la secuencia de
bases del ADN de la que ha sido copiado. El segundo paso de la expresin gentica es la traduccin, momento en el cual
el ARN ejecuta las instrucciones recibidas cristalizndolas en la sntesis de una protena especfica.
Existen diversos tipos de ARN: el ARNm (mensajero), el ARNr (ribosmico), el ARNt (de transferencia) y los ARN pequeos.
De todos ellos, tan slo el ARNm es portador de informacin acerca de la secuencia aminoacdica de una protena; sin
embargo todos ellos son transcriptos de ADN. Por lo tanto, resulta necesario revisar la segunda definicin del gen.
Hoy se acepta que un gen es una secuencia de ADN transcripta que genera un producto con funcin celular especfica.
Cabe aclarar, no obstante, que esta definicin no es completamente satisfactoria, en la medida en que existen regiones
reguladoras de los genes, que no se transcriben, y otras regiones (llamadas intrones) que se transcriben pero se eliminan
sin cumplir ninguna funcin aparente.

LA ORGANIZACIN DEL GENOMA

Con la excepcin de ciertos virus, que contienen un genoma de ARN, el resto de los genomas utiliza el ADN como
depositario de la informacin gentica.

Sin embargo, debemos sealar algunas diferencias significativas en cuanto a la organizacin del genoma en procariontes y
eucariontes.
En primer lugar, el ADN procarionte se presenta como una nica molcula circular, en tanto el ADN eucarionte es de
estructura lineal. Adems las clulas eucariotas poseen usualmente ms de una molcula de ADN en sus ncleos. Cada
molcula corresponde a un cromosoma, cuyo nmero es constante para todas las clulas de una misma especie (con
excepcin de las gametas).
El ADN eucarionte, por otro lado, se halla asociado ntimamente a diferentes protenas, entre las cuales las histonas
juegan el papel ms importante en lo que respecta al empaquetamiento del ADN. Esta asociacin a histonas no se verifica
en el ADN procarionte, por lo cual se lo ha denominado ADN desnudo.
En las clulas eucariotas los cromosomas estn confinados en el compartimiento nuclear, donde tiene lugar la
transcripcin, mientras que la traduccin se localiza en el citoplasma; por lo tanto , ambos procesos se encuentran
separados espacial y temporalmente. Esto permite que los transcriptos de ARN experimenten en el ncleo un proceso de
maduracin previo a la traduccin. En las clulas procariotas, donde no existe la envoltura nuclear, el ADN est en
contacto directo con el citosol, y los procesos de transcripcin y traduccin no se hallan separados en espacio ni en
tiempo. Los ARNs no son sometidos a modificaciones postranscripcionales.
Los eucariontes tienen genomas mucho ms grandes que los procariontes. Aunque el valor C (cantidad haploide de ADN
de una especie) es muy variable entre los mismos eucariontes (ver tabla 1), es siempre notablemente mayor que el de los
procariontes. No necesariamente un mayor valor C refleja una mayor complejidad gentica (vase en tabla 11.1 valores
de Salamandra y Homo sapiens).
En los procariontes se da una mxima economa de informacin: en casi todos los casos cada cromosoma contiene una
sola copia de cualquier gen particular, y, con excepcin de las secuencias reguladoras y sealadoras, prcticamente se
expresa todo el ADN. En cambio, en toda clula eucariota parecera haber un gran exceso de ADN, o por lo menos de ADN
cuyas funciones se desconocen por completo. Por ejemplo, la estimacin del ADN innecesario en los seres humanos
llega a ser tan elevada como el 95% del genoma.

EL CDIGO GENTICO
Hemos visto que los genes son segmentos de ADN situados en los cromosomas, que se comportan como unidades de
transcripcin. Hemos sealado tambin que muchos de los ARN transcriptos son productos celulares finales con funcin
propia (al margen de las modificaciones postranscripcionales que requieran para completar su maduracin), es decir que,

en alguna medida, la transcripcin es un paso terminal de la expresin de ciertos genes. Sin embargo, sabemos que
muchos otros genes contienen la informacin necesaria para especificar la secuencia de aminocidos de las tantas
protenas que una clula es capaz de sintetizar. En estos casos, la transcripcin es tan slo el primer paso de la expresin
gentica. Los ARN obtenidos, ARN mensajeros, son, como su nombre lo indica, meros transportadores de informacin
que an debe ser decodificada, informacin que debe traducirse en la sntesis de una protena. La traduccin es el
segundo paso de la expresin gentica.

