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Universidad de Vigo
BIOQUMICA GENERAL
CIDOS NUCLEICOS
Macromolculas muy importantes y fundamentales para la clula
Clula
Procariotas
Tejido
Eucariotas
Organismo
Virus
DIFERENTES PROTENAS codificadas en la estructura de los cidos nucleicos, las cuales a travs
de sus diversas funciones van a permitir tanto la ORGANIZACIN CELULAR como su
MANTENIMIENTO
CIDOS NUCLEICOS
TIPOS DE CIDOS NUCLEICOS
CIDO RIBONUCLEICO (RNA)
Un azcar de C5
UNIDAD MONOMRICA
Ribosa (RNA)
2desoxirribosa (DNA)
NUCLETIDO
CIDOS NUCLEICOS
La unin entre sucesivas unidades monomricas se realiza mediante un
residuo unido al grupo hidroxilo del C5 de una unidad y el grupo hidroxilo
del C3 de la siguiente.
Formndose un enlace fosfodiester entre dos residuos de azcar.
Esta
secuencia
repetitiva
es
CAPACIDAD
ac. nucleicos
Almacenar
Transmitir
Bases nitrogenadas
informacin gentica
DNA: A, G, C, T
RNA: A, G, C, U
RNA, y en menor medida el DNA pueden contener una pequea proporcin de bases con
modificaciones qumicas: metilaciones
CIDOS NUCLEICOS
DNA / RNA considerar
NUCLEOTIDOS
NUCLETIDO considerar
NUCLESIDOS
5monofosforilado de un azcar-base
NUCLESIDOS
NUCLEOTIDOS
Adenosina 5mono (AMP)
Guanosina 5mono (GMP)
Adicin de un
grupo fosfato
Adenosina
Guanosina
Citidina
Uridina
Timidina
CIDOS NUCLEICOS
PROPIEDADES DE LOS NUCLETIDOS = CIDOS NUCLEICOS
Son cidos bastante fuertes debido al grupo , pudiendo perder hasta 2 H+.
Las bases nitrogenadas pueden protonarse o desprotonarse incluso a valores de pH cercanos a 7.
Las bases nitrogenadas pueden experimentar CAMBIOS ESTRUCTURALES:
Disposicin de sus tomos de H
Disposicin de los dobles enlaces en el anillo prico pirimidnico (TAUTOMERIZACIN) y a
los ismeros TAUTMEROS.
Los tautmeros AMINO para
la adenina y citosina
Los tautmeros CETO para
la guanina y timina, son los
ms abundantes.
Esto provoca que los cidos nucleicos con bases tautomricas absorben intensamente la luz en la regin
cercana al ultravioleta (260 nm)
CIDOS NUCLEICOS
ESTABILIDAD Y FORMACIN DEL ENLACE FOSFODIESTER
Go = 25 kJ/mol, implica que esta reaccin est desplazada
Su formacin implica la eliminacin de H2O
(DESHIDRATACIN).
En la clula est hidrlisis es extraordinariamente lenta a no ser que sea catalizada (enzimas)
ESTABILIDAD DNA in vivo
HIDRLISIS QUMICA
DNA
HIDRLISIS ENZIMTICA
RNA
Digestin de los polinucletidos procedentes de los alimentos
CIDOS NUCLEICOS
La sntesis in vivo de polinucletidos implica la hidrlisis de NUCLETIDOS TRIFOSFATO DE ELEVADA
ENERGA (ATP, GTP, CTP, UTP, dATP, dGTP, dCTP, dTTP), liberndose pirofosfato (PPi), el cual al
romperse se libera gran cantidad de energa.
Sin embargo, la sntesis es en realidad la suma de 2 reacciones:
1.
2.
1.
Go = 31 kJ/mol
Go = 25 kJ/mol
Go = 6 kJ/mol
Organismos obtienen E
Fotosntesis
Metabolismo de los alimentos
Acumulan
como
molculas
de
CIDOS NUCLEICOS
ESTRUCTURA PRIMARIA DE LOS CIDOS NUCLEICOS
ACGTT
GENES
CIDOS NUCLEICOS
ESTRUCTURA TRIDIMENSIONAL DE LOS CIDOS NUCLEICOS
El descubrimiento: DNA es una doble hlice es uno de los hitos de la Biologa Molecular y del s.XX.