Fig. 11.1 - Flujo de informacin gentica

Muchas de las caractersticas del cdigo gentico fueron anticipadas en forma terica a partir del descubrimiento del
ARNm. Pero en el ao 1961, Nirenberg y Matthaei desarrollaron una tcnica que abri el camino para que en los
siguientes cuatro aos el cdigo gentico fuera enteramente descifrado.
Podemos pensar al cdigo gentico como un idioma. Los idiomas utilizan una cierta cantidad de letras, stas se combinan
para formar palabras, y cada palabra tiene un significado, designa a un objeto particular. En el cdigo gentico estn
presentes todos estos elementos: las letras son las 4 bases que forman las cadenas de ARN (A, U, C, G); las palabras son
siempre agrupaciones de 3 letras o tripletes de bases, llamadas codones en la molcula del ARNm, y los objetos
designados por dichas palabras son cada uno de los 20 aminocidos que componen las protenas.
La tabla del cdigo que se halla a continuacin es vlida para los seres vivos ms diversos: el hombre, las bacterias, las
levaduras, las plantas. El cdigo gentico es universal, lo cual da prueba de que todos los organismos comparten un
mismo origen. Una de las contadas excepciones a la universalidad del cdigo es el ADN mitocondrial, en el cual algunos
codones son ledos de manera diferente.

U
PRIMERA
LETRA

UUU
fenilalanina
UUC
fenilalanina

TABLA 11.2 - Cdigo gentico

SEGUNDA LETRA
C
A
G
UCU
serina
UCC serina

UAU
tirosina

UGU
cistena

U
C

UAC
tirosina

UGC
cistena

A
G

UUA leucina

UCA
serina

UAA stop

UGA stop

UUG leucina

UCG serina

UAG stop

CUU leucina

CCU
prolina

CAU
histidina

UGG
triptfano
CGU
arginina

TERCERA
LETRA

CUC leucina

CCC
prolina

CAC
histidina

CGC
arginina

CUG leucina

CCA
prolina

CAA
glutamina

CGA
arginina

AUU
isoleucina

CCG
prolina
ACU
treonina

CAG
glutamina
AAU
asparagina

CGG
arginina
AGU serina

AUC
isoleucina

ACC
treonina

AAC
asparagina

AGC serina

C
A

AUA
isoleucina

ACA
treonina

AAA lisina

AGA
arginina

AUG
metionina
GUU valina

ACG
treonina
GCU
alanina

CUA leucina

GUC valina
GUA valina
GUG valina

AAG lisina

GAU
aspartato

GCC
alanina

GAC
aspartato

GCA
alanina

GAA
glutamato

GCG
alanina

GAG
glutamato

AGG
arginina

C
A
G

GGU glicina

GGC glicina

GGA glicina

GGG glicina

Caractersticas del Cdigo Gentico

El cdigo gentico consta de 64 codones o tripletes de bases.61 codones codifican aminocidos.

3 codones funcionan como seales de terminacin.
El cdigo no es ambiguo, pues cada codn especifica a un solo aminocido.
El cdigo es degenerado, ya que un aminocido puede estar codificado por diferentes codones.
Es universal, debido a que sus mensajes son interpretados de la misma forma por todos los organismos.

Utiliza un marco de lectura establecido al inicio de la traduccin y no lo modifica.

No se produce solapamiento de codones.

EL PROCESO DE LA TRANSCRIPCIN
La transcripcin consiste en la sntesis de ARN a partir de un molde de ADN.
A continuacin realizaremos una descripcin general del proceso de transcripcin tomando en cuenta los aspectos
comunes a la sntesis de los distintos tipos de ARN.
La transcripcin, tanto en clulas procariotas como eucariotas, involucra la participacin de una enzima ARN polimerasa
ADN dependiente. sta sintetiza una cadena de ARN cuyos inicio, terminacin y secuencia de bases vienen determinados
por el propio gen.
El primer paso de la transcripcin es la unin de la enzima ARN polimerasa a una regin del gen llamada promotor. El
promotor es una secuencia especfica de bases con alta afinidad por la enzima, por lo que proporciona a la misma su sitio
de unin al ADN. Es asimismo una seal que indica cul cadena se ha de transcribir. La transcripcin es asimtrica, pues
usualmente slo se transcribe una de las dos cadenas que forman cada gen. La cadena que acta como plantilla es la
cadena molde, negativa o no codificante; la hebra no transcripta, complementaria de la anterior, se denomina antimolde,
positiva o codificante. La ARN polimerasa se desplaza sobre la cadena molde, recorrindola en direccin 3 => 5 o ro
abajo y transcribindola a partir del nucletido que el promotor seala como punto de inicio de la transcripcin. Este
nucletido se nombra +1 y los siguientes, ro abajo, siguen la numeracin correlativa (+2, +3, etc.). Partiendo desde el
punto de inicio en la direccin contraria, es decir ro o corriente arriba, los nucletidos se numeran 1, -2, etc.
La ARN polimerasa slo puede desplazarse y transcribir si previamente la doble hlice sufre un desenrollamiento y fusin
(separacin de las cadenas complementarias por ruptura de los puentes de hidrgeno entre las bases). La misma enzima
cataliza ambos procesos, generando hacia el extremo 3 una burbuja de transcripcin, un tramo de aproximadamente 12
nucletidos de longitud, en el cual las cadenas permanecen desapareadas. La burbuja de transcripcin aparenta avanzar
ro abajo junto con la enzima, pues a medida que progresa la fusin por delante de ella, la doble hlice se recompone por
detrs.
La formacin de la burbuja causa una supertorsin o superenrollamiento de la doble hlice en los sectores ubicados hacia
el extremo 5 del molde. Este fenmeno es corregido por la accin de una enzima topoisomerasa I.

Fig. 11.3 - Burbuja de transcripcin

Cuando el molde ya ha sido desapareado en la burbuja de transcripcin y expone sus bases, stas son reconocidas por la
ARN polimerasa. A medida que la enzima lee la plantilla, coloca junto a cada base de la misma el ribonucletido
trifosfato portador de la base complementaria. A los desoxirribonucletidos de A, T, C y G se le aparean, respectivamente,
los ribonucletidos de U (recordemos que el ARN no contiene T), A, G y C mediante puentes de hidrgeno. Una vez
ubicados los dos primeros ribonucletidos, la enzima cataliza la formacin del puente fosfodister entre ambos,
inicindose la cadena de ARN.

Fig. 11.4 - Direccin de la transcripcin

El enlace fosfodister se produce entre el hidroxilo en posicin 3 del primer nucletido y el grupo fosfato interno, en
posicin 5, del segundo. Un grupo pirofosfato de este ltimo es liberado como producto y escindido rpidamente en dos
fosfatos por la accin de una pirofosfatasa. Dicha ruptura es tan exergnica que la reaccin inversa se torna
prcticamente imposible. As, desde el punto de vista termodinmico, se favorece la sntesis de la nueva cadena. Por lo
tanto, son los mismos sustratos los que, por estar trifosfatados, aportan la energa necesaria para su polimerizacin.

Fig. 11.5 - Incorporacin de ribonucletidos en el extremo 3' de ARN

Este procedimiento se repite tantas veces como nucletidos contenga el molde, de tal manera que el ARN va creciendo
en forma antiparalela a aqul, es decir, desde su extremo 5 (el que qued libre en el primer nucletido) hasta su extremo
3 (que quedar libre en el ltimo nucletido aadido). La direccin de la sntesis del ARN es 5 => 3.
Siempre los nucletidos recin incorporados al ARN forman una hlice corta ARN-ADN con su plantilla. Esta hlice hbrida
es transitoria, pues conforme el polmero se alarga por su extremo 3, el extremo 5 se separa del molde, el cual vuelve a
emparejarse con su hebra de ADN complementaria.
La transcripcin concluye cuando la ARN polimerasa alcanza una seal (una secuencia especfica de bases del ADN) que
acta como seal de terminacin.
El producto obtenido, un ARN transcripto primario, resulta una copia complementaria y antiparalela de una regin del
gen comprendida entre el punto de inicio y la seal de terminacin.

Fig. 11.6- ARN en distintos estadios de transcripcin sobreel mismo gen

El transcripto primario repite la direccin y la secuencia (excepto porque lleva U en vez de T) de la hebra no copiada o
antimolde, lo que justifica que a esta ltima se apliquen las denominaciones de hebra positiva o codificante. Es la cadena
convencionalmente elegida para representar un gen.
Cabe aclarar que al describir la transcripcin en forma general, hemos omitido la mencin de regiones reguladoras de los
genes, bajo cuyo control se encuentran los acontecimientos analizados. Este aspecto del tema ser desarrollado ms
adelante en el mismo captulo.
Los requisitos de la transcripcin:
Una molcula de ADN molde, con regin promotora, que indica el inicio de la transcripcin, con secuencia de
terminacin, que marca el fin del proceso, y un segmento que ser expresado.
Una enzima ARN polimerasa que:
-reconoce las secuencias sealizadoras,
-abre la hlice,
-lee el molde (de 3a 5),
-reconoce y ubica los sustratos complementarios,
-polimeriza los sustratos(de 5a 3).
Cofactores enzimticos de la ARN polimerasa: Mg++ o Mn++.
Sustratos: UTP, ATP, GTP Y CTP.
Una fuente de energa: los mismos sustratos.
Una pirofosfatasa.
Una topoisomerasa I.