Franklin, Wilkins, Stokes: estudios de difraccin de rayos X con fibras de DNA hmedas
Estructura helicoidal de 20 dimetro
10 nucletidos/vuelta
Chargaff: DNA de diferentes organismos presentan siempre: [A] = [T] y [C] = [G]
Densidad DNA: sugera que se trataba de una molcula formada por dos cadenas
Donohue: DNA predominan la formas tautomricas amino (A,C) y ceto (G,T) de las bases nitrogenadas.
WATSON Y CRICK (1953) determinaron que el dimetro constante de la doble hlice
Las bases de las dos cadenas estuviesen en
el interior de la hlice, emparentadas
siempre
entre
pirimidnica:
A-T
una
y
base
C-G
prica-
donde
las
se
mantienen
la
misma
A-G >
C-T <
CIDOS NUCLEICOS
DOBLE HLICE DE DNA: MODELO DE WATSON Y CRICK
2 cadenas polinucleotdicas girando entorno a un eje comn
doble hlice. Son antiparalelas y ambas dextrgiras, presentando dos
surcos de distinto tamao: surco principal y surco secundario.
El armazn hidroflico: azcar- de la hlice se sita hacia el exterior
(en contacto con el medio acuoso) .
Enlace
fosfodiest
er
Los pares de bases dispuestas en el interior de la doble hlice, apilndose unos sobre otros con sus
planos perpendiculares al eje de la hlice. Estos pares de bases se mantienen unidos entre s por
puentes de H y por fuerzas de van der Waals.
Adems si la A=T y C=G, ambas cadenas son COMPLEMENTARIAS. De tal
forma, si se separan las dos cadenas y se sintetizan un nuevo DNA a lo largo de
ambas cadenas siguiendo el mismo principio de apareamiento dos
molculas de DNA nuevas, cada una sera una copia exacta de la original.
PRINCIPIO DE LA
AUTORREPLICACIN
CIDOS NUCLEICOS
ESTRUCTURA ALTERNATIVAS DE LOS CIDOS NUCLEICOS: HLICES B Y A
Estudios por difraccin de rayos X demuestran que pueden adoptar distintas formas. El DNA descrito por
Watson y Crick se denomina como, HLICE B, obtenida a partir de fibras de DNA preparadas en
condiciones de ELEVADA humedad, siendo la forma ms comn en un entorno acuoso como la clula.
Cuando el DNA se prepara bajo condiciones de BAJA humedad aparece una estructura diferente,
HLICE A, la cual es biolgicamente tan importante como la B.
Doble hlice dextrgira.
Dimetro de 26 (mayor que la hlice B de 20 ).
RNA doble hebra
Hbridos DNA
RNA
La hlice B del DNA est favorecida en medio acuoso porque los surcos estn totalmente hidratados,
estabilizando la doble hlice.
El RNA de doble hebra y los hbridos RNA
DNA no pueden adoptar la forma B porque el grupo OH
(del C3de la ribosa) interfiere estricamente con el grupo y el C8 de la base adyacente.
CIDOS NUCLEICOS
FORMAS DEL DNA Y RNA IN VIVO
PROCARIOTAS
EUCARIOTAS
ORGANISMOS
VIRUS
DNA monocatenarios
RNA bicatenario siempre en FORMA A
DNA monocatenarios
DNA bicatenarios, forma B
CIDOS NUCLEICOS
FORMAS DEL DNA Y RNA IN VITRO o IN VIVO
DNA Y RNA monocatenarios pueden adoptar diversas estructuras dependiendo de las condiciones en
disolucin y de su secuencia:
1. in vitro, en presencia de sustancias desnaturalizantes y/o T elevadas, los AN
suelen aparecer como OVILLO ALEATORIO
Estructura muy flexible y con libertad de rotacin entorno al armazn, que
cambia constantemente (inespecfica).
2. En el entorno celular podemos encontrarnos con varias estructuras:
2.1. Las interacciones hidrofbicas (no covalentes) pueden dar lugar a la
formacin de regiones en FORMA DE HLICE POR EL APILAMIENTO DE
BASES.