A partir de distintos genes se transcriben diferentes clases de ARN: ARN mensajero(ARNm),ARN

de transferencia(ARNt),ARN ribosmico(ARNr),ARN pequeos nucleares y citoplasmticos
(ARNpn/ARNpc respectivamente).
Si bien el proceso transcripcional es bsicamente similar en procariotas y eucariotas, existen
diferencias que detallaremos a continuacin:
EUCARIOTAS
1- La transcripcin es llevada a cabo por tres tipos
de enzima ARN polimerasa, cada una
especializada en la sntesis de los distintos tipos de
ARN:
La ARN polimerasa I transcribe genes del ADN
nucleolar que codifican para los ARNr 45S
La ARN polimerasa II transcribe genes del ADN
no nucleolar que codifican para todos los ARNm y
para la mayora de los ARNpn.
La ARN polimerasa III transcribe genes del ADN
no nucleolar que codifican para los ARNt, los
ARNr 5S,los ARNpc y para el resto de los ARNpn.
2- Las ARN polimerasas eucariotas no se unen al
ADN molde en su sitio promotor si no estn
presentes protenas denominadas factores basales
de transcripcin. Estos son especficos de cada
polimerasa y se encuentran en todos los tipos
celulares. Las clulas eucariotas tambin cuentan
con factores de transcripcin especficos los cuales
relacionan a los factores basales con las regiones
reguladoras de un gen. Los factores especficos
controlan la tasa de transcripcin de los genes.
Cada tejido presenta una combinacin particular
de los mismos.
3- Cada ARN polimerasa reconoce una secuencia
particular de nucletidos o seal para la
transcripcin ,que es diferente para cada enzima.
Por ejemplo la ARN polimerasa II, que trasncribe
los genes que codifican para ARNm, reconoce
varias secuencias de nucletidos en el promotor,
entre las cuales se encuentran las secuencias
llamadas caja TATA o caja Hogness-Goldberg,
caja CAAT y GC. stas secuencias se encuentran
"ro arriba" respecto del punto de inicio de la
transcripcin. El reconocimiento de dichas
secuencias por parte de la ARN polimerasa II y los
factores basales de transcripcin son prerequisitos
para iniciar la copia del gen.
Cabe destacar que las secuencias consenso que
reconocen las distintas ARN polimerasas y sus
correspondientes factores basales difieren en
composicin y ubicacin dentro del gen, esto
significa que no siempre se localizan delante del
promotor.
CAAT--GGGCCGGG--GGGCCGGG-TATA-inico

PROCARIOTAS
1- La transcripcin es llevada a cabo por un solo
tipo de ARN polimerasa que sintetiza las diversas
clases de ARN.
La ARN pol. bacteriana es un complejo proteico
oligomrico constituido por cinco subunidades.
Excepto la subunidad sigma (s), el resto conforma
un ncleo enzimtico. Todo el complejo constituye
una holoenzima capacitada para leer las secuencias
promotoras.

2- Si bien la ARN polimerasa bacteriana no

requiere de factores de transcripcin, se considera a
la subunidad s como un factor de inicio de la
transcripcin, ya que el ncleo enzimtico
despojado de la subunidad s no puede por s mismo
leer adecuadamente las secuencias promotoras y
efectuar la transcripcin.

3- La ARN polimerasa bacteriana tambin

reconoce secuencias consenso indispensables
para la unin de la holoenzima y la sealizacin
del punto de inicio. Una de las secuencias ms
conocidas es la caja TATAAT o caja Pribnow y
TTGACA, ubicadas siempre ro arriba del
punto de inicio de la transcripcin.
-35 -10 +1
5' -----TTGACA----TATAAT----inicio--3'
Promotor procariota

Promotor eucariota

Resumiendo, las principales diferencias en la transcripcin en clulas procariotas y eucariotas:

Existe una sola ARN polimerasa procariota y tres ARN polimerasas eucariotas.
La ARN polimerasa procariota no requiere factores de transcripcin. Las eucariotas requieren la
presencia de factores de transcripcin basales y su actividad es regulada por factores de
transcripcin especficos.
Las secuencias sealizadoras son diferentes