No hay puentes de H ni complementariedad entre las bases apiladas.
2.2. Sin embargo, como la mayora de la secuencia de los AN contienen
regiones de autocomplementariedad, entre las que son posibles
apareamiento de bases. La cadena se dobla sobre s misma formando un
lazo de DOBLE HLICE con forma A.
tRNA.
CIDOS NUCLEICOS
ESTABILIDAD DE LA ESTRUCTURA 2 DEL DNA
Estructura 2
relativamente
pH fisiolgico
estable
Procesos bioqumicos
Replicacin
requieren
Puentes H
Int. Hidrofbicas
Van der Waalas
Pares de bases
Transcripcin
DESNATURALIZACIN
Repulsin electrosttica entre las cargas () de los grupos que tiende a separar una cadena
de la otra.
Mayor entropia de la estructura en ovillo aleatorio que la doble hlice, dado su mayor grado
de aleatoriedad. Es necesario una enorme E para mantenerla como doble hlice, que se consigue
con el gran nmero de enlaces no covalentes
CIDOS NUCLEICOS
In Vitro, la desnaturalizacin producida por T ELEVADAS se puede seguir ya que provoca una serie
de cambios fsicos:
Densidad de flotacin
Viscosidad
Absorbancia a 260 nm
In Vivo, la desnaturalizacin est controlada por varios tipos de enzimas que se encargan de ir abriendo
y cerrando la doble hlice conforme tiene lugar la replicacin o transcripcin de las cadenas (a modo de
cremallera). Adems se ha observado que los puntos de iniciacin de estos procesos son muy ricos
en pares A-T.
Las hebras de DNA separadas por desnaturalizacin pueden volver a la forma de doble hlice por
reasociacin (complementariedad ) o RENATURALIZACIN.
CIDOS NUCLEICOS
ESTRUCTURAS SECUNDARIAS POCO HABITUALES DEL DNA
DNA
RNA
Existen
Forma B
superenrollamiento
Forma A
destacado.
ms
formas,
juega
donde
un
el
papel
1979 Rich descubre un oligonucletido con una hlice a izquierdas (levgira) = DNAz.
Polinucletidos poseen 2 orientaciones muy estables para las bases respecto al azcar: sin y anti.
Forma A
Forma B
DNAz
PIRIMIDNICAS (C, T) en anti.
DNAz aparece en secuencias con alternancia de bases pricas y pirimidnicas d(GC)n por lo que la
orientacin de las bases en ambas cadenas tambin est alternada, dando una mayor compactacin a la
molcula (12 nucletidos/vuelta de hlice).
DNAz podra estar relacionado con el control de la expresin gnica y con la transcripcin.
CIDOS NUCLEICOS
ESTRUCTURAS SECUNDARIAS POCO HABITUALES DE L0S CIDOS NUCLEICOS
HORQUILLAS Y CRUCES
Tpica del tRNA
Molculas polinucleotdicas de una sola cadena que presentan
secuencias de bases AUTOCOMPLEMENTARIAS, lo que le permite a la
cadena plegarse sobre s misma, formando hlices antiparalelas de
bases apareadas, en forma A.
En DNA
Tambin se pueden formar horquillas dobles denominadas
estructuras CRUCIFORMES.
Requieren un tipo especial de secuencia de bases, secuencias
PALINDRMICAS, son segmentos de cadenas complementarias
que son el inverso exacto una de la otra.
La formacin de horquillas y cruces suelen dejar algunos pares de
bases sin aparear en los extremos, dndoles a estas formas una menor
estabilidad que las estructuras extendidas.
CIDOS NUCLEICOS
EMPAQUETAMIENTO DEL DNA EN PROCARIOTAS
Circular
DNA bacteriano
1 cromosoma
Bicatenario
Superenrollado
bacteriano
se
organizan
en
Cationes
Poliaminas (espermina, espermidina, putrescina.
RNA
Otras protenas no histnicas.
CIDOS NUCLEICOS
EMPAQUETAMIENTO DEL DNA EN EUCARIOTAS
No histnicas
Histnicas (eucariotas)
CROMATINA
En clulas en reposo (interfase) la cromatina aparece como algo amorfo y dispersa por el ncleo
Antes de la divisin celular (metafase), cromatina se organiza en estructuras compactas,
CROMOSOMAS, cada uno de ellos posee 2 cromtidas y 1 centrmero por donde se anclar al huso
mittico. Cromosomas contienen adems un lugar para el inicio u origen de replicacin y unos
extremos definidos, los telmeros
El n de cromosomas es especfico de cada especie, distribuidos por pares en todas las clulas
somticas (2n, diploides) excepto en los gametos, que son haploides (n). Ej: humanos 2n =46 y n= 23.
La organizacin de los cromosomas, permite que el DNA pueda alojarse en un ncleo de 10 m de .
Ej: el cromosoma 16 de humanos tiene 2.5 m de largo, y su DNA de ambas cromtidas tiene 3.7 cm,
implicando una condensacin 1.5x104 : 1.
Existen diferentes niveles de empaquetamiento, en cada uno de los cuales el DNA se empaqueta varias
veces, por lo que el efecto acumulativo en los sucesivos niveles proporcionan la elevada relacin de
condensacin necesaria.
CIDOS NUCLEICOS
Grupo muy heterogneo
PROTENAS NO
HISTNICAS
Replicacin
Expresin gnica
Organizacin del cromosoma
CIDOS NUCLEICOS
HISTONAS + DNA
E. cuentas collar
Polinucleosomas
superhlice negativa
Las histonas interaccionan con el surco menor del DNA mientras que las no
histnicas lo hacen con el surco mayor
Constituye el 1er nivel de empaquetamiento de la cromatina formando, FIBRA DE
10 nm.
Los nucleosomas se unen entre s por el DNA de unin o espaciador (20-90pb). Este DNA
interacciona con la histona H1, que fija el DNA, formando el CROMATOSOMA (166pb)
CIDOS NUCLEICOS
El 2o nivel de condensacin de la cromatina, los nucleosomas estn empaquetados unos sobre otros
(polinucleosomas) formando una FIBRA DE 30 nm, que aparece tanto en los cromosomas mitticos como
en la cromatina interfsica.
Esta fibra de 30 nm adopta una estructura solenoide con 6 7 cromatosomas/vuelta.
CIDOS NUCLEICOS
As, se ha postulado que en una condensacin ulterior (superenrollamiento) de la fibra de 30 nm forma una
serie de BUCLES o DOMINIOS (5000-120000pb), alcanzando un grosor entorno a 0.4 m. Donde cada
bucle podra contener 1 o varios genes relacionados.
CIDOS NUCLEICOS
RNA: caractersticas
Polmero lineal no ramificado de ribonucletidos.
Los nucletidos A, G, C, U se incorporan al RNA durante la transcripcin.
Pueden presentar nucletidos modificados (metilados): tRNA y rRNA.
Secuencia del RNA es complementaria a una porcin especfica de una sola hebra del DNA.
No existe igualdad para las proporciones (A + U), (C + G)
Grupo OH del C2 de la ribosa le confiere al RNA una mayor susceptibilidad a la hidrlisis qumica.
RNA celulares son lineales y monocatenarios, aunque algunos virus portan RNA bicatenarios.
CIDOS NUCLEICOS
TIPOS DE RNAs
tRNA
CIDOS NUCLEICOS
rRNA
La sntesis de protenas tiene lugar en los ribosomas
Ribosomas:
Subunidad pequea 30S: rRNA 16S y 21 protenas
Procariotas
Ribosoma 70S
Ribosoma 80S
CIDOS NUCLEICOS
mRNA
Portadores directos de la informacin gentica desde el genoma a los ribosomas
Todos los mRNA de eucariotas son monocistrnicos, codifican una nica cadena polipeptdica.
Mientras que, algunos mRNA de procariotas son policistrnicos, codifican ms de 1 protena.
El tiempo de vida media en el citoplasma es muy corto, se degradan rpidamente.
Presenta rasgos caractersticos, dado que deben preservar la secuencia lineal de nucletidos
protena, y debe saber dnde empieza y termina la traduccin.
